PENGERTIAN DAN STRUKTUR PROTEIN

DISUSUN OLEH:
DWI SARI NINGSIH (F1C111012)
DOSEN PENGAMPU:
Drs. Haryanto, M.Kes
PROGRAM STUDI:
KIMIA S1
FAKULTAS SAINS DAN TEKNOLOGI
UNIVERSITAS JAMBI
2012/2013

KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Allah SWT atas segala limpahan rahmatNya

sehingga saya dapat menyelesaikan penyusunan makalah ini dalam bentuk
maupun isinya yang sangat sederhana.
Makalah ini saya buat dalam rangka pemenuhan tugas mata kuliah
Biokimia dengan dosen pengampu bapak . Harapan saya semoga makalah ini
membantu menambah pengetahuan dan pengalaman bagi para pembaca,
Sehingga saya dapat memperbaiki bentuk maupun isi makalah ini sehingga
kedepannya dapat lebih baik.
Makalah ini saya akui masih banyak kekurangan karena pengalaman
yang saya miliki sangat kurang. Oleh kerena itu saya harapkan kepada para
pembaca untuk memberikan masukan-masukan yang bersifat membangun untuk
kesempurnaan makalah ini.

Penulis,

Daftar Isi

Kata pengantar........................................................................................................2
Daftar isi.................................................................................................................. 3
BAB

Pendahuluan

1.1

Latar Belakang...........................................................................................4

1.2

Tujuan.........................................................................................................5

BAB II Pembahasan

2.1 Pengertian Protein......................................................................................6

2.2

Komponen Penyusun Protein....................................................................7

2.3

Ikatan Peptida............................................................................................9

2.4

Struktur Protein..........................................................................................9

BAB III
3.1

Penutup

Kesimpulan...............................................................................................20

Daftar Pustaka.......................................................................................................21

BAB I
3

PENDAHULUAN

1.1. LATAR BELAKANG

Protein (protos yang berarti paling utama) adalah senyawa organik kompleks yang
mempunyai bobot molekul tinggi yang merupakan polimer dari monomer-monomer
asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Peptida dan
protein merupakan polimer kondensasi asam amino dengan penghilangan unsur air
dari gugus amino dan gugus karboksil.

Jika bobot molekul senyawa lebih kecil dari 6.000, biasanya digolongkan sebagai
polipeptida. Proetin banyak terkandung di dalam makanan yang sering dikonsumsi
oleh manusia. Seperti pada tempe, tahu, ikan dan lain sebagainya. Secara umum,
sumber dari protein adalah dari sumber nabati dan hewani. Protein sangat penting bagi
kehidupan organisme pada umumnya, karena ia berfungsi untuk memperbaiki sel-sel
tubuh yang rusak dan suplai nutrisi yang dibutuhkan tubuh. Maka, penting bagi kita
untuk mengetahui tentang protein dan hal-hal yang berkaitan dengannya. Protein
merupakan salah satu dari biomolekul raksasa selain polisakarida, lipid dan
polinukleotida yang merupakan penyusun utama makhluk hidup.

Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. Molekul protein itu sendiri mengandung karbon, hidrogen,
oksigen, nitroge dan kadang kala sulfur serta fosfor.Protein dirumuskan oleh Jons
Jakob Berzelius pada tahun 1938.

1.2. RUMUSAN MASALAH

Apa pengertian protein?
Apa komponen penyusun protein ?
Bagaimana ikatan peptida pada protein?
Bagaimana struktur protein?

