1

MODUL PERKULIAHAN

BIOKIMIA

TIM PENYUSUN

Dr. Ir. Syamsuddin,M.Si

Dr. Rita Hayati, SP.,M.Si

Dr. Ir, Zuyasna, M.Sc

Dr. Bakhtiar, SP., M.Si

Marai Rahmawati, SP, M.Sc

Ir. Agam Ihsan Hereri, MP

Logo

FAKULTAS PERTANIAN

UNIVERSITAS SYIAH KUALA

2012
 2

KATA PENGANTAR

Biokimia adalah ilmu yang mempelajari tentang peranan berbagai molekul

dalam reaksi kimia dan proses yang berlangsung dalam makhluk hidup. Jangkauan
ilmu Biokimia sangat luas sesuai dengan kehidupan itu sendiri. Tidak hanya
mempelajari proses yang berlangsung dalam tubuh manusia, ilmu Biokimia juga
mempelajari berbagai proses pada organisme mulai dari yang sederhana sampai yang
kompleks.
Ruang lingkup biokimia antara lain meliputi studi tentang susunan kimia sel,
sifat-sifat senyawa serta reaksi kimia yang terjadi dalam sel, senyawa-senyawa yang
menunjang aktivitas organisme hidup serta energi yang diperlukan atau dihasilkan.
Dengan kata lain Biokimia menyangkut dua aspek yaitu struktur senyawa dan reaksi
antar senyawa dalam organisme hidup. Reaksi kimia yang terjadi dalam sel disebut
metabolisme merupakan bagian penting dan pusat perhatian dalam biokimia. Untuk
memberikan pemahaman mengenai konsep-konsep dasar yang terjadi dalam berbagai
proses dalam kehidupan, maka diberikanlah modul biokimia yang dibagi menjadi
delapan topik utama yaitu: Biomolekul, Air, Karbohidrat, Lemak, Protein, Enzim,
Asam Nukleat dan Bioenergetika.
Oleh karena itu, pengetahuan tentang ilmu biokimia sangat penting untuk
dipahami oleh semua orang, khususnya mahasiswa, sehingga kita mampu memahami
proses pada setiap organisme hidup di alam ini.
Ucapan terimakasih tim penulis sampaikan kepada tim-tim pengajar Biokimia
yang telah berpartisipasi dalam pembentukan outline modul ini, khususnya kepada
Prof. Dr. Ir. Zainal Abidin Pian, MS yang telah memberikan masukan pada modul ini.
Semoga modul ini bermanfaat bagi kita semua. Amin.

Banda Aceh, 26 November 2012

Tim Penyusun
 3

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR................................................................................. iii

DAFTAR
ISI............................................................................................... iv
BAB I PENDAHULUAN...................................................................... 1
1.1 Pengertian Biokimia......................................................................... 1
1.2 Komponen kimiawi Sel.................................................................... 4
1.3 Biomolekul dan Dinamisasinya........................................................ 5
BAB II BIOMOLEKUL........................................................................... 9
2.1 Komposisi Benda Hidup: Biomolekul.............................................. 9
2.2 Komposisi Kimiawi Benda Hidup Berbeda dengan Komposisi
Kimiawi Kerak Bumi...................................................................... 10
2.3 Kebanyakan Biomolekul Adalah Senyawa Karbon......................... 11
2.4 Biomolekul Organik Mempunyai Bentuk dan Ukuran Spesifik...... 12
2.5 Gugus Fungsionil Biomolekul Organik Menentukan Sifat Kimia... 13
BAB III AIR............................................................................................. 22
3.1 Air dan Ikatan Hidrogennya..................................................... 22
3.2 Air Sebagai Pelarut................................................................. 24
3.3 Interaksi Hidrofobik........................................................... ..... 25
3.4 Beberapa Sifat Larutan.................................................... ........ 26
3.5 Konsentrasi Ion Hidrogen........................................................ 27
3.6 Disosiasi Elektrolit.................................................................. 29
3.7 Bufer........................................................................................ 36
BAB IV KARBOHIDRAT................................................................. 40
4.1 Monosakarida............................................................................ 41
4.2 Oligosakarida............................................................................ 43
4.3 Polisakarida............................................................................... 45
4.4 Derivat dan Gabungan Karbohidrat.................................................... 47
4.5 Fungsi Biologi Karbohidrat................................................................. 48
BAB V LIPID............................................................................................. 49
5.1 Pengertian dan Ciri Khas.................................................................. 49
5.2 Fungsi Biologi dari Lipid.................................................................. 49
BAB VI PROTEIN..................................................................................... 58
6.1 Fungsi Protein.................................................................................... 60
6.2 Komponen penyusun protein............................................................. 60
6.3 Struktur Asam Amino........................................................................ 60
6.4 Macam Asam Amino......................................................................... 61
BAB VII ASAM NUKLEAT..................................................................... 68
7.1 Komposisi Kimia Asam Nukleat....................................................... 68
 4

7.2 Komposisi Basa Penyusun Asam Nukleat......................................... 76

7.3 Fungsi Biologi Asam Nukleat........................................................... 79

BAB VIII ENZIM...................................................................................... 82

8.1 Penamaan Dan Klasifikasi Enzim...................................................... 82
8.2 Koenzim, Gugus Prostetik Dan Aktivator......................................... 83
8.3 Kinetika Reaksi.................................................................................. 84
8.4 Kinetika Reaksi Enzim...................................................................... 85
8.5 Mekanisme Reaksi Enzim................................................................. 87
BAB X VITAMIN................................................................................. 89
9.1 Klasifikasi Enzim.............................................................................. 89
9.2 Vitamin Yang Larut Dalam Minyak Atau Pelarut Lemak................ 90
9.3 Vitamin Yang Larut Dalam Air........................................................ 92

BAB IX METABOLISME dan ENERGETIKA.................................... 99

10.1 Metabolisme...................................................................................... 99
10.2 Pola Reaksi Di Dalam Sel Hidup (In Vivo)...................................... 100
10.3 Jalur (Pathways) Metabolisms........................................................... 103
10.4 Bioenergitika..................................................................................... 105
DAFTAR PUSTAKA................................................................................... 120
 5

BAB I
PENDAHULUAN

1.1 Pengertian Biokimia

Biokimia adalah ilmu yang mempelajari tentang peranan berbagai molekul
dalam reaksi kimia dan proses yang berlangsung dalam makhluk hidup. Jangkauan
ilmu Biokimia sangat luas sesuai dengan kehidupan itu sendiri. Tidak hanya
mempelajari proses yang berlangsung dalam tubuh manusia, ilmu Biokimia juga
mempelajari berbagai proses pada organisme mulai dari yang sederhana sampai yang
kompleks.
Definisi Biokimia Menurut Para Ahli. Biokimia adalah Bios = Yunani, artinya
―hidup‖ ―Kimia mahluk hidup; Kimia yang terjadi dan menjadi ciri kehidupan.‖
(Webster‘s dictionary). Biokimia adalah kimia dari bahan-bahan dan proses-proses
yang terjadi dalam tubuh mahluk hidup; sebagai upaya untuk memahami proses
kehidupan dari sisi kimia (WebNet dictionary).
Fungsi biologis dari sudut pandang kimia. Pemahaman bentuk dan fungsi
biologis dari sudut pandang kimia bertujuan untuk memahami interaksi molekul-
molekul tak hidup yang menghasilkan fenomena kompleks dan efisien yang menjadi
ciri-ciri kehidupan serta menjelaskan keseragaman kimia dari kehidupan yang
beragam.
Hubungan biokimia dengan ilmu lain: Kimia Organik yang mempelajari sifat-
sifat biomolekul. Biofisika, yang memanfaatkan teknik-teknik fisika untuk
mempelajari struktur biomolekul. Nutrisi, yang memanfaatkan pengetahuan tentang
metabolisme untuk menjelaskan kebutuhan makanan bagi mahluk hidup
mempertahankan kehidupan normalnya. Kesehatan, yang mencari pemahaman
tentang keadaan sakit dari sudut pandang molekular. Mikrobiologi, yang
menunjukkan bahwa organisme sel tunggal dan virus cocok untuk digunakan sebagai
sarana mempelajari jalur-jalur metabolisme dan mekanisme pengendaliannya.
Fisiologi, yang mempelajari proses kehidupan pada tingkat jaringan dan organisme.
Biologi sel, yang mempelajari pembagian kerja biokimia dalam sel. Genetika, yang
mempelajari mekanisme penyusunan identitas biokimia sel.
Jadi ruang lingkup biokimia antara lain meliputi studi tentang susunan kimia
sel, sifat-sifat senyawa serta reaksi kimia yang terjadi dalam sel, senyawa-senyawa
yang menunjang aktivitas organisme hidup serta energi yang diperlukan atau
dihasilkan. Dengan kata lain Biokimia menyangkut dua aspek yaitu struktur senyawa
dan reaksi antar senyawa dalam organisme hidup. Reaksi kimia yang terjadi dalam sel
disebut metabolisme merupakan bagian penting dan pusat perhatian dalam biokimia.
Untuk memberikan pemahaman mengenai konsep-konsep dasar yang terjadi dalam
berbagai proses dalam kehidupan, maka diberikanlah modul biokimia yang dibagi
 6

