About

Materi Genetik
1. November, 2011 by axingeniusboyz Genetika No comments

gen adalah unsur sel plasma yang menentukan sifat keturunan. Gen memiliki bentuk-bentuk
alternatif yang dinamakan alel. Ekspresi dari alel dapat serupa, tetapi orang lebih sering
menggunakan istilah alel untuk ekspresi gen yang secara fenotipik berbeda. Gregor Mendel telah
berasumsi tentang adanya suatu bahan yang terkait dengan suatu sifat atau karakter yang dapat
diwariskan. Ia menyebutnya faktor. Pada 1910, Thomas Hunt Morgan menunjukkan bahwa gen
terletak di kromosom. Selanjutnya, terjadi perlombaan seru untuk menemukan substansi yang
merupakan gen. Banyak penghargaan Nobel yang kemudian jatuh pada peneliti yang terlibat
dalam subjek ini. Pada saat itu DNA sudah ditemukan dan diketahui hanya berada pada
kromosom (1869), tetapi orang belum menyadari bahwa DNA terkait dengan gen. Melalui
penelitian Oswald Avery terhadap bakteri Pneumococcus (1943), serta Alfred Hershey dan
Martha Chase (publikasi 1953) dengan virus bakteriofag T2, barulah orang mengetahui bahwa
DNA adalah bahan genetik.

Saat ini orang mengetahui bahwa gen merupakan seberkas fragmen dari DNA yang dapat
diekspresikan sesuai dengan keperluan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic acid): adalah
sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme.
Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA di dalam
sebuah sel adalah sebagai materi genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala
aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol
adalah beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human
Immunodeficiency). Virus). DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama,
yaitu gugus fosfat, gula deoksiribosa, dan basa nitrogen. Sebuah unit monomer DNA yang terdiri
dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai
polinukleotida.
 Kromosom merupakan struktur makromolekul besar yang memuat DNA yang membawa
informasi genetik dalam sel. DNA terbalut dalam satu atau lebih kromosom. Sebuah kromosom
(dalam bahasa Yunani chroma = warna dan soma= badan) adalah seberkas DNA yang sangat
panjang dan berkelanjutan, yang terdapat banyak gen unsur regulator dan sekuens nukleotida
lainnya. Dalam kromosom eukariota, DNA yang tidak terkondensasi berada dalam struktur
order-quasi dalam nukleus, dimana ia membungkus histon (protein struktural, Gambar 1), dan di
mana material komposit ini disebut chromatin. Selama mitosis (pembelahan sel), kromosom
terkondensasi dan disebut kromosom metafase. Hal ini menyebabkan masing-masing kromosom
dapat diamati melalui mikroskop optik. Setiap kromosom memiliki dua lengan, yang pendek
disebut lengan p (dari bahasa Perancis petit yang berarti kecil) dan lengan yang panjang lengan q
(q mengikuti p dalam alfabet).

Prokariota tidak memiliki histon atau nukleus. Dalam keadaan santainya, DNA dapat diakses
untuk transkripsi, regulasi, dan replikasi. Kromosom pertama kali diamati oleh Karl Wilhelm
von Ngeli pada 1842 dan ciri-cirinya dijelaskan dengan detil oleh Walther Flemming pada
1882. Pada 1910, Thomas Hunt Morgan membuktikan bahwa kromosom merupakan pembawa
gen. Salah satu fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik adalah
fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu
organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu. Fenotipe organisme sangat ditentukan
oleh hasil interaksi protein-protein di dalam sel. Setiap protein tersusun dari sejumlah asam
amino dengan urutan tertentu, dan setiap asam amino pembentukannya disandi (dikode) oleh
urutan basa nitrogen di dalam molekul DNA. Rangkaian proses ini, mulai dari DNA hingga
terbentuknya asam amino, dikenal sebagai dogma sentral biologi molekuler.