1.3. TUJUAN
Tujuan dari makalah ini yaitu :
Untuk mengetahui pengertian protein
Untuk mengetahui penyusun protein
Untuk mengetahui ikatan peptide pada protein
Untuk mengetahui struktur dari protein

BAB II
ISI

2.1. PENGERTIAN
Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
polimer dari monomer monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen,
nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor . Protein berperan penting dalam struktur
dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus. Kebanyakan protein merupakan enzim
atau subunit enzim. Jenis protein lain berperan dalam fungsi struktural atau mekanis,
seperti misalnya protein yang membentuk batang dan sendi sitoskeleton.
Protein terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam
bentuk hormon, sebagai komponen penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam
transportasi hara. Sebagai salah satu sumber gizi, protein berperan sebagai sumber
asam aminobagi organisme yang tidak mampu membentuk asam amino tersebut
(heterotrof). Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain
polisakarida,lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk
hidup. Selain itu, protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti
dalam biokimia.
Protein ditemukan oleh Jns Jakob Berzelius pada tahun1838. Biosintesis protein
alami sama dengan ekspresi genetik . Kode genetik yang dibawa DNA ditranskripsi
menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi translasi yang dilakukan ribosom.
Sampai tahap ini, protein masih mentah, hanya tersusun dari asam amino
proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi, terbentuklah protein yang memiliki
fungsi penuh secara biologi.Sumber sumber protein berasal dari Daging, Ikan, Telur,
Susu, dan produk sejenis Quark , Tumbuhan berbji, Suku polong-polongan dan
Kentang.

2.2 KOMPONEN PENYUSUN PROTEIN

Unit dasar penyusun struktur protein adalah asam amino. Asam amino adalah senyawa
organik yang mengandung gugus amino (NH2), sebuah gugus asam karboksilat
(COOH), dan salah satu gugus lainnya, terutama dari kelompok 20 senyawa yang
memiliki rumus dasar NH2CHRCOOH, dan dihubungkan bersama oleh ikatan
peptida. Dengan kata lain protein tersusun atas asam-asam amino yang saling
berikatan.
Struktur asam amino
Suatu asam amino- terdiri atas:
1. Atom C . Disebut karena bersebelahan dengan gugus karboksil (asam).
2. Atom H yang terikat pada atom C .
3. Gugus karboksil yang terikat pada atom C .
4. Gugus amino yang terikat pada atom C .
5. Gugus R yang juga terikat pada atom C .
Macam asam amino
Ada 20 macam asam amino, yang masing-masing ditentukan oleh jenis gugus R atau
rantai samping dari asam amino.Jika gugus R berbeda maka jenis asam amino
berbeda.Contohnya asam amino serin, asam aspartat dan leusin memiliki perbedaan
hanya pada jenis gugus R saja.
Gugus R dari asam amino bervariasi dalam hal ukuran, bentuk, muatan, kapasitas
pengikatan hidrogen serta reaktivitas kimia.Keduapuluh macam asam amino ini tidak
pernah berubah.Asam amino yang paling sederhana adalah glisin dengan atom H
sebagai rantai samping. Berikutnya adalah alanin dengan gugus metil (-CH3) sebagai
rantai samping.

Nama-nama asam amino

No

Nama Singkatan

1
2
3
4
5
6

Alanin (alanine)
Arginin (arginine)
Asparagin (asparagine)
Asam aspartat (aspartic acid)
Sistein (cystine)
Glutamin (Glutamine)
7

7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20

Asam glutamat (glutamic acid)

Glisin (Glycine)
Histidin (histidine)
Isoleusin (isoleucine)
Leusin (leucine)
Lisin (Lysine)
Metionin (methionine)
Fenilalanin (phenilalanine)
Prolin (proline)
Serin (Serine)
Treonin (Threonine)
Triptofan (Tryptophan)
Tirosin (tyrosine)
Valin (valine) Ala

2.3 IKATAN PEPTIDA

Kedua puluh macam asam amino saling berikatan, dengan urutan yang beraneka
ragam untuk membentuk protein. Proses pembentukan protein dari asam-asam amino
8

ini dinamakan sintesis protein. Ikatan antara asam amino yang satu dengan lainnya
disebut ikatan peptida.Ikatan peptida ini dapat disebut juga sebagai ikatan amida.
Coba Anda pelajari kembali struktur dasar asam amino. Pada protein atau rantai asam
amino, gugus karboksil (-COOH) berikatan dengan gugus amino (-NH2). Setiap
terbentuk satu ikatan peptida, dikeluarkan 1 molekul air (H2O).