menjadi delapan topik utama yaitu: Biomolekul, Air, Karbohidrat, Lemak, Protein,
Enzim, Asam Nukleat dan Bioenergetika.
Biokimia menarik untuk dipelajari, karena materinya berorientasi pada
proses-proses kehidupan yang berlandaskan kimia dan kaidah-kaidahnya,
terutama kimia organik. Tidak salah bila dikatakan bahwa biokimia
mempelajari dinamisasi komponen-komponen kimia penyusun sel. Bagaimana
senyawa kimia penyusun sel yang struktur dan komposisi berbeda dapat
berinteraksi dan berintegrasi satu sama lain dan terorganisasi dengan baik
dalam wujud/bentuk makhluk hidup atau organisme. Untuk menjawab
pertanyaan tersebut, kita mencoba membedakan antara struktur benda mati
(abiotik) dengan struktur organisme/benda hdup (biotik atau: sel) terlebih dulu
sebagai suatu orientasi untuk memahami biokimia.
Bila suatu benda mati, misalnya pasir, batu, tanah, air dan lain-lain
dibiarkan di alam terbuka untuk beberapa waktu, akan terlihat perubahan
strukturnya, baik struktur eksternal maupun internal. Pada akhirnya, benda
tersebut akan hilang menyamakan diri atau menyatu dengan alam sekitarnya
atau benda sekelilingnya. Akan tetapi, bila suatu benda hidup atau organisme,
misalnya seekor tikus, dibiarkan untuk beberapa lama di alam terbuka, dengan
asumsi segala keperluan untuk hidupnya dipenuhi, maka akan terlihat struktur
eksternal dan internalnya tetap utuh sebagaimana kodratnya seekor tikus.
Mengapa demikian?, sistem apakah yang terjadi pada organisme tersebut
sehingga struktur eksternal dan internalnya dapat bertahan? Biokimialah yang
akan menerangkan, mengapa seekor tikus itu dapat mempertahankan kodratnya
selama ia masih hidup.
Dari uraian di atas dapatlah dikaji bahwa benda mati maupun organisme
sama-sama dibangun oleh unsur-unsur kimia yang sama, tetapi berbeda dalam
struktur dan tatanan. Benda mati tidak memiliki struktur dan tatanan sehingga
dapat dikatakan benda mati disusun oleh unsur-unsur kimia yang tidak beraturan
atau amburadul. Sedangkan pada organisme, unsur kimia yang membangunnya
memiliki srtruktur dan tatanan, bahkan memiliki arsitektur.
Perbedaan secara biofisika struktur molekuler yang menyusun benda mati
(abiotik) dan struktur molekuler yang menyusun organisme (biotik)dapat
diilustrasikan sebagai berikut (Tabel 1.1).
 7

Tabel 1.1 Perbedaan Struktur Molukuler yang menusun benda Mati dan
struktur molukuler yang menyusun organisme.
Struktur Molekuler Benda Mati Struktur Molekuler Organisme
 Struktur dan susunannya seder-  Struktur dan susunannya kom-pleks
hana dan tidak terorganisasi, tidak terorganisasi secara sem-purna, baik
beraturan dan amburadul eksternal-internal, mikroskopis-
makroskopis.
 Setiap bagian atau komponen  Setiap bagian atau komponen yang
yang membangun benda tidak membangun organisme (sel) memiliki
memiliki fungsional. fungsional khusus, baik makroskopis
(kulit, daun, akar) jantung, paru-paru,
ginjal, dan sebagainya) maupun
mikroskopis (membran sel, sitoplasma
sel, mitokhondria, intisel). Bahkan,
komponen kimiawi sel seperti protein,
karbohidrat, lipid, dan asam nukleat
dan memiliki fungsional
 Memiliki lima proses kehidupan.
Mampu mengubah/transformasi
 Tidak memiliki lima proses kehi- bentuk energi lingkungan menjadi
dupan : gerak, tumbuh, iritabilitas, energi kimia untuk kehidupan.
reproduksi, dan metabolisme. Jika Komponen kimia yang menyusun sel
dibiarkan di alam terbuka, cende- senantiasa dinamis (turn-over) setiap
rung akan terurai sampai menca-pai saat. Akibat dari semuanya itu, organisme
keseimbangan dengan zat di (sel) dapat/mampu mempertahankan
sekelilingnya atau sirna kodratnya
 Cenderung akan mempertahankan
keberadaannya (eksis) di alam ini, karena
 Tidak memiliki proses regenerasi memiliki proses regenerasi/ reproduksi.

Untuk melaksanakan lima proses kehidupan oleh organisme, diperlukan suatu

kekuatan, yang dalam hal ini ada dalam bentuk energi. Energi di dalam proses
kehidupan (biologi) disebut bioenergi. Energi atau bioenergi yang dapat diterima pada
sistem biologi ialah energi dalam bentuk energi kimia, sedangkan untuk melaksanakan
lima proses kehidupan diperlukan berbagai bentuk energi, seperti kimia, kalor, listrik,
mekanik, osmotik, genetik, dan sebagainya. Bagaimanakah energi kimia di dalam
sistem biologi (baca: di dalam sel) dapat diubah atau ditransformasi menjadi berbagai
bentuk energi lain?
 8

Organisme atau sel memiliki sistem transformasi atau sistem konversi, yaitu
sistem di mana dari satu bentuk energi dapat diubah menjadi bentuk energi lain. Tabel
1.2 berikut memperlihatkan perubahan bentuk-bentuk energi yang terjadi pada
organisme/ sel.

Tabel 1.2 Transformasi atau konversi energi yang terjadi di dalam organisme
Transformasi Energi: Pada sel/organ
Kimia listrik otak dan saraf
Suara listrik telinga bagian dalam
Radiasi kimia khloroplas
Radiasi listrik mata
Kimia osmotik ginjal
Kimia mekanik otot/muskulus
epitel bersilia
Kimia radiasi kunang-kunang
Kimia listrik indra pencicip
(sumber: General Zoologi. G`h. Ed. 1973. oleh Claude A. Villee dkk,).

1.2 Komponen Kimiawi Sel

Kebanyakan sel disusun atau dibangun oleh senyawa organik. Sebagai

contoh, sel bakteri E. coli terdiri atas lebih 3000 macam molekul protein, lebih
3000 macam molekul asam nukleat, 5 macam molekul karbohidrat, 20 macam
molekul lipid, dan molekul-molekul turunan Berta ion-ion inorganik, seperd yang
diperlihatkan oleh Tabel 1.3 berikut.

Tabel1.3 Molekul yang membangun sel E. coli

% bobot Dugaan Macam
Komponen Molekul
Total Molekul
Air, HO 70 1
Protein 15 > 3000
Asam Nukleat :
- ADN dan ARN 7 > 3000

Karbohidrat 3 5

Lipid 2 20
2 500
Turunan protein, as, nukleat
karbohidrat dan lipid
 9

Ion-ion inorganik 1 20

Sumber: Principles of Biochemistry oleh L. Lehninger. 1982

Dari Tabel 1.3 di atas, ternyata sel dibangun oleh empat molekul
(makromolekul/polimer) yaitu: protein, asam nukleat, karbohidrat, dan lipid.
Keempat makromolekul itu disebut biomolekul, yaitu sebagai materi dasar
pembangun sel atau organisms hidup. Biokimia sebenarnya mempelajari dinamisasi
(turn-over) beserta dengan perubahan-perubahan yang terjadi di dalam sel hidup.
Sebelum mengkaji dinamisasi beserta dengan perubahan-perubahan yang terjadi,
termasuk bioenergi, terlebih dulu, perlu mengkaji fungsi biologi, struktur, dan sifat-
sifat kimiawi dari keempat biomolekul tadi.
Suatu keunikan, walaupun keempat biomolekul tadi bervariasi dalam
ukuran, struktur, dan fungsionalnya, mereka disusun bersama-sama oleh Senyawa
sederhana. Makromolekul protein disusun oleh: dua puluh α-asam amino,
makromolekul karbohidrat disusun oleh tiga monosakarida utama, makromolekul
lipid disusun oleh tujuh komponen utama, dan asam nukleat disusun oleh
delapan komponen utama. Tabel 1.4, berikut, memperlihatkan komponen
penyusun keempat biomolekul yang terdiri atas 35 senyawa kimia sederhana.

