PENGENALAN VIRUS DAN METODE DETEKSI

SARS-COV-2

Workshop Pemeriksaan PCR COVID-19

1 – 3 Maret 2021
 POKOK BAHASAN

• Klasifikasi Coronavirus dan struktur SARS-CoV-2

• Cara penularan, gejala umum, faktor risiko dan terapi SARS-
CoV-2
• Metode deteksi SARS-CoV-2
 TUJUAN
• Memahami perbedaan Coronavirus dan SARS-CoV-2.
• Mengenali struktur SARS-CoV-2 dan materi genetiknya.
• Memahami cara penularan, gejala pada manusia, faktor risiko infeksi
SARS-CoV-2.
• Memahami jenis-jenis metode deteksi SARS-CoV-2 dan memilih metode
pemeriksaan yang sesuai.
 CORONAVIRUS
• Menyebabkan infeksi pernafasan pada manusia
• Anggota keluarga Coronaviridae
• Memiliki positive sense single stranded RNA
• Ukuran total genom 26 hingga 32 kilobase
• Memiliki karakteristik bentuk seperti corona
matahari sehingga disebut Coronavirus
 KLASIFIKASI CORONAVIRUS
Alphacoronavirus
Dapat menginfeksi manusia dan hewan mammalia, seperti kelelawar, kucing
dan anjing.
HCoV-229E dan HCoV-NL63.

Betacoronavirus
Dapat menginfeksi manusia dan hewan mammalia seperti kelelawar, sapi, unta
dan rodensia.
HKU1, HCoV-OC43, SARS-CoV, MERS-CoV, SARS-CoV-2.

Deltacoronavirus
Ditemukan pada unggas dan babi, contohnya: spesies Bulbul CoV-HKU11.

Gammacoronavirus
Ditemukan pada unggas dan babi, contohnya: spesies Beluga whale CoV-SW1.
Sejumlah 25% virus penyebab common cold pada manusia disebabkan oleh
Coronavirus, diantaranya adalah strain HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-HKU1
dan HCoV-OC43
 SARS COV2
• Pertama kali ditemukan di Wuhan, provinsi Hubei China pada akhir tahun
2019
• Penyebab awal penularan virus ini ke manusia belum diketahui secara
pasti, namun diduga terjadi di pasar hewan di Wuhan
• COVID 19 adalah penyakit yang disebabkan oleh Coronavirus 2019, virus
yang menyebabkan penyakit COVID19 disebut SARS CoV 2
• Pada tanggal 30 Januari 2020, WHO mendeklarasi COVID-19 sebagai
PHEIC (Public Health Emergency of International Concern) dan pada
tanggal 11 Maret 2020 status tersebut meningkat menjadi pandemi
 SARS COV2

• Belum diketahui inang perantara yang pertama kali menularkan virus ini pada manusia.
• Beberapa penelitian menunjukkan dugaan hewan perantara penularan SARS-CoV-2 dari kelelawar ke
manusia melalui hewan ular atau terenggiling
DATA AKUMULASI COVID19 NASIONAL INDONESIA

Sumber : www.covid19.go.id pada 13 Februari 2021 pukul 17:22

 TRANSMISI SARS COV2
• Kontak langsung: jarak dekat (kurang dari 1 meter) melalui sekresi
droplet pernafasan, misalnya air liur.
• Penularan melalui udara (airborne transmission): Penyebaran melalui
udara dapat terjadi bila melakukan prosedur yang menimbulkan
aerosol,ruang yang tertutup dengan ventilasi yang buruk.
• Penularan melalui lingkungan (fomite transmission) : menyentuh
permukaan yang terkontaminasi lalu memindahkan ke hidung/mulut/mata.
Virus di lingkungan yang terkontaminasi dapat bertahan 2 jam sampai 9
hari. Lama virus bertahan di lingkungan bergantung dari jenis permukaan
materi.
• Kemungkinan lain: Beberapa penelitian menemukan SARS-CoV-2
terdeteksi di feses dan urin, namun belum dapat dipastikan bahwa SARS-
CoV-2 dapat menular melalui feses dan urin.
 GEJALA
Gejala Umum :
• Demam
• Batuk Kering
• Lesu

Gejala lain :
• Pegal
• Radang tenggorokan
• Diare
• Konjunctivitis
• Pusing
• Kehilangan kemampuan penciuman dan pengecap rasa

