Pada oligosen akhir sampai miosen awal, terjadi intrusi yang berupa intrusi diorite
porfiri. Intrusi tersebut menerobos batu pasir kuarsa sehingga mengalami peleburan dan
perubahan. Ketika peleburan terjadi secara tidak sempurna, maka batuan samping tersebut
akan masuk kedalam tubuh intrusi. Ini dibuktikan dengan ditemukannya xenolith berupa batu
pasir kuarsa yang terdapat di dalam tubuh intrusi diorite. Ketika magma mengalami
pembekuan secara cepat juga akan mempengaruhi struktur batuan beku.
Pada STA 1 ditemukan beberapa mineral lempung dan terdapat intrusi diorite. Karena
adanya sumber panas dari intrusi, maka batuan tersebut dapat mengalami perubahan atau
alterasi. Selain mineral lempung ada juga mineral-mineral epidot. Terdapat struktur geologi
di daerah penelitian berupa sesar dan kekar. Dimana kekar tersebut merupakan celah / tempat
pengendapan mineral sulfida. Tipe alterasi pada STA 1 yaitu argillic dan propilitik.
Pada STA 2 endapan mineral yang terjadi ialah endapan unsur Mn yang terbentuk
secara hidrotermal dan sedimentasi. Keduanya memberikan kenampakan dan asosiasi sekitar
yang berbeda.