LAPORAN

JURNAL READING

“PENTINGNYA TERMODINAMIKA UNTUK SISTEM MOLEKULER

DAN PENTINGNYA SISTEM MOLEKULER UNTUK
TERMODINAMIKA”

Disusun Oleh :
KELOMPOK 10
ANGGOTA :

1. Baiq Meisy Arum Anjani NIM : 010.06.0017

2. I Gusti Ngurah Satria Prabawa NIM : 019.06.0037
3. Mira Erliandani NIM : 019.06.0057
4. Putu Cintia Nanda Artasih NIM :019.06.0078

Tutor:
Siti Ruqqayah,S.Si.,M.Sc.

FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS ISLAM AL-AZHAR
MATARAM
TA 2019/2020
 KATA PENGANTAR

Rasa bangga yang tak terhingga dan tak ternilai saya rasakan karena Tuhan telah
memberikan rahmatNya kepada saya sehingga karya tulis yang berjudul “Warisan
Kromosom, Penentuan Jenis Kelamin, dan Genom Manusia: Paradigma Baru”
dapat terselesaikan sesuai dengan waktu yang telah ditentukan. Dalam
penyelesaian laporan ini diharapkan kepada mahasiswa Universitas Islam Al-
Azhar untuk dapat memahami isi dari laporan ini dan dapat menjadi ilmu yang
berguna di masa yang akan datang.
Kami menyadari dalam proses pembuatan sampai akhirnya selesai bahwa
masih banyak kekurangannya, sehingga kami memohon maaf serta menginginkan
kritik dan saran yang dapat memperbaiki laporan ini.

Mataram, 14 Oktober 2019

Penyusun
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR ..............................................................................................

DAFTAR ISI .............................................................................................................

ABSTRAK………………………………………………………………………….

BAB I PENDAHULUAN .........................................................................................

1.1 Pengantar ...............................................................................................
BAB II PEMBAHASAN ..........................................................................................
2.1 Dasar- dasar mekanika statistik klasik……………………………….5
2.1.1 Fungsi patisi termodinamika ………………………………….5
2.1.2Keadaan makro dan mikro termodinamika ……………………8
3.1 Penerapan termodinamika setimbang dengan desain system perakitan…13
3.1.1 Self assembly………………………………………………….13
3.1.2 Sistem molekular sebagai proses stokastik……………………13
4.1 Sifat, Keadaan, dan Proses dalam sistem termodinamika……………....13
5.1 Kesetimbangan termodinamika ...………………………………………14
6.1 Konsekuensi reversibilitas………………………………………………15
6.1.1 Transisi terbalik dalam pemodelan…………………………...16
6.1.2 Arti dari Reversibilitas Termodinamika…………………......17
7.1 Deskripsi Umum Katalis ………………………………………………17
7.1.1 Kompoen-komponen Katalis ……………………………..…18
7.1.2 Penggolongan Katalis ………………………………………..20
7.1.3 Tipe Reaksi Katalis…………………………………………...22

8.1 Logam Transisi sebagai Katalis………………………………………..22

BAB III PENUTUP……………………………………………………………..23
Kesimpulan ……………………………………………………………………..23
DAFTAR PUSTAKA ...............................................................................................
 ABSTRAK

Peningkatan pemahaman tentang sistem molekuler hanya menekankan

kecanggihan jaringan di dalam sel. Secara bersamaan, kemajuan nanoteknologi
asam nukleat, sebuah platform di mana reaksi dapat dikontrol dengan sangat
indahyang telah memungkinkan pengembangan arsitektur dan perangkat
buatan.Penting bagi kemajuan ini untuk menjadi dasar yang kuat dalam
termodinamika sistem molekuler.Dalam tinjauan dan perspektif pedagogis ini,
kami membahas bagaimana termodinamika menentukan potensi keseluruhan
jaringan molekuler dan detail desain yang rinci.Kami kemudian berpendapat
bahwa, pada gilirannya, kebutuhan untuk memahami sistem molekuler dapat
membantu mendorong pengembangan teori termodinamika pada skala
mikroskopis.
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Pengantar

Termodinamika awalnya dikembangkan pada abad ke-19, didorong oleh

awal revolusi 5emperat (Carnot et al. 1960), dan keinginan untuk memahami serta
mengoptimalkan ekstraksi karya yang bermanfaat dari mesin.Pekerjaan ini dapat
dimanfaatkan misalnya untuk memompa air keluar dari tambang, atau mengemudi
lokomotif.Meskipun mesin-mesin ini adalah alat mekanis yang ditenagai oleh arus
panas, sumber dasar pekerjaan inipada awalnya adalah bahan bakar kimia ,yaitu
biasanya batu bara. Proses kimia dimasukkan ke dalam kerangka kerja
termodinamika oleh Gibbs (1906), yang mengarah pada pemahaman tentang
spontanitas dan pertukaran 5emper selama reaksi kimia dan perubahan fase.