2.4 STRUKTUR PROTEIN

Protein yang tersusun dari rantai asam amino akan memiliki berbagai macam struktur
yang khas pada masing-masing protein. Karena protein disusun oleh asam amino yang
berbeda secara kimiawinya, maka suatu protein akan terangkai melalui ikatan peptida
dan bahkan terkadang dihubungkan oleh ikatan sulfida. Selanjutnya protein bisa
mengalami pelipatan-pelipatan membentuk struktur yang bermacam-macam.
Ada 4 tingkat struktur protein yaitu struktur primer, struktur sekunder, struktur tersier
dan struktur kuartener.

Gambar 1. Level dari struktur protein (Berg et al., 2006).

1. Struktur primer

Struktur primer merupakan struktur yang sederhana dengan urutan-urutan asam amino
yang tersusun secara linear yang mirip seperti tatanan huruf dalam sebuah kata dan
tidak terjadi percabangan rantai.

Gambar 2. Struktur primer dari protein (Campbell et al., 2009).

Struktur primer terbentuk melalui ikatan antara gugus amino dengan gugus
karboksil (Gambar 3). Ikatan tersebut dinamakan ikatan peptida atau ikatan amida.
Struktur ini dapat menentukan urutan suatu asam amino dari suatu polipeptida.

10

Gambar 3. Reaksi pembentukan peptida melalui reaksi dehidrasi (Voet & Judith, 2009).

Frederick Sanger merupakan ilmuwan yang berjasa dengan temuan metode penentuan
deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa enzim protease yang
mengiris ikatan antara asam amino tertentu, menjadi fragmen peptida yang lebih
pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuan kertas kromatografik. Urutan
asam amino menentukan fungsi protein, pada tahun 1957, Vernon Ingram menemukan
bahwa translokasi asam amino akan mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut
memicu mutasi genetik.
Struktur primer protein mengacu pada urutan asam amino linier dari rantai
polipeptida. Struktur primer disebabkan oleh ikatan kovalen atau peptida, yang dibuat
selama proses biosintesis protein atau disebut dengan proses translasi. Kedua ujung
rantai polipeptida yang disebut sebagai ujung karboksil (C-terminal) dan ujung amino
(N-terminal) berdasarkan sifat dari gugus bebas. Perhitungan residu selalu dimulai
pada akhir N-terminal (gugus amino, -NH2), yang merupakan akhir dimana gugus
amino tidak terlibat dalam ikatan peptida. Struktur primer protein ditentukan oleh gen
yang berhubungan dengan protein. Sebuah urutan tertentu dari nukleotida dalam DNA
ditranskripsi menjadi mRNA, yang dibaca oleh ribosom dalam proses yang disebut
translasi. Urutan protein dapat ditentukan dengan metode seperti degradasi Edman.

2. Struktur sekunder
Struktur sekunder protein bersifat reguler, pola lipatan berulang dari rangka
protein.Dua pola terbanyak adalah alpha helix dan beta sheet.Struktur sekunder
protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada
protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder
misalnya ialah sebagai berikut:
o alpha helix (-helix, puntiran-alfa), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral;
o beta-sheet (-sheet, lempeng-beta), berupa lembaran-lembaran lebar yang tersusun
dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen atau
ikatan tiol (S-H);
o beta-turn, (-turn, lekukan-beta); dan gamma-turn, (-turn, lekukan-gamma).

11

Struktur sekunder merupakan kombinasi antara struktur primer yang linear

distabilkan oleh ikatan hidrogen antara gugus =CO dan =NH di sepanjang tulang
belakang polipeptida. Salah satu contoh struktur sekunder adalah -heliks dan pleated (Gambar 4 dan 5). Struktur ini memiliki segmen-segmen dalam polipeptida
yang terlilit atau terlipat secara berulang. (Campbell et al., 2009; Conn, 2008).

