BAHAN AJAR I: MATA KULIAH

BAKTERIOLOGI
Oleh: Prof. Dr. Dirayah Rauf Husain, DEA.

Mata Kuliah : Bakteriologi

Kode Mata Kuliah/SKS : 18H0
Semester : Awal
Program Studi : Biologi
Mata Kuliah Prasyarat : Mikrobiologi Umum
Dosen Penanggung Jawab : Prof. Dr. Dirayah R. Husain, DEA.
Tim Dosen : 1. Dr. Nur Haedar, Msi.
2. Dr. Zaraswati Dwiyana, Msi.
3. Dr. Fachrudin, Msi.
Mahasiswa mampu memahami, mengembangkan dan
Capaian Pembelajaran menerapkan pengetahuan dan ketrampilan mengkaji Bakteri
:
Mata kuliah terkait peranan dan pemanfaatannya dalam berbagai aspek
kehidupan
Mata kuliah ini membahas tentang batasan dan prinsip dasar
dalam penglompokan bakteri, Archaebacteria, Struktur sel
Bakteria, Pertumbuhan dan Reproduksi Bakteria, Difrensiasi
: Kuliah
Deskripsi Mata dan Mekanisme Pertahanan Bakteri, Metabolisme Bakteria,
DNA dan Ekspressi gen pada Bakteria, Identifikasi dan
Karakterisasi bakteria, Peran dan keterlibatan bakteri dalam
berbagai bidang industri dan lingkungan.

1. PENDAHULUAN
a) Garis Besar Materi Pokok Bahasan I:

Pokok bahasan pertama ini terkait pada pengelompokan utama bakteri berdasarkan habitat
dan perilakunya pada berbagai lingkungan fisik dan kimiawinya serta keterkaitannya dengan
organisme lain sebagai habitatnya.

b) Subcapaian Pembelajaran MK

Mahasiswa mampu mendiskripsikan batasan dan prinsip dasar dalam pengelompokan bakteri
dan menerapkannya dalam pengelompokan bakteri.

1
 c) Perilaku Awal:

Mahasiswa mampu membedakan kelompok bakteri berdasarkan lingkungan hidup dan

peranannya pada lingkungan terkait.

d) Manfaat Pokok Bahasan:

Setelah mahasiswa mengikuti dan memahami materi bahasan ini maka mampu membedakan
dan menguraikan dasar pengelompokan bakteri dan peranannya yang terkait.

e) Urutan Pembahasan:
Pendahuluan secara berurutan akan meliputi:

- Definisi dan batasan Bakteri

- Kepentingan mempelajari Bakteri
- Klasifikasi dan Nomenklatur Bakteri
- Distribusi dan Habitat Bakteri

f) Petunjuk Belajar:

Pada materi bahasan pertama ini sebagai pemahaman awal pada mata kuliah ini adalah
mahasiswa memahami tentang Batasan dan kepentingan mempelajari Bakteri. Selanjutnya
melakukan klasifikasi dan pengelompokan berdasarkan karakter yang telah diuraikan untuk
menemukenali peranan bakteri terkait.

2. PENYAJIAN MATERI BAHASAN

a. Uraian Materi bahasan
I. Pendahuluan

1.1. Batasan bakteri

Pertanyaan sering muncul adalah terkait mikroorganisme renik adalah Apa itu dan
dimana saja Bakteri dapat ditemukan ?
Bakteri merupakan organisme kecil, yang dapat ditemukan hampir disemua tempat.
Keberadaannya dapat ditemukan pada tempat tertentu seperti pada luka yang infeksi,
makanan yang rusak (daging atau susu), namun oragnisme tersebut sering terabaikan karena
ukurannya yang sangat kecil, berupa organisme uniselluler yang autonome. Berdasarkan tipe
selnya, bakteri termasuk organisme Prokariot karena bahan herediternya/kromosom tersebar
dalam sitoplasma sel oleh ketiadaan membran nukleus.

