BIOTEKNOLOGI TANAMAN OBAT

REKAYASA PROTEIN DAN REKAYASA METABOLIK

PADA TUMBUHAN

Disusun Oleh:

Nuzula Hidayatun Nufus

1711015120016

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETHAUAN ALAM
UNIVERSITAS LAMBUNG MANGKURAT
BANJARBARU
2019
 ISI

I. REKAYASA PROTEIN
1. Protein
Protein adalah molekul penyusun tubuh kita yang terbesar setelah air. Hal ini mengindikasikan
pentingnya protein dalam menopang seluruh proses kehidupan dalam tubuh. Dalam kenyataannya,
memang kode genetik yang tersimpan dalam rantaian DNA digunakan untuk membuat protein,
kapan, dimana dan seberapa banyak. Protein berfungsi sebagai penyimpan dan pengantar seperti
hemoglobin yang memberikan warna merah pada sel darah merah kita, bertugas mengikat oksigen
dan membawanya ke bagian tubuh yang memerlukan. Selain itu juga menjadi penyusun tubuh,
"dari ujung rambut sampai ujung kaki", misalnya keratin di rambut yang banyak mengandung
asam amino Cysteine sehingga menyebabkan bau yang khas bila rambut terbakar karena
banyaknya kandungan atom sulfur di dalamnya, sampai kepada protein-protein penyusun otot kita
seperti actin, myosin, tinin, dsb. Pada tahun 1973, Herbert Boyer dari University of California di
San Fransisco dan Stanley Cohen dari Stanford University berhasil mengembangkan teknologi
DNA rekombinan yang menandai revolusi bioteknologi. Dengan teknik ini, protein yang
diinginkan dapat diproduksi dalam kuantitas besar. Insulin untuk penderita diabetes adalah protein
pertama yang secara komersial diproduksi dengan teknik ini oleh Genentech, Inc. Lima tahun
kemudian, 1978, Michael Smith, dari University of Britisch Columbia-Canada, berhasil
mengembangkan teknik site-directed mutagenesis (SDM) yang memungkinkan perubahan asam
amino penyusun suatu protein pada posisi yang diinginkan. Atas jasanya itu, Smith menerima
hadiah Nobel Kimia bersama penemu polymerase chain reaction (PCR).

2. Sintesis Protein
Sintesis protein adalah penyusunan amini pada rantai polipeptida. Dalam proses tersebut
melibatkan DNA (Tinin “T”,Adenin “A”, Sitosin “C”, Guanin “G”) dan RNA (Urasil”U”, Adenin
“A”, Sitosin “C”, Guanin “G”). proses sintesis protein terbagi atas transkripsi dan translasi.
a. Transkripsi
Transkripsi adalah bagian pertama dalam proses sintesis protein. Ini terjadi dalam inti sel, di
mana asam deoksiribonukleat (DNA) bertempat di kromosom. DNA adalah struktur heliks ganda.
Dari dua untai paralel, satu bertindak sebagai template untuk menghasilkan mRNA. Sebagai
langkah inisiasi transkripsi, RNA polimerase mengikat dirinya ke situs tertentu (daerah promoter)
di salah satu untai DNA yang akan bertindak sebagai template. Setelah keterikatannya dengan
untai cetakan DNA, enzim polimerase mensintesis polimer mRNA di bawah arahan template DNA.
mRNA untai terus memanjang sampai polimerase mencapai ‘wilayah terminator’ dalam template
DNA. Dengan demikian, transkripsi DNA mencakup tiga langkah: inisiasi, elongasi dan terminasi.
mRNA Yang baru ditranskripsi dilepaskan oleh enzim polimerase, yang kemudian bermigrasi ke
sitoplasma untuk menyelesaikan proses sintesis protein
b. Translasi
Translasi adalah pemindahan informasi genetik dari RNA dan membentuk protein yang sesuai.
Bagian utama kedua dari proses ini adalah terjemahan. Bertentangan dengan transkripsi yang
terjadi dalam inti. Bagian ini dimulai segera setelah mRNA ditranskripsi memasuki sitoplasma.
Ribosom hadir dalam sitoplasma segera melekat pada mRNA pada situs tertentu, yang disebut
kodon start. Hasil tRNA amino juga mengikat pada untai mRNA. Fase ini disebut inisiasi. Ketika
ribosom bergerak sepanjang untai mRNA, amino asil tRNA membawa asam amino satu per satu.
Tahap ini tertentu disebut elongasi. Tahap terminasi, ribosom membaca kodon terakhir dari untai
mRNA. Dengan ini, berakhir bagian terjemahan dan rantai polipeptida dilepaskan. Tepatnya bicara,
dalam terjemahan, ribosom dan tRNA menempel pada mRNA, yang membaca informasi ini kode
dalam rantai tersebut. Dengan demikian sintesis protein dari urutan asam amino tertentu terjadi.
Secara keseluruhan, proses sintesis protein melibatkan transkripsi DNA untuk mRNA, yang
kemudian diterjemahkan menjadi protein.

