Penggunaan Tes Cepat

Molekuler untuk Diagnosis

COVID-19
Dr. Anis Karuniawati, PhD., SpMK(K)
Departemen Mikrobiologi FKUI
 SARS CoV2
Whole genome sequencing analysis of 104 strains of the COVID-19 virus isolated from patients in different
locations with symptom onset December 2019 - mid-February 2020 showed 99.9% homology, without
significant mutation

Panjang genom 29,903 bases

• Pada 10 genome 2019-nCoV mempunyai kesamaan

• 88% dengan SARS-like coronaviruses, bat-SL-CoVZC45 and bat-SL-CoVZXC21 yang diisolasi pada
2018 di Zhoushan, eastern China,
• SARS-CoV (±79%) dan MERS-CoV (±50%).
www.thelancet.com Published online January 29, 2020 https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8 1
Report of the WHO-China Joint Mission on Coronavirus Disease 2019 (COVID-19),20-24 february2020
Development of viral load during Infection of SARSCoV- 2, clinical course and
positivity of rRT-PCR assays

Lippi et al.: Vulnerabilities in the diagnosis of COVID-19 Clin Chem Lab Med 2020; aop
 No. Jenis Spesimen Persentase
Positif
1 Cairan Bronchoalveolar lavage (BAL) 93%
% positif SARS-
2 Biopsi Fibrobronchoscope brush 46%
CoV-2 pada 3 Sputum 72%
berbagai jenis 4 Swab nasal 63%
spesimen, 5 Swab faring 32%
rRT-PCR 6 Feses 29%
7 Darah 1%
8 Urin 0%

Wang, W. et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Spesimens. JAMA. 2020.

Komponen
Sistem
GeneXpert

GeneXpert Systems: GeneXpert DX Software V4.7b atau lebih

  Metode Real Time RT-PCR untuk mendeteksi materi
genetik (RNA) virus SARS-CoV-2
Penggunaan
Xpert Xpress SARS-
CoV-2  Dikerjakan di lab dengan fasilitas dan tenaga
laboratorium yang berkualitas

 Spesimen: nasopharyngeal swab, (nasal, or mid-turbinate

swab, nasal wash/ aspirate specimens) yang diambil pada
fase akut infeksi

 Spesimen dimasukkan kedalam VTM

 Lama pemeriksaan: 45 menit

Specimen
  Cartridge yang berisi:
 Bead 1, bead 2, dan bead 3 (freeze dried)
KIT  Reagen lisis 1,5 mL
Xpert Xpress SARS-  Binding reagent 1,5 mL
CoV-2  Elution ragen 3,0 mL

 Pipet transfer sekali pakai

 CD: assay definition file (ADF) dan instruksi mengimport

ADF kedalan software GeneXpert

 Fyer: product insert

 Xpert Xpress SARS-CoV-2

Cartridge
GeneXpert

Penyimpanan 2-280C
Lid hanya dibuka bila uji sudah siap dilakukan
Jangan gunakan cartridge yang basah atau bocor
  self-contained, kontaminasi silang antar spesimen <<

Cartridge  Kontrol terdiri dari:

Xpert Xpress SARS-  Sample Processing Control (SPC):
CoV-2  Spesimen diproses dengan adekuat
 Monitor adanya inhibitor reaksi RT-PCR
 Memastikan bahwa kondisi reaksi RT-PCR (temperature dan waktu)
sesuai untuk reaksi amplifikasi
 Reagen RT-PCR berfungsi

 Probe Check Control (PCC):

 memastikan reagent rehydration
 Pengisian tabung untuk reaksi PCR
 Konfirmasi bahwa semua komponen terdapat dalam cartridge
 Monitor integritas probe dan stabilitas zat warna
Pengambilan
spesimen
swab
nasofaring
Prosedur
Pemeriksaan
Prosedur
Pemeriksaan
Prosedur
Pemeriksaan
Algoritme
Deteksi
 Hasil Tes N2 E SPC
SARS-CoV-2 POSITIVE + + +/-

SARS-CoV-2 POSITIVE + - +/-

Interpretasi
SARS-CoV-2 PRESUMPTIVE
Hasil POSITIVE
- + +/-

SARS-CoV-2 NEGATIVE - - +

INVALID - - -
  SARS-CoV-2 Presumptive positive

 INVALID: SPC negative menandakan spesimen tidak

diproses dengan sempurna, karena adanya inhibitor reaksi

Pengulangan
 ERROR: pemeriksaan dibatalkan (aborted), karena:
Test  PCR tube tidak terisi dengan baik
 Terdapat masalah reagent probe integrity
 Terlampauinya batas ekanan maksimum didalam cartridge

 NO RESULT: data yang dikumpulkan tidak cukup, misalnya

operator menghentikan running atau software terttutup
  Penggunaan pada spesimen lain belum pernah diuji
 Penggunaan pada swab nasal dan mid-turbinate “dianggap”
dapat digunakan hanya untuk pasien gejala spesifik COVID-19
 Hasil negative palsu: pengambilan dan penanganan spesimen
Keterbatasan tidak sesuai atau jumlah virus yang tidak adekuat
 Seperti halnya metode molekuler lain: bila terdapat mutasi
pada gen target
 Uji ini tidak dapat menyatakan bahwa tidak terdapat infeksi
oleh virus lain atau bakteri
 Limit of Detection (LoD) Xpress SARS-C0V-2 dibandingkan
AccuPlex SARS-CoV2 Reference material

Uji Kualitas
Limit of Detection (LoD) Xpress SARS-C0V-2 dibandingkan
Live SARS-CoV2
 Uji Kualitas

 Inclusivity
 In silico analysis, using 324 SARS-
CoV2 available in GISAID gene
database 100% match to all
sequences of E and N2
 Exclusivity
 E primer is not specific for SARS-
CoV2
  Pengaman mata (goggles)/pelindung wajah (face shield)
 Respirator (N95 atau FFP2)
Biosafety:
 Coverall
 Apron
APD untuk
 Sarung tangan tidak bertepung
Pengambilan
 Penutup kepala (cover head)
Spesimen
 Penutup sepatu (cover shoes)
 BSC Kelas II terkalibrasi Tidak memiliki BSC kelas II

 Masker N95
Biosafety:  Masker N95
 sarung tangan tidak  Sarung tangan tidak
bertepung bertepung
Pelaksanaan  Pengaman mata  Pengaman mata (goggles)
TCM (goggles) atau atau pelindung wajah (face
pelindung wajah (face shield)
shield)  Jas lab bukaan belakang
 Jas lab bukaan belakang  Penutup kepala (cover head)
 Penutup sepatu (cover shoes)
Terima kasih