MODUL

MIKROBIOLOGI AKUATIK (SDA616202)

PENYAKIT & PARASIT ORGANISME AKUATIK
(BDI616206)

Esti Harpeni, S.T., MAppSc.

JURUSAN PERIKANAN DAN KELAUTAN

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
2017
 MIKROBIOLOGI AKUATIK

A. KOMPETENSI DASAR
Mahasiswa memiliki pemahaman yang baik tentang mikrobiologi akuatik.

B. INDIKATOR
1. Mahasiswa dapat menjelaskan dengan baik definisi mikrobiologi akuatik.
2. Mahasiswa dapat membedakan pengertian mikrobiologi akuatik dan mikroorganisme akuatik
3. Mahasiswa dapat menjelaskan distribusi mikroorganisme di lingkungan akuatik.
4. Mahasiswa dapat menjelaskan keterkaitan mikrobiologi akuatik dengan budidaya perairan.

C. LEMBAR KEGIATAN
LK 1.
1. Jelaskan pengertian mikrobiologi akuatik dan mikroorganisme akuatik!
2. Jelaskan distribusi mikroorganisme di lingkungan akuatik!
3. Buatlah esai mengenai keterkaitan mikrobiologi akuatik dengan budidaya perairan!

D. BAHAN BACAAN

MIKROBIOLOGI AKUATIK

Mikrobiologi akuatik berarti suatu cabang ilmu Biologi yang mempelajari tentang organisme
berukuran mikroskopis yang hidup di lingkugan akuatik/perairan. Organisme mikroskopis
tersebut biasa disebut dengan istilah mikroorganisme/mikrobiota/mikroba. Mikroorganisme
terdistribusi luas di perairan baik perairan tawar, payau maupun laut.

DISTRIBUSI MIKROORGANISME DI PERAIRAN

1. PERAIRAN TAWAR
Jumlah dan lokasi mikrobiota perairan tawar tergantung pada ketersediaan oksigen dan cahaya.
Photosynthetic algae merupakan produsen primer di perairan danau. Algae ini ditemukan di zona
limnetik. Pseudomonas, Cytophaga, Caulobacter, dan Hyphomicrobium juga ditemukan di zona
limnetik dengan oksigen yang melimpah. Mikroorganisme di perairan tergenang menggunakan
oksigen yang ada dan mampu menimbulkan bau tak sedap sehingga menyebabkan ikan-ikan mati.
Jumlah oksigen terlarut akan meningkat dengan adanya aksi gelombang. Purple dan green sulfur

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 1

bacteria ditemukan di zona profundal yang memiliki cahaya dan H2S namun tidak memiliki
oksigen. Desulfovibrio menurunkan kandungan SO4 menjadi H2S di lumpur bentik. Methane-
producing bacteria (methanogens) juga ditemukan di zona bentik.
2. ESTUARI/PERAIRAN PAYAU
Estuari adalah daerah perbatasan antara perairan tawar dan laut, sehingga perairannya payau. Ada
beberapa organisme yang secara khusus beradaptasi dengan lingkungan semacam ini, namun
umumnya organisme estuari berasal dari perairan tawar atau laut. Material yang berasal dari
vegetasi di sekitar estuari didegradasi oleh bakteri dan mikroorganisme lain. Nutrien yang masuk
ke estuari terbawa aliran sungai juga arus pasang. Nutrien tersebut digunakan oleh banyak
plankton maupun tumbuhan akuatik untuk fotosintesis dan pertumbuhan. Vegetasi lain semacam
rerumputan dan mangrove juga sangat berperan penting bagi masuknya nutrien ke perairan
estuari. Selain sejumlah besar material tanaman yang berfungsi sebagai sumber makanan, estuari
tidak memiliki banyak keragaman spesies. Hal ini dikarenakan kondisi seperti salinitas dan suhu
yang sulit dimanfaatkan oleh organisme untuk hidup dalam jumlah banyak. Mikroba : algae,
diatom, bakteri berada di permukaan. Kisaran salinitas dan pH yang luas menyebabkan keragaman
mikroorganisme. Kondisi sedimen lebih sedikit fluktuasinya dibandingkan kondisi air, sehingga
bakteri pada sedimen sedikit sekali terpengaruh perubahan salinitas dan suhu yang cepat
(bakterinya lebih menyerupai bakteri sedimen tawar ataupun laut).
3. PERAIRAN LAUT
Meskipun sebagian besar riset dilakukan di wilayah estuari dan dekat pantai, minat penelitian
lepas pantai dan perairan pelagik pun semakin meningkat. Jika wilayah lepas pantai adalah lautan
ditambah 1000 meter, maka 62% permukaan bumi merupakan wilayah pelagik dan laut dalam.
Mikroorganisme terlibat dalam siklus geokimia di laut, namun sangat sedikit informasinya di laut
dalam. Hydrothermal vents merupakan thermal springs di dasar lautan (2C). Warm vents (6-
23C). Hot vents (270-380C) dengan awan presipitasi yang gelap pekat mengandung sejumlah
besar material anorganik seperti: H2S, NH4, Mn2+, H2 dan CO. Banyak hewan di vent tersebut yang
mengandalkan simbiosis dengan bakteri kemolototrof di jaringan atau permukaan tubuh mereka.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 2

