3. Bagaimana farmakofor dibentuk?

Farmakofor terbentuk dari studi yang mendalam dan hati-hati dari ligan terkait sifat kimia, interaksi,
dan afinitasnya terhadap suatu reseptor . Untuk menentukan farmakofor telah dapat digunakan
bantuan komputer (computer-aided). Suatu senyawa ligan dapat disebut sebagai farmakofor apabila
telah melalui tahapan-tahapan yaitu:
Menentukan struktur dan konformasinya: sifat-sifat seperti valensi atom, aromatisitas, hingga
stereokimia penting untuk melihat kecocokan suatu senyawa ligan terhadap reseptor.
Analisis fitur senyawa: setelah cocok konformasinya, kita melihat fitur apa yang dimiliki senyawa
ligan tersebut yang dapat memberikan dampak afinitas. Fitur-fitur ini dapat atom (misal karbon),
kelompok topologi (misalnya cincin fenil) atau kelompok fungsional (misalnya donor ikatan
hidrogen).
Penggabungan fitur: dari fitur-fitur diatas digabungkan menjadi suatu struktur.
Komparasi: membandingkan dengan farmakofor lain yang yang telah ada dan memiliki fitur mirip
dan dibandingkan potensinya dan aktivitasnya.
Setelah tahapan-tahapan tadi dilalui dan berhasil mendapat potensi yang baik, didapatkanlah
farmakofor yang selanjutnya perlu di validasi aktivitasnya.