Gambar 1. Diagram dogma sentral biologi molekuler

Perubahan urutan basa di dalam molekul DNA menjadi urutan basa molekul RNA dinamakan
transkripsi, sedangkan penerjemahan urutan basa RNA menjadi urutan asam amino suatu
protein dinamakan translasi. Jadi, proses tanskripsi dan translasi dapat dilihat sebagai tahap-
tahap ekspresi urutan basa DNA. Namun, tidak semua urutan basa DNA akan diekspresikan
menjadi urutan asam amino. Urutan basa DNA yang pada akhirnya menyandi urutan asam amino
disebut sebagai gen. Dengan demikian, secara kimia gen adalah urutan basa nitrogen tertentu
pada molekul DNA yang dapat dieskpresikan melalui tahap-tahap transkripsi dan translasi
menjadi urutan asam amino tertentu.

Tahap-tahap transkripsi

Transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan promoter, inisiasi, elongasi,
dan teminasi. Masing-masing akan dijelaskan sebagai berikut.

1. Enzim RNA polimerase mengikat untai DNA cetakan pada suatu daerah yang
mempunyai urutan basa tertentu sepanjang 20 hingga 200 basa. Daerah ini
dinamakan promoter. Baik pada prokariot maupun eukariot, promoter selalu membawa
suatu urutan basa yang tetap atau hampir tetap sehingga urutan ini dikatakan
sebagai urutan konsensus. Pada prokariot urutan konsensusnya adalah TATAAT dan
disebutkotak Pribnow, sedangkan pada eukariot urutan konsensusnya adalah
 TATAAAT dan disebut kotak TATA. Urutan konsensus akan menunjukkan kepada
RNA polimerase tempat dimulainya sintesis. Kekuatan pengikatan RNA polimerase oleh
promoter yang berbeda sangat bervariasi. Hal ini mengakibatkan perbedaan kekuatan
ekspresi gen.
2. Setelah mengalami pengikatan oleh promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu
tempat di dekat daerah promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi.
Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tempat ini dan sintesis RNA pun segera
dimulai.
3. Selama sintesis RNA berlangsung RNA polimerase bergerak di sepanjang molekul DNA
cetakan sambil menambahkan nukleotida demi nukleotida kepada untai RNA yang
sedang diperpanjang.
4. Molekul RNA yang baru saja selesai disintesis, dan juga enzim RNA polimerase, segera
terlepas dari untai DNA cetakan begitu enzim tersebut mencapai urutan basa pengakhir
(terminasi). Terminasi dapat terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya
bergantung kepada urutan basa cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang
memerlukan kehadiran suatu protein khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi
diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri terjadi pada urutan basa palindrom yang
diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom adalah urutan yang sama jika dibaca
dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan palindom ini biasanya diselingi oleh
beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang dihasilkan akan mempunyai ujung
terminasi berbentuk batang dan kala (loop).
5. Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini
karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,
promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi
dengan cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut
akan terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang
berbeda-beda.

Secara umum mekanisme transkripsi pada prokariot dan eukariot hampir sama. Hanya saja, pada
prokariot produk langsung transkripsi atau transkrip primernya adalah mRNA (akan dijelaskan
di bawah), sedangkan pada eukariot transkrip primernya harus mengalami prosesing
RNA terlebih dahulu sebelum menjadi mRNA. Prosesing RNA ini mencakup dua peristiwa,
yaitu modifikasi kedua ujung transkrip primer dan pembuangan

urutan basa pada transkrip primer yang tidak akan ditranslasi (disebut intron). Ujung 5
dimodifikasi dengan penambahan guano sin dalam ikatan 5 -5 yang tidak umum hingga
terbentuk suatu gugus terminal yang dinamakan cap, sedangkan ujung 3 dimodifikasi dengan
urutan poliadenosin (poli A) sepanjang lebih kurang 200 basa. Sementara itu, panjang intron
yang harus dibuang dapat mencapai 50% hingga 90% dari panjang transkrip primer, tetapi
segmen yang mengandung ujung 5 (guguscap) tidak pernah dibuang. Setelah intron dibuang,
segmen-segmen sisanya (disebut ekson) segera digabungkan menjadi mRNA. Pembuangan
intron dan penggabungan ekson menjadi molekul mRNA dinamakan penyatuan RNA atau RNA
splicing.