 MIKROORGANISME AKUATIK

A. KOMPETENSI DASAR
Mahasiswa memiliki pemahaman yang baik tentang mikroorganisme akuatik.

B. INDIKATOR
1. Mahasiswa dapat menjelaskan dengan baik definisi mikroorganisme akuatik.
2. Mahasiswa dapat menyebutkan berbagai kelompok mikroorganisme akuatik.
3. Mahasiswa dapat menjelaskan karakteristik umum masing-masing kelompok mikroorganisme
akuatik.
4. Mahasiswa dapat memberikan contoh spesies dari berbagai kelompok mikroorganisme
akuatik disertai karakteristik serta peran spesies tersebut.

C. LEMBAR KEGIATAN
LK 2. Mikroorganisme Akuatik
Jawablah pertanyaan-pertanyaan berikut ini dengan benar !
1. Apa yang dimaksud dengan mikroorganisme akuatik ?
2. Buatlah mind map tentang kelompok-kelompok mikroorganisme akuatik !
3. Buatlah ikhtisar karakteristik dari kelompok-kelompok utama mikroorganisme akuatik (LK
2.3.)!
4. Buatlah esai mengenai minimal 1 kelompok yang tergolong dalam Domain Bacteria !
5. Buatlah esai mengenai minimal 1 kelompok yang tergolong dalam Domain Archaea !
6. Jelaskan mengenai istilah-istilah berikut ini !
Bdellovibrio
Cyanobacteria
Marine lichens
Methanogen
7. Jelaskan 4 peran fungi di akuatik !
8. Buatlah esai mengenai pengaruh virus bagi lingkungan akuatik!

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 3

 LK 2.3. MIKROORGANISME AKUATIK
BACTERIAD ARCHAEAD PROTISTA FUNGI VIRUS
Struktur (sel)

Bentuk

Ukuran

Sifat/Cara
makan/Nutrisi

Habitat di
perairan

Reproduksi

Contoh

Peran di
perairan

D
= Domain
D. BAHAN BACAAN

MIKROORGANISME AKUATIK

Mikroorganisme akuatik adalah organisme berukuran mikroskopis yang hidup di

lingkungan akuatik. Pengelompokkan mikroorganisme akuatik mengikuti tiga domain pohon
kehidupan. Filogenetik pohon kehidupan ini menunjukkan bahwa tiga domain tersebut berbeda
dari original universal ancestor-nya (Gambar 1). Hypothetical ancestor ini menunjukkan bahwa
kehidupan berkembang ke dua arah utama. Satu arah berevolusi menjadi Bacteria, sedangkan arah
yang lain terbagi lagi menjadi subdivisi Archaea dan Eukarya. Archaea, yang semula dianggap
sebagai kelompok khusus dari bakteri, sebenarnya justru secara filogenetik lebih dekat kepada
Eukarya daripada Bacteria. Bacteria dan Archaea adalah kelompok yang sangat berbeda karena
masing-masing memiliki sejarah evolusinya sendiri. Mereka sama-sama memiliki organisasi sel
yang sederhana, namun memiliki banyak perbedaan yang mendasar (Tabel 1).

Bacteria Archaea Eukarya

Universal Ancestor

Progenotes

Gambar 1. Simplifikasi tiga domain pohon kehidupan. Akar dari pohon kehidupan ini
dihipotesiskan sebagai sebagai universal ancestor yang berevolusi dari kehidupan preseluler
(progenotes) (Munn, 2004).
 Tabel 1. Perbedaan Fitur Seluler Mendasar Tiga Domain Pohon Kehidupan (Munn, 2004)
Properti Bacteria Archaea Eukarya
Struktur sel Prokariotik Prokariotik Eukariotik
Covalently closed circular DNA Ya Ya Tidak
Protein histone pada DNA Tidak Ya Ya
DNA plasmid Ya Ya Jarang
Lipid membran Berikatan dg Ester Berikatan dg Berikatan dg Ester
Ether
Membran penutup nukleus Tidak Tidak Ya
Peptidoglikan pada dinding sel Biasanya Tidak Tidak
Struktur ribosom 70S 70S 80S
(70S di organel)
tRNA inisiator pada sintesis N-formyl Methionine Methionine (N-
protein methionine formyl methionine
di organela)
Sensitivitas elongation factor Tidak Ya Ya
terhadap toksin difteri
Poly A tailing of mRNA Tidak Tidak Ya
RNA polymerase 1 tipe Beberapa tipe 3 tipe
(4 subunit) (8-12 subunit) (12-14 subunit)
Struktur promoter Pribnow box TATA box TATA box
Mensyaratkan faktor trankripsi Tidak Ya Ya
Sensitivitas sintesis protein Ya Tidak Tidak
terhadap chloramphenicol,
streptomycin, kanamycin

I. PROKARIOTIK
Bacteria dan Archaea memiliki banyak kesamaan dalam hal struktur sel (Gambar 2) dan fisiologi
(Tabel 2). Secara umum bentuk sel prokariotik adalah cocci (batang), bacilli (bulat) dan spirilla
(spiral). Ukurannya bervariasi antara 0,1 750 m (marine prokaryotes).