Termodinamika seperti yang awalnya diperkenalkan adalah teori yang

sepenuhnya didasarkan pada keterkaitan makroskopik yang dapat diamati, seperti
suhu, tekanan, volume dan 5emper.Pada akhir abad ke-19 dan awal abad ke-20,
pengembangan mekanika 5emperatu memberikan dasar mikroskopis untuk teori
tersebut, yang menjelaskan bagaimana sifat-sifat massal ini muncul dari sifat-sifat
sistem mikroskopis (Boltzmann 1964).Dalam prosesnya, konsep entropi kuantitas
misterius yang kenaikannya bertanggung jawab atas panah waktu termodinamika
dibuat jauh lebih konkret, sebagai ukuran 5emperatu dari ketidakpastian keadaan
mikroskopis suatu sistem.Eksplorasi mekanika 5emperatu mengarah pada
pengembangan teori-teori fenomena kritis yang menjelaskan perilaku sistem yang
eksotis namun, sering bersifat universal ketika mereka mendekati jenis transisi
fase tertentu (Yeomans 1992 ; Cardy 1996), mekanika 5emperatu juga merupakan
alat mendasar yang mendasari bidang simulasi molekuler (Frenkel dan Smit 2001;
Tuckerman 2010).
 Mekanika 6emperatu dan termodinamika sering diperkenalkan sebagai
studi tentang keadaan keseimbangan, di mana tidak ada kecenderungan yang
bersih bagi sistem untuk berkembang seiring waktu kecuali sistem itu mendapat
dorongan dari luar.Meskipun demikian, sejak hari-hari awal, Boltzmann dan
penemu lainnya mengusulkan deskripsi teoritis untuk evolusi sistem non-
kesetimbangan dan relaksasi selanjutnya menuju keseimbangan (Boltzmann
1964).Bidang pengembangan termodinamika stokastik, di mana deskripsi
6emperature6c yang mendasari mekanika 6emperatu diperluas untuk
menggambarkan lintasan sistem nonequilibrium melalui ruang 6emper, yang
baru-baru ini memberikan pemahaman luar biasa tentang sistem yang sewenang-
wenang jauh dari keseimbangan (Crooks 1999; Seifert 2005; Esposito 2012 ; Van
den Broeck 2011; Jarzynski 2011).

Selama periode yang sama, pemahaman kita tentang sistem biomolekuler

telah ditransformasikan dari ketidaktahuan sepenuhnya menjadi kemampuan
untuk mendesain sirkuit sintetis dan arsitektur selfassembling secara in vitro dan
in vivo. Memang, meskipun protein diidentifikasi sejauh awal abad ke-19 (Mulder
1839; Teich dan Needham 1992), peran mereka sebagai enzim dalam organisme
hidup tidak ditunjukkan sampai tahun 1926 (Sumner 1926), dan struktur protein
pertama kali diselesaikan di Kendrew et Al. pada tahun 1958 serta di Muirhead
dan Perutz tahu 1963.Demikian pula peran pembawa informasi 6empera dari
DNA biologis pertama kali ditunjukkan pada tahun 1944 oleh Avery et al ,
struktur heliks ganda diselesaikan pada tahun 1953 oleh Watson dan Crick 1953 ,
dan dogma sentral biologi molekuler (bahwa gen yang dikodekan dalam DNA
ditranskripsi menjadi RNA, dan kemudian diterjemahkan menjadi protein) yang
pertama kali dinyatakan pada tahun 1958 (Crick 1958, 1970) . Sejak itu, melalui
kemajuan dalam kristalografi, mikroskop ,dan teknologi lainnya, mekanisme
molekuler dari proses biokimia yang sangat besar telah di identifikasi.Selain itu,
biologi sistem telah menunjukkan bagaimana reaksi komponen individu dapat
bergabung untuk memberikan perilaku kompleks yang ditunjukkan oleh sel (Alon
2007) ,tetapi kita masih jauh dari pemahaman penuh tentang sistem canggih
semacam itu.

Dalam proses memahami beberapa kompleksitas molekuler sel, kami telah

menunjukkan bahwa itu mengandung analog mikroskopis dari mesin mekanik
pada abad ke-19.Motor molekuler seperti myosin mengkonsumsi bahan bakar
kimia untuk menghasilkan kekuatan lokomotif (Howard , 2001) dan pompa
enzimatik mengkonsumsi bahan bakar yang sama untuk menggerakkan ion
melintasi 7emperat (Nelson 2004).Membran ini kemudian bertindak sebagai
kapasitor yang menyediakan pasokan daya alternatif, seperti baterai untuk motor
listrik.

