BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Laboratorium adalah tempat riset ilmiah, eksperimen, pengukuran ataupun

pelatihan ilmiah dilakukan. Laboratorium biasanya dibuat untuk memungkinkan

dilakukannya kegiatan-kegiatan tersebut secara terkendali (Anonim, 2007).

Sementara menurut Emha (2002), laboratorium diartikan sebagai suatu tempat

untuk mengadakan percobaan, penyelidikan, dan sebagainya yang berhubungan

dengan ilmu fisika, kimia, dan biologi atau bidang ilmu lain.

Pengertian lain menurut Sukarso (2005), laboratorium ialah suatu tempat

dimana dilakukan kegiatan kerja untuk menghasilkan sesuatu. Tempat ini dapat

merupakan suatu ruangan tertutup, kamar, atau ruangan terbuka, misalnya kebun

dan lain-lain.

Sedangkan pengertian biologi molekuler adalah cabang ilmu yang

berkecimpung dalam biomolekul seperti DNA, RNA, dan protein.

Laboratorium biologi molekuler yaitu laboratorium yang digunakan untuk

pelaksanaan praktikum terkait biologi molekuler.

Laboratorium biologi molekuler mempunyai tugas melakukan kegiatan

penelitian untuk mendukung pelaksanaan tugas pokok dan fungsi dari biologi

molekuler. Dalam melakukan tugas tersebut, laboratorium biologi molekuler

mempunyai fungsi sebagai berikut:

1
 1. Melakukan analisis genotipe secara molekuler

2. Melakukan identifikasi, isolasi, kloning, dan karakterisasi gen

3. Melakukan konstruksi, transformasi dan studi ekspresi gen

4. Melakukan studi functional genomics

5. Melakukan deteksi produk rekayasa genetik secara molekuler

6. Memberikan pelatihan dan konsultasi teknik marka molekuler dan

transformasi genetic

1.2 Rumusan Masalah

Dalam pembuatan makalah ini, akan dibahas tentang materi-materi terkait

tugas yang diberikan diantaranya:

1. Ruangan Kerja Laboratorium Biologi Molekuler (Biomol)

2. Alur Kerja Pemeriksaan Biologi Molekuler

3. Bahan Pemeriksaan Biologi Molekuler

1.3 Tujuan Penulisan

Tujuan penulisan makalah ini adalah untuk memenuhi pemberian tugas

dari mata kuliah Biologi Molekuler (Biomol) yang telah diberi dan untuk

membahas materi-materi yang terdapat pada rumusan masalah makalah ini.

1.4 Manfaat Penulisan

Manfaat yang dapat diperoleh dari pembuatan makalah ini adalah

1. Agar kita dapat memahami tentang ruangan kerja laboratorium

2. Agar kita dapat memahami tentang alur kerja pemeriksaan

2
3. Agar kita dapat memahami tentang bahan pemeriksaan biologi

molekuler

3
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1 Ruangan Kerja Laboratorium Biologi Molekuler (Biomol)

Laboratorium biologi molekuler yaitu laboratorium yang digunakan untuk

pelaksanaan praktikum terkait biologi molekuler. Adapun persyaratan untuk

ruangan Laboratorium Biologi Molekuler adalah:

1. Ada pintu masuk dan keluar;

2. Bak cuci tangan stainless steel;

3. Rak pakaian kerja/jas laboratorium;

4. Ruang kerja mudah dibersihkan;

5. Ruangan kedap air;

6. Perabotan yang kokoh; dan

7. Jendela dilengkapi dengan saringan serangga & debu

8. Dilengkapi biological safety cabinet/bsc;

9. Harus cukup penerangan/ cahaya dalam laboratorium.

10. Lokasi laboratorium harus terpisah dari tempat/rumah penduduk;

11. Sistem pengawasan ventilasi dimana aliran udara hanya masuk ke

dalam laboratorium tanpa ada sirkulasi udara untuk keluar dari

laboratorium;

