Tentir Biologi Molekuler - Sumatif II True Finale PDF

Biologi Molekuler 2010
- FARMAKODINAMIK -
Mekanisme kerja reseptor ini bisa diliat dari
Jumpa lagi.. hahaha.. pompa Na/K-ATPase yang bisa
2+
Nah berhubung materi ini ada yang penting dan ngga (keluar ujian ato ngga kan dikasih meningkatkan kadar Ca dalam sel dan
tau tuh..), yang katanya keluar itu yang ada bintang-bintang yak.. tapi materi yang lain membuat terjadinya kontraktilitas
dibaca juga, ntar ga sesuai perkiran berbahaya.. keh.. lanjuuut.. (kontraksi).
Struktur dan hubungan antara reseptor dan
Baiklah, sekarang kita belajar mengenai farmakodinamik. Apa seh **bedanya** antara molekul obat tergantung pada struktur
farmakodinamik dan farmakokinetik?? kimia dari obat tersebut terhadap reseptor
Farmakokinetik mempelajari akan nasib obat di dalam tubuh jadi tubuh ngerjain si obat, (affinitas dan aktivitas intrinsik) serta
nah kalo farmakodinamik mempelajari akan nasib tubuh karena obat jadi obat ngerjain modifikasi diantara keduanya. Contohnya
tubuh, hehehe.. Rasio Efek terapi/efek racun yang jika
Kalo diliat, farmakokinetik mempelajari berapa dosis yang harus diberikan, obatnya makin tinggi makin baik adanya,
berapa banyak? Apa bentuknya? Seberapa sering? Dimasukan ke tubuh mau lewat selektivitas obat dan profil dari
mana? Ya begitulah.. farmakokinetiknya.
Kalo farmakodinamik mempelajari akan respon tubuh atau dampaknya dari kerja obat (Kalo di slide contohnya ada senyawa
tersebut. Ada yang bikin seneng, ada yang bikin tenang, dan lain-lain. thiazolidinedione yang beda struktur dari
Kedua sub-materi dari farmakologi ini dihubungkan lewat keadaan obat di dalam Troglitazone, Pioglitazone dan Rosiglitazone
plasma darah dan resptornya di sel. Ini neh yang jadi jembatan keduanya. [nice to know aja, ga keluar.. hehehe])
Secara ilmiah, **definisi dari farmakodinamik** itu adalah. **Sifat reseptor** ini tergantung dari hal-hal berikut.
Ilmu biokimia yang mempelajari kerja obat secara fisiologik dalam tubuh dan Daerah fungsional, yaitu tempat berikatan dengan ligan (ekstrasel) dan yang tidak
mekanisme kerjanya, yang merupakan dasar dari terapi pemberian obat dan berikatan dengan ligan (intrasel)
pembuatan obat baru. Hal ini dilihat dari interaksi antara obat dengan reseptor yang Reseptor occupancy, ada yang langsung ke target selulernya (protein efektor),
akan memberikan efek bagi tubuh. pake protein efektor lalu kirim second messenger, atau transducer yang
memediasi molekul sinyal seluler
Mekanisme dari kerja obat itu tergantung reseptor neh kawandz.. Reseptor protein efektor/transducer/second messenger target nya
Reseptor akan memodulasi tingkat fungsi kerja dari tubuh dan fungsi fisiologis nya. merupakan sebuah sistem efektor atau jalur transduksi sinyal.
Jadi rumusnya, obat + reseptor = fungsi (inget materi apa gtu.. hehehe ) Merupakan amplifier dari sinyal biokimia
Contohnya : hormon, growth factor, neurotransmiter, enzymes (Ach [asetilkolin]
transferase, dihodrofolat reduktase, dan transpor elektron kayak Na/K-
ATPase)
Reseptor fisiologis itu memiliki 3 bentuk kerja :
Agonis, kerjanya menyerupai kerja senyawa yang berasaal dari dalam sel individu
Antagonis, obat yang memiliki aktivitas intrinsik sehingga menimbulkan efek yang
menghambat kerja agonis
Inverse Agonis (Agonis negatif), obat tersebut menimbulkan efek yang
berlawanan dengan efek agonis
Mekanisme ini tergantung dari ikatan antara obat dan reseptor, yaitu ikatan ion,
hidrogen, hydrofobik, van der Waals hingga kovalen. (umumnya reversible)
1 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

Diagram ini menggambarkan interaksi antara reseptor inversagonis (Ri) dan Reseptor Tirosin Kinase, ligannya: insulin, EGF, PDGF, lymphokins
agonis nya (Ra) serta keadaan berikatan dengan obat (D-Ri dan D-Ra) Sherine/ threonine protein kinase : TGF beta
Guanilil siklase : reseptor ANF, reseptor guanilin
**Grafik diatas** memperlihatkan mekanisme kerja obat dan kecenderungan rekasi Tirosin fosfatase
terjadi. misalnya, untuk full agonis, maka reaksi akan cenderung bergerak ke Ra. Begitu 2. Ligand-gate ion channel
seterusnya. Reseptor asetilkolin nikotinik
Reseptor GABAA
Reseptor ini ada apa aja seh??? Reseptor glutamat, aspartat and glysin
**Jenis reseptor fisiologik** yang ada yaitu 3. G protein-coupled receptor
Reseptor enzymes, kalo ada teks book yang bilang resptor sitokin, salah satunya Reseptor amin biogenik
contohnya. Reseptor eikosanoid
Kanal ion, udah tau lah ya.. gerbang perpindahan ion gtu.. Resptor hormon peptida
G protein, ini lagi mpe bosen.. hehe Untuk protein efektornya ada:
Faktor trankripsi, satu-satu nya reseptor di intrasel yang temenan nya sama sinyal Enzyme : adenyl siklase, PLA2, C, D.
yang berupa lipid.
++ +
Kanal ion : Ca , K , Na
+
Protein transpor
Ne die gambarnye.. udah ringkasan jadi pahamin ye (cara kerja, ligannya, protein 4. Faktor transkripsi
efektornya, second messengernya).. hehhehe Reseptor hormon tiroid, steroid, retinoid, dan Vitamin D.
ENZIM (PROTEIN KINASE)

Jenisnya udah ada diatas, wat protein ini targetnya bisa enzim lain (kinase lainnya),
protein regulator, atau protein struktural.
Contohnya yang paling gampang ya insulin (santai aja ne Nice 2 Know)
**RESEPTOR SITOKIN (JAK-STAT receptor)**
Merupakan reseptor tirosin kinase, yaitu 2 protein tirosin kinase yang terpisah (Janus
Kinase, JAK family)
JAKs ini akan menfosforilasi protein STATs ato signal transducers and activator of
transcription (udah pinter
lah ya bhs.inggrisnya..
hehehe).
Jadi fungsinya ntu,

meregulasi transkripsi dari
gen yang spesifik.
Ligand nya ada growth

hormones, erythropoeitin,
**Keterangan gambarnya**. (Afalin neh guyz..) interferon, etc dah.
1. Enzim

KANAL ION agonis ada di tengah-tengahnya (abstrak seh, gw juga bingung.. pizzz).
Sesuai namanya, reseptor ini mengatur potensial membran dan komposisi ion di dalam
sel. G alfa yang teraktivasi akan mencari protein efektor targetnya dan bagian ini spesifik
untuk setiap protein efektor yang ada. Berikut tabel yang memperlihatkan spesifisitas
Untuk jenis ligannya kaya jenis yang dah disebutin dari efektor yang ada. (JANGAN PANIK!!! INI NICE TO KNOW AJA.. HEHEHE..)
diatas, ada asetilkolin nikotinik (nicotinic
cholinergic receptor), Reseptor GABAA, glutamat,
aspartat and glysin (merupakan **tranmitter
sinapsis**)
Contohnya reseptor asetilkolin nicotinik, merupakan

pentamer (2, , , chains) dengan berat 43000-
+
50000. Asetil kolin berikatan pada subunit sehingga Na masuk.
PROTEIN G
**Ligannya** yaitu..
Amin biogenik (norepinefrin, ACh, histamin, tiramin, dopamin, dll).
Eikosanoid (LT [leukotrine], PG [prostaglandin], TX [thromboxan], dll)
Hormon peptida (LH, FSH, ACTH, etc)
**Protein efektornya** yaitu

++ + +
adenyl siklase, PLA2 (PhospoLipase A2) , C, D, Kanal ion (Ca , K , Na ), protein transpor.
Protein G ini memiliki 3 sub unit yaitu (, , ) yang akan mencari protein efektor. Lalu
protein efektor akan Waktu untuk interaksi nya berbeda-beda, yang paling lama itu pada saat protein G
berasosiasi dengan second mencapai protein efektornya. Reseptor yang kemudian akan mengaktifkan efektor lalu
messenger untuk meneruskan sinyal yang ada di dalam sel akan berakumulasi dan menimbulkan efek.
sinyal ke dalam sel. OIA, PROTEIN INI PALING FAMOUS DI KEBANYAKAN SEL.
Kompleks protein ini memiliki
7 buah protein transmembran FAKTOR TRANSKRIPSI
yang memiliki bentuk Reseptor spesial yang ada di dalam sel dan bisa mengakibatkan terjadinya trankripsi
bermacam-macam. Gugus karena bisa berikatan dengan DNA.
yang berikatan dengan ligan
adalah gugus amina dan yang **Ligan nya**, yaitu steroid, tiroid, vitamin D dan retinoid.
berikatan dnegan protein G
adalah gugus karboksil. Bagian yang berada di dekat karboksil akan menjadi kontrol atau regulator dari
transkripsi DNA yang kemudian akan berikatan dengan DNA untuk menghambat atau
Jadi, ke 7 protein ini mengaktivasi transkripsi gen.
sebenarnya berbentuk
melingkar dengan faktor ***SECOND MESENGEEEEEEER***

Karakteristiknya, konsentrasinya sangat rendah, prosuksinya cepat dan mekanisme nya reseptor yang lain. Jadi karena dia ikutan ngelanjutin sinyal dari resptor itu, dia juga
daur ulang. ikut-ikutan mengalami desensitisasi.
**Contohnya**, Ada lagi yang PARAAAH, hehe... namanya supersensitisasi yaitu pengurangan fungsi
++
cAMP, cGMP, Inositol triphospate (IP3) dan diacylglycerol (DAG), Ca , serta NO secara kronik dari stimulasi reseptor itu. Contohnya pada beta-blocker.
(Signaling nya dan contoh nya apa aja di slide NICE TO KNOW AJA.. )
**REGULASI DARI RESEPTOR**

Reseptor yang ada di regulasi oleh fungsi fisiologi dan biokimia agar terciptanya
homeostasis di dalam sel melalui proses sintesis dan degradasi. Baik reseptro,
transducer maupun efektor itu diregulasi.
Untuk grafik yang ada di atas, ceritanya begini. Kalo mengalami desensitisasi pasti
Pemberian stimulasi yang sama secara berkelanjutan dari agonis akan memberikan efek responnya akan menurun. Kalo homolog, bila dikasih stimulasi agonis yang lain (b) dia
negatif yaitu desensitisasi (kecanduan hingga faktor regulatornya menurun) akan kembali seperti respon semula. Tapi, kalo yang heterolog karena reseptor yang
kena banyak, maka dikasih stimulasi agonis b,c,d juga ga akan balik ke respon semula.
Mekanisme feedback inhobition nya ada yang Hal ini dikarenakan reseptor yang satu mungkin bisa kembali, tapi kalo reseptor yang
Homolog desensitisasi (dari reseptor yang terstimulasi) lain ngga ya sama juga boong. Lah kerjanya juga bareng-bareng. Hehehe..
Heterolog desensitisasi (dari banyak reseptor yang sharing jalur sinyal yang sama)
Nah terakhir ne.. **PENYAKIT KARENA MALFUNGSI RESEPTOR**
Untuk yang homolog, desensitisasi terjadinya hanya pada molekul reseptor itu saja. Sindrom feminisasi testis, karena kekurangan reseptor ANDROGEN
Bisa mengalami fosforilasi, proteolisis, hingga penurunan sintesis. Myasthenia gravis, yaitu deplesi autoimun gara-gara reseptor cholinergic nicotinic
Insulin-resistant DM, yaitu deplesi autoimun karena reseptor insulin
Untuk yang heterolog, desensitisasi terjadi dengan adanya penghambatan atau Multiple endocrine disorder, karena defisiensi dari Gs (heterogen)
hilangnya satu hingga lebih protein yang ikut berpartisipasi dalam jalannya sinyal dari Malignancy, aberasi reseptor yang bersifat onkogen

Retinitis pigmentosa, precocious puberty, dan malignant hipertiroidisme yaitu TIdak semua mutasi itu negatif, contoh : evolusi tanpa adanya mutasi, evolusi
mutasi reseptor yang memicu aktivasi dari kompleks protein G tidak akan terjadi makhluk hidup tidak dapat beradaptasi dengan membentuk alel.
(Hafalin ya temandz, yang sabar ngafalinnya biar apal.. hehehe.. semangaaaadz) Mutan Organisme yang mengalami mutasi akan membentuk fenotip dan
genotip baru.
Yang paling ujungz... Mutasi dapat terjadi pada sel apapun dan kapanpun ketika perkembangan dari
**KERJA OBAT YANG TIDAK DI MEDIASI OLEH RESEPTOR** organisme multiseluler. Mutasi dapat terjadi pada 2 jenis sel:
(Jadi langsung tancep gas ngasih efek ke tubuh.) 1. Germinal mutation terjadi pada sel sperma dan sel telur, akibatnya akan
diteruskan ke keturunan selanjutnya
Ada macem-macem yaitu. 2. Somatic mutation terjadi pada seluruh sel tubuh kecuali sel sperma dan
Kerjanya Berikatan dengan molekul lain atau ion, contohnya antasida (obat maag) ovum, dan pada mutasi ini tidak akan diturunkan pada keturunan berikutnya
Efek koligatif, contohnya mannitol (obat sembelit) Mutasi dapat terjadi dalam skala kecil hanya satu molekul DNA yang berubah
Yang memiliki struktur analog dengan molekul kimia biologis, contohnya (point mutation), hingga terjadi dalam skala besar hingga satu kromosom yang
beberapa agen antiviral dan antikanker (jadi salah kenal gitu virus nya.. hhehe) berubah.
Desinfektan, detergen, alkohol yang LANGSUNG merusak membran tanpa
pamrih.. hehehe Jenis-jenis mutasi titik (point mutation):
1. Substitusi satu nukleotida digantikan oleh nukleotida lain, contoh : tautomeri
Baiklah, mungkin itu dulu.. sebenarnya ini ada di buku rujukan farmakologi bab yang 2. Delesi hilangnya nukleotida, bisa satu pasang saja atau satu fragmen besar,
depan-depan kayak: misalnya disebabkan oleh radiasi sinar-sinar radioaktif
Farmakologi FKUI (yang hejo), Katzung, Goodman-Gilman, dan laen-laen.. 3. Insersi masuknya satu atau lebih nukleotida ke dalam sekuens DNA
Sory ya kalo mirip banget ma slide, hehehe.. Delesi dan insersi dari satu atau dua pasang basa pada sebuah gen dapat
Met belajar guyz.. GBU!!! menyebabkan perubahan pada pembacaan kodon pembacaan kodon menjadi
bergeser, sehingga dapat terjadi perubahan asam amino yang dikode pada proses
translasi. Mutasi semacam ini disebut frameshift mutation.
- MUTASI GENETIK -
PROLOG
DNA merupakan informasi genetik yang berupa molekul asam nukleat.
Gen merupakan DNA yang diekspresikan menjadi protein
DNA yang tidak diekspresikan berfungsi hanya sebagai pembentuk struktur dan juga
fragmen perantara antara satu gen dengan gen lainnya (disebut juga junk DNA).
Namun, di dalam organisme prokariot, terutama bakteri, DNA yang terdapat di dalam
bakteri hampir semuanya diekspresikan.
Basa nitrogen selalu berpasangan pada rantai DNA double helix dengan
komplemennya. Yakni Adenin dengan Timin, serta Citosin dengan Guanin.
Mutasi adalah perubahan pada materi genetik (DNA) yang dapat diturunkan.
Mutasi mengacu pada : 1. Perubahan materi genetik, 2. Proses perubahan materi
genetik tersebut.
(perhatikan pada pembacaan kodon ketiga dst pada gen yang wild-type (normal) dan
pada gen yang mutant, terjadi perubahan pengkodean asam amino akibat insersi C-G)