Penghargaan mendalam terhadap sistem biomolekuler alami bermanfaat

dalam dirinya sendiri, dan memberikan kontribusi penting bagi kemajuan
kedokteran.Tetapi sama-sama, pemahaman yang sulit ini telah meletakkan dasar
bagi rekayasa sistem dan perangkat buatan.Dalam biologi sintetis, sirkuit molekul
baru sering dibangun dengan menghubungkan protein yang terjadi secara alami
atau sedikit bermutasi melalui jalur regulasi transkripsi buatan (Baldwin et al,
2012).Pada saat yang sama, komunitas nanoteknologi molekuler telah
membangun sistem berdasarkan komponen buatan, termasuk DNA non-biologis
dan sekuens RNA (Chen et al. 2015) dan bahkan protein buatan (Hsia et al. 2016;
Bale et al. 2016).Pada antarmuka komunitas ini adalah mereka yang
menggabungkan fungsionalitas komponen sintetis dan alami, baik in vivo dan in
vitro (Fujii dan Rondelez 2012; Green et al,2014).Secara agregat, karya ini telah
menghasilkan hasil yang luar biasa, termasuk perakitan 7empera skala nano
(Rothemund 2006; Douglas et al. 2009; Ke et al. 2012), penerapan komputasi
molekuler dan arsitektur 7empera (Winfree et al. 1998; Seelig et al. 2006; Qian
dan Winfree 2011; Zechner et al. 2016) dan menggunakan kembali mikroba
untuk 7emperat dan kesehatan (Baldwin et al. 2012; Kitney dan Freemont 2012;
Chubukov et al. 2016).
 Dalam perspektif pedagogis ini, pertama-tama kita akan membahas dasar-
dasar termodinamika kimia tradisional yang berlaku untuk sistem
biomolekuler.Kami kemudian menunjukkan bagaimana ide-ide ini membentuk
suatu pemahaman dan desain sistem molekuler fungsional kami, baik pada tingkat
dasar maupun praktis.Fokus khusus akan kesalahpahaman umum dan jebakan
yang dihasilkan dari perawatan yang ceroboh yaitu dari termodinamika yang
termodinamika stokastik yang sedang muncul.Perpanjangan termodinamika
tradisional ini menjadi fluktuasi, jauh dari konteks keseimbangan menemukan
penerapannya yang paling alami dalam analisis sistem molekuler.Kami kemudian
akan berpendapat bahwa proses mengeksplorasi ide-ide termodinamika, abstrak
dalam sistem biomolekuler beton pada gilirannya memberikan pemahaman yang
lebih dalam tentang termodinamika mendasar.
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Dasar- dasar mekanika statistik klasik

2.1.1 Fungsi Partisi Termodinamika

Fungsi partisi merupakan suatu jumlah keadaan-keadaan sistem, yang

dalam matematika diberi notasi Z, yang berasal dari kata Zustandsumme yang
pertama kali diperkenalkan oleh Boltzmann. Adanya fungsi partisi
memungkinkan pembahasan mekanika 9emperatu secara matematik. Dalam
membicarakan sifat sistem suatu partikel yang berinteraksi lemah dapat ditinjau
dari 9emper kuantum, fungsi partisi, tekanan, entropi maupun 9emper bebas
Helmholtz. Untuk membicarakan 9emper dari suatu keadaan kuantum dapat
digunakan mekanika kuantum. Fungsi partisi umumnya dinyatakan dalam suhu, T
dan volume, V. Fungsi partisi merupakan inti mekanika 9emperatu tentang
partikel sistem sehingga sifat sistem, seperti 9emper dalam, U, entropi, S, dan
tekanan, P dapat diungkap dengan menggunakan fungsi partisi. Dengan cara
mendiferensialkan Z terhadap T akan diperoleh 9emper kuantum sistem,
sedangkan tekanan sistem dapat ditentukan dengan mendiferensialkan Z terhadap
V. Demikian pula dengan sifat sistem yang lain, seperti entropi, 9emper bebas
Helmholtz, dan 9emper bebas Gibbs dapat ditentukan.

1. Fungsi Partisi Translasi

Suatu partikel yang berada dalam suatu kotak segi empat dengan ukuran
sisi-sisinya adalah a, b dan c dan bergerak sepanjang sumbu X, Y dan Z akan
memerlukan 9emper untuk melakukan gerak tersebut. Energi total yang
diperlukan oleh partikel tersebut dapat dinyatakan dalam komponen x, y, dan
zsebagai berikut.

E=Ex +Ey +Ez (1.1)

dengan Ex, Ey dan Ez merupakan 10emper sepanjang sumbu X, Y dan Z. Gerak
partikel sepanjang sumbu X, Y dan Z meliputi gerak translasi, rotasi dan vibrasi.
Dengan demikian, 10emper yang diperlukan pada tiap-tiap sumbu koordinat
merupakan jumlah dari 10emper yang dibutuhkan untuk melakukan gerak
translasi, rotasi dan vibrasi sehingga 10emper total pada tiap-tiap sumbu koordinat
dinyatakan sebagai:

Ex =Et +Er +Ev (1.2)

dengan Et, Er dan Ev masing-masing merupakan 10emper translasi, rotasi dan

vibrasi.

2. Fungsi Partisi Rotasi

Energi Rotasi sebuah partikel (𝜀rot) tergantung pada bilangan kuantum

rotasi (J) dan degenerasi setiap tingkat 10emper dinyatakan sebagai 2J + 1. Rotasi
hanya dapat terjadi pada molekul-molekul 10emperat atau poliatomik (memiliki
atom lebih dari satu). Molekul 10emperat dapat dianggap sebagai rotator atau
pemutar kaku. Energi rotasi didefinisikan seperti Persamaan(1).