3. Pengertian Rekayasa Protein

Rekayasa protein adalah desain enzim-enzim atau protein-protein baru dengan fungsi yang
baru atau diinginkan. Hal tersebut didasarkan pada penggunakan teknologi rekombinan DNA
untuk mengubah urutan asam amino. Dewasa ini, menggunakan perkembangan di teknologi
rekombinan DNA dan teknik skrining yang dilakukan secara teliti, metode rekayasa protein dan
aplikasinya telah menjadi sesuatu yang penting dan tersebar luas (Turanli & Alkim, 2012).
Rekayasi protein adalah proses mengembangkan enzim-enzim baru atau protein lainnya
dengan fungsi baru atau yang diinginkan. Rekayasi protein dan evolusi terarah adalah teknologi
mutakhir untuk menyelidiki hubungan fungsi urutan protein. Metode-metode ini telah digunakan
untuk melakukan rekayasa pada protein tanaman dan protein eksogen yang secara heterolog
dilakukan pada tanaman. Rekayasa protein adalah proses dimana peneliti memodifikasi urutan
protein melalui substitusi, insersi, atau delesi nukleotida dalam menyandi gen, dengan tujuan
mendapatkan protein termodifikasi yang lebih cocok untuk aplikasi khusus atau tujuan daripada
protein yang belum atau tidak dimodifikasi. Rekayasa protein adalah memutasikan gen suatu
protein yang ada sebagai usaha untuk mengubah fungsinya dengan cara yang bisa diperkirakan,
dari rancangan protein, yang mempunyai tujuan lebih ambisius untuk merancang de novo suatu
protein untuk memenuhi fungsi yang diinginkan (Turanli & Alkim, 2012).

