Sejarah Bandaraya Kota Kinabalu bermula dengan penemuan Jesselton di abad ke-19.

Pulau Gaya yang terletak berdekatan dengan Bandar Kota Kinabalu telah dijadikan sebagai salah sebuah pusat pentadbiran pihak British. Pulau Gaya disifatkan sebagai salah sebuah pelabuhan terbaik yang mempunyai pesisiran pantai yang dilingkungi dataran sepenuhnya. Walau bagaimanapun, pihak British mendapati bahawa di sekitat perairan Pulau Gaya terdapat banyak batu karang yang mengakibatkan kapal-kapal menghadapi kesukaran untuk mendekati dan berlabuh di pulau ini. Kegiatan perniagaan juga menjadi merosot disebabkan kesukaran mentadbir Pulau Gaya dari tanah besar. Keadaan menjadi bertambah buruk dengan berlakunya pemberontakan oleh orang tempatan. Pihak British terpaksa mencari sebuah pusat pentadbiran yang baru yang lebih sesuai. Pada tahun 1899, sebuah tapak bandar dan tempat berlabuh baru telah ditemui iaitu di Teluk Gaya, yang mana bandar ini dikenali sebagai Jesselton bersempena dengan nama naib pengerusi British North Borneo Chartered Company(BNBCC), Sir Charles Jessel. Dengan penemuan bandar baru ini, maka bermulalah satu era baru dimana bandar Jesselton menjadi pusat pentadbiran dan pusat persinggahan utama kapal-kapal dari seluruh pelusuk dunia. Namun pada tahun 1942, Tentera Jepun telah menakluki Jesselton sehinggalah pada akhir tahun 1945 bilamana pasukan tentera Australia dengan gabungan pemimpin-pemimpin tempatan telah membebaskan Jesselton dari genggaman Jepun. Selepas itu pada 15 Julai 1946, Jesselton diletak dibawah perlindungan kerajaan dan diisytiharkan sebagai Jajahan British sehinggalah pada tahun 16 September 1963 dimana Sabah mencapai kemerdekaan dan membentuk Malaysia. Pada tahun 1967, nama Jesselton bertukar kepada Kota Kinabalu dan Lembaga Bandaran Kota Kinabalu ditubuhkan. Pengerusi pertama pada ketika itu ialah Yang Berbahagia Datuk Lai En Kong. Pada 1 Januari 1979, Lembaga Bandaran Kota Kinabalu telah dinaiktaraf menjadi Majlis Perbandaran Kota Kinabali. Presideni pertama ialah Yang Berbahagia Datuk Kamaruddin Linggam, diikuti oleh Datuk Haji Bistari bin Haji Jinurain, Datuk Lim Guan Yee, Datuk Monggoh Orow, Datuk Peter D. Cheong, Datuk Yee Fong Chun, Datuk Lee Thau Phin, Encik Stephen Shee, Datuk Dayang Adeline Leong. Satu enakmen untuk menaikkan taraf bandar Kota Kinabalu telah diwartakan pada Disember 1996. Matlamat Enakmen berkenaan bertujuan menaiktarafkan Kota Kinabalu menjadi sebuah Bandaraya. Pada tahun 2 Februari 2000, Kota Kinabalu telah diberi status Bandaraya. Moyor pertama ialah Yang Berbahagia Brig. Gen. Datuk haji Abdul Ghani bin Haji Abdul Rashid, diikuti oleh Yang Berbahagia Datuk Elyias Ibrahim(Tahun 2006-2011) dan sekarang Yang Berbahagia Datuk Abidin Madingkir.