𝜀rot = (J(J+1)h2) / 8𝜋𝐼 2 (1.3)

dengan I adalah momentum kelembaman = 𝜇𝑟 2, dengan r dan 𝜇 masingmasing

merupakan panjang ikatan dan massa sistem tereduksi.

3. Fungsi Partisi Vibrasi

Jika sistem dianggap ideal (tidak ada interaksi antar molekul) dan
pendekatan Born-Oppenheimer berlaku maka 10emper dari setiap tingkat dapat
dituliskan sebagai jumlah 10emper translasi, rotasi, vibrasi, elektronik dan nuklir.
Secara matematik dapat dituliskan seperti Persamaan (1.4).

𝜀 = 𝜀t +𝜀rot + 𝜀v + 𝜀e + 𝜀o (1.4)

dengan 𝜀o adalah 10emper titik nol.

 Fungsi partisi vibrasi dikelompokkan menjadi dua macam, yaitu untuk
molekul 11emperat dan poliatomik. Pada molekul 11emperat terjadi vibrasi
harmonis sederhana sehingga akan memiliki 11emper vibrasi, 𝜀v seperti
Persamaan (1.5)

𝜀v =hv (v + ½) (1.5)

dengan v = 0, 1, 2, …. Molekul poliatomik dapat memiliki struktur linear maupun

nonlinear. Untuk molekul poliatomik linear memiliki derajat kebebasan sebanyak
(3N-5), sedangkan nonlinear sebanyak (3N-6), dengan N adalah jumlah atom
dalam molekul itu. Apabila diberikan batasan vibrasi normal (tingkat 11emper
dari masing-masing modus normal tidak saling tergantung satu dengan yang lain)
maka 11emper vibrasi total didefinisikan sebagai jumlah 11emper yang
disebabkan oleh setiap modus normal. Fungsi partisi vibrasi total dari masing-
masing modus normal didefinisikan seperti Persamaan (1.6).

qv =qv(1)qv(2) …qv (3N-5 atau 6) (1.6a)

4. Fungsi Partisi dan Entropi

Entropi suatu sistem merupakan fungsi termodinamika yang perubahannya

sama dengan integral dari Ds antara keadaan awal dan akhir. Hal penting yang
perlu diperhatikan adalah hanya perubahan entropi yang didefinisikan, buka
entropi mutlak (Zemensky 1986 : 2022).

Ds= Dqr /T (1.6)

Molekul-molekul gas sempurna dalam bejana yang dibagi dalam dua

kompartemen akan bercampur karena agitasi termik. Molekul-molekul bergerak
sebarang dan semuanya 11empera. Jika pada awalnya semua molekul ditempatkan
dalam satu kompartemen (kompartemen lain kosong) dan susunan semua molekul
yang berada dalam satu kompartemen disebar teratur maka makin lama molekul-
molekul itu akan cenderung menempatkan pada derajat ketidakteraturan
maksimum, yaitu apabila berada dalam dua kompartemen (susunan molekul
berada dalam berbagai komposisi atau tidak teratur). Apabila N (jumlah molekul)
bertambah maka probabilitas status. Mikro yang teratur berkurang. Entropi suatu
sistem terisolasi cenderung mencapai maksimum. Hal ini menunjukkan adanya
hubungan antara statistika dan termodinamika sehingga dianggap ada hubungan
fungsional antara entropi, S dan probabilitas termodinamika W, yang harus
dibuktikan lewat eksperimen. Hubungan tersebut dapat dirumuskan, seperti
Persamaan (1.97).

S=f(W) (1.6)

Fungsi ini ternyata dapat ditentukan dari sifat-sifat ekstensif entropi.

Apabila dua sistem 12empera digabungkan menjadi satu sistem.

2.1.2 Keadaan Mikro dan Makro Termodinamika

Masalah utama yang dihadapi dalam mekanika statistic adalah

menentukan sebaran yang mungkin dari partikel-partikel kedalam tingkat-tingkat
energi dan keadaan-keadaan atau status energi. Rincian sebaran partikel ini sangat
tergantung pada apakah partikel-partikel itu terbedakan atau tidak terbedakan
spesifikasi jumlah partikel kedalam tingkat-tingkat energi dengan tidak
menghiraukan apakah partikel-partikel itu terbedakan atau tidak disebut keadaan
makro dari suatu sistem. Keadaan makro yang dipilih dengan baik dapat
diidentifikasi secara langsung dalam percobaan Setiap keadaan makro dapat
dirinci lagi menjadi keadaan-keadaan mikro tergantung kepada apakah partikel-
partikel tersebut terbedakan atau tidak, dan apakah masing-masing tingkat energi
tergenarasi atau tidak. Keadaan mikro suatu termodinamika dipandang sebagai
suatu hasil pemotretan dimana data lengkap posisi dan kecepatan setiap molekul
diketahui. Jumlah keadaan mikro untuk setiap keadaan makro k, disebut “peluang
termodinamik” yang disimbolkan dengan Wk, sedangkan peluang termodinamika
sistem adalah jumlah semua peluang termodinamik tiap-tiap keadaan makro.