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 1

Gambar 2. Skema struktur sel prokariotik. Hanya sedikit ribosom, inclusion body dan protein
permukaan yang ada. Terdapat variasi struktur amplop dan permukaan di alam (Munn, 2004).

Tabel 2. Kategori nutrisi mikroorganisme

1. BACTERIA
Secara sederhana, domain Bacteria dapat dijabarkan dalam suatu pohon filogenetik yang
menunjukkan kekerabatan melalui sequencing 16S rRNA. Sebagian besar divisi mendiami
habitat laut (Gambar 3). Beberapa kelompok domain Bacteria, dijelaskan dalam modul ini.
Bacteria memiliki karakteristik antara lain membran lipid yang tersusun dari diacyl
glycerol diester, rRNA bacteria dan RNA polymerase yang sederhana.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 2

 Gambar 3. Pohon filogenetik domain Bacteria. Cetak tebal menunjukkan habitat laut
(Munn, 2004).

a. Bakteri Fototrofik Anoksigenik

a) Purple sulfur dan nonsulfur bacteria
Bakteri ini tergolong Proteobacteria fototrofik yang tidak menghasilkan oksigen
selama fotosintesis. Purple phototroph mengandung bacteriochlorophyll sebagai
pigmen fotosintesis yang bersama pigmen carotenoid memberikan warna berbeda
pada bakteri. Purple sulfur bacteria menggunakan H2S atau komponen reduksi
sulfur sebagai sumber reduktan. Sebagian besar (yang tergolong -Proteobacteria
menempati sedimen anaerob di danau dangkal dan mata air bersulfur, kecuali
beberapa tipe seperti Thiocapsa dan Ectothiorhodospira juga dapat ditemukan di
sedimen laut dangkal yang anaerob dan kedalaman yang tinggi kadar H2S nya dan
sinar matahari masih dapat masuk. Sedangkan purple nonsulfur bacteria (- atau -
Proteobacteria) dapat tumbuh secara aerobik dalam kegelapan menggunakan
komponen organik atau H2 sebagai donor elektron. Banyak pula yang mampu
tumbuh secara fotoautotrof menggunakan CO2 dan H2 atau fotoheterotrof
menggunakan komponen organik seperti karbon.
b) Green sulfur bacteria
Kelompok ini memiliki kemiripan metabolisme dengan purple sulfur bacteria
walaupun terpisah secara filogenetik dari Proteobacteria. Namun sulfur dihasilkan
di luar sel bukan di dalam sel granula. Kelompok ini memiliki bacteriochlorophyll c,
d atau e. Pigmen tersebut terdapat dalam chlorosome (struktur ikatan membran).
b. Bakteri Fototrofik Oksigenik Cyanobacteria
Cyanobacteria memiliki kemampuan melakukan fotosintesis aerobik (dan anaerobik)
dengan bantuan chlorophyll bersama dengan phycobilin, Sebelumnya sering
digolongkan sebagai Blue Green Algae. Cyanobacteria menempati habitat luas dari
daratan sampai lautan termasuk wilayah bersuhu ekstrim dan kondisi hypersaline.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 3

 Genera utamanya adalah Synechococcus dan Prochlorococcus yang berkontribusi besar
dalam siklus karbon.
c. Bakteri Nitrifikasi
Bakteri ini tumbuh menggunakan komponen nitrogen anorganik yang tereduksi
sebagai donor elektron. Bakteri ini berada di partikel-pertikel tersuspensi dan di
lapisan atas sedimen termasuk Nitrosomonas dan Nitrosococcus.
d. Kemolitrotof Pengoksidasi Sulfur dan Besi
Thiobacillus, Beggiatoa, Thiothrix dan Thiovulum umumnya aerob, ditemukan di
sedimen laut bagian atas yang kaya sulfur atau hydrothermal vents dan cold seeps baik
hidup bebas atau bersimbiosis. Thioploca dan Thiomargarita adalah genera
kemolitrotof pengoksidasi sulfur berbentuk filamen yang penting dalam oksidasi sulfit
di sedimen anaerob. Bakteri ini dapat hidup secara autotrof maupun miksotrofik
menggunakan molekul organik sebagai sumber karbon.
e. Bakteri Pengoksidasi Hidrogen
Kelompok seperti Aquifex mampu mengoksidasi H2 secara kemoautotrof. Mereka biasa
berasosiasi dengan sedimen dan partikel-partikel tersuspensi dimana konsentrasi
oksigen di bawah 10% adalah kondisi optimal pertumbuhannya.
f. Rickettsia
Gram negatif kecil yang obligat parasit pada sel hewan dan bereplikasi di sitoplasma
sebelum menyebabkan lisis sel inangnya.
g. Spirilla
Bdellovibrio adalah salah satu contohnya, yang memangsa bakteri Gram negatif lainnya.
Bdellovibrio menempel pada mangsanya, mengubur diri dalam dinding sel dan
bereplikasi di periplasmic space menyebabkan lysis sel inang dan melepaskan sampai
30 anakannya.
h. Proteobacteria Pereduksi Sulfur dan Sulfat
Tergolong -Proteobacteria, menggunakan komponen organik atau hydrogen sebagai
donor elektron dan SO42- atau sulfur sebagai akseptor elektron (dissimilatori sulfat).
i. Bakteri Gram positif
Dua cabang bakteri Gram positif yaitu Firmicutes yang unisel dan rendah rasio G+Cnya
sedangkan Actinobacteria memiliki mycelia dan tinggi rasio G+Cnya. Contoh
Firmicutes adalah Bacillus dan Clostridium. Contoh Actinobacteria adalah
Mycobacterium marinum.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 4