Macam-macam RNA
Transkripsi DNA menghasilkan molekul RNA yang kemudian akan mengalami diferensiasi
struktur sesuai dengan fungsinya masing-masing. Kita mengenal tiga macam RNA, yaitu

1. RNA duta atau messenger RNA (mRNA), yang mempunyai struktur linier kecuali bagian
ujung terminasinya yang berbentuk batang dan kala (Gambar 10.3). Molekul mRNA membawa
urutan basa yang sebagian di antaranya akan ditranslasi menjadi urutan asam amino. Urutan basa
yang dinamakan urutan penyandi (coding sequences) ini dibaca tiga demi tiga. Artinya, tiap
tiga basa akan menyandi pembentukan satu asam amino sehingga tiap tiga basa ini
dinamakan triplet kodon. Daftar triplet kodon beserta asam amino yang disandinya dapat dilihat
pada Tabel 1. Pada prokariot bagian mRNA yang tidak ditranslasi terletak di depan urutan
penyandi (disebut pengarah atauleader) dan di antara dua urutan penyandi
(disebut spacer sequences atau noncoding sequences). Sementara itu, pada eukariot di samping
kedua bagian tadi ada juga bagian di dalam urutan penyandi yang tidak ditranslasi. Bagian inilah
yang dinamakan intron seperti telah dijelaskan di atas. Molekul mRNA pada prokariot sering kali
membawa sejumlah urutan penyandi bagi beberapa polipeptida yang berbeda. Molekul mRNA
seperti ini dinamakan mRNA polisistronik. Dengan adanya mRNA polisistronik, sintesis
beberapa protein yang masih terkait satu sama lain dapat diatur dengan lebih efisien karena
hanya dibutuhkan satu sinyal. Pada eukariot hampir tidak pernah dijumpai mRNA polisistronik.

1. 2. RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA), yang strukturnya mengalami modifikasi
hingga berbentuk seperti daun semanggi. Seperti halnya struktur ujung terminasi mRNA,
struktur seperti daun semanggi ini terjadi karena adanya urutan palindrom yang diselingi
oleh beberapa basa (Gambar 3). Pada salah satu kalanya, tRNA membawa tiga buah basa
yang komplemeter dengan triplet kodon pada mRNA. Ketiga basa ini
dinamakan antikodon. Sementara itu, pada ujung 3 -nya terdapat tempat pengikatan
asam amino tertentu. Pengikatan yang membentuk molekul aminoasil-tRNA ini terjadi
dengan bantuan enzimaminoasil-tRNA sintetase. Dalam hal ini gugus hidroksil (OH)
pada ujung 3 tRNA terikat sangat kuat dengan gugus karboksil (COOH) asam amino.
Macam asam amino yang dibawa ditentukan oleh urutan basa pada antikodon. Jadi, ada
beberapa macam aminoasil-tRNA sesuai dengan antikodon dan macam asam amino yang
dibawanya.

Gambar 3. Diagram struktur tRNA

1. 3. RNA ribosomal atau ribosomal RNA (rRNA), yang strukturnya merupakan bagian
struktur ribosom. Lebih kurang separuh struktur kimia ribosom berupa rRNA dan separuh
lainnya berupa protein. Molekul rRNA, dan juga tRNA, dapat dikatakan sebagai RNA
struktural dan tidak ditranslasi menjadi asam amino/protein. Akan tetapi, mereka adalah
bagian mesin sel yang menyintesis protein (lihat uraian tentang translasi di bawah ini).

