A. Pengertian Umum
Metabolisme adalah segala proses reaksi kimia yang terjadi di dalam makhluk
hidup, mulai makhluk hidup bersel satu yang sangat sederhana seperti bakteri, protozoa,
jamur, tumbuhan, hewan; sampai mkhluk yang susunan tubuhnya kompleks seperti
manuasia. Di dalam proses ini, makhluk hidup mendapat, mengubah dan memakai
senyawa kimia dari sekitarnya untuk mempertahankan hidupnya.
Metabolisme meliputi proses sintesis (anabolisme) dan proses penguraian
(katabolisme) senyawa atau komponen dalam sel hidup.. Semua reaksi metabolisme
dikatalis oleh enzim. Hal lain yang penting dalam metabolisme adalah peranannya dalam
penawaracunan atau detoksifikasi, yaitu mekanisme reaksi pengubahan zat yang beracun
menjadi senyawa tak beracun yang dapat dikeluarkan dari tubuh.
Anabolisme dibedakan dengan katabolisme dalam beberapa hal:
• Anabolisme merupakan proses sintesis molekul kimia kecil menjadi molekul kimia
yang lebih besar, sedangkan katabolisme merupakan proses penguraian molekul
besar menjadi molekul kecil
• Anabolisme merupakan proses membutuhkan energi, sedangkan katabolisme
melepaskan energi
• Anabolisme merupakan reaksi reduksi, katabolisme merupakan reaksi oksidasi
• Hasil akhir anabolisme adalah senyawa pemula untuk proses katabolisme.
A. Fotosintesis
Pada hakekatnya, semua kehidupan di atas bumi ini tergantung langsung dari
adanya proses asimilasi CO 2 menjadi senyawa kimia organik dengan energi yang
didapat dari sinar matahari. Dalam proses ini energi sinar matahari (energi foton)
ditangkap dan diubah menjadi energi kimia dengan proses yang disebut fotosintesis.
Proses ini berlangsung didalam sel pada tumbuhan tinggi, tumbuhan pakis, lumut,
ganggang (ganggang hijau, biru, merah dan coklat) dan berbagai jasad renik (protozoa
golongan euglena, bakteri belerang ungu, dan bakteri belerang biru).
Energi matahari yang ditangkap pada proses fotosintesis merupakan lebih dari
90% sumber energi yang dipakai oleh manusia untuk pemanasan, cahaya dan tenaga.
Gambar 1 berikut ini menunjukkan sebaran pemakaian energi matahari oleh bumi dan
atmosfer.
Sinar matahari 30% dipantulkan kembali secara
langsung ke ruangan angkasa
Gambar 1. Gambaran sebaran pemakain energi matahari oleh bumi dan atmosfernya.
6 CO 2 + 6 H 2 O C 6 H 12 O 6 + 6 O 2
Dalam bakteri berfotosintesis sebagai pengganti H 2 O dipakai zat pereduksi yang lebih
2 CO 2 + 2 H 2 R 2 CH 2 O + O 2 + 2 R
Proses fotosintesis pada tumbuhan tinggi dibagi dalam dua tahap. Pada tahap
pertama energi matahari ditangkap oleh pigmen penyerap cahaya dan diubah menjadi
bentuk energi kimia, ATP dan senyawa reduksi, NADPH. Proses ini disebut reaksi
+
terang. Atom hydrogen dari molekul H 2 O dipakai untuk mereduksi NADP menjadi
NADPH, dan O 2 dilepaskan sebagai hasil samping reaksi fotosintesis. Reaksi ini juga
dirangkaikan dengan reaksi endergonik pembentukan ATP dari ADP + Pi. Dengan
demikian tahap reaksi terang dapat dituliskan dengan persamaan:
+ +
H 2 O + NADP + ADP + Pi O 2 + H + NADPH + ATP
Energi matahari
Dalam hal ini pembentukan ATP dari ADP + Pi merupakan suatu mekanisme
penyimpanan energi matahari yang diserap kemudian diubah menjadi bentuk energi
kimia. Proses ini disebut fotofosforilasi.
Tahap kedua disebut tahap reaksi gelap. Dalam hal ini senyawa kimia berenergi
tinggi NADPH dan ATP yang dihasilkan dalam tahap pertama (reaksi gelap) dipakai
dimana dilepaskan molekul O 2 , terdiri dari dua bagian. Bagian pertama disebut
fotosistem I mempunyai kemampuan penyerapan energi matahari dengan panjang
gelombang di sekitar 700nm dan tidak melibatkan proses pelepasan O,. bagian kedua
yang menyangkut penyerapan energi matahari pada panjang gelombang di sekitar 680
3.H UUBU
Pada
BU NGyang pertama
AN EN dihasilkan
E RG I D AN P EN G ANOG2KUT
A NG sedangkan
AN pada yang ke dua memerlukan
EL EK T R O D L M F OT O SIN T ESIS
E SIS
P430O 2
FRS N AD PH
Persamaannya F d ialah kedua rantai pengangkutan elektron tersebut menghasilkan
FP
C 550
energi ATPJa dana liramelibatkan
lura
J alur n NAsederetan
ADD P+ molekul pembawa elektron.
elektro
e le ktro n
AD Pelektron
Pengangkutan
siklik +P dalam fotosintesis terdiri dari tiga bagian yaitu bagian
e- C ty.b
AT P 3
PQ
PQ 0
hpendek dari H 2 OCke
ty.ffotosistem II, bagian dari fotosistem II ke fotosistem
2
v
(553) e-
I yang
P C dirangkaikan dengan pembentukan ATP dari ADP + Pi, dan bagian dari
PC
?
