Archive For: H5N1

Mengenal Virus Influensa

APRIL 23, 2009

BIOHEALTH, BIOTECHNOLOGY

1 COMMENT

Flu merupakan penyakit pernafasan yang disebabkan oleh virus yang biasa disebut virus influensa. Virus adalah parasit berukuran mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Virus hanya dapat bereproduksi di dalam material hidup dengan menginvasi dan memanfaatkan sel makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan selular untuk bereproduksi sendiri. Ada 3 bentuk virus, virus A, B, dan C. Tipe A dan B adalah virus yang menyerang manusia. Sementara virus tipe C jarang menyerang manusia. Virus influensa tipe A memiliki beberapa subtipe yang ditandai adanya Hemagglutinin (H) dan Neuramidase (N).

Gambar 1. Struktur virus influensa A Strain virus dikarakterisasikan berdasarkan dua macam protein yang terdapat pada permukaan virus. Dua macam protein tersebut adalah Neuraminidase dan Hemagglutinin. Kedua protein ini terdapat di permukaan virus layaknya paku-paku yang menancap. Dan kira-kira 80% nya adalah hemagglutinin, protein trimerik yang berfungsi dalam proses penyerangan virus ke sell tuan rumah. Sedangkan 20 %-nya terdiri dari neuraminidase, yang diperkirakan terlibat dalam pelepasan partikel virus baru dari cell host. Bagian dalam sell mengandung RNA yang merupakan kode genetik untuk proses replikasi. Pada virus influensa, terdapat 15 subtipe hemagglutinin yang berbeda dan 9 subtipe neuraminidase. Untuk setiap perbedaan tipe akan menghasilkan virus dengan strain yang berbeda juga. Sebagai contoh virus flu burung, AH5N1. A untuk tipe virus influensa jenis A, hemagglutinin tipe 5, dan neuraminidase tipe 1. Dan virus ini akan terus bermutasi menghasilkan virus-virus baru yang lain dengan virus asalnya. Misalnya virus H9N14, H9N2, H1N1, dan strain-strain lainnya. Diketahui bahwa yang paling mematikan adalah strain virus H5 dan H7 yang dapat menimbulkan kematian yang luas pada hewan ternak.

Gambar 2. Perkembangan mutasi virus influensa Virus influensa yang menyerang unggas disebut virus Avian Influensa (AI). Awalnya virus ini hanya menular antar unggas. Namun kemudian diketahui bahwa virus ini mampu menyerang hewan lainnya seperti babi dan sapi. Kebanyakan strain virus tidak dapat berpindah dari hewan kepada manusia, namun virus yang telah bermutasi dan menyerang manusia dapat menular ke manusia lainnya, hal ini dapat menyebabkan pendemik flu yang luas. Virus flu burung yang kemarin sempat membuat heboh adalah subtipe H5N1 yang memiliki waktu inkubasi selama 3-5 hari. Virus Flu dapat menyebar melalui udara, berbagi alat makan dan minum, atau kontak langsung dengan penderita. Intinya virus flu sangat mudah menyebar dan menular. Virus yang menempel di kulit dapat masuk ke dalam tubuh saat menyentuh atau menggaruk hidung dan mulut. Mencuci tangan sangat penting guna membatasi penyebaran virus. Gejala akan terasa pada satu sampai empat hari setelah infeksi.

Gambar 3. Infeksi virus masuk melalui hidung

Biologi molekuler dari virus influenza sangat kompleks dan full mekanisme-nya masih belum jelas seluruhnya. Meski begitu, para ahli sudah menyadari bahwa vaksin anti influenza yang efektif tidak akan dapat dikembangkan karena proses mutasi sang virus yang sangat cepat. Sekali vaksin telah berhasil diciptakan untuk satu jenis virus, virus tersebut dengan cepat akan bermutasi dan menjadi resistan. Vaksin terus diproduksi untuk virus-virus A dan B yang telah diketahui, meskipun strain baru dari virus tersebut masih bisa menginfeksi orang-orang yang telah di beri vaksinasi. Inilah mengapa virus influensa seringkali menjadi wabah pendemik yang luas. Banyak sudah usaha membuat obat dan antivirus influensa telah dilakukan. Namun tidak ada satu obat/antivirus-pun yang mampu untuk menghancurkan semua jenis strain virus. Pembuatan antivirus harus terus dilakukan seiring dengan munculnya virus influensa dengan strain-strain baru.