Translasi

Bila dibandingkan dengan transkripsi, translasi merupakan proses yang lebih rumit karena
melibatkan fungsi berbagai makromolekul. Oleh karena kebanyakan di antara makromolekul ini
terdapat dalam jumlah besar di dalam sel, maka sistem translasi menjadi bagian utama mesin
metabolisme pada tiap sel. Makromolekul yang harus berperan dalam proses translasi tersebut
meliputi

1. Lebih dari 50 polipeptida serta 3 hingga 5 molekul RNA di dalam tiap ribosom
2. Sekurang-kurangnya 20 macam enzim aminoasil-tRNA sintetase yang akan
mengaktifkan asam amino
3. Empat puluh hingga 60 molekul tRNA yang berbeda
4. Sedikitnya 9 protein terlarut yang terlibat dalam inisiasi, elongasi, dan terminasi
polipeptida.

Translasi, atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam ribosom, suatu struktur
organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri atas dua subunit, besar dan
kecil, yang akan menyatu selama inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai.
Ukuran ribosom sering dinyatakan atas dasar laju pengendapannya selama sentrifugasi sebagai
satuan yang disebut satuan Svedberg (S). Pada kebanyakan prokariot ribosom mempunyai
ukuran 70S, sedangkan pada eukariot biasanya sekitar 80S.

Tiap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan tRNA, yang masing-masing dinamakan tapak
aminoasil (tapak A) dan tapak peptidil (tapak P). Molekul aminoasil-tRNA yang baru
memasuki ribosom akan terikat di tapak A, sedangkan molekul tRNA yang membawa rantai
polipeptida yang sedang diperpanjang terikat di tapak P.

Gambaran penting sintesis protein adalah bahwa proses ini berlangsung dengan arah tertentu
sebagai berikut.

1. Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5 3, tetapi tidak dari ujung 5 hingga ujung 3.

2. Polipeptida disintesis dari ujung amino ke ujung karboksil dengan menambahkan asam-asam
amino satu demi satu ke ujung karboksil. Sebagai contoh, sintesis protein yang mempunyai
urutan NH2-Met-Pro- . . . -Gly-Ser-COOH pasti dimulai dengan metionin dan diakhiri dengan
serin.

Mekanisme sintesis protein secara skema garis besar dapat dilihat pada Gambar 4. Sebuah
molekul mRNA akan terikat pada permukaan ribosom yang kedua subunitnya telah bergabung.
Pengikatan ini terjadi karena pada mRNA prokariot terdapat urutan basa tertentu yang disebut
sebagai tempat pengikatan ribosom (ribosom binding site) atau urutan Shine-Dalgarno.
Sementara itu, pada eukariot pengikatan ribosom dilakukan oleh ujung 5 mRNA. Selanjutnya,
berbagai aminoasil-tRNA akan berdatangan satu demi satu ke kompleks ribosom-mRNA ini
dengan urutan sesuai dengan antikodon dan asam amino yang dibawanya. Urutan ini ditentukan
oleh urutan triplet kodon pada mRNA. Ikatan peptida terbentuk di antara asam-asam amino yang
terangkai menjadi rantai polipeptida di tapak P ribosom. Penggabungan asam-asam amino terjadi
karena gugus amino pada asam amino yang baru masuk berikatan dengan gugus karboksil pada
asam amino yang terdapat pada rantai polipeptida yang sedang diperpanjang. Penjelasan tentang
mekanisme sintesis protein yang lebih rinci disertai contoh, khususnya pada prokariot, Inisiasi
sintesis protein dilakukan oleh aminoasil-tRNA khusus, yaitu tRNA yang membawa metionin
(dilambangkan sebagai metionil-tRNAiMet). Hal ini berarti bahwa sintesis semua polipeptida
selalu dimulai dengan metionin. Khusus pada prokariot akan

terjadi formilasi gugus amino pada metionil-tRNAiMet (dilambangkan sebagai metionil-