Tabel 1.4 Komponen utama penyusun empat biomolekul: Protein, karbohidrat, lipid,
dan asam nukleat Protein
Komponen Penyusun Molekul
Biomolekul
Protein 20 (X-asam amino : alanin, valin, leusin, isoleusin, prolin,
metionin, fenilalanin, triptofam, glisin, serin, treonin, sistein,
tirosin, asparagin, glutamat, lisin, arginin, histidin, as. asparat
dan as.glutamat
Karbohidrat 3 monoksida glukosa, ribosa dan deoksiribosa

Lipid 2 alkohol gliserol dan kholesterol

2 asam lemak asam lemak jenuh dan asam lemak tak jenuh
2 fosfatidil fosfatidilkholin dan fosfatidilinositol
1 asam fosfat
Asam nukleat 5 basa N citosin (C), Urasil (U), timin (T), adenin (A) dan
guanin (G) 1 asam asam fosfat (H3PO4)

1.3 Biomolekul Dan Dinamisasinya

Komponen-komponen senyawa kimia yang membangun sel senantiasa
dalam keadaan dinamis, artinya setiap komponen senyawa kimia penyusun
 10

biomolekul sel senantiasa diganti, sesuai dengan waktu paruhnya. Jika dimisalkan,
satu sel adalah suatu kesatuan substansia kimia yang kompleks maka selalu ada
pertukaran ion atau molekul. Berarti, ada ion atau molekul yang masuk (input)
dan ion atau molekul yang diganti dan harus keluar (output) mening-galkan
substansia (sel). Dengan demikian, sel sebagai unit terkecil kehidupan, selama
ia masih hidup, terjadilah proses masuk keluar-nya ion atau molekul.

Gambar 1.1 Dinamisasi (turn-over) ion atau molekul penyusun substansia (sel)

Di dalam proses kehidupan, ion atau molekul yang masuk ke dalam sel
ada dalam wujud/bentuk nutrien, sebagai makanan sehari-hari, dan ion atau molekul
yang digantikan atau yang keluar dari sel ada dalam wujud/bentuk limbah.
Tergantung kepada kondisi sel, bila sel bersangkutan masih dalam proses
pertumbuhan, secara kualitatif dan kuantitatif, ion atau molekul yang masuk (input)
lebih banyak dari ion atau molekul yang digantikan (output). Pada sel yang tidak
lagi dalam proses pertumbuhan, dimana ukuran dan bentuk bentuk sudah stabil,
ion atau molekul yang keluar akan seimbang.

Untuk menggambarkan bagaimana masuk keluarnya nutrien dan limbah

ke dan dari sel, perlu mengingat ukuran mulai dari atom/ion sampai dengan
organisme paling besar yang ada di alam ini. Tabel 4, akan mengingatkan
 11

kembali ukuran-ukuran tersebut mulai dari atom sampai organisme terbesar

yang masih ada di alam ini. Bagaimanakah bila sel memerlukan molekul
protein, sedangkan protein adalah suatu polimer yang berukuran raksasa
(raksasanya molekul) yang berstruktur makromolekul?
Proses masuk keluarnya ion atau molekul ke dan dari sel tidak terlepas
dari proses bongkar pasang. Proses bongkar pasang tersebut di dalam
biokimia disebut metabolisma. Bila suatu sel memerlukan suatu protein,
misalnya protein ABC (makromolekul), yang disusun oleh molekul-molekul (unit)
A, B, dan C, karena ukuran protein ABC ini terlalu besar, maka ia tidak dapat masuk
ke dalam sel dan agar kebutuhan sel terhadap protein ABC tersebut terpenuhi,
terjadilah proses bongkar-pasang, dimana protein ABC lebih dulu harus
dibongkar menjadi unit -unit A, B, dan C. Karena ukurannya memungkinkan,
unit-unit A, B, dan C dapat masuk ke dalam sel. Setelah unit-unit A, B, dan C
tersebut masuk ke dalam sel maka terjadilah proses pasang atau perakitan unit-unit A,
B, dan C menjadi protein ABC kembali.
Metabolisms dalam biokimia memiliki pengertian yang lebih luas lagi,
bukan sekadar bongkar pasang suatu senyawa kimia, tetapi juga mengandung arti
sintesis.

Tabel 1.5 Ukuran mulai dari atom sampai organisms terbesar yang pernah ada di alam
ini

(diambil dari: Bioclwwsin oleh C.K. Matehews dan K.E. van Holds, 1990)

Pengertian sintesis ialah membentuk senyawa -senyawa baru, dalam hal

ini membentuk molekul protein baru yang diperlukan oleh suatu sel terutama
yang berkaitan dengan genetika. Misalnya, sel dalam mempertahankan kodratnya di
 12

alam ini harus menyintesis protein khusus, sesuai dengan kodratnya. Metabolisma
yang akan dibicarakan hanya sampai pada bongkar pasang, artinya tidak menyintesis
protein baru. Metabolisma yang membicarakan pembentukan protein khusus
akan dibicarakan khusus pada biokimia genetik.
Met abolisma bongkar pasang yang akan dibicarakan dalam bent uk
proses reaksi kimia, artinya memenuhi kaidah-kaidah atau fenomena-fenomena
reaksi-reaksi kimiawi. Bagairnanakah suatu reaksi kimia itu dapat terjadi di dalam
sel? Inilah suatu keunikan atau keajaiban dari sekian banyak rahasia alam. Ilmu
pengetahuan, antara lain, memang mempelajari rahasia alam. ini. Marilah, kita
membandingkan reaksi-reaksi rang terjadi di dalam tabung atau in vitro (vitro = kaca)
dan reaksi yang terjadi di dalam sel atau in vivo (vivo = hidup).

Reaksi dalam tabung/invitro Reaksi dalam sel/invivo

 Wadah reaksi: tabung reaksi (invitro)  Wadah reaksi: sel hidup (invivo)
 Dalam sesaat, hanya dua zat (dua
reaktan) yang dapat melakukan  Dalam sesaat, dapat terjadi lebih
reaksi dan dapat diamati serta dirasakan dari dua zat yang bereaksi (simultan)
peristiwa-peristiwa: mengeluarkan dan tidak dapat diamati dan dirasakan
panas (eksoterm) atau me nyerap
panas (endoterm), perubahan warna,
mengeluarkan asap atau partikel-
partikel, terdengar suara, dan akhirnya
tabung dapat pecah  Reaksi
dapat terus- menerus,
dengan asumsi kebutuhan sel dipenuhi
 Reaksi tidak dapat terus-menerus  Reaksi hanya terjadi pada temperatur
(akan berhenti) tubuh atau isoterm.

