Biokimia Protein

Oleh
Mursyid

Jurusan Teknologi Hasil Pertanian

Fakultas Teknologi Pertanian
Universitas Jambi

Protein
2

Protein berasal dari bahasa latin

Proteos yang berarti utama.
Gerardus Mulder menganggap bahwa
zat ini paling penting dari semua molekul
organik pada kehidupan manusia.
Protein tersusun atas molekul-molekul
asam amino.
Asam amino merupakan biomolekul kecil
dengan BM sekitar 135.

Fungsi Protein
Enzymes - catalyze biochemical reactions within living cell and
outside.

Hormones - regulation of many processes . Hormones usually

quite small (peptide). Protein hormones : insulin, grows factor,
lipotropin, prolactin etc. Many are predecessor of peptide hormones,
such as endorfine, enkephalin
Transport proteins transport/store chemical and ions. :
cytochrome C ; haemoglobin and myoglobin albumin & membran
protein channels
Immunoglobulin or Antibodies - involved in immune
response to neutralize large foreign molecules, lymphocyte antigenrecognizing receptors, antivirals agents such as interferon, tumor
necrosis factor (TNF)..

Lanjutan...
Structural proteins maintain structure of biological components:
Collagen, etc.

Motor proteins.convert chemical to mechanical energy. Actin and

myosin

Receptors responsible for signal detection . rhodopsin - light

detecting protein. Many are transmembrane proteins.
Signalling proteins - involved in signalling translation process.
Usually change conformation in the presence of signalling molecules.
GTPases.
Storage proteins. contain energy, can be released during
metabolism. Egg ovalbumin and milk casein

Asam Amino
5

Senyawa organik penyusun protein

Memiliki dua buah gugus fungsional primer, yaitu
gugus amin (-NH2) dan gugus karboksil (-COOH).
Kedua gugus tersebut terikat melalui ikatan kovalen
pada atom karbon primer atau karbon .
Atom karbon merupakan pusat kiral, yaitu dapat
memutar sinar polarisasi menuju suatu arah atau
kebalikannya.
Selain dua gugus fungsional tersebut, terdapat pula
gugus hidrogen (H) dan gugus rantai karbon
(gugus R).

Struktur Asam Amino

6

Lanjutan..
7

Gugus karboksil dan amin yang terikat pada

atom karbon C akan dapat mengionisasi.

Gugus karboksil dapat membentuk ion

negatif yang bersifat asam, sedangkan
gugus amin bermuatan positif yang
bersifat basa.
Dengan adanya dua gugus yang berbeda
tersebut, asam amino dapat bersifat
amfoter (dapat bersifat asam atau basa).

Lanjutan..
8

Atom karbon bersifat asimetrik, yaitu

dapat mengikat 4 gugus yang berbeda,
kecuali glisin yang memiliki gugus R
berupa H.
Asam amino kelompok asam (asam
glutamat dan asam aspartat) memiliki dua
gugus karboksil yang terikat pada karbon
dan gugus R.
Asam amino basa (lisin, histidin, dan
arginin) juga memiliki dua gugus amin
yang terikat pada karbon dan gugus R.

Stereoisomer
9

L : Levorotatory [ditunjukkan
oleh (-)]

D : Dextrorotatory [ditunjukkan
oleh (+)]

Jenis Asam Amino

10

Asam amino yang berada di alam

berjumlah 20 jenis.
Sekitar 10 jenis diantaranya bersifat
essensial bagi tubuh, yaitu isoleusin,
leusin, metionin, fenilalanin, treonin,
triptopan, valin, lisin, histidin, dan
arginin.
10 jenis diantaranya bersifat non
esensial, yaitu glisin, alanin, prolin, serin,
sistein, tirosin, asparagin, glutamin,
asam aspartat, dan asam glutamat.

Classification of Amino Acids by Polarity

11

NONPOLAR

POLAR

Acidic

Neutral

Basic

Asp

Asn Ser
Arg
Cys
Tyr
His
Gln
Thr
Lys
Glu
Gly
Ala Ile
Phe Trp
Val Leu Met Pro

Polar or non-polar, it is the bases of the amino acid propertie

Juang RH (2003) Biochemistry

12

13

14

15

16

17

18

Pada pH tertentu, gugus karboksil dapat bermuatan

negatif, sedangkan gugus amin dapat bermuatan

positif.
Pada kondisi ini asam amino bersifat

dipolar atau

zwitterion.
Kondisi ini menyebabkan muatan keseluruhan asam

amino menjadi netral.

