EKOLOGI MIKROORGANISME

HASIL PERAIRAN
 Ekologi mikroorganisme

ilmu tentang hubungan mikroorganisme dengan

mikroorganisme lainnya dan lingkungannya

Dasar ekologi mikroorganisme Simbiosis

Hubungan (asosiasi) dua atau lebih

spesies yang berbeda

interaksi mikroorganisme
 Sel

Populasi
Perubahan kimia
Guilds yang signifikan
dalam lingkungan

Komunitas

Interaksi dengan yang lain

dan dengan lingkungan fisik

Fungsi Ekosistem
Komunitas 1 Komunitas 2
Photic zone: Oxic zone:
Oxygenic phototroph Aerob dan fakultatif aerob
6CO2+6H2O C6H12O6 + 6O2
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O

Sedimen

Komunitas 3
Anoxic zone: Fermentatif dan anaerob yang lain
1. Guild 1: bakteri methanogenik dan bakteri homoacetogenik
2. Guild 2: bakteri pereduksi sulfat dan bakteri pereduksi sulfur
3. Guild 3: bakteri denitrifikasi dan bakteri pereduksi ferric iron
4. Guild 4: bakteri fermentatif (fermentatif gula, asam amino dan lemak dsb)
Photic zone: Oxygenic phototroph “backbone” dari
semua ecosystems
Pada zone yang cahaya matahari tidak sampai dan
fotosintesis tidak dapat dilakukan, mikroba
chemosynthetic yang menyediakan energi dan karbon
untuk organisme lain
Mikroba yang lain decomposers, kemampuan
untuk recycle nutrients dari produk limbah organisme
lain. Mkroba ini akan memainkan peran pentng dalam
biogeochemical cycles. Misalnya: nitrogen cycle,
phosphorus cycle and the carbon cycle semua
tergantung pada mikroorganisme
Contoh: nitrogen 78% of the planet's atmosphere
is "indigestible" for most organisms, dan aliran nitrogen
kedalam biosphere tergantung pada microbial process
yang disebut fixation.
 Satu populasi : positif atau negatif

Interaksi

Dua populasi/lebih

1. Sinergisme
2. Mutualisme (simbiosis)

3. Antagonisme
4. Komensalisme
1. Sinergisme (protocooperation)
 Kedua populasi saling
menguntungkan tetapi hubungan
tidak obligat
 Kedua populasi dapat hidup sendiri,
tetapi hubungan akan memberikan
beberapa keuntungan yang saling
berbalas
 Contoh: Sintesis suatu produk
dimana populasi lain dapat
menjalankan sendiri,
mis: kelengkapan suatu pathway.
Tipe sinergisme
syntrophy
2. Mutualisme (Simbiosis)
 Hubungan obligat, saling menguntungkan
 sangat spesifik dan tidak dapat diganti
dengan partner yang lain
 Membutuhkan kedekatan secara fisika
 Contoh:
a) Lichen : Asosiasi alga (alga hijau) atau
cyanobacteria dengan fungi (ascomycetes)
b) Endosimbion protozoa: Asosiasi Paramecium
(amuba) dengan Chlorella (alga hijau)

Green Paramecium bursaria,

a ciliate, shows the individual
cells of Chlorella.
 c) Simbiosis alga dengan animal
- zooxanthellae (golden-brown color) :
corals, anemon, beberapa molusca dan
sponge, yang paling banyak dengan
dinoflagellata

Simbiosis: alga menyediakan energi kimia untuk inangnya, sedangkan

inang menyediakan ‘essential nutrients’ untuk alga dari makanan
yang dimakannya. Energi kimia tersebut Sebagai bahan bakar untuk
pembentukan kerangka massa calcium carbonate oleh coral dan
bentuk fisika batu kapur ini untuk reef-nya sendiri.
 - zoochlorelae (green color) :sponge, coelenterata dan
flatworm

Flatworm (Dalyellia viridis) Body of Hydra viridis showing

zoochlorellae

- zoozyanellae (blue-green color) : cyanobacteria dengan

beberapa moluska

Prochloron

Ascidian, symbiont of Prochloron (cyanobacteria)

