Ribosom & Sintesis Protein

Ribosom
Pabrik utk sintesis protein
Dibangun dr molekul2 protein & rRNA
Pd sel prokariot, ribosom tdpt bebas dlm sitosol. Dlm sel
eukariot ribosom tdpt bebas di sitosol, matriks
mitokondria, stroma kloroplas, atau menempel pd
permukaan selaput RE
RE kasar adl RE yg dilekati bnyk ribosom, RE halus
tidak mengandung ribosom

Ribosom
Ribosom tdr atas 2 bag tdk sama besar
Ukuran ribosom ditentukan dg analisis sedimentasi dg
mengukur laju pengendapan dlm larutan kental (mis
sukrosa) dg pemusingan kecepatan tinggi.
Koefisien sedimentasi ditentukan dg S (Svedberg)
nama penemu ultracentrifuge
Ribosom prokariot memiliki koefisien sedimentasi 70S,
ribosom eukariot memiliki koefisien sedimentasi 80S

Ribosom

Ribosom
Ribosom prokariot tdr atas sub unit besar 50S & sub unit
kecil 30S
Ribosom eukariot tdr atas sub unit besar 60S & sub unit
kecil 40S
Ribosom mitokondria & kloroplas juga tdr atas 2 sub
unit. Ribosom mitokondria bervariasi dr ukuran 55S pd
hewan sampai 80S pd bbrp protozoa & jamur. Ribosom
kloroplas adalah 70S pd semua sel hijau

Karakteristik ribosom sitoplasma (* rRNA pd

subunit 60S hewan adl 28S, sementara pd tanaman, jamur & protista
adl 25-26S)

Sumber

Ribosom Unit
ribosom

rRNA dlm
subunit

No.
Protein
dlm
subunit

Prokariot

70S

30S
50S

16S
23S, 5S

21
32-34

Eukariot

80S

40S
60S*

18S
~30
25-28S,5S, ~50
5,8S

Ribosom organel
Sumber

Mitokondria
- hewan
- tumb
bunga
- jamur
- protista
Tetrahymena
Euglena

Kloroplas
Spesies lain

Ribosom
monomer

Subunit
kecil

Subunit
besar

rRNA dari
Subunit
kecil

Subunit
besar

55-60S
78S

30-35S
44S

40-45S
60S

12-13S
-

16-17S
-

80S

40S

52S

14-17S

21-24S

80S
71S

55S
32S

55S
50S

14S + 21S
16S

Sama
23S

70S

30S

50S

16S

23S, 5S

Ribosom

Peranan ribosom dlm sintesis protein :

Sub unit kecil mengikat mRNA & tRNA
Sub unit besar berperan dlm pbtk ikatan peptida

Sintesis protein - DNA

Molekul DNA tdr dr 2 rantai pjg yg saling berlekatan 1 sama lain

oleh pasangan basa yg saling komplementer.

Tdpt 4 mcm subunit penyusun DNA yaitu deoxyribonucleotides yg

mengandung basa : Adenin (A), cytosin (C), guanin (G) & Thymin
(T).

Gugus 5-hidroksil dari gula dpt bebas atau mengikat atom fosfat, ini
dikenal dg nama 5-terminal

Gula yang mempunyai gugus 3 hidroksil bebas atau mengikat atom

fosfat dinamakan 3-terminal dari suatu asam nukleat.

Nukleotida 1 dg yg lain dihubungkan ikatan fosfodiester yang

menggabungkan karbon 5 dari deoxyribose yg satu dg karbon 3
dari deoxyribose berikutnya.

DNA

Gambaran untaian ganda DNA oleh Watson & Crick :

Masing2 untai berjalan dg arah berlawanan (anti paralel)
5-AGGTCTAGTT-3
I
3-TCCAGATCAA-5
II
Arah ikatan internukleotida untai I dari kiri ke kanan (5 3) &
untai II dari kiri ke kanan (3 5). Untai tsbt berputar
mengelilingi 1 poros & searah jarum jam
Basa purin (adenin & guanin) & pirimidin (sitosin & timin) tdpt
didlm heliks, sedangkan unit deoksiribosa & fosfat di bagian luar.
A berpasangan dg T dg 2 ikatan Hidrogen, G berpasangan dg C
dg 3 ikatan hidrogen.

