BIOKIM

IA I
Dr. Emmy Yuanita, M.Si
Baiq Nila Sari Ningsih, M.Sc
 Rule of This Class

 Biokimia I, 3 SKS ( 2 Pertemuan di Kelas, 1 Praktikum)

 Total Pertemuan : 14 + 2
 Ujian Final : 2 kali (UTS dan UAS)
Minimum Absensi 75%
 CONTENTS:
• Asam amino
• Peptida dan Protein UTS
• DNA, RNA, dan Biosintesis Protein
• Enzim, Kinetika Michelish-Manten, Inhibisi
Enzim U
• Isolasi, Pemurnian, dan Karakterisasi Enzim A
• Hormon, Virus Regulasi Enzim, dan Integrasi
Topik Biokimia S
BIOKIMIA
• Biokimia adalah ilmu yang mempelajari struktur, organisasi,
dan fungsi materi hidup pada tingkat molekul.
• Biokimiawan mempertanyakan:
• Bagaimana struktur kimia dari materi hidup?
• Bagaimana interaksi dari materi hidup sehingga dapat membentuk
supramolekul, sel, jaringan multisel dan organisma?
• Bagaimana materi hidup dapat mengambil energi dari lingkungan?
• Bagaimana organisma dapat menyimpan dan meneruskan informasi
yang diperlukan untuk pertumbuhan dan reproduksi?
• Perubahan kimia apa yang menyertai reproduksi, penuaan, kematian
sel atau organisma?
• Bagaimana reaksi kimia dikendalikan di dalam sel?
Pembagian kajian biokimia

Struktur &
Fungsi Biomolekul

Informasi
Metabolisme
Genetika
Biokimia sebagai interdisiplin ilmu
Kedokteran
Nutrisi
Kimia organik

Genetik Biokimia Mikrobiologi

Biofisik Fisiologi
Biologi sel
Biokimia sebagai disiplin ilmu mandiri

Biokimia membatasi kajian pada:

• Struktur biomolekul dan reaksi yang dijalaninya.
• Enzim dan mekanisme biokatalisis.
• Elusidasi jalur metabolisme dan pengendaliannya.
• Prinsip dari proses-proses kehidupan yang dapat
difahami melalui hukum-hukum kimia.
Biokimia sebagai ilmu kimia

Untuk memahami peran biokimia pada biologi, maka

diperlukan pemahaman mengenai:
• Unsur-unsur kimia penyusun biomolekul,
• Struktur dan fungsi dari ratusan senyawa biomolekul,
• Peran biomolekul dalam reaksi metabolisme termasuk
stoikiometri dan mekanisme reaksinya.
Manfaat pengetahuan biokimia dalam desain obat-
obatan
Obat
leukemia

Obat HIV

Obat
asma
Lima transformasi kimia yang berlangsung di
dalam sel

• Transfer gugus fungsi

• Oksidasi-reduksi
• Penataan ulang
• Pemotongan
• Kondensasi
Transfer gugus fungsi
Oksidasi-reduksi
Penataan ulang
Pemotongan
Kondensasi
 Asam Amino
• Asam amino adalah senyawa yang memiliki
gugus fungsional karboksil (-COOH), amina
(biasanya -NH2) serta rantai samping (Alkil, R).
Adanya rantai samping ini yang menjadi
pembeda antara asam amino satu dengan asam
amino lainnya
asam amino bersifat amfoterik

cenderung menjadi asam pada larutan basa dan menjadi basa

pada larutan asam. Perilaku ini terjadi karena asam amino
mampu menjadi zwitter-ion
Sifat optik asam amino
• C asam amino adalah pusat kiral
karena semua asam amino, kecuali
glisin, memiliki C asimetrik yang
terikat pada empat gugus yang
berbeda:
• Gugus karboksilat
• Gugus amino
• Gugus R
• Atom hidrogen

• Empat gugus di atas terikat pada C

dengan dua susunan ruang yang
berbeda (enantiomer).  asam
amino merupakan senyawa optik
aktif.
Sifat optik asam amino
Stereokimia asam amino
 Klasifikasi asam amino
• Non Polar, antara lain : Glisina (Gly, G), Alanina (Ala, A),Valina (Val, V),
Leusina (Leu, L), Isoleusina (Ile, I ), dan Metionina (Met, M). Struktur
ditunjukkan Gambar berikut ini
O
O
O H2N CH C OH
H2N CH C OH
H2N CH C OH CH CH3
CH CH3
CH3 CH2
Ala CH3
CH3 Ile
Val
O O