Mutasi yang terjadi pada gen normal sehingga menghasilkan fenotip yang mutan *Untuk lebih mudah memahami, sebaiknya lihat bagan yang ada di slide*
disebut forward mutation.
Sementara itu, ketika terjadi mutasi kedua yang menyebabkan fenotip kembali Berdasarkan penyebab terjadinya mutasi, ada 2 jenis mutasi:
menjadi normal (original), maka mutasi tersebut disebut reverse mutation. biasanya Mutasi spontan (spontaneous mutation)
terjadi pada organisme yang mudah mengalami mutasi, ex. bakteri. Terjadinya tanpa diketahui penyebabnya. Pada eukariot, mutasi ini dapat
terjadi dengan perbandingan 1: 10juta hingga 1: 1 milyar. (artinya : dari setiap
Reverse mutation dapat terjadi melalui 2 cara : 10 juta hingga 1 milyar pasang nukleotida yang terdapat di DNA, dapat terjadi
1. Back mutation mutasi kedua terjadi pada tempat yang sama dari mutasi mutasi pada 1 pasang nukleotida).
yang pertama sehingga fenotip yang dihasilkan kembali normal Sementara pada DNA yang merupakan gen, mutasinya terjadi dengan
2. Suppressor mutation mutasi kedua terjadi pada lokasi yang berbeda, tapi perbandingan 1: 10ribu hingga 1:10juta.
akibat dari mutasi kedua tersebut meniadakan (menekan = suppress) efek kesimpulan : pada SELURUH DNA, perbandingan mutasi 1: 10 juta hingga
dari mutasi yang pertama. 1: 10 milyar, sementara pada DNA yang merupakan Gen, perbandingan
1: 10ribu hingga 1:10 juta). Jadi kemungkinan mutasi pada DNA yang
Mutasi titik yang menyebabkan perubahan pasangan nukleotida pada gen, yang merupakan Gen lebih tinggi daripada seluruh DNA.
pada akhirnya mengakibatkan perubahan pada asam amino yang dikode, disebut juga Contoh : Orangtuanya normal, tapi tiba-tiba ketika punya anak, anaknya
missense mutation. mengidap sickle cell anemia.
Sementara itu, apabila mutasi titik yang menyebabkan perubahan pasangan Induced mutation
nukleotida pada gen, tetapi pada akhirnya tidak menyebabkan perubahan asam amino Dihasilkan karena tereksposenya organism ke agen fisik dan kimia (physical
yang dikode (hal ini disebabkan karena terdapat asam amino yang dikode oleh and chemical agent) disebut mutagen.
beberapa kodon) disebut juga silent mutation.
Jika point mutation yang terjadi menyebabkan terciptanya stop kodon (UAG, UGA, Mutagenic Agent, ada 3:
atau UAA), disebut juga nonsense mutation. 1. Chemical Agents (note : struktur kimianya bisa dilihat di slide) :
Akan tetapi, ada mutasi yang terjadi tetapi tidak menimbulkan efek pada fenotip Alkylating agent mentransfer gugus alkil (CH3-, CH3CH2-, etc) ke basa DNA
(jadi kayak mutasinya itu gak ngaruh), oleh karena itu disebut sebagai neutral Contoh : Mustard Gas [Di-(2-chloroethyl) sulfide]
mutation. Hal ini terjadi misalnya pada mutasi pada DNA yang bukan gen junk DNA. EMS (Ethyl methane sulfonate)
Namun, kebanyakan mutasi yang terjadi menyebabkan perubahan fenotip. Dan Basa Analog analog dari suatu basa nitrogen, memiliki struktur yang mirip
perubahan fenotip ini adalah akibat dari tidak adanya protein yang terbentuk atau dengan basa nitrogen normal dan masuk ke dalam DNA selama replikasi.
aktivitas protein yang terbentuk itu berkurang akibat terjadinya mutasi. Contoh : 5-Bromouracil (BU)
2-Aminopurin (2-AP)
Alel resesif yang mutan seringkali menyebabkan gangguan metabolisme. Contoh : Deaminating Agent mendeaminasi (menghilangkan gugus amino) pada
ada 5 gangguan/penyakit yang disebabkan oleh mutasi autosomal resesif sehingga tidak basa nitrogen. Contoh : Nitrous Acid (HNO2)
dihasilkan enzim yang berperan dalam metabolisme, akibatnya adalah adanya Hydroxylating agent menghidrolasi gugus amino pada basa nitrogen.
gangguan pada metabolisme phenylalanine-tyrosin, yakni : Akibatnya, dapat terjadi mutasi transisi (mutasi titik yang menyebabkan
Phenylketonuria (tidak adanya enzim phenylalanine hydroxylase) nukleotida purin menjadi purin lainnya (AG, vice versa) atau pirimidin
Tyrosinosis (tidak adanya enzim tyrosine transaminase) menjadi pirimidin lainnya). Contoh : hydroxylamine.
Tyrosinemia (tidak adanya enzim p-hydroxyphenylpyruvic acid oxidase) Acridine dyes menginterkalasi (masuk) pada celah DNA (groove), sehingga
Alkaptonuria (tidak adanya enzim homogentisic acid oxidase) rigiditas dari DNA bertambah mengubah konformasi DNA yang double helix
Albinism (ada dua kemungkinan penyebab, defek pada enzim tyrosinase atau menjadi abnormal. Contoh : Prolavin, Acridine orange. *keduanya merupakan
gangguan pada perubahan 3,4 dihydroxyphenylalanine menjadi pigmen zat pewarna pakaian.
melanin)

2. Physical Agent Mutasi transversi : penggantian purin menjadi pirimidin lainnya dan
Ionizing radiation = sinar berenergi tinggi menyebabkan elektron lepas sebaliknya.
menyebabkan free radical ion.
Sinar tersebut menyebabkan Pada pirimidin, perpindahan atom hidrogen terjadi pada atom karbon nomer 3
perubahan yang sangat besar pada ke atom karbon nomer 4. Sementara pada purin, perpindahan atom hidrogen
kromosom. Contoh : X-rays, terjadi pada atom karbon 1 dan 6. Perpindahan atom karbon ini menyebabkan
gamma rays, dan cosmic rays. potensi mereka untuk berikatan dengan basa nitrogen pasangannya berubah.
Non-ionizing radiation
energinya lebih rendah dibanding Contoh : Seharusnya dalam keadaan normal, yang terjadi adalah ikatan antara
ionizing radiation penetrasinya Adenin dan Timin. Namun, karena terjadi tautomerisasi, yang terjadi adalah
hanya pada lapisan permukaan ikatan antara Adenin dan Citosin. Hal ini disebabkan karena perpindahan atom
pada sel tidak menyebabkan hidrogen tersebut merubah
ionisasi. Contoh : Sinar UV konformasi dari Citosin
menyebabkan pyrimidine hydrate yang dalam keadaan
dan pyrimidine dimer. normal adalah amino form,
menjadi imino form.
3. Transposable Genetic Material Citosin dengan bentuk
(transposons) amino form berpotensi
Elemen dari gen itu sendiri yang untuk berikatan dengan
dapat berpindah. Berasal dari kata Guanin, sementara Citosin
(transposable = dapat berpindah). dengan bentuk imino form
Pada sel eukariota, jarang berpotensi untuk berikatan
ditemukan adanya transposons. dengan Adenin.
Perpindahan akibat insersi dari transposon itu tentu saja akan menyebabkan
gen tersebut menjadi tidak fungsional. * Untuk lebih mudah memahami, sebaiknya lihat gambar yang ada di slide*
Faktor utama mengapa mutasi dapat terjadi : 2. Kegagalan dalam proses repair DNA.
1. Tingkat keakuratan dari proses replikasi DNA Mekanisme dari DNA repair diklasifikasikan menjadi :
2. Efisiensi dari mekanisme yang dapat memperbaiki kerusakan DNA (DNA Repair) 1. Excision (memotong) repair:
3. Tingkat keterpajanan terhadap mutagenic agent Terdiri dari 3 tahap :
a. DNA glycosilase enzyme mengenali bagian DNA yang mengalami
Mekanisme dari mutasi : mutasi kemudian memotongnya.
1. Tautomerisasi pada proses Replikasi DNA b. DNA polymerase mengisi nukleotida yang hilang dengan nukleotida
Tautomerisasi adalah proses dimana terjadinya perpindahan atom hidrogen yang sesuai karena dipotong.
dari satu posisi ke posisi lain pada basa purin atau pirimidin. Hal ini mungkin c. DNA ligase menyambungkan potongan tadi sehingga untaian DNA
disebabkan karena adanya sinar yang menyebabkan atom hidrogen loncat. menjadi seperti semula
Mutasi yang disebabkan karena tautomerisasi : Apabila terjadi kegagalan dalam proses repair ini, maka dapat terjadi
Mutasi transisi : penggantian purin menjadi purin lainnya (contoh : G mutasi yang permanen.
menjadi A) atau pirimidin menjadi pirimidin lainnya.
2. Light-dependent repair (photoreactivation)

Proses repair yang dibantu oleh adanya sinar. Hanya terjadi di prokariota, Bentuk-bentuk dari polimorfisme:
pada organisme tingkat tinggi seperti manusia jarang atau hampir tidak 1. Single Nucleotide Polymorphism (SNP)
pernah terjadi. Enzim yang berperan adalah DNA photolyase. Polimorfisme pada DNA sequence yang berisi variasi dari basa nitrogen.
Contoh : prokariota sangat sensitive terhadap sinar UV menyebabkan Contoh missense mutation akibat substitusi nukleotida sickle cell anemia.
timin menjadi dimer DNA photolyase mengenali dan memisahkan timin 2. Variable Number of Tandem Repeats (VNTR) disebut juga macrosatellites
dimer sehingga molekul timin-timin tersebut dapat berpisah kembali. Suatu tipe dari DNA polimorfisme yang dihasilkan oleh adanya pengaturan
Enzim ini aktif karena adanya sinar. besar tandem (perulangan dari fragmen DNA yang pendek, misalnya masing-
masing fragmen terdiri dari sekitar 10 untaian nukleotida, kemudian fragmen
Penyakit-penyakit heritable yang disebabkan karena adanya mutasi DNA : tersebut diulang-ulang).
Sickle Cell Anemia Contoh: ada orang yang VNTRnya 6, ada yang VNTRnya 5, etc.
Ditemukan pertama kali oleh Pauling et al. (1949). Penyakit ini merupakan
pencetus istilah molecular disease. Pada penyakit ini terjadi substitusi
nukleotida A menjadi C asam amino glutamat berubah menjadi valin Hb A
(normal) berubah menjadi Hb S (defective, gak normal).
Tay-Sachs disease
Mutasi terjadi pada gen HEXA yang mengkode hexosamidase A untuk
mengubah ganglioside GM2 into GM3 di dalam sel saraf. Jika tidak ada enzim
tersebut, maka GM2 akan terakumulasi, padahal GM2 bersifat toksik pada sel
saraf.
3. Microsatellites (Short Tandem Repeat Polymorphism (STRP))
Mirip VNTR, bedanya pada STRP nukleotida yang berulang hanya terdiri dari
Penyakit-penyakit heritable yang disebabkan oleh defek pada proses perbaikan DNA:
2-6 nukleotida tiap fragmen yang berulang, sementara pada VNTR bisa sekitar
Xeroderma Pigmentosum : penderita sangat sensitive terhadap sinar matahari.
10-20 nukleotida tiap fragmen yang diulang.
Disebabkan karena adanya defek pada proses perbaikan DNA akibat sinar UV.
Setiap jumlah fragmen STRP yang berbeda terdapat dalam alel yang berbeda.
Cockayne syndrome : Defek pada excision dalam DNA repair.
Misalnya : seorang anak memiliki 2 alel STRP, salah satunya berisi 14 fragmen
yang berulang dan alel satunya lagi berisi 10 fragmen yang berulang.
Mutasi adalah penyebab terjadinya polimorfisme. Polimorfisme itu sendiri adalah
*Lihat gambar di slide untuk memudahkan pemahaman*
adanya dua atau lebih dari alternatif fenotip yang normal. Jadi misalnya, dalam
golongan darah ABO, kita tau kan kalo golongan darah itu ada banyak. Namun, dari
Penurunan dari VNTR dan STRP mengikuti hukum Mendel.
bermacam-macam golongan darah ABO tersebut,, semuanya normal.
Menurut para ahli genetika, disebut genetic polymorphism apabila frekuensi dari
Sekitar 1 dari 1000 DNA dalam genom manusia termasuk polimorfisme genetik ada 3
adanya 2 atau lebih alel dalam satu lokus lebih dari 1% di dalam populasi. Misalnya
juta SNP yang terdapat di dalam genom manusia. Dapat dilihat dari berbagai macam
golongan darah ABO dan MN. Sementara itu, alel dengan frekuensi kurang dari 1%
perbedaan dari produk-produk gen yaitu protein.
(misalnya Golongan darah O Bombay) disebut varian yang jarang (rare variant) bukan
disebut polimorfisme.
Penggunaan Polimorfisme :
Polimorfisme merupakan penyebab banyaknya perbedaan yang normal pada
Dalam forensik mengidentifikasi individu
populasi manusia seperti warna mata, warna rambut, dan golongan darah.
Dalam farmakogenetik respon tubuh terhadap obat berbeda-beda tiap
Meskipun polimorfisme tidak memiliki efek negatif pada kesehatan seseorang,
individu
beberapa variasi tersebut mungkin meningkatkan risiko terjadinya suatu penyakit atau
kelainan.

Genetic relationship molecular evolution untuk melihat kekerabatan, membentuk profag. Pada siklus tsb (lisogenik), profag akan ikut direplikasi
apakah dekat atau tidak. Ex. suku batak ternyata dekat kekerabatannya dengan didistribusikan ke sel baru generasi berikutnya. Pada kondisi tertentu, profag
suku Toraja dapat dieksisi & direplikasi kembali membentuk virion baru.
Baik integrasi maupun eksisi DNA akan melibatkan site- specific
Mutasi genetik atau polimorfisme dapat diketahui dengan beberapa cara: recombination sequens pada virus dan sel host (bakteri). (gambar dapat
RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) dilihat di slide,,gak muat dimasukin di sini hehe).
PCR (Polymerase Chain Reaction) Rekombinasi (rearrangement) bakteriofag DNA dan genom bakteri
PCR DNA Sequencing dimediasi oleh protein bakteriofag disebut integrase (int). Protein integrase
Southern Blot (enzim ini dikode oleh gen virus) mengenal site- specific recombination
sequens pada virus (attP) dan sel host/bakteri (attB). Keduanya dipotong &
diintegrasikan seperti gambar di samping.
- GENE REARRANGEMENT -
Mekanisme rekombinasi yang lebih detail : attP (merah) dan attB (biru)
1. DNA rearrangement = Perubahan struktur & komposisi gen pada khromosom Int awalnya mengikat attP, membentuk sebuah kompleks di mana DNA attP
yang mengakibatkan pengaturan ulang urutan gen dalam genom (berbeda dibungkus oleh sekitar
dengan rekombinasi DNA pada saat meiosis yang hanya mengalami pertukaran beberapa protein
gen tapi tidak merubah urutan gen pada genom). Int. Kemudian kompleks
2. Rearrangement dapat terjadi pada virus, prokariota & eukariota untuk mengatur Int-attP mengikat attB,
& mengontrol perubahan ekspresi gen pada tipe sel tertentu. Penemuan dengan menyelaraskan
mengenai adanya gen yang mampu berpindah ke lokasi kromosom yang berbeda dari situs att fag bakteri
lalu mengubah ekspresi gen sekitarnya berasal dari ilmuwan yang tak asing bagi yang homolog (1). Baik
kita yaitu Barbara Mcclintock. attP maupun attB akan
3. Rekombinasi DNA pada gene rearrangement melibatkan site-specific mengalami pemotongan
recombination yang ada pada sekuens DNA dari segmen (gen) yang mengalami oleh int pada site
rekombinasi. Interaksi DNA yang terlibat rekombinasi dimediasi oleh protein tertentu (2). attP dan
(enzim) yang mengenal sikuens spesifik pada DNA target. attB yang sudah
4. Gene rearrangement pada prokariot terpotong pada urutan
Tujuan : menghasilkan varian protein yang homolog
yang diperlukan untuk beradaptasi kemudian mengalami
pada perubahan lingkungan, seperti pertukaran dan
resisten terhadap antibiotik dan direkatkan oleh enzim
penghindaran dari intervensi sistem ligase (3). Int protein
imun host. juga berperan pada
Rekombinasi DNA bakteriofag pada eksisi profag yang
genom bakteri prosesnya merupakan
kebalikan dari proses
Apabila bakteriofag menginfeksi E.
integrasi. (materinya
coli, DNA akan direplikasi untuk
agak susah kalo ingin
menghasilkan virion baru hingga sel
baca lebih lanjut
lisis, atau terintegrasi ke genom bakteri

kunjungi http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/br.fcgi?
book=cooper&part= A828)
Transposisi gen / DNA

Gen yang tidak akif (silent gene) diaktifkan dengan memindahkannya ke situs
ekspresi yang akhirnya akan mengubah ekspresi gen sebelumnya. Gen yang
mengalami transposisi disebut transposon. Transposisi melibatkan enzim
transposase.
Salah satu bentuk ekspresi gen yang dirubah oleh gene arrangement
transposisi yaitu perubahan antigen permukaan (berupa komposisi protein
pilin) oleh Neisseria gonorhoeae (bakteri penyebab kencing nanah) guna
menghindar respon dari sIgA memori. Gambarnya ada di bawah tuuuh
5. Gene arrangement pada eukariota

a. Pathological Gene Rearrangement
Contohnya : gene arrangement pada gen bcr/abl karena translokasi
khromosom 9 dan 22. Simbolnya yaitu t (9;22)(q34;q11). Pada kasus ini gen
bcr pada khromosom 22 berekombinasi dengan gen abl pada khromosom 9
menghasilkan rekombinan bcr/abl. Rekombinan ini menimbulkan penyakit
chronic myeloblastic leukemia. Gambar nya tuuh
Inversi gen
Segmen DNA dipotong & disambung kembali dengan orientasi berbeda
(terbalik) dari sebelumnya. Contohnya pada Campylobacter fetus (bakteri
gram positif dan patogen pada sapi peternakan dan manusia). C.fetus
mengekspresikan SLP (S-layer protein) di permukaan selnya SLP dapat
bereaksi dengan c3b yang berperan dalam opsonisasi. Ternyata C.fetus dapat
mengalami rearrangement pada SLP-nya dengan membentuk 6,2 kb invertible
element sehingga SLP berubah dan tidak bereaksi dengan c3b -> terhindar
dari fagositosis. (gambarnya juga ada di samping tuuh).

b. Natural gene rearrangement

Terjadi pada reseptor antigen manusia : reseptor sel T (TCR) dan Gen yang mengkode dua polipeptida ini adalah rekombinasi antara V, J, C
immunoglobulin. Mengapa? Karena bentuk gen Ig dan TCR itu ada dua : segments (rantai alfa) atau antara V, D, J, dan C segmen (rantai beta). (V= variable,
Bentuk germline = gen nonfungsional pada presel T dan presel B. D = diversity, J = joining, C = constant).
Bentuk rearrangement = gen fungsional pada sel T dan sel B yang telah Gen pengkode rantai alfa :
matur. Gen fungsional tsb berasal dari rekombinasi segmen gen somatik
bentuk germline pada waktu diferensiasi sel T dan sel B.
Kenapa siih si gen Ig dan TCR butuh di arrangement supaya fungsional??
Jadi ceritanya gini kan jumlah antigen ada milyaran. Berarti kan butuh
milyaran sel T dan B juga agar spesifik untuk tiap antigen. Sayangnya, total
DNA genom kita aja cuman ada sekitar 3 milyar itu juga banyak yang non
pengkode. Nah. Ternyata memang Tuhan tahu segalanya yaah..Tuhan
mensiasatinya dengan melakukan rekombinasi gen gen limfosit yang unik
pada saat perkembangan sistem imun. Mau tahu gimana rekombinasinya??
Makanya jangan ngantuk dulu yaah..baru setengah jalan nhh Gen pengkode rantai beta :
semangat!!!..langsung ke nomor selanjutnya aja deeh..
6. Gene rearrangement pada TCR
TCR terdiri dari dua rantai polipeptida ( dan ) yang menembus membran plasma
dan terikat oleh ikatan sulfide. Rantai dan tersusun atas variable region dan
constant region. Bagian variable berfungsi untuk antigen binding sedangkan
constant untuk aktifitas biologis.