+
fotosistem
FS 1
I ke NADP hyang
v menghasilkan NADPH seperti pada gambar 3.
P 700 ?
F S 2 P 680
Gambar 3. Diagram energi pengangkutan elektron dalam fotosintesis
mendaur dalam elektron fotosintesis). Dalam hal ini satu molekul H 2 O melepaskan dua
+
elektron yang diperlukan untuk mereduksi satu molekul NADP menajdi NADPH,
dirangkaikan dengan pembentuka ATP dari ADP + pi, disebut proses fotofosforilasi.
Persamaan reaksinya adalah:
FS I
FS II
+
1
H 2 O + NADP + ADP + Pi 2 O 2 + H + + NADPH + ATP
Energi matahari
+
Energi pada proses pengangkutan elektron dalam fotosintesis dari H 2 O ke NADP .
Elektron yang telah tereksitasi di fotosistem II selanjutnya dialirkan ke fotosistem I
CO 2 , untuk kemudian dipakai dalam reaksi pembentukan senyawa pati, selulosa, dan
polisakarida lainnya sebagai hasil akhir proses fotosintesis dalam tumbuhan.
Calvin. Dalam tahap reaksi pertamanya 6 molekul CO 2 dari udara bereaksi dengan 6
molekul ribulosa 1,5-difosfat, dikatalis oleh enzim ribulosa difosfat karboksilase,
menghasilkan 2 molekul 3-fosfogliserat melalui pembentukan senyawa antara, 2-karboksi
3-ketoribitol 1,5-difosfat.
H2 O
CO 2
Tahap reaksi ketiga , 12 gliseraldehida 3-P diubah menjadi 3 molekul fruktosa 6-P
dengan melalui pembentukan senyawa dihidroksi aseton fosfat dan fruktosa 1,6 difosfat.
Gambar 4. Daur Calvin: Jalur mendaur metabolisme penambatan CO 2
2
Calvin. Dalam daur ini yang sangat menonjol adalah tahap reaksi penambatan CO ,
reaksi yang menggunakan energi NADPH dan ATP dan reaksi yang menghasilkan
2
molekul NADPH untukm mereduksi satu molekul CO . Energi matahari yang ditangkap
oleh foto sistem I dan foto sistem II dalam fase terang cahaya diubah menjadi energi
kimia NADPH dan ATP. Kedua macam energi ini kemudian dipakai untuk menjalankan
daur Calvin dengan mendorong tahap reaksi pembentukan gliseraldehida 3-fosfat dan
menjadi CO 2 dan H 2 O atau dilepaskan untuk dibawa dengan aliran darah kebagian
tubuh yang memerlukannya sebagaimana digambarkan pada Gambar 5.
HATI DARAH OTOT
glikogen glikogen
fruktosa fruktosa
galaktosa galaktosa
laktat laktat
ATP
lipida CO 2 + H 2 O
sterol CO 2 + H 2 O
kolsterol
Gambar 5. Gambaran Umum Metabolisme Karbohidrat: Hubungan antara hati, darah
dan otot.
Sebagian lain monosakarida dibawa langsung ke sel jaringan organ tertentu dan
mengalami proses metabolisme lebih lanjut. Karena pengaruh berbagai faktor dan
hormon insulinyang dihasilkan oleh kelenjar pankreas, maka hati dapat mengatur kadar
glukosa dalam darah. Bila kadar glkosa dalam darah meningkat sebagai akibat naiknya
proses pencernaan dan penyerapan karbohidrat, sintesis glikogen dari glukosa oleh hati
akan naik. Sebaliknya bila kadar glukosa menurun, misalnya akibat latihan olahraga,
glikogern diuraikan menjadi glukosa yang selanjutnya mengalami proses katabolisme
menghasilkan energi (dalam bentuk energi kimia, ATP) yang dibutuhkan oleh kegiatan
olahraga tersebut
Kadar glukosa dalam darah merupakan faktor yang sangat penting untuk kelancaran
kerja tubuh. Kadar normal glukosa dalam darah adalah 70-90 mg/100 ml. Keadaan dimana kadar
glukosa berada di bawah 70mg/100ml disebut hipoglisemia, sedangkan diatas 90mg/100ml
disebut hiperglisemia. Hipoglisemia yang ekstrem dapat menghasilkan suatu rentetan reaksi
goncangan yang ditunjukkan oleh gejala gemetarnya otot, perasaan lemah badan dan pucatnya
warna kulit. Hipoglisemia yang serius dapat menyebabkan kehilangan kesadaran sebagai akibat
kekurangan glukosa dalam otak yang diperlukan untuk pembentukan energi, sehingga pada
akhirnya dapat menyebabkan kematian.
Kadar glukosa yang tinggi merangsang pembentukan glikogen dari glukosa,
sintesis asam lemak dan kolesterol dari glukosa. Kadar glukosa antara 140 dan 170
mg/100 ml disebut kadar ambang ginjal, karena pada kadar ini glukosa diekskresi dalam
kemih melalui ginjal. Gejala ini disebut glukosuria yaitu keadaan ketidakmampuan
ginjal untuk menyerap kembali glukosa yang telah mengalami filtrasi melalui sel tubuh.
Kadar glukosa dalam darah diatur oleh beberapa hormon. Insulin dihasilkan oleh
kelenjar pankreas menurunkan kadar glukosa dengan menaikkan pembentukan glikogen
dari glukosa. Adrenalin (epineprin) yang juga dihasilkan oleh pankreas, dan glukagon
berperan dalam menaikkan kadar glukosa dalam darah. Semua faktor ini bekerjasama
secara terkoordinasi mempertahankan kadar glukosa tetap normal untuk menunjang
berlangsungnya proses metabolisme secara optimum.
