METABOLIC FLUX ANALYSIS FOR CALCIUM DEPENDENT

ANTIBIOTIC (CDA) PRODUCTION IN STREPTOMYCES COELICOLOR

I. Latar Belakang

Kalsium yang bergantung dengan antibiotik (CDA) adalah lipopeptida

nonribosomal yang dihasilkan oleh Streptomyces coelicolor. Adanya jaringan
metabolisme lebih dari 400 reaksi untuk metabolisme primer dan sekunder S.
coelicolor dan digunakan fluks metabolik komputasi yang menyeimbangkan dan
juga untuk menyelidiki beberapa faktor yang mempengaruhi pertumbuhan dan
produksi CDA. Hasil komputasi ini menunjukkan bahwa produksi CDA itu
bersamaan dengan pertumbuhan.

Tingkat pertumbuhannya dapat dua kali lebih tinggi pada pertumbuhan

experimental tertentu. Distribusi fluks metabolik dan analisis sensitivitas dihitung
untuk berbagai tahapan budaya bets yang menunjukkan bahwa tingkat produksi
CDA tertentu dipengaruhi oleh asimilasi nitrogen, lintasan pentosa fosfat,
biosintesis shikimate, dan fluks oksoglutarat. Akibatnya, target-target metabolik
diuji menggunakan penghapusan genetik dalam model yang meningkat di silico.

i. Pendahuluan

Kalsium yang bergantung dengan antibiotik (CDA) dari Streptomyces

coelicolor mempunyai produk alami yang disebut polipeptida nonribosomal.
Biosintesis senyawa ini didapat dari sintetase peptida nonribosomal yang
enzimnya mempunyai multifungsi yang besar. Peptida nonribosomal berisi
proteinogenic serta banyak asam amino yang tidak biasa. CDA terdiri dari rantai
trans-2,3-epoxyhexanoyl sisi asam lemak N-terminal dan beberapa residu asam
amino nonproteinogenic. CDA membunuh bakteri gram positif lain hanya dengan
adanya ion kalsium. Aktivitas antibiotik daptomycin sangat berhubungan
termasuk CDA, yang dapat mengobati patogen resisten antibiotik parah, seperti
strain methicillin-resistant S. aureus (MRSA) dan vancomycin-resistant
enterococci (VRE). Memang baru-baru ini, daptomycin berhasil menyelesaikan
uji klinis fase III, dan menjadi yang pertama asam lipopeptide antibiotik yang
disetujui untuk penggunaan klinis. Selain CDA, S. coelicolor menghasilkan tiga
antibiotik lain yang dikenal, actinorhodin, methylonomycin dan
undecylprodigiosin serta polyketide baru, mutactin. S. coelicolor telah digunakan
sebagai mikroorganisme model untuk studi genetik dan fisiologis rinci dan luas
streptomycetes. Dioptimalkan distribusi fluks metabolik dihitung untuk
actinorhodin produksi di S. coelicolor untuk berbagai keterbatasan nutrisi, dan
efek dari jenis sumber nitrogen terhadap pertumbuhan dan actinorhodin produksi
dan metabolit ekskresi.

Adanya potensi rekayasa genetika polyketide (PKSS) dan sintetase peptida

(PS) untuk memproduksi poliketida dirancang secara rasional dan polipeptida
serta untuk biosintesis combinatorial perpustakaan molekul alami. Selanjutnya,
galur mutan dapat dihasilkan dengan menggunakan penghapusan genetik untuk
mencegah sintesis prekursor tertentu sehingga prekursor diubah dapat
diumpankan ke muatan yang selanjutnya yang dapat dimasukkan dalam
biosintesis produk untuk menghasilkan produk baru dengan sifat diubah atau
diperbaiki. Misalnya, digunakan biosintesis prekursor-diarahkan dengan S.
Coelicolor.

II. Metodologi Penelitian

Struktur perkusor dalam metabolit : koenzim A Deriva-wakil-asam lemak

yang lebih rendah, mevalonate (juga berasal dari asetil-CoA), asam amino,
shikimate, gula dan nukleosida-sisi. Produksi CDA, dimulai dari metabolit
primer yang diperlukan untuk pertumbuhan. CDA adalah lipopeptide
nonribosomal yang sangat kompleks terdiri dari lakton undecapeptide siklik
dengan N-terminal 2,3-epoxyhexanoyl sisi asam lemak rantai. Asam amino
yang dibutuhkan oleh CDA untuk CDA biosintesis : tirosin, aspartat,
asparagin, triptofan, treonin, glisin, serin, glutamat dan oksoglutarat.
 III. Alur Penelitia

Metabolit primer menghasilkan metabolit skunder yang dihasilkan dari 20

perkusor kunci metabolit. Oleh karena itu, diperlukan untuk memasukkan semua jalur
utama metabolisme dalam setiap produksi metabolit sekunder terutama dalam proses ini
karena produksi CDA memerlukan sejumlah besar asam amino. Reaksi biokimia yang
digunakan sangat mirip dengan yang dijelaskan dalam naeimpoor dan mavituna.

Pada prosesnya ada 400 reaksi biokimia dari jalur metabolik utama seperti
glikolisis, fosfat pentosa (PP), asam trikarboksilat (TCA), dll. Jumlah prekursor yang
diperlukan untuk menghasilkan satu gram protein, RNA, DNA dan fosfolipid serta energi
polimerisasi diperlukan untuk biosintesis makromolekul ini diasumsikan sama seperti
pada E.coli. Semua fluks dan nilai maximum harus dihitung dan nilai-nilai yang
dioptimalkan diperlukan untuk mencapai tujuan optimasi.

IV. Hasil dan Kesimpulan

Glukosa merupakan karbon dan sumber energi serta nitrat merupakan

sumber nitrogen dan proses yang diamati yaitu menggunakan metode kuantitatif
untuk analisis. Penyerapan glukosa merupakan salah satu kendala untuk
memaksimalkan suatu produksi CDA, pada tingkat pertumbuhannya sekitar
setengah dari nilai optimum karena tidak dilakukan dalam kondisi yang optimal.
Tingkat spesifikasi produksi CDA dihitung mencapai puncaknya sekitar 50 jam.

Sebagian besar glukosa diambil dan diarahkan ke jalur fosfat pentosa selama
maksimalisasi pertumbuhan spesifik. Ketika sumber nitrogen nitrat atau urea, nitrogen
anorganik terlebih dahulu harus dikonversi menjadi amonia yang kemudian bisa
menyebar melalui membran sitoplasma. Piruvat ke fluks malat adalah salah satu yang
signifikan karena feed siklus TCA dengan karbohidrat sementara asetil-CoA digunakan
untuk sintesis CDA. Meskipun piruvat menjadi asetil-CoA fluks juga penting, piruvat
untuk Malate perubahan fluks lebih. Di nukleotida juga memainkan peran penting dalam
produksi CDA menjadi jelas bahwa beberapa manipulasi genetik mungkin menyebabkan
peningkatan produksi CDA.
V. Kesimpulan
Streptomycetes dan mikroorganisme lainnya menggunakan alam dan
recombinant sintetase poliketida dan sintetase peptida yang menjanjikan obat
baru dalam melawan infeksi yang mengancam jiwa dan penyakit.
Metabolisme balancing fluks dapat digunakan sebagai alat yang efektif untuk
belajar dan juga sebagai penjelasan dari jalur metabolisme pada organisme
tersebut, untuk formulasi media dan penentuan bioreaktor strategi opera-
nasional, dan penargetan manipulasi genetik. Hasil penelitian menunjukkan
bahwa produksi CDA bersamaan dengan pertumbuhan S. coelicolor, yang
juga ditemukan secara eksperimental dengan actinorhodin produksi di
mikroorganisme yang sama dalam studi sebelumnya. Distribusi fluks
metabolik dan analisis sensitivitas pada berbagai tahapan budaya bets
menunjukkan bahwa tingkat produksi CDA tertentu dipengaruhi oleh
asimilasi nitrogen, lintasan pentosa fosfat, biosintesis shikimate, dan fluks
okso-glutarate. Akibatnya, diuji dengan penghapusan genetik di silico yang
mengakibatkan peningkatan tingkat produksi CDA tertentu. Tentu saja,
seperti dalam percobaan silico harus diverifikasi oleh penyelidikan rekayasa
genetika in vitro. Namun demikian, dalam studi silico seperti pekerjaan ini
dapat menghemat waktu dan uang dengan menunjukkan target genetik
strategis.