 Reaksi dapat terjadi pada berbagai

temperatur

Bagaimana reaksi di dalam sel dapat terjadi pada kondisi temperatur

tetap (isoterm) dan dapat berlangsung terus-menerus selama sel tersebut
masih hidup? Apakah ada pola reaksi khusus yang terjadi di dalam sel?
Dan siapakah yang mengendalikan jalannya reaksi pada setup saat sehingga reaksi-
reaksi tersebut tidak bertabrakan? Berikut, biokimia akan menjelaskannya.
 13

BAB II. BIOMOLEKUL

Kira-kira 20 milyar tahun yang lalu jagat raya terbentuk, dengan ledakan
dahsyat yang melemparkan partikel-partikel subatom yang panas, dan kaya energi ke
ruang angkasa. Lambat-laun, dengan mendinginnya jagat raya, partikel-partikel
elementer ini bergabung dan membentuk inti bermuatan positif yang dapat menarik
elektron yang bemuatan negatif. Dengan demikian terbentuklah beratus-ratus atau
lebih elemen kimiawi. Setiap atom tunggal yang ada di dalam jagat raya sekarang mi,
termasuk atom-atom organisme hidup, terbentuk dan ―ledakan dahsyat.‖ Dengan
demikian kita ini dan pada dasarnya, semua makhluk hidup terbentuk dari debu
bintang.
Senyawa-senyawa organik sederhana yang merupakan pembentuk organisme
hidup adalah bersifat khas dan tidak ada di bumi sekarang in kecuali sebagai produk
aktivitas biologis. Senyawa pembangun mi, yang disebut biomolekul, dipilih selama
masa evolusi biologis agar sesuai dalam melaksanakan fungsi-fungsi sel tertentu,
senyawa-senyawa tersebut identik dengan semua organisme. Biomolekul
dihubungkan satu sama lain dan berinteraksi dalam bentuk ―permainan‖ molekul atau
logik. Ukuran, bentuk dan reaktivitas kimiawi biomolekul memungkinkan mereka
tidak saja untuk berfungsi sebagai unsur pembentuk struktur sel yang rumit, tetapi
juga berperan serta dalam transformasi energi dan materi yang berlangsung secara
dinamis dan berkesinambungan. Oleh sebab itu biomolekul haruslah diteliti dan dua
pandangan, yakni dari pandangan kimiawan dan dari pandangan biologiwan.
Biokimia adalah superkimia (superchemistry).

2.1 Komposisi Benda Hidup: Biomolekul

Kita telah melihat banyaknya kesamaan pada komposisi kimiawi spesies
hewan dan tumbuhan yang berbeda. Contohnya, semua molekul protein di dalam
semua spesies hidup terbuat dari susunan 20 asam amino yang sama. Demikian pula
semua asam nukleat di dalam semua spesies terbuat dari susunan nukleotida yang
sama. Namun demikian, kita sekarang akan melihat bahwa komposisi kimiawi benda
hidup amat berbeda dengan benda tak berjiwa dari kerak bumi. Oleh karena itu, kita
dapat menanyakan beberapa pertanyaan dasar, pada awal telaah kita mengenai
biomolekul dan interaksinya. Unsur kimia apakah yang ditemukan di dalam sel. Jenis
molekul apakah yang ada di dalam benda hidup. Pada proporsi berapa. Bagaimana
munculnya molekul tersebut. Dalam hal apakah jenis-jenis molekul yang dijumpai di
dalam benda hidup terutama sesuai dengan peranannya.
Di dalam mencari jawaban pertanyaan ini, kita perlu meneliti biomolekul
seperti yang kita lakukan terhadap molekul nonbiologi, dengan prinsip dan
pendekatan yang sama, yang dipergunakan di dalam kimia klasik. Akan tetapi, kita
juga harus memandang biomolekul dari sudut biologi, yakni dengan konsep bahwa
jenis molekul yang berbeda di dalam benda hidup saling berhubungan dan
 14

berinteraksi bersama-sama dalam istilah yang kita sebut sebagai logika molekuler
keadaan hidup.

2.2 Komposisi Kimiawi Benda Hidup Berbeda dengan Komposisi Kimiawi

Kerak Bumi

Hanya 27 dari 92 unsur kimia alami yang penting bagi berbagai bentuk hidup;
unsur-unsur ini tersusun di dalam Tabel 2.1. Kebanyakan unsur di dalam benda hidup
mempunyai bilangan atom yang relatif rendah; hanya tiga yang mempunyai bilangan
atom di atas 34. Terlebih lagi, distribusi unsur yang ditemukan di dalam organisme
hidup tidak proporsionil dengan komposisinya di dalam kerak bumi (Tabel 1.2).
Keempat unsur yang paling berlimpah di dalam organisme hidup yang dihitung
berdasarkan persentase jumlah total atom adalah hidrogen, oksigen, karbon, dan
nitrogen; bersama-sama, keempat unsur ini menyusun sampal 99 persen massa pada
kebanyakan sel. Tiga di antara unsur ini, hidrogen, nitrogen, dan karbon terdapat
dalam jumlah jauh lebih banyak di dalam benda hidup dibandingkan dengan
jumlahnya pada kerak bumi. Perbedaan dalam komposisi unsur pada kerak bumi dan
benda hidup bahkan lebih nyata lagi jika kita menghitung komposisi ini dalam berat
kering atau bagian padat benda hidup, tanpa mengikut-sertakan kandungan airnya
yang mencapai lebih dari 75 persen.

Tabel 2.1 Bioelemen ( Unsur-unsur berikut ini telah ditemukan sebagai komponen
penting bagi benda hidup; akan tetapi, tidak semua unsur kelumit yang
terdaftar disini diperlukan oleh tiap spesies

Unsur Utama Benda Insur yang terdapat Unsur kelumit Unsur Kelumit
Organik sebagai Ion
Karbon ( C ) Sodium ( Na+) Besi ( Fe) Nikel (Ni)
Hidrogen (H) Potasium ( K+) Baja (Cu) Khromium (Cr)
Oksigen (O) Magnesium (Mg2+) Seng (Zn) Fluor (F)
Nitrogen (N) Kalsium ( Ca2+) Mangan (Mn) Selenium (Se)
Fosfor (P) Khlor (Cl-) Kobalt ( Co) Silikon (Si)
Sulfur (S) Iodium (I) Timah (Sn)
Molibdenum (Mo) Boron (B)
Vanadium (V) Arsenikum (As)

Karbon menyusun 50 sampai 60 persen berat kering sel hidup, nitrogen hampir 8
sampai 10 persen, oksigen kira-kira 25 sampai 30 persen, dan hidrogen hampir 3
sampai 4 persen. Sebaliknya, karbon, hidrogen, dan nitrogen bersama-sama hanya
menyusun kurang dari 1 persen massa kerak bumi. Tetapi, dalam hal lain, delapan
dari sepuluh unsur yang paling berlimpah di dalam tubuh manusia juga termasuk
dalam sepuluh unsur utama di dalam air laut.
 15

Dua kesimpulan sementara diberikan oleh data ini. Pertama adalah bahwa
senyawa kimia yang mengandung karbon, hidrogen, oksigen, dan nitrogen, yakni
unsur yang paling utama di dalam organisme hidup, mungkin telah terseleksi selama
evolusi karena senyawa ini mempunyai kesesuaian yang unik bagi proses kehidupan.
Yang kedua adalah bahwa air laut mungkin merupakan media cair tempat organisme
hidup yang pertama muncul pada awal sejarah bumi.

Tabel 2.2 Kedelapan unsur yang paling banyak dalam kerak bumi dan dalam tubuh
manusia sebagai presentase total jumlah atom
Kerak Bumi Tubuh Manusia
Unsur % Unsur %
O 47 H 63
Si 28 O 25,5
Al 7,9 C 9,5
Fe 4,5 N 1,4
Ca 3,5 Ca 0,31
Na 2,5 P 0,22
K 2,5 Cl 0,08
Mg 2,2 K 0,06

2.3 Kebanyakan Biomolekul Adalah Senyawa Karbon

Kimiawi organisme hidup terorganisasi disekitar unsur karbon, yang mencapai
lebih dan setengah berat keringnya. Karbon, seperti hidrogen. oksigen, dan nitrogen,
mampu membentuk ikatan kovalen, yakni ikatan yang terbentuk oleh pemakaian
bersama pasangan elektron. Atom hidrogen memerlukan satu elektron, oksigen
memerlukan dua, nitrogen tiga, dan atom karbon empat untuk mengisi kulit luar
masing-masing. Jadi, atom karbon dapat memakai bersama empat pasangan elektron
dengan empat atom hidrogen untuk membentuk senyawa metana (CH4). Di sini, tiap-
tiap elektron yang dipakai bersama ini merupakan ikatan tunggal. Karbon juga dapat
membentuk ikatan tunggal dengan atom oksigen dan nitrogen. Tetapi, yang paling
nyata di dalam biologi adalah kemampuan atom karbon untuk memakai bersama
pasangan elektron dengan sesama karbon, membentuk ikatan tunggal karbon-karbon
yang stabil. Tiap atom karbon dapat membentuk ikatan tunggal dengan satu, dua, tiga
atau empat atom karbon lain. Bahkan, dua atom karbon dapat memakai bersama dua
pasang elektron dengan sesamanya, membentuk ikatan ganda karbon-karbon. Dengan
adanya sifat ini, atom karbon yang terikat secara kovalen dapat disambung
membentuk berbagai jenis struktur rantai linear, rantai bercabang, struktur siklik dan
sangkar, dan kombinasi struktur-struktur ini untuk membentuk kerangka berbagai
jenis molekul organik. Pada kerangka karbon ini berbagai gugus atom lain dapat
diikat, karena karbon dapat juga membentuk ikatan kovalen dengan oksigen,
hidrogen, dan nitrogen serta sulfur. Molekul yang mengandung kerangka karbon yang
berikatan kovalen seperti itu, kita kenal sebagai senyawa organik, yang dapat
dijumpai dalam jenis-jenis yang hampir tidak terbatas. Karena kebanyakan
 16

biomolekul adalah senyawa karbon organik, kita dapat menyimpulkan bahwa

kemampuan unsur karbon yang demikian bervariasi dalam membentuk ikatan,
mungkin merupakan faktor utama dalam seleksi senyawa karbon bagi mesin
molekuler sel selama muncul dan berevolusinya organisme hidup.

