METABOLISME

SEKUNDER
MIKROORGANISME

Marlia Singgih Wibowo

School of Pharmacy ITB
Pertanyaan tentang
Metabolisme sekunder
 Apa bedanya dengan metabolisme primer?
 Apa karakteristik metabolit sekunder?
 Apa manfaat metabolit sekunder bagi
mikroorganisme? Dan apa manfaatnya bagi
manusia?
 Bagaimana jalur biosintesis metabolit
sekunder?
 Bagaimana memanipulasi biosintesis
metabolit sekunder?
Metabolit sekunder dikelompokkan
berdasarkan :

 Struktur kimianya (misalnya : golongan

senyawa nitrogen siklik, senyawa beta-
laktam, dll.)
 Jenis produsennya (misalnya : mikotoksin,
bakteriotoksin, dll.)
 Aktivitasnya (antibiotik, imunosupresan, dll.)
Jalur biosintesis metabolit sekunder
 Jalur biosintesis sederhana, dengan 1 produk
P (sebagai produk akhir)

A B C P

Kadar P merupakan feedback inhibition

 Jalur biosintesis bercabang, baik produk P1 dan
P2 masing-masing atau bersama-sama
mempengaruhi perubahan C menjadi D dan E

D P1
A B C

E P2
 Jalur biosintesis bercabang, dengan multivalen
feedback. Baik produk P1 dan P2 bersama-sama
mempengaruhi perubahan A menjadi B, dan secara
masing-masing mempengaruhi perubahan C menjadi D
dan E
D P1
A B C

E P2
Keragaman dalam metabolisme
sekunder
 Lebih dari 50 keragaman dapat terjadi dari
satu senyawa induk yang diproduksi oleh
suatu mikroorganisme
 Senyawa yang semula diduga satu ternyata
dapat merupakan campuran beberapa
senyawa yang sangat berdekatan
strukturnya, mungkin hanya berbeda satu
atau lebih gugus rantai sampingnya, dll.
 Contoh : antrakinon (anthraquinone) dapat
dibuat dari endokrosin (endocrocin)
 Me
Viocristin Me O OH
OH OH O

MeO Me
H O O
OH
OH
Isoviocristin

Rubrocristin
Kelompok senyawa khusus dan senyawa
antara dalam metabolisme sekunder
 Dalam metabolisme sekunder, sejumlah
gugus fungsi kimia, senyawa antara dan
beberapa senyawa khusus terbentuk di luar
jalur metabolisme primer (tidak terbentuk
pada jalur metabolisme primer)
 Oleh karena itu metabolisme sekunder tidak
seluruhnya menggambarkan gabungan unit2
struktur dari metabolisme primer
Metabolit sekunder dengan ikatan Klor
dan Brom
 Klor (Cl) atau Brom (Br) terikat secara
kovalen
 Contoh : Kloramfenikol, Griseofulvin, Klor-
tetrasiklin, pirolnitrin, dan lain-lain
 Untuk mempelajari biosintesisnya, digunakan
Klorin radioaktif yang ditambahkan ke dalam
medium pertumbuhan mikroorganisme
penghasil metabolit tersebut, selanjutnya
metabolit bertanda dapat dianalisis
Senyawa-senyawa yang mengandung
nitrogen tak lazim
 Beberapa senyawa metabolit sekunder
mengandung gugus nitrogen yang tidak
lazim, misalnya nitro, nitroso, siano, diazo,
nitrilo, isonitrilo, gugus asam hidroksamat,
dan lain-lain
 Contoh : Azaserin, alazopeptin, borrelidin,
toyocamisin, alanosin, xantosilin, isonitrin A,
ferioksamin, dll.
Senyawa-senyawa yang mengandung
Fosfor
 Senyawa penting yang mengandung fosfor dalam
metabolisme primer misalnya ester2 asam fosfat,
sedangkan pada metabolisme sekunder yang lebih
berperan adalah senyawa fosfor seperti fosfonat,
fosfinat, fosfonamidat
 Contoh : Fosfonomisin, plumbemisin B, fosforamidon
 Namun metabolit sekunder yg mengandung fosfor ini
jumlahnya sedikit, kemungkinan disebabkan karena
senyawa ester asam fosfat mudah terurai sehingga
sukar dideteksi
Senyawa Organometal
 Senyawa metabolit sekunder yang
mengandung logam, kebanyakan senyawa
kompleks Fe (iron)
 Contoh ferioksamin, ferikrosin, coprogen,
ferroverdin (dengan fe bivalen), ferimisin A,
dll.
 Logam lain misalnya magnesium
(magnesidin), tembaga (bleomisin, pleomisin)
Metabolit sekunder lain
 Yang mengandung Boron : boromisin,
aplasmomisin
 Yang mengandung asam amino yang tidak
lazim : alanosin, azaserin, asam
diaminosuksinat, Rhizobitoksin, dll
Fungsi metabolit sekunder
 Derailed Primary Metabolism
 Biochemical Appendices
 Waste products, shaving from an imperfectly
functioning intermediate metabolism
 Product of detoxification mechanisms
 Results of an inhibited growth
 A Playing field of biochemical evolution
Sistem biologi suatu mikroorganisme memiliki 5
level penting dalam perkembangannya :
 Metabolisme intermediate
 Regulasi metabolisme intermediate
 Transport substrat dan metabolit
 Diferensiasi
 Morfogenesis