2
3
 Perbedaan utama antara sel Prokariot dan Eukariot tercantum dalam Tabel 1.
Tabel 1.1. Perbedaan utama antara sel Prokariot dan Eukariot

Sel Eukariot Sel Prokariot

- Kromosomnya terkemas didalam suatu - Tidak memiliki membran nucleus,

kantong yang dikelilingi membran
ganda yang disebut membran nucleus
- Kromosomnya berupa suatu struktur
yang kompleks. DNAnya diasosiasi-
kan sebagai protein yang disebut
histon
- Sel-sel membela secara mitosis dan
meosis
- Dinding sel bila ada strukturnya dapat
berupa sellulosa atau kitin, tidak
pernah ditemukan peptidoglikan
- Memiliki mitokhondria, kloroplas
pada sel-sel yang berfotosintesa
- Ribosomnya ada 2 tipe: besar terdapat
dalam pitoplasma, sedang yang kecil
dalam mitokondria
- Bila memiliki plagelle strukturnya
kompleks
sehingga kromosom berkontak
langsung dengan sitoplasma dan
disebut nukleoid
- Struktur kromosom relatif sederhana,
terdapat DNA ekstra kromosoman
pada bakteri disebut plasmid
- Pembelahan sel tidak melibatkan
mitosis maupun meosis
- Dinding sel bila ada terdiri dari
peptidoglikan, tidak pernah memiliki
sellulosa atau kitin
- Tidak pernah memiliki mitokhondria
atau kloroplas
- Ribosomnya memiliki ukuran yang
sama
- Bila memiliki plagella strukturnya
sederhana

1.2. Kenapa mempelajari bakteri ?

Salah satu alasan utama dan umum mengapa kita mempelajari bakteri adalah untuk
melawan atau memberantas penyakit. karena diketahui dialah penyebabnya. Bakteri banyak
menyebabkan penyakit meskipun banyak juga diantaranya yang bermanfaat dalam industri
obat-obatan atau menguntungkan manusia. Pencegahan dan pengobatan berbagai penyakit
umumnya didasarkan dari hasil usaha para bakteriolog sebagai dokter, dokter hewan dan
petani. Bakteri antara lain bermanfaat untuk produksi antibiotika, enzim yang memiliki
kapasitas biodegradasi ataukah bersifat insektisida, dan peranannya yang lain dalam produksi
pertanian.

4
Gambar 1.1. Percabangan evolusi organisme

Bakteri dapat digolongkan dalam dua kelompok Prokariot yaitu Archaebacteria dan
Eubacteria.

5
 Perbedaan Eubacteria dengan Archaebacteria tersebut didasarkan pada evolusi,
karakter biokimia dan kemampuan adaptasi pada kondisi tertentu.
Misalnya semua bakteri yang menghasilkan metana dengan mereduksi gas carbon adalah tergolong
Archaebacteria. Sebaliknya semua jenis bakteri yang dapat melakukan fotosintesa oleh adanya
pigmen serupa klorofil (chlorophyllian) atau yang memiliki struktur kimia yang dekat dengan
chlorofil tanaman hijau daun adalah tergolong Eubacteria. Dari kesamaan terhadap bahan
herediternya dapat diamati pada Table 1.2.

1.3. Klasifikasi dan Nomenklatur Bakteri

Bagaimana dapat membedakan tipe bakteri yang satu dan lainnya dan bagaimana pula
mengkalasifikasinya?
Bakteri dapat dibedakan misalnya berdasarkan pada:
 Bentuk
 Ukuran
 Struktur
 Aktifitas kimiawi
 Kebutuhan akan elemen nutritif
 Bentuk energi yang digunakan
 Kondisi fisik untuk pertumbuhan
 Reaksinya terhadap pewarna tertentu (Gram, …..)

6
7
Karakteristik Eubacteria Archaea Eukaryotes

Nucleus No No Yes: membrane-bound

Nucleosomes/histones No Yes Yes

Operons/polycistronic
Yes Yes No
mRNAs

Introns No No Yes

8
 TATA Box binding protein No Yes Yes

Yes: mitochondria,
Organelles No No lysosomes, endoplasmic
reticulum etc.

