Ia meninggal karena penyakit paru-paru dan cacar di pedalaman sungai Barito, Kalimantan
Tengah. Kerangkanya dipindahkan ke Banjarmasin dan dimakamkan kembali di Taman Makam
Perang Banjar Banjarmasin Utara, Banjarmasin. Perjuangan beliau dilanjutkan oleh puteranya
Sultan Muhammad Seman dan mangkubumi Panembahan Muda (Pangeran Muhammad Said)
serta cucunya Pangeran Perbatasari (Sultan Muda) dan Ratu Zaleha.
Pada 14 Maret 1862, beliau dinobatkan sebagai pimpinan pemerintahan tertinggi di Kesultanan
Banjar (Sultan Banjar) dengan menyandang gelar Panembahan Amiruddin Khalifatul Mukminin
dihadapan para kepala suku Dayak dan adipati (gubernur) penguasa wilayah Dusun Atas, Kapuas
dan Kahayan yaitu Tumenggung Surapati/Tumenggung Yang Pati Jaya Raja.
Setelah Sultan Hidayatullah ditipu belanda dengan terlebih dahulu menyandera Ratu Siti (Ibunda
Pangeran Hidayatullah) dan kemudian diasingkan ke Cianjur, maka perjuangan rakyat Banjar
dilanjutkan pula oleh Pangeran Antasari. Sebagai salah satu pemimpin rakyat yang penuh
dedikasi maupun sebagai sepupu dari pewaris kesultanan Banjar. Untuk mengokohkan
kedudukannya sebagai pemimpin perjuangan umat Islam tertinggi di Banjar bagian utara (Muara
Teweh dan sekitarnya), maka pada tanggal 14 Maret 1862, bertepatan dengan 13 Ramadhan
1278 Hijriah, dimulai dengan seruan:
Hidup untuk Allah dan Mati untuk Allah!"
Seluruh rakyat, pejuang-pejuang, para alim ulama dan bangsawan-bangsawan Banjar; dengan
suara bulat mengangkat Pangeran Antasari menjadi "Panembahan Amiruddin Khalifatul
Mukminin", yaitu pemimpin pemerintahan, panglima perang dan pemuka agama tertinggi.[6]
Tidak ada alasan lagi bagi Pangeran Antasari untuk berhenti berjuang, ia harus menerima
kedudukan yang dipercayakan oleh Pangeran Hidayatullah kepadanya dan bertekad
melaksanakan tugasnya dengan rasa tanggung jawab sepenuhnya kepada Allah dan rakyat.
Pertempuran yang berkecamuk makin sengit antara pasukan Khalifatul Mukminin dengan
pasukan Belanda, berlangsung terus di berbagai medan. Pasukan Belanda yang ditopang oleh
bala bantuan dari Batavia dan persenjataan modern, akhirnya berhasil mendesak terus pasukan
Khalifah. Dan akhirnya Khalifah memindahkan pusat benteng pertahanannya di Muara Teweh.
Berkali-kali Belanda membujuk Pangeran Antasari untuk menyerah, namun beliau tetap pada
pendirinnya. Ini tergambar pada suratnya yang ditujukan untuk Letnan Kolonel Gustave
Verspijck di Banjarmasin tertanggal 20 Juli 1861.
....Dengan tegas kami terangkan kepada tuan: Kami tidak setuju terhadap usul minta ampun dan
kami berjuang terus menuntut hak pusaka (kemerdekaan)
Dalam peperangan, belanda pernah menawarkan hadiah kepada siapa pun yang mampu
menangkap dan membunuh Pangeran Antasari dengan imbalan 10.000 gulden. Namun sampai
perang selesai tidak seorangpun mau menerima tawaran ini. Setelah berjuang di tengah-tengah
rakyat, Pangeran Antasari kemudian wafat di tengah-tengah pasukannya tanpa pernah menyerah,
tertangkap, apalagi tertipu oleh bujuk rayu Belanda pada tanggal 11 Oktober 1862 di Tanah
Kampung Bayan Begok, Sampirang, dalam usia lebih kurang 75 tahun. Menjelang wafatnya,
beliau terkena sakit paru-paru dan cacar yang dideritanya setelah terjadinya pertempuran di
bawah kaki Bukit Bagantung, Tundakan.
Setelah terkubur selama lebih kurang 91 tahun di daerah hulu sungai Barito, atas keinginan
rakyat Banjar dan persetujuan keluarga, pada tanggal 11 November 1958 dilakukan
pengangkatan kerangka Pangeran Antasari. Yang masih utuh adalah tulang tengkorak,
tempurung lutut dan beberapa helai rambut. Kemudian kerangka ini dimakamkan kembali
Komplek Pemakaman Pahlawan Perang Banjar, Kelurahan Surgi Mufti, Banjarmasin.
Jika Pangeran Antasari selalu menekankan bahwa "Haram Menyerah" kepada musuh, maka
semestinya ini bisa kita jadikan pencerahan untuk diri kita. Bisa saja kita menyemangati diri kita
dengan semangat "Haram Menyerah" kepada kemiskinan, ketidak adilan atau apa saja yang
hendak kita capai! Terkadang dengan kata semangat dan keingin dari diri sendiri, bukan mustahil
ini bisa menjadi penambah kekuatan untuk diri kita dalam menggapai apa yang kita inginkan-
dalam arti tujuan yang mulia tentunya!!!
Pangeran Antasari telah dianugerahi gelar sebagai Pahlawan Nasional dan Kemerdekaan oleh
pemerintah Republik Indonesia berdasarkan SK No. 06/TK/1968 di Jakarta, tertanggal 23 Maret
1968. Nama Antasari diabadikan pada Korem 101/Antasari dan julukan untuk Kalimantan
Selatan yaitu Bumi Antasari. Kemudian untuk lebih mengenalkan P. Antasari kepada masyarakat
nasional, Pemerintah melalui Bank Indonesia (BI) telah mencetak dan mengabadikan nama dan
gambar Pangeran Antasari dalam uang kertas nominal Rp 2.000.