Dalam statistik Maxwell-Boltmann, ada dua ciri yang digunakan yakni:

1. Partikel-partikel dalam sistem terbedakan

 2. Setiap keadaan energi dapat di isi oleh lebih dari satu partikel

3.1 Penerapan termodinamika setimbang dengan desain system perakitan

3.1.1 Self assembly

Self-assembly adalah proses di mana sistem yang tidak teratur dari

komponen yang sudah ada membentuk struktur atau pola yang terorganisir
sebagai interaksi dari lokal dan spesifik di antara komponen itu sendiri. Ketika
komponen konstitutif adalah molekul, prosesnya disebut self-assembly molekul.
Perakitan sendiri dapat diklasifikasikan sebagai statis atau dinamis. Dalam
perakitan mandiri statis , keadaan tertib terbentuk ketika suatu sistem
mendekati keseimbangan mengurangi energi bebasnya.

3.1.2 Sistem molekular sebagai proses stokastik

 Sistem tertutup (closed systems) atau massa atur (mass control).

Dinyatakan apabila pengkajian hanya dilakukan padamateri dalam jumlah
tertentu dan jenis yang sama karena tidak terjadiperpindahan massa
melalui batasan sistem, namun terjadi perpindahan energi.
 Sistem terbuka (open systems) atau volume atur (control volume). Sistem
terbuka atau volume atur dinyatakan apabila selama analisis,terjadi aliran
massa dan energi masuk dan keluar melewati batas sistem
(terjadiperpindahan massa dan energi antara sistem dan lingkungan).
 Sistem terisolasi merupakan sistem yang tidak dapat berinteraksi antara
sistem danlingkungannya atau dengan kata lain tidak terjadi perpindahan
massa dan energi antara sistem dan lingkungan

4.1 Sifat, Keadaan, dan Proses dalam sistem termodinamika

Pengetahuan tentang sifat sistem dan bagaimana korelasi yang ada

sangatlah penting dalam memahami sistem dan memprediksi perilaku sistem
tersebut. Sifat zat/sistem (property of matter) adalah karakteristik
makroskopik sistem, di mana nilai numeriknya dapat diberikan pada suatu waktu
tertentu tanpa mengetahui sejarah atau proses yang telah dialami oleh sistem itu
sendiri. Sifatsifat termodinamika sistem dapat dikelompokkan menjadi dua,
yaitu sifat ekstensif dan sifat intensif. Sifat ekstensif (extensive property)
adalah nilai keseluruhan sistem yang merupakan penjumlahan nilai dari
setiap bagian yang menyusun sistem tersebut. Sifat ini dipengaruhi oleh
ukuran sistem (massa dan jumlah mol) dan dapat berubah menurut waktu.
Massa (kg), volume (m 3), dan energy (joule) merupakan contoh sifat
ekstensif. Sifat intensif (intensive property) adalah nilai yang tidak dapat
diakumulasikan seperti pada sifat ekstensif. Nilai sifat ini tidak dipengaruhi
oleh ukuran sistem (massa atau jumlah mol) dan dapat bervariasi di setiap
bagian sistem pada waktu yang berbeda. Temperatur (Oc), tekanan (Pa), dan
volume spesifik (m3/kg), merupakan contoh sifat intensif. Keadaan (state)
merupakan kondisi sistem yang dapat ditentukan oleh nilai sifatnya. Mengingat
bahwa terdapat hubungan antara sifat-sifat sistem, maka keadan dapat
ditentukan berdasarkan nilai pasangan sifatnya begitu pula nilai sifat-sifat
yang lain. Sebuah sistem dikatakan keadaan tunak (steady state) jika tidak satu
pun sifatnya berubah terhadap waktu. Proses adalah transformasi dari suatu
keadaan ke keadaan lainnya yang berbeda pada dua saat yang berbeda pula.
Hal ini ditandai oleh terjadinya perubahan satu atau lebih sifat-sifat sistem.
Jika sistem menunjukkan nilai sifatnya yang tetap pada dua saat yang
berbeda, maka sistem dapat dikatakan berada dalam keadaan yang sama.
Beberapa jenis proses yang dapat dialami oleh suatu sistem di mana salah satu
sifatnya tetap/konstan beberapa tahapan proses sebagai berikut:

- Proses temperatur konstan (isothermal),

- Proses tekanan konstan (isobarik),
- Proses volume konstan (isometris),
- Proses entropi konstan (isentropis),
- Proses entalpi konstan (throttling),
 - Proses adiabatik yaitu proses dengan perpindahan panas sama
dengan nol (sistem tidak mengalami interaksi panas dengan
lingkungannya).