12. Dilengkapi alat pelindung mata dan obat cuci mata untuk petugas;

13. Membatasi lalu lintas orang dan alat ketika personel dan alat

laboratorium sedang bekerja;

4
 14. Dilengkapi pakaian pelindung untuk pekerja pada waktu bekerja;

15. Dilengkapi tanda biohazard.

Dalam rangka menjamin kualitas hasil pengujian, tata ruang laboratorium

dibuat sedemikian rupa agar kontaminasi dapat diminimalkan. Terdiri dari

1. Ruang Preparasi Reagen

2. Ruang Preparasi Spesimen

3. Ruang Amplifikasi dan Deteksi

4. Ruang Pendokumentasian

1. Ruang Preparasi Reagen

Ruangan ini dikhususkan untuk pencampuran bahan-bahan

untuk melakukan reaksi PCR dan Marker. Peralatan yang

ditempatkan di ruangan ini, meliputi: PCR Cabinet, Refrigerator

(master mix, primer, NTC, PTC ,DNA Ladder, Loading dye),

spindown, Mikropipet khusus, tip khusus, microtube, Jas

laboratorium dan sarung tangan.

2. Ruang Preparasi Spesimen

Ruangan ini digunakan untuk persiapan spesimen dan

pencampuran spesimen dengan master mix pada PCR tube.

Persiapan spesimen meliputi isolasi DNA atau RNA dari bahan sel,

serum, darah atau jaringan. Peralatan laboratorium standar yang

diperlukan di ruangan ini,di antaranya:Safety cabinet , refrigerate

microcentrifuge, Mikropipet, vorteks, spektrofotometer

5
 (kuantifikasi DNA), Waterbath, Jas laboratorium, Sarung tangan.

Ruangan ini harus tertutup untuk meminimalisir kerusakan

DNA/RNA yang disebabkan enzim DNAase dan RNAse.

3. Ruang Amplifikasi dan Deteksi

Ruang PCR dan Deteksi Langkah terakhir dalam prosedur

PCR berlangsung di Area 3. Apabila memungkinkan area disini

dibagi menjadi dua area untuk tempat dilakukan proses amplifikasi

dan tempat deteksi. Pada area ini sebaiknya dilengkapi dengan

peralatan sebagai berikut: Mesin PCR (Thermal Cycler),

microtube, Mikropipet dan tips, Jas laboratorium (berbeda dengan

jas lab ruang 1 dan 2), Sarung tangan baru, Perlengkapan

Elektroforesis dan sistem pendokumentasian, hotplate/ Microwave

oven

6
 RUANGAN LABORATORIUM BIOMOL

Layout Persyaratan Minimal Laboratorim PCR ( Viljoe, 2005)

7
 2.2 Alur Kerja Pemeriksaan Biologi Molekuler

Adapun alur pemeriksaal Biologi Molekuler (biomol) dimulai dengan

preparasi reagen, preparasi spesimen, dan proses amplifikasi dan deteksi serta

dokumentasi

Reagent Sample DARK

PCR Room
Preparation preparation ROOM
Room Room

Untuk isolasi 1. Proses

Untuk DNA/RNA yang Amplifikasi
pencampuran kemudian di Untuk
bahan-bahan kuantifikasi Dilakukan proses melihat hasil
untuk dengan pemeriksaan PCR, elektroforesis
melakukan spektrofotomet apabila hasil proses di agar Rose
reaksi PCR er untuk sebelumnya berupa
mencari DNA maka akan
langsung
konsentrasi
DNA/RNA direplikasi,
sedangkan apabila
hasil sebelumnya
berupa RNA maka
dtranskripsi dulu
menjadi DNA baru
kemudian
diperbanyak
menjadi DNA

2. Deteksi

Hasil Amplifikasi
DNA/RNA dibaca
dengan
menggunakan alat
Elektroforesis

8
 Polymerase Chain Reaction (PCR) adalah metode untuk amplifikasi

(perbanyakan) primer oligonukleotida diarahkan secara enzimatik urutan DNA

spesifik. Tehnik ini mampu memperbanyak sebuah urutan 105-106 kali lipat dari

jumlah nanogram DNA tamplet dalam latar belakang besar pada sequence yang

tidak relevan (misalnya dari total DNA genomic). Sebuah persyaratan untuk

memperbanyak urutan menggunakan PCR adalah memiliki pengetahuan, urutan

segmen unik yang mengapit DNA yang akan diamplifikasi, sehingga

oligonucleotides tertentu yang diperoleh. Hal ini tidak perlutahu apa-apa tentang

urutan intervening antara primer.