4. Metode
Terdapat tiga strategi dan pendekatan dalam penelitian rekayasa protein yaitu:
a. Desain de novo: desain dan konstruksi protein yang baru seutuhnya
b. Desain rasional: berdasarkan perubahan-perubahan yang telah direncanakan dalam gen
protein
c. Evolusi terarah: berdasarkan mutagenesis acak atau rekombinasi gen dan pemilihan varian
terbaik.
Berikut adalah metode-metode yang dilakukan:
a. Site-directed mutagenesis
Dewasa ini, banyak metode rekayasa protein yang berbeda-beda, hal ini dikarenakan
perkembangan sains biologi yang cepat, lebih spesifiknya, teknologi rekombinan DNA. Metode
paling klasik dalam rekayasa protein adalah yang sering disebut dengan pendekatan “desain
rasional” yangmana termasuk “mutagenesis yang ditujukan pada situs” dari protein. Mutagenesis
terarah pada situs memungkinkan pengenalan asam amino spesifik ke dalam gen target. Ada dua
metode umum untuk mutagenesis terarah pada situs. Salah satunya disebut "ekstensi tumpeng
tindih". Metode ini melibatkan dua pasangan primer, di mana satu primer dari setiap pasangan
primer berisi kodon mutan dengan urutan yang tidak cocok. Keempat primer ini digunakan dalam
pertama reaksi rantai polimerase (PCR), di mana dua PCR berlangsung, dan dua untai ganda
Produk DNA diperoleh. Setelah denaturasi dan anil, dua heterodupleks terbentuk, dan setiap untai
heteroduplex melibatkan kodon mutagenik yang diinginkan. DNA polimerase kemudian
digunakan untuk mengisi ujung 3 'dan 5' yang tumpang tindih dari setiap heteroduplex dan PCR
kedua terjadi menggunakan set primer yang tidak dimutasi untuk memperkuat DNA mutagenik.
Metode mutagenesis terarah-tempat lainnya disebut “seluruh plasmid tunggal PCR ” (Turanli &
Alkim, 2012).
Mutagenesis saturasi situs menargetkan satu atau beberapa kodon spesifik dari urutan gen dan
memperkenalkan semua kemungkinan penggantian asam amino di thosesites. Metode ini biasanya
PCR berdasarkan, tetapi bukannya mengandalkan kesalahan polimerase, mutasi diperkenalkan
menggunakan primer mengandung ketidakcocokan nukleotida pada target situs. Biasanya,
genangan primer dengan hal yang sama situs pengikatan digunakan, dengan setiap pengkodean
primer individu satu substitusi asam amino spesifik. Keuntungan menggunakan mutagenesis
saturasi situs adalah bahwa sejumlah kecil situs dalam gen bisa tepat ditargetkan, dan untuk situs-
situs ini, semua amino mungkin substitusi asam dapat disampel (Engqvist & Rabe, 2019).
b. Error-Prone PCR
Error Prone PCR (PCR Rawan Kesalahan) bergantung pada mutasi acak di seluruh urutan
DNA yang diamplifikasi melalui kesalahan-kesalahan DNA polimerase. Tingkat kesalahan dalam
metode ini dapat ditingkatkan menggunakan mutan polimerase spesifik atau dengan
memperkenalkan konsentrasi rendah MnCl2 ke dalam reaksi PCR. Error prone PCR dapat
digunakan untuk menguji efeknya mutasi di seluruh urutan gen. Akibatnya, varian yang
ditingkatkan diidentifikasi dari pustaka error prone PCR kemudian sering membawa mutasi pada
posisi yang tidak terduga. Selanjutnya jumlah pengganti asam amino diambil sampelnya pada
posisi tertentu urutan dibatasi oleh ketidakmampuan untuk memperkenalkan mutasi acak
bersamaan di lebih dari satu basis dalam urutan kodon tiga-dasar. Perbaikan pada metode asli,
seperti urutan mutagenesis saturasi, alamat beberapa keterbatasan ini (Engqvist & Rabe, 2019).
c. Chimeragenesis
Chimeragenesis mencakup pembuatan sekuens protein baru (Chimera) melalui bagian-bagian
gabungan dari urutan asam amino berasal dari protein homolog. Pendekatan ini dapat berhasil
dalam menggabungkan sifat-sifat yang diinginkan dari dua atau lebih induk protein, tetapi juga
untuk menghasilkan protein dengan sifat tidak ditemukan di salah satu induknya. Desain rasional
adalah pendekatan yang efektif ketika struktur dan mekanisme protein bunga sudah terkenal
(Engqvist & Rabe, 2019).
d. Saturasi Mutagenesis
Teknik sederhana dan umum untuk mutagenesis acak adalah "saturasi mutagenesis”. Ini
melibatkan penggantian asam amino tunggal dalam protein dengan masing-masing asam amino
alami, dan menyediakan semua kemungkinan variasi di situs itu. "Terlokalisasi atau mutagenesis
acak spesifik wilayah” adalah teknik lain yang merupakan kombinasi dari pendekatan rasional dan
acak dari rekayasa protein. Ini termasuk simultan penggantian beberapa residu asam amino di
wilayah tertentu, untuk mendapatkan protein dengan yang baru kekhususan. Teknik ini juga