tRNAfMet) yang mencegah terbentuknya ikatan peptida antara gugus amin tersebut dengan gugus
karboksil asam amino pada ujung polipetida yang sedang diperpanjang sehingga asam amino
awal pada polipeptida prokariot selalu berupa f-metionin. Pada eukariot metionil-tRNAiMet tidak
mengalami formilasi gugus amin, tetapi molekul ini akan bereaksi dengan protein-protein
tertentu yang berfungsi sebagai faktor inisiasi (IF-1, IF-2, dan IF-3). Selain itu, baik pada
prokariot maupun eukariot, terdapat pula metionil-tRNA yang metioninnya bukan merupakan
asam amino awal (dilambangkan sebagai metionil-tRNAMet).

Kompleks inisiasi pada prokariot terbentuk antara mRNA, metionil-tRNAfMet, dan subunit kecil
ribosom (30S) dengan bantuan protein IF-1, IF-2, dan IF-3, serta sebuah molekul GTP.
Pembentukan kompleks inisiasi ini diduga difasilitasi oleh perpasangan basa antara suatu urutan
di dekat ujung 3 rRNA berukuran 16S dan sebagian urutan pengarah (leader sequence) pada
mRNA. Selanjutnya, kompleks inisiasi bergabung dengan subunit besar ribosom (50S), dan
metionil-tRNAfMet terikat pada tapak P. Berpasangannya triplet kodon inisiasi pada mRNA
dengan antikodon pada metioniltRNAf Metdi tapak P menentukan urutan triplet kodon dan
aminoasil-tRNAfMet berikutnya yang akan masuk ke tapak A. Pengikatan aminoasil-
tRNAfMet berikutnya, misalnya alanil- tRNAala, ke tapak A memerlukan protein-protein
elongasi EF-Ts dan EF-Tu. Pembentukan ikatan peptida antara gugus karboksil pada metionil-
tRNAfMet di tapak P dan gugus amino pada alanil-tRNAala di tapak A dikatalisis oleh
enzimpeptidil transferase, suatu enzim yang terikat pada subunit ribosom 50S. Reaksi ini
menghasilkan dip eptida yang terdiri atas f-metionin dan alanin yang terikat pada tRNAala di
tapak A.

Langkah berikutnya adalah translokasi, yang melibatkan (1) perpindahan f-met-ala-

tRNAala dari tapak A ke tapak P dan (2) pergeseran posisi mRNA pada ribosom sepanjang tiga
basa sehingga triplet kodon yang semula berada di tapak A masuk ke tapak P. Dalam contoh ini
triplet kodon yang bergeser dari tapak A ke P tersebut adalah triplet kodon untuk alanin. Triplet
kodon berikutnya, misalnya penyandi serin, akan masuk ke tapak A dan proses seperti di atas
hingga translokasi akan terulang kembali.

Translokasi memerlukan aktivitas faktor elongasi berupa enzim yang biasa dilambangkan
dengan EF-G.

Pemanjangan atau elongasi rantai polipeptida akan terus berlangsung hingga suatu tripet kodon
yang menyandi terminasi memasuki tapak A. Sebelum suatu rantai polipeptida selesai disintesis
terlebih dahulu terjadi deformilisasi pada f-metionin menjadi metionin. Terminasi ditandai oleh
terlepasnya mRNA, tRNA di tapak P, dan rantai polipeptida dari ribosom. Selain itu, kedua
subunit ribosom pun memisah. Pada terminasi diperlukan aktivitas dua protein yang berperan
sebagai faktor pelepas atau releasing factors, yaitu RF-1 dan RF-2.

Sesungguhnya setiap mRNA tidak hanya ditranslasi oleh sebuah ribosom. Pada umumnya
sebuah mRNA akan ditranslasi secara serempak oleh beberapa ribosom yang satu sama lain
berjarak sekitar 90 basa di sepanjang molekul mRNA. Kompleks translasi yang terdiri atas
sebuah mRNA dan beberapa ribosom ini dinamakan poliribosom atau polisom. Besarnya
polisom sangat bervariasi dan berkorelasi dengan ukuran polipeptida yang akan disintesis.
Sebagai contoh, rantai hemoglobin yang tersusun dari sekitar 150 asam amino disintesis oleh
polisom yang terdiri atas lima buah ribosom (pentaribosom).

