Rapid multiplex PCR testing

for SarsCoV-2
Tonny Loho
Dep. Patologi Klinik
FKIK UKRIDA, Jakarta
SARS-CoV-2
• SARS-CoV-2 = Severe Acute Respiratory Syndrome Corona virus-2
• Nama resmi yg diberikan oleh WHO (World Health Organization) kepada
virus yg pertama kali di isolasi di Wuhan, China pada tahun 2020
• Nama penyakit – Covid 19 = Corona virus disease 2019
• Menyerang sistem pernapasan tetapi juga ternyata bisa menyerang organ
tubuh yg lain:
- Jantung
- hati
- ginjal
- sistem pembekuan darah
Gejala klinik
• Gejala tidak khas – batuk kering
• lemah
• demam
• diare
• sakit perut
• sesak napas – bila sudah berat
• Karena gejala klinik tidak khas – sulit membedakan dgn infeksi
pernapasan atau gastro intestinal yg lain – maka diperlukan
pemeriksaan laboratorium utk membantu diagnosis
Diagnosis laboratorium SarsCov-2
• Diagnosis laboratorium SarsCov-2 :
1. Deteksi virus SarsCov-2
1.1. Isolasi Virus
1.2. Deteksi antigen Virus – swab nasofaring, saliva/ludah
1.3. Deteksi asam nukleat virus:
1.3.1. isothermal amplification
1.3.2. polymerase chain reaction (PCR) :
1.3.2.1. single primer – hanya deteksi SarsCov-2
- biasa – ekstraksi RNA dan amplifikasi/perbanyakan terpisah
- cepat - ekstraksi RNA dan amplifikasi/perbanyakan dalam satu alat
1.3.2.2. multiple primers – multiplex – deteksi SarsCov-2
dan virus dan bakteri yg lain – Syndromic testing contoh: Bio Fire
Diagnosis of SarsCov-2
• Diagnosis SarsCov-2 :
2. Deteksi respons immun terhadap virus –
Immunoglobulin M (IgM), Immunoglobulin G (IgG)
2.1. lateral flow immunoassay/lateral flow assay/
point of care test (POCT)/rapid test/test strip
2.2. ELISA – enzyme linked immuno sorbent assay
2.3. CLIA – Chemi Luminescent Immuno Assay
Isolasi Virus
• Isolasi Virus :
- membutuhkan laboratorium dgn Biological Safety Level 3 atau 4
- biakan sel
- repot
- mahal
- tidak rutin dilakukan utk diagnosis
- kelebihan: dapat membuktikan apakah hasil PCR positif diikuti dgn
virus yg masih mampu bereplikasi atau tidak, masih menular/tidak
Deteksi Antigen virus
• Deteksi Antigen virus:
• bahan pemeriksaan: - swab nasofaring, dan orofaring
- saliva/ludah
• Sensitivitas:
- swab nasofaring/orofaring - rendah dibandingkan PCR
- saliva, belum ada data
Deteksi asam nukleat virus
Isothermal amplification:
• does not need nucleic acid denaturation by thermocycling
• targeting a unique region of the RdRp genome of SarsCov-2 RNA,
amplify it and detect it
• hasil didapat dalam waktu 13 menit
• Contoh: Abbott ID Now
• sensitivitas : lebih rendah dibandingkan dgn PCR
• Hanya mampu mendeteksi viral load yg tinggi
Polymerase chain reaction (PCR)
• Single primer/Primer tunggal:
- hanya deteksi SarsCov-2
- ordinary:
* ekstraksi RNA dan amplifikasi terpisah
* ekstraksi RNA : - manual – repot, kemungkinan salah, cukup besar
- alat otomatis, lebih mudah dijalankan, reagens
tertutup (closed system)
* amplifikasi : - banyak spesimen sekaligus
- reagens umumnya bersifat terbuka, bisa pilih
- penting diperhatikan: level deteksi reagens berapa
copies/mL, semakin rendah – semakin sensitif
- gen yang dideteksi
Polymerase chain reaction (PCR)
Single primer :
• rapid/cepat:
- alat ekstraksi RNA dan amplifikasi dalam satu instrument
- kelebihan: mudah dioperasikan, hasil keluar dalam waktu 1 – 1,5
jam
- kelemahan: hanya dapat memeriksa satu spesimen sekali jalan
- Indikasi: terutama utk hasil yg dibutuhkan cito
* pasien yg akan dioperasi cito
* pejabat negara yang membutuhkan hasil cito
Polymerase chain reaction (PCR)
Multiple primers – multiplex
• memiliki banyak primer utk sekaligus mendeteksi banyak virus dan bakteri yg
berpotensi menginfeksi saluran napas
• salah satunya Bio Fire dari Biomerieux
• BioFire RP 2.1, batas deteksi virus Covid 160 copies/mL
• Batas deteksi virus Covid :
* Cepheid GenXpert, 250 copies/mL (Basu et al, 2020)
* Roche Cobas Covid, 150 copies/mL (Basu et al, 2020)
* Roche Cobas 6800 Covid Sars-Cov2, 689.3 copies/mL (Pfefferle, et al 2020)
* A*star fortitude 2.0, 1000 copies/mL (https://www.biovendor.com)
Evaluasi BioFire 2.1 dibandingkan alat PCR yg lain
• Creager HM, Cabrera B, Schnaubelt A, Cox JL, Cushma-Vokoun AM,
Shakir SM, et al. Clinical evaluation of the BioFire Respiratory Panel
2.2 and detection of SARS-CoV-2. J Clin Virol 129 (2020) 104538.
• Dibandingkan dgn:
- NECoV19
- Roche Cobas
- Cepheid Xpert Xpress
- Hologic Aptima
- BioFire Defense COVID-19 TEST
- Abbott ID NOW
• BioFire 2.1 lebih baik dari Abbott ID NOW dan hampir sama baiknya
dgn alat PCR yg lain
Panel repiratory 2.1. Bio fire
• Virus yg dideteksi dan bakteri yang dideteksi:
• Adenovirus - Parainfluenza virus 2
• Coronavirus 229E - Parainfluenza virus 3
• Coronavirus HKU1 - Parainfluenza virus 4
• Coronavirus NL63 - Respiratory Syntitial Virus
• Coronavirus OC43
• Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-Cov-2)
• Human Metapneumovirus
• Human Rhinovirus/Enterovirus - Bordetella parapertussis
• Influenza A - Bordetella pertussis
• Influenza B - Chlamydia pneumoniae
• Parainfluenza virus 1 - Mycoplasma pneumoniae
Syndrome
• A syndrome is a set of medical signs and symptoms which are
correlated with each other and often associated with a
particular disease or disorder.