2.4 Biomolekul Organik Mempunyai Bentuk dan Ukuran Spesifik

Keempat ikatan kovalen tunggal atom karbon terpisah di dalam suatu susunan
tetrahedral dengan sudut kira-kira 109,5° di antara dua ikatannya. Sudut ini bervariasi
sedikit dari satu atom karbon ke atom karbon lainnya pada molekul organik yang
berbeda. Karena sifat ini, senyawa karbon organik yang berbeda dapat berbeda pula
struktur tiga dimensinya. Tidak ada unsur kimiawi lain yang dapat membentuk
molekul yang amat berbeda ukuran dan bentuknya, atau dengan keragaman yang
tinggi pada kandungan rantai samping dan gugus fungsionilnya. Banyak dan
kompleksitas yang demikian tinggi pada struktur di dalam sel yang merupakan
pencerminan dari molekul organik penyusun yang berbeda ukuran dan bentuknya.
Sifat kedua yang penting dari senyawa organik adalah adanya kebebasan
sempurna dalam rotasi terhadap setiap ikatan tunggal karbon, kecuali jika ada gugus
berukuran besar atau bermuatan tinggi yang terikat pada kedua atom karbon, yang
dapat menghambat rotasi. Jadi, molekul organik dengan banyak ikatan tunggal dapat
mempunyai bentuk yang berbeda-beda, disebut konformasi, tergantung pada tingkat
rotasi ikatan tunggalnya.
Ciri penting ketiga dari ikatan kovalen karbon adalah bahwa ikatan ini
mempunyaj panjang yang khas. Ikatan tunggal karbon-karbon mempunyai panjang
rata-rata 0,154 nm (atau 1,54 Ᾰ, satuan yang lebih tua ini dipergunakan di dalam
kimia struktur), ikatan ganda karbon-karbon lebih pendek, kira-kira 0,134 nm.
Berlainan dengan ikatan tunggal, ikatan ganda karbon-karbon bersifat kaku dan tidak
membiarkan rotasi sempurna. Ikatan ganda juga membuat sudut yang lebih besar
dengan ikatan tunggal lain pada atom karbon yang sama. Sudut ikatan dan panjang
antar pusat ikatan dalam molekul organik diperlihatkan paling jelas oleh model bola
dan tongkat, sedangkan keseluruhan bagian luar molekul organik diperlihatkan
dengan baik oleh model ruang yang bersifat proporsional dalam ukuran sampai pada
jari-jari atom yang berbeda. Dari pembahasan di atas kita lihat bahwa biomolekul
organik mempunyai ukuran dan sifat mengisi ruang tiga dimensi yang khas,
tergantung pada struktur kerangka dasar dan gugus subtitusinya.
Konformasi tiga dimensi biomolekul organik merupakan hal yang paling
penting dalam banyak aspek biokimia, contohnya, di dalam reaksi antara sisi katalitik
suatu enzim dan substratnya. Kedua molekul harus sesuai satu dengan lainnya secara
tepat, saling mengisi, untuk menjalankan fungsi biologi secara tepat. Sifat saling
mengisi yang tepat ini juga diperlukan di dalam pengikatan molekul hormon oleh
reseptornya pada permukaan sel dan dalam replikasi DNA serta banyak aktivitas sel
lainnya. Untuk alasan ini, telaah struktur tiga dimensi biomolekul dengan metode fisik
 17

yang tepat merupakan bagian penting dari penelitian modern struktur sel dan fungsi
biokimiawi.

2.5 Gugus Fungsionil Biomolekul Organik Menentukan Sifat Kimia

Hampir semua biomolekul organik dapat dipandang sebagai turunan
hidrokarbon, yaitu senyawa karbon dan hidrogen yang mempunyai kerangka dasar
yang tersusun dari atom karbon, yang dipersatukan oleh ikatan kovalen. Ikatan lain
atom karbon ini dipergunakan oleh atom hidrogen. Kerangka dasar hidrokarbon
bersifat sangat stabil, karena ikatan tunggal dan ganda karbon-karbon
mempergunakan pasangan elektron bersama-sama secara merata.
Satu atau lebih atom hidrogen pada hidrokarbon dapat digantikan oleh
berbagai jenis gugus fungsionil untuk menghasilkan berbagai golongan senyawa
organik. Golongan istimewa senyawa organik dengan gugus fungsional khas masing-
masing adalah alkohol, yang mempunyai satu atau lebih gugus hidroksil; amina yang
mempunyai gugus amino, keton yang mempunyai gugus karbonil; dan asam yang
mempunyai gugus karboksil. Beberapa gugus fungsionil umum lain juga penting di
dalam biomolekul.
Gugus fungsionil pada biomolekul organik tersebut bersifat lebih kimiawi-
reaktif dibandingkan dengan kerangka hidrokarbon jenuh, yang tidak mudah bereaksi
dengan kebanyakan pereaksi kimia. Gugus fungsionil dapat mengubah distribusi
elektron dan geometris atom-atom tetangganya dan karenanya, mempengaruhi
reaktivitas kimiawi molekul organik secara keseluruhan. Dengan melihat adanya
gugus fungsionil tertentu pada biomolekul organik, reaksi dan tingkahlaku kimiawi
molekul tersebut dapat dianalisa dan diramalkan. Seperti akan kita lihat, enzim,
katalisator sel hidup berfungsi dengan mengenali gugus fungsionil spesifik pada suatu
biomolekul dan mengkatalisa perubahan kimia yang spesifik pada strukturnya.
Kebanyakan biomolekul yang akan kita amati bersifat polifungsionil,
mengandung dua atau lebih jenis gugus fungsionil yang berbeda. Pada molekul
tersebut, tiap jenis gugus mempunyai sifat dan reaksi kimia sendiri-sendiri. Sebagai
gambaran, dapat kita gunakan asam amino, suatu golongan biomolekul penting yang
terutama berfungsi sebagai unit pembangun protein. Semua asam amino mengandung
sedikitnya dua jenis gugus fungsionil yang berbeda, suatu golongan amino dan
golongan karboksil, seperti diperlihatkan bagi alanin. Sifat-sifat kimia asam amino
ini terutama tergantung pada sifat-sifat kimia gugus amino dan karboksilnya. Di
antara contoh lain, biomolekul polifungsional yang biasa kita jumpai adalah gula
sederhana giukosa, yang mengandung dua jenis gugus fungsionil, hidroksil dan
aldehida. Berkali-kali lagi akan kita lihat bahwa gugus fungsionil pada biomolekul
memegang peranan penting dalam aktivitas biologinya.

