1) Interaksi hidrofobik memberikan kontiribusi yang besar terhadap kestabilan struktur protein.

Interaksi hidrofobik ini merupakan kekuatan utama yang menyebabkan pelipatan molekul protein. Interaksi hidrofobik merupakan ikatan antara gugus R dengan senyawa nonpolar. Salah satu contohnya adalah perputaran -- yang membentuk 2 lapisan 2) Ketika mereka bergabung dalam protein heliks dan sheet memiliki struktur lapisan yang berbeda. Hal ini dikarenakan kekuatan polipeptida dalam konformasi tidak dapat membentuk ikatan hydrogen menjadi 3) Segmen-segmen dalam rantai asam amino saling berdekatan yang mengakibatkan adanya interaksi dan membentuk struktur tersier yang tidak wajar 4) Interaksi antara elemen dalam struktur sekunder tidak dapat membentuk ikatan 5) Konformasi adalah konformasi paling stabil , ketika segmen dari individu tersebut berikatan secara right-handed