1. Biosintesis dan Perombakan Glikogen
Glukosa 6-fosfat dan glukosa 1-fosfat merupakan senyawa antara dalam proses
glikogenesis atau pembentukan glikogen dari glukosa. Proses kebalikannya, penguraian
glikogen menjadi glukosa yang disebut glikogenolisis juga melibatkan terjadinya kedua
senyawa antara tersebut tetapi dengan jalur yang berbeda seperti digambarkan pada
Gambar 6. Senyawa antara UDP-glukosa (Glukosa Uridin Difosfat) terjadi pada jalur
pembentukan tetapi tidak pada jalur penguraian glikogen. Demikian pula enzim yang
berperan dalam kedua jalur tersebut juga berbeda.
glikogen
UDP Pi
E6 E1
PPi UTP E2
glukosa 6-fosfat
ADP E3
E4
ATP glukosa Pi
Gambar 6. Jalan reaksi glikogenesis dan glikogenolisis. UTP = Uridin Tripospat, ADP
= Adenosin Dipospat, (P) = gugus pospat anorganik. UDP-glukosa =
Uridin dipospat glukosa. Enzim: E 1 = fosforilase, E 2 = fosfoglukomutase, E 3
= fosfatase, E 4 = glukokinase, E 5 = pirofosforilase, E 6 = glikogen sintetase.
PPi = asam piropospat.
2. Glikogenesis
Gugus fosfat dan energi yang diperlukan dalam reaksi pembentukan glukosa 6-
fosfat dsari glukosa diberikan oleh ATP yang berperan sebagai senyawa kimia berenergi
tinggi. Sedang enzim yang mengkatalisnya adalah glukokinase. Selanjutnya, dengan
fosfoglukomutase, glukosa 6-fosfat mengalami reaksi isomerasi menjadi glukosa 1-fosfat.
ATP ADP
Glukosa 1-fosfat bereaksi dengan uridin tri fosfat (UTP) dikatalis oleh glukosa 1-
fosfat uridil transferase menghasilkan uridin difosfat glukosa (UDP-glukosa)dan
pirofosfat (PPi).
Mekanisme reaksi glikogenesis juga merupakan jalur metabolisme umum untuk
biosintesis disakarida dan polisakarida. Dalam berbagai tumbuhan seperti tanaman tebu,
disakarida sukrosa dihasilkan dari glukosa dan fruktosa melalui mekanisme biosintesis
tersebut. Dalam hal ini UDP-glukosa abereaksi dengan fruktosa 6-fosfat, dikatalis oleh
sukrosa fosfat sintase, membentuk sukrosa 6-fosfat yang kemudian dengan enzim sukrosa
fosfatase dihidrolisis menjadi sukrosa.
3. Glikogenolisis
Tahap pertama penguraian glikogen adalah pembentukan glukosa 1-fosfat.
Berbeda dengan reaksi pembentukan glikogen, reaksi ini tidak melibatkan UDP-glukosa,
dan enzimnya adalah glikogen fosforilase. Selanjutnya glukosa 1-fosfat diubah menjadi
glukosa 6-fosfat oleh enzim yang sama seperti pada reaksi kebalikannya (glikogenesis)
yaitu fosfoglukomutase.
Glikogen, (glukosa) n
Pi
glikogen fosforilase
fosfoglukomutase
Glukosa 6-fosfat
Gambar 11. Glikogenolisis: penguraian glikogen menghasilkan glukosa 6-fosfat.
4. Glikololisis:
Proses penguraian karbohidrat menjadi piruvat. Juga disebut jalur metabolisme
Emden-Meyergoff dan sering diartikan pula sebagai penguraian glukosa menjadi piruvat.
Proses ini terjadi dalam sitoplasma. Glikolisis anaerob: proses penguraian karbohidrat
menjadi laktat melalui piruvat tanpa melibatkan oksigen.
Proses penguraian glukosa menjadi CO 2 dan air seperti juga semua proses
oksidasi. Energi yang dihasilkan dari proses penguraian glukosa ini adalah 690 kilo-
kalori (kkal).
Glikogen
Uridin difosfat glukosa
Glukosa – 1 - P
Glukosa Glukosa – 6 – P
Fruktosa – 6 – p
Fruktosa – 1,6 – di P
1,3 – d- - P – gliserat
3 – P – gliserat
2 – 2 P – gliserat
fosfoenol piruvat
Melalui mitokondrion
piruvat
Gambar 13. Glikolisis ( ) dan glikogenesis ( ) secara keseluruhan.
Glukogenesis: pembentukan glukosa dari piruvat.
mitokondria
malat
+
NAD +
dehidrogenase
NAD
+
Malat
sitoplasma sitoplasma
Gambar 14. Perubahan piruvat menjadi fosfoenol piruvat dengan bantuan mitokondrion.
gugus biotinil) yang terikat pada gugus lisina dari piruvat karboksilase, menarik CO 2 atau
oksalasetat dikarboksilasi dengan CO 2 dan difosforilasi dengan gugus fosfat dari GTP
(guanosin trifosfat, sebagai sumber energi yang khas disamping ATP) dan dikatalis oleh
fosfoenolpiruvat karboksikinase menghasilkan fosfoenolpiruvat. Dengan demikian untuk
mengubah satu molekul piruvat menjadi fosfoenolpiruvat diperlukan energi sebanyak
satu ATP plus satu GTP dan melibatkan paling sedikit empat macam enzim.