Banyak Biomolekul Bersifat Asimetris

Susunan tetrahedral ikatan tunggal pada atom karbon memberikan sifat
penting lain pada beberapa molekul organik yang amat penting didalam biologi. Bila
 18

mana terdapat empat atom atau gugus fungsionil yang berbeda, yang berikatan
tunggal pada atom karbon tertentu dalam suatu molekul organik, atom karbon mi
disebut asimetris, karena dapat berbentuk dua isomer yang dinamakan enansiomer
yang mempunyai konfigurasi yang berbeda di dalam ruang. Seperti dapat terlihat
pada, enansiomer bersifat bayangan cermin yang tidak saling menutupi (tidak identik)
terhadap sesamanya. Enansiomer juga disebut isomer optik atau stereo isomer,
bersifat identik dalam reaksi-reaksi kimianya, tetapi berbeda dalam sifat fisik yang
amat khas, yakni kemampuan memutar bidang cahaya terpolarisasi. Jika larutan dan
suatu bentuk enansiomer memutar bidang cahaya tersebut ke kanan, maka larutan
enansiomer pasang memutar bidang cahaya ke kiri; sifat ini dapat diukur dengan suatu
polarimeter. Senyawa yang tidak mempunyai atom karbon asimetrik tidak memutar
bidang cahaya terpolarisasi.
Asam amino alanin merupakan molekul asimetrik, karena atom karbon
pusatnya mengandung empat golongan substituen yang berbeda: golongan metil,
amino, karboksil, dan atom hidrogen. Lebih jauh lagi, kita lihat bahwa kedua
enansiomer yang berbeda dari alanin bersifat bayangan cermin yang tidak saling
menutupi satu terhadap Iainnya. Kedua bentuk alanin mempunyai hubungan satu
terhadap lainnya, sama seperti tangan kanan dan tangan kiri; kita mengetahui dari
pengalaman bahwa sarung tangan sebelah kanan tidak dapat dipakai untuk tangan kiri.
Karena senyawa yang mempunyai atom karbon asimetrik dapat dianggap mempunyai
bentuk ―kanan‖ dan ―kiri‖, senyawa-senyawa ini disebut senyawa ―khiral‖ (bahasa
Yunani chiros, artinya tangan). Dengan demikian, atom asimetrik atau pusat senyawa
khiral disebut atom khiral atau pusat.
Banyak biomolekul organik, di samping asam amino bersifat ―khiral‖ dan
mengandung satu atau lebih atom karbon asimetrik. Gula yang umum dijumpai,
glukosa merupakan contoh lain, molekul ini mengandung tidak kurang dari lima
karbon asimetrik. Lebih jauh lagi, molekul ―khiral‖ di dalam organisme hidup
biasanya berada dalam salah satu bentuk ―khiral‖nya. Contohnya, asam amino pada
molekul protein, seperti alanin, berada hanya dalam satu bentuk khiral. Demikian
pula glukosa, unit penyusun pasti secara biologi berada hanya dalam satu dari
sejumlah bentuk khiralnya. Kebalikannya, jika seorang ahli kimia organik di dalam
laboratorium melakukan sintesa suatu senyawa organik yang melibatkan atom karbon
asimetrik, reaksi nonbiologi yang umum membentuk kedua kemungkinan bentuk
khiral pada kecepatan yang sama, menghasilkan campuran dengan konsentrasi yang
sama. Kedua bentuk khiral di dalam campuran tersebut dapat dipisahkan satu dengan
lainnya, hanya dengan mempergunakan metode fisik yang amat sulit. Di dalam sel
hidup, biomolekul khiral dibuat oleh enzim dengan cara sedemikian rupa sehingga
hanya satu diantara kedua enansiomer yang terbentuk. Hal ini terjadi, karena molekul
enzim sendiri merupakan struktur khiral.
Spesifisitas ruang banyak biomolekul merupakan ciri khas logika molekuler
sel hidup, dan sifat ini juga mendukung secara kuat bahwa bentuk tiga dimensi
biomolekul amat penting dalam fungsi biologinya. Kita akan mengamati molekul
 19

khiral dan stereoisomereisme secara lebih terinci, pada saat kita mempelajari asam
amino dan gula.

Golongan Utama Biomolekul Di dalam Sel Adalah Molekul Berukuran Besar

Tabel 2.3 memperlihatkan golongan utama biomolekul yang ditemukan di
dalam bakteri Escherichia coli, persentasi berat tiap golongan dari berat total sel, dan
suatu dugaan berbagai jenis biomolekul dalam tiap golongan. Air merupakan senyawa
yang paling berlimpah di dalam E. coli, dan di dalam hampir semua jenis sel dan
organisme. Garam anorganik dan unsur mineral sebaliknya merupakan bagian yang
amat kecil dari total padatan, tetapi banyak di antaranya yang mempunyai proporsi
yang sama dengan distribusinya di dalam air laut. Hampir semua benda padat dalam
sel E. coli dan untuk hal ini dalam semua jenis sel merupakan senyawa onganik, dan
dikenal dalam empat bentuk: protein, asam nukleat, polisakarida, dan lipid. Protein
merupakan bagian terbesar dari benda hidup, tidak hanya di dalam E. coil, tetapi di
dalam semua jenis sel. Memang, nama protein (bahasa Yunani, proteios) berarti
―pertama‖ atau ―utama.‖ Protein adalah produk langsung dan efektor aksi gen di
dalam semua bentuk kehidupan. Banyak protein yang mempunyai aktivitas katalitik
spesifik dan berfungsi sebagai enzim. Protein lain berfungsi sebagai unsur struktural
di dalam sel dan jaringan. Yang lain ada di dalam membran sel dan menjalankan
transport senyawa tertentu ke dalam atau ke luar sel. Banyak fungsi biologi lain yang
dijalankan oleh protein yang mungkin merupakan biomolekul yang paling
―serbaguna.‖ Asam nukleat DNA dan RNA mempunyai fungsi universil yang sama
pada semua sel, yakni berpartisipasi dalam penyimpanan, transmisi dan translasi
informasi genetik. DNA berfungsi sebagai informasi genetik repositori, berbagai jenis
RNA membantu proses translasi informasi ini menjadi struktur protein.

Tabel 2.3 Komponen Molekuler Sel E.Coli

Persen Berat Total Dengan Jumlah Jenis Molekul
Air 70 1
Protein 15 3000
Asam Nukleat
DNA 1 1
RNA 6 >3000
Polisakarida 3 5
Lipid 2 20
Molekul unit penyusun dan
2 500
perantara
Ion anorganik 1 20

Polisakarida mempunyai dua fungsi utama. Beberapa, seperti pati, merupakan

penyimp an bahan bakar penghasil energi, dan yang lain seperti selulosa, berfungsi
sebagai unsur struktural pada bagian luar sel. Lipid, senyawa berlemak atau
berminyak memegang dua peranan utama. Sebagai komponen struktural utama pada
membran dan sebagai penyimpan bahan bakar kaya energi.
 20

Keempat golongan utama biomolekul mempunyai sifat umum: senyawa-

senyawa ini mempunyai struktur yang relatif besar, dengan berat molekul tinggi, dan
karenanya disebut makromolekul. Berat molekul protein berkisar antara 5000 sampai
lebih dari 1 juta; berat molekul berbagai jenis asam nukleat berkisar sampai beberapa
milyar; polisakarida seperti pati sampai jutaan. Molekul lipid jauh lebih kecil (BM
750 sampai 1500), tetapi karena lipid biasanya bersatu bersama-sama dalam jumlah
ribuan untuk membentuk struktur berukuran besar yang berfungsi seperti sistem
makromolekular, terutama pada ―pusat‖ membran sel, kita dapat menyimpulkan
bahwa struktur lipid tersebut adalah salah satu makromolekul.

Makromolekul dibangun dari Molekul Unit Pembangun yang Kecil

Walaupun organisme hidup mengandung sejumlah besar protein dan asam
nukleat yang berbeda, adanya kesederhanaan mendasar pada struktur tersebut.
Molekul unit pembangun semua protein dan asam nukleat tidak berjumlah banyak dan
bersifat identik di dalam semua spesies hidup. Protein semua spesies terbuat hanya
dari 20 jenis asam amino, yang tersusun dalam berbagai urutan linier untuk
membentuk rantai panjang. Demikian pula, asam nukleat yang panjang serupa rantai
pada semua organisme dibangun dari sejumlah kecil nuk1eotida juga tersusun daiam
berbagai urutan yang berbeda. Protein dan asam nukleat merupakan makromolekul
informasi: tiap protein dan tiap asam nukleat mempunyai urutan unit pembangun yang
kaya akan informasi yang khas.
Polisakarida juga disusun dari berbagai unit pembangun. Pati dan selulosa,
contohnya, terdiri dari rantai panjang, hanya dari sejenis unit pembangun, yakni gula
glukosa. Karena polisakarida terbuat hanya dari sejenis unit, atau, dari dua unit
berbeda secara bergantian, molekul ini tidak dapat membawa informasi genetik. Lebih
dari 90 persen senyawa padat organik pada organisme hidup yang mengandung ribuan
makromolekul, yang berbeda, dibangun dari hanya kira-kira tiga lusin jenis molekul
organik kecil, sederhana yang berbeda. Jadi, kita perlu mengetahui struktur dan sifat
dari relatif hanya beberapa senyawa organik, untuk memahami struktur makromolekul
biologi dan beberapa pninsip pengaturan biokimia.