 j. Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides (CFB)
Kemoheterotrof aerob atau fakultatif anaerob yang motil dan mampu memproduksi
berbagai enzim ekstrasel yang penting dalam proses degradasi polimer.
k. Spirochaetes
Adalah kelompok Gram negatif dan sangat aktif bergerak karena memiliki flagela
internal yang berputar di dalam periplasmic space. Sebagian besar anaerob dan
ditemukan di sedimen juga pencernaan mikrobiota. Contohnya Cristispira dan
Spirochaeta yang tersebar di habitat lautan.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 5

 2. ARCHAEA
Karakteristik domain Archaea antara lain adalah membran lipid yang tersusun dari
isoprenoid glycerol diether atau diglycerol tetraether, rRNA archaea, dan RNA polymerase
yang kompleks. Pohon filogenetik Archaea membagi 3 filum utama yaitu Euryarchaeota,
Crenarchaeota dan Korarchaeota (Gambar 4).

Gambar 4. Pohon filogenetik domain Archaea. Cetak tebal menunjukkan habitat laut (Munn, 2004)

a. Euryarchaeota
a) Methanogen
Methanogen bersifat mesophilic atau thermophilic, dapat diisolasi dari berbagai
habitat termasuk saluran pencernaan hewan, sedimen anoksik dan material
terdekomposisi. Methanogen melakukan biodegradasi anaerobic material organik
yang menghasilkan methane sebagai produk akhir.
b) Hyperthermophilic Chemoorganothroph Thermococcus dan Pyrococcus
Genera ini banyak ditemukan di hydrothermal vents dengan suhu pertumbuhan
optimum 800 C.
c) Hyperthermophilic sulfate-reducers dan iron-oxidizers Archaeoglobus dan
Ferroglobus
Genera ini tergolong organisme anaerobik yang mengkombinasikan reduksi sulfat
menjadi oksidasi H2 dan komponen organik, yang menghasilkan H2S.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 6

 d) Extreme halophiles
Tumbuh pada konsentrasi NaCL lebih dari 9% bahkan mencapai 35%. Umumnya
ditemukan di danau garam seperti Great Salt Lake, Utah dan Laut Mati.
b. Crenarchaeota
a) Hyperthermophiles Desulfurococcales
Obligat anaerob dengan sel berbentuk coccus dan banyak ditemukan di
hydrothermal vents. .
b) Uncultered psychrophilic marine Crenarchaeota
Selama ini, anggota Crenarchaeota dikenal sebagai extreme thermophiles, namun
kemudian ditemukan anggota lain di akuatik oligotrofik termasuk Antartika dan
laut dalam dengan suhu -20 C.

II. EUKARYOTIK
Tabel 3. Perbedaan sel prokaryotik dan eukaryotik

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 7

Protista dan fungi sama-sama memiliki nukleus yang diikat oleh dua membran nukleus dan
dilanjutkan dengan sistem kanal membran yaitu retikulum endoplasma, serta memiliki organel
yang lain yaitu ribosom dan Golgi apparatus.

Gambar 5. Taksonomi eukaryotic modern (Munn, 2004)

1. PROTISTA
Protista meliputi seluruh organisme eukaryotik yang tidak tergolong kingdom plantae,
animalia maupun fungi.
a. Flagelata nanoplanktonik
Euglenid : flagelata heterotrofik dan mixotrofik berukuran 2-20 m (nanoplankton).
Kelompok ini merupakan grazer bacteria yang sangat efisien karena kemampuannya
berenang. Pemangsanya adalah Protista yang lebih besar (ciliata dan dinoflagelata).
Beberapa mampu diisolasi di laboratorium. Contoh kelompok ini : Paraphysomonas dan
Ochromonas
Kinetoplastid : Bodo yang selnya oval panjangnya 4-10 m
Choanoflagelata dengan flagellum tunggal yang membawa aliran air melalui filamen
cincin mirip tentakel di sekeliling sel bagian atas; memiliki feeding cells yang juga
ditemukan pada sponge.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 8