Gambar 4. Struktur sekunder -heliks (Murray et al, 2009).

Gambar 5. Struktur sekunder -pleated (Campbell et al., 2009).

12

Struktur -heliks terbentuk antara masing-masing atom oksigen karbonil pada suatu
ikatan peptida dengan hidrogen yang melekat ke gugus amida pada suatu ikatan
peptida empat residu asam amino di sepanjang rantai polipeptida (Murray et al, 2009).

Pada struktur sekunder -pleated terbentuk melalui ikatan hidrogen antara daerah
linear rantai polipeptida. -pleated ditemukan dua macam bentuk, yakni antipararel
dan pararel (Gambar 6 dan 7). Keduanya berbeda dalam hal pola ikatan hidrogennya.
Pada bentuk konformasi antipararel memiliki konformasi ikatan sebesar 7 ,
sementara konformasi pada bentuk pararel lebih pendek yaitu 6,5 (Lehninger et al,
2004). Jika ikatan hidrogen ini dapat terbentuk antara dua rantai polipeptida yang
terpisah atau antara dua daerah pada sebuah rantai tunggal yang melipat sendiri yang
melibatkan empat struktur asam amino, maka dikenal dengan istilah turn yang
ditunjukkan dalam Gambar 8 (Murray et al, 2009).

Gambar 6. Bentuk konformasi antipararel (Berg, 2006).

Gambar 7. Bentuk konformasi pararel (Berg, 2006).

13

Gambar 8. Bentuk konformasi turn yang melibatkan empat residu asam amino (Lehninger et al., 2004)

3. Struktur tersier
Struktur tersier protein adalah lipatan secara keseluruhan dari rantai polipeptida
sehingga membentuk struktur 3 dimensi tertentu.Sebagai contoh, struktur tersier
enzim sering padat, berbentuk globuler.Struktur tersier yang merupakan gabungan dari
aneka ragam dari struktur sekunder. Struktur tersier biasanya berupa
gumpalan.Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan
kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer)
dan membentuk struktur kuartener.
Lipatan tersebut dikendalikan oleh interaksi hidrofobik, tapi struktur tersebut dapat
stabil hanya bila bagian-bagian protein terkunci pada tempatnya oleh interaksi tersier
yang spesifik, seperti jembatan garam, ikatan hidrogen , dan kemasan ketat rantai
samping dan ikatan disulfida.
Struktur tersier dari suatu protein adalah lapisan yang tumpang tindih di atas pola
struktur sekunder yang terdiri atas pemutarbalikan tak beraturan dari ikatan antara
rantai samping (gugus R) berbagai asam amino (Gambar 9). Struktur ini merupakan
konformasi tiga dimensi yang mengacu pada hubungan spasial antar struktur
sekunder. Struktur ini distabilkan oleh empat macam ikatan, yakni ikatan hidrogen,
ikatan ionik, ikatan kovalen, dan ikatan hidrofobik. Dalam struktur ini, ikatan
hidrofobik sangat penting bagi protein. Asam amino yang memiliki sifat hidrofobik
akan berikatan di bagian dalam protein globuler yang tidak berikatan dengan air,
14

sementara asam amino yang bersifat hodrofilik secara umum akan berada di sisi
permukaan luar yang berikatan dengan air di sekelilingnya (Murray et al, 2009;
Lehninger et al, 2004).

Gambar 9. Bentuk struktur tersier dari protein denitrificans cytochrome C550 pada bakteri Paracoccus
denitrificans (Timkovich and Dickerson, 1976).