Dibandingkan dengan reaksi kebalikannya, yaitu perubahan sat molekul fosfoenol piruvat
menjadi piruvat, dihasilkan satu ATP dan melibatkan satu macam enzim saja.
Fosfoenol piruvat piruvat
CO 2 (PEP) Piruvat kinase
GDP
Fosfoenolpiruvat CO 2
karboksikinase Biotin ATP
GTP
Piruvat
karboksilase
NADH +
NAD
+
NAD NADH ADP
oksalasetat
Malat oksalasetat
Malat Malat dehidrogenase
dehidrogenase
sitoplasma mitokondrion
Gambar 15. Perubahan dari fosfoenolpiruvat ke piruvat diluar mitokondrion dan dari
piruvat ke fosfoenol piruvat dengan melibatkan mitokondrion
.
Dilihat dari keseluruhan, glikolisis terbagi menjadi dua bagian. Bagian pertama
meliputi tahap reaksi enzim yang memerlukan ATP, yaitu tahap reaksi dari glukosa
sampai dengan pembentukan fruktosa 6-fosfat., yang menggunaka dua molekul ATP tiap
satu molekul glukosa yang dioksidasi. Bagian kedua meliputi tahap reaksi yang
menghasilkan energi (ATP dan NADH) yaitu dari gliseraldehide 3-fosfat sampai dengan
piruvat. Dari bagian kedua ini dihasilkan dua molekul NADH dan empat molekul ATP
untuk tiap molekul glukosa yang dioksidasi (atau untuk dua molekul gliseraldehid 3-
fosfat yang dioksidasi). Karena satu molekul NADH yang masuk rantai pengangkutan
elektron dapat menghasilkan tiga molekul ATP, maka tahap reaksi bagian kedua ini
menghasilkan 10 molekul ATP. Dengan demikian, keseluruhan proses glikolisis
menghasilkan 10-2 = 8 molekul ATP untuk tiap molekul glukosa yang dioksidasi.
Sebaliknya, untuk mensintesis satu molekul glukosa dari dua molekul piruvat dalam
proses glukoneogenesis diperlukan energi dari 4 molekul ATP, 2 GTP (sebanding dengan 2
ATP) dan 2 NADH (= 6 ATP) atau sebanding dengan 12 molekul ATP.
5. Glikolisis Anaerob
Dalam keadaan tanpa oksigen respirasi terhenti karena proses pengangkutan
elektron yang dirangkaikan dengan fosforilasi bersifat oksidasi melalui rantai pernafasan
yang menggunakan molekul oksigen sebagai penerima elektron terakhir, tidak berjalan.
Akibatnya jalan metabolisme lingkar asam trikarboksilat (daur Krebs) akan terhenti pula
sehingga piruvat tidak lagi masuk kedalam daur Krebs melainkan dialihkan
pemakaiannya yaitu diubah menjadi asam laktat oleh laktat dehidrogenase dengan NADH
sebagai sumber energinya.
+
NADH NAD
Piruvat laktat
Laktat dehidrogenase
Gambar 16. Reaksi perubahan piruvat ke laktat dalam proses fermentasi asam laktat
Dalam hal ini, dua molekul NADH yang dihasilkan oleh reaksi tahap kelima
dalam glikolisis (reaksi dengan gliseraldehida 3-fosfat dehodrogenase) tidak dipakai
untuk membentuk ATP melainkan digunakan untuk reaksi reduksi 2 molekulasam piruvat
menjadi asam laktat. Jadi paad glikolisis anaerob energi yang dihasilkannya hanya 2
molekul ATP saja (Gambar 17). Jumlah ini jauh lebih kecil jika dibandingkan dengan
energi yang dihasilkan oleh glikolisis aerob yaitu 8 ATP.
Gambar 17. Metabolisme karbohidrat
.
6. Fermentasi Alkohol
Dalam beberapa jasad renik seperti ragi, glukosa dioksidasi menghasilkan etanol
dan CO 2 dalam proses yang disebut fermentasi alkohol. Jalur metabolisme proses ini
sama dengan glikolisis sampai dengan terbentuknya piruvat. Dua tahap reaksi enzim
berikutnya adalah reaksi perubahan asam piruvat menjadi asetaldehida, dan reaksi
reduksi asetaldehida menjadi alkohol. Dalam reaksi yang pertama piruvat
CO 2
Piruvat asetaldehida
Piruvat dekarboksilase
Gambar 18. Fermentasi alkohol: reaksi pembentukan asetaldehida dari piruvat dengan
enzim Piruvat dekarboksilase.
CO 2 merupakan hasil akhir fermentasi alkohol dan jumlah energi yang dihasilkannya
sama dengan glikolisis anaerob. Yaitu 2 ATP.