 b. Dinoflagelata
Sebagian besar anggotanya hidup di laut. Karakteristik utamanya adalah dua flagela,
transversal dan longitudinal, yang memungkinkannya bergerak berputar saat berenang.
Selain itu alveoli adalah karakteristik unik dinoflagelata lainnya. Genera Dinophysis,
Protopteridium, Gymnodinium dan filum Pyrrophyta adalah beberapa contoh
dinoflagelata.
c. Ciliata
Klasifikasinya terutama berdasarkan susunan cilia yang ditemukan minimal pada satu
fase siklus hidupnya. Contohnya tintinnid yang memproduksi lorica (cangkang protein,
polisakarida dan partikel-partikel di air). Fungsinya penting dalam microbial loop
karena kemampuannya mencerna bacteria dan Protista kecil lainnya juga sebagai
makanan bagi zooplankton dan Protista yang lebih besar.
d. Diatom
Anggotanya paling banyak tersebar di akuatik tawar maupun laut. Karakteristik
utamanya adalah selnya ditutupi oleh dua lempeng silica membentuk serupa struktur
gelas/kaca. Diatom sering mengalami blooming musiman. Beberapa diantaranya
beracun bahkan menyebabkan kematian pada mamalia dan burung-burung laut.
e. Coccolithophorids
Coccolithophorids adalah anggota kelompok alga Haptophyta (komponen utama
fitoplankton). Coccolithophorids merupakan flagelata unisel yang biasanya
mengandung haptonema (flagella tipis). Akumulasi plat coccolithophorids di lautan
akan membentuk sedimen dan batuan di lautan, contohnya Emiliana huxleyi.
f. Radiolaria dan foraminifera
Umumnya berada di lautan dengan karakteristik bentuk tubuh amoeboid;
menggunakan pseudopodia untuk pergerakan dan makan; ukurannya relative besar
bahkan sampai beberapa sentimeter. Radiolaria mendepositkan silica sedangkan
foraminifera mendepositkan kalsium karbonat di dasar akuatik.
2. FUNGI
Fungi sebagian besar mendiami daratan dan akuatik tawar. Namun demikian mereka dapat
tumbuh di lautan. Fungi bersifat heterotrofik dan umumnya saprofitik yang berperan dalam
dekomposisi material organik kompleks di lingkungan. Fungi yang hidup di laut umumnya
berasosiasi dengan dekomposisi material tumbuhan (kayu yang membusuk, daun dan rumput
intertidal). Fungi juga banyak ditemukan berasosiasi dengan mangrove dan tumbuhan
intertidal, dan potensial sebagai sumber enzim dan farmasi. Yeast (fungi unisel) ternyata
cenderung semakin sulit diisolasi jika ditemukan di akuatik yang semakin dalam. Ascomycetes

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 9

 (ex. Candida, Saccharomyces, Pichia) lebih sering ditemukan di akuatik dangkal, sedangkan
Basidiomycetes umumnya di akuatik dalam. Marine yeast potensial digunakan sebagai pakan
menggantikan pakan hidup serta sebagai suplemen probiotik. Beberapa fungi juga bersifat
patogen pada berbagai organisme seperti rumput laut, akar mangrove, crustacea, karang,
mollusca dan ikan, namun sangat sedikit investigasi mengenai hal ini.

VIRUS
Virus adalah partikel kecil, antara 20-200 nm, yang mengandung asam nukleat (DNA atau RNA)
dan dilapisi tudung protein (capsid berbentu pentagonal atau haxagonal icosahedral). Virus tidak
mampu melakukan metabolisme dan pertumbuhan sendiri serta bereplikasi sebagai obligat parasit
intrasel dengan mengambil alih biosintesis sel inang (Gambar 6).
Informasi tentang infeksi virus akuatik pada organisme prokariotik berawal dari studi tentang
virus laut yang menginfeksi bakteri (bacteriophage) dan phage yang menginfeksi Cyanobacteria
semacam Synechoccus yang disebut cyanophage. Studi penghitungan phage menggunakan metode
yang memungkinkan terbentuknya plaque pada medium plate agar saat fase lytic virus. Namun,
metode ini tidak berrkembang karena kurang dari 1% prokariotik di akuatik yang bisa dikultur.
Phage sebenarnya memiliki peran yang penting pada jejaring makanan di lautan.

Gambar 6. Infeksi bacteriophage (Munn, 2004)

Pengamatan virus di akuatik, yang tidak membutuhkan infeksi pada inang yang dapat dikultur,
umumnya dilakukan dengan bantuan epifluorescence light microscopy ELM dan transmission
electron microscopy TEM. Namun, struktur yang diamati akan disebut virus-like particles VLP
(Gambar 7) sampai terbukti mampu menginfeksi dan menyebabkan kematian pada inang yang
tepat.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 10

Gambar 7. Virus-like particles yang menginfeksi bakteri di laut. (a) mature phage di dalam sel
inang sebelum lysis; (b) VLP bebas (Munn, 2004).

Virus ternyata berpengaruh pada populasi bakteri di akuatik dan sedimen. Kontrol populasi
mikroalga penyebab harmful algal blooms HAB melalui infeksi virus juga menjadi pokok kajian
pengendalian red tides atau brown tides. Selain itu, secara mengejutkan virus juga mampu
mempengaruhi proses-proses cuaca secara global.