7. Gene rearrangement pada Ig (Immunoglobulin)
Immunoglobulin tersusun atas 2 heavy
chains (H) dan 2 light chains (L dan L)
yang terikat oleh ikatan disulfide. Keduanya
terdiri atas region variable dan constant.
Prinsip rekombinasi spesifik dalam
pembentukan gen Ig pertama kali
diungkapkan oleh Susumu Tonegawa. Gene
rearrangement pada gen Ig dapat
12
membentuk sekitar 10 Ig yang spesifik
untuk setiap antigen. Sama seperti TCR, gen
yang menentukan kedua chain tsb adalah V,
D, J, dan C. Untuk L dan L dikode oleh
region gen V, J, dan C sedangkan H ditambah
region gen D.
Sekedar tambahan nihh saya kasih gambar mekanisme rearrangement light chain (1)
dan heavy chain (2) :
Bagaimana siiih gen2 ini menghasilkan bermilyar rantai polipeptida yang spesifik??
Mekanisme umumnya ditunjukkan oleh gambar di atas ini. Gambar ini adalah
mekanisme umum pembentukan rantai TCR beta. Perbedaannya yang atas pake gen
D2, J2, C2 sedangkan yang bawah pake gen D1, J1, C1. Jadi ngerti
kan..tapiPertanyaannya kok bisa bermilyar2??pdhal di gambar ini ada dua aja
variasinya. Sebentar..kan belum selesai ternyata V, D, J, C itu masing2 punya banyak
ekson sehingga variasinya menjadi besar. Ingat prinsipnya hanya 1 ekson saja yang
dipakai untuk DNA sel T yang matur . Lebih jelasnya ditunjukkan oleh table berikut.
Domain (exon) TCRa TCRb

Bentuk germline
V 50 70
D -- 2
J 50 13
C 1 2
Bentuk rearrangement
Kombinasi 2,5 X 103 3,6 X 103
Tambahan N-sequence 2,5 X 105 3,6 X 105
Diversitas TCR ab kombinasi

penting yaitu site specific recombination dan protein (hayo hayo masih ingat
gak).Tambah penasaran..ayuuk lanjut bacanya.
Ternyata segmen coding dari Ig dan TCR (V, D, J, dan C) diapit oleh dua
recombination signal sequence (RSS) yang terletak dihulu & dihilir exon. RSS
dikenali dan di eksisi oleh 2 protein kompleks RAG1 & RAG2.
Setelah eksisi noncoding sequence antara dua segmen (misal V dan D), maka akan
terjadi rekombinasi (rearrangement) antara kedua segmen yang akhirnya
menghasilkan gen fungsional (Ig & TCR) yang sangat bervariasi. Gambarnya sebagai
berikut.
Lagi lagi seperti TCR,,alasan kenapa kombinasinya bentuk bisa banyak karena tiap 9. Deteksi gene rearrangement TCR dan Ig
region gen (V, D, J, C) punya hingga ratusan ekson (lebih hebat dari TCR hehe). Lebih Prinsip deteksi ini dimulai karena ditemukan bahwa rearrangement gen TCR dan Ig
jelasnya diuraikan oleh table di bawah ini. merupakan penanda galur dan distribusi klon sel T dan sel B. Penanda galur
maksudnya adalah tiap galur TCR dan Ig memiliki pola rearrangement yang khas
Domain (exon) Rantai Lk Rantai Ll Rantai H sedangkan distribusi klon berarti anggota dari satu klon pasti mempunyai
Bentuk Germline gambaran rearrangement yang sama.
V 300 300 300 Cara deteksi rearrangement gen TCR dan Ig :
D -- -- 50
J 5 -- 8
RFLP (determinasi fragmen restriksi pada blot Southern)
C 1 5 9 Situs restriksi pada intron gen germline akan terinterupsi oleh rekombinasi
Bentuk Rearrangement segmen gen yang berpartisipasi/mengalami rearrangement sehingga komposisi
Kombinasi 1,5 X 103 1,5 X 103 11 X 104 fragmen restriksi akan berubah (berbeda dari bentuk germline). Akibatnya jika
Tambahan N-sequence 1,5 X 105 1,5 X 105 11 X 106 dilakukan Hibridisasi dengan DNA pelacak (probe) menyebabkan gambaran
Diversitas Ig kombinasi hibridisasi pada radioautogram blot Southern akan berubah dan berbeda dari
gambaran germline.
8. Mekanisme rekombinasi VDJ Amplifikasi gen dengan PCR
Bagian ini beda dengan sebelumnya kalo tadi (TCR dan Ig) kan hanya mekanisme Menggunakan primer yang komplementer dengan intron segmen gen
rearrangement secara umum untuk pembentukan gen fungsional keduanya pasangannya. Akibatnya, rearrangement akan menyebabkan segmen gen yang
sedangkan bagian ini akan menjelaskan bagaimana cara segmen VDJ itu saling berkombinasi tidak teramplifikasi. Oleh karena itu, dengan amplifikasi ini kita bisa
join an yang nantinya akan membentuk gen fungsional. Pembahasan ini akan tahu segmen ekson mana yang berkombinasi berdasarkan intron yang hilang tsb.
kembali ke prinsip awal kita dimana rearrangement melibatkan dua komponen 10. Rearrangement gen TCR dan Ig sebagai alat untuk memantau kelainan dan
patologi limfoproliferasi

Leukemia limfositik dan limfoma - DIAGNOSIS MOLEKULER DAN TERAPI GEN -
Sel leukemia dan neoplasma limfoblastik berasal dari satu sel ansestor yang
berproliferasi lebih agresif dari pada sel normal, membentuk satu klon Sebelum memasuki diagnosis molekuler dan terapi gen lebih jauh, teman-teman perlu
dominan dalam sirkulasi atau kelenjar limfa. Oleh karena itu jika dilakukan mengetahui beberapa hal di bawah ini:
analisa rearrangement pada limfosit yang diisolasi dari darah tepi atau Replikasi
kelenjar limfe maka akan menunjukkan ekspansi klonsel neoplasia limfositik / Transkripsi
limfoblastik Translasi
Penyakit-penyakit autoimun Kodon
Analisa limfosit yang diisolasi dari organ atau jaringan yang mengalami lesi
karena reaksi autoimun, menunjukkan adanya proliferasi sel T monoclonal Sejarah
(stau jenis klon yang dominan) atau oligoklonal (beberapa jenis klon yang Pada awal tahun 90an, implementasi dari biomol adalah sebagai alat diagnostik, baik
dominan) yang spesifik. untuk penyakit genetik maupun penyakit infeksi. Inilah yang kemudian mengarah ke
- rhematoid arthritis (reaksi autoimun pd persendian) suatu diagnosis yang dinamakan diagnosis molekular. Saat ini, diagnostik molekuler bisa
- autoimun chronic active hepatitis diterapkan di berbagai kebutuhan medis, termasuk untuk mendeteksi malignansi,
- psoriasis (lesi pada kulit, cth : dermatosis squamosa) penyakit genetik, identity assignment, farmakogenetik, dan penyakit infeksi.
Penyakit-penyakit infeksi virus dan bakteri intraseluler
Respon imun thd antigen virus menyebabkan proliferasi sel T spesifik dalam Metode dan Spesimen
sirkulasi dan jaringan/organ target. Jika dilakukan analisa rearrangement pada Kelainan yang berhubungan dengan mutasi dapat dideteksi dengan metode:
limfosit dari sirkulasi/organ memperlihatkan ekspansi monoklonal atau PCR
oligoklonal sel T tertentu. PCR-RFLP
Cth : pada penderita hepatitis, sel hati yang terinfeksi akan mengekspresikan Oligo spesifik probe
antigen hepatitis lalu dikenali oleh sel T CD 8 yang akan merusak sel2 hati ARMS
yang terinfeksi. Real time PCR for quantitaion
11. Sedikit data tambahan nhh teman2..btw kalo materi ini agak susah usahain jangan Spesimen yang digunakan dapat berupa:
menghapal terus baca berulang2 ajah dan perhatikan gambarnya soalnya itu Darah tepi/limfosit cord blood
membantu sekali hehe,,sukses sumatif 2 yaaa Vili choriales
Table lokus gen yang mengkode polipeptida TCR dan Ig Cairan amnion
Circulating Asam nukleat, etc.
Gen Lokus
TCR 14 q 4 Deteksi mutasi terjadi di berbagai level DNA pada penyakit genetik. Mutasi dapat terjadi
7 q 32 35 belakangan setelah proses differensiasi sel. Untuk mendeteksi mutasi gen paternal, kita
7 p 15 tidak harus mengambil sel sperma ayah, cukup diambil limfositnya. Untuk mendeteksi
14 q 4 ada tidaknya gen yang bermutasi, diambil DNA nya karena gen yang ada di inti sel sama
Ig L 2 urutannya di semua jaringan. Sedangkan, RNA sudah merupakan hasil ekspresi dari gen.
22 RNA di sel otot berbeda dengan RNA di sel saraf.
L
Meskipun ditemukan adanya mutasi di DNA, tidak semua gen akan digunakan.
H 14 q 9
Misalnya, sel darah merah tidak mensistesis imunoglobulin. Gen imunoglobulin ada,
tetapi RNA nya tidak ada. Imunoglobulin diproduksi sel limfosit B. Klo mau lihat RNA
nya, lihat sel limfosit B. Kalau sel T? tidak ada juga karena tidak diekspresikan.

Jadi, deteksi mutasi pada DNA menunjukkan bahwa mutasi itu ada. Tapi apakah akan Diturunkan secara maternal. Saat pembuahan, sitoplasma sel sperma tidak
diekspreskan? Lihat RNAnya! ikut masuk, melainkan hanya materi genetiknya saja. Interaksi hanya terjadi
antara membran ovum dan membran sperma. Namun, kemungkinan ada
Circulating Asam Nukleat kebocoran cairan sitoplasma ayah yang akan direduksi, termasuk mtDNAnya.
Merupakan asam nukleat DNA maupun RNA yang tidak berada di dalam sel (DNA Jika satu pasang kromosom inti berasal satu dari ayah dan satu dari ibu, mt
radikal). Misalnya DNA dari sel kanker. Sel ini pertumbuhannya sangat cepat dan DNA memiliki banyak kopi dalam satu mitokondria, dan tidak sama satu
banyak pula yang mengalami kematian. Sel yang lisis akan mengeluarkan materi genetik dengan lainnya.
ke bagian darah yang tidak mengandung sel. Darah terdiri dari sel dan cairan yang mtDNA tidak memiliki sistem repair seperti DNA inti sel. DNA inti jika
berupa plasma ataupun serum. Plasma masih mengandung faktor-faktor koagulasi. mengalami mutasi/tidak normal sel itu akan masuk ke aptosis. Kalo mitosis
Ketika clotting, koagulasi memeras suatu cairan yang disebut serum. Dalam serum gagal akan menghadapi sistem imun selnya akan
inilah terdapat circulating DNA. Beberapa hal yang dapat dideteksi: dihancurkan/difagositosis. Kalau sistem imun kewalahan kanker. mtDNA
1. Ca DNA bisa digunakan untuk mendeteksi: memiliki rate of mutation yang tinggi.
Apakah ada mutasi onkogen yang memicu terjadinya kanker. mt DNA menggunakan istilah heteroplasmi dan homoplasmi. Homoplasmi
Keberadaan asam nukleat virus. Di mana, beberapa jenis kanker terkait terjadi bila dalam satu sel, mtDNA nya mengalami mutasi semua atau normal
dengan virus. Misalnya, HPV pada kanker serviks dan Absetrat(sp?) virus pada semua, sedangkan heteroplasmi berarti dalam 1 sel, mtDNA yang mengalami
kanker nasofaring. mutasi bisa ada beberapa, tetapi terdapat pula yang tidak. Dari 1 sel dengan
2. DNA fetus ada yang lolos ke sirkulasi ibu, meskipun jumlahnya sedikit. Untuk komposisi tertentu, dapat berkembang menjadi sel dengan mtDNA bermutasi
menghindari diagnosis prenatal yang melibatkan pengambilan plasenta yang pake yang lebih banyak, dan sel dengan mutasi mtDNA yang justru sedikit.
acara tusuk2 segala dan beresiko, DNA fetal dapat diperoleh pada sirkulasi Pada pembuahan, hasilnya pun bervariasi derajat penyakit yang berbeda.
maternal/ibu untuk mendeteksi kelainan maternal: Misalnya sel ovum matang dengan komposisi:
Beta thalasemia 80% mutan dibuahi sel sperma severe disease
Akondroplasia 50% mutan dibuahi sel sperma mild disease
Hiperplasia adrenal congenital 20% mutan dibuahi sel sperma no disease
Sayangnya, kebanyakan dari DNA di plasma sirkulasi maternal merupakan DNA ibu, Kelainan pada mtDNA ada 2 macam, kelainan sel somatik dan sel germinal.
sehingga tidak dapat dipastikan bila DNA yang diambil bersasal dari DNA fetal. DNA Rate of mutation pada sel somatis dikaitkan dengan usia, proses menua, dan
dari dari bayi, jumlahnya sangat sedikit, sehingga akan terencerkan dikalahkan kejadian kanker. Kelainan yang berasal dari ovum/germline akan
oleh DNA ibu. Di samping itu, materi genetik fetal setengahnya berasal dari ibu. menimbulkan penyakit neurodegenartive dan myopati (kelainan otot dan
Meskipun hasilnya positif, bagaimana ketahuan ini memang dari bayi atau malah saraf). Di Indonesia, sering ditemukan Lebers Hereditary Optic Neuropathy
ibunya. Oleh sebab itu, cairan amnion untuk PND tetap digunakan. (LHON). Kelainan ini pernah ditemukan di keluarga-keluarga di suatu desa di
Bali. Diduga karena pernikahan antar keluarga dekat. LHON diakhiri dengan
Penggunaan circulating DNA ini juga dapat mendeteksi kerusakan jaringan pada kebutaan. Kebutaan tidak terjadi mendadak dan gejala tidak ditemukan sejak
emboli paru (kerusakan jaringan paru), infark miokard(kerusakan jaringan otot lahir, bersifat progressif. MELAS (Myopathy Encelopathy Lactis Acidosis Stroke
jantung), stroke (kerusakan jaringan otak), dan transplantasi organ (kerusakan like episode ini seperti stroke dan terkait dengan metabolisme. Karena DNA
jaringan transplantasi). Caranya, dengan mengambil circulating Asam Nukleat di bertugas memproduksi energi, melalui produksi molekul ATP. Penderita lama
sirkulasi. Tapi, yang diambil RNA nya, bukan DNA nya. Sebelumnya, kita harus kelamaan akan mengalami kelumpuhan.
mengetahui RNA spesifik hasil ekspresi gen-gen oleh organ-organ tersebut.
Aplikasi Diagnosis Molekuler
Mt DNA Diagnosis molekuler dapat diaplikasikan untuk mendeteksi kelainan bawaan. Caranya
DNA yang mengalami mutasi bisa berasal dari nukleus atau mitokondria. bermacam-macam:
Karakteristik mtDNA: 1. Diagnosis differensial

