Pelatihan Pemeriksaan COVID-19

Prinsip Good Laboratory Practice pada

Laboratorium Molekular

kindi adam
2 Maret 2021
 Topik hari ini:

1. Prinsip Bekerja di lab dengan baik (GLP)

2. Kontaminan dan Kontaminasi
3. Desain Laboratorium
4. Upaya menimialisir dan mendeteksi kontaminasi
5. Panduan GLP di Indonesia
 Tujuan

•Mendiskusikan elemen dari desain lab yang penting

untuk hasil amplifikasi asam nukleat yang
berkualitas
•Mendiskusikan praktik bekerja di laboratorium yang
baik (Good Laboratory Practices) untuk menghindari
kontaminasi di dalam lingkungan lab
•Mendiskusikan cara terbaik untuk meminimalkan
dan mendeteksi kontaminasi sampel dalam
pemeriksaan
 1. Prinsip bekerja di Lab dengan baik (GLP)

•Tes asam nukleat (DNA/RNA) dilakukan berbasis

amplifikasi berulang pada sebuah segmen pendek
sekuen DNA
•Setiap kali melakukan PCR akan menghasilkan
Milyaran copy DNA/RNA (amplikon)
•Amplikon ini akan memberikan hasil positif atau
negatif palsu dalam pemeriksaan PCR2
Good Laboratory Practices (GLP)
Apa itu GLP? mengapa GLP?

Prinsip-prinsip yang menjadi landasan dalam

pemeriksaan lab dengan tujuan meningkatkan
KUALITAS dan VALIDITAS data hasil pemeriksaan

TUJUAN UTAMA = membantu tenaga lab dan peneliti untuk

mendapatkan data:
– Reliable/ konsisten
– Repeatable/ dapat diulang
– Auditable/ dapat diaudit
– Dapat diperbandingkan dengan lab lain
 Good Laboratory Practices
• GLP mengurangi kemungkinan hasil FALSE NEGATIVES:
– Cth: harusnya positif tapi karena kualitas specimen rusak maka hasil menjadi
negatif

• GLP mengurangi resiko hasil pemeriksaan FALSE POSITIVES:

– Cth: kontaminasi silang antara sampel positif dengan sampel negatif

• GLP dapat meningkatkan standar pemeriksaan secara global

sehingga hasilnya dapat dianggap sama antara satu lab dengan
lab lain di seluruh dunia
 Dasar-Dasar GLP
1. SUMBERDAYA:
- Personnel, Facilities & Equipment

2 PERATURAN:
- Protocols, SOPs

3. HASIL:
- Raw data, reports, archives

4. JAMINAN MUTU:
- Audits/inspections, training, records
 PCR dan GLP: Dasar pertimbangan utama
Kelebihan PCR:
• sampel DNA yang sedikit  menghasilkan produk banyak
• sensitive dan spesifik
• dapat direplikasi dibanyak tempatif

NAMUN…....
- perlu perhatian ekstra untuk menghindari kontaminasi
extreme care is required to prevent contaminations
cth. - sample-to-sample,
- sisa amplicon dari PCR sebelumnya

- kontaminasi dari kultur sel.

 2. Kontaminan dan Kontaminasi

•Tes asam nukleat (DNA/RNA) dilakukan berbasis

amplifikasi berulang pada sebuah segmen pendek
sekuen DNA
•Setiap kali melakukan PCR akan menghasilkan
Milyaran copy DNA/RNA (amplikon)
•Amplikon ini akan memberikan hasil positif atau
negatif palsu dalam pemeriksaan PCR2
 Sumber kontaminasi

1. Penanganan spesimen, kontrol positif atau amplikon yang

tidak memadai
2. Aerosol
3. Kontaminan dari berbagai permukaan alat-alat lab
4. Reagensia dan bahan habis pakai
5. Personal lab
6. Kecelakaan kerja di lab

Jika terjadi kontaminasi, maka harus dilakukan dikontaminasi lab

molekuler yang berbiaya mahal, sulit dan memakan waktu. 
menghambat pemeriksaan di lab dan menimbulkan back log
 Pencegahan kontaminasi di dalam
laboratorium molekuler
1. Desain dan organisasi lab yang sesuai
2. Praktik kerja laboratorium yang baik
3. Mengikuti SOP kerja yang baik  manajemen
kualitas lab yang baik
 3. Desain Laboratorium Biologi Molekuler
Prinsip:
• Bahan habis pakai (consumables) dan area kerja di dalam
lab harus digunakan secara terpisah, terbagi atas:
1. Ruang preparasi reagen/clean room (preparasi master mix
PCR) – tekanan positif
2. Ruang ekstraksi dan penambahan sampel – tekanan negatif
3. Ruang amplifikaasi/post amplifikasi – tekanan negatif

• Dipisahkan dengan
• Pembatas ruang/tembok
• Pemisahan sisi ruang
• Alur kerja searah (bersih (less contaminant/amplicon) – kotor
(high contaminant/amplicon))
 Fasilitas Laboratorium: Bangunan

Lab PCR: setidaknya terbagi dalam tiga ruangan

- Idealnya, terpisah secara fisik dengan pintu

- Ruang set up PCR (pre-amplifikasi) SELALU terpisah dengan ruang

mesin PCR (ruang amplifikasi dan post PCR)

- Semua bahan dan alat yang digunakan di masing-masing ruangan

terpisah dan berbeda dan tidak dapat dipertukarkan.
Contoh Desain Laboratorium
Pembagian Ruang Dalam Lab Molekular
1. Ruang ekstraksi asam nukleat:

- Ruangan untuk melakukan ekstraksi DNA/RNA dan tidak pernah

digunakan untuk pemprosesan hasil PCR

- Pada ruangan ini dilakukan :

- Ekstraksi asam nukleat dari specimen klinis di dalam BSC II
- Memasukan sampel, control negative pada tube PCR MIX yang
sudah disiapkan dari clean room
- Semua specimen klinis harus langsung masuk ke ruangan ini dan tidak
boleh masuk kedalam ruangan PCR/post PCR
Biosafety
Cabinet
kelas II
2. Ruang Clean Room dan master mix room:

Semua peralatan hanya

boleh digunakan di
ruangan ini
2. Ruang clean room dan mastermix room:
• Untuk penyimpanan reagensia:
- Primers, probes, buffers, enzymes

• Ruangan harus bersih dari berbagai agen biologis (RNA, DNA, sampel.
Produk PCR, kultur )

- ruangan ini khusus untuk melakukan :

- Preparasi dan aliquot reagen (aliquot dilakukan untuk meminimalisir
kontaminasi dan freeze thaw)
- Preparasi reaction mix untuk PCR
Laminar Flow/
PCR Reagent
preparatrion
3. Ruang Amplifikasi DNA/RNA:

1. Ruangan mesin-mesin PCR dan analisis

2. Harus ada logbook penggunaan mesin
3. Program-program PCR tidak boleh diubah kecuali oleh orang
yang berwenang
4. Dianggap sebagai ruangan yang sangat terkontaminasi oleh
produk PCR/amplikon
 Workflow dalam Lab molekuler
Semua pekerjaan harus dilakukan secara = UNIDIRECTIONAL!!

2. Ruang Pre-amplification
1. Clean room
ekstraksi

 
3. Ruang 4. Analisis
amplifikasi hasil PCR
Post-amplification

- NEVER leave post-amplification room and go back to earlier rooms

- NEVER bring materials back to other rooms (including notebooks,

pens, USB)
 Laboratorium PCR dengan dua area kerja
(tidak direkomendasikan)
•Area 1
•Ruang preparasi reagen (laminar flow dengan
lampu UV)
•Ruang preparasi spesimen/ ekstraksi (BSC kelas II)
•PCR set up untuk preparasi sampel

•Area 2
• ruang amplifikasi dan analisis PCR
4. Upaya meminimalisir dan mendeteksi kontaminasi
 Best practices 1
1. Gunakan APD secara memadai dan tidak boleh digunakan
berpindah ruangan
a. Jas lab disposable
b. Penutup kepala
c. Shoe cover
d. Sarung tangan disposabel sesuai ukuran
e. Kaca mata pengaman
2. Gunakan sarung tangan disposable dan ganti sesering mungkin
3. Ganti jas lab jika berpindah area kerja
4. Bekerja secara uni-directional atau petugas yang berbeda-beda
tiap ruang
5. Semua reagensia harus dilabel dengan baik
6. Gunakan alas lantai yang sticky pada tiap pintu masuk ruang lab
untuk menyaring partikular pada bagian bawah alas kaki yang
digunakan
 Best practices 2
7. Gunakan mikropipet yang terkalibrasi dan tip aerosol barrier
8. Dekontaminasi area kerja pada saat memulai dan selesai
bekerja dengan menggunakan larutan 10% sodium
hipoklorit dan etanol 70%.
9. Jika BSC sudah tidak digunakan, lakukan penyinaran UV
setelah dekontaminasi selesai.
10. Sebagai tambahan larutan deaktivasi enzim seperti urasil-N-
glycosilase dapat digunakan untuk menghilangkan amplikon
yang tidak di inginkan
11. Lakukan dekontaminasi pipet, permukaan berbagai alat2
kerja, gagang pintu dan alat-alat lain setelah digunakan pada
hari tersebut
12. Lakukan uji swab pada berbagai alat di lingkungan lab untuk
mendeteksi kemungkinan kontaminan, secara berkala
Semua personal yang masuk atau bekerja di
dalam laboratorium molekuler harus dilatih,
termasuk petugas kebersihan dan petugas
maintenance
Saat persiapan reagen dan kontrol positif

1. Gunakan nuclease free water

2. Bekerja di dalam lingkungan lab BSL-2 atau BSL-
3 sesuai kebutuhan
3. Simpan semua reagen dalam beberapa aliquot
untuk meminimalisir kontaminasi dan freeze
thaw
4. Gunakan mix PCR yang sudah dialiqut dalam
working solution
 Saat penyiapan PCR
1. Siapkan kontrol negatif (water) setiap memasukkan 5-8 sampel
untuk mendeteksi carryover/cross contamination
2. Jika pada kontrol negatif memberikan hasil positive,
mengindikasikan adanya cross contamination  biasanya
berhubungan dengan pipeting
3. Tambahkan NTC (hanya PCR mix tanpa template)  jika positif,
maka diduga ada kontaminasi pada area preparasi reagen
a. Kontaminasi dari pipet dan reagen saat preparasi feagen
b. Kontaminasi pada permukaan area/alat kerja lab oleh template atau
amplikon
c. Adanya aerosol yang berasal dari pipeting, tube yang pecah dan bocor
d. Pembersihan/dekontaminasi yang tidak sempurna
e. Petugas lab yang tidak mengikuri SOP
f. Peyebab lain ...... ?
GLP di Indonesia
33
34
 References 

• Good Laboratory Practice. By European Chemical Industry Ecology and Toxicology

Centre (ECETOC), MonographNo. 1,Brussels October 1979. 
• Good Laboratory Practice. by G.E. Paget, MTP Press Limited, Lancaster 1979.
Diskusi
Terima kasih