Dalam beberapa hal, auditor internal dan auditor eksternal memiliki kesamaan.

Keduanya merupakan profesi yang memainkan peran penting dalam tata kelola organisasi serta memiliki kepentingan bersama dalam hal efektivitas pengendalian internal keuangan. Keduanya diharapkan memiliki pengetahuan yang luas tentang bisnis, industri, dan risiko strategis yang dihadapi oleh organisasi yang mereka layani. Dari sisi profesionalitas,keuanya juga memiliki kode etik dan standar profesional yang ditetapkan oleh institusi profesional masing-masing yang harus dipatuhi. Serta sikap mental objektif dan posisi independen dari kegiatan yang mereka audit. Namun, selain berbagai kesamaan tersebut, audit internal dan audit eksternal aalah dua fungsi yang berbeda. Perbedaan misi Tanggung jawab utama auditor eksternal adalah memberikan opini atas kewajaran pelaporan keuangan organisasi. Terutama penyajian posisi keuangan dan hasil operasi dalam suatu periode. Mereka juga menilai apakah laporan keuangan organisasi disajikan sesuai dengan prinsip-prinsip akutansi yang di terima secara umum, diterapkan secara konsisten dari periode ke periode, dan seterusnya. Opini ini akan digunakan para penguna laporan keuangan, baik di dalam organisasi terlebih di luar organisasi. Antara lain untuk melihat seberapa besar tingakat reliabilitas laporan keuangan yang disajikan oleh organisasi-organisasi tersebut. Sementara itu, tanggung jawab utama auditor internal tidak terbatas pada pengendalian internal yang berkaitan terhadap reliabilitas pelaporan keuangan saja. Namun juga melakukan evaluasi desain dan implementasi pengendalian internal, manajemen risiko, dan governance dalam pemastian tujuan organisasi. Selain tujuan pelaporan keuanga, auit internal juga mengevaluasi efektivitas dan efisiensi serta kepatuhan organisasi terhadap ketentuan perundang-undangan dan kontrak. Termasuk ketentuan-ketentuan internal organisasi. Perbedaan organisasional Auditor internal merupakan bagian integral dari organisasi di mana klien utama mereka adalah manajemen, dewan direksi, dewan komisaris, dan komite-komite yang ada. Biasanya auitor internal adalah karyawan-karyawan dari perusahaan yang bersangkutan. Meskipun dalam perkembangannya pada saat ini dimungkinkan untuk melakukan outsourcing atau co-sourcing internal auditor, namun sekurang-kurangnya penanggung jawab aktivitas audit internal tetaplah bagian integral dari organisasi

Auditor eksternal merupakan pihak ketiga alias bukan bagan dari organisasi. Mereka merupakan penugasan berdasarkan kontrak yang diatur dalam ketentuan perundang-undangan maupun standar profesional yang berlaku untuk auditor eksternal.

Perbedaan pemberlakuan

Secara umum audit internal tidak wajib bagi organisasi. Namun bagi perusahaan-perusahaan yang bergerak dibidang industry tertentu seperti perbankan, dan juga perusahaan-perusahaan yang berada dalam listing bursa efek, serta BUMN di wajibkan memiliki audit internal. Sementara itu pemberlakuan audit eksternal lebih luas dibandingkan audit internal. Perusahaanperusahaan yang listing, badan-badan social, hingga partai polotik dalam keadaan-keadaan tertentu diwajibkan oleh ketentuan perundang-undangan untuk dilakukan audit eksternal.

Perbedaan focus dan orientasi. Auditor internal lebih berfokus pada masa depan.yaitu pada kejadian-kejadian yang diperkirakan akan terjadi, baik yang memiliki dampak positif(peluang) maupun dampak negative(risiko) serta bagaimana organisasi bersiap terhadap segala kemungkinan pencapaian tujuannya. Sedangkan auditor eksternal terutama berfokus pada akurasi dan bias dipahaminya kejadian-kejadian historis sebagaimana yang terefleksikan pada laporan keuangan organisasi. Perbedaan kualifikasi Kualifikasi yang diperlukan untuk seorang auditor internal tidak harus seorang akuntan, namun juga teknisi, insinyur produksi, serta personil lan yang memiliki pengetahuan dan pengalaman lainnya tentang operasi organisasi sehingga memenuhi syarat untuk melakukan audit internal. Auditor eksternal harus memiliki kualifikasi akuntanyang mampu memahami dan menilai risiko terjadinya errors dan irregularities, mendesain audit untuk memberikan keyakinan memadai dalam mendeteksi kesalahan material, serta melaporkan temuan tersebut. Pada kebanyakan Negara termasuk Indonesia, auditor perusahaan public harus menjadi anggota badan profesional akuntan yang diakui oleh ketentuan perundang-undangan. Perbedaan timing: Auditor internal melakukan review terhadap aktivitas organisasi secara berkelanjutan. Sedangkan auditor eksternal biasanya melakukan secara periodik/tahunan.