menggunakan ekstensi tumpang tindih, dan seluruh plasmid, mutagenesis PCR putaran tunggal,
seperti dalam kasus mutagenesis terarah-situs (Engqvist & Rabe, 2019).
e. Peptidomimetika
Metode penting lain yang menemukan aplikasi dalam rekayasa protein adalah
"Peptidomimetika". Ini melibatkan meniru atau memblokir aktivitas enzim atau alami peptida pada
desain dan sintesis analog peptida yang stabil secara metabolik. Peptidomimetik adalah
pendekatan penting untuk kimiawi bioorganik dan medis (Engqvist & Rabe, 2019).
f. Sistem Evolusi Protein In Vitro
"Sistem evolusi protein in vitro" juga merupakan metode penting dalam rekayasa protein.
Mereka didasarkan pada prinsip evolusi gen secara hierarkis. Disarankan itu gen modern
dikembangkan dari unit genetik kecil berdasarkan hierarki dan kombinatorial proses. Contohnya
adalah MolCraft, sebuah mikrog berevolusi dalam silico yang kemudian secara bersamaan
dipolimerisasi, termasuk penyisipan atau penghapusan mutasi pada persimpangan antara
microgene unit (Engqvist & Rabe, 2019).
g. DNA Shuffling
Dalam metode pergantian DNA, sebuah kelompok gen dengan DNA untai ganda dan urutan
yang sama diperoleh dari berbagai organisme atau diproduksi oleh PCR rawan kesalahan.
Pencernaan gen-gen ini dengan hasil DNaseI fragmen kecil yang dibelah secara acak, yang
dimurnikan dan dipasang kembali oleh PCR, menggunakan rawan kesalahan dan DNA polimerase
termostabil. Fragmen-fragmen itu sendiri digunakan sebagai PCR primer, yang sejajar dan saling
melintang. Dengan demikian, DNA hibrida dengan bagian dari gen induk yang berbeda diperoleh
(Engqvist & Rabe, 2019).
h. Flow Cytometry
"Flow cytometry", metode ampuh untuk analisis sel tunggal, juga digunakan dalam protein
studi teknik. Evolusi divergen yang dirancang ”juga merupakan metode rekayasa protein yang
penting digunakan dalam mendesain ulang fungsi enzim. Metode ini didasarkan pada teori
divergen evolusi molekuler (Engqvist & Rabe, 2019).
i. Receptor-based QSAR
"Metode QSAR berbasis reseptor" juga berharga untuk studi rekayasa protein. Ini metode
didasarkan pada kombinasi komputasi dari hubungan struktur-aktivitas analisis dan desain
berbasis struktur reseptor. Selain metode rekayasa protein tradisional, seperti 'klasik' rasional
desain dan metode diarahkan-evolusi, alat desain protein komputasi menjadi semakin penting.
Desain protein komputasi prinsip didasarkan pada kombinasi bidang gaya dan algoritma pencarian
untuk mengidentifikasi urutan asam amino yang paling cocok dengan protein yang diberikan tiga
dimensi struktur tulang punggung. Pada posisi yang dipilih, algoritma desain protein komputasi
'Bermutasi' atau mengubah asam amino asli menjadi semua asam amino alami lainnya dan
menghasilkan konformasi baru. Energi struktur ditentukan setelah simultan optimalisasi
konformasi rantai samping dan / atau tulang belakang dari amino tersubstitusi asam dan asam
amino yang berinteraksi (Engqvist & Rabe, 2019).
j. Metode untuk Penyaringan
Terlepas dari metode yang digunakan untuk diversifikasi urutan, pencarian yang efisien untuk
varian yang ditingkatkan harus dilakukan dengan menggunakan metode skrining. Layar dapat
dilakukan menggunakan beragam metode yang secara luas jatuh ke dalam dua kategori: pengujian
sifat protein in vitro atau mengukur efek protein in vivo. Kedua metode tersebut membutuhkan
cara yang akurat dan tepat pembacaan properti protein yang ingin direkayasa. Jika pengukuran
tidak tepat, varian ditingkatkan akan diabaikan (false negative), dan tidak ditingkatkan varian akan
dinilai salah karena ditingkatkan (salah positif). Skor yang salah seperti itu akan sangat meningkat
kesulitan menemukan varian yang ditingkatkan yang cocok tujuan rekayasa (Engqvist & Rabe,
2019).
k. Metode In Vitro
Layar in vitro biasanya menggunakan host heterolog, seperti Escherichia coli atau
Saccharomyces cerevisiae atau sebagai alternatif terjemahan in vitro, untuk menghasilkan protein
produk dari perpustakaan urutan (Engqvist & Rabe, 2019).
l. Metode Vivo
Layar in vivo memanfaatkan berbagai fenotipe sebagai pembacaan sifat protein yang
direkayasa dan harus dipilih dengan cermat sesuai dengan fungsi protein hasil rekayasa.
Penyaringan dengan seleksi adalah pendekatan yang elegan dan kuat yang membuat koneksi antara
property dari protein rekayasa dan kelangsungan hidup suatu organisme. Seleksi telah digunakan
secara luas, khususnya dalam mempelajari resistensi antibiotik. (Engqvist & Rabe, 2019).