New Emerging Diseases: Corona Virus/Avian Influenza, SARS

Catatan Kuliah HSC 08 New Emerging Diseases: Corona Virus/Avian Influenza, SARS dr. Titik Nuryastuti, M.Si., Ph.D. oleh : yuandani saputra The emerging virus The emerging virus adalah virus yang sedang dalam proses beradaptasi dengan host baru dan sebaliknya. Virus dikatakan sebagai virus yang baru muncul jika : Penampilan baru dalam populasi -> sebelumnya belum ada Berkembang pesat pada berbagai inang (host) dengan sebuah peningkatan yang bersamaan dengan penyakit yangterdeteksi-> sebelumnya sudah ada tapi yang baru ini berkembang ke host baru Virus yang baru muncul pada awalnya cenderung sangat virulen. Contoh dari virus yang muncul adalah virusMyxoma (Rabbitpox), Influenza dan Coronaviruses yang terus muncul. Mengapa bisa muncul virus baru? Virus baru dapat muncul akibat adanya proses evolusi yang terjadi. Ada beberapa kekuatan selektif yang mendorong evolusi virus yaitu : 1. Virus merupakan bentuk kehidupan paling sukses di planet ini 2. Meskipun hanya memiliki seperangkat minimal gen, virus menampilkan keragaman yang spektakuler 3. Sumber keragaman ini adalah adanya proses mutasi, rekombinasi dan seleksi 4. Kekuatan selektif bekerja pada virus yang ditentukan oleh lingkungan atau desakan dari genom virus dan siklus hidupnya Proses replikasi virus sangat rentan menghasilkan genom mutan terutama pada virus dengan genom RNA.Kemungkinan untuk terjadinya variasi dalam genom virus amat besar. Untuk sebuah genom RNA dapat terjadi 10000mutasi. Berikut adalah perbedaan antara virus RNA dan DNA dalam hal replikasi. Virus RNA Disalin dengan sangat kurang teliti dan murni Tingkat kesalahan tinggi dari 1x104 sampai 1x105 Keragaman dalam 1 hingga 10 genom Virus DNA Tingkat kesalahan rendah selama replikasi genom Memiliki DNA polimerase yang mengoreksi kesalahan DNA virus yang membentuk infeksi laten tidak melakukan replikasi genom mereka secara luas sehingga keragamanberkurang Penghapusan/delesi, rekombinasi dan reassortment/penyortiran kembali menambah jumlah mutasi yang terjadi pada virus. Evolusi virus terus terjadi tanpa henti dan mutan baru akan selalu muncul dengan kemungkinankemungkinan secara harfiah yang tak terbayangkan. Pertukaran Informasi Virus Rekombinasi -> terjadi ketika polimerase mengganti template (pemilihan salinan) selama replikasi (virus RNA) atau ketika potongan asam nukleat diputus dan digabung kembali (ds virus DNA). Reassortment -> Pertukaran informasi genetik di antara segmen-segmen/potonganpotongan genom ketika sel-seldi-koinfeksi dengan virus RNA tersegmentasi (orthomyxoviruses dan reoviruses). Mekanisme lain -> Penyisipan (insersi) asam nukleat nonviral ke dalam genom virus (urutan rekombinasiindependen).

Hasil Dari Reassortment Genetik Virus Antigenic shift / pergeseran antigenetik -> Reassortment/pertukaran segmen antara virus manusia dan virus non manusia atau antar strain virus dalam sebuah sel inang non-manusia. Perubahan yang terjadi biasanya besar dan terbentuk subtype baru. Antigenic shift dapat menyebabkan pandemic. Antigenic drift / penyimpangan antigenetik terjadi karena kesalahan dalam replikasi dan kurangnya mekanisme perbaikan untuk memperbaiki kesalahan. Perubahan yang terjadi biasanya minor dan memiliki subtype yang sama. Mutasi yang terjadi biasanya adalah mutasi titik pada gen. Antigenic drift mengakibatkan akumulasi mutasi yang memudahkan evasi / penghindaran dari sistem kekebalan inang. Antigenic drift dapat menyebabkan epidemic. Mengapa virus memilih host manusia? Virus baru dapat sampai ke manusia dan menjadikan manusia sebagai host terjadi akibat manusia yang terus menyediakan cara-cara baru untuk bertemu dengan virus.