Contoh: mengatur saluran klorida dari dalam dan keluar sel. Mutasi fungsinya
Kelumpuhan terkait mutasi satu gen di kromosom X yang menyandi terganggu terbentuk mukosa/lendir yang dibentuk di saluran napas
protein distrofin Tidak berkembangnya otot (distrofi otit). Gejala kental menghambat jalan napas gampang terkena infeksi
klinisnya lumpuh biasa, tetapi tidak lumpuh total. Namun lumpuh dapat disebut juga sebagai infeksi sekunder karena ada pemicunya.
disebabkan oleh banyak hal, sehingg diperlukan deteksi untuk Di Indonesia Thallasemia frekuensinya sangat tinggi (14-15%).
membedakan. Kemungkinan 1 karier akan bertemu dengan karier lainnya sangat
Retardasi mental terkait fragile X-syndrome. Kelainan kromosom X besar.
gampang patah. Manifestasinya dapat bergradasi dari ringan hingga Namun, mutasinya lebih dari 200an (sulit) deteksi di populasi
severe. tidak dilakukan, tapi deteksi carier di keluarga.
Di populasi dapat dilakukan screening hematologi sel eritrosit
2. Deteksi karir/pembawa sifat dalam keluarga yang ukurannya sangat kecil (tetapi dapat pula disebabkan
Contoh: defisiensi besi atau infeksi kronis). Jadi, untuk inherited disease
Suatu penyakit Hiperplesia Adrenal Congenital yang disebabkan oleh harus dibuat dulu pedigree/riwayat family sebelum pemeriksaan
defisiensi enzim hidroxylase 21. Produksi enzim tersebut berkurang untuk medeteksi apakah kelainan berupa maternal inherited
sehingga menyebabkan gangguan berupa kehilangan garam pada awal (mtDNA atau X linked) atau nuclear inherited.
kelahiran. Dapat dideteksi karier dalam keluarga. 4. Diagnosis prenatal (PND) sebelum kelahiran
Pada pathway pembentukan, diketahui enzim hydroxylase 21 berperan Tidak semua perlu didiagnosis prenatal, seperti PKU (kelainan
merubah konformasi kolesterol menjadi kortisol. Kolesterol juga metabolisme) karena dapat diobati.
merupakan asal pembentukan testosteron. Enzim yang tidak ada PND dapat dilakukan pada penyakit yang muncul gejalanya saat kanak-
kortisol berkurang pengaturan keseimbangan elektrolit terganggu kanak, gejalanya berat dengan prognosis yang buruk dan tidak ada terapi
nenatus kehilangan garam fatal. Bila diketahui sebelumnya bayi akan yang efektif.
menderita salt lost, dokter dapat mepersiapkan obat-obatan untuk Contoh:
membypass konversi konversi dari kolestorol kortisol. Thalasemia Thalasemia sintesis hemoglobin berkurang
Apabila jalur ini terhambat terbentuk jalur lain pada bayi wanita anemia.
meningkatkan testosteron klitoris rusak ambigous Meskipun dapat ditransfusi, tetapi membawa masalah karena
genitalia/kebingungan terhadap jenis kelamin bayi diperlukan memasukkan darah orang lain ke resipien komplikasi, seperti
pemeriksaan kromosom. penyakit infeksi akibat donor tidak diseleksi. Terkadang donor
mendonorkan hepatitis, serta menyebabkan kelebihan besi yang
harus dikeluarkan dengan bantuan obat. Jika tidak, akan menumpuk
Intermezo: Sehari-hari dokter kita berjuang menghadapi kasus demam
di organ-organ.
berdarah, di mana masalah yang utama sebenarnya bukan penurunan
Thalasemia beta terkait globulin beta, gejalanya muncul saat 3
trombosit (tidak bermasalah selama tidak terjadi perdarahan),
bulan. Thalasemia alfa terkait globulin alfa, gejala lansung muncul
melainkan bagaimana menyeimbangkan elektrolit di dalam sirkulasi
pada saat kelahiran.
pasien makanya penggunaan infus sangat penting.
Globulin terdiri dari alfa dan beta. Hemoglobin orang dewasa terdiri
dari 2 alfa dan 2 beta, serta delta dan gamma (HbA). Bayi yang baru
3. Deteksi kelainan genetik yang disebabkan oleh autosomal resesif di lahir hanya terdiri dari 2 alfa dan 2 gamma (HbF). Perubahan dari
populasi. gamma ke beta terjadi pada usia 3 bulan, tetapi beta dapat
Syaratnya, frekuensinya tinggi. mengalami kerusakan. Kalau alfa hilang tidak terdapat
Contoh: sistic fibrosis di populasi Kaukasia. Penyakit ini disebabkan hemoglobin mati sebelum kelahiran.
mutasi gen yang menyandi Transmembrane Conductance Regulator yang

Gradasinya bermacam-macam ada 4 gen yang menyandi. Satu Enzim Mst II akan memotong di A pada GAG HbA akan terpotong. A yang diubah
mengalami kerusakan, masih ada 3 tidak masalah. Kalo 3, hilang menjadi T pada GTG HbS tidak terpotong.
parah! kerusakan terjadi saat pembentukan janin. Caranya, dilakukan amplifikasi basa DNA dengan panjang 1,3 kB diinkubasi dengan
Pada beta, ada 2 gen yang menyandi. Salah satu gen mengalami enzim Mst II HbA akan terpotong menjadi 1,1 dan 0,2, sedangkan HbS tidak akan
kerusakan tidak bermasalah, kalau 2 berat. Tiap bulan harus terpotong (tetap 1,3 kB) dielektroforesis dan dilihat pita-pitanya ditentukan
ditransfusi, kalau bagus transfusinya, besi dihilangkan, screening sampel homozigot normal (HbA HbA), heterozigot (HbA HbS), atau homozigot mutan
donor dilakukan baik dapat bertahan hidup sampai dewasa. PND (HbS HbS). Dapat pula dengan manggunakan probe/pelacak. Satu probe untuk normal
harus disertai genetic counseling untuk memberitahukan apa yang sekuens, sedangkan yang lain untuk mutan sequence dimasukkan ke dalam tabung
dilakukan dan apa yang akan terjadi. tabung satu untuk mutant dan yang lain untuk normal. Kalau positif untuk tabung
Meskipun bayi meninggal dengan sendirinya dalam kandungan, mutan saja berarti HbS, tabung normal HbA, dan untuk kedua tabung positif berarti
heterozigot.
tetap perlu PND karena kerusakan bayi dalam kandungan ibu
mengalami resiko perdarahan, ecamplasia.
Screening Pasca Kelahiran
5. Diagnosis presimptomatik.
PKU (inborn errors metabolism)
Misalnya kebutaan progressif yang dapat dideteksi sebelum mengalami
Mutasi gen yang mengkode enzim phenylalanine hidroxylase yang mengubah
kebutaan, seperti pada kelainan mtDNA.
phenylalanine menjadi tirosin penumpukan penilalanin kerusakan sel otak
Syaratnya:
mental retardasi.
Untuk kelainan genetik yang manifestasinya ketika dewasa Dikoreksi dengan newborn screening/screening pas baru lahir dengan mengukur level
dipersiapkan dan gejalanya ditunda kemunculannya. phenylalanine dalam darah. Dihilangkan phenylalanine dari makanannya. Kita perlu
Mutasinya mutasi beta pada thalasemia bermacam-macam segera mengetahui apakah anak ini menderita. New Born screening, Apakah kadar
mutasi di tiap etnik 1-5 macam yang dominan klinisi tinggal penilalanine yang di dalam meningkat atau tidak.
menanyakan asal suku pasien.
Koleksi data dikumpulkan 500 di tiap etnik untuk memperoleh peta TREATMENT KELAINAN GENETIK
jenis mutasi dapat dilihat yang dominan yang mana. Jika tidak Konvensional (diutamakan)
ketemu, dilihat mutasi kedua terbanyak. Bila tidak ketemu Restriksi dietari/membatasi makanan
mutasinya sama sekali dilakukan sekuensing dilihat semua Misalnya pada PKU dibatasi konsumsi makanan yang mengandung fenilanin.
urutan nukleotidanya yang mana yang mengalami mutasi 2-3 Penggantian hormon
minggu. Masalahnya, seringkali orang berkonsultasi ketika usia Congenital Adrenal Hyperplasia diberikan hormon cortison
kehamilan telah lanjut. Sebaiknya sedini mungkin terminasi lebih Congenital Hypothyroidism diberikan hormon tiroksin
aman. Penggantian protein
Hemophilia A diberikan faktor VIII
PCR Thalasemia diberikan transfusi darah
Teknik untuk mengamplifikasi/memperbanyak DNA Terapi obat
Contoh: Hyperchlesterolemia diberikan antikolestelor.
Kelainan dari rantai beta disebut sebagai Sickle cell disease karena eritrositnya Menghindari obat tertentu
seperti bulan sabit. Prevalensinya tinggi di populasi orang timur tengah. Defisiensi enzim G6PD di eritrosit yang disebabkan faktor pencetus (obat-
Terjadi akibat mutasi salah satu basa N, dari Adenin menjadi Timin, sehingga obatan, seperti sulphonamide eritrosit akan lisis.
triplet GAG yang menyandi glutamin GTG yang menyandi valin.
Bagaimana bisa diketahui seseorang memiliki gen HbS (Sickle) atau HbA (Normal)?
Digunakan metode PCR RFLG.

Terapi Gen - REKAYASA GENETIKA -
Tujuannya untuk mengkoreksi defect genetik di DNA dan dipastikan harus
diekspresikan. Terapi yang sukses baru cystic fibrosis.Caranya dengan memasukkan gen Defenisi
normal ke sel target yang tepat dan mempertahankan ekspresi optimal dari gen yang Rekayasa genetik manipulasi DNA dengan menggunakan teknik DNA rekombinan.
diperkenalkan memproduksi produk yang defisien pada pasien. Teknik DNA rekombinan: DNA dipotong dipisahkan berdasarkan ukuran
disekuensing untuk menentukan komposisi dan urutan nukleotidanya.
Klasifikasi
Germ line: gen disisipkan di sel germinasi karena sifat-sifatnya dilanjutkan
ke generasi berikutnya dilarang dalam konsensus internasional karena
merupakan satu langkah untuk menciptakan manusia super.
Sel somatik: perubahan hanya pada sel somatis saja boleh dilakukan. Tujuan
1. Isolasi gen tertentu, bagian dari gen atau daerah genomnya.
Terapi Sel somatis 2. Menghasilkan RNA atau molekul protein yang diinginkan dalam jumlah
Setelah dikoreksi, gen yang baru diperbanyak melalui kloning gen, kemudian banyak.
dimasukkan ke sel target melalui dua cara, yaitu: 3. Meningkatkan efisiensi dalam pembuatan enzim dan obat-obatan secara
In vivo: disuntikkan ke pasien. komersil.
Ex vivo: dimanipulasi di luar, kemudian dimasukkan lagi dengan harapan gen 4. Memodifikasi organisme, sehingga dapat mengekspresikan suatu sifat baru
akan memperbanyak diri di dalam tubuh. yang sebelumnya tidak dikode oleh gen.
Namun, gen dapat hilang dalam 2-3 bulan karena tidak stabil. 5. Koreksi kelainan genetik di organisme, termasuk manusia.
Untuk mendapatkan 1 gen terapi Memerlukan waktu yang lama untuk penemuan ini
20 -30 tahun. Peralatan
Peralatannya meliputi Polmerase Chain Reaction (PCR) memperbanyak DNA supaya
Aspek yang perlu diperhatikan: dapat dianalisis, elektroforesis, etc.
Karakter gen
Harus dipikirkan bagaimana gen tersebut berekspresi dalam keadaan normal, Teknik Rekayasa Genetik
daerah yang mengontrol ekspresinya, promotornya, faktor yang menswitch Struktur DNA (lihat tentir Asam Nukleat)
on dan off. Jika ditaruh sembarangan tidak ada pengaruhnya harus DNA merupakan polimer dari nukleotida yang terdiri dari gugus fosfat, gula
diperbanyak dengan kloning 1 paket, tidak hanya gen tertentu, tetapi juga deoksiribosa, dan basa Nitrogen. Gula deoksiribosa terbentuk karena atom C
daerah yang mengontrol ekspresi gen tersebut. no.2 pada gula ribosa kehilangan oksigen.
Target Sel/pemicu atau gen organ harus diidentifikasi sel mana yang tepat Basa N terdiri dari purin (adenin & guanin) dan pirimidin (cytosin & timin).
dan mudah diakses oleh gen yang telah dibuat. Basa N membentuk ikatan hidrogen dengan komplementernya, A x T dan G x
Vektor/ kendaraan; dibutuhkan trial dan error dengan tujuan untuk C membentuk untai nukleotida yang anti paralel. Untai pertama tersusun
mamasukkan gen secara efisien dan aman. Salah satunya dengan liposom, oleh nukleotida dari arah 3 ke 5, sedangkan pasangannya terususun dari
yaitu dengan menggabungkan materi genetik yang digabungkan dengan suatu arah 5 ke 3. Struktur inilah yang membentuk double helix pada DNA.
plasmid (liposom) disuntikkan invitro ke dalam sel materi genetiknya Replikasi Semikonservatif (lihat tentir Replikasi-Transkripsi)
akan bergabung dengan materi genetik sel. Pada kenyataanya? Tidak mudah. Secara in vivo, terjadi replikasi dari arah 5 ke 3.
Terbentuk dua untai yang disebut leading strand dan lagging strand.
Lagging strand, untainya direplikasi terputus-putus, membentuk fragmen
yang disebut fragment okazaki.

ssBP membant fiksasi untai DNA template yang telah terbuka mencegah Ligase adalah enzim yang menautkan 2 fragmen DNA dengan menyambung
kedua untai bersatu kembali. ikatan gula- fosfat yang terpotong endonuklease.
Oleh karena itu, prinsip replikasi selalu diawali dengan membuka dsDNA Misalnya, insert (DNA yang akan diklon) memiliki situs potongan untuk Enzim
ssDNA. EcoR1, vektor DNA (plasmid) juga harus punya samakan, kemudian
dipotong membentuk sticky end. Dengan bantuan ligase, keduanya akan
Prinsip ini dapat diterapkan dalam denaturasi DNA secara in vitro. menyambung, dan terbentuk molekul rekombinan.
Adonannya: ssDNA sbg template, topoisomerase, DNA polimerase III, etc. Suatu plasmid memiliki situs pemotongan untuk enzim Alu I dan Hind III.
DNA terdenaturasi melalui pemanasan, memerlukan suhu yang sangat tinggi, Dipilih enzim yang memotong sesuai keinginan, jangan sampai motong di
0
90-95 C. sembarang tempat.
Tidak ketemu juga? Direkayasakan dengan PCR, daerah tersebut diamplifikasi,
Enzim Restriksi Endonuklease primernya disisipi dengan daerah yang bisa dikenali, sehingga amplifikasi bisa
Enzim dapat memotong DNA pada untai tertentu, memotong ikatan dilakukan dengan enzim yang tadinya tidak bisa digunakan.
fosfodiester kedua untai. Tidak semua mikroorganisme memiliki DNA, ada virus yang materi genetiknya RNA.
Tempat pemotongannya (restriction site) dinamakan palindrom; prinsipnya Dalam kloning, kita akan menggunakan materi genetik yang berupa DNA. Bagaimana
seperti cermin, di mana untai 3 ke 5 menjadi cermin 5 ke 3. Ex: Pada untai dengan virus RNA?
3 ke 5 terbentuk urutan G A A T T C, maka cerminnya adalah kebalikan dari
urutan basa N tersebut, C T T A A G. Enzim Reverse Transkriptase
DNA yang kepotong bisa jadi berekor(sticky end) atau berujung rata (blunt Digunakan reverse transkiptase. Enzim ini bertolakbelakang dengan dogma sentral:
end). DNA RNA protein.
Dahulu, orang berpikir, enzim tidak bisa balik. Tidak bisa menjadi RNA lagi
karena mengalami processing, sehingga gen manusia jika diamplifikasi akan
sukar karena memiliki ekson dan intron yang tidak mengkode gen. Klon DNA
yang gennya dibatasi oleh intron, jika dimasukkan ke dalam PCR, daerah
intronnya yang tidak dibutuhkan akan ikut teramplifikasi.
RNA ternyata dapat diranskripsi balik menjadi DNA. Dengan reverse dari RNA
yang hanya mengandung exon (intronnya telah dibuang melalui splicing)
diperoleh DNA.
Caranya? Template berupa RNA yang memiliki ekor yang kaya akan
polinukleotida A (AAAA) di ujung 3. DNA primer berisi oligo dT (TTTT) akan
Untuk yang ujung rata kodenya CCCGGG yg berpasangan dengan GGGCCC.
berikatan dengan ekor RNA sebagai pasangan poli A, lalu dielongasi dari arah
Kalo ekor, dipotong di urutan nukleotida G AATTC. Yang berekor ini lebih baik
5 ke 3 dengan reverse transkriptase. Terbentulah cDNA, komplementernya.
digunakan karena ia membentuk lock and key dengan tempat pemotongan
Setelah selesai, cDNA akan menjadi template untuk replikasi pasangannya
pada vektor, misalnya plasmid bakteri.
terbentuklah cDNA untai ganda diperbanyak dengan PCR, lalu dipotong
Potongan DNA ini disebut fragment restriksi.
dengan retriksi endonuklease diklon.
Bakteri memiliki kromosomal (mencapai Megabp) dan ekstrakromosomal
Bagaimana kita mengetahui klon telah berhasil atau tidak?
(kbp) yang disebut plasmid. Plasmid biasa digunakan untuk kloning karena
dapat bereplikasi secara mandiri, dan banyak mengandung restriction site.
Genome dan Analisis Protein
Bagaimana melakukan kloning DNA ke plasmid? diperlukan enzim ligase.
Untuk mengetahui keberhasilan kloning, digunakan jel elektroforesis dengan
menggunakan jel agarosa atau poliakrimilamida.
Enzim Ligase