+ +
NADH + H NAD
Asetaldehida etanol
Alkohol dehidrogenase
Reaksi ini merupakan jalan masuk utama karbohidrat kedalam daur Krebs. Tahap
reaksi pertama dikatalis oleh piruvat dehidrogenase yang menggunakan tiamin pirofosfat
sebagai koenzimnya. Dekarboksilasi piruvat menghasilkan senyawa α-hidroksietil yang
terkait pada gugus cincin tiazol dari tiamin pirofosfat. Pada tahap reaksi kedua α-
hidroksietil didehidrogenase menjadi asetil yang kemudian dipindahkan dari tiamin
pirofosfat ke atom S dari koenzim yang berikutnya, yaitu asam lipoat, yang terikat pada
enzim dihidrolipoil transasetilase. Dalam hal ini gugus disulfida dari asam lipoat diubah
menjadi bentuk reduksinya, gugus sulfhidril. Pada tahap reaksi ketiga, gugus asetil
dipindahkan dengan perantara enzim dari gugus lipoil pada asam dihidrolipoat, kegugus
tiol (sulfhidril pada koenzim-A). Kemudian asetil ko-A dibebaskan dari sistem enzim
kompleks piruvat dehidrogenase. Pada tahap reaksi keempat gugus tiol pada gugus lipoil
yang terikat pada dihidrolipoil transasetilase dioksidasi kembali menjadi bentuk
disulfidanya dengan enzim dihidrolipoil dehidrogenase yang berikatan dengan FAD
(flavin adenin dinukleotida). Akhirnya (tahap reaksi kelima) FADH (bentuk reduksi
2
dari FAD) yang tetap terikat pada enzim, dioksidasi kembali oleh NAD (nikotinamid
+
adenin dinukleotida) manjadi FAD, sedangkan NAD berubah menjadi NADH (bentuk
+
ADP
Kompleks piruvat
dehidrogenase dengan
subunit katalitiknya yang
terfosforilasi
(tak aktif)
Bila jumlah ATP yang dihasilkan oleh daur krebas dan fosforilasi bersifat
oksidasi terlalu banyak, keseimbangan reaksi akan berjalan kebawah (laju reaksi
fosforilasi sub unit katalitik kompleks piruvat dehidrogenase bertambah besar) sehingga
kegiatan kompleks piruvat dehidrogenase terhambat dan menjadi tidak aktif. Hal ini
menyebabkan terhentinya reaksi pembentukan asetil ko-A dari piruvat. Akibatnya,
jumlah asetil ko-A yang diperlukan untuk daur Krebs akan berkurang sehingga laju reaksi
daur Krebs terhambat dan produksi ATP terhenti. Sebaliknya jika jumlah ADP banyak
(ATP sedikit), keseimbangan reaaksi didorang ke atas (laju reaksi defosforilasi kompleks
piruvat dehidrogenase bertambah besar) sehingga kegiatan kompleks piruvat
dehidrogenase bertambah. Akibatnya, reaksi dekarboksilasi piruvat menjadi asetil ko-A
naik, sehingga laju reaksi daur Krebs bertambah besar dan produksi ATP bertambah
banyak.
CO + H O
2 2 ATP
Gambar 21. Daur asam trikarboksilat (Krebs) sebagai bagian utama metabolisme
penghasil energi.
Asetil ko-A (sebagai hasil katabolisme lemak dan karbohidrat), oksalasetat, fumarat, dan
α-ketoglutarat (sebagaihasil katabolismeasam amino dan protein), masuk kedalam daur Krebs
untuk selanjutnya dioksidasi melalui beberapa tahap reaksi yang kompleks menjadi CO , H
2 2
Odan energi ATP. Kegiatan daur asam tri karboksilat terdapat dalam sel hewan, tumbuhan, dan
jasad renik yang aerob dan merupakan metabolisme penghasil energi yang utama. Jasad yang
anaerob tidak menggunakan metabolisme daur ini sebagai penghasil energinya.
CoASH
Asetil ko-A
oksaloasetat
Sitrat
NADH
FADH
FAD
NADNADH
NAD CO CO
suksinat
fumarat
malat α-ketoglutarat isositrat NAD
oksalosuksinat
Cis-akonitat NADH
+ + + +
Gambar 22. Ringkasan keseluruhan daur asam trikarboksilat atau daur Krebs.
Daur Krebs merupakan bagian rangkaian proses pernafasan yang panjang dan
kompleks, yaitu oksidasi glukosa menjadi CO dan H O serta produksi ATP. Proses
2 2
pernafasan terdiri dari 4 tahap utama: 1) glikolisis (oksidasi glukosa menjadi piruvat), 2)
konversi piruvat ke asetil ko-A, 3) daur Krebs dan 4) proses pengangkutan elektron
melalui rantai pernafasan yang dirangkaikan degan sintesis ATP dari ADP = Pi melalui
proses fosforilasi bersifat oksidasi.
Didalam sel eukariota, metabolisme asam trikarboksilat berlangsung didalam
mitokondrion. Sebagian enzim dalam metabolisme ini terdapat di dalam cairan matriks
dan sebagian lagi terikat pada bagian dalam membran mitokondrion.
11. Energi yang Dihasilkan oleh Glikolisis dan DAur Asam Trikarboksilat
Dari pembahasan tentang daur asam trikarboksilat sebelumnya, ternyata terdapat
dua tahap reaksi yang masing-masing menghasilkan satu molekul CO ; tiga reaksi
2
menghasilkan NADH; satu reaksi menghasilkan GTP; satu reaksi menghasilkan FADH .
2
Satu molekul GTP dapat menghasilkan satu molekul ATP. Dalam proses
pengangkutan elektron melalui rantai pernafasan yang dikaitkan dengan fosforilasi
bersifat oksidasi, satu molekul NADH dan satu FADH masing-masing menghasilkan 3
2
dan 2 molekul ATP. Dengan demikian oksidasi satu molekul asetil ko-A dalam daur
Krebs menghasilkan (3 x 3 + 2 x 1 + 1) ATP = 12 ATP.
Asetil ko-A
3 NADH 9 ATP
Rantai
pernafasan
1 FADH 2 ATP
(respirasi)
2
1 GTP 1 ATP
12 ATP
Ko-A
Gambar 23. Jumlah energi (ATP) yang dihasilkan oleh daur Krebs.