5.1 Kesetimbangan Termodinamika

Keadaan kesetimbangan (equilibrium state) adalah keadaan yang

ditunjukkan oleh sifat-sifat sistem pada waktu dan tempat tertentu tanpa
dipengaruhi oleh keadaan disekitarnya. Dalam mekanika kondisi
kesetimbangan dicapai oleh gaya-gaya yang sama besar dan bekerja
berlawanan arah. Dalam termodinamika, konsep kesetimbangan lebih luas
karena mencakup kesetimbangan mekanis, panas (thermal), dan kimia.
Kesetimbangan panas (thermal) dicapai apabila dua sistem memiliki
temperatur sama, interaksi kedua sistem hanya melalui perubahan energi dalam.
Sedangkan kesetimbangan mekanis dicapai apabila dua sistem memiliki
temperatur dan tekanan yang sama, interaksi kedua sistem terjadi melalui
perubahan energi dalam dan perubahan volume sistem. Untuk kesetimbangan
kimia dua sistem harus memiliki temperatur dan potensi energi per satuan
mol yang sama, interaksi kedua sistem terjadi melalui perubahan energi
dalam dan jumlah mol. Ke dua sistem tersebut di atas, berada dalam suatu
ruang yang terisolasi dan dipisahkan oleh dinding permeable.

Secara umum proses-proses tersebut dikelompokkan dalam bentuk

perpindahan energi dalam bentuk panas (kalor) dan kerja (kompressi dan
ekspansi). Jika sistem/zat mengalami serangakaian proses yang berawal dan
berakhir pada keadaan yang sama, maka sistem tersebut dikatakan
mengalami siklus termodinamika. Dalam aplikasi teknik, siklus
termodinamika ini memberikan peran pada mesin-mesin pembangkitan daya
serta mesin-mesin pembangkit/penyerap kalor.
6.1 Konsekuensi reversibilitas dalam reaksi biokimia, dan kaitannya dengan
reversibilitas termodinamika

Reversibilitas adalah istilah penting dalam termodinamika (proses

16emperatur tidak menghasilkan entropi) dan 16emperatur pada jaringan reaksi
kimia ,transisi 16emperatur dapat terjadi mundur atau maju.Pada bagian ini,
pertama-tama kami menjelaskan mengapa pembalikan mikroskopis dari semua
reaksi yang diamati harus dimungkinkan, dan bagaimana jaringan reaksi yang
dimodelkan dengan transisi satu arah harus dipahami.Kami kemudian
menunjukkan konsekuensi dari reversibilitas mikroskopis untuk algoritma
perhitungan molekul tertentu, menyoroti masalah potensial dengan mengabaikan
reversibilitas mikroskopis dalam desain sistem.Akhirnya, kami membandingkan
makna reversibilitas termodinamik dengan transisi transkrip mikroskopik dalam
upaya untuk memperjelas dikotomi yang sering disalahpahami.

6.1.1 Transisi terbalik dalam pemodelan

Konsep ini dikenal sebagai prinsip reversibilitas mikroskopis, dan

memiliki konsekuensi yang luas.Prinsip ini menunjukkan bahwa transisi ke depan
16emper belakang harus selalu secara eksplisit dimasukkan dalam model apa
pun.Namun, pemodelan yang sukses sering dilakukan dengan memperlakukan
reaksi tertentu dengan benar – benar ireversibel. Sebagai contoh, tidak ada yang
memodelkan transkripsi RNA dalam sel dengan mempertimbangkan proses
kebalikan dari RNA yang kembali ke DNA dan dihancurkan basa demi basa
sementara dalam kontak dengan gen yang menyandikannya (Bennett
1982).Demikian pula, kinetika perpindahan untai sering dilengkapi dengan
mengasumsikan bahwa reaksi berlangsung hingga 100% selesai (Machinek et al.
2014).
 6.1.2 Arti dari Reversibilitas Termodinamika

Dari gambar diatas bisa dijelaskan jika sistem dan lingkungan adalah
waktu, seperti yang ditunjukkan pada gambar a). Keduanya dikembalikan ke
kondisi awal mereka dengan protokol waktu-terbalik b), maka proses dan rekan
timereversed nya adalah termodinamika reversibel. Proses reversibel penting
dalam termodinamika karena mereka tidak meningkatkan entropi alam semesta,
yang diberikan oleh jumlah entropi r dan entropi nya lingkungan R r. Entropi alam
semesta (sistem terisolasi) tidak bisa menurun, dan kelebihan generasi entropi
sesuai dengan upaya sia-sia.

7.1 Deskripsi Umum Katalis

Katalis adalah substansi yang dapat mempercepat reaksi tetapi tidak

terkonsumsi pada reaksi tersebut [C.N. Satterfield.1991 dalam Budi Cahyadi,
2000]. Pada umumnya katalis berfungsi untuk mempercepat reaksi kimia yang
dapat berlangsung dengan menurunkan 17emper aktivasi. Dengan penurunan
aktivasi ini maka 17emper minimum yang dibutuhkan untuk terjadinya
tumbukkan berkurang sehingga reaksi terjadi lebih cepat [Cotton et al., 1999].
Energi aktivasi yang lebih rendah dengan pemakaian katalis dibandingkan
17emper aktivasi tanpa pemakaian katalis disebabkan oleh terjadinya adsorpsi
dan desorpsi reaktan serta pelepasan panas akibat peristiwa tersebut digunakan
untuk 17emper aktivasi katalis [Budi Cahyadi, 2000]. Umumnya, fungsi katalis
sangat dipengaruhi oleh morfologi, komposisi, distribusi ukuran pori, volume
pori, struktur dan luas permukaannya [Vino Hasyim, 2010].