Flu Burung (Avian Influenza) H5N1 pada Manusia Semua aspek Influenza A berkonspirasi untuk terus memunculkan sebuah virus. Genomnya tersusun atas 8segmen dari untaian RNA yang memiliki tingkat kesalahan yang tinggi -> tingginya tingkat mutasi-> penyimpangan genetik. Setiap segmen sangat memungkinkan untuk mengalami rekombinasi skala besar akibat pergeseran genetik. Secara ekologi, reservoir influenza virus A adalah unggas air yang bermigrasi. Host alternatifnya adalah hampirsemua mamalia sehingga mustahil untuk memberantasnya. Secara antropologi, penyebaran ke manusia terjadi akibatpadatnya penduduk dan budaya agraris di Cina Tenggara sehingga menyediakan lingkungan yang ideal untuk pertukaranvarian virus antarainang (host). Teknologi juga berpengaruh pada penyebaran virus. Mobilitas tinggi dari penyebaranmanusia pascaabad ke-18 memastikan penyebaran yang efisien dan cepat dari varian virus baru ini. Orthomyxoviruses Dalam bahasa Yunani, kata 'ortho' berarti air berlebih (excess water) dan 'myxa' adalah lendir (mucus) sehingga orthomyxovirus dapat diartikan sebagai virus yang menyebabkan keluarnya banyak lendir. Orthomyxovirus menyelubungi virion yang mengandung ss RNA (-) tidak tersegmentasi. Ada tiga tipe orthomyxovirus yaitu : Tipe A ditemukan pada babi, burung, kuda dan manusia Tipe B dan C diyakini inangnya (host) hanya manusia Terdapat 3 subfamili yang penting secara klinis yaitu: Influenza A Sebagian besar influenza A adalah patogen bagi manusia dan menjadi penyebab utama terjadinya pandemi danepidemi. Ada 15 serotipe hemaglutinin (H) yang diketahui d an 9 serotipe neuraminidase (N) yang diketahui, misalnya: H5N1 atau flu burung. Influenza B Influenza B tidak menyebabkan sebuah infeksi yang berat. Influenza B ini bukan serotipe yang dapat dibedakan Influenza C Secara serologis influenza C berbeda dengan tipe A dan B Karakteristik Virus Influenza berantai tunggal, virus RNA berbentuk spiral (ssRNA) memiliki 8 segmen dengan 1 gen per segmen keluarga Orthomyxoviridae

ketiga tipe terjadi pada manusia, meskipun hanya influenza A dan B yang menyebabkan penyakit epidemi Infektivitas tinggi Tingkat serangan 10%-20% Infeksi subklinis umum Sangat tidak stabil Acak (Sloppy) Campur-aduk (Promiscuous) Struktur Virus Influenza Virus influenza dinamai sesuai dengan tipe protein permukaannya. a. Hemagglutinin -> untuk membantu virus masuk ke sel Pada influenza tipe A, hemaglutinin memiliki sekitar 20 subtipe berbeda b. Neuraminidase -> untuk membantu virus keluar sel Pada influenza tipe A, neuraminidase memiliki sekitar 9 subtipe berbeda

Virus influenza yang saat ini menginfeksi manusia: H1N1 (swine flu), H1N2, H3N2, H5N1 (avian influenza) dsb. Virus Flu Burung (Avian influenza): H5N1 Virus H5N1 ditularkan dari burung ke manusia dengan tidak ada bukti transmisi manusia ke manusia. Saat ini obat antivirus yang dipakai yaitu Tamiflu. Obat ini merupakan sebuah inhibitor neuraminidase yang mencegah virus keluar sel sehingga replikasi virus terhambat. Bagaimana kemunculan H5N1? Virus H5N1 muncul akibat antigenic shift dan antigenic drift yang berkaitan dengan reassortment genom dalam inang (host) perantara dan kesalahan replikasi. Awalnya virus influenza H5 nonpatogenik ada pada unggas liar yang menyebar ke unggas dan angsa ternak lalu ke ayam ternak. Virus H5 menjadi sangat patogen akibat rawannya kesalahan replikasi virus RNA terjadi pada ayam yang kemudian ditularkan ke angsa dan bebek ternak. Virus H5 yang sangat patogenik menyortir kembali genomnya dari virus-virus influenza lainnya dalam burung akuatik lalu menyebar ke peternakan, manusia, dan adakalanya ke babi.

