Secara lebih jelas, mekanisme cara kerja enzim dapat dijelaskan melalui alur berikut:

1. Menciptakan lingkungan yang transisinya terstabilisasi untuk menurunkan energi

aktivasi, misalnya dengan cara mengubah substrat.
2. Meminimalkan energi transisi dengan membuat lingkungan reaksi terdistribusi
muatan berlawanan dan tanpa mengubah bentuk substrat sedikit pun.
3. Melalui pembentukan lintasan reaksi alternatif.
4. Menggiring substrat ke orientasi yang tepat untuk bereaksi dengan menurunkan
entropi reaksi.

Ditinjau dari cara kerja enzim tersebut, bagian enzim yang aktif sebagai katalis
dianggap memiliki gugus prostetik dengan bentuk sangat spesifik sehingga hanya
dapat bereaksi dengan molekul yang bentuknya spesifik pula. Melalui anggapan
tersebut, beberapa ahli mengambil hipotesis bahwa cara kerja enzim sesuai dengan
teori teori kunci gembok (lock and key) yang dipopulerkan oleh Emil Fischer, serta
teori teori induksi pas (induced fit) yang dipopulerkan oleh Daniel Kashland.

1. Teori Lock and Key

Menurut teori lock and key, cara kerja enzim mirip dengan mekanisme kerja kunci
dan gembok. Enzim diibaratkan sebagai kunci yang memiliki sisi aktif, sedangkan
substratnya diibaratkan sebagai gembok. Substrat memasuki sisi aktif dari enzim
seperti halnya kunci memasuki gembok. Substrat tersebut kemudian diubah menjadi
produk tertentu. Produk inilah yang kemudian dilepaskan dari sisi aktif enzim untuk
kemudian enzim siap menerima substrat baru.

2. Teori Induced Fit

Berdasarkan teori induksi pas (induced fit), enzim diibaratkan dapat melakukan
penyesuaian bentuk untuk berikatan dengan suatu substrat. Hal ini ditujukan untuk
meningkatkan kecocokan dengan substrat dan membuat ikatan antara enzim dan
substrat menjadi lebih reaktif.