Molekul Unit pembangun Berstruktur Sederhana

Unit pembangun protein adalah 20 jenis asam amino, semua mempunyai
gugus amino dan karboksil yang terikat pada atom karbon yang sama. Asam amino ini
berbeda satu dengan lainnya hanya pada bagian molekul yang disebut gugus R. Unit
struktural berulang dari semua asam nukleat adalah delapan jenis nukleotida: empat
jenis nukleotida menyusun DNA, dan empat lainnya merupakan unit struktural RNA.
Masing-masing nukleotida seterusnya mengandung tiga unit yang lebih kecil: (1)
suatu basa nitrogen organik, (2) suatu gula 5-karbon, dan (3) asam fosfat.
Kita telah melihat bahwa polisakarida alami yang paling banyak dijumpai, pati
dan selulosa tersusun atas unit berulang dari D-glukosa. Lipid juga tersusun dari
relatif hanya sedikit jenis molekul unit pembangun organik. Kebanyakan molekul
 21

lipid mengandung satu atau lebih asam lemak berantai panjang, diantaranya, asam
palmitat dan asam oleat adalah senyawa induknya. Banyak lipid juga mengandung
suatu alkohol, contohnya gliserol, dan beberapa mengandung asam fosfat. Jadi, hanya
kira-kira tiga lusin senyawa organik yang berbeda, diperlihatkan dalam Gambar 3.11
yang merupakan induk hampir semua biomolekul.
Biomolekul unit pembangun mempunyai fungsi ganda di dalam organisme
hidup. Sebagai contoh, Gambar 1. Memperlihatkan bahwa D-glukosa berperan bukan
hanya sebagai unit pembangun karbohidrat penyimpan seperti pati, dan karbohidrat
struktural selulosa, tetapi juga merupakan prekursor gula-gula lain seperti D-fruktosa,
D-manosa, dan sukrosa atau gula tebu. Asam lemak berperan bukan hanya sebagai
komponen lipid kompleks dalam struktur membran sel, tetapi juga sebagai komponen
lemak, molekul berenergi tinggi yang berfungsi sebagai depot penyimpan bahan
bakar. Asam lemak juga merupakan komponen mantel lilin pelindung pada daun dan
buah tumbuhan, dan berfungsi sebagai prekursor molekul-molekul lain. Asam amino
tidak hanya merupakan unit pembangun protein, tetapi beberapa juga berfungsi
sebagai senyawa neurotransmiter dan sebagai prekursor beberapa hormon dan
alkaloid beracun pada beberapa tumbuhan. Adenin berperan sebagai unit pembangun
di dalam struktur asam nukleat, beberapa koenzim, dan ATP sebagai pembawa energi
sel.

Jadi, biomolekul unit pembangun merupakan asal mula atau induk kebanyakan
biomolekul lain. Kita dapat menganggapnya sebagai molekul ABC benda hidup.
Golongan senyawa organik sederhana di atas patut dipandang dengan kagum dan
takjub, karena senyawa tersebut terseleksi selama proses evolusi dan saling bekerja
sama di dalam suatu hubungan unik dan istimewa, sehingga kita menyebutnya sebagai
logika molekuler organisme hidup.

Terdapat Tingkatan Di dalam Struktur Sel

Biomolekul unit pembangun yang telah kita amati merupakan molekul yang
amat kecil dib andingkan dengan makro-molekul biologi. Sebagai contoh, suatu
molekul asam amino seperti alanin berukuran lebih kecil dari 0,7 nm (panjang),
sedangkan protein seperti hemoglobin, yaitu protein berwarna merah pembawa
oksigen pada sel darah merah, terdiri dari sejumlah 600 unit asam amino, tersusun
menjadi rantai panjang yang berlipat menjadi bentuk bulat. Molekul protein,
sebaliknya kecil dibandingkan dengan contohnya ribosom jaringan hewan yang
mengandung sejumlah 70 protein yang berbeda dan 4 asam nukleat. Dan ribosom,
 22

sebaliknya berukuran kecil dibandingkan dengan organel seperti mitokhondria. Jadi,

merupakan suatu lompatan jauh dari biomolekul sederhana sampai kepada aspek
makroskopik yang lebih besar dari struktur sel.
Terdapat tingkatan (hirarki) di dalam organisasi seluler. Organel, subdivisi
terbesar pada sel eukaryotik terdiri dari substruktur yang lebih kecil, yang disebut
sebagai susunan supramolekuler dan substruktur ini terdiri dari makromolekul.
Sebagai contoh,inti sel, suatu organel, mengandung beberapa jenis susunan
supramolekuler, seperti membran, khromatin dan ribosom. Tiap Supramolekuler
tersebut terdiri dari makromolekul; contoh, khromatin terdiri dari DNA, RNA dan
berbagai jenis protein. Tiap makromolekul sebaliknya disusun oleh unit pembangun
yang lebih kecil.
Pada protein asam nukleat dan polisakarida, unit pembangun masing-masing
diikat satu dengan lainnya oleh ikatan kovalen, tetapi dalam susunan supramolekuler
sel, contohnya ribosom, membran, atau khromatin, makromolekul diikat bersama-
sama oleh interaksi yang lebih lemah. Di antara jenis interaksi ini, terdapat ikatan
hidrogen, yang mempunyai energi ikatan hanya beberapa kilokalori dibandingkan
dengan ikatan kovalen yang mempunyai energi ikatan 80 sampai 100 kkal/mol.
Berbagai protein dan molekul RNA pada ribosom juga disatukan bersama-sama
dalam suatu susunan tiga dimensi yang khas dan spesifik oleh struktur masing-masing
yang saling menempatkan diri secara tepat dan oleh gaya tarik yang secara individu
bersifat lemah, tetapi secara kolektif bersifat kuat, misalnya seperti ikatan hidrogen.
Walaupun molekul unit pembangun berukuran amat kecil dibandingkan
dengan ukuran sel dan organelnya, molekul-molekul ini dapat mempengaruhi bentuk
dan fungsi struktur yang lebih besar tersebut. Sebagai contoh, pada penyakit
keturunan pada manusia: anemi “sel sabit,‖ molekul hemoglobin pembawa oksigen
pada sel darah merah mengalami kelainan karena adanya kerusakan pada sintesa 2
dan hampir 600 unit asam amino yang menyusun hemoglobin. Perbedaan amat kecil
dalam bagian yang juga amat kecil dari struktur keseluruhan molekul tersebut
menghalangi hemoglobin yang bersangkutan untuk berfungsi secara normal: sel darah
merahnya tidak berbentuk dan tidak berfungsi secara normal. Jadi, kita lihat bahwa
ukuran, bentuk, dan fungsi biologi tidak hanya pada makromolekul, tetapi juga pada
keseluruhan sel, mungkin tergantung kepada ukuran dan bentuk komponen unit
pembangun sederhananya.

Biomolekul Pertama-tama Timbul oleh Evolusi Kimia

Karena makromolekul dalam semua spesies organisme hidup secara universal
terbuat hanya dari beberapa lusin molekul unit pembangun, mungkin semua
organisme hidup berasal dari keturunan sel induk yang sama. Jadi, sel yang pertama-
tama muncul di muka bumi dan dapat bertahan, mungkin hanya dibangun oleh
beberapa lusin dari berbagai molekul organik yang kebetulan secara sendiri-sendiri
dan bersama-sama mempunyai kombinasi sifat kimia dan fisik yang paling sesuãi
bagi fungsinya, sebagai unit pembangun makromolekul dan untuk menjalankan fungsi
 23