Katalis bersifat spesifik, artinya katalis tertentu mempercepat reaksi tertentu.

Katalis dibentuk dari komponen- komponen yang menunjang sifat katalis yang
diharapkan. Pada dasarnya sifat katalis yang diharapkan adalah sebagai berikut
[Leach, 1983 dalam Vino Hasyim, 2010]:

1. Aktifitas

Keaktifan katalis didefinisikan sebagai kemampuan dari katalis untuk dapat

mengubah bahan baku menjadi produk yang dikehendaki. Keaktifan katalis
didapat dari kombinasi bahan kimia dan bahan 18emperatur, sehingga dapat
diketahui katalis tersebut aktif dalam melakukan proses katalis yang dibuktikan
dengan dihasilkannya produk baru yang dikehendaki.

2. Stabilitas

Stabil dalam arti mempunyai kemampuan menghadapi racun- racun yang

mungkindapat merusak kinerja dan penampakan dari katalis itu sendiri.

3. Selektifitas

Selektifitas didefinisikan sebagai kemampuan katalis dalam menghasilkan

produk yang sesuai dengan yang dikehendaki. Hal ini karena satu zat yang
berperan dalam salah satu proses dapat juga menjadi penghambat pada proses
lainnya, sehingga perlu diteliti setiap material yang akan digunakan sebagai
katalis.

4. Umur Katalis

Umur katalis mempunyai pengertian rentang waktu bagi katalis untuk

bertahan pada level yang mencukupi sesuai kinerja katalis yang diinginkan.

5. Regenerasi

Sifat mudah diregenerasi harus dimiliki oleh katalis sehingga pada saat katalis
dioperasikan gangguan yang terjadi dapat diminimumkan.

6. Kekuatan mekanik

Kekuatan mekanik merupakan kondisi yang harus dimiliki katalis sehingga

bila proses menghendaki tekanan dan 19emperature tinggi, katalis itu dapat
digunakan.
7.1.1 Komponen-komponen Katalis

a. Inti Aktif Katalis

Fasa aktif merupakan inti katalis yang bertugas mempercepat dan
mengarahkan reaksi. Oleh karena itu, komponen ini harus aktif
mengkonversikan reaktan dan selektif dalam pembentukan produk.

b. Penyangga
Penyangga berfungsi sebagai tempat penebaran fasa aktif dengan tujuan
memperluas permukaan kontak antara fasa aktif dengan reaktan, tanpa
mengurangi aktivitas fasa itu sendiri. Selain itu, fungsi lainnya adalah
sebagai permukaan yang stabil dimana inti aktif terdispersi sedemikian
rupa sehingga sintering dapat dikurangi. Dengan demikian penyangga
harus tahan terhadap pertumbuhan kristal dikarenakan panas, yang artinya
harus memiliki titik lebur yang tinggi atau minimal lebih tinggi daripada
titik lebur senyawa aktif [Nasikin,M dan Susanto, Bambang Heru. 2010].

c. Promotor

Promotor ditambahkan untuk meningkatkan kinerja katalis dalam

jumlah kecil pada saat pembuatan katalis, untuk mneghasilkan aktivitas,
selektivitas, dan stabilitas yang diinginkan dari katalis yang dibuat. Dalam
katalis, promotor ditujukan untuk membantu penyangga dan inti aktif
seperti mengontrol stabilitas katalis [Nasikin,M dan Susanto, Bambang
Heru. 2010].

Pemberian promotor pada inti aktif dapat dilakukan dengan cara perubahan
struktur atau secara elektronik. Contohnya katalis pada sintesis ammonia
terdiri atas besi dengan dua promotor yaitu alumina dan kalium. Pada proses
ini alumina berfungsi mencegah besi mengalami sintering pada saat reduksi
dan kalium berfungsi mencegah sisi asam mengalami keracunan. Pemberian
promotor dengan cara elektronik dapat dicontohkan pada kalium yang
dimodifikasi secara elektronik dengan memberikan electron dari kondisi
terionisasi [Nasikin,M dan Susanto, Bambang Heru. 2010].

7.1.2 Penggolongan Katalis

Katalis dapat digolongkan berdasarkan fasa katalis, reaktan, dan produk
hasil reaksi, contohnya katalis homogen dan katalis heterogen. Penggolongan
katalis berdasarkan fasa katalis adalah :

a. Katalis homogen

Katalis homogen yaitu katalis yang berfasa sama dengan reaktannya

yang pada umumnya berada pada fase cair. Katalis ini memiliki aktivitas dan
selektivitas yang tinggi karena setiap molekul katalis bersifat aktif sebagai
katalis yang tidak mudah teracuni oleh adanya sedikit kotoran.