5. Contoh
a. Jumlah yang meningkat dengan cepat dari urutan genome tanaman dikombinasikan dengan
algoritma optimasi kon yang telah ditingkatkan dan sintesis gene yang murah membuka pintu
terhadap rekayasa protein tanaman dalam skala besar di host yang heterolog.
b. CRISPR/Cas9 telah dibuktikan sebagai teknologi yang mutakhir untuk rekayasa genome
tanaman, termasuk mutagenesis tertarget dari gene tanaman.
c. Sistem CRISPR/Cas9 dapat digunakan untuk pengenalan nontransgenik mutan di hasil tani
yang dapat bertahan bertahun-tahun, mengurangi keperluan proses yang memakan waktu
banyak dalam silang balik tanaman yang diubah.
d. Penggunaan Heterologous Hosts untuk Rekayasa Protein di Indonesia, rekayasa protein untuk
aplikasi pada tanaman adalah adalah metode kunci dalam bioteknologi tanaman. Namun,
kebanyakan rekayasa ini berfokus pada peningkatan kecil sejumlah sifat tanaman, seperti
resistensi glifosat atau kinerja Rubisco
e. Rekayasa Racun Bakteri dan Penerapannya di Tanaman, optimalisasi toksin Bacillus
thuringiensis telah menjadi fokus strategi pengendalian hama spesifik serangga. Optimasi ini
telah dilakukan dengan berbagai cara, untuk Misalnya, melalui pemotongan, pertukaran
domain, peptide Selain itu, dan mutasi asam amino. Tujuan rekayasa yang paling umum
ditangani dalam pendekatan optimasi ini termasuk peningkatan potensi toksin untuk
memerangi peningkatan resistensi hama racun dan memperluas penerapannya ke kisaran
hama yang lebih luas.
f. Enzim Rekayasa untuk Toleransi Glyphosate dan Aplikasi di Tanaman, Glyphosate [N-
(phosphonomethyl) Gly] adalah yang terlaris herbisida sampai saat ini, dan banyak penelitian
telah dilakukan dikhususkan untuk menghasilkan tanaman transgenik yang tidak rentan
terhadap efeknya. Glyphosate menghambat enzim 5-enolpyruvylshikimate- 3-fosfat sintase
(EPSPS), yaitu bagian dari jalur shikimate penting menuju ke produksi asam amino aromatik
Phe, Tyr, dan Trp, dan penghambatan ini menyebabkan kematian tanaman. Dua strategi utama
telah digunakan untuk menghasilkan pabrik transgenik toleran glifosat: rekayasa EPSPS untuk
 tetap aktif di hadapan glifosat atau memperkenalkan gen yang mengkode enzim yang
menghilangkan glifosat dengan memecahnya.
g. Rekayasa Rubisco untuk Properti Karboksilasi yang Ditingkatkan, Rubisco mengkatalisasi
penggabungan CO2 ke dalam ribulosa- 1,5-bifosfat (RuBP), reaksi kunci dalam karbon fiksasi
pada tanaman. Dalam reaksi yang bersaing, Rubisco juga mengkatalisasi penggabungan O2
ke dalam RuBP. Itu metabolit yang dihasilkan dalam reaksi yang bersaing ini adalah
diselamatkan melalui jalur fotorespirasi, a proses boros di mana CO2 hilang. Meningkatkan
sifat karboksilasi Rubisco dengan demikian memiliki potensi untuk secara signifikan
meningkatkan hasil panen.
h. Penggunaan Organisme Fotosintesis untuk Protein Rekayasa Bioteknologi Tumbuhan
i. Rekayasa Kekebalan Tanaman, bagian penting dari sistem molekuler untuk bertahan melawan
patogen adalah reseptor imun intraseluler, yang termasuk dalam protein yang mengandung
Leu-rich-repeat yang mengandung nukleotida keluarga. Nukleotida mengikat protein
berikatan dengan efektor spesifik yang ditemukan pada pathogen dan memicu reaksi
pertahanan. Mutagenesis acak dari protein ini dapat memodifikasi atau memperluas spektrum
patogen potensial terdeteksi, seperti yang telah ditunjukkan dengan diversifikasi awal gen oleh
Error-prone PCR.
j. Gen Rekayasa Yang Dikodekan dalam Genom Plastid, protein yang mengkode gen
berpartisipasi dalam keduanya reaksi fotosintesis gelap dan terang telah ditargetkan oleh
mutagenesis dan penyaringan dalam fotosintesis ganggang uniseluler Chlamydomonas
reinhardtii.
(Engqvist & Rabe, 2019).