• BIOFIRE® RESPIRATORY PANEL 2.1 is a syndromic rapid test

that includes the detection of SARS-CoV-2. The BIOFIRE
RP2.1 detects 21 additional respiratory pathogens to help
clinicians quickly rule out other common causes of respiratory
illness in about 45 minutes.
• Learn More about BIOFIRE RP2.
Syndromic testing

• Syndromic testing is the process of using one test to

simultaneously target multiple pathogens with overlapping signs
and symptoms.
• The syndromic approach represents a new line of attack
against infectious diseases by using a single test for all the
microorganisms most commonly responsible for an infectious
disease.
Syndromic testing
• Mengapa perlu syndromic testing ?
• Gejala klinik infeksi saluran napas karena virus – tumpang tindih shg
sulit dibedakan hanya dari gejala kliniknya saja
• Untuk diagnosis yg tepat, dibutuhkan pemeriksaan lab yg mampu
membedakan semua virus dan bakteri yg potensial menjadi penyebab
infeksi
• Bila dilakukan pemeriksaan satu per satu maka dibutuhkan waktu yg
lama utk bisa menemukan penyebab/etiologi definitive
• Lebih efisien utk memeriksa semua penyebab sekaligus
• Semua primer patogen potensial, sudah tersedia dalam satu cartridge
Manfaat syndromic testing
• Diagnosis etiologi cepat diketahui
• Shg penata laksanaan yg tepat dapat segera dilakukan perlu antibiotic atau
tidak (pada infeksi virus)
• Bisa mendeteksi SarsCov-2 dalam waktu 1 jam shg kebutuhan kamar
isolasi dpt ditentukan dgn cepat
• Shg membantu dalam :
- antimicrobial stewardship
- pengendalian infeksi di rumah sakit
- efisiensi penggunaan alat pelindung diri
- efisiensi biaya
Ringkasan
• Ketika pasien datang ke IGD RS, dengan dugaan Covid19, dibutuhkan diagnosis yg
cepat dan tepat
• Untuk itu diperlukan Syndromic testing yang mencakup SarsCov-2
• Salah satu pilihan adalah Bio Fire Respiratory Panel 2.1
• Hasil keluar dalam waktu 1 jam shg:
- penatalaksanaan pasien lebih cepat dan tepat
- menentukan kebutuhan kamar isolasi dgn cepat/membantu pengendalian
infeksi di RS
- mengurangi penggunaan antimikroba yang tidak perlu
- penggunaan APD (alat pelindung diri) lebih efisien
- contact tracing (pelacakan kontak) dan karantina mandiri lebih cepat dan
tepat – pemutusan rantai infeksi lebih cepat