REFERENSI
Hogg, S. 2005. Essential Microbiology. John Wiley & Sons Ltd.
Munn, C.B. 2004. Marine Microbiology: Ecology and Applications. BIOS Scientific Publishers.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 11

 LINGKUNGAN HIDUP
MIKROORGANISME AKUATIK

A. KOMPETENSI DASAR
Mahasiswa memiliki pemahaman yang baik tentang lingkungan hidup mikroorganisme akuatik.

B. INDIKATOR
1. Mahasiswa dapat menjelaskan faktor-faktor lingkungan yang diperlukan bagi kehidupan
berbagai mikroorganisme akuatik.
2. Mahasiswa dapat memberikan salah satu contoh mikroorganisme akuatik (terutama yang
sering ditemukan di lingkungan akuakultur) dan menjelaskan lingkungan hidup yang
dibutuhkannya.

C. LEMBAR KEGIATAN
LK 3. TUGAS PRESENTASI KELOMPOK
Tiap kelompok harus membuat penelusuran tentang Suatu Mikroorganisme Perairan yang
menjadi Topik Penelitian Terkini/Menarik/Bermanfaat. Tiap kelompok harus mempresentasikan
dengan format power point hasil penelusurannya di depan kelas (7-10 menit termasuk tanya
jawab). Kelompok lain menanggapi dan memberi penilaian. Kelompok terbaik akan mendapatkan
HADIAH.

D. BAHAN BACAAN

LINGKUNGAN HIDUP MIKROBA PERAIRAN

CAHAYA
Penetrasi cahaya tergantung pada :
Kedalaman (10-100 m)
Kekeruhan (pertumbuhan alga)
Bagi sebagian bakteri fotoautotrof (chlorobacteria dan purple bacteria) dan cyanobacteria, cahaya
memberi energi dengan mereduksi CO2. Organisme anaerob menggunakan H 2S atau komponen
organik sebagai donor hidrogen, namun masih memiliki cahaya yang cukup untuk keseimbangan
asimilasinya. Bakteri fotoautotrof mengalami blooming walau dengan cahaya dalam jumlah sedikit
(purple sulphur bacteria 50 lux; chlorobacteria 5 lux).

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 12

Cahaya UV atau cahaya tampak berefek merusak (terutama bagi bakteri tidak berpigmen). Cahaya
biru (366-436 nm) dapat menghambat oksidasi nitrit oleh Nitrobacter winogradsky pada batas
bawah penghambatan 200-300 lux. Nitrobacter mati pada 54.000 lux selama 4 jam; Nitrosomonas
24 jam. Resting sel Micrococcus denitrificans berkurang drastis pada 58.000 lux. Peningkatan
radiasi matahari juga dapat merusak asam amino dan Survival Rate bakteri.
Bakteri berpigmen karotenoid umumnya tahan terhadap cahaya tampak (misal bakteri udara
Sarcina aurantiaca, Micrococcus). Blastocladiella emersonii dan Saprolegnia ferax (fungi) terhambat
pertumbuhannya oleh cahaya biru hijau. Pengaruh penghambatan oleh cahaya lebih besar terjadi
di perairan jernih daripada perairan keruh

SUHU
Suhu merupakan limiting factor bagi semua mikroorganisme (Tabel 1). Suhu berpengaruh pada
laju pertumbuhan, kebutuhan nutrisi, komposisi enzimatik dan kimiawi sel.

Tabel 1. Penggolongan mikroorganisme berdasarkan kebutuhan suhu

Mikroorganisme Minimum (0C) Optimum (0C) Maksimum (0C)

Psychrophil/cryophil -10 sampai 5 10 sampai 20 13 sampai 25

Mesophil 10 sampai 15 30 sampai 40 30 sampai 50

Thermophil 25 sampai 45 50 sampai 75 75 sampai 100

Suhu dipengaruhi juga oleh faktor lain, seperti suplai nutrien, salinitas, dan pH. Makin dalam
perairan, suhu akan makin rendah bakteri psychrophilik melimpah di sedimen (5-10 x bakteri
mesofilik pada kedalaman 1.500 m). Bakteri psychrophilic Vibrio marinus, generation time 80,7
menit pada 150C, 226 menit pada 30C. Bakteri mesofilik dan fungi melimpah pada daerah hangat.
Bakteri termofilik thermal spring atau hydrothermal vent. Sulfolobus acidocaldarius bekembang
di hot sulphur spring 65-930C, optimum pada 750C. Bakteri hipertemofilik mendapat energi dengan
mereduksi sulfur dengan hidrogen (e.g. Thermococcus dan Phyrococcus).