Bagaimana flu burung mengembangkan kemampuan untuk menyebar dari manusia ke manusia? Mutasi genetik langsung dari flu Spanyol/ Spanish flu Pencampuran genetik pada hewan (atau manusia) yang terinfeksi baik dengan flu manusia maupun unggas Patogenesis flu burung Flu burung menjadi penyebab penyakit pada semua kelompok umur yang ditularkan melalui aerosol. Masa inkubasi rata-rata adalah 2 hari dengan gejala muncul tiba-tiba, demam, mengigil, mialgia dan komplikasi termasuk pneumonia bakteri sekunder, pneumonia virus jarang, miokarditis, dan ensefalitis. Pilihan Treatment dan Pencegahan Influenza Adamantanes Adamantanes mengganggu proses uncoating virus di dalam sel. Obat ini efektif hanya terhadap influenza A. Adamantanes berkaitan dengan munculnya varian yang resistan terhadap obat. Beberapa kemungkinan efek samping yang tidak diinginkan juga muncul. Obat yang termasuk dalam adamantanes adalah Rimantadine dan amantadine Inhibitor Neuraminidase Inhibitor neuraminidase mengganggu pelepasan keturunan/progeni dari virus influenza dari sel inang yang terinfeksidan mencegah penyebaran infeksi di saluran pernapasan. Obat golongan ini efektif terhadap influenza A dan Bdengan kemungkinan lebih kecil untuk menyebabkan resistensi obat dan sedikit toksisitas. Obat ang termasuk inhibitor neuraminidase adalah Zanamivir dan Oseltamivir Epidemi dan Pandemi Virus Influenza A Epidemi seluruh dunia terjadi sekitar setiap 1-3 tahun Pandemi seluruh dunia sejak 1900 1918 -> H1N1 (flu Spanyol) 1957 -> H2N2 (flu Asia)

1968 -> H3N2 (flu Hong Kong) Beberapa wabah influenza pernah mencapai proporsi pandemi 1976 -> H1N1 (ketakutan akan flu babi) 1977 -> H1N1 (ketakutan akan flu Rusia) 1997 -> H5N1 (ketakutan akan flu burung) Bagaimana Penyebaran Flu? Periode infektivitas virus influenza adalah 1 hari sebelumnya dan 14 hari sesudahnya. Virus ini dapat ditransmisikan dalam 3 cara utama: 1. transmisi kontak langsung (ciuman) maupun tak langsung (berbagi) 2. transmisi dengan droplet (paling sering) yaitu melalui batuk, bersin, dan berbicara. Tempat entri virus melalui membaran mukosa. Virus dapat tetap aktif di permukaan keras selama 48 jam. 3. Penyebaran aerosol tidak biasa terjadi tapi memungkinkan seperti dalam kondisi yang sangat ramai Manajemen pencegahan pandemic flu burung Pemusnahan inang (unggas) yang dicurigai memiliki virus H5N1 Karantina pasien suspek flu burung Disinfeksi lokasi tempat penemuan kasus dan sekitarnya Vaksinasi masyarakat sekitar lokasi penemuan kasus Pengembangan vaksin H5N1 Penimbunan/penyetokan antiviral Flu Babi (Swine Influenza) H1N1 Deskripsi kasus klinis Penyakit pernapasan febrile akut (demam > 38 oC) dengan spektrum penyakit dari penyakit seperti influenzahingga pneumonia. Gejala klinis flu babi mirip dengan influenza musiman. 1. Sebuah kasus yang dikonfirmasi dari infeksi virus influenza babi A (H1N1) didefinisikan sebagai seorangindividu dengan infeksi virus flu babi A (H1N1) yang dikonfirmasi laboratorium dengan satu atau lebih dari tes berikut ini: Real-time (RT-PCR) Kultur virus (Viral culture) Empat kali lipat kenaikan antibodi tertentu yang menetralkan virus flu babi A (H1N1) 2. Sebuah kasus yang dimungkinkan dalam infeksi virus influenza babi A (H1N1) didefinisikan sebagai seorangindividu dengan tes influenza yang positif untuk influenza A, tetapi unsubtyable dengan reagen yang digunakanuntuk mendeteksi infeksi virus influenza musiman atau seorang individu dengan sebuah penyakit klinis yangkompatibel atau yang meninggal karena sebuah penyakit saluran pernapasan akut yang tidak dijelaskan yangdianggap secara epidemiologis terkait dengan sebuah kasus yang dimungkinkan atau dikonfirmasi. Apakah flu babi (swine influenza) itu? Flu babi adalah penyakit pernafasan akut yang sangat menular diantara babi yang disebabkan oleh satu dari beberapa virus swine influenza A : H1N1, H1N2, H3N1, H3N2. Angka morbiditasnya cukup tinggi dengan angka mortalitas yang rendah(1-4%). Virus menyebar diantara babi melalui aerosol, kontak langsung dan tidak langsung, dan oleh babi pembawa tanpa gejala (asymptomatic carrier pigs). Obat untuk Swine Influenza Obat untuk flu babi sama dengan obat untuk flu burung yaitu Adamantanes (amantadine & remantadine) dan inhibitor neuraminidase (oseltamivir & zanamivir). Vaksin untuk Swine Influenza Saat ini tidak tersedia vaksin flu babi. Vaksin untuk influenza biasa (flu musiman) tidak diketahui efektivitasnya untuk mencegah flu babi sementara kita tahu bahwa virus influenza A sangat cepat bermutasi. Cara Pencegahan