Produk PCR di amplifikasi dari tempat DNA menggunakan DNA

polymerase stabil-panas dan pengatur siklus termal otomatis untuk menempatkan

reaksi 30 atau lebih siklus denaturasi. Setelah amplifikasi PCR, produk ini

dipisahkan dengan elektroforesis gel poliakrilamida dan secara langsung

divisualisasikan setelah pewarnaan dengan bromids etidium

Prinsip kerja dari PCR membentuk cetakan DNA secara berulang kali

dengan menggunakan prosedur dan waktu tertentu. PCR menggunakan tehnik

amplifikasi (perbanyakan) secara spesifik pada suatu segmen DNA secara in vitro

dengan menggunakan DNA polymerase, cetakan, DNA genom, dan primer

oligonukleotida yang akan menempel pada segmen yang akan diamplifikasi.

Proses PCR ada tiga tahapan yaitu Denaturasi, Anneling dan Ekstansi.

PCR dapat digunakan untuk :

1. Amplifikasi urutan nukleotida

9
 2. Menentukan kondisi urutan nukleotida suatu DNA yang

mengalami mutasi

3. Bidang kedokteran pforensik

4. Melacak asal-usul seseorang dengan membandingkan

“finger print”

Tahapan pemeriksaan PCR (Polymerase Chain Reaktion)

1. Denaturasi

2. Penempelan Primer

3. Reaksi Polimerase (extension)

1. Denaturasi

Selama proses denaturasi, DNA untai ganda akan membuka

menjadi dua untai tunggal. Hal ini disebabkan karena suhu denaturasi yang

tinggi menyebabkan putusnya ikatan hidrogen diantara basa-basa yang

komplemen. Pada tahap ini, seluruh reaksi enzim tidak berjalan, misalnya

reaksi polimerisasi pada siklus yang sebelumnya. Denaturasi biasanya

dilakukan antara suhu 90 oC – 95 oC.

2. Penempelan Primer

Pada tahap penempelan primer (annealing), primer akan menuju

daerah yang spesifik yang komplemen dengan urutan primer. Pada

proses annealing ini, ikatan hidrogen akan terbentuk antara primer dengan

10
 urutan komplemen pada template. Proses ini biasanya dilakukan pada suhu

50 oC – 60 oC. Selanjutnya, DNA polymerase akan berikatan sehingga

ikatan hidrogen tersebut akan menjadi sangat kuat dan tidak akan putus

kembali apabila dilakukan reaksi polimerisasi selanjutnya, misalnya pada

72 oC.

3. Reaksi Polimerase (extension)

Umumnya, reaksi polimerisasi atau perpanjangan rantai ini, terjadi

pada suhu 72 oC. Primer yang telah menempel tadi akan mengalami

perpanjangan pada sisi 3’nya dengan penambahan dNTP yang komplemen

dengan templat oleh DNA polymerase

2.3 Bahan Pemeriksaan Biologi Molekuler

Sebelum melakukan PCR, komponen-komponen yang akan digunakan

perlu dipersiapkan diantaranya :