Diagar, lalu dibuat cetakannya, kemudian diberkukan cetakan sumur Mekanisme blot: Sampel dilarikan pada elektroforesis jel agarosa blot ke
diberikan DNA hasil amplifikasi. membran hibridisasi dengan pelacak berlabel visualisasi.
DNA bermuatan negatif karena gugus fosfat DNA akan berjalan ke kutub Terdapat Southern Blot untuk sampel DNA dan Northern blot untuk sampel
positif. RNA. Di samping itu, adapula hibridasisi balik tanpa label radioaktif. Hasilnya
Hasilnya berupa separasi DNA berdasarkan berat molekulnya. DNA juga akan nanti dianalisis.
terpisah sesuai berat molekulnya. Hasil analisis dapat dihasilkan gambar yang menyerupai titik2 hitam yang
Misalnya 500 kb akan berbeda dengan 300 kb. Yang paling jauh adalah 300 banyak, digunakan untuk mengetahui dan membedakan strain dari suatu
karena lebih kecil, sehingga lebih mudah melewati pori-pori. mikroorganisme penyebab infeksi suatu penyakit.
Pengecekan dapat menggunakan marker. Jika 300 yang kita amplifikasi, garis Ex: dalam suatu keluarga yang terkena TB, apakah penularan pada anak
visualisasi yang terbentuk pada agar akan berada di sekitar daerah 300 pada disebabkan oleh penularan dari ayah. Atau ketika seseorang menderita suatu
marker. Marker adalah DNA yang dipotong-potong pada daerah tertentu yang penyakit enam bulan lalu. Ingin diketahui apa ia sembuh dan terapinya
berfungsi seperti skala dengan ukuran tertentu. berhasil. Pada pemeriksaan awal, dicek dan hasilnya dijadikan sebagai
Ex: Hasil elektroforesis DNA Lambda yang dipotong pake EcoRI. DI sini bisa database untuk dibandingkan dengan pemeriksaan 6 bulan kemudian. Jika
dilihat, ada berbagi macam ukuran dari potongan EcoRI. Setelah sama, pasien masih terinfeksi bakteri yang sama dan disimpulkan bahwa
dielektroforesis, DNA yg terdiri dari 21.2 kb (paling gede) akan berada paling terapinya belum berhasil.
jauh dari kutub positif dan garisnya kelihatan tebal. Klo yg 3,6 kb paling dekat
ke kutub positif. Menunjukkan semakin kecil BM semakin cepat migrasinya ke PCR
kutub yg berlawanan. Yg gede, yah harus jalan lambat karena kegedean. PCR ibarat seperti pintu. Apakah mutasi ini dapat menyebabkan suatu penyakit itu
Meskipun kesannya the biggest loser, to be honest, big means beautiful! :D hanya dapat dilakukan jika sampel diperbanyak hingga jutaan kopi.
Dulu ditaruh dalam wadah berbeda-beda. 30 siklus, berarti 2 pangkat 30.
Hibridasi Asam Nukleat dan Pelacak (Probe) Hasil akhirnya berupa miliaran kopi. Hehe...
Produk yang diinginkan bisa dideteksi atau dilacak denga probe.
DNA ketika didenaturasi akan menjadi ssDNA, jika didinginkan akan terjadi Memperbanyak DNA secara in vitro (di luar jaringan)
renaturasi menjadi dsDNA. Dibutuhkan primer, yaitu oligonukleotida sintetis yang dirancang untuk
Dua untai asam nukleat dengan urutan basa yang saling berkomplementer, mengenali bagian DNA yang akan diamplifikasi memungkinkan terjadinya
dapat bergabung satu sama lain. Gabungan ini dapat berupa DNA-DNA, DNA- polimerasi/ pemanjangan untai DNA. Diperlukan suhu tinggi untuk denaturasi
RNA, dan RNA-RNA. Sifat ini digunakan untuk merancang oligonukleotida DNA. Dibandingkan dengan probe, primer pada PCR harus memiliki syarat-
yang mengenali fragmen/sekuens DNA tertentu yang ingin dicari dengan syarat tertentu, yaitu memiliki panjang antara 21-23bp dan bisa melakukan
pelacak/probe. Supaya bisa dilihat, probenya dilabel dengan radioaktif atau annealing di suhu tertentu.
enzim. Teknik mendeteksi asam nukleat tertentu dengan probe RNA atau Walaupun kita sudah mendesign primer dengan bantuan komputer pada
DNA inilah yang disebut hibridisasi. kenyataan, ketika pCR akan menghasilkan hasil yang negatif karena primer
Radioaktif maupun enzim memiliki manfaat dan mudarat (kerugian) masing- yang dipake tidak bisa nempel pada dna target.
o
masing. Radioaktif memiliki sensitifitas yang tinggi, apalagi pada DNA yang Digunakan enzim DNA polimerase yang tahan pada suhu 95 C (misal enzim
berukuran kecil, tetapi dapat berpotensi memancarkan radiasi, seperti taq polymerase dari Thermus aquaticus yang berasal dari kawah reaksi
neutron yag dapat masuk ke dalam kulit dan mematahkan DNA yang enzimatik dilakukan pada suhu ekstrem). Jadi, harus enzim yang tahan akan
menyandi sel epidermis. Akibatnya, kulit terbuka, sehingga harus dirawat di suhu yang panas karena enzim yang tidak tahan akan mengalami denaturasi.
ruang steril. Proses
Enzim kurang sensitif, tetapi resikonya jauh lebih kecil dibanding radioaktif, 1. Denaturasi: pemisahan untai ganda menjadi tunggal, terjadi pada suhu
0
sehingga tidak diperlukan peralatan mahal seperti antiradioaktif. 90-95 C

2. Annealing/Priming: perlekatan primer pada ssDNA target; pada suhu 50- Dulu, orang melakukannya dengan cara diekspos ke suatu film dan dibaca satu per
0
65 C satu. Sekarang, cukup disinari dan akan ditangkap oleh sensor dibaca, lalu
0
3. Elongasi: reaksi polimerasi/pemanjangan rantai DNA; pada suhu 68-72 C disusun menjadi suatu grafik yang ditampilkan oleh layar komputer secara runut.
Di sini juga dapat kita lihat betapa menguntungkannya PCR ini karena dengan 6 siklus Adakalanya antara basa N yang satu berhimpitan dengan yang lain, sehingga
saja, dapat dihasilkan 64 kopi DNA. 30 siklus milyaran kopi. tinggal dibaca sinyal yang paling kuat.
Sekuensing DNA Metode dalam Teknologi Rekombinan

Dalam rekayasa genetik digunakan metode sekuensing untuk mengetahui urutan Kloning DNA
nukleotida pada Gen. Mekanisme:
Metode sanger; di mana dua utas dsDNA yang tidak diketahui urutan basa N 1. Mengambil gen atau bagian dari gen yang diinginkan dari 1 organisme
nya, akan didenaturasi membentuk ssDNA. Salah satu untai akan dijadikan (donor).
template untuk sintesis untai pasangannya. Intinya, dengan mengetahui satu 2. Insersi gen yang diinginkan ke vektor (plasmid, virus, cosmid)
untai DNA, dapat diketahui untai lainnya karena saling berkomplementer. 3. Memasukkan vektor yang telah mengandung insert DNA ke sel hospes yang
ssDNA template kemudian ditambahkan banyak dNTP yang terdiri dari dATP, sesuai (cloning host), baik bakteri, jamur, ataupun sel mamalia.
dGTP, dCTP, dan DTTP. 4. Seleksi sel host yang berisi DNA yang diinginkan.
Ditambahkan pula primer untuk memulai sintesis dan enzim DNA polimerase 5. Konfirmasi dengan analisis DNA/protein.
untuk sintesis pasangan ssDNA yang menjadi template.
Adonan ini kemudian diramu dan dibagi ke dalam empat tabung. Dengan
demikian, setiap tabung memiliki ssDNA, dNTP yang kaya, serta enzim DNA
polimerase yang sama rata.
Yang berbeda, tabung I diberi ddATP yang diberi label dengan warna merah,
tabung II dengan dTTP (biru), tabung III dengan dCTP (hijau), serta tabung IV
dengan dGTP (kuning). Molekul ddNTP ini berbeda dengan dNTP karena tidak
memiliki molekul O pada karbon 3 dari ribosa, sehingga pemanjangan rantai
DNA terhenti bila rantai mengikat ddNTP spesifik di masing-masing tabung
tersebut (ddATP, ddGTP, ddCTP, atau ddTTP) atau diterminasi.
Hasilnya, ketika terjadi elongasi primer, dNTP akan berkompetisi dengan
ddNTP dalam berikatan dengan basa N pada ssDNA sebagai template.
Ex: Di ssDNA (template), sekuens basa N (setelah basa yang diduduki oleh Produknya macam-macam, bisa untuk memproduksi protein, menghasilkan tanaman
primer) adalah GATCA. Pada tabung I yang berisi dATP dari dNTP dan ddATP transgenik bebas hama misalnya, ataupun sumber pembelajaran DNA. Sebagai
sintesis akan berlangsung hingga mencapai posisi T, di mana dATP akan tambahan, makhluk bernama E. coli ini teryata merupakan sel host dalam kloning yang
berkompetisi dengan ddATP untuk berikatan. Bila diduduki oleh dATP, sintesis paling digunakan secara massive untuk amplifikasi rekombinasi DNA. Selain itu, suatu
tetap berlanjut. Bila tidak, ddATP yang mengikat, akan terjadi terminasi, penelitian menghasilkan pisang transgenik hasil klon DNA hepatitis yang dapat
sehingga sintesis berhenti, terbentuk fragmen, dengan ujung yang berwarna menginduksi imunitas terhadap hepatitis yang tadinya diinsersi ke suatu vektor, mis.
merah bila dianalisis. plasmid. Pisang yang dihasilkan, jika dikonsumsi, dapat berperan sebagai vaksin
Hasil akhirnya berupa fragmen-fragmen yang terpotong di daerah tertentu hepatitis pada manusia.
akibat terminasi dengan berat molekul yang berbeda-beda
dielektroforesis, sehingga memberi warna yang berbeda. Hasilnya dapat Sejarah
dianalisis secara statistik. Komputer akan membaca urutan-urutan tersebut. Awal tahun 70an, Herbert Boyer, Stanley Cohen, Paul Berg dan co-workers memulai
Lihat yang mana yang paling atas. teknologi rekombinasi DNA dengan menyisipkan beberapa bagian DNA asing ke dalam

sel host dan mengklon sel host tersebut untuk memproduksi kopi dari DNA yang Sel hospes: Bakteri, sel mamalia, serangga, tanaman
disisipkan sebanyak mungkin. Syaratnya: tumbuh cepat, non-patogen, genomnya sudah dipetakan, dapat menerima
Saat ini, terdapat berbagai teknik, yaitu dengan menyisipkan DNA dari satu spesies vektor plasmid atau faga, mempertahankan gen asing selama multiplikasinya, serta
(donor) ke spesies lain (resipien). Sel resipien kemudian akan bereplikasi, lalu mengekspresi dan mensekresi protein klon dalam jumlah besar.
memproduksi banyak kopi dari DNA rekombinan yang baru. Organisme yang
mengandung fragmen DNA asing yang sengaja dibuat inilah yang disebut sebagai
transgenik. Metode
1. Transformasi
Sifat-Sifat Penting Vektor untuk Kloning Gen DNA diambil langsung dari medium dan direkombinasikan ke genom sel
Punya oriC (origin of replication) supaya dapat berplikasi memperbanyak kompeten, yaitu sel bakteri yang bisa mengambil DNA. DNA rekombinan
DNA. Plasmid adalah materi genetik yang dapat bereplikasi secara mandiri. diinsersi ke DNA sirkuler untai ganda pada salah satu untai saja (misalnya di
Dapat menerima DNA insert, kecil, dan tidak mudah terdegradasi. luar), membentuk heteroduplex karena untai di dalam tidak mengalami
Mempunyai situs restriksi yang dapat digunakan untuk insersi/penyisipan gen rekombinasi. Kedua untai mengalami replikasi, sehingga bakteri yang
yang akan diklon. dihasilkan ada yang mengandung gen insersi adapula yang tidak.
Membawa gen marker, misalnya membawa sifat resistensi antibiotika 2. Transfeksi
digunakan untuk seleksi. Misalnya kita ingin melakukan kloning DNA ke Prosesnya dilakukan dengan memperkenalkan materi asing pada sel
plasmid pada sel bakteri. Bagaimana cara menyeleksi bakteri mana yang eukariotik. Transfeksi melibatkan pembukaan pori di membran plasma,
mengndung plasmid rekombinan tersebut? Caranya, diinsersi pula gen sehingga materialnya bisa diambil. Materi genetik seperti supercoiled
penyandi resistensi ampicilin dan tetracyclin. Kemudian, mediumnya diberi plasmid DNA dan siRNA, bahkan protein antibodi dapat ditransfeksikan.
kedua antiobiotik tersebut. Bakteri yang dapat tumbuh pada media tersebut Metode ini sering diikuti dengan mencampur lipid kationik dengan material
yang mengandung gen yang disisipkan. Tapi, harus dibuktikan lebih lanjut. tertentu untuk memproduksi liposom yang akan berfusi ke membran plasma
Selain sifat-sifat di atas, khusus untuk kloning yang bertujuan untuk ekspresi dan mendeposito isinya di dalam. Transfeksi sering digunakan untuk
protein, sifat tambahannya adalah mempunyai promoter, untuk transkripsi transfeksi yang berkaitan degnan sel mamalia, sedangkan pada bakteri dan
dan ribosome binding sequence untuk translasi sebagai bagian dari ekspresi terkadang, tumbuhan, jenis proses ini disebut transformasi.
gen pada prokaryot, sedangkan pada mamalia memiliki fragment Kozak. Disebut juga transformasi untuk proses yang terjadi di bakteri dan tumbuhan.
HeBS (HEPES buffered saline solution) yang mengandung ion fosfat
Jenis-Jenis Vektor dikombinasikan dengan larutan kalsium klorida yang mengandung DNA.
Vektor yang digunakan untuk kloning gen antara lain: Ketika keduanya digabungkan, presipitat dari kalsium fosfat akan terbentuk
Retrovirus dan akan mengikat DNA untuk ditransfeksikan. Suspensi dari presipitat ini
Adenovirus kemudian ditambahkan ke dalam sel untuk ditransfeksikan (biasanya berupa
Adeno-associated virus (AAV) kultur yang tumbuh di lapisan tunggal). Lalu, dengan suatu proses yang belum
Herpes simplex virus diketahui, sel akan mengambil beberapa presipitat, sehingga kandungan DNA
Rhinoviruses di dalamnya turut masuk. Caranya: elektroporasi, heat shock, lipofectamin
Human Immunodeficiency Virus (HIV) dan fugene, serta senjata gen (DNA dipasangkan dengan partikel nano dari
Plasmid of various types. Ex: plasmid pBR322 dan pUC; maksimal hingga 20 solid inert (emas), kemudian ditembakkan ke nukleus sel target.
kb. 3. Elektroporasi
Faga lambda Untuk host yang punya dinding sel, digunakan enzim untuk mencerna dinding
Kosmid (hibrid plasmid dan faga lambda); maksimal sampai 50 kb. sel, menyisakan protoplasma. DNA asing dimasukkan melalui kanal yang
terbuka akibat tegangan listrik yang diekspose ke protoplast. Sel yang udah
Introduksi klon gen ke sel hospes ditransformasikan lalu dikultur dan dimedia yang menginduksi pembentukan

dinding sel dan pertumbuhan menjadi organisme utuh. Sel hewan gampang pemisahan molekul protein berdasarkan ukurannya. Lalu, blot protein/gel ke
karena tidak memiliki dinding sel. membran nitroselulosa. Adanya protein tertentu akan dikenali dengan
4. Biolistik antibodi spesifik. Antibodi sekunder berlabel radioaktif atau enzim. Kemudian
Dibombardir dengan proyektil mikroskopis (terbuat dari substansi inert, dilakukan visualisasi.
seperti emas) dan diselubungi DNA. Ditembakkan pada kecepatan tinggi ke
dalam sel atau jaringan. Teknik ini menjanjikan untuk digunakan pada Analis Ekspresi Protein dengan DNA mikroarray
organisme yang masih hidup. Contoh:
5. Transduksi Untuk mengetahui perbedaan ekspresi gen pada sel kanker dan sel normal Pada
Melalui infeksi virus dengan afinitas tertentu untuk tipe sel tertentu, sehingga chip, direkatkan sejumlah probe oligonukleotida yang mengenali gen-gen yang akan
dapat digunakan sebagai vektor jika diisi oleh DNA asing. diteliti. Sementara itu, dilakukan isolasi mRNA dengan enzim reverse transkriptase,
6. Mikroinjeksi dibuat cDNA dibuat pula label yang berbeda untuk sel kanker (merah) dan sel normal
Tujuannya untuk memperbaiki genetik disorder, supaya sel yang DNA nya (hijau) Campurkan cDNA, hibridisasikan pada chip microarray yang telah disiapkan
mengalami kelainan bisa berubah dan mensubtitusi gen yang fungsional. baca hasilnya.
Contohnya untuk menghasilkan hewan transgenik, DNA diinsersi ke zigot atau
embryo awal dengan injeksi menggunakan pipet kecil/halus. Zigot/embrio Mutagenesis dengan oligonukleotida sintetik
yang sudah ditransformasikan lalu diimplantasi ke rahim ibu untuk DNA bakteri yang sirkuler dan beruntai ganda, terkadang ketika bereplikasi mengalami
pertumbuhan dan perkembangan. mutasi DNA. Misalnya basa G yang berpasangan dengan T (seharusnya yang
berpasangan dengan T adalah basa C) ketika bereplikasi, terbentuk 2 DNA sirkuler
Seleksi klon yang mengandung insert DNA yang dikehendaki yang mengandung mutan replikasi semakin sering. Hasilnya, terdapat DNA sirkuler
Sel bakteri : Ampicilin yang mengandung mutan, ada pula yang tidak.
Sel mamalia : Geniticin
DNA library berisi koleksi fragment klon terbatas yang berasal dari genom - ONKOGENESIS -
suatu organisme. Tujuannya untuk memiliki semacam database.
Genomic library adalah perpus yang isinya genom komplit, dalam bentuk Onkogenesis adalah proses perkembangan sel-sel normal menjadi sel-sel tumor. Selama
fragment kecil DNA (oligonukleotida) yang merepresentasikan gen yang telah proses tersebut, terjadi perubahan seluler dan genetik secara permanen
diketahui. pembelahan tidak terkontrol.
Bioinformatika cabang ilmu yang mengaplikasikan penggunaan komputer Tumor atau neoplasma adalah pertumbuhan yang berlebihan (abnormal) secara
dalam analisa data genetik. otonom dari sel atau jaringan.
cDNA library adalah perpus yang berisikan cDNA yang direkonstruksi dengan Jenis Tumor
reverse transkriptase dari beberapa mRNA organisme. Berdasarkan sifat pertumbuhan, tumor dibagi menjadi 2 :
1. Tumor Jinak
Konfirmasi Klon 2. Tumor Ganas
Untuk mengkonfirmasi klon dapat dilakukan: a. Karsinoma (epitelial)
Pemotongan dengan restriksi endonuklease b. Sarkoma (mesenkimal)
Southern blot c. Karsinosarkoma (epitelial dan mesenkimal)
PCR
Western blot protein
Langkah-langkahnya, yaitu: pertama, protein dengan komposisi yang
berbeda-beda, dielektroforesis pada gel poliakrilamida. Hasilnya berupa