Chromosomes One Circular One Circular More than one

More than one

RNA polymerase One (simple) More than one (complex)
(complex)

N-formyl
Protein initiator amino acid Methionine Methionine
methionine

Protein synthesis sensitivity

Insensitive Sensitive Sensitive
to diphtheria toxin

Peptidoglycan Yes No No

 initiation factors
 ribosomal proteins
Protein synthesis  elongation factors
of Archaea are more similar to those of eukaryotes than
Eubacteria

Tabel 1.2. Kesamaan antara Archaebacteria, Eubacteria dan Eukaryote

Berbagai karakter tersebut dapat saja dengan mudah dianalisis atau diverifikasi meskipun
dalam suatu laboratorium sederhana. Semuanya itu secara umum digunakan untuk
mengklasifikasi (dan mengidentifikasi) bakteri. Seperti halnya regnum biologis lainnya,
bakteri juga memiliki Katagori hirarki – famili, Genera, Spesies. Bahwa spesies yang
cenderung sama atau serupa ditempatkan dalam suatu genus, dan genus memperlihatkan
kesamaan tertentu, dikelompokkan dalam suatu famili yang sama. Sedang satu spesies dapat
saja dijadikan subdivisi dalam 2 strain atau lebih. Bahwa hal itu menyangkut akan organisme
yang sama namun memiliki/memperlihatkan sedikit perbedaan anatara keduanya. Pada
umumnya anggota dari suatu familia bakteri akan memiliki struktur yang similar,
menggunakan bentuk energi yang sama, terpengaruhi atau memiliki pengaruh yang sama
pada pewarna tertentu.
Dalam suatu famili, spesies akan dikelompokkan dalam genera didasarkan pada:
 Aktifitas kimiawi

9
  Kebutuhan nutritif
 Kondisi pertumbuhan
 Bentuk dan ukuran sel dan koloni
Seperti halnya hewan dan tumbuhan, setiap spesies bakteri memiliki nama latin yang
terdiri dari dua kata (Binomial). Binome ini terdiri dari nama genus dan nama spesies (ephitet
spesies).
Misalnya: Escherichia coli sistim penulisannya dicetak dalam huruf miring atau
digaris bawahi, nama genus dimulai dengan huruf besar dan nama spesies dimulai dengan
huruf kecil.
- Nama genus dapat saja disingkat bilamana telah digunakan berkali-kali dalam teks
yang sama, misalnya Escherichia coli ditulidalam bentuk E. coli
- Nama famili dan ordo bakteri tidak ditulis dengan garis miring tetapi ditulis dengan
huruf besar saja pada awalnya.
- Nama famili berakhiran –aceae : Enterobacteriacea
- Nama ordo berakhiran –ales : Actinomycetales
- Nomenkalatur bakteri ditentukan oleh beberapa aturan yang dikumpulkan oleh
International Commetee On Systematic Bacteriology. Keuntungan dari suatu system
standar international adalah bersifat pasti dan relatif umum dapat digunakan. Terdapat
beberapa penulis dalam literature mengabaikan aturan oleh karena ketidak setujuannya pada
aturan atau perubahan yang dilakukan.

Karakteristik Gram-positive Gram-negative

Thickness of wall thick (20-80 nm) thin (10 nm)

Number of layers 1 2

Peptidoglycan (murein) content >50% 10-20%

Teichoic acids in wall present absent

Lipid and lipoprotein content 0-3% 58%

Protein content 0 9%

Lipopolysaccharide content 0 13%

10
 Sensitivity to Penicillin G yes no (1)

Sensitivity to lysozyme yes no (2)

Table 1.3. Korelasi Pengecatan Gram dengan karakterteristik bakteri

(1) A few Gram-negative bacteria are sensitive to natural penicillins. Many Gram-
negative bacteria are sensitive to some type of penicillin, especially semisynthetic
penicillins. Gram-negative bacteria, including E. coli, can be made sensitive to natural
penicillin by procedures that disrupt the permeability characteristics of the
outermembrane.
(2) Gram-negative bacteria are sensitive to lysozyme if pretreated by some procedure that
removes the outer membrane and exposes the peptidoglycan directly to the enzyme.