Sampel (DNA Template), larutan buffer stock, larutan Oligonukleotida

primer F/R, larutan enzim Taq DNA polymerase , larutan dNTP (dATP, dGTP,

dCTP dan dTTP) dan larutan buffer stock

1. DNA Tamplet

Fungsi DNA templat di dalam proses PCR adalah sebagai cetakan

untuk pembentukan molekul DNA baru yang sama. Templat DNA ini

11
 dapat berupa DNA kromosom, DNA plasmid ataupun fragmen DNA

apapun asal di dalam DNA templat tersebut mengandung fragmen DNA

target yang dituju. Penyiapan DNA templat untuk proses PCR dapat

dilakukan dengan menggunakan metode lisis sel ataupun dengan cara

melakukan isolasi DNA kromosom atau DNA plasmid dengan

menggunakan metode standar yang ada. Pemilihan metode yang

digunakan di dalam penyiapan DNA templat tergantung dari tujuan

eksperimen.

2. Larutan Oligonukleotida Primer

Keberhasilan suatu proses PCR sangat tergantung dari primer yang

digunakan. Di dalam proses PCR, primer berfungsi sebagai pembatas

fragmen DNA target yang akan diamplifikasi dan sekaligus menyediakan

gugus hidroksi (-OH) pada ujung 3’ yang diperlukan untuk proses

eksistensi DNA. Perancangan primer dapat dilakukan berdasarkan urutan

DNA yang telah diketahui ataupun dari urutan protein yang dituju. Data

urutan DNA atau protein bisa didapatkan dari database GenBank. Apabila

urutan DNA maupun urutan protein yang dituju belum diketahui maka

perancangan primer dapat didasarkan pada hasil analisis homologi dari

urutan DNA atau protein yang telah diketahui mempunyai hubungan

kekerabatan yang terdekat

3. Enzim Polimerase DNA

12
 Enzim polimerase DNA berfungsi sebagai katalisis untuk reaksi

polimerisasi DNA. Pada proses PCR enzim ini diperlukan untuk tahap

ekstensi DNA. Enzim polimerase DNA yang digunakan untuk proses PCR

diisolasi dari bakteri termofilik atau hipertermofilik oleh karena itu enzim

ini bersifat termostabil sampai temperatur 95ºC

4. dNTP

dNTPs merupakan suatu campuran yang terdiri atas dATP

(deoksiadenosin trifosfat), dTTP (deoksitimidin trifosfat) , dCTP

(deoksisitidin trifosfat) dan dGTP (deoksiguanosin trifosfat). Dalam proses

PCR dNTPs bertindak sebagai building block DNA yang diperlukan

dalam proses ekstensi DNA. dNTP akan menempel pada gugus –OH pada

ujung 3’ dari primer membentuk untai baru yang komplementer dengan

untai DNA templat. Konsentrasi optimal dNTPs untuk proses PCR harus

ditentukan.

13
 BAB III

PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Terdapat empat proses dalam melakukan pemeriksaan Biologi

Molekuler diantaranya adalah persiapan bahan, persiapan sampel, proses

amplifikasi dan deteksi, serta dokumentasi.

Dalam rangka menjamin kualitas hasil pengujian, tata ruang

laboratorium dibuat sedemikian rupa agar kontaminasi dapat

diminimalkan. Sehingga ada persyaratan minimal Laboratorium Biologi

Molekuler.

3.2 Saran

Sesuai dengan pembuatan makalah ini, maka kami selaku pembuat

makalah merasa bahwa makalah yang dibuat ini masih jauh dari kata

kesempurnaan karena kesempurnaan hanyalah milik tuhan. maka dari itu,

saya sangat mengharapkan adanya kritik, saran, maupun masukkan yang

membangun demi kesempurnaan makalah ini.

14
 DAFTAR PUSTAKA

Nurhayati, Beti. Darmawati, Sri. 2017, Biologi Sel dan Molukuler Bahan Ajar

Laboratorium Medik. Jakarta: BPPSDMK.

https://wanmustafa.wordpress.com/2011/06/12/pengertian-dan-fungsi-

laboratorium/

http://biogen.litbang.pertanian.go.id/index.php/profil/fasilitas/laboratorium-

biologi-molekuler/

https://mahmudin.wordpress.com/2010/08/31/polymerase-chain-reaction-lpcr/

15