METABOLISME

MIKROORGANISME

Mengapa mempelajari metabolisme?

Marlia Singgih Wibowo

School of Pharmacy ITB

Tujuan mempelajari metabolisme

mikroorganisme

Memahami jalur biosintesis suatu metabolit

(primer atau sekunder) yang diproduksi oleh
mikroorganisme
Memahami regulasi dalam proses metabolisme
(inhibisi, represi, kontrol, induksi)
Memanfaatkan mikroorganisme untuk
memproduksi metabolit yang kita inginkan
Dapat memanipulasi mikroorganisme dan
lingkungannya untuk mengatur laju pembentukan
metabolit yang kita inginkan
Dapat menetapkan faktor-faktor penentu dalam
suatu proses metabolisme

Metabolisme

Katabolisme : proses degradasi nutrien

menjadi fragmen-fragmen yang lebih
kecil. Proses katabolisme menghasilkan
ATP, proton motive force, menurunkan
tenaga dan pengambilan nutrisi serta
pembentukan rangka karbon dalam jalur
metabolisme inti
Jalur degradasi ini bisa pendek (misalnya
pembentukan asetat) atau bisa pula
panjang (misalnya pembentukan asam
benzoat)

Amphibolisme : proses pembentukan

intermediate (senyawa antara)
Terjadi pembentukan building blocks
(senyawa pembangun), misalnya asam
amino, purin, pirimidin, gula-gula fosfat,
asam organik, dan metabolit lain

Tahap Utama Metabolisme

Asam amino,
asam nukleat,
dll

KH, Lemak,
Protein
NTP
ADP
ATP
Katabo
lisme

NADP
NADPH

NDP
Biosin
tesis

CO2
Kerangka
karbon

Tumbuh

Protein, lipid,
struktur sel

Anabolisme : biosintesis polimer dari

monomer (asam amino, nukleotida dan
lipid) dari rangka karbon utama melalui
pemanfaatan ATP dan NADPH
Pertumbuhan sel dengan menggabungkan
struktur makromolekul melalui proses
polimerisasi monomer-monomer yang
dihasilkan dari proses biosintesis,
melibatkan berbagai nukleotida fosfat
Polimer sel a.l. protein, asam nukleat,
dinding sel, makanan cadangan, dll.

Jalur utama dalam metabolisme

Reaksi dalam proses metabolisme

Reaksi redoks (reduksi-oksidasi) yang

melibatkan donor elektron dan akseptor
elektron
Keseluruhan reaksi redoks menunjang
aktivitas sel yang menghasilkan salah
satu dari 3 macam energi kimia
berpotensi a.l :

Nukleotida piridin (NADH dan NADPH)

Nukleotida adenin (ATP,ADP dan AMP)
Proton motive force (pemindahan ion H dari
bagian interior ke bagian eksterior membran)

Fungsi enzim dalam metabolisme

Reaksi metabolisme dikatalisis oleh enzim

Semua protein pada sel tunggal (unisel)
berada dalam bentuk protein enzim
Pada bakteri, kebanyakan tidak memiliki
protein struktur
Setiap enzim secara spesifik bertanggung
jawab pada konversi suatu senyawa
menjadi senyawa lain
Kerja enzim dapat bersifat substratspesifik, atau kerja-spesifik

Fungsi energi dalam metabolisme

Nukleotida piridin (NADH dan NADPH) :

memindahkan hidrogen antara berbagai
bagian sel yang berbeda-beda
Nukleotida adenin (ATP,ADP dan AMP) :
memperpanjang reaksi sel misalnya pada
polimerisasi nukleotida dan asam amino
Proton motive force (pemindahan ion H
dari bagian interior ke bagian eksterior
membran) : berperan dalam pengambilan
substrat, atau untuk pergerakan

Laju kerja enzim

Ko-enzim dan gugus prostetik

Untuk mengambil atau memberikan

fragmen suatu substrat, protein enzim
menggunakan suatu senyawa berBM kecil
yang bertindak sebagai tweezer untuk
menangani gugus amino, gugus metil,
hidrogen, elektron, dan fargmen kecil
lainnya
Ko-enzim sangat penting karena tidak
dapat disintesis oleh kebanyakan
organisme, sehingga harus diperoleh dari
luar. Contoh : vitamin

Pembentukan energi dalam reaksi

biokimia yang terjadi di dalam sel

Reaksi biokimia dalam metabolisme

melibatkan pembentukan ATP
Ada tiga cara ATP dibentuk :

Substrate-level phosphorylation
Oxidative/respiratory-chain
phosphorylation
Photosynthetic phosphorylation

Fosforilasi pada tingkat substrat

Fosforilasi pada rantai respirasi

(Substrate-level Phosphorylation)

(Respiratory-Chain Phosphorylation)

Reaksi biokimia yang terjadi di dalam

sitoplasma pada pembentukan ATP
Pada reaksi Gliserat 1,3 bifosfat 3
fosfogliserat : terbentuk 1 ATP
Fosfoenol piruvat piruvat (1 ATP)
Asetil fosfat asetat (1 ATP)
Pada reaksi ini hanya terjadi pada
bakteri yang memproduksi asetat,
butirat, butanol, aseton, isopropanol

Ditandai dengan kapasitas memproduksi energi

melalui proses respirasi
Disebut juga fosforilasi transport elektron
Sel bakteri dan mitokondria pada eukariot
bertindak sebagai vesikel yang dikelilingi oleh
membran sitoplasma.
Ion Hidrogen dipindahkan dari atau ke membran
sedemikian rupa sehingga terjadi gradien
elektrokimia antara bagian luar dan dalam
membran
Bagian luar membran bermuatan positif, bagian
dalam bermuatan negatif
Transport elektron terjadi pada membran dan
rantai respirasi tersebut bertindak sebagai pompa
proton. Pada sintesis ATP, proton mengalir dari
luar sel ke dalam sel

Fosforilasi fotosintesis
(Photosynthetic phosphorylation)

Proses ini terjadi pada membran sel

Terlibat suatu rangkaian reaksi yang
membawa elektron (oleh donor
elektron)dan yang menerima elektron
(oleh akseptor elektron)
Oksigen bukan satu-satunya spesi
akseptor elektron, tapi juga senyawa lain
misalnya senyawa inorganik nitrat, CO2,
senyawa organik fumarat, dll)
Pada Fotosintesis terjadi pula transport
elektron, dan cahaya merupakan pemicu
pompa proton

Regulasi metabolisme

Mekanisme transport komponen

substrat ke dalam sel

Seluruh kegiatan metabolisme berlangsung

sangat cepat dan harus bekerja di dalam sel
Mikroorganisme memiliki potensi genetik untuk
memproduksi lebih dari 1000 enzim
Enzim ini harus dibentuk dalam jumlah yang tepat
dan dalam sistem yang terkoordinasi dengan baik
agar sel bekerja secara efisien
Mikroorganisme dapat dengan cepat
mengantisipasi perubahan lingkungan sehingga
dapat dengan segera memperbaiki sistem
metabolismenya
Regulasi untuk sistem yang demikian terjadi pada
level sintesis enzim atau pada level kerja enzim

Faktor yang mempengaruhi regulasi

metabolisme

Jenis dan jumlah enzim

Jenis dan jumlah substrat
Adanya induktor, aktivator, represor
dan inhibitor
Faktor lingkungan
Faktor genetik

Pada tingkat apa regulasi itu terjadi?

Tingkat molekul : misalnya regulasi

terhadap ATP, NADPH
Tingkat efektor : misalnya cAMP,
Guanosin Trifosfat
Tingkat protein : ekspresi oleh gen
tertentu, induksi enzim, dll

Perbedaan Inhibitor, Represor, Aktivator dan

Induktor terhadap suatu enzim

Aktivitas metabolisme utama yang

dilakukan mikroorganisme

Metabolisme karbohidrat : amilum dan

selulosa diubah menjadi glukosa dan
selanjutnya menjadi senyawa lain
mis.asam organik, aldehid atau alkohol.
Dengan adanya oksigen senyawa tersebut
diubah menjadi CO2 dan H2O
Metobolisme lemak : lemak diubah
menjadi gliserol dan asam-asam lemak
(proses lipolisis)
Metobolisme protein dan asam amino :
protein diuraikan menjadi asam amino
dan selanjutnya di dekarboksilasi

Inhibitor : molekul atau senyawa yang

dapat menginhibisi atau menghambat
terjadinya suatu reaksi
Represor :molekul atau senyawa yang
menyebabkan berkurangnya kecepatan
reaksi enzim
Induktor : molekul atau senyawa yang
dapat menyebabkan terjadinya
peningkatan efek enzim yang lebih baik
Aktivator : molekul atau senyawa yang
dapat mengaktifkan kerja suatu enzim

Glikolisis

Adalah proses umum yang terjadi di

seluruh sel dimana substrat 6C diubah
menjadi 2 molekul 3C (asam piruvat)
2 molekul ATP digunakan pada awal
reaksi tetapi selanjutnya terbetuk 4 ATP
akibat proses fosforilasi pada substrat
Jalur : Embden-Meyerhof (EM), EntnerDuodoroff (ED) atau Hexose
MonoPhosphate (HMP)

Embden-Meyerhof (EM) pathway

Entner-Duodoroff (ED) pathway

Metabolisme primer

Jalur metabolisme primer

Asam nukleat
Purin
Pirimidin
Glukosa
Asam amino
Asam sitrat

Hexosa
EMP ED HMP

Gliserol

Asetil CoA
sitrat

isositrat

Piruvat

asetat

oksaloasetat

suksinat

propionat

Laktat

Asetil
&
format

metana

asetoasetat
asetoin

butirat

butanol

Aseton + CO2