DNA
Stabilitas struktur DNA terbentuk oleh ikatan hidrogen
antar pasangan basa yg komplementer. Pasangan basa
G-C lebih stabil dibanding pasangan basa A-T.

Struktur DNA

RNA
RNA (Asam ribonukleat) tdr atas ribonukleotida yg
dirangkai dg ikatan fosfodiester 3-5.
Polinukleotida RNA berbeda dg DNA dlm 2 komponen
penyusun yaitu :
Residu gula dlm RNA adalah ribosa, sedangkan pd DNA adalah
deoksiribosa
Salah 1 basa pd RNA adalah urasil, sedangkan pd DNA adalah
timin.
Basa RNA adl G, C, A & U, sedangkan dlm DNA adl G, C, A & T.

RNA
3 macam RNA :
Messenger RNA (mRNA) : berperan dlm membawa
pesan genetik dr DNA ke proses sintesis protein pada
ribosom
Ribosomal RNA (rRNA) & transfer RNA (tRNA)
berperan dlm sintesis protein (translasi)
Molekul RNA umumnya bbtk untai tunggal & ikatan
hidrogen tdk hanya tbtk antar pasangan basa A-U & GC, namun jg antar lipatan.

Struktur RNA

Sintesis protein (gene expression)

Replikasi DNA
Transkripsi DNA mRNA
Translasi protein

Replikasi DNA
5 tahap replikasi :

Pengelokoran (unwinding) DNA dupleks

Sintesis oligonukleotida pemula (primer)
Pertumbuhan rantai DNA baru dg arah 53
Pelepasan primer
Penyambungan antar fragmen DNA baru & pematrian
(sealing) dg pembentukan ikatan fosfodiester

Replikasi DNA

Pengelokoran superkoil DNA dupleks

Replikasi tjd pd bag DNA yg kedua untainya terpisah & mbtk
huruf Y (garpu relikasi = replication fork)
3 enzim yg berperan pd awal replikasi adl helikase (rep
protein /DNA unwinding enzyme), helix-destabilizing protein
(HD) atau ssb (single strand binding protein) atau dnaB & DNA
girase (topoisomerase)
Topoisomerase (DNA girase) mengendorkan tegangan dg
pemotongan DNA dupleks sblm tjd proses pengelokoran
sehingga mengurangi lilitan DNA, helikase mengelokorkan DNA
dg menghidrolisis ATP & melepas ikatan hidrogen antar basa &
ssb menstabilkan DNA untai tunggal dg menjaga basa2 pd untai
tunggal tdk berpsgan dg yg lain

Replikasi DNA
Sintesis oligonukleotida pemula (primer)
Protein dnaB menempel & mengikat DNA untai
tunggal pada tapak awal proses replikasi utk
menstabilkan DNA
Protein dnaG (primase) mensintesis primer

Replikasi DNA
Pertumbuhan rantai DNA baru dg arah 53, dikatalisis
oleh enzim DNA polimerase
DNA polimerase III mengkatalisis pembentukan ikatan
fosfodiester antara gugus 3OH- dari ujung DNA yg tumbuh (pd
primer) & gugus 5fosfat dr nukleotida trifosfat yg akan
diletakkan dg arah 5 3
Dlm proses replikasi tjd replikasi kontinu (untai penuntun =
leading strand) pd 1 untai DNA & replikasi diskontinu pd untai
DNA yg lain yg arahnya berlawanan (untai potongan = lagging
strand). Fragmen2 pdk pd untai potongan dsbt fragmen Okazaki.

Replikasi DNA
Perpanjangan untai DNA dimulai dr ujung 5 ke 3
berdasar pd 3 ketentuan sbb :
Semua DNA polimerase menambahkan
deoksiribonukleosida 5fosfat pd gugus 3-OH untai
DNA yg sdg tumbuh
Tdk ada enzim lain yg mengkatalisis polimerisasi
deoksiribonukleosida 3-trifosfat
Kedua untai anak menunjukkan pertumbuhan dg arah
5 3

Replikasi DNA
Pelepasan primer, dikatalisis oleh enzim DNA polimerase
I
Penyambungan antar fragmen DNA baru (pengisian
gap), dikatalisis oleh enzim DNA polimerase I
Penyambungan fragmen dg cara pematrian (sealing) dg
pembentukan ikatan fosfodiester yg dikatalisis oleh
enzim DNA ligase

Gene Expression