Hindari babi yang sedang sakit dan orang yang sedang menderita demam dan gejala influenza lainnya Jaga kebersihan dengan baik (cuci tangan dengan sabun sesering mungkin) Virus flu babi mati dengan memanaskannya pada suhu 70C. Lakukan kebiasaan hidup sehat: cukup istirahat, makanan berimbang, lakukan aktivitas fisik yang cukup. Tipe spesimen Berbagai spesimen yang cocok untuk diagnosis infeksi virus dari saluran pernapasan bagian atas: Nasal swab Nasopharyngeal swab nasopharyngeal aspirate nasal wash throat swab Selain menyeka (swab) dari saluran pernapasan bagian atas, prosedur invasif dapat dilakukan untuk diagnosis infeksivirus saluran pernapasan bagian bawah di mana ada indikasi klinis: transtracheal aspirate bronchoalveolar lavage lung biopsy post-mortem lung or tracheal tissue. SARS Severe Acute Respiratory Syndrome SARS disebabkan oleh coronovirus yang dikenal sebagai SARS CoV. Virus ini merupakan kemunculan lain darivirus influenza. Pada tahun 2003, terjadi epidemik global dengan ditemukannya 8000 kasus di 24 negara. SARS CoV menyebar melalui tetesan (droplet) pernafasan. Coronaviruses CoV menyebabkan hampir 30% dari flu biasa pada manusia. Coronavirus hewan lainnya dapat menyebabkan penyakit yang lebih patogen, misalnya virus diare epidemik Porcine, virus hepatitis tikus, dan virus bronchitis yang menginfeksi burung. SARS-CoV SARS adalah tipe virus pneumonia.Gejalanya termasuk demam, batuk kering, dyspnea (sesak napas), sakit kepala, dan hipoksemia (konsentrasi oksigen darah rendah). Temuantemuan laboratorium yang umum termasuk lymphopaenia(jumlah limfosit berkurang) dan tingkat aminotransferase agak tinggi (menunjukkan kerusakan hati). Kematian dapatterjadi akibat kegagalan pernafasan yang progresif akibat kerusakan alveolar. Rangkaian klinis yang khas dari SARS melibatkan sebuah perbaikan dalam gejala selama minggu pertama infeksi,diikuti dengan sebuah keadaan yang memburuk selama minggu kedua. Studi menunjukkan bahwa keadaan memburuk inimungkin terkait dengan respon kekebalan pasien daripada replikasi virus yang tidak terkendali. Virus SARS diyakinidisebarkan oleh tetesan yang dihasilkan oleh batuk dan bersin, tetapi rute lain infeksi juga mungkin terlibat, sepertikontaminasi feses, jadi cuci tangan Anda! Awal Sejarah SARS Oktober 2002, di provinsi Guangdong di Cina Selatan ada 3 anggota keluarga menderita pneumonia. Selama 3 bulan, kelompok kecil dari pneumonia virus terjadi. Seorang pasien di rumah sakit di Guangzhou menginfeksi 28 staf medis. Seorang Nephrologis yang sakit dari Guangzhou bepergian ke Hong Kong. Di hotel, ia menginfeksi sebuahpasangan dari Toronto, seorang pengusaha yang bepergian ke Vietnam, orang yang bepergian ke Singapura, dan beberapa warga Hong Kong. Semua orang ini memulai wabah besar di negara mereka. Bagaimana etiologi virus diidentifikasi? 1. Pencarian awal untuk partikel virus dengan mikroskop elektron dari sampel pernapasan. Agen yang dicurigai adalahParamixoviruses atau Chlamydia 2. Pada 3 Maret beberapa laboratorium mengidentifikasi agen SARS sebagai coronavirus baru dengan kultur sel, EM, dan pengurutan fragmen RT-PCR