Pada prokariot translasi seringkali dimulai sebelum transkripsi berakhir. Hal ini dimungkinkan
terjadi karena tidak adanya dinding nukleus yang memisahkan antara transkripsi dan translasi.
Dengan berlangsungnya kedua proses tersebut secara bersamaan, ekspresi gen menjadi sangat
cepat dan mekanisme nyala-padam (turn on-turn off) ekspresi gen, seperti yang akan dijelaskan
nanti, juga menjadi sangat efisien.

Namun, tidak demikian halnya pada eukariot. Transkripsi terjadi di dalam nukleus, sedangkan
translasi terjadi di sitoplasma (ribosom). Pertanyaan yang muncul adalah bagaimana mRNA hasil
transkripsi dipindahkan dari nukleus ke sitoplasma, faktor-faktor apa yang menentukan saat dan
temp at translasi? Sayangnya, hingga kini kita belum dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan
tersebut dengan memuaskan. Kita baru mengetahui bahwa transkripsi dan translasi pada eukariot
jauh lebih rumit daripada proses yang ada pada prokariot. Salah satu di antaranya seperti telah
kita bicarakan di atas, yaitu bahwa mRNA hasil transkripsi (transkrip primer) pada eukariot
memerlukan prosesing terlebih dahulu sebelum dapat ditranslasi.

Kode genetik

Penetapan triplet kodon pada mRNA sebagai pembawa informasi genetik atau kode genetik yang
akan menyandi pembentukan suatu asam amino tertentu berawal dari pemikiran bahwa macam
basa nitrogen jauh lebih sedikit daripada macam asam amino. Basa nitrogen pada mRNA hanya
ada empat macam, sedangkan asam amino ada 20 macam. Oleh karena itu, jelas tidak mungkin
tiap asam amino disandi oleh satu basa. Begitu juga, kombinasi dua basa hanya akan
menghasilkan 42 atau 16 macam duplet, masih lebih sedikit daripada macam amino yang ada.
Kombinasi tiga basa akan menghasilkan 43 atau 64 triplet, melebihi jumlah macam asam amino.
Dalam hal ini, satu macam asam amino dapat disandi oleh lebih dari satu macam triplet kodon.

Sifat-sifat kode genetik

Kode genetik mempunyai sifat-sifat yang akan dijelaskan sebagai berikut.

1. Kode genetik bersifat universal. Artinya, kode genetik berlaku sama hampir di setiap
spesies organisme.
2. Kode genetik bersifat degenerate atau redundant, yaitu bahwa satu macam asam amino
dapat disandi oleh lebih dari satu triplet kodon. Sebagai contoh, treonin dapat disandi
oleh ACU, ACC, ACA, dan ACG. Sifat ini erat kaitannya dengan sifat wobble basa
ketiga, yang artinya bahwa basa ketiga dapat berubah-ubah tanpa selalu disertai
perubahan macam asam amino yang disandinya. Diketahuinya sifat wobblebermula dari
penemuan basa inosin (I) sebagai basa pertama pada antikodon tRNAala ragi, yang
ternyata dapat berpasangan dengan basa A, U, atau pun C. Dengan demikian, satu
antikodon pada tRNA dapat mengenali lebih dari satu macam kodon pada mRNA.
 3. Oleh karena tiap kodon terdiri atas tiga buah basa, maka tiap urutan basa mRNA, atau
berarti juga DNA, mempunyai tiga rangka baca yang berbeda (open reading frame).
Di samping itu, di dalam suatu segmen tertentu pada DNA dapat terjadi transkripsi dan
translasi urutan basa dengan panjang yang berbeda. Dengan perkataan lain, suatu segmen
DNA dapat terdiri atas lebih dari sebuah gen yang salingtumpang tindih (overlapping).
Sebagai contoh, bakteriofag X174 mempunyai sebuah untai tunggal DNA yang
panjangnya lebih kurang hanya 5000 basa. Seandainya dari urutanbasa ini hanya
digunakan sebuah rangka baca, maka akan terdapat sekitar 1700 asam amino yang dapat
disintesis. Kemudian, jika sebuah molekul protein rata-rata tersusun dari 400 asam
amino, maka dari sekitar 1700 asam amino tersebut hanya akan terbentuk 4 hingga 5
buah molekul protein. Padahal kenyataannya, bakterio fag X174 mempunyai 11 protein
yang secara keseluruhan terdiri atas 2300 asam amino. Dengan demikian, jelaslah bahwa
dari urutan basa DNA yang ada tidak hanya digunakan sebuah rangka baca, dan urutan
basa yang diekspresikan (gen) dapat tumpang tindih satu sama lain.