Katalisis terjadi melalui pembentukan kompleks dan pembentukan

kembali antara molekul- molekul dan ligan- ligan katalis. Reaksi katalisis
jenis ini terjadi sangat spesifik dan dapat menghasilkan selektivitas yang
tinggidan biasanya dapat dilakukan pada kondisi operasi yang tidak terlalu
sulit. Walaupun secara operasional reaksi katalisis homogen ini lebeh mudah
dan lebih tidak membutukan energi, namun katalis homogeny ini jarang
digunakan dalam industry karena diperlukannya peralatan tambahan untuk
memurnikan produk dari proses dari katalis homogeny, sehingga seringkali
peralatan keseluruhan proses yang diperlukan menjadi cukup kompleks.

Keuntungan dari katalis homogen adalah kespesifikannya dan tidak

dibutuhkannya suhu dan tekanan yang tinggi dalam reaksi, sementara
kelemahan dari katalis ini adalah sulitnya katalis ini untuk dipisahkan dari
produknya [Nasikin,M dan Susanto, Bambang Heru. 2010].
b. Katalis Heterogen

Katalis heterogen yaitu katalis yang berbeda fasa reaktan dan produk
reaksinya.. Katalis heterogen kurang efektif dibandingkan dengan katalis
homogeny karena heterogenitas permukaannya, namun system katalisis ini
paling luas digunakan dalam bidang industry, hal ini disebabkan system
katalis heterogen memiliki beberapa keuntungan, misalnya :

 Selektivitas terhadap prosuk yang diinginkan dapat diperoleh

menggunakan sifat selektivitas bentuknya.

 Aktivitas instrinsik dari inti aktif dapat dimodifikasi oleh struktur

padatnya
 Komposisi permukaan dapat digunakan untuk meminimalisasi atau
meningkatkan adsorpsi dari senyawa tertentu
 Katalis mudah dipisahkan dari produk dengan filtrasi dan digunakan
kembali tanpa/dengan regenerasi
 Mengurangi limbah (biasanya garam) yang biasa dihasilkan dari
netralisasi katalis homogen asam Bronsted atau Lewis [Nasikin,M dan
Susanto, Bambang Heru. 2010].
Persyaratan utama dalam katalisis heterogen adalah bahwa pereaksi
fase gas atau larutan diadsorpsi kepermukaan katalis. Tidak semua permukaan
atom memiliki tingkat efektifitas yang sama sebagai katalis, bagian yang
efektif tersebut disebut sebagai sisi aktif katalis. Pada dasarnya, katalis
heterogen mencakup :

 Reaktan akan teradsorpsi pada permukaan aktif katalis.

 Terjadi interaksi pada sepanjang permukaan katalis atau terjadi pelemahan

ikatan dari molekul yang teradsorpsi.
 Setelah reaksi terjadi molekul hasil reaksi (produk) dilepas dari
permukaan katalis.
 7.1.3 Tipe reaksi katalis

a) Katalis oksidasi- reduksi

Katalis oksidasi- reduksi, yaitu katalis yang membentuk “senyawa antara”

dengan reaktan melalui proses pemutusan ikatan dua electron reaktan dan
penggabungan electron yang tidak berpasangan di dalam katalis. Contoh katalis
logam dan oksida.

b) Katalis asam- basa

Katalis asam- basa yaitu katalis yang senyawa antaranya terjadi akibat
terbentuknya ikatan kovalen antara katais dan reaktan. Contohnya adalah silika
alumina dan zeolit. katalis ini tidak mempunyai kemampuan memindahkan
electron karena itu tidak aktif secara redoks.

8.1 Logam Transisi sebagai Katalis

Logam transisi sering digunakan sebagai katalis heterogen. Logam transisi
tersebut bersifat asam dan berperan dalam reaksi perpindahan electron. Logam
transisi yang digunakan sebagian besar adalah logam golongan VIII B.

Sifat- sifat kimia dan fisika unsur golongan transisi sangat ditentukan oleh
orbital d. Fungsi logam transisi dalam suatu reaksi katalitik adalah untuk
mengatomisasi molekul-molekul diatomic dan kemudian memberikan atom
tersebut kepada reaktan lainnya atau intermediet reaksi.
 BAB III

PENUTUP

Kesimpulan

Termodinamika molekuler mempengaruhi perilaku sistem biokimia alami dan

buatan. Berawal dari mekanika statistik keseimbangan dasar sistem molekuler
encer, kami memperkenalkan konsep macrostate biokimia dan energi bebas dari
macrostate. termodinamika stokastik memungkinkan interpretasi termodinamika
yang konsisten dari evolusi stokastik dari sistem yang jauh dari keseimbangan,
baik pada tingkat lintasan individu dan distribusi probabilitas secara keseluruhan.
DAFTAR PUSTAKA