3. Amensalisme (Antagonisme)
Satu populasi substansi inhibitor untuk
populasi lain
Populasi penghasil inhibitor tidak terpengaruh
dan ia mendapatkan untung dari suatu
kompetitif
Contoh: Produksi O2 oleh
alga menghambat
pertumbuhan anaerob

Yellow-brown patches of small algae on a shallow soft

bottom. On sunny days, the bottom living microalgae
can produce so much oxygen that bubbles form.
4. Komensalisme
Mikroorganisme (commensal) untung, sedangkan
inangnya tidak dirugikan dan tidak diuntungkan
Sering mikroorganisme membagi makanannya
dengan inang
Produk limbah dari satu mikroorganisme sebagai
substrat bagi yang lain; satu mikroorganisme
merubah lingkungan menjadi lebih baik bagi
mikroorganisme lain
Contoh:
• Bakteri E coli nonpatogen yang hidup dalam usus
manusia
• Nitrifikasi : membutuhkan aktivitas dua spesies yang
berbeda; satu mengoksidasi amonia menjadi nitrit, dan
yang lain mengoksidasi nitrit menjadi nitrat
 METODOLOGI EKOLOGI MIKROBIAL
Ekologi mikrobial fokus studi:
– Biodiversitas, meliputi isolasi, identifikasi dan
kuantifikasi mikroorganisme dalam beragam habitat
– Aktifitas mikrobial, apa yang dilakukan
mikroorganisme terebut dalam habitatnya

Metode untuk mengaksesnya

Metode enrichment dan isolasi

Metode pewarnaan sel secara spesifik dan nonspesifik
Metode isolasi dan karakterisasi gen
Pengukuran aktifitas mikroorganisme in situ (lingkungan alami)
Ekologi mikroorganisme perairan

Habitat perairan

Habitat: lokasi fisik dari organisme atau

populasi organisme

Lingkungan meliputi: habitat fisik dengan

perubahan komponennya baik komponen
biologi, kimia dan interaksi
Habitat perairan :
1) Freshwater (sungai, danau, rawa dan kolam)

Komunitas mikroorganismenya tergantung

pada kondisi fisika dan kimianya
Contoh: suhu, kandungan bahan organik ,
O2, kedalaman, arus, dll
2) Ocean/lautan 71% permukaan bumi

Komunitas mikroorganismenya tergantung

pada kondisi fisika dan kimianya
Contoh: permukaan laut vs laut dalam
episiombion vs endosimbion
FAKTOR FISIKA DAN KIMIA LINGKUNGAN LAUT

1. Sifat air laut

 pH alkalin : 7,5 – 8,4
 Salinitas: 34 – 37 ‰
 Mengandung ± 80 unsur (padat, gas dan bahan
organik terlarut)
 Komponen ionik yang terbesar: Na (55% w/v), Cl
(31%), S (8%), Mg (4%), Ca (1%) dan K (1%)
 Komponen ionik yang kecil: bikarbonat, bromida,
borat dan strantium (± 1% dalam air laut)
 Beberapa trace element : nitrat, phospat, silikat
dan besi (± 0,01%) penting dalam
pertumbuhan mikroba laut
2) Radiasi matahari dan suhu
cahaya diabsorb oleh mikroorganisme (yang
berfotosintesis) photic zone
(kedalaman 100-150 m)
Radiasi matahari menunjukkan stratifikasi
suhu air laut. Misalnya pencahayaan terus
menerus: suhu permukaan 25-30oC
3. Sedimen
 didasar laut (75%)
 mengandung pecahan batu dan debris dari
binatang
 kedalamannya bervariasi wilayah
geografis
 ukurannya ada 2 yaitu: ‘sand’ (Ф partikel > 62
µm) dan ‘mud’ (Ф partikel < 62 µm, dominan,
50%)
 asal sand dan mud
1) biogenous (derivat organisme)
2) hydrogenous (reaksi kimia anorganik)
3) lithogenous (erosi bebatuan)