Gejala serius :
• Kesulitan bernafas / nafas pendek
• Sakit di bagian dada
WHO,2021
• Kehilangan kemampuan bergerak atau berbicara
 FAKTOR RISIKO

• Beberapa faktor risiko yang berhubungan dengan tingkat

keparahan penyakit COVID-19 di antaranya adalah:
• Usia
• Kondisi komorbid: diabetes, hipetensi, penyakit
kardiovaskular
• Immunodefisiensi
• Risiko pekerjaan (berhubungan langsung dengan pasien,
sampel pasien atau kerumunan massa)
• Kebiasaan merokok disinyalir dapat meningkatkan risiko
keparahan
 MUTASI
• Zoonotic diseases
• Sejak awal ditemukan SARS COV 2 telah banyak melakukan perubahan/mutasi
GAMBARAN PERKEMBANGAN INFEKSI SARS COV2
METODE DETEKSI SARS-COV-2
 DETEKSI MOLEKULER
• mendeteksi materi genetik atau asam nukleat virus.
• Metode : nucleic acid amplification tests (NAAT) misal PCR, TCM,
Isothermal
Kelebihan NAAT
• Sensitif dan spesifik
• Waktu pengerjaan relatif cepat
• Dapat mendeteksi virus sejak awal masa infeksi/inkubasi
Kelemahan NAAT
• Perlu tahapan persiapan sampel
• Kualitas spesimen sangat krusial
• Memerlukan fasilitas laboratorium minimal BSL-2
• Memerlukan staf yang sudah terlatih
 DETEKSI ANTIBODI
• Sampel deteksi cepat antibodi : serum atau darah (whole bloodantibodi IgG dan/atau
IgM.
• Metode : Rapid test Ab, Chemiluminescence Immunoassay (CLIA), ELISA, Netralisasi*

• Kelebihan penggunaan deteksi cepat antara lain :

• Waktu singkat 15-30 menit
• Cara pengerjaan mudah dan relatif murah
• Tidak memerlukan fasilitas laboratorium khusus

• Kelemahan metode ini antara lain :

• Sensitifitas dan spesifisitas metode ini bervariasi tergantung masing-masing kit
• Memiliki resiko reaksi silang dengan Coronavirus lain
• Memiliki resiko negatif palsu (false-negative) yang tinggi
• Memerlukan tenaga /teknisi terlatih untuk menganalisis/membaca hasil

* Memerlukan virus aktif sehingga harus dilakukan di fasilitas lab BSL3, staff terlatih dan terampil dan waktu
relatif lama
 DETEKSI ANTIGEN
• mendeteksi keberadaan protein virus (antigen) dalam sampel saluran pernapasan
seseorang.
• Biasanya dalam bentuk RDT Ag (Rapid Diagnostik Test Antigen)  prinsip
Lateralflow Immunokromatografi (umumnya bentuk kaset).
• Waktu pendeteksian cepat 10 – 30 menit

• Faktor yang mempengaruhi hasil RDT antigen :

• waktu mulai sakit
• konsentrasi virus dalam spesimen
• kualitas spesimen yang dikumpulkan dan prosesnya pemeriksaan
• formulasi yang tepat dari reagen di alat uji.

• Syarat Minimal WHO : sensitivitas ≥80% dan spesifisitas ≥97%

 PEMERIKSAAN COVID19
Tipe Target Penggunaan Metode Tempat

Deteksi Material genetik virus Mendeteksi infeksi aktif Mengamplifikasi Laboratorium dengan
molekuler SARS COV2 sebagian genom virus fasilitas minimum
agar dapat terdeteksi BSL2

Deteksi antigen Protein virus Mendeteksi infeksi aktif Mendeteksi Point of care
SARS COV2 keberadaan antigen
virus

Deteksi antibodi Antibodi yang Dapat melihat riwayat Mendeteksi Laboratorium atau
terbentuk di tubuh infeksi keberadaan antibody Point of care
pasien terhadap SARS COV 2
HAL-HAL YANG MENJADI PERTIMBANGAN
PEMILIHAN METODE

• Kondisi sebaran COVID di negara/ area tersebut

• Tujuan pemeriksaan

• Jumlah sampel yang akan diperiksa

• Jenis sampel harus sesuai dengan metode

• Waktu

• Fasilitas lab dan kapasitas SDM

• Logistik
Thank you
Terimakasih