Bila proses oksidasi itu dimulai dari piruvat, jumlah molekul ATP yang dihasilkan
adalah 12 + 3 = 15untuk setiap molekul piruvat (pembentukan satu molekul asetil ko-A
dari satu molekul piruvat menghasilkan satu molekul NADH).
Oksidasi satu molekul glukosa melalui glikolisis menjadi dua molekul piruvat,
menghasilak 8 ATP. Dengan demikian oksidasi sempurna satu molekul glukosa menjadi
CO + H O menghasilkan 2 x 15 + 8 = 38 ATP.
2 2
Glukosa
8 ATP
2 piruvat
2 x 3 = 6 ATP
2 asetil ko-A
2 x 12 = 24 ATP
38 ATP
Daur Krebs
CO + H O
2 2
Gambar 42. Jumlah energi (ATP) yang dihasilka oleh glikolisis dan daur Krebs.
B. Metabolisme Protein
Nama protein pertama kali diusulkan oleh ahli kimia Swedia, Berzelius. Protein
berasal dari bahasa Yunani, protios, yang berarti bahan penyokong yang pertama.
Protein merupakan komponen utama dalam semua sel hidup. Fungsi utamanya
sebagai unsur pembentuk styruktur sel, misalnya dalam rambut, wol, kolagen, jaringan
penghubung, membran sel dan lain-lain. Selain itu dapat pula berfungsi sebagai protein
yang aktif seperti enzim yang berperan sebagai katalisator segala proses biokimia dalam
sel. Protein aktif selain enzim yaitu hormon, hemoglobin, protein yang terikat pada gen,
toksin, anti bodi atau anti gen dan lain-lain.
Protein adalah rangkaian atau polimer dari sejumlah asam amino. Asam amino
adalah molekul organik kecil yang pada umumnya terbuat dari karbon, hidrogen, oksigen,
dan nitrogen. Protein dibuat dari suatu pool yang terdiri dari 20 asam amino yang
berbeda. Ratusan atau ribuan asam amino dirangkai dengan suatu urutan tertentu untuk
membentuk rantai asam amino.
Fungsi protein dimungkinkan karena struktur tiga dimensinya yang unik. Dengan
strukturnya yang unik suatu molekul protein dapat melakukan interaksi dengan molekul
lainnya sehinnga dapat berfungsi sebagai molekul pengatur dalam suatu ekspresi gen atau
transmisi genetik menjadi fenotipik. Jadi, suatu protein sangat tergantung pada
kemampuannya untuk mengikat atau berpasangan dengan molekul lainnya untuk
menjalankan fungsinya. Kemampuan tersebut ditentukan oleh struktur tiga dimensinya.
Bila asam amino dirakit menjadi suatu rantai protein, rantai tersebut segera
melipat membentuk suatu struktur yang secara energetik paling relaks atau yang
bentuknya paling stabil. Bentuk yang secara energetik paling stabil ditentukan oleh
interaksi tiap-tiap asam amino yang membentuk protein tersebut. Oleh karena itu, jenis
asam amino dan urutannya dalam rantai protein akan menentukan struktur tiga dimensi
molekul protein yang terbentuk. Urutan asam amino dalam suatu rantai protein sangat
penting menentukan fungsi protein tersebut. Dengan 20 macam asam amino yang
berbeda, diperoleh jumlah dan urutan yang berbeda-beda sehingga dihasilkan protein-
protein unik yang hampir tidak terbatas jumlahnya. Keragamn ini sangat menguntungkan
mengingat berbagai ragam fungsi yang dilakukan oleh protein.
Semua organisme merupakan kumpulan dari sejumlah protein dan segala
aktivitasnya. Fungsi protein tergantung pada struktur tiga dimensinya, yang pada
gilirannya ditentukan oleh sekuen asam amino penyusun protein tersebut. Jadi, DNA
menentukan karakteristik suatu organisme karena DNA menentukan sekuen asam amino
dari semua protein pada suatu organisme.
DNA mengandung sandi genetik untuk tiap asam amino yang ditampilkan
masing-masing dari sekuen tiga pasang basa. Ketiga basa (triplet) ini disebut kodon.
Urutan kodon pada suatu sekuen DNA mencerminkan urutan asam amino yang akan
dirakit menjadi suatu rantai protein. Satu bagian sekuen DNA lengkap yang mampu
menentukan sekuen asam amino suatu protein atau molekul r RNA dan tRNA disebut
gen, yaitu satuan hereditas yang didefinisikan oleh para ahli genetika klasik. Semua gen
dan sekuen DNA yang dimiliki oleh suatu organisme disebut genom.
5’ 3’
DNA
G C A C T A G G A
C G T G A T C C T
3’ 5’
Asam amino
Gambar 24. Sekuen DNA menentukan sekuen asam amino pada protein yang terbentuk.
1. Sintesis Protein
Proses sintesis protein dari sandi genetik melibatkan beberapa langkah. DNA
pada dasarnya adalah penyimpan informasi yang pasif, mirip denga cetak biru (blue
print) untuk denah rumah. Aktivitas pembuatan protein terjadi pada suatu situs khusus
dalam sel yang disebut ribosom. Oleh karena itu, langkah pertama dalam sintesis protein
adalah menyampaikan informasi dari DNA ke ribossom. Untuk melakukan hal ini enzim-
enzim seluler membuat salinan kopi gen sehinnga dapat dibaca oleh ribosom. Salinan
kopi gen ini disebut RNA duta (messennger RNA = mRNA). mRNA membawa sandi
genetik yang dipakai langsung untuk sintesis protein di ribosom. Tahap ini disebut
dengan tahp transkripsi. Dalam tahap berikutnya kodon pada mRNA harus dapt
dikorelasi dengan asam amino yang seharusnya. Tahapan ini dilakukan molekul RNA
lain, yaitu RNA transfer, (transfer RNA = tRNA) yang dikenal dengan tahap translasi.