Suhu melebihi toleransi maksimum menyebabkan kematian karena sitoplasma rusak. Suhu kurang
dari kisaran minimum jarang mematikan hanya penundaan metabolisme. Namun suhu beku
dapat mematikan bakteri, cyanobacteria dan fungi (mungkin karena pembentukan kristal es pada
sel fungi, hilangnya vakuola bakteri). Kecepatan pembekuan berpengaruh pada Survival Rate
karena adanya kenaikan tekanan osmotik pada suspensi. Kematian karena pemanasan tiba-tiba

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 13

tidak menyebabkan penurunan jumlah bakteri secara signifikan. Reaksi biologis meningkat dengan
peningkatan suhu. Laju reaksi kimia meningkat dua kali lipat tiap peningkatan suhu 10 0C.
Suhu mendekati minimum atau maksimum perubahan morfologi (e.g. E. coli memproduksi sel
berfilamen pada 70C; Agrobacterium luteum tumbuh optimal pada 250C, berfilamen pada 300C)
Kenaikan suhu berpengaruh pada peningkatan aktivitas metabolisme, penurunan waktu generasi
(Tabel 2), peningkatan efek toksik dan autolysis.

Tabel 2. Hubungan suhu dan waktu generasi mikroorganisme

Suhu (0C) Waktu generasi (jam)

0 18,4

6 7

12 2,71

25 0,773

30 0,695

TEKANAN
Tiap kenaikan 10 m kedalaman, tekanan hidrostatik naik 1 atm. Palung di Pasific tekanannya
mencapai 1.100 atm. Expedisi Galathea menemukan banyak bakteri di kedalaman > 10.000 m.
Sejumlah 104-106 organisme/g basah ditemukan di dasar palung Filipina.
Mikroorganisme yang tidak dapat tumbuh dengan baik pada tekanan atmosfer disebut barofilik
(barotoleran vs barofobik). Bakteri barofilik di laut dalam umumnya juga bersifat psycrophilic (3-
50C), karena mikrorganisme tersebut sangat beradaptasi dengan habitat ini; berbeda dengan
bakteri permukaan air. Bakteri barofilik cenderung tumbuh lambat (e.g reduksi sulfat oleh bakteri
di Palung Sunda pada 700 atm, 50C terjadi setelah 10 bulan). Bakteri barofilik bahkan tidah tumbuh
sama sekali pada tekanan 1 atm, 50C. Bakteri ini bertahan dari dekompresi ke tekanan 1 atm. E. coli
juga mampu bertahan pada tekanan mendadak 1.000 atm tanpa kerusakan sel, namun mati setelah
beberapa jam. Bakteri yang sensitif terhadap tekanan akan mengalami perubahan morfologi pada
tekanan yang sangat tinggi (e.g. Serratia marcescens yang optimal di tekanan atm berbentuk batang
pendek motil, tumbuh sangat lambat pada tekanan 600 atm, kehilangan motilitas, memiliki filamen
sepanjang maksimal 100 m; bakteri luminescence Photobacterium fischeri menghasilkan cahaya
yang dipengaruhi oleh tekanan dan suhu yang optimal).

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 14

KEKERUHAN
Kekeruhan berpengaruh bagi mikroorganisme. Penyebabnya adalah seston yaitu total material
hidup dan mati yang tersuspensi dalam air sebagai pembentuk sedimen. Komponen seston :
Partikel daratan yang terbawa ke perairan
Detritus (material organik dan anorganik)
Plankton
Seston berperan sebagai substrat bagi banyak mikroorganisme. Komponen organik juga menjadi
makanan. Material terlarut juga melindungi mikroorganisme dari pengaruh buruk cahaya
(mempengaruhi distribusi mikroorganisme). Kekeruhan juga mempengaruhi mikroflora perairan
(kemampuan menempel pada substrat). Perairan keruh dihuni lebih banyak mikroorganisme.
Penghuni utama adalah bakteri saprofitik.

pH
Bakteri umumnya dapat tumbuh pada pH 4-9.
Bakteri Asidofilik (bakteri yang menyukai kondisi asam) :
Thiobacillus thiooxydans dan T. ferrooxydans toleran pada pH 1
Sulfolobus acidocaldarius di hot sulphur spring dengan pH 1,6-3
Bakteri Alkalifilik pH 10-10,6
Bakteri Alkalitoleran pH 7,3-10,6
Bakteri akuatik tumbuh optimal pada pH 6,5-8,5
Fungi cenderung asidofilik daripada bakteri, namun ada juga yang dapat tumbuh pada kisaran pH
lebar. Fungi air tawar lebih menyukai pH asam daripada fungi air laut. Alga coklat Desmerestia
viridis juga cenderung asidofilik akibat tingginya konsentrasi asam sulfat dalam sel alga. Perubahan
fisiologi dan morfologi dapat terjadi akibat perubahan pH (e.g. bentuk batang menjadi lebar tak
beraturan, bengkak dan bercabang).