6. Tujuan Rekayasa Protein

a. Untuk merancang urutan asam amino yang akan melipat menjadi protein dengan struktur dan
fungsi yang telah ditentukan sebelumnya.
b. Mengembangkan protein untuk sesuatu yang berguna atau berharga di bidang industri,
kesehatan.
c. Membentuk produk baru dari suatu campuran protein.
d. Mengubah struktur atau sifat protein sehingga dapat dihasilkan perubahan pada produk protein
dengan target struktur atau sifat yang digunakan.
e. Mengubah protein sehingga dapat diterjemahkan untuk memberikan informasi dan aplikasi
lain.
f. Menganalisa sifat protein yang ada untuk aktivasi produk lain.
g. Meningkatkan kemampuan dan efisiensi penggunaan produk untuk suatu produk.

II. REKAYASI METABOLISME

1. Pengertian Rekayasa Metabolisme
Rekayasa metabolisme adalah praktik mengoptimalkan proses genetik dan pengaturan dalam
sel untuk meningkatkan produksi sel suatu zat tertentu. Proses-proses ini adalah jaringan kimia
yang menggunakan serangkaian reaksi biokimia dan enzim yang memungkinkan sel untuk
mengubah bahan mentah menjadi molekul yang diperlukan untuk kelangsungan hidup sel.
Rekayasa metabolik secara khusus berupaya memodelkan jaringan-jaringan ini secara matematis,
menghitung hasil produk yang bermanfaat, dan menentukan bagian-bagian jaringan yang
membatasi produksi produk-produk ini. Teknik rekayasa genetika kemudian dapat digunakan
untuk memodifikasi jaringan untuk menghilangkan kendala ini. Sekali lagi jaringan yang
dimodifikasi ini dapat dimodelkan untuk menghitung hasil produk baru. Rekayasa metabolik
secara umum didefinisikan sebagai pengalihan satu atau lebih reaksi enzimatik ke menghasilkan
senyawa baru dalam suatu organisme, meningkat produksi senyawa yang ada, atau memediasi
degradasi senyawa. Rekayasa metabolik pada umumnya didefinisikan sebagai pengalihan satu
atau lebih enzimatik reaksi untuk menghasilkan senyawa baru dalam suatu organisme, untuk
meningkatkan produksi senyawa yang ada, atau untuk memediasi degradasi senyawa Rekayasa
metabolisme tanaman menawarkan perspektif yang menarik untuk meningkatkan produktivitas
tanaman sebagai pabrik sel. Pendekatan ini dapat menciptakan peluang baru dalam pertanian,
aplikasi lingkungan, produksi bahan kimia, dan obat-obatan (Yang et al., 1998).