4. Struktur kuartener
Beberapa protein tersusun atas lebih dari satu rantai polipeptida.Struktur kuartener
menggambarkan subunit-subunit yang berbeda dipakai bersama-sama membentuk
struktur protein.
Struktur kuarterner adalah gambaran dari pengaturan sub-unit atau promoter protein
dalam ruang. Struktur ini memiliki dua atau lebih dari sub-unit protein dengan struktur
tersier yang akan membentuk protein kompleks yang fungsional. ikatan yang berperan
dalam struktur ini adalah ikatan nonkovalen, yakni interaksi elektrostatis, hidrogen,
dan hidrofobik. Protein dengan struktur kuarterner sering disebut juga dengan protein
multimerik. Jika protein yang tersusun dari dua sub-unit disebut dengan protein
dimerik dan jika tersusun dari empat sub-unit disebut dengan protein tetramerik
(Gambar 10) (Lodish et al., 2003; Murray et al, 2009).

15

Gambar 10. Beberapa contoh bentuk struktur kuartener.

Ditinjau dari strukturnya, protein dapat dibagi dalam 2 golongan yaitu:

1. Protein sederhana yang merupakan protein yang hanya terdiri atas molekul-molekul
asam amino. Termasuk dalam kelompok misalnya :
Protamin
Protein ini bersifat alkalis dan tidak mengalami koagulasi pada pemanasan.
Albumin
Protein larut dalam air dan larutan garam encer, BM-nya relative rendah. Albumin
terdapat dalam putih telur (albumin telur), susu (laktalbumin), darah (albumin darah)
dan sayur-sayuran.
Globulin
Larut dalam larutan garam netral, tetapi tidak larut dalam air. Terkoagulasi oleh panas
dan akan mengendap pada larutan garam konsentrasi tinggi (salting out) dalam tubuh
banyak terdapat sebagai zat antibodi dan fibrinogen. Pada susu terdapat dalam bentuk

16

laktoglobulin, dalam telur ovoglobulin, dalam daging myosin dan acitin dan dalam
kedele disebut glisilin atau secara umum dalam kacang-kacangan disebut legumin.
Glutelin
Larut dalam asam dan basa encer, tetapi tidak larut dalam pelarut netral. Contoh :
gluten pada gandum dan oryzenin pada beras.
Prolanin
Larut dalam etanol 50-90% dan tidak larut dalam air. Protein ini banyak mengandung
prolin dan asam glutamat serta banyak terdapat didalam serelia. Contohnya : zein pada
jagung, gliadin pada gandum, dan kordein pada barley.
Skleroprotein
Tidak larut dalam air dan solvent netral dan tahan terdapat hidrolisis enzimatis.
Protein ini berfungsi sebagai strukutr kerangka pelindung pada manusia dan hewan.
Contoh kolagen, elastin, dan keratin.
Histon
Merupakan protein basa, karena banyak mengandung lisin dan arginin. Bersifat larut
dalam air dan akan tergumpalkan oleh ammonia.
Globulin
Hampir sama dengan histon. Globulin kaya akan arginin, triptophan, histidin tapi tidak
mengandung isoleusin terdapat dalam darah (hemoglobin).
Protein
Merupakan protein yang sangat sederhana BM relative rendah (4000-8000), kaya akan
arginin, larut dalam air dan terkoagulasi oleh panas dan bersifat basis.

Protein sederhana menurut bentuk molekulnya dibagi menjadi 2 kelompok, yaitu:

Protein serabut (= skleroprotein = albumoid = skrelin)
Serat (fibrous) berbentuk panjang dan terikat bersama-sama sebagai fibril-fibril oleh
ikatan hydrogen. Tidak larut dalam air, sehingga ketidak larutan ini mengakibatkan
gaya antar molekul yang kuat. Contoh, keratin (rambut, kuku, bulu, tanduk), pada
kalogen (jaringan penghubung), fibroin (sutera) dan miosin (otot).

17

Protein serabut ini berbentuk serabut; tidak larut dalam pelarut encer, baik larutan
garam, basa ataupun alkohol. Molekulnya terdiri atas rantai molekul yang panjang,
sejajar dengan rantai utama, tidak membentuk kristal dan bila ditarik memanjang
kembali kebentuk semula. Fungsi dari protein ini adalah membentuk struktur bahan
dan jaringan, contohnya adalah keratin pada rambut. Molekul protein ini terdiri atas
beberapa rantai polipeptida yang memanjang dan dihubungkan satu sama lain oleh
beberapa ikatan silang hingga merupakan bentuk serat atau serabut yang stabil. Berat
molekulnya yang besar belum dapat ditentukan dengan pati dan sukar dimurnikan.

Protein globural
Protein globural berbentuk seperti bola, banyak terdapat pada bahan hewani
(susu,daging, telur). Protein ini mudah larut dalam garam dan asam encer serta mudah
berubah karena pengaruh suhu, konsentrasi garam, asam dan basa serta mudah
mengalami denaturasi. Protein globular pada umumnya berbentuk bulat atau elips dan
terdiri atas rantai polipeptida yang terlibat.

2. Protein gabungan yang merupakan protein yang terdiri atas protein dan gugus bukan
protein. Gugus ini disebut gugus prostetik dan terdiri atas karbohidrat, lipid atau asam
nukleat :
Posferoprotein : mengandung gugus asam folat yang terikat pada gugus hidriksil
dari serin dan theroin. Banyak terdapat pada susu dan kuning telur.
Lipoprotein : mengandung lipid asam lemak, listin. Sehingga mempunyai
kapasitas sebagai zat pengemulsi yang baik, terdapat dalam telur, susu dan darah.
Nukleoprotein : kombinasi antara asam nukleat dan protein. Misal : musin pada air
liur, ovomusin pada telur, nukoid pada serum.
Kromoprotein : kombinasi protein dengan gugus berfigmen yang biasanya
mengandung unsur logam. Contoh : hemoglobin, myglobulin, chlorofil dan
flavoprotein.
Metaloprotein : merupakan komplek utama anatara protein dan logam seperti
halnya kromatorprotein. Contoh : feritrin (mengandung Fe), coalbumin (mengandung
CO dan Zn).

18

BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan
1. Protein adalah senyawa organik kompleks yang mempunyai bobot molekul tinggi
yang merupakan polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu
sama lain dengan ikatan peptida.
2. Protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh.
3. Komponen penyusun protein terdiri dari :Alanin (alanine), Arginin (arginine),
Asparagin (asparagine), Asam aspartat (aspartic acid), Sistein (cystine), Glutamin
(Glutamine), Asam glutamat (glutamic acid), Glisin (Glycine), Histidin (histidine),
Isoleusin (isoleucine), Leusin (leucine), Lisin (Lysine), Metionin (methionine),
Fenilalanin (phenilalanine), Prolin (proline), Serin (Serine), Treonin (Threonine),
Triptofan (Tryptophan), Tirosin (tyrosine), dan Valin (valine)
4. Ikatpeptidaan antara asam amino yang satu dengan lainnya disebut ikatan
5. Struktur protein ada 4 tingkatan yaitu :Struktur primer, Struktur sekunder, Struktur
tersier, Struktur kuartener.

19

DAFTAR PUSTAKA

Almatsier, Sunita.2009.Prinsip Dasar Ilmu Gizi.Jakarta: Gramedia Pustaka Utama

http://id.wikipedia.org/wiki/Protein
Lodish et al., 2003. Molecular Cell Biology (Lodish, Molecular Cell Biology)
Murray, Robert K. Daryl K. Granner. Victor W. Radwell. 2009.Biokimia Harper Edisi
27.Jakarta: Penerbit Buku Kedokeran (EGC)
Sloane, Ethel.2003.Anatomi Dan Fisiologi Untuk Pemula.jakarta: Penerbit Buku
Kedokteran (EGC)

20