SALINITAS
Kisaran salinitas (konsentrasi NaCl) menentukan komunitas hidup di perairan. Halofilik vs
halofobik vs halotoleran vs osmofilik e.g. Bacillus salt tolerant.
Perbedaan salinitas dari kisaran optimum menyebabkan :
waktu generasi pada semua bakteri dan fungi lebih lama
perubahan morfologi (memanjang dan berfilamen; sel mampu tumbuh tapi tidak dapat
membelah) dan fisiologi (luminous bacteria kehilangan luminescence-nya, bahkan permanen
akhirnya selnya lisis akibat pengenceran air laut oleh air tawar)

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 15

Mikroorganisme dapat bertahan pada perbedaan derajat salinitas melalui serangkaian adaptasi,
misalnya Desulfovibrio strain air tawar dapat tumbuh di air laut (atau sebaliknya), Oomycota
(kerabat dekat Saprolegniales) umumnya obligat mikroorganisme laut, namun Saprolegnia justru
dapat tumbuh dan bereproduksi pada salinitas lebih rendah (payau), Ascomycota dan
Deuteromycota air tawar maupun laut memiliki kisaran salinitas lebih lebar daripada Oomycota.

SUBSTANSI ANORGANIK
NaCl, NH3, NO2, NO3 dan PO4 merupakan nutrien yang menjadi faktor pembatas karena berkaitan
dengan ketersediaan cahaya matahari. NH3, NO2 berperan sebagai suplai energi bakteri nitrifikasi.
Oksigen yang berikatan dengan NO3 digunakan oleh bakteri denitrifikasi pada kondisi anaerob
untuk mengoksidasi material organik. Substansi anorganik lain juga penting walau dalam jumlah
sedikit, seperti sulphur dan SO4 (desulfurikasi), besi dan cobalt (materi penting enzim).
Logam berat justru sering menyebabkan racun walau hanya pada konsentrasi rendah.
Pengaruhnya :
sebagai bakterisida
membunuh mikroorganisme (e.g. Cu dan Hg)
merubah ukuran dan bentuk sel (e.g. Ni pada Arthrobacter marinus batang 2 x 4 m menjadi
bulat berdiameter 10-15 m karena plasmolisis)
CN mengikat Fe, membloking cytochrome oxidase sehingga menghasilkan racun respirasi bagi
tumbuhan dan hewan. Sebagai makanan mikroorganisme heterotrofik juga sebagai activating dan
inhibiting factor. Material organik dapat berupa partikel maupun terlarut. Umumnya
kandungannya rendah (maksimum 100 mg/L). Material organik terlarut dapat terdiri dari
karbohidrat, protein dan lemak. Komponen-komponen tersebut biasa diasimilasi di air atau
permukaan sedimen. Ada 2 macam mikroorganisme berdasarkan parameter pertumbuhannya :
Mikroorganisme yang mampu tumbuh (beradaptasi) dengan konsentrasi nutrien rendah (e.g.
di perairan oligotrofik)
Mikroorganisme yang mampu beradaptasi dan tumbuh dengan konsentrasi nutrien tinggi (e.g.
di perairan eutrofik dan sedimen)
Komposisi material organik mempengaruhi populasi mikroba tertentu :
Perairan kaya protein didominasi bakteri proteolitik (pendegradasi protein menggunakan
enzim protease)
Perairan kaya selulosa didominasi bakteri dan fungi pendegradasi selulosa
Substansi aktif termasuk vitamin, enzim dan antibiotik. VITAMIN tidak dapat disintesis oleh
mayoritas alga laut, bakteri maupun fungi sehingga disuplai dari organisme lain. B1 (thiamin), B12
(cobalamin), biotin, riboflavin, asam pantotenat, asam nikotin dan asam folat. Vitamin diperlukan

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 16

terutama bagi marine diatom. Pseudomonas, Aeromonas, Vibrio, Bacillus dan Micrococcus mampu
mensintesis vit B12. Serratia marinorubra mampu mensintesis biotin. ENZIM dapat diproduksi oleh
alga dan berbagai mikroorganisme. Fosfatase, sakarase dan amilase dideteksi di perairan kaya
plankton yang dilepaskan setelah plankton2 itu mati. Aktivitas ekstraseluler enzim juga dideteksi
berbanding lurus dengan jumlah bakteri dan produksi bakteri. Ekstraselular enzim berperan
penting dalam degradasi substansi organik.
ANTIBIOTIK diproduksi oleh alga terutama saat blooming fitoplankton karena jika fitoplankton
melimpah umumnya bakteri saprofit sedikit. Antibiotik yang diproduksi alga tsb kemungkinan
menghambat pertumbuhan dan respirasi bakteri saprofitik dan bakteri gram positif (bakteri gram
negatif lebih resisten). Asam akrilik dan polifenol adalah antibiotik yang dihasilkan alga dan
menghambat degradasi substansi organik. Bakteri dapat menghasilkan antibiotik (e.g. Cellvibrio
menyebabkan perubahan morfologi dan lisis bagi cyanobacteria). Cyanobacteria juga menghasilkan
toksin yang dapat membunuh ikan (e.g. Aphanizomenon flos-aquae panghasil endotoksin,
Trichodesmium). Racun cyanobacteria seperti cyclic polypeptides dan alkaloids.

REFERENSI
Rheinheimer, G. 1992. Aquatic Microbiology. 4th ed. (Chapter 5). John Wiley & Sons.

Modul Mikrobiologi Akuatik_EH 2017 17