1.4. Distribusi dan bentuk kehidupan bakteri

Lingkungan atau miliu adalah suatu penyusun dari ekosistim. Lingkungan atau
miliu/media adalah sejumlah kondisi luar yang mempengaruhi suatu mikroorganisme atau
sekelompok mikroorganisme. Miliu natural (lingkungan alami) apakah itu tanah, danau,
sungai, lautan daerah kedalaman dibawah tanah atau biotop lainnya, memiliki sejumlah
karakteristik umum. Organisme yang hidup di tempat seperti itu memiliki dua peranan utama:
- Sintesa bahan organic baru dengan menggunakan CO2 dan senyawa organic selama
terjadinya proses dari produksi primer
- Dekomposisi dari senyawa organic yang terakumulasi tersebut.

11
 Distribusi dan habitat bakteria di permukaan bumi yang hidup bebas dan atau
sebagai simbion
Bakteri dan Mycetes chimioheterotrop merupakan decomposer utama material
organic. Sejak ditemukannya daerah hydrothermal (1977) yang dapat menghasilkan sulfur
hydrogen (H2S) pada laut dalam maka anggapan bahwa Cyanobakteria dan algae yang
berperan sebagai produsen primer menjadi diragukan. Setelah ditemukan ppopulasi besar Sri
Tubicola /Tubiphora dan kerang raksasa pada daerah hydrothermal. Pada tempat tersebut
ditemukan bakteri chimiolitho autotrof asal karbon organic yang dibutuhkan oleh organisme
besar tadi.
Bakteri yang ditemukan pada daerah tersebut termasuk dalam genus:
- Thiobaccillus
- Thiomicrospira
- Thiothrix
- Beggiatoa

12
 Mikroorganisme tersebut berperanan penting dalam fiksasi dari carbon yang dapat
digunakan oleh organisme konsumen.
Suatu rantai makanan lain yang pula ditemukan, dimana melibatkan pada tahap
pertama mikroorganisme pemfiksasi metana yang mensuplai bahan organic untuk organisme
konsumen. Bakteri yang mampu menggunakan metana (Methylotrophe) adalah merupakan
simbion intraselluler dari jenis bivalvia di daerah hidrotermal. Bakteri tersebut bergerombol
dibagian bronchi pada sel epitel dari jenis bivalvia tersebut. Kondisi tersebut ditemukan pada
daerah teluk Mexico dekat pantai Origon AS.
Pada tahun 1990, hal yang sama ditemukan juga pada sumber air panas hidrotermal
dari air tawar di dasar teluk Baikal yang merupakan teluk paling tua berumur 25 juta tahun
dan merupakan teluk paling dalam dan paling besar volumenya, terletak di sebelah timur
Rusia. Pada tempat tersebut ditemukan adanya lapisan bakteri yang berwarna putih tepat pada
bagian tengah atau pusat dari sumber air panas tersebut yang terperaturnya sangat tinggi.
Lapisan bakteri ini berakhir pada bagian tepi dari daerah sumber air panas, dimana suhunya
jauh lebih rendah ditemukan adanya hewan lain seperti; Spons, Gastropoda dan organisme
lain. Mikroorganisme terutama kimioheterotrop yang menggunakan sejumlah besar karbon
organic yang dibuat oleh produsen primer.
Proses dekomposisi dari bahan-bahan organic dengan membebaskan senyawa
anorganik lebih sederhana disebut mineralisasi.

b. Pembahasan:
Setelah pemaparan materi bahasan tersebut di atas mahasiswa diberi kesempatan
bertanya atau membentuk kelompok diskusi atau kegiatan brain storming dengan tetap berada
dalam kendali atau pengawasan fasilitator untuk tetap berfungsinya expert judments sebagai
nara sumber dari sudut pandang kecakapan dan filosofi keilmuan terkait.