Tabel 1. Kode genetik

Basa I Basa III

Basa II
(5) (3)
U C A G
U
U Phe Ser Tyr Cys
Phe Ser Tyr Cys C
Leu Ser Stop Stop A
Leu Ser Stop Trp G
C Leu Pro His Arg U
Leu Pro His Arg C
Leu Pro Gln Arg A
Leu Pro Gln Arg G
A ILe Thr Asn Ser U
Ile Thr Asn Ser C
ILe Thr Lys Arg A
Met Thr Lys Arg G
G Val Ala Asp Gly U
Val Ala Asp Gly C
Val Ala Glu Gly A
Val Ala Glu Gly G

Keterangan :

phe = fenilalanin ser = serin his = histidin glu = asam glutamat

leu = leusin pro = prolin gln = glutamin cys = sistein

ile = isoleusin thr = treonin asn = asparagin trp = triptofan

met = metionin ala = alanin lys = lisin arg = arginin

val = valin tyr = tirosin asp = asam aspartat gly = glisin

AUG (kodon metionin) dapat menjadi kodon awal (start codon)

stop = kodon stop (stop codon)

Pengaturan Ekspresi Gen

Produk-produk gen tertentu seperti protein ribosomal, rRNA, tRNA, RNA polimerase, dan
enzim-enzim yang mengatalisis berbagai reaksi metabolisme yang berkaitan dengan fungsi
pemeliharaan sel merupakan komponen esensial bagi semua sel. Gen-gen yang menyandi
pembentukan produk semacam itu perlu diekspresikan terusmenerus sepanjang umur individu di
hampir semua jenis sel tanpa bergantung kepada kondisi lingkungan di sekitarnya. Sementara itu,
banyak pula gen lainnya yang ekspresinya sangat ditentukan oleh kondisi lingkungan sehingga
mereka hanya akan diekspresikan pada waktu dan di dalam jenis sel tertentu. Untuk gen-gen
semacam ini harus ada mekanisme pengaturan ekspresinya.

Pengaturan ekspresi gen dapat terjadi pada berbagai tahap, misalnya transkripsi, prosesing
mRNA, atau translasi. Namun, sejumlah data hasil penelitian menunjukkan bahwa pengaturan
ekspresi gen, khususnya pada prokariot, paling banyak terjadi pada tahap transkripsi.