H2N CH C OH H2N CH C OH
O
CH2 CH2
H2N CH C OH
CH CH3 CH2
H
Gly CH3 S

Leu CH3
Met
 Klasifikasi Asam amino
• Polar, antara lain : Serina (Ser, S), Treonina (Thr, T), Asparagina (Asn, N),
Glutamina (Gln, Q), dan Sisteina (Cys, C).
O
O O
H2N CH C OH
H2N CH C OH H2N CH C OH
CH2
CH2 CH2
C O
SH CH2
NH2
Cys C O
Asn
NH2
O O Gln

H2N CH C OH H2N CH C OH

CH2 CH OH

OH CH3

Ser Thr
 Klasifikasi asam amino
• Asam, antara lain : Asam aspartat (Asp, D), Asam glutamat (Glu, E),
Fenilalanina (Phe, F), Tirosina (Tyr, Y), Triptofan (Trp, W)
O O

H2N CH C OH H2N CH C OH

CH2 CH2
O

H2N CH C OH

HN CH2
Phe
Trp
O
O
H2N CH C OH
H2N CH C OH
CH2 OH
CH2
CH2 Tyr
C O
C O
OH
OH
Asp
Glu
 Klasifikasi Asam amino
• Bersifat basa, antara lain : Lisina (Lys, K), Arginina (Arg, R),
Histidina (His, H), Prolina (Pro, P)

O
O
O
H 2N CH C OH O
H2N CH C OH
H2N CH C OH
CH2 C OH
CH2
CH2
CH2
CH2
CH2 HN
CH2 N
CH2
NH NH
NH2 Pro His
C NH
Lys
NH2

Arg
Tes Ninhidrin: Reaksi uji asam amino

• Ninhydrin, (Triketohydrindane hydrate) adalah

pereaksi yang digunakan untuk mendeteksi amonia
atau amina primer dan sekunder.

• Bila bereaksi dengan gugus amina bebas akan

memberikan warna biru/ungu.
ninhidrin
• Ninhidrin biasanya digunakan untuk mendeteksi
sidik jari, karena amina yang tersisa dari peptida
atau protein (amina terminal atau lisin) akan
bereaksi dengan ninhydrin.

• Semua asam amino memberi uji positif, kecuali

prolin.
Mekanisme reaksi test ninhydrin
Uji kualitatif asam amino

Asam Nama reaksi Reagen Warna

amino
Arg Reaksi -naptanol dan merah
Sakaguchi natrium hipoklorit
Cys Reaksi Natrium merah
Nitroprusida nitroprusida dalam
NH3 encer
Tyr Reaksi Millon HgNO3 dalam merah
HNO3
Aminoacid analyzer
 Metode fluoresensi untuk analisis asam amino

orto -phthalaldehyde (OPA; λ ex .: 245 nm; λ em .: 395 nm), 6-

aminoquinolyl- N – hidroksisuksinil imida (AQC; λ ex .: 245 nm;
λ em .: 395 nm), 4-fluoro-7-nitrobenzofurazane (NBD-F; λ ex .: 470
nm; λ em .: 530 nm), 9-fluorenylmethyl kloroformat (FMOC; λ ex .:
340 atau 350 nm; λ em .: 450 nm), dan fluorescein-4-cyanate (FITC;
λ ex .: 390 nm; λ em.: 520nm)
Tugas

• Buatlah daftar kelompok makanan yang

mengandung protein dan tentukan jenis
asam amino penyusun utama
• Buatlah daftar kelompok bahan pangan yang
mengandung asam amino essensial
Titrasi asam amino
Titrasi asam amino
Titrasi asam amino

Cincin imidazole His memiliki

pKa 6,0. Bila His bergabung
ke dalam protein pKa naik
menjadi 6,5 – 7,5 (mendekati
pH fisiologis). Oleh karena itu,
His seringkali berperan dalam
reaksi enzimatis yang
melibatkan transfer proton.
NOTE

•pH larutan < pKa (lingkungan pH asam)

Asam amino akan menerima H+ (mengalami protonasi).
Gugus asam amino yang dapat menerima proton akan bermuatan +1

•pH larutan > pKa (lingkungan pH basa)

Asam amino akan melepas H+ (mengalami deprotonasi).
Gugus asam amino yang dapat melepas proton akan bermuatan –1
Contoh soal
• 1. Glisin mempunyai pKa pada gugus α-asam karboksilat 2,3 dan pKa
pada gugus α-amin = 9,6. Atom C yang berikatan langsung dengan
gugus karboksilat disebut atom C alpa (α). Tentukan nilai PI dan gugus
fungsi yang bermuatan pada pH 3 adalah

• 2. Asam glutamat mempunyai pKa berturut-turut 2,1 (gugus α-asam

karboksilat); 4,1 (gugus asam karboksilat sebagai rantai samping); 9,5
(gugus α-amin). Tentukan nilai PI
TERI MA KASI H