2. Tujuan Rekayasa Metabolisme

Tujuan akhir dari rekayasa metabolisme adalah untuk dapat menggunakan organisme ini
untuk menghasilkan zat berharga pada skala industri dengan biaya yang efektif. Contoh saat ini
termasuk memproduksi bir, anggur, keju, obat-obatan, dan produk bioteknologi lainnya. Beberapa
strategi umum yang digunakan untuk rekayasa metabolisme adalah (1) mengekspresikan gen
secara berlebihan yang mengkode enzim pembatas laju jalur biosintetik, (2) menghalangi jalur
metabolisme yang bersaing, (3) ekspresi gen heterolog, dan (4) rekayasa enzim.
Karena sel menggunakan jaringan metabolik ini untuk kelangsungan hidupnya, perubahan
dapat memiliki efek drastis pada kelangsungan hidup sel. Oleh karena itu, pertukaran dalam
rekayasa metabolisme timbul antara kemampuan sel untuk menghasilkan zat yang diinginkan dan
kebutuhan hidup alami. Oleh karena itu, alih-alih langsung menghapus dan / atau mengekspresikan
gen yang menyandikan enzim metabolisme secara berlebihan, fokus saat ini adalah menargetkan
jaringan pengatur dalam sel untuk merekayasa metabolisme secara efisien.
Rekayasa metabolik dapat menawarkan prospek untuk mengatasi kurangnya ketersediaan
senyawa tersebut, melalui kemajuan teknik biologi molekuler, termasuk kloning, DNA
rekombinan, dan pengetahuan tentang biosintesis tanaman jalur. Dalam bab ini kita membahas
strategi utama dalam rekayasa metabolisme tanaman dan pendekatan prinsip mereka serta prospek
dan batasannya untuk produksi obat-obatan dan bahan kimia. Studi kasus digunakan sebagai
ilustrasi. Tujuan utama rekayasa metabolik secara umum adalah untuk menghasilkan produk alami
yang diinginkan secara berkelanjutan dan menarik secara ekonomi
Tujuan-tujuan lain rekayasa metabolik adalah:
a. Pemahaman fisiologis
1) Senyawa baru Untuk menghasilkan senyawa baru dalam tanaman dan prekursor lainnya oleh
memperkenalkan gen heterolog yang sesuai
2) Untuk memberikan sifat baru (warna, rasa, bau) untuk makanan, bunga, atau ornament
tanaman
3) Untuk meningkatkan Untuk meningkatkan produksi senyawa atau enzim yang diinginkan
dalam sel budaya dan juga dalam tanaman itu sendiri
4) Untuk mencapai produksi dalam spesies tanaman terkait atau bahkan dalam mikroorganisme
5) Untuk meningkatkan sifat agronomis, seperti ketahanan tanaman terhadap berbagai
menekankan, hama, penyakit, dan untuk meningkatkan hasil benih tanaman tanaman melalui
ekspresi metabolit tertentu
6) Mengurangi tingkat faktor berbahaya atau antinutritional dalam makanan dan pakan tanaman
b. Pemahaman pengaturan
Untuk meningkatkan pemahaman kita tentang regulasi jalur dan fluks ketika beberapa jalur
perantara meningkat dalam jumlah besar di luar kisaran konsentrasi biasanya
c. Pengaturan Jalur (Overexpression)
Faktor transkripsi (dalam jalur multi-enzim) adalah protein pengatur yang dapat digunakan
untuk mengatur beberapa langkah atau bahkan untuk memodulasi seluruh jalur secara berurutan
untuk menghasilkan hasil yang signifikan dari produk yang diinginkan melalui urutan - spesifik c
DNA interaksi mengikat dan protein – protein. Mereka dapat bertindak sebagai penggerak atau
represi ekspresi gen, yang memediasi, masing-masing, peningkatan atau penurunan akumulasi
RNA messenger. Mereka juga mampu mengatur langkah-langkah yang enzimnya tidak diketahui.
Menggunakan pendekatan ini seringkali diperlukan untuk meningkatkan ketersediaan prekursor
dan untuk memahami koordinasi beberapa cabang atau bagian dari jalur metabolisme. Penggunaan
transkripsi faktor memerlukan informasi terintegrasi dari genomik, transkriptomik, proteomik, dan
metabolisme
d. Mengarahkan Prekursor Umum
Banyak titik percabangan ditemukan di jalur biosintesis di mana enzim bersaing untuk
prekursor umum. Meningkatkan dan mengarahkan kumpulan precursor menuju biosintesis
senyawa target secara teoritis dapat meningkatkan mereka produksi. Ini dapat dicapai dengan
memblokir jalur kompetitif atau dengan mendorong ekspresi gen yang berlebihan di jalur
prekursor
e. Metabolit Penargetan untuk Spesifik Kompartemen Sel Tumbuhan
Menargetkan ekspresi gen ke kompartemen seluler tertentu atau organel itu mengandung
prekursor yang bisa meningkatkan level senyawa target. Tanaman mampu mengekspresikan
transgen dengan sinyal penargetan organel dari nuklir DNA dan protein rekombinan yang
dihasilkan akan ditargetkan sesuai kebutuhan organel. Urutan asam amino spesifik diperlukan
untuk penargetan protein organel tertentu dan untuk retensi protein dalam organel telah
diidentifikasi. Jadi menargetkan enzim ke kompartemen substrat tampaknya layak. Namun,
produk yang terbentuk dapat menyebabkan masalah toksisitas di kompartemen selain yang biasa
f. Pembuatan Penyimpanan Metabolit Sekunder (Overproduced)
Sebuah tanaman mungkin memiliki kapasitas untuk memproduksi metabolit sekunder tetapi
kadang-kadang itu tidak memiliki kompartemen subseluler yang tepat untuk menyimpannya.
Modifikasi untuk metabolisme penyimpanan produk atau jalur metabolisme sekunder telah umum
lebih berhasil daripada manipulasi metabolisme primer dan perantara. Gen yang mengendalikan
pembentukan kompartemen subselular miliki telah diisolasi dan dikarakterisasi pada tanaman.
g. Downregulating of Pathways (Pembungkaman)
Produksi senyawa tertentu dapat dikurangi dengan mengurangi fluks menuju produk itu
dengan mengurangi tingkat enzim di jalur, meningkat katabolisme, dan meningkatkan flux
menjadi jalur kompetitif.
(Oktavia et al., 2019).