c. Penelitian:
Fasilitator menguraikan berbagai contoh penelitian yang telah dan sedang serta
prospective dari berbagai bakteri yang telah diisolasi dan yang sedang dalam rencana
kegiatan penelitian dari berbagai dosen dalam lingkup laboratorium sendiri maupun peneliti
terkait secara nasional maupun internasional. Demikian pula mahasiswa dapat megutarakan
hal-hal terkait yang diperoleh dan diketahuinya.

13
 d. Penerapan:
Fasilitator menguraikan tentang Penghiliran/penerapan dari berbagai jenis bakteri
yang telah berhasil diisolasi oleh sumber daya manusia Prodi Biologi maupun yang lainnya
baik dalam bentuk kegiatan mandiri maupun kerjasama antar dan interdisiplin ilmu.
Pemberian contoh jenis bakteri dan produk yang dihasikannya dapat diuraikan secara umum.
Demikianpula mahasiswa dapat megutarakan hal terkait yang diketahuinya.

e. Latihan:
Mahasiswa di dalam kelas melakukan kegiatan berupa menuliskan beberapa
kelompok dan jenis bakteri yang berperan dan terlibat dalam berbagai aspek kehidupan
manusia, hewan dan tumbuhan serta bakteri yang hidup bebas di alam.

f. Tugas Mandiri:
Dapat diberikan dalam bentuk mahasiswa menambahkan dengan mencari tambahan
materi terkait materi bahasan ini tentang kelompok dan jenis bakteri yang berperan dan
terlibat dalam berbagai aspek kehidupan manusia, hewan dan tumbuhan. Begitupula
distribusinya di alam yang dilengkapi dengan gambar jenis bakteri dalam bentuk berwarna.

3. PENUTUP
a. Rangkuman
Fasilitator merangkum materi kuliah ini dengan memberikan esensi dari materi
bahasan dan keterhubungannya dengan materi bahasan sebelumnya dan berikutnya.

b. Tes Formatif:

Fasilitator memberikan tes formatif untuk mengetahui tingkat penguasaan

pengetahuan yang diperoleh mahasiswa pada materi bahasan ini dengan memberikan
pertanyaan antara lain sebagai berikut:

a. Perbedaan antara bakteri dengan organisme lain berdasarkan struktur selnya.

b. Perbedaan cara hidup dari bakteri dengan organisme lainnya.
c. Mengapa bakteri tergolong organisme Prokariot.

c. Umpan Balik:

14
 Mahasiswa dapat mengajukan hal tentang kondisi yang dialami dan
diharapkannya untuk memahami materi bahasan terkait.

4. DAFTAR PUSTAKA

1. Introduction To Bacteria, 1992. Second edition. Paul Singleton. Jhon Willey and Sons, Inc.
New York.

2. Biology of Microorganisms, 2012. Thirteenth edition, Edited by T.D. Brock. Pearson

3. Microbiology: Principle and Explorations, 1999. Edited by. Black, Jacquelin, G. Prentice –
Hall, Inc. Yew Jersey.

4. Microbiology, 2005. 5th edition. By. Prescott, L.M., Jhon P. Harley; Donald A. Klein. Mc.
Graw Hill.

5. Molecular Cell Biology, 2004. Fifth Edition. By Harvey Lodish (Massachusetts Institute of
Technology) Arnold Berk (U. of California, Los Angeles) Paul Matsudaira (Massachusetts
Institute of Technology) Chris A. Kaiser (Massachusetts Institute of Technology) Monty
Krieger (Massachusetts Institute of Technology) Matthew P. Scott (Stanford U.) Lawrence
Zipursky (U. of California, Los Angeles) James Darnell (Rockefeller U.) 979 pp.

6. Bebagai Publikasi ilmiah terkait penelitian bakteri.

15