Nilai pH pada saat kedua gugus karboksil dan amin
bermuatan, sehingga memberi muatan 0 disebut
dengan pH titik isoelektrik (pI).
Nilai pH pada saat gugus karboksil mengion 50 %
disebut pK1, sedangkan nilai pH pada saat gugus amin
mengioin 50 % disebut pK2.

19

Acidic environment

Neutral environment

Alkaline environment

20

pK2 ~ 9

NH3
R-C-H
COOH

OH
-

H+

pK1 ~ 2

+1

NH3
R-C-H
COO-

OH
-

H+

NH2
R-C-H
COO-

5.5

0
Isoelectric point

-1
Juang RH (2004) BCbasics

21

Amino Acids Have Buffering Effect

pH 12

pK2

Isoelectric point =

pI

9
6

NH2 H+
H-C-R
COO-

pK1 + pK2
2

pK1

0
[OH]
Juang RH (2004) BCbasics

Peptida
22

Polimerisasi asam amino di alam akan

menghasilkan golongan senyawa yang disebut
peptida.
Peptida (pepsi = pencernaan atau peptone =
hasil cerna protein) menunjukkan senyawa relatif
kecil yang mirip dengan protein, tetapi memiliki
berat molekul yang lebih rendah dari protein.
Peptida merupakan polimer yang mengandung 2
50 asam amino yang dihubungkan melalui
ikatan kovalen yang disebut ikatan peptida.

23

Peptida adalah rantai asam

amino

Dua molekul asam amino dapat diikat secara

kovalen melalui suatu ikatan disebut ikatan
peptida menghasilkan suatu dipeptida.
Tripeptida, tetrapeptida, pentapeptida dan jika
terdapat banyak aam amino bergabung
menghasilkan polipeptida.

24

25

Lanjutan..
26

Unit asam amino di dalam peptida

biasanya disebut dengan residu.
Rantai ini bukan lagi merupakan asam
amino karena telah kehilangan atom
hidrogen dari gugus amin dan sebagian
dari gugus karboksil.
Residu asam amino pada ujung peptida
memiliki gugus -amino bebas yang
disebut terminal amin (residu terminalN), dan ujung karboksil bebas disebut
terminal karboksil (residu terminal-C)

Penggolongan protein berdasarkan

bentuk
27

28

Beberapa Protein mengandung gugus lain

disamping asam amino

Protein yang hanya mengandung asam amino disebut

dengan protein sederhana,
Protein yang mengandung gugus lain disamping asam
amino disebut dengan protein konyugasi.
Bagian yang bukan asam amino disebut dengan gugus
prostetik.

29

Protein Konyugasi
Golongan

Gugus Prostetik

Contoh

Lipoprotein

Lipid

1-lipoprotein darah

Glikoprotein

Karbohidrat

-globin darah

Fosfoprotein

Gugus fosfat

Kasein susu

Hemoprotein

Heme (fosfirin besi)

Hemoglobin

Flavoprotein

Flavin nukleotida

Suksinat dehidrogenase

Metaloprotein

Besi, seng

Feritin, alkohol
dehidrogenase

30

31

-Turn

-Helix
32

-Sheet

33

Ikatan Peptida : Penghubung

AA

Jarak C-N lebih

pendek 10% dari CN amine yang
biasa
Karakter ikatan
ganda (40%)
karena adanya
resonansi

Ikatan Peptida dalam Polipeptida

34

Posisi Ca
Posisi Rantai Samping

Mathews et al (2000) Biochemistry (3e) p.13

35

Terima Kasih

Tugas
36

Buat makalah metabolisme protein (jalur

pencernaan protein mulai dari masuk
mulut hingga terserap ke dalam tubuh).
Format : times new roman, spasi 1,5,
ukuran 12.
Maksimal 10 lembar
Waktu 1 minggu