Akhirnya asam amino harus disambungkan untuk membentuk rantai protein fungsional
(tahap sintesis). Ribosom yang terdiri dari RNA dan protein, melakukan fungsi tersebut.
Bila rantai protein sudah lengkap, suatu tanda berhenti (stop sign) mempengaruhi
ribosom sehingga ribosom melepas protein baru tersebut ke dalam sel.
a. Transkripsi.
Transkripsi adalah sintesis RNA secara enzimatik dengan menggunakan
DAN sebagai cetakan. Untuk transkripsi suatu gen, hanya salah satu rantai DNA yang
digunakan sebagai cetakan atau templat. Transkripsi dikatalis oleh enzim RNA
polimerase. Sintesis RNA selalu bergerak ke satu arah, yaitu dari ujung 5’ ke ujung 3’
dari molekul RNA.
Untuk menginisiasi transkripsi, RNA polimerase berikatan pada suatu daerah di
DNA yang disebut promoter. Promoter terletak disebelah hulu (ke arah5’) dari gen.
Perbedaan urutan nukleotida dari promoter berbagai gen menyebabkan perbedaan tingkat
efisiensi dan regulasi dari inisiasi transkripsi gen-gen tersebut.
Setelah RNA polimerase terikat pada promoter DNA, kedua rantai DNA
dipisahkan dan RNA polimerase memulai sintesis RNA di tempat inisiasi. Tempat ini
disebut sebagai posisi +1. RNA polimerase menambahkan ribonukleotida ke ujung 3’dari
rantai RNA yang sedang disintesis. Hal ini dilakukan dengan bergerak dari ujung 3’ ke
arah 5’ dari rantai DNA cetakan., sambil memisahkan bagian rantai ganda DNA yang
dilaluinya. Dengan demikian ribonukleotida dapat berpasangan dengan DNA cetakan dan
ditambahkan pada ujung 3’ RNA dengan pembentukan ikatan fosfodiester. Heliks ganda
akan terbentuk kembali setelah RNA polimerase lewat.
DNA
5’ TACG
3’ ATGC
Transkripsi
RNA
5’ U A C G 3’
b.Translasi.
Translasi merupakan proses sintesis protein di dalam sel. Sebelum sintesis protein
dimulaio, setiap jenis tRNA berikatan dengan asam amino spesifik. Reaksi ini dikatalis
oleh enzim aminoasil tRNA sintetase bersama dengan ATP, sehingga terbentuk aminoasil
tRNA. Pada tRNA terdapat antikodon yang akan berpasangan dengan kodon yang
terdapat pada mRNA. Setiap macam aminoasil tRNA sintetase akan menggabungkan
asam amino tertentu pada tRNA yang spesifik. Pada tRNA inisiator, tRNA terikat pada
asam amino metionin yang termodifikasi, yaitu N-formilinetionin. Proses sintesis protein
terdiri dari tiga tahap yaitu:
• Inisiasi : proses penempatan ribosom pada suatu molekul mRNA
• Elongasi : proses penambahan asam amino
• Terminasi : proses pelepasan protein yang baru disintesis
Pada sintesis protein sel prokariot, prosaes inisiasi memerlukan sub unit kecil
(30S) dan sub unit besar (50S) ribosom, mRNA, tiga faktor inisiasi (IF , IF dan IF )
1 2 3
dan GTP. IF dan IF mula-mula terikat pada sub unit kecil ribosom, kemudian IF dan
1 3 2
GTP bergabung. Kompleks sub unit kecil ini terikat pada mRNA di tempat pengikatan
ribosom yang terletak 8 – 13 nukleotida sebelum hulu kodon inisiasi Aug kemudian
bergerak sepanjang mRNA ke arah hilir sampai menemukan kodon inisiasi. Setelah
pengikatan sub unit kecil ribosom pada kodon inisiasi, tRNA inisiator dapat terikat pada
Proses elongasi melibatkan tiga faktor elongasi (EF – Tu, EF – Ts, EF – G0,
GTR, aminoasil tRNA dan kompleks inisiasi 70 S. Proses elongasi terdiri dari tiga tahap:
• Aminoasil tRNA membentuk kompleks denagn EF-Tu dan GTP, terikat pada “A-
site” di ribosom dengan melepaskan EF-Tu – GDP. EF-Tu – GTP dapat berubah
lagi menjadi EF-Tu – GTP dengan bantuan EF-Ts dan GTP.
• Enzim transferase peptidil yang terdapat pada ribosom membenyuk ikatan peptida
antara dua asam amino yang berdampingan.
• Enzim translokase (EF-G) dengan energi GTP menggerakkan ribosom sejauh satu
kodon sepanjang mRNA sehingga tRNA pada “P-site” lepas dan tRNA pada “A-
site” pindah ke “P-site”.
Proses elongasi rantai peptida berjalan terus sampai ribosom mencapai suatu kodon stop.