3. 4.

Pengurutan seluruh genom Bukti dengan postulat Koch untuk SARS CoV Agen harus ditemukan dalam semua kasus penyakit -> SARS CoV dikonfirmasi pada semua kasus Agen ini harus diisolasi dari mereka yang terinfeksi dan dikulturkan di laboratorium -> SARS CoV diisolasi dalam sel Vero Agen yang dibudidayakan harus mereproduksi penyakit ketika dimasukkan ke dalam spesies yang sama atau yang terkait -> Sel Vero yang terinfeksi menghasilkan pneumonia yang menyerupai SARS dalam cynomolgus macaques Isolasi kembali dari host baru, dan sebuah respon imun spesifik harus dideteksi -> Virus itu kembali diisolasi dari tenggorokan dan hidung monyet yang terinfeksi dan telah diidentifikasi.

Struktur Virion

Spike protein S - Glycoprotein - Penempelan dan masuk ke sel - Kisaran inang (host) dan tropisme jaringan - Respon serologis (utama), netralisasi

Genom SARS mencakup pengkodean gen: Poliprotein replikatif (PP1ab) Glikoprotein yang menancap /menempel pada permukaan (S) Penentuan virulensi kunci dan kisaran inang envelope (E) matriks (M) nukleokapsid (N) prediksi tambahan membuka kerangka pembacaan yang fungsi tepatnya tidak diketahui Replikasi coronavirus 1. Penempelan Sel -virus menempel pada sel melalui tonjolan-tonjolan glikoprotein dan diinternalisasi 2. Sintesis RNA- polimerase virus ditranslasi dari genom (+) RNA berfungsi sebagai template untuk rantai (-)-panjang -penuh (-) template RNA digunakan untuk menghasilkan kumpulan set yang overlapping dari 5-7 RNA subgenomik dan rantaiRNA (+)-panjang-penuh 3. Sintesis protein -tidak ada prekursor poliprotein Setiap protein ditranslasikan dari masing-masing RNA subgenomik 4. Pembentukan heliks Nukleokapsid -terdiri dari RNA (+) dan protein nukleokapsid Tunas-tunas melalui ER dan golgi ke dalam sitoplasma 5. Pelepasan Virion virion yang matang diangkut dengan vesicles ke membran plasma untuk keluar Pertanyaan utama : Apakah virus rentan terhadap variasi antigenik? Analisis urutan nukleotida dari 14 genom mendeteksi beberapa mutasi titik yang mungkin telah dihasilkan dari pertumbuhan dalam kultur. (gambar) Darimana virus itu berasal? ScoV- seperti virus-virus dengan homologi 99,8% dengan SARS CoV yang diisolasi dari: Luwak (seperti musang-) - sebuah kuliner lezat di Cina Selatan Anjing- rakun Ferret badgers (semacam luak) Reservoir SARS alami yang asli? Cara penularan: pembesaran, penyembelihan atau mempersiapkan makhluk ini untuk konsumsi (tidak makan) Sekuensi Genom Data sekuen Genom dari SARS Co-V mengungkapkan bahwa agen baru bukan milik salah satu kelompok yang dikenaldari coronaviruses, termasuk dua coronavirus manusia, HCoVOC43 dan HCoV-229E. Genom SARS-CoV tampaknya berbeda dari kelompok-kelompok dari semua coronaviruses dikenal.. kerabat terdekat adalah coronaviruses murine, sapi, babi, dan manusia dalam kelompok 2 dan IBV coronavirusburung dalam kelompok 1 Genom menunjukkan SARSCoV bukanlah mutan dari sebuah coronavirus dikenal, ataupun sebuah rekombinanantara coronavir us-coronavirus yang dikenal. SARS-CoV tampaknya beradaptasi dengan baik dengan inang manusia. Analisis genetik mampu membedakan antara strain-strain yang berbeda dari SARS-CoV. Sangat berharga untuk studi epidemiologi dan implikasi klinis Pohon Filogeni SARS-CoV