3. Aplikasi Rekayasa Metabolik dalam Bioteknologi Tanaman Obat

a. Produksi Podophyllotoxin di Anthriscus Sylvestris
Anthriscus sylvestris (L.) Hoffm. (Apiaceae) adalah tanaman liar yang umum di Northwest
Eropa yang mengakumulasi sejumlah besar lignan. Deoxypodophyllotoxin, sebuah aryltetralin -
lignan adalah konstituen menarik utama yang jauh lebih berlimpah di kerajaan tanaman daripada
podophyllotoxin, dapat digunakan sebagai precursor untuk produksi podophyllotoxin (Oktavia et
al., 2019).
b. Skopolamin Biosintesis di Nicotiana tabacum
Scopolamine dan hyoscyamine adalah alkaloid tropana. Mereka membentuk yang penting
kelas senyawa antikolinergik turunan tanaman yang terjadi di beberapa genera Solanaceae, seperti
Hysoscyamus, Atropa, Duboisia, Scopolia, dan Datura (Oktavia et al., 2019).
c. Prospek Masa Depan
Tanaman pasti memainkan peran penting dalam farmasi dan obat-obatan modern. Upaya
untuk memperoleh senyawa alami yang diinginkan untuk digunakan sebagai obat dengan cara
yang efisien sedang berlangsung dan mencakup berbagai pendekatan. Rekayasa metabolisme telah
diterapkan pada tanaman dan kultur sel tanaman. Kultur sel tanaman telah terbukti layak untuk
produksi industri hanya sampai batas tertentu, seperti yang ditunjukkan untuk paclitaxel.
Memahami metabolisme sekunder dalam sel dan kultur sel sangat penting untuk menggunakannya
sebagai sarana untuk memasok alami produk. Karakteristik dan kapasitas metabolisme sel tanaman
/ jaringan dan sistem mikroba secara inheren berbeda; karena itu mereka dapat berfungsi sebagai
pelengkap unit operasi untuk memecahkan masalah lama yang kuat sekunder produksi metabolit
(Oktavia et al., 2019).
Kurangnya informasi lengkap tentang genom sebagian besar obat tanaman masih merupakan
tantangan besar untuk menerapkan metabolisme yang tepat strategi rekayasa. Sampai saat ini,
hanya beberapa genom tanaman (mis., Oryza sativa, Zea mays, dan Arabidopsis thaliana), tetapi
tidak ada tanaman obat, yang sepenuhnya diurutkan. Tantangan mengungkap jalur biosintesis yang
tidak diketahui, gen penyandi, dan faktor transkripsi masih ada. Namun, dengan kemajuan teknik
sekuensing, kemungkinan akan layak untuk sepenuhnya urutan tanaman obat dalam waktu yang
lebih singkat. Satu-satunya kendala utama akan, Namun, jadilah pendanaan (Oktavia et al., 2019).
 DAFTAR PUSTAKA

Engqvist, M. K. M & K. S. Rabe. 2019. Applications of Protein Engineering and Directed

Evolution in Plant Research. Plant Physiology. 179: 907-917.

Oktavia, H., H. J. Woerdenbag, J. Hille & O. Kayser. 2019. Metabolic Engineering of Medicinal
Plants and Microorganisms for the Production of Natural Products. Pharmaceutical
Biotechnology: Drug Discovery and Clinical Applications. 1: 491-525.

Turanli, B & C. Alkim. 2012. Protein Engineering Methods and Applications. ResearchGate. 1:
34-58.

Yang, Y.T., G. N. Bennet & K.Y. San. 1998. Genetic and Metabolic Engineering. Electronic
Journal of Biotechnology. 1: 134-141.