Geologi Kondisi geologi wilayah penelitian sangat dipengaruhi oleh aktivitas vulkanik dari gunungapi Merapi.

Gunungapi Merapi merupakan gunungapi tipe strato yang masih aktif sampai sekarang. Menurut peta Geologi Lembar Yogyakarta skala 1:100.000 ( Wartono Raharjo dkk, 1995), wilayah DAS Gendol memiliki dua formasi geologi yaitu, formasi endapan gunungapi Merapi tua ( Qmo)dan endapan gunungapi Merapi muda ( Qmi/Qvu3 ) yang berasal dari erupsi gunungapi Merapi. Endapan gunungapi Merapi tua terdiri atas perselingan breksi, aglomerat dan leleran lava, termasuk andesit dan basalt yang mengandung olivine yang diperkirakan berumur Kuarter awal. Sedangkan endapan Merapi muda terdiri atas tuff, abu, breksi, dan leleran lava tak terpisahkan yang diperkirakan berumur Kuarter akhir. Pada bagian selatan lereng atas gunungapi Merapi terdapat sesar normal yang berarah utara-selatan berbentuk tapal yang melindungi bagian lereng timur gunungapi Merapi dari erupsi.
Formasi Geologi Endapan Merapi Muda Endapan Merapi Tua Simbol Luas (ha) 328,90 Susunan Batuan

Qmi

tuff, abu, breksi, dan leleran lava tak terpisahkan breksi, aglomerat dan leleran lava, termasuk andesit dan basalt yang mengandung olivine

Qmo

24,45