pengetahuan energi dasar dan fungsi berkembang biak dari sel hidup. Kelompok
biomolekul utama ini mungkin telah dipertahankan dalam evolusi biologi selama
bermilliun tahun karena sifat kesesuaiannya yang khas.
Tetapi di sini kita menghadapi suatu dilema. Di samping kehadirannya di
dalam organisme hidup, senyawa organik, termasuk biomolekul dasar, hanya terdapat
dalam jumlah kecil pada kerak bumi dewasa ini. Lalu, bagaimana caranya organisme
hidup pertama memperoleh unit pembangun organik masing-masing. Pada tahun 1920
A.I. Opanin mengemukakan pendapat bahwa pada awal sejarah bumi kita, berbagai
senyawa organik berada pada permukaan air, mungkin pada konsentrasi tinggi. Dari
―sop‖ senyawa organik yang ―hangat‖ inilah munculnya sel hidup primitif yang
pertama, pada lebih dari 3000 juta tahun yang lalu. Oparin berpendapat bahwa proses
kimia dan fisik alamiah yang terjadi pada bumi kita pada saat tersebut dapat
menyebabkan pembentukan senyawa organik sederhana seperti asam amino dan gula
secara spontan, dari komponen atmosfir primitif yang komposisinya amat berbeda
dengan udara yang kita kenal sekarang ini. Menurut teori ini, energi listrik dan
pembebasan kilat, atau panas yang dibentuk selama aktivitas volkanik dapat
mengaktifkan metana, amonia, uap air, dan komponen lain dari atmosfir primitif
untuk bereaksi satu dengan yang lain membentuk senyawa organik sederhana.
Senyawa-senyawa ini berkondensasi dan melarut ke dalam laut, yang kemudian,
setelah beberapa abad secara perlahan-lahan menjadi kaya akan berbagai senyawa
organik sederhana. Di dalam larutan hangat ini, beberapa molekul organik
mempunyai kecenderungan yang lebih besar dari molekul lain, untuk bersatu
bersama-sama menjadi struktur dan kompleks yang lebih besar. Molekul ini,
seterusnya secara perlahan-lahan dan setahap demi setahap selama lebih dari jutaan
tahun, akhirnya bergabung secara spontan memb entuk membran, protein dan
katalisator, yang bersama-sama menjadi prekursor sel pertama primitif, dapat
bertahan dan membelah diri selama beberapa tahun, pandangan Oparin tetap bersifat
spekulatif dan tampaknya tidak dapat diuji.

Evolusi Kimia dapat Ditiru

Sekarang, konsep asal biomolekul dapat ditunjukkan oleh penyelidikan
laboratorium. Percobaan klasik mengenai asal mula abiotik (non-biologi) biomolekul
organik dilakukan pada tahun 1953 oleh Stanley Miller. Beliau mempertemukan
campuran gas metana, amonia, uap air, dan hidrogen dengan bunga api listrik melalui
sepasang elektroda, untuk meniru proses kilat alamiah, selama beberapa minggu.
Lalu, beliau mendinginkan isi bejana dan menganalisis produk yang dihasilkan. Miller
menemukan bahwa fase gas mengandung karbon monooksida, karbon dioksida, dan
nitrogen yang tampaknya terbentuk dari gas yang dimasukkan pada awal percobaan.
Di dalam kondensat yang berwarna gelap, ditemukan senyawa organik terlarut dalam
jumlah yang cukup nyata. Di antara senyawa yang diidentifikasi di dalam campuran
ini ditemukan asam α-amino, termasuk beberapa yang diketahui merupakan
 24

komponen protein. Beliau juga menemukan beberapa asam organik sederhana yang
diketahui terdapat di dalam organisme hidup, seperti asam asetat.
Miller berpendapat bahwa hidrogen sianida (HCN), suatu senyawa yang amat
reaktif dapat dibentuk dari metana dan amonia, lalu bereaksi dengan komponen lain
dari campuran gas tersebut untuk menghasilkan asam-asam amino tertentu. Peneliti
lain sejak itu telah melakukan berbagai percobaan sejenis, dengan berbagai campuran
gas, termasuk juga nitrogen, hidrogen, karbon monooksida, dan karbon dioksida, juga
menemukan bahwa asam amino dan biomole ulorganik lain dengan mudah dapat
dibentuk jika dipergunakan sumber energi untuk merangsang proses tersebut.
Kesemua bentuk energi atau radiasi yang dicoba dan ditemukan mampu mengaktifkan
pembentukan molekul organik sederhana, termasuk panas, sinar tampak, sinar ultra
violet, sinar-x, sinar-γ, bunga api listrik dan energi listrik diam, geIombang ultrasonik,
gelombang ―shock‖ dan partikel α serta β. Beberapa ratus senyawa organik yang
berbeda telah dapat dibentuk dengan mudah pada percobaan simulasi bumi primitif
ini, termasuk contob semua jenis molekul penting yang ditemukan didalam sel, dan
juga molekul yang tidak ditemukan di dalam sel. Di antara molekul-molekul ini
terdapat berbagai asam amino yang ditemukan pada protein, basa nitrogen yang
berfungsi sebagai unit pembangun asam nukleat, dan banyak asam organik dan gula
yang dijumpai di dalam benda biologi. Jadi, tampaknya dapat dipercaya bahwa laut
primitif menjadi kaya akan senyawa organik terlarut, yang mungkin meliputi berbagai
atau semua molekul unit pembangun yang kita kenal di dalam sel hidup sekarang ini.
Molekul organik sederhana yang dapat dibentuk secara non-biologi ini telah
menarik perhatian penting dengan penemuan bahwa ratusan jenis molekul organik
telah ditemukan di dalam ruang angkasa, oleh penggunaan metode spektroskopik.
Pengamatan mi telah membangkitkan kemungkinan, bahwa kehidupan mungkin telah
muncul pada bagian lain jagad raya. Istilah evolusi kimia digunakan untuk
menunjukkan asal-usul dan perkembang molekul organik dari prekursor anorganik
dengan bantuan energi. Kita sekarang mengetahui bahwa bumi pertama-tama
ditemukan kira-kira 4800 juta tahun yang lalu. Kita percaya bahwa evolusi kimia
berlangsung pada muka bumi selama sedikitnya bagian pertama dari waktu 1000 juta
tahun hidupnya. Sel pertama muncul, mungkin kira-kira 3500 juta tahun yang lalu.
Kemudian mulailah proses evolusi biologi, yang tetap terus berlangsung.
Lautan sekarang ini tidak lagi mengandung konsentrasi yang tinggi dan
senyawa organik; memang benar biomolekul ditemukan hanya dalam jumlah kecil di
luar organisme hidup. Apa yang terjadi dengan ―sop‖ yang kaya bahan organik ini
Kita percaya bahwa sel hidup yang paling tua secara perlahan-lahan menggunakan
semua senyawa organik di lautan ini, tidak hanya sebagai unit pembangun bagi
strukturnya sendiri, tetapi juga sebagai nutrien atau bahan bakar, untuk menyediakan
baginya energi untuk bertumbuh. Secara perlahan-lahan, selama berabad-abad,
senyawa organik dari laut primitif ini dihabiskan, lebih cepat dari pembentukannya
oleh tenaga alam. Pemikiran ini, dan tentunya seluruh konsep evolusi kimia telah
dijadikan bahan pertimbangan lebih dari 100 tahun yang lalu oleh Charles Darwin,
 25

seperti yang ditunjukkan dalam kutipan berikut ini dari surat yang ditulisnya pada
tahun 1871 kepada Sir Joseph Hooker:
Sering dikatakan bahwa semua kondisi bagi produksi pertama organisme hidup ada
pada masa ini, yang mungkin juga telah lama ada. Tetapi jika (dan oh betapa jika)
kita dapat menemukan di dalam sebuah kolam kecil hangat, dengan adanya semua
jenis amonia dan garam asam fosfat, sinar, panas, listrik dan lain-lain bahwa
senyawa protein dapat dibentuk secara kimia, siap untuk mengalami perubahan
yang tetap kompleks, pada saat ini, senyawa tersebut tentu akan segera dihabiskan
atau diserap. Hal ini tentulah tidak demikian sebelum mahluk hidup diciptakan.

Karena molekul organik lenyap dari laut, organisme hidup mulai ―mempelajari‖
bagaimana membuat biomolekul organiknya sendiri. Organisme hidup belajar
menggunakan energi sinar matahari melalui fotosintesa untuk membuat gula dan
molekul organik lainnya dari karbon dioksida; mereka belajar mengikat nitrogen
atmosfir dan mengubahnya menjadi biomolekul yang mengandung nitrogen, seperti
asam amino. Dengan berlanjutnya proses evolusi, berbagai jenis organisme lambat
laun mulai berinteraksi satu dengan lainnya, saling bertukaran nutrien dan energi.
Jadi, membentuk sistem ekologi yang semakin kompleks.
Dengan bab-bab pedoman mengenai sel dan komponen biomolekul yang
bermnteraksi di dalam sel ini