Analisis Perbandingan genom dari Virus seperti SARS dari spesies yang nampaknya berbeda berasal seperti dari mamalia untuk protein replikase berasal seperti dari Burung untuk matriks dan protein nukleokapsid berasal dari mosaic unggas- mamaliamosaik unggas asal untuk protein tonjolan (spike protein) menentukan host Patogenesis 1. Infeksi pada sel epitel saluran pernapasan bagian bawah 2. viremia 3. Menyebar ke organ lain, termasuk hati Rangkaian Klinis Inkubasi: 2 - 7 hari Gejala: dari ringan sampai penyakit yang parah pola tiga-fase:

 1 minggu: Demam: lebih dari 38 oC dengan kadang-kadang menggigil -sakit kepala, nyeri otot, malaise (rasa tidak enak), kebingungan 2-3 minggu - demam berulang, kebanyakan timbul sebuah batuk kering dan kesulitan bernafas, keadaan buruk dari dadayang di-sinar-X menunjukkan pneumonia (kerusakan paru-paru akibat kerusakan immunopathological) Gejala tambahan: diare berat (tidak semua), ruam fase ke- 3: 10% sampai 20% menimbulkan fase yang merusak paru-paru, memerlukan dukungan ventilasi dan perawatan intensif kematian: ~ 3% sampai 10% karena kegagalan pernafasan yang progresif - dengan manajemen yang tepat - bukanlahpenyakit dengan kematian yang tinggi Stabilitas virus Virus yang bertahan Feses dan urin untuk setidaknya 2 hari Tinja diare sampai 4 hari dikeringkan pada suhu kamar minimal 2 hari Slide yang difiksasi dengan aseton Pada -4 oC dan -80 oC setidaknya 21 hari dengan pengurangan minimum/sedikit Yang tidak bertahan Biasanya menggunakan disinfektan Temperatur 56 o C selama 30 menit dalam serum darah Difiksasi dalam sel yang terinfeksi setelah fiksasi aseton -20 oC Diagnosis Laboratorium dari SARS-CoV Puncak beban viral: 10 hari setelah timbulnya stadium klinis 1. PCR - real time RT-PCR dari spesimen saluran pernafasan (mencuci, menghirup, menyeka) hari pertama; tinja - 1 minggu kemudian dan selama beberapa minggu. 2. deteksi Antibodi (serokonversi IgG). o Pengujian Ab immunofluorescent tidak langsung o ELISA dengan menggunakan lisat dari sel yang terinfeksi sebagai antigen o Di masa depan - penggunaan antigen rekombinan; - mendeteksi IgM o Spesifisitas: reaktivitas Tidak berpotongan dengan coronavirus manusia lainnya 3. Isolasi virus dalam sel Vero - CPE diikuti dengan identifikasi molekul atau antigen Immunofluerescence assay (IFA) dari SARS-CoV dalam sel yang terinfeksi Definisi SARS (WHO, September, 03) 1. Demam - 38o C dan lebih 2. Satu atau lebih gejala dari penyakit saluran pernafasan bagian bawah (batuk, sesak napas) 3. Bukti radiografi dari pneumonia 4. Sebuah kasus yang dikonfirmasi laboratorium dengan salah satu dari tes berikut: serokonversi dari antibodi SARS; isolasi SARS-Kov dalam kultur jaringan; RNA SARS Co yang dideteksi dengan RT-PCR 5. Kontak dekat dalam 10 hari sejak timbulnya gejala atau perjalanan ke sebuah daerah yang didokumentasikan adaSARS. 6. Tidak ada diagnosis alternatif Agen antivirus Pencarian Ekstensif untuk obat anti-SARS Obat serampangan (dari ramuan Cina dengan brokoli kering) Obat yang diuji Sebelumnya dari program yang ditinggalkan (seperti melawan Rhinovirus dan Coronavirus) inhibitor Protease inhibitor fusi Interferon terutama beta Transmisi kontak langsung yang dekat tetesan yang besar dari batuk atau bersin sekresi pernapasan Transmisi yang kurang sering:

tetesan yang menguap (penyebaran udara) penularan tidak langsung melalui air, pakaian, tangan, makanan, permukaan yang terkontaminasi dengan cairan/sekresi; transmisi fecal/feses Tumpahan/cucuran (Shedding) virus yang ditemukan dalam dahak, air mata, darah, urin, feses. Shed dalam tinja selama 30 hari. stabil dalam feses dan urin pada RT selama lebih dari 2 hari, dan 4 hari mengalami diare pada pH yang lebih tinggi Treatment Perawatan pendukung untuk gejala: Mengganti rawat inap dengan isolasi (kamar tekanan udara negatif) Ventilator untuk membantu pernapasan Pemberian cairan untuk mencegah dehidrasi (diare) Terapi imunomodulator: penurunan kartikosteroid (deterioration-corticosteroids) yang progresif untuk mencegah fibrosis paru-paru Terapi Masa Depan: - Serum dari pasien yang sembuh - Antibodi yang diinduksi oleh protein-protein rekombinan - Agen antiviral: ribavirin, lainnya? Sedang diselidiki ... Faktor-faktor yang mempengaruhi transmisi 1. Ukuran inokulum Beban virus (Viral load) dalam sekresi (beban yang lebih tinggi kemudian menginfeksi) Jarak ke pasien ( lokasi yang padat) 2. Orang tanpa gejala? Apakah SARS sangat menular? - Influenza: Selama pandemi 1918 - 40 juta meninggal (2% dari populasi dunia); Selama epidemi musiman 3-5 juta kasus (10-20% dari populasi); 250.000-500.000 meninggal - HIV: 40 jutaan terinfeksi; 3 juta meninggal Setiap tahun - 5 juta infeksi baru - SARS - 2 November sampai dengan Mei 03 8400 kasus (lebih dari 30 negara) 900 meninggal - SARS cukup menular. SARS kurang menular dibanding influenza dengan kecepatan perjalanan internasionalmenciptakan masalah dan banyak ditakuti karena munculnya pandemi - Cepat menyebar di kalangan petugas kesehatan: kontak dekat selama tahap paling menular, paparan dengan prosedur perawatan pasien yang menimbulkan aerosol (bronkoskopi, intubasi endotrakeal) Pencegahan I. perlindungan pekerja layanan kesehatan (HCW) 50% dari pasiien: - Masker; Penutup muka; Sarung tangan; Baju panjang; Mencuci tangan - Biasakan dalam mengelola cairan tubuh II. menghindari epidemik yang tidak terkontrol - semua tersangka diisolasi hingga diagnosis dipastikan. - Diagnosis cepat - Isolasi pasien dalam ruangan tekanan negatif - Tersangka tetap tinggal di rumah selama 10 hari - Pasien tidak diijinkan untuk donor darah selama 6 minggu setelah sakit Disinfektan and fiksatif (untuk penggunaan di laboratorium) Paparan terhadap disinfektan dan fiksatif umum menyebabkan kehilangan kemampuan infeksi Panas pada 56C membunuh coronavirus SARS sekitar 10000 unit per 15 minet (pengurangan yang cepat).

Hanya sedikit pengurangan dalam konsentrasi virus setelah 21 hari pada suhu 4C dan -80C. Akankah SARS kembali? 1. Reservoir hewan masih ada 2. bagaimanapun itu mudah ditularkan kepada manusia? 3. Seberapa sering transmisi antar -spesies dapat menyebabkan transmisi manusia ke-manusia? 4. Apakah pembawa virus yang sehat ada? Langkah-langkah kesehatan masyarakat di seluruh dunia Manajemen vektor Manajemen air dan limbah Gizi yang lebih baik Pengawasan global Vaksin tersedia Diagnosis cepat

REFERENSI Nuryastuti T. 2011. Slide kuliah New Emerging disease Avian Influenzae Coronavirus / SARS. Yogyakarta. FK UGM