Pada tahap2 inilah metabolit sekunder dapat dibentuk

Klasifikasi metabolit sekunder berdasarkan
senyawa asal dan komponen struktur
Sugars Asam nukleat,
polisakarida, Turunan dari gula :
glikosida glikosida,
Glikolisis Siklus P-P oligosakarida,
aminoglikosida
Jalur
Fosfoenolpiruvat asam
sikimat aa aromatik
aa yg tak lazim,
Protein oligopeptida,
alkaloid
aa alifatik
Piruvat
Asetil CoA Malonil CoA Poliketida
Asam lemak
Siklus TCA Asetoasetil CoA
Isoprenoid
Skualen
Jalur metabolisme sekunder pada fungi
Monosakarida
Gula alkohol,
disakarida,
Aa aromatik Energi polisakarida
cadangan
Metabolit sekunder Senyawa 3 C
Metabolit sekunder

Metabolit sekunder Piruvat

Karotenoid,
Malonil CoA Asetil CoA Mevalonat sterol, met.2nd

Asam
Siklus TCA Asam organik,
lemak
asam amino
Metaboilit
sekunder
Energi
POLIKETIDA
 Merupakan senyawa poli (asam β-keto)
 Subunit poliketida dapat berupa :
-CH2CO- asetat
-CHMeCO- propionat
-CHEtCO- butirat
 Jika terjadi reaksi reduksi pada saat
perpanjangan rantai asetat, maka akan
terbentuk asam lemak
 Cara perpanjangan rantai asetat :

XS-CO-R & CH2-CO2-COSX

XSH + R-CO-CH2-COSX + CO2

Variasi poliketida yang mungkin
terjadi
 Variasi 1 : sejumlah unit berikatan membentuk suatu
rantai yg terdiri dari 4 unit atau lebih. Paling besar :
19 unit
 Variasi 2 : terjadi reduksi pada rantai, membentuk
asam lemak, lalu dapat terjadi siklisasi
 Variasi 3 : terjadi dehidrasi pada rantai yg tereduksi,
lalu terjadi aromatisasi
 Variasi 4 : masuknya unit lain selain asetat, misalnya
propionat atau butirat
 Variasi 5 : terjadi siklisasi, melalui pembentukan
lakton
 Variasi 6 : penambahan gugus fungsi Oksigen
 Variasi 7 : penambahan gugus C-metil dan O-metil
 Variasi 8 : modifikasi rantai berlanjut, misalnya
dekarboksilasi pada ujung karboksi
 Variasi 9 : penambahan atom Cl atau Br
 Variasi 10 : Kombinasi dengan moiety poliketida lain
 Variasi 11 : terjadi dimerisasi
ASAM AMINO sebagai struktur inti
 Metabolit sekunder poliketida biasanya
berwarna, sedangkan yang mengandung
asam amino biasanya tidak berwarna
 Beberapa memiliki sifat antibiotik
 Pengelompokan :
 asam amino yg tak lazim
 transformasi dari satu asam amino
 sintesis dari beberapa asam amino
 sintesis non-ribosom
 ikatan dengan polipeptida lain
 Biosintesis penisilin dan sefalosporin
L-α-aminoadipic acid L-cysteine
L-valine
3 prekursor asam
δ-(L-α-aminoadipyl)-L-cystein amino:

δ-(L-α-aminoadipyl)-L-cystein-D-valine
L-valine, L-cystein,
L-α-aminoadipat
Siklisasi 2 tahap

Isopenicilin N
C.Acremoneum, Streptomyces sp. Penicillium chrysogenum

Penicilin N Penicilin G

Deacetoxycephalosporin C

Deacetylcephalosporin C

Cephalosporin C
Regulasi biosintesis penisilin oleh L-lysine
pada Penicillium chrysogenum
α-ketoglutarat + asetil CoA

Homositrat

Feedback α-ketoadipat
inhibition

α-aminoadipat

Adenil AA-semialdehid L-AA-cys-val

Saccharopine Isopenisilin N
Prekursor
L-lysine Penisilin G