Tumor Jinak Tumor Ganas
Cara Pertumbuhan Ekspansif Infiltratif Mekanisme Genetik Onkogenesis
Batas Tumor Jelas Tidak Jelas 1. Ekspresi Telomerase
Kecepatan Tumbuh Lambat Cepat Telomer adalah suatu kompleks nukleuoprotein (untaian DNA khusus) pada ujung
Diferensiasi Sel Baik Baik sampai Buruk 3 kromosom linear. Telomer terdiri dari sekuens basa (TTAGGG) berulang
Inti Sel: sepanjang 2-20kb.
Bentuk Normal/atipia ringan Pleomorfik, hiperkhromatik, Pada sel normal, telomer tidak akan direplikasi sehingga menyebabkan
butir inti mencolok pemendekan telomer sebanyak 50 200 bp setiap pembelahan. Hilangnya telomer
Mitosis Sangat Jarang Sering hingga di bawah ambang batas dapat menginduksi senescence.
Telomerase adalah suatu RNA-dependent DNA polimerase yang menggunakan
Nekrosis Jarang ditemukan Sering ditemukan
komponen RNA nya sendiri sebagai template untuk elongasi ujung 3 pita DNA
Penyebaran Tidak bermetastasis Umumnya bermetastasis
dengan cara mensintesis ulang basa telomer. Fungsi telomerase : menstabilkan
panjang telomer, terlibat dalam proses pembelahan sel (diferensiasi, proliferasi,
Teori Multistep Karsinoma
hambatan apoptosis, tumorigenesis.) , perbaikan DNA. Telomerase terdapat pada
Perubahan sel normal menjadi sel tumor ganas memiliki 3 tahap, yaitu :
> 90 % sel tumor manusia, sel line, germ-line cells, dan stem cells.
1. Inisiasi
2. Tumor Supresor Gen (TSG)
Transformasi genetik oleh karsinogen (inisiator)
TSG merupakan gen penghambat pertumbuhan dan merangsang diferensisasi sel.
2. Promosi
TSG adalah gen resesif. Inaktivasi TSG disebabkan oleh mutasi yang terjadi pada
Perubahan lebih lanjut karena adanya promotor yang menyebakan proliferasi klonal
kedua alel.
pada sel-sel yang ditranformasi
Mutasi protein inaktif kehilangan daya hambat.
3. Persistensi
Mekanisme kerja TSG:
Terjadi bila proliferasi klonal dari sel tumor tidak lagi memerlukan initiator dan
Gatekeeper
promotor sel tumor tumbuh secara otonom.
Menekan proliferasi sel secara langsung. (Rb, p53)
Caretaker
Mengatur integritas genom dengan memperbaiki DNA yang rusak. (BRCA1,2)
3. Onkogen
Onkogen adalah gen yang menentukan sifat-sifat neoplastik tumor. Pembagian
onkoprotein :
Faktor pertumbuhan (TGF,EGF)
Reseptor faktor pertumbuhan (c-erbB2)
Aktivitas terkait cyclic nucleotide
Aktivitas tirosin kinase
Nuclear-binding oncoprotein; pengaturan proliferasi seluler (c-
myc,c-H-ras,)

Abnormalitas ekspresi onkogen tumor (protein yang dibuat dapat berupa ):
Jumlah normal, molekul berbeda (ras mutan)
Jumlah berlebih, molekul normal (erb B1, erb B2, C myc )
4. Pengatur Apoptosis
Gen perangsang apoptosis adalah Bax, sedangkan gen penghambat apoptosis adalah
bcl.
Karsinogenesis
Karsinogenesis adalah proses transformasi sel normal menjadi sel tumor karena adanya
perubahan genetik yang permanen. Penyebaran tumor ganas :
1. Invasi (penyebaran lokal)
Teradapat fase in situ dan fase invasi
2. Metastasis (penyebaran jauh)
Onkoprotein:

Karsinogen 1. Mikroba harus ada dalam setiap kasus dari sebuah penyakit infeksi
Agen penyebab kanker : 2. Mikroba harus dapat diisolasi dari host dan dibiakkan di media kultur
1. Kimia (Hidrokarbon polisiklik, Metilkloranten, Nitrosamina, Asbestos) 3. Penyakit harus bisa di munculkan kembali ketika mikroba yang dikulturkan
2. Fisik (ultraviolet) tadi dimasukkan ke dalam host yang sesuai yang tidak menderita penyakit
3. Biologik (HPV, EBV, virus hepatitis) 4. Mikroba harus bisa diambil kembali dari host yang terinfeksi hasil eksperimen
4. Ko karsinogen (hormonal, imunologik)
Pertumbuhan Masa Tumor Namun, postulat Koch memiliki pengecualian, yaitu :
Dipengaruhi oleh : 1. Mikroba tidak selalu bisa dikulturkan di laboratorium. Hanya sekitar 30 %
1. Kinetik pertumbuhan sel tumor mikroorganisme yang bisa dikulturkan
Waktu dari satu sel yang mengalami transformasi membentuk masa 2. Faktor imunologik dan genetik dari host memainkan peran yang besar
tumor. 3. Pertimbangan etik mencegah penerapan Postulat Koch pada penyakit dan
2. Angiogenesis tumor pathogen yang terjadi pada manusia
Pembuluh darah memberikan aliran darah nutrisi untuk sel tumor. 4. Penyakit ada yang tidak muncul dalam waktu yang singkat.
3. Progresi dan heterogenitas tumor Misalnya AIDS, gejalanya tidak muncul dalam waktu yang sebentar melainkan
Sel tumor mudah mutasi spontan dan kemungkinan klonal subklonal butuh waktu yang lama
dengan sifat sedikit berbeda.
Grading dan Staging Tumor Ganas Proses terjadinya infeksi bisa dimulai dari masuknya mikroorganisme ke dalam tubuh
Latar belakang : tumor ganas apabila tidak diobati akan meningkat progresif. host. Setelah itu mikroorganisme tersebut melakukan kolonisasi, adesi atau
Tujuan : penempelan, dan invasi. Selanjutnya akan menimbulkan reaksi yaitu sebuah penyakit
1. Perencanaan pengobatan di tubuh host.
2. Petunjuk prognosis
3. Pertukaran informasi antar pusat pengobatan kanker Ada sebagian mikroorganisme yang masuk ke tubuh host hanya melakukan kolonisasi,
Grading : Menentukan derajat keganasan dan keagresifan. Grading merupakan tidak melakukan invasi. Maka dalam hal ini pasien/host tersebut tidak akan sakit. Host
penilaian histologi yang mencakup jumlah mitosis, ukuran inti, dan derajat kesesuaian hanya akan sakit jika mikroorganisme tersebut melakukan invasi.
dengan jaringan normal. Kelemahan dari grading adalah hubungan gambaran histologi Adapun jalan masuk mikroorganisme ke dalam tubuh kita melalui beberapa pintu, yaitu
dengan sifat biologik tidak sempurna. :
Staging : Merupakan penilaian klinik berupa ukuran tumor primer dan luas penyebaran 1. Kulit, merupakan pintu masuk yang paling umum
ke kelenjar getah bening (KGB) serta tempat yang jauh (metastatis). 2. Membran mukosa, memiliki sistem pertahanan yang lemah.
Pengobatan Kanker Antara lain : Saluran pernapasan, gastrointestinal atau saluran pencernaan,
1. Pembedahan saluran urin, saluran reproduksi, konjungtiva, membran tipis yang melapisi
2. Radiasi permukaan bola mata, dan bagian bawah dari kelopak mata
3. Kemoterapi 3. Plasenta, ibu hamil dapat menularkannya ke anak yang dikandungnya
4. Imunoterapi 4. Rute parenteral, sebenarnya ini bukan pintu masuk. Seharusnya masuknya
5. Targeted Terapi mikroorganisme melalui jalan masuk ini bisa dielakkan.
Misalnya : suntikan, pemasangan kateter
- PATOGENESIS MOLEKULER INFEKSI - Kolonisasi

Infeksi dari suatu organisme diawali dengan kolonisasi. Pada tahap kolonisasi ini, agen
Pada tahun 1890 Robert Koch mengemukakan sebuah postulat yang disebut dengan penginfeksi menduduki suatu wilayah infeksi dan mengambil nutrient atau makanan
Postulat Koch. Isinya yaitu : (siderophores). Organisme tersebut bisa mengatasi racun atau toksik yang mereka

produksi sendiri. Organisme tersebut juga bisa melakukan perlawanan terhadap sistem
pertahanan tubuh host yang dijangkitinya, misalnya dengan mengeluarkan IgA protease faktor-faktor yang mendukung mekanisme perlekatan
(semacam enzim untuk menghancurkan protein atibodi), sehingga antibodi menjadi Fili dan fimbriae merupakan media perlekatan
tidak berperan. Fili terkadang bisa muncul dan bisa dihilangkan, hal ini akan membuat fili bisa
terhindar dari fagositosis sistem imun tubuh
Adesi/Pelekatan Protein Adhesin, misalnya pada Streptococcus pyogenes, adhesins nonfibrillar
Merupakan suatu proses di mana mikroorganisme melekatkan diri ke sel. memediasi perlekatan bakteri dengan fibronektin. Fibronektin yaitu sebuah
Faktor-faktor yang mendukung terjadinya adesi yang dilakukan oleh mikroorganisme : protein yang ditemukan di banyak permukaan sel host (banyak terdapat di
1. Mikroorganisme memiliki struktur yang spesial untuk menempel reseptor)
Misalnya cakram pelekatan (pada Protozoa), pengisap, pengait (pada cacing). Transduksi sinyal, yaitu sinyal yang mendorong pengaktivan atau menekan
2. Ligan, permukaannya disusun oleh lipoprotein dan glikoprotein (bakteri dan kemunculan dari ekspresi beberapa gen. Jadi pada miroorganisme bisa
virus). Beberapa ligan yang mendukung adesi yaitu : diekspresikan suatu gen yang membuat miroorganisme tersebut bisa
- Adhesin (pada bakteri), ditemukan di fimbriae, flagel, dan glikokalises melakukan perlawanan terhadap antibodi tubuh host
- Protein perlekatan (pada virus) - Pengikatan adhesin dengan reseptor sel host bisa mengaktifkan atau
menekan gen virulen dari sel bakteri
Mekanisme perlekatan :
Suatu mikroorganisme bisa kehilangan kemampuan dalam membuat ligan. Hai ini dapat
disebabkan oleh:
- Perubahan genetik atau mutasi
- Terkena bahan-bahan kimia atau fisika yang berbahaya
karena mikroorganisme tersebut tidak memiliki kemampuan untuk membuat ligan,
maka mereka tidak bisa menempel di reseptor sel host sehingga membuat mereka
menjadi tidak berbahaya atau avirulen.
3. Beberapa bakteri yang patogen tidak menempel pada sel host secara
a. b. langsung, melainkan berinteraksi satu sama lain dengan membentuk jaring
lengket yang berasal dari bakteri itu sendiri dan polisakarida yang dinamakan
Biofilm, yang bisa menempel di permukaan sel host (misalnya : plak pada
gigi). Biofilm ini bisa menyebabkan resistensi mikroorganisme terhadap anti
mikroba.
Molekul reseptor yang ada di sel host biasanya berupa glikoprotein yang
mengandung molekul gula seperti manosa dan galaktosa. Reseptor ini ada bukan
untuk memberikan keuntungan pada agen penginfeksi, melainkan memiliki fungsi
khusus dalam hidup sel tersebut.
Patogenitas = kemampuan suatu organisme untuk menyebabkan penyakit
Virulensi = derajat patogenitas
Kalau patogenitas tinggi, maka bisa dikatakan suatu mikroorganisme bersifat virulen
Faktor-faktor virulensi
c.

Sesuatu yang mempengaruhi yang berhubungan dengan host dan kemampuan
patogen untuk memasuki host, menempel pada sel host, mendapatkan akses untuk - Toksin:
makanan, dan bisa tidak terlacak atau melawan sistem pertahanan tubuh host. 1. Eksotoksin, toksin yang disekresikan oleh suatu mikroorganisme
Faktor-faktor virulensi adalah: Cytotoxins, membunuh sel host atau mempengaruhi fungsinya
- Enzim Ekstraseluler: Neurotoxins, khususnya menyerang fungsi sel saraf
1. Hyaluronidase dan kolagenase yang menghancurkan molekul tertentu untuk Enterotoxins, menyerang sel-sel pada sluran pencernaan
memudahkan bakteri untuk menginvasi jaringan yang lebih dalam 2. Endotoksin, merupakan bagian dari tubuh mikroorganisme itu sendiri
2. Koagulase, memberikan sebuah tempat persembunyian untuk bakteri di Lipid A, yaitu bagian dari lipid yang terdapat pada membran
dalam selubung lipopolisakarida suatu miroorganisme
3. Kinase, seperti staphylokinase dan streptokinase yang mencerna selbung - Faktor antifagositik:
bakteri tadi sehingga bakteri bisa masuk ke dalam pembuluh darah 1. Kapsul, yang tersusun atas zat-zat kimia yang secara normal ditemukan
dalam tubuh manusia (termasuk polisakarida) sehingga tidak memicu
munculnya respon dari sistem imun tubuh sebab bakteri tersebut dikenali
sebagai bagian dari tubuh, jadi bakteri tersebut bebas dari incaran
fagositosis antibodi. Kapsul bakteri ini mencegah pengikatan yang dilakukan
oleh C3.
2. Zat-zat kimiawi antifagosit, mencegah fusi antara lisosom dan vesikel fagosit
sehingga memudahkan bakteri untuk bertahan hidup di dalam fagosit.
Streptococcus pyogenes memproduksi protein di dinding selnya dan fimbrae
(protein M), yang tahan terhadap fagositosis dan dengan demikian
meningkatkan virulensinya.
- Faktor Invasi, yaitu mekanisme yang memudahkan bakteri untuk menginvasi sel
eukariotik dan masuk ke permukaan mukosa. Beberapa bisa berupa patogen
obligat intraseluler, dan sebagian besar ada yang patogen fakultatif intraseluler.
Faktor yang memediasi bakteri untuk melakukan invasi belum diketahui saat ini.
- Siderophores
Organisme membutuhkan zat besi untuk metabolisme dan pertumbuhan. Pada
darah, besi ditemukan di Hemoglobin atau di cairan tubuh lainnya bisa ditemukan
di air mata, air ludah, dsb. Besi diikat oleh laktoferin. Siderophores yaitu substansi
yang diproduksi oleh banyak bakteri untuk menangkap besi yang dimiliki oleh
host.
- Lipopolisakarida
Adalah situs untuk menempelnya C3b, modifikasi dari lipopolisakarida
mempengaruhi interaksi antara ikatan ini.
- Menghindari Respon Antibodi dari Host
Yaitu dengan cara:
1. Mengubah permukaan antigen menjadi sesuatu yang dikenali oleh antibodi
sehingga antibodi tidak lagi mengikat antigen
2. Bersembunyi dari sistem imun dengan cara menutupi dirinya sendiri dengan
protein host misalnya dengan fibronektin.