Mekanisme pengaturan transkripsi, baik pada prokariot maupun pada eukariot, secara garis besar
dapat dibedakan menjadi dua kategori utama, yaitu (1) mekanisme yang
melibatkanpenyalapadaman (turn on and turn off) ekspresi gen sebagai respon terhadap
perubahan kondisi lingkungan dan (2) sirkit ekspresi gen yang telah terprogram (preprogramed
circuits). Mekanisme penyalapadaman sangat penting bagi mikroorganisme untuk menyesuaikan
diri terhadap perubahan lingkungan yang seringkali terjadi secara tiba-tiba. Sebaliknya, bagi
eukariot mekanisme ini nampaknya tidak terlalu penting karena pada organisme ini sel justru
cenderung merespon sinyal-sinyal yang datang dari dalam tubuh, dan di sisi lain, sistem sirkulasi
akan menjadi penyangga bagi sel terhadap perubahan kondisi lingkungan yang mendadak
tersebut. Pada mekanisme sirkit, produk suatu gen akan menekan transkripsi gen itu sendiri dan
sekaligus memacu transkripsi gen kedua, produk gen kedua akan menekan transkripsi gen kedua
dan memacu transkripsi gen ketiga, demikian seterusnya. Ekspresi gen yang berurutan ini telah
terprogram secara genetik sehingga gen-gen tersebut tidak akan dapat diekspresikan di luar
urutan. Oleh karena urutan ekspresinya berupa sirkit, maka mekanisme tersebut dinamakan sirkit
ekspresi gen.

Induksi dan represi pada prokariot

Escherichia coli merupakan bakteri yang sering dijadikan model untuk mempelajari berb agai
mekanisme genetika molekuler. Bakteri ini secara alami hidup di dalam usus besar manusia
dengan memanfaatkan sumber karbon yang umumnya berupa glukosa. Apabila suatu ketika E.
coliditumbuhkan pada medium yang sumber karbonnya bukan glukosa melainkan laktosa, maka
enzim pemecah laktosa akan disintesis, sesuatu yang tidak biasa dilakukannya. Untuk itu, gen-
gen penyandi berb agai enzim yang terlibat dalam pemanfaatan laktosa akan
diekspresikan (turned on). Sebaliknya, dalam keadaan normal, yaitu ketika tersedia glukosa
sebagai sumber karbon, maka gen-gen tersebut tidak diekspresikan (turned off). Proses yang
terjadi ketika ekspresi gen merupakan respon terhadap keberadaan suatu zat di lingkungannya
dikenal sebagai induksi, sedangkan zat atau molekul yang menyebabkan terjadinya induksi
disebut sebagai induser. Jadi, dalam contoh ini laktosa merupakan induser.

Induksi secara molekuler terjadi pada tingkat transkripsi. Peristiwa ini berkenaan dengan laju
sintesis enzim, bukan dengan aktivitas enzim. Pada pengaktifan enzim suatu molekul kecil akan
terikat pada enzim sehingga akan terjadi peningkatan aktivitas enzim tersebut, bukan
peningkatan laju sintesisnya.

Selain mempunyai kemampuan untuk memecah suatu molekul (katabolisme), bakteri juga dapat
menyintesis (anabolisme) berbagai molekul organik yang diperlukan bagi pertumbuhannya.
Sebagai contoh, Salmonella typhimurium mempunyai sejumlah gen yang menyandi enzim-enzim
untuk biosintesis triptofan. Dalam medium pertumbuhan yang tidak mengandung tripto fan, S.
typhimuriumakan mengekspresikan (turned on) gen-gen tersebut. Akan tetapi, jika suatu saat ke
dalam medium pertumbuhannya ditambahkan tripto fan, maka gen-gen tersebut tidak perlu
diekspresikan (turned off). Proses pemadaman (turn off) ekspresi gen sebagai respon terhadap
keberadaan suatu zat di lingkungannya dinamakan represi, sedangkan zat yang menyebabkan
terjadinya represi disebut sebagai korepresor. Jadi, dalam contoh ini triptofan merupakan
korepresor.

Seperti halnya induksi, represi juga terjadi pada tahap transkripsi. Represi sering dikacaukan
dengan inhibisi umpan balik (feedback inhibition), yaitu penghambatan

aktivitas enzim akibat pengikatan produk akhir reaksi yang dikatalisis oleh enzim itu sendiri.
Represi tidak menghambat aktivitas enzim, tetapi menekan laju sintesisnya.

Referensi: