HOW DOES RHO FACTOR WORK

Untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika yang dibina oleh bapak Duran Corebima dan ibu Siti Zubaidah

Oleh : Fyrga Afryani Widyarnes Niwangtika 100342404670 100342404666

UNIVERSITAS NEGERI MALANG FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM JURUSAN BIOLOGI FEBRUARI 2012

How does Rho Factor work? Faktor Rho merupakan protein penting dalam E. coli. Berfungsi hanya pada tahap terminasi. Terdiri dari 46 kD protein, yang kemungkinan aktif sebagai hexamer (275 kD). Protein ini berfungsi sebagai faktor pendukung untuk polimerase RNA, biasanya aktivitas maksimum secara in vitro ditunjukkan saat RNA polimerase berada pada konsentrasi ~ 10%. E. coli relatif memiliki sedikit terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho dependent), sebagian besar rho-dependent yang telah diketahui ditemukan dalam genom faga. Urutan yang diperlukan untuk rho-dependent terminasi adalah 50-90 basis panjang dan terletak ke arah hulu dari terminator. Struktur umumnya adalah RNA kaya residu C dan miskin residu G. Rho mempunyai aktivitas ATPase, dimana RNA sangat tergantung dan membutuhkan kehadiran poliribonukleitida >50 atau lebih. Hal itu menunjukkan rho dapat mengikat RNA. Kemungkinan satu faktor rho bertindak dalam satu substrat RNA. Model dari aktivitas rho terlihat pada gambar di bawah ini.

Gambar : model dari aktivitas faktor rho hot pursuit Keterangan: 1.Rna Polymerase mentranskripsi DNA

2. Rho menempel pada RNA untul mengenal RNA tersebut 3. Rho bergerak sepanjang RNA dan mengikuti RNA 4. RNA polymerase istirahat di terminator 5. Rho beristirahat di DNA-RNA 6. dihasilkan RNA polymerase,rho dan RNA Bagaimana rho dapat mencapai RNA polimerase? Satu kemungkinan adalah bahwa rho hanya bergerak sepanjang transkrip lebih cepat dari RNA polimerase yang bergerak sepanjang DNA. Enzim berhenti saat mencapai terminator, dan penghentian terjadi jika rho menangkap itu di sana. Apakah rho membuat transkrip dengan bertindak langsung pada DNA-RNA persimpangan atau tidak langsung dengan menyebabkan RNA polimerase melepaskan RNA? Dengan tidak adanya RNA polimerase, rho melakukan helikase 5-3 yang dapat menyebabkan suatu hibrida RNA-DNA terpisah, hidrolisis ATP digunakan untuk menyediakan energi untuk reaksi. Rho faktor mengejar RNA polimerase di sepanjang RNA dan dapat menyebabkan pemutusan proses kerja ketika penangkapan enzim berhenti di rho-dependent terminator. Kemampuan ini menunjukkan bahwa rho bisa langsung mendapatkan akses ke hamparan RNA-DNA hibrida pada gelembung transkripsi danmembuatnya beristirahat. Baik sebagai hasil dari istirahat, atau karena beberapa interaksi antara rho dan RNA polimerase, pemutusan selesai dengan dikeluarkannya polimerase rho dan RNA dari asam nukleat. Gagasan bahwa rho bergerak sepanjang RNA menyebabkan prediksi yang penting tentang hubungan antara transkripsi dan translasi. Rho pertama harus memiliki akses ke urutan yang mengikat RNA, dan kemudian harus dapat bergerak sepanjang RNA. Salah satu atau kedua kondisi ini dapat dicegah jika ribosom yang menerjemahkan sebuah kode RNA. Sehingga kemampuan faktor rho untuk mencapai polimerase RNA di terminator tergantung pada apa yang terjadi dalam penerjemahan kode tersebut. Dalam beberapa kasus, mutasi nonsense pada satu gen dari unit transkripsi mencegah ekspresi gen berikutnya pada unit. Efek ini disebut polaritas. Penyebab umum adalah tidak adanya mRNA yang sesuai dengan (distal) bagian unit berikutnya. Misalnya ada rho-dependent terminator dalam unit transkripsi, yaitu sebelum terminator yang biasanya digunakan. Konsekuensi diilustrasikan pada Gambar di bawah ini.

Gambar : rho dependent terminator pada unit transkripsi Biasanya terminator ini sebelumnya tidak digunakan, karena ribosom mencegah rho dari mencapai RNA polimerase. Tapi mutasi nonsense melepaskan ribosom, sehingga rho bebas untuk menempel atau bergerak sepanjang mRNA, memungkinkan untuk bertindak atas RNA polimerase di terminator. Akibatnya, enzim dilepaskan, dan daerah distal dari unit transkripsi tidak pernah diekspresikan. Beberapa RNA yang stabil yang memiliki struktur sekunder ekstensif diawetkan dari efek polar, kemungkinan karena strukturnya menghambat lampiran rho atau gerakan. Mutasi rho menunjukkan variasi yang luas dalam pengaruhnya pada penghentian. Sifat dasar dari efeknya adalah kegagalan untuk mengakhiri. Namun besarnya kegagalan, seperti terlihat dalam persen readthrough in vivo, tergantung pada lokus target tertentu. Demikian pula, kebutuhan dari faktor rho in vitro adalah variabel. Beberapa (rho-dependent) terminator membutuhkan konsentrasi yang relatif tinggi, sementara yang lain tetap berfungsi pada tingkat konsentrasi rendah. Hal ini menunjukkan bahwa terminator yang berbeda memerlukan berbagai tingkat konsentrasi untuk penghentian, dan karena respon yang berbeda terhadap tingkat residu oleh faktor rho dalam mutan (rho mutan biasanya bocor). Beberapa mutasi rho dapat ditekan oleh mutasi pada gen lain. Pendekatan ini menyediakan cara terbaik untuk mengidentifikasi protein yang berinteraksi dengan rho. Subunit dari polimerase RNA ada dua macam. Pertama, mutasi pada gen rpoB dapat mengurangi penghentian di tempat rho-dependent. Kedua, mutasi rpoB dapat mengembalikan kemampuan untuk mengakhiri transkripsi di tempat rho dependent pada rho bakteri mutan.

Pertanyaan dan jawaban seputar mekanisme kerja faktor Rho 1. Faktor rho pada E.coli berfungsi dalam proses terminasi pada RNA polimerase, ada berapa macamkah terminator yang terdapat pada E.coli? dan jelaskan! Jawaban : Bakteri E.coli mempunyai protein penting yang dinamakan faktor rho, rho tersebut penting dalam proses terminasi (penghentian/pengakhiran) RNA polimerase. Terminator tersebut ada dua macam yaitu terminator yang tidak tergantung pada faktor rho (rho dependent terminators) dan terminator yang tergantung pada faktor rho (rho independent terminators). Namun biasanya yang lebih sering digunakan pada pendakhiran proses transkripsi adalah rho dependent teminators. 2. Sebutkan subunit dari polimerase RNA! Jawaban : Pertama, mutasi pada gen rpoB dapat mengurangi penghentian di tempat rhodependent. Kedua, mutasi rpoB dapat mengembalikan kemampuan untuk mengakhiri transkripsi di tempat rho dependent pada rho bakteri mutan.