Melalui port de entry, melakukan replikasi di situs port de entry, dan
Superantigen mengalami periode inkubasi
Biasanya antigen presenting cells (APCs) memproses protein antigen dengan cara 2. Virus dan tropisme menyebar di dalam host
memotong mereka menjadi peptida dan memunculkan salah satu hasil peptida tersebut Bermacam-macam mekanisme penyebaran virus yaitu dengan sirkulasi darah,
ke dalam kompleks dengan MHC (Major Histocompatibility Complex) II di permukaan limpa, jaringan saraf, dan antara sel-sel. Penyebaran virus ini menuju ke sel
APC. Hanya sedikit sel T helper yang memiliki reseptor yang mengenali kompleks ini yang sepesifik yang akan mereka infeksi. Faktor yang mempengaruhi tropisme
sehingga hanya sedikit sel T helper yang terstimulasi. Superantigen antara MHC II dari yaitu reseptor yang spesifik dan ekspresi gen virus. Pengikatan virus dengan
makrofag atau APCs lainnya dan reseptor di sel T saling berinteraksi. Banyak APCs yang reseptornya di permukaan sel host yang kemudian menyebabkan penetrasi ke
akan memiliki ikatan molekul superantigen di permukaannya. Superantigen juga akan dalam sel dan pegiriman materi genetik virus ke sitoplasma sel. Asam nukleat
berikatan dengan reseptor sel T tanpa memilih-milih dan nantinya akan membentuk memasuki sel host dengan cara :
pasangan APC-T helper. - Masuk secara langsung, namun yang masuk hanya asam nukleat saja.
Misalnya poliovirus
Biasanya respon antigen yang normal yaitu APC menstimulasi 1 dari 10000 sel T. Namun - Melakukan fusi antara envelop virus dengan membran sel kemudian
pada superantigen, APC menstimulasi 1 dari 5 sel T. Hal ini menyebabkan peningkatan virus menjadi tidak terselubung, misalnya pada virus influenza
yang berkelebihan dari IL-2 yang dilepaskan ke aliran darah yang menimbulkan gejala - Melakukan endositosis dan melepaskan asam nukleat dari kapsid (yang
mual, muntah dan demam. Produksi berlebihan dari sitokin lainnya dapat menimbulkan tidak memiliki selubung), misalnya Poxvirus.
syok. Misalnya akibat racun Staphylococcal. 3. Sel dan jaringan rusak dan menimbulkan manifestasi klinis
Kerusakan dapat bersifat lokal dan sistemik. Beberapa jaringan ada yang lebih
Patogenenesis Penyakit yang disebabkan oleh Virus tebal dari yang lain misalnya jaringan organ sistem pencernaan. Kerusakan
- Memasuki sel host dapat menimbulkan respons imun. Respon imun dapat berupa respon spesifik
- Melakukan kontak dan memasuki sel yang sesuai maupun yang nonspesifik. Disini dilibatkan imunitas humoral dan seluler.
- Bereplikasi di dalam sel Yang dilakukan virus untuk mengatasi sistem imun yaitu:
- Melepaskan diri dari sel host - Menginfeksi sel sistem imun (ex: pada HIV)
- Interaksi antara virus dan host memicu respon imun sel host - Menginfeksi sel-sel yang memproduksi non MHC I (ex: pada Herpes
- Virus bisa dimusnahkan dari tubuh, atau malah memperkuat infeksi, bahkan virus)
membunuh sel host - Memproduksi protein imunomodulator untuk menghambat aktivitas
MHC (ex: Adenovirus)
Virus bisa masuk ke dalam sel melalui permukaan tubuh, jarum suntik, transfusi darah, - Mutasi, sehingga antigen berubah (ex: virus influenza dan HIV)
transplantasi organ, atau melalui vektor serangga. Adsorpsi adalah proses penetrasi ke - Merusak protein permukaan sel (ex: herpes virus)
dalam sel host untuk mendapatkan akses untuk mekanisme replikasi sel host. Adsorpsi 4. Perubahan infeksi dan tipe infeksi
terjadi karena adanya interaksi spesifik protein dan ligan. Virus yang memiliki envelop 5. Penyebaran virus ke luar sel atau ke lingkungan luar tubuh host
menggunakan spike (protein viral yang menonjol dari membrannya), sedangkan virus Dua mekanisme pelepasan virus dari sel host yaitu:
yang naked (telanjang) ligannya adalah protein kapsid. - Virus dalam jumlah yang besar meninggalkan sel host dalam waktu yang
sama dan menyebabkan sel mati atau lisis.
Banyak penyakit yang gejala klinisnya sama, namun ternyata virus penyebabnya - Membentuk budding atau blebbing, yaitu bentuk baru dari nukleolapsid
berbeda, atau bisa juga Virus yang menyebabkan penyakitnya sama, namun gejala klinis yang mendorong membran sel host. Kemudian sel yang menembus
yang muncul bervariasi. membran sel tersebut mengambil membran sel host untuk menjadi
Tahap-tahap patogenesis dalam infeksi virus yaitu : selubungnya yang akan menjadi envelop bagi virus tersebut. Proses ini
1. Virus memasuki host dan melakukan replikasi berlangsung lebih lambat dari pada lisis.

- Beberapa toksin memiliki lebih dari satu nama, misalnya E.coli O157:H7:
shiga toxin dan verotoxin
- Enterotoxin, protein toksin yang dapat menyebabkan diare dan muntah
3. Lokasi dari gen penghasil toksin berada di kromosom maupun plasmid dan di
phage.
4. Toksin diproduksi dalam bermacam-macam keadaan tergantung kebutuhan. Ada
yang diproduksi secara terus menerus oleh bakteri yang sedang tumbuh, saat sel
memasuki fase stationary, atau pada waktu-waktu tertentu. Misalnya toksin
diphteria diproduksi besar-besaran ketika bakteri diphteria kekurangan zat besi.
Bakteri yang berspora kadang-kadang melepaskan racun selama fase spora,
misalnya toksin botulinum dan toksin tetanus.
5. Stuktur eksotoksin berupa A-B toksin. Bagian dari toksin yang berikatan dengan
reseptor sel host (B=binding) terpisah dengan bagian yang memediasi aktivitas
enzimatik yang bertanggung jawab untuk toksik (A=active).
6. Bagian B berikatan secara spesifik dengan molekul di permukaan sel host yaitu
protein dan karbohidrat di permukaan sel host, glikoprotein ataupun glikolipid.
Interaksi antara virus dan host Bagian B ini mendeterminasi spesifisitas sel host terhadap toksin. Toksin dari bagian
1. Cytophatic virus, langsung membunuh sel host dengan menyebabkan nekrosis B yang mengikat glikoprotein yang ditemukan hanya di permukaan sel saraf maka
lokal. Dapat memicu apoptosis atau kematian sel yang terprogram toksin yang dihasilkan hanya spesifik untuk sel saraf saja walaupun bagian A dapat
2. Noncytophatic virus, tidak secara langsung menyebabkan sel mati namun membunuh banyak jenis sel host jika ia bisa masuk ke dalam sel.
menyebabkan infeksi yang parah. Virus yang produktif menghasilkan infeksi
yang persisten dengan melepaskan sedikit partikel viral yang baru setiap ENDOTOKSIN
waktu. Virus yang tidak produktif membuat virus tidak terdeteksi pada Berupa lipopolisakarida (LPS) yang merupakan komponen dari membran terluar dari
periode tertentu (masa laten). bakteri gram negatif. Endotoksin LPS terdiri dari O-Polisakarida dan Lipid A yang
bertanggung jawab terhadap banyak aktivitas toksin. Lipid A mengelilingi membran
EKSOTOKSIN terluar bakteri. Sedangkan LPS melalui situs pengikatannya berinteraksi dengan
1. Tidak semua toksin yang dihasilkan oleh bakteri diperuntukkan kepada sel reseptor CD14 di monosit/makrofag/sel host lainnya misalnya endotelial.
manusia. Misalnya toksin yang dihasilkan oleh Bacillus thuringiensis digunakan
untuk insektisida.
2. Eksotoksin penting bagi bakteri untuk bertahan hidup dan berkembang biak.
Eksotoksin dapat membunuh neutrofil dan makrofag, selain itu eksotoksin dapat - MEKANISME RESISTENSI TERHADAP ANTIBIOTIK,
melepaskan penyimpanan ion dan sumber karbon dari sel manusia. Penamaan dari ANTIVIRAL, ANTIFUNGAL, DAN ANTIMIKROBIAL -
eksotoksin tidak memiliki dasar sistematis yang jelas. Penamaannya bisa
berdasarkan: Resistensi antimikrobial yaitu kemampuan dari mikroba (bakteri, virus, parasit, atau
- Jenis sel host yang diserang. Misalnya: Cytotoxin, Neurotoxin, jamur) untuk tubuh di tengah-tengah kehadiran zat-zat kimia (obat-obatan) yang
Leukotoxin, dan Hepatotoxin. biasanya secara normal bisa membunuh mereka atau membatasi pertumbuhan
mereka.
- Spesies bakteri yang memproduksinya. Misalnya Cholera, Shiga,
Diphteria, Tetanus toxin Tahapan dari resistensi yang terjadi pada mikroba tersebut yaitu exposure
seleksi ekspansi
- Aktivitasnya, misalnya adenylate cyclase dan lechitinase
- Penandaan huruf, misalnya Exotoksin A dari Pseudomonas aeruginosa

Bisa terjadi saat pemberian suatu antibiotik pada populasi yang sensitif, antibiotik - Streptomycin
tersebut bisa membunuh populasi mikroba yang tidak resisten, namun mikroba yang - Amikacin
resisten tetap hidup dan bahkan mereka berkembangbiak menjadi banyak. Menghalangi metabolism, dengan menggunakan obat
Agen antibacterial: - Sulfonamides (sulfa drugs)
Red azo dye protosil : pada tahun 1935 dilakukan perlindungan dari tikus untuk - Trimethoprin
melawan infeksi streptococcal sistemik, dilakukan perwatan terhadap pasien yang - Dapsone
mengalami infeksi yang sama. - Para-aminosalicyclic acid
Kumpulan dari mikroorganisme yang menghalangi pertumbuhan mikroorganisme Mekanisme resistensi
lainnya (antibiotik): - Resistensi intrinsik (kromosomal)
- Alexander Flemming menemukan antibiotik Penisilin yang mencegah Misalnya Pseudomonas pasti resisten terhadap amphicylin dan penisilin
pertumbuhan bakteri stapilokokus karena memiliki resistensi intrinsic
- Pada tahun 1940 ditemukan Streptomisin - Resisten yang dibutuhkan, akibat adanya:
- Pada tahun 1950 ditemukan Tetrasiklins 1. Mendapatkan properti untuk mendukung fungsi
Agen antibacterial yang baru telah diperkenalkan dan secara terus menerus Misalnya bisa terjadi akibat perpindahan materi genetik dari satu bakteri
diperbarui mengingat kemampuan bakteri untuk mengembangkan resistensinya ke bakteri lain, bahkan bisa juga terjadi antar spesies bakteri sehingga
terhadap antibacterial. diperoleh sifat baru yang lebih unggul
Yang dilakukan dan menjadi target dari agen antibacterial yaitu : Selain itu bisa juga karena ada aktivitas enzimatik yang baru, misalnya
- Menghalangi sintesis dinding sel bakteri fosforilasi, asetilasi, dan pompa.
- Menghalangi sintesis asam nukleat bakteri 2. Mutasi atau keberadaan suatu protein tertentu
- Menghalangi sintesis protein Misalnya terjadi perubahan subunit ribosom, permeabilitas dinding sel,
- Antimetabolit dsb.
Menghalangi sintesis dinding sel, antara lain dengan menggunakan Jadi mekanismenya adalah :
- Penisilin - Bacitracin 1. Penginaktivasian obat, misalnya Penisilin. Dinonaktifkan dengan
- Cephalosporins - Monobactams/carbapenems Penicillinase, sebuah enzim yang membelah molekul obat dan
- Vancomycin - Fosfomycin menyebabkannya tidak aktif.
- Cycloserine - Isoniazid 2. Menurunkan permeabilitas membrane, reseptor yang mentranspor obat
Menghalangi sintesis membrane sel dengan Polymyxins akan menyebabkan diubah sehingga obat tidak bisa memasuki sel.
membrane sel bakteri kehilangan permeabilitasnya. 3. Mengaktivasi pompa obat, diilakukan oleh protein membrane khusus
Menghalangi sintesis DNA/RNA, dengan cara menghalangi replikasi dan transkripsi, yang diaktifkan dan secara terus menerus memompa obat keluar sel
menghalangi enzim gyrase dengan Quinolones(ciprofloxazin) dan menghalangi RNA 4. Mengubah situs perlekatan obat, situs perlekatan yang menjadi target
polimerasi dengan Rifampin. yaitu di ribosom diubah sehingga obat tidak bisa memberikan efek.
Menghalangi sintesis protein. Obat yang bertugas di situs 50s adalah : 5. Menggunakan jalur metabolik alternatif, obat biasanya memblok jalur
- Chloromfenikol metabolik, jadi mikroba tersebut mencegah dengan menggunakan jalur
- Eritromisin metabolik alternatif sehingga jalur tersebut tidak terblok.
- Clyndamycin Penghambatan sintesis dinding sel
- Oxazolidinones Dapat dilakukan dengan:
Sedangkan obat yang bekerja di situs 30s adalah: - Beta Lactam Antibiotik, merupakan antibiotik yang mengahambat sintesis
- Aminoglycosides dinding sel paling utama. Berupa : Penicillins, Chepalosporins, Chapamycins,
- Tetracyclins Charbapenems, Monobactams, beta-Lactamase inhibitor
- Antibiotik lainnya, yaitu : Vancomycin dan Bacitracin

- Agen antimikobakterial, yaitu : Isoniazid, Ethambutol, Cycloserine, 3. Hidrolisis antibiotik oleh beta-lactamase. Yaitu dengan cara penginaktivasian
Ethionamide antibiotic beta-lactam. Ada sekitar 200 jenis yang berbeda dari beta-lactamase,
misalnya khusus untuk penisilin yaitu penicilinase dan khusus untuk chepalosporins
A. Penghambatan Sintesis Dinding Sel oleh Antibiotik Beta Lactam yaitu chepalosporinase. Aktivitas yang luas dari enzim ini bisa menonaktifkan
1. Lapisan peptidoglikan adalah komponen utama pembangun dinding sel bakteri. antibiotik beta-lactam. Extended-spectrum beta-lactamase (ESBLs) dikode oleh
Struktur dasarnya yaitu rantai sepanjang 10 sampai 65 disakarida yang mengandung plasmid yang bisa ditransfer dari satu organisme ke organisme lainnya yang bisa
molekul sebagai berikut : N-acetylglukosamin dan N-acetylmuramic acid. menyebabkan kesulitan dan keterbatasan dalam penggunaan beta-lactam di
2. Penicillin binding proteins (PBPs): beberapa rumah sakit.
- Enzim spesifik yang membangun lapisan peptidoglikan dari dinding sel dan
dapat diikat oleh atibiotik beta-lactam yaitu : transpeptidase, Mekanisme Resistensi Methicilin
carboxypeptidase, dan endopeptidase. 1. Protein beta-lactamase pada staphylocococcal yang memotong struktur cincin beta
- Antibiotik Beta-lactam biasanay bertindak sebagai agen antibacterial yang lactam hanya resisten terhadap penisilin namun tidak pada penisilin semi sintetis
membunuh bakteri. Pertama bakteri yang sedang tumbuh diberikan antibiotik seperti methicilin, oxacilin, atau cloxacilin. Perolehan gen mecA yang mana
beta-lactam yang akan berikatan dengan PBPs di dalam dinding sel bakteri mengkode Penicilin Binding Protein PBP2a melengkapi resistensi terhadap semua
yang sedang tumbuh tersebut, antibiotic tersebut menghambat sintesis jenis antibiotik beta-lactam, sehingga bahkan yang merupakan penisilin semi sintetis
dinding sel namun tidak mendagradasi peptidoglikan, lalu bakteri tersebut juga bisa resisten terhadap antibiotik tersebut. PBP2a memiliki afinitas yang rendah
mati. terhadap antibiotik beta-lactam dan ini menguntungkan untuk pembentukan
dinding sel saat PBPs normal dinonaktifkan oleh antibiotik. Gen mecA ditemukan
Di bawah ini akan dijelaskan lebih rinci mengenai antibiotik2 yg berperan dalam pada elemen genetik yang bergerak yang dinamakan staphylococcal chromosomal
menghambat sintesis dinding sel bakteri serta macam-macam resistensi yang terjadi cassette mec (SCCmec).
terhadap antibiotik tersebut.
Glikopeptida dan resistensinya terhadap Vancomycin
Mekanisme Resistensi Bakteri terhadap Antibiotik Beta-Lactam 1. Glikopeptida kompleks yang mengganggu sintesis dinding sel peptidoglikan pada
1. Mencegah interaksi antara antibiotik dengan PBPs target, hanya terlihat di bakteri pertumbuhan bakteri gram positif. Glikopeptida ini berinteraksi dengan D-alanin-D-
gram negatif (biasanya spesies Pseudomonas), yaitu dengan cara: alanin dari rantai pentapeptida pada dinding sel bakteri yang kemudian
- Perlindungan terhadap membrane terluar yang melapisi lapisan peptidoglikan mengganggu formasi rantai peptidoglikan. Glikopeptida digunakan untuk mengatur
- Penetrasi dari antibiotic beta-lactam ke dalam bakteri gram-negatif infeksi yang disebabkan oleh resistensi oxacilin staphylococci dan bakteri gram
membutuhkan perpindahan melalui pori membrane terluar, maka bakteri positif lainnya yang resisten terhadap antibiotik beta-lactam. Glikopeptida tidak
melakukan perubahan protein pori membrane terluar (porin) sehingga aktif ketika melawan bakteri gram negatif. Molekul glikopeptida terlalu besar untuk
merubah ukuran dari saluran porin sehingga menyingkirkan antibiotik yang menembus membran terluar dan mencapai situs target di peptidoglikan bakteri
akan masuk tersebut. gram negatif tersebut.
2. Mengurangi pengikatan antibiotik terhadap PBPs. Bisa dilakukan bakteri dengan 2. Resistensi intrinsik terhadap vancomycin terjadi ketika terminasi pentapeptida di D-
memodifikasi PBP. Pemodifikasian ini tidak akan menyebabkan kerusakan pada alanin-D-lactate glikopeptida tidak mengikat vancomycin. Misalnya pada bakteri
lapisan peptidoglikan melainkan justru membantu sintesis lapisan peptidoglikan leuconostoc, lactobacillus, pediococcus, dan erysipelothrix. Juga bisa terjadi ketika
bakteri. Pemodifikasian ini bisa terjadi secara alami yaitu dengan mutasi yang terjadi terminasi pentapeptida di D-alanin-D-serine misalnya pada Enterococcus gellinerum,
pada gen PBP, misalnya pada Streptococcus Pneumonniae yang resisten terhadap Enterococcus casselillavus.
penisilin. Selain mutasi, modifikasi pada PBP bisa terjadi karena kedatangan PBP 3. Resistensi yang diperoleh dari Vancomycin dimediasi oleh plasmid. Misalnya pada
yang baru, misalnya saja masuknya PBP E.coli ke dalam staphylococcus aureus bakteri Enterococcus faecium dan Enterococcus faecalis. Hal ini merupakan
menyebabkan bakteri ini resisten terhadap oxacillin. ancaman yang potensial untuk kegunaan vancomycin dalam perawatan terhadap
infeksi bakteri enterococcal. Ini menjadi pemikiran jika gen resisten ini ditransfer ke