Proses terminasi melibatkan tiga faktor pelepas (“release faktor”, RF , RF dan
1 2
ACP - SH CoA - SH
Palmitoil - SCoA
c. Pemanjangan rantai secara tahap demi tahap
Asetil - SCoA Asetil - SCoA
Oksidasi sempurna asam lemak berantai panjang di dalam semua sel jaringan
hewan mamalia, kecuali di dalam sel otak, menghasilkan CO dan H O sebagai hasil
2 2
akhir. Dalam keadaan tertentu oksidasi asam lemak dalam sel otak menghasilkan asam β-
hidroksibutirat. Kelincahan gerak, penyebaran, dan oksidasi asam lemak yang terjadi di
dalam tubuh berlangsung secara terpadu dengan proses metabolisme karbohidrat dan
diatur oleh sistem hormon endokrin yang rumit.
Enoil – CoA
H O Enoil hidrase
Tahap reaksi (2) sampai dengan 2 (3)
(5) diulangi terus sampai seluruh
rantai asam lemaknya dioksidasi
menjadi asetil CoA Hidroksi asil – CoA
NAD
β-hidroksiasil
H + (4) dehidrogenase
+
Ketoasil – CoA
CoASH Tiolase
Asil asam lemak CoA dengan
rantai dua atom karbon lebih
pendek dari pada asil asam lemak (5)
– CoA semula Asetil CoA
Gambar 27. Proses β-oksidasi asam lemak.
BIOTEKNOLOGI
A. Definisi Bioteknologi
Istilah bioteknologi pertama kali dikemukakan oleh Karl Ereky, seorang insinyur
dari Hongaria. Pada tahun 1917 istilah bioteknologi digunakan untuk mendiskripsikan
produksi babi dalam skala besar dengan menggunakan bit gula sebagai sumber pakannya.
Sampai tahun 1970 bioteknologi selalu berasosiasi dengan rekayasa biokimia
(biochemikal enginering) dan pada umumnya perkuliahan yang berhubungan dengan
bioteknologi juga diberikan oleh Jurusan Rekayasa Kimia atau Rekayasa Biokimia.
Bioteknologi merupakan teknologi yang menggunakan organisme hidup atau
bagian-bagiannya untuk memenuhi berbagai kebutuhan manusia. Dengan kata lain,
bioteknologi merupakan penggunaan organisme atau sistem hidup untuk memecahkan
suatu masalah atau untuk menghasilkan produk yang berguna.
Gambar 28. Penemuan struktur DNA tahun 1953 sebagai pembuka perkembangan
bioteknologi molekuler oleh James Watson dan Francis Crick.
Sebelumnya, kita menggunakan suatu organisme utuh tetapi sekarang
menggunakan sel-sel dan molekul organisme tersebut. Sebelumnya kita melakukan
manipulasi tanpa mengetahui mekanisme yang mendasari manipulasi tersebut. Cara
manipulasi kita sulit diprediksi hasilnya. Tetapi kita sekarang mengerti manipulasi yang
kita lakukan pada taraf yang paling mendasar aitu pada taraf molekuler atau gen. Oleh
karena itu, kita dapat memprediksi pengaruh manipulasi yang dilakukan dan
mengarahkan perubahan yang diinginkan dengan tingkat ketepatan yang tinggi.
C. Perkembangan Bioteknologi
Bioteknologi sudah ada sejak 10.000 tahun yang lalu. Mikroorganisme sudah
digunakan orang dalam pembuatan bir, cuka, yoghurt, dan keju. Pada zaman romawi,
anggur sudah dikenal orang. Pembuatan bahan kimia pertama dengan menggunakan
mikroorganisme dilakukan pada abad ke-14, yaitu pada pembuatan etanol. Industri
fermentasi modern dikenal sejak perang dunia I, yaitu produksi dalam skala besar
berbagai bahan kimia, seperti gliserol dengan menggunakanm ragi, aseton-butanol
dengan menggunakan bakteri Clostridium acetobutilicum dan asam sitrat dengan
menggunakan jamur Aspergillus niger. Fermentasi semi kontinu mulai dikenal selama
perang dunia II. Perang dunia II memicu orang untuk meningkatkan produksi anti bioik
penisilin. Produksi penisillin berhasil ditingkatkan dengan memperbaiki galur jamur yang
digunakan dan mengembangkan teknologi fermentasi dalam skala besar. Pencarian
antibiotik lain dari berbagai mikroorganisme lain juga terus dilakukan. Sesudah tahu
1960-an, kultur sel hewan dalam skala besar mulai digunakan dalam pembuatan vaksin
dan pembuatan obat seperti ionterferon.
Berbeda dengan kultur mikroorganisme, kultur sel tidak dapat tumbuh sebagai
suspensi tetapi memerlukan suatu permukaan tempat melekatnya sel hewan. Pada tahun
1970-an berhasil dibuat hibridoma, yaitu hasil fusi sel tumor denagn sel limfosit
penghasil antibodi. Masing-masing sel hibridoma menghasilkan antibodi monoklonal,
yaitu antibodi terhadap bagian spesifik dari suatu protein. Antibodi monoklonal banyak
digunakan dalam diagnostik, terapi terhadap suatu penyakit dan proses pemurnian
protein. Kultur sel tumbuhan dapat diregenerasi menjadi tanaman baru. Dari suatu kultur
sel tumbuhan dapat dihasilkan ratusan tanaman baru. Sel yang bebas dari virus dapat
diisolasi dan dikulturkan sehingga dapat dihasilkan tanaman yang bebas virus dan ini
dapat meningkatkan produksi.
Latihan soal:
c. Reduksi CO
2
d. Menghasilkan glukosa
2. Pada reaksi terang, penyimpanan energi matahari dalam bentuk......
a. ATP
b. ADP
c. NADP
d. NADPH
a. CO
2
Conn, E.E. 1987. Outlines of Biochemistry. New York USA: John Wiley & Sons.