staphylococci (terbukti melalui eksperimen laboratorium) resisten akan semakin 1. Ribosom akan memproduksi protein yang salah sebagai akibat dari kesalahan
tinggi dan virulensi dari bakteri tersebut juga akan semakin tinggi. dalam pembacaan mRNA.
2. Interupsi terhadap sintesis protein dengan menyebabkan pelepasan protein
Polipeptida ribosom yang prematur atau belum matang dari mRNA.
1. Antibiotik lain yang berperan dalam menghambat sintesis dinding sel bakteri adalah Bakterisidal mampu melakukan pengikatan yang ireversibel pada ribosom. Penetrasinya
Bacitracin. Merupakan gabungan dari polipeptida. Bacitracin menghambat dinding melalui membrane sitoplasmik bakteri yang aerobik dengan membutuhkan energi.
sel dengan mengganggu defosforilasi dan daur ulang lipid yang bertanggung jawab Namun bakteri yang anaerobik resisten terhadap aminoglikosida sehingga tidak bisa
untuk memindahkan prekursor peptidoglikan melalui membran sitoplasmik menuju dimasuki oleh aminoglikosida. Dinding sel bakteri Streptococci dan Enterococci tidak
dinding sel. Bacitracin juga menghacurkan membrane sitoplasmik bakteri dan bisa dimasuki oleh aminoglikosida. Pengobatan dengan aminoglikosida ini
menghambat transkripsi RNA. Resistensinya terjadi ketika kegagalan antibiotik membutuhkan bantuan antibiotik lain yang bisa menghambat sintesis dinding sel
tersebut untuk masuk ke dalam sel bakteri. bakteri (misalnya Penisilin, Vancomycin, dan Ampicillin) agar aminoglikosida bisa
2. Selain itu terdapat juga antibiotik Polymixin yang merupakan polipeptida siklik. masuk.
Masuk ke dalam membrane bakteri dengan berinteraksi dengan lipopolisakarida Resistensi yang terjadi pada aminoglikosida bisa terjadi dalam tiga langkah:
dan fofolipid di membrane terluar yang mana akan meningkatkan permeabilitas 1. Mutasi yang terjadi pada situs perlekatan ribosom, namun biasanya hal ini
membrane dan akan menyebabkan sel bakteri mati. Sebagian besar antibiotik ini jarang terjadi dan hanya terjadi di bakteri genus Enterococcus.
aktif melawan bakteri gram negative selama bakteri tersebut tidak memiliki 2. Menurunnya jumlah antibiotic yang bisa masuk ke dalam sel, misalnya pada
membrane terluar. Misalnya Polymixin B dan E (Colistin). bakteri Pseudomonas dan sering terjadi pada bakteri gram negatif.
3. Modifikasi enzimatik dari antibotik. Modifikasi ini bisa terjadi melalui
Jenis antibiotik lain yang sering digunakan yaitu Isoniazid, Ethionamide, Ethambutol dan fosforilasi, adenilasi, dan asetilasi dari gugus amino dan gugus hidroksil
Cycloserine. antibiotic.
Isoniazid mempengaruhi sintesis dari asam mycolic bakteri dan mengganggu desaturasi
dari asam lemak rantai panjang dan mengganggu elongasi asam lemak serta hidroksi Tetracyclin
lipid. Ethionamide berasal dari Isoniazid dan juga berfungsi untuk menghalangi sintesis Tertracyclin ini bersifat broad-spectrum. Tetracyclin mengikat secara reversibel situs
asam mycolic. Ethambutol menggangu sintesis arabinogalaktan di dinding sel bakteri. 30s subunit ribosom. Antibiotik ini menghalangi pengikatan aminoasil-transfer RNA
Sedangkan Cycloserine menghambat sintesi D-alanin-D-alanin yang mana merupakan (tRNA) ke kompleks 30s ribosom-mRNA. Resistensi yang terjadi karena :
katalis bagi sintesis dinding sel bakteri. 1. Penurunan jumlah antibiotik yang bisa masuk ke dalam sel bakteri
Bisa terjadi karena mutasi pada gen kromosom yang mengkode porin protein
B. Penghambatan Sintesis Protein membrane terluar bakteri. Level resistensi yang rendah terhadap tetrasiklin
Aminoglikosida juga terjadi pada antibiotik lain misalnya beta-lactam, quinolone, dan
Aminoglikosida adalah antibiotik yang menghambat situs 30s protein ribosom. Contoh chlorampenicol.
aminoglikosida yaitu: 2. Pengeluaran antibiotik dari dalam sel. Banyak variasi dari gen bakteri yang
- Streptomycin, neomycin, kanamycin, tobramycin berbeda yang mengontrol pengeluaran antibiotik tetracycline dari dalam sel.
- Amikacin merupakan derivat sintetis dari kanamycin Inilah penyebab resistensi yang paling umum. Ternyata bakteri nggak
- Netilmicin merupakan derivat sintesis dari sisomycin sebodoh yang dikira.
Aminoglikosida ini mempunyai kemampuan untuk menembus membrane terluar dari 3. Perubahan situs target ribosom. Produksi protein serupa dengan faktor
bakteri (pada bakteri gram negatif), menembus dinding sel, dan menembus membrane elongasi yang melindungi 30s ribosom, dalam hal ini antibiotik masih dapat
sitoplasmik. Situs aktif aminoglikosida yaitu di sitoplasma dan nantinya akan berikatan berikatan dengan ribosom namun sintesis protein tidak akan terganggu.
dengan situs 30s protein ribosomal. Aminoglikosida yang masuk ke ribosom akan 4. Modifikasi enzimatik dari antibiotik itu sendiri
memberikan dua efek yaitu :
Oxazolidone

Antibiotik ini merupakan represntatif dari Linezolid dan bersifat narrow-spectrum. mengurangi pemasukan antibiotic ke dalam sel dengan cara mengubah protein porin di
Antibiotik ini menghambat inisiasi dari sintesis protein dengan mengganggu formasi permukaan sel bakteri.
dari kompleks inisiasi di subunit 30s ribosom. Resistensi silang yang biasa terjadi pada
penghambat sintesis protein yang lain tidak terjadi di sini. Sehingga antibiotic ini dapat
digunakan untuk pengobatan terhadap infeksi bakteri strain Staphylococci,
Streptococci, dan Enterococci yang mana resisten terhadap penisilin, vancomycin, dan
amiboglikosida.
Chloramphenicol
Berfungsi untuk menghambat sintesis protein di sel sumsum tulang belakang. Dapat
mengikat peptydil transferase yang merupakan komponen dari subnunit 50s ribosom
secara reversibel sehingga menghalangi elongasi peptide. Resistensi terhadap antibiotik
ini disebabkan karena plasmid bakteri yang mengkode chloramphenicol
acetyltransferase mengkatalisis asetilasi grup 3 hidroksil dari chloramphenicol sehingga
antibiotic ini tidak bisa berikatan dengan subunit 50s. selain itu resistensi juga bisa
terjadi karena mutasi kromosom yang mengubah protein porin membrane terluar
sehingga membuat bakteri gram negatif menjadi kurang permeable. Namun resistensi
yang disebabkan oleh mutasi ini jarang terjadi.
Macrolide
Antibiotic ini bersifat bakteriostatik. Struktur dasarnya yaitu cincin macrocyclic lactone
yang berikatan dengan dua gula. Antibiotik ini mengikat subunit 50s ribosom secara
reversibel dan menghalangi elongasi polipeptida. Resistensi terhadap antibiotic ini bisa
disebabkan karena metilasi yang terjadi pada 23s ribosomal RNA sehingga mencegah
pengikatan antibiotik. Selain itu bisa disebabkan karena rusaknya cincin lactone yang Biofilm
disebabkan oleh enzim erythromycin esterase. Dan yang terakhir resistensi disebabkan Beberapa bakteri ada yang berinteraksi satu sama lainnya dengan membentuk jaringan
karena efluks atau keluarnya antibiotic dari sel bakteri. lengket bakteri dan polisakarida yang dinamakan biofilm, yang mana akan menempel di
permukaan sel host, misalnya plak gigi, menempel pada kateter atau alat-alat intravena
Clindamycin lainnya. Bakteri yang memiliki biofilm memiliki resistensi terhadap obat-obatan sekitar
Menghalangi elongasi protein dengan melakukan pengikatan dengan subunit 50s 100x lebih kuat daripada bakteri biasa. Hal ini disebabkan karena :
ribosom dan kerjanya yaitu menghalangi peptydil transferase dengan mengganggu - Mikroba tersebut dilindungi oleh lapisan anti penetrasi alami yang tebal di
pengikatan asam amino acyl kompleks tRNA. Resistensiya disebabkan oleh metilasi di matriks ekstraseluler.
23s ribosomal RNA. - Bakteri memperlambat pertumbuhannya dan menurunkan aktivitasnya
C. MENGHAMBAT SINTESIS ASAM NUKLEAT MENGHAMBAT REPLIKASI VIRUS DENGAN AGEN ANTIVIRAL
Quinolone Perkembangan dari kemoterapi antiviral jauh lebih lambat daripada obat-obatan
Merupakan agen kemoterapetik sintetis. Kerjanya yaitu menghalangi enzim yang antibacterial. Virus adalah makhluk obligat intraseluler di mana virus tersebut
dibutuhkan oleh DNA untuk bereplikasi, rekombinasi, dan perbaikan yaitu enzim DNA menggunakan enzim dan mesin biosintetik sel host untuk membantunya bereplikasi.
Gyrase atau Topoisomerase. Resistensi terhadap antibiotic ini di mediasi oleh Lebih susah untuk menghambat replikasi virus dengan antiviral tanpa meracuni sel host
kromosom dengan dua mekanisme yaitu perubahan subunit alfa dari DNA Gyrase serta

itu sendiri. Obat antiviral sekarang ini lebih mentargetkan kepada sintesis DNA dan RNA perpanjangan rantai DNA virus. Obat-obat ini digunakan 100x lebih banyak oleh DNA
virus. polymerase virus dibandingkan oleh DNA polymerase sel.
Antibiotik terbaru saat ini targetnya adalah : b. Ganciclovir
1. Enzim yang dikode oleh virus Obat ini aktif terhadap CMV, CMV ini tidak menyandi kinase timidin, tetapi dapat
2. Struktur virus yang sangat penting dalam proses replikasinya melakukan fosforilasi GCV oleh suatu protein kinase yang disandi oleh virus ini. Obat ini
digunakan 30x lebih banyak oleh DNA Polimerase virus dibandingkan oleh DNA
Aktivitas dari obat aniviral ini biasanya terbatas hanya untuk famili virus yang spesifik. polymerase sel. Obat ini digunakan dalam terapi antitumor dengan terapi gen.
Misalnya menggunakan anti reverse transcriptase untuk terapi virus HIV.
Resistensi terhadap obat antiviral telah menjadi masalah dalam proses pengobatan Kemoterapi antivirus
pasien yang membutuhkan jangka waktu yang panjang, misalnya resistensi terhadap 1. Nukleosida Analog
obat antiviral pada orang yang mengidap AIDS. - Acylovir (Acycloguanosine)
Ketidakhati-hatian dalam menggunakan oseltamivir (Tamiflu) bisa memicu resistensi - Lamivudine (3TC)
terhadap obat oleh virus H5N1. - Ribavirin
- Vidarabine (Adenin Arabinosida)
Sintesis protein virus sebagai target antiviral bukan merupakan sasaran antivirus yang - Zidovudine (Azidothymidine = AZT)
baik karena tidak memungkin obat untuk melakuan penghambatan selektif terhadap 2. Nukleotida Analog, ex : Cidofovir (HPMPC)
sintesis protein virus karena replikasi virus itu sendiri memanfaatkan ribosom dan 3. Non nukleosida Reverse Transcriptase Inhibitor, ex : Nevirapine
mekanisme sintesis sel host. 4. Protease Inhibitors, ex : Saquinavir, Indinavir, Ritonavir
Mekanisme resistenis yang terjadi antara lain disebabkan karena :
1. Inaktivasi protein yang mengaktifkan antivirus dalam sel, misalnya kinase Antivirus Tipe Lain
timidin Amantadine dan Rimantadine menghambat uncoating virus, ex : virus influenza dan
2. Perubahan target obat, misalnya reverse transcriptase, protease, dan GP41 profilaksis
Foscarnet (Phosphonoformic acid, PFA) menghambat DNA polymerase virus dan
Analog Nukleosida reverse transcriptase
Dapat melakukan penghambatan atau inhibisi selektif karena : Methisazone menghambat tahap akhir replikasi virus sehingga partikel virus menjadi
1. Berikatan lebih baik dengan DNA polymerase virus dibandingkan dengan DNA imatur dan non infeksius (Poxvirus)
Polimerase sel host Oseltamifir (Tamiflu) menghambta neuraminidase virus influenza, menghambat
2. Obat digunakan lebih ekstensif pada sel yang terinfeksi, karena sintesis DNA perakitan atau budding
nya lebih cepat dibandingkan dengan sel yang tidak terinfeksi Fuzeon menghambat perlekatan GP41 pada reseptor seluler
a. Acylovir, Valacylovir, Penciclovir dan Famciclovir

Memiliki rantai samping asiklik (buka merupakan gula ribosa atau deoksiribosa) dan
bersifat selektif terhadap HSV (virus herpes simpleks) atau VZV (virus varicella zoster),
karena kedua virus herpes tersebut menyandi kinase timidin. Kinase timidin virus
mengaktivasi obat melalui fosforilasi (inisiasi fosforilasi), enzim-enzim sel penjamu/host
melanjutkan proses pembentukan menjadi bentuk difosfat kemudian ke bentuk
trifosfat. Pada sel yang tidak terinfeksi obat-obat ini terdapat dalam bentuk tidak aktif
karena tidak terjadi inisiasi fosforilasi. Akibat obat ini bentuk trifosfat berkompetisi
dengan guanosin trifosfat sehingga menghambat polymerase serta terminasi

Setelah perjuangan dan pertumpahan darah (lebay) yang dilakukan para pejuang-
pejuang kita, akhirnya tentir ini selesai. Dibawah ini adalah nama-nama para pejuang
kita yang rela mengorbankan waktu tidur dan waktu belajarnya buat ngebuat tentir ini:
Afifah Putri H
Deriyan Sukma Widjaja
Karina Maharani Pramudya
Monika Besti Yolanda
Randy Satria Nugraha Rusdy
Wendy Damar Aprilano
Kalo ada saran atau kritikan langsung bilang aja ke Siepend terdekat. Kalo mau ikutan
bantu juga sangat diterima :D. Semoga tentiran kali ini berguna dan 2009 dapet A
semua di modul BioMol ini hahahahahaha! Amin.

Tentir Biologi Molekuler - Sumatif II True Finale PDF

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Judul Asli

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Tentir Biologi Molekuler - Sumatif II True Finale PDF

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Biologi Molekuler 2010

1 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

ENZIM (PROTEIN KINASE)

Jadi fungsinya ntu,

Ligand nya ada growth

2 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

Contohnya reseptor asetilkolin nicotinik, merupakan

**Protein efektornya** yaitu

3 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

**REGULASI DARI RESEPTOR**

4 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

5 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

6 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

7 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

8 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

9 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

Transposisi gen / DNA

5. Gene arrangement pada eukariota

10 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

b. Natural gene rearrangement

11 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

Domain (exon) TCRa TCRb

12 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

13 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

14 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

15 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

16 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

17 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

18 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

19 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

20 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

Sekuensing DNA Metode dalam Teknologi Rekombinan

21 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

22 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

23 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

24 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

25 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

- PATOGENESIS MOLEKULER INFEKSI - Kolonisasi

26 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

27 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

28 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

29 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

30 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

31 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

32 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

33 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

34 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

a. Acylovir, Valacylovir, Penciclovir dan Famciclovir

35 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

36 Modul Biologi Molekuler Sumatif II SiePend 2009 BISA!

Anda mungkin juga menyukai

Protein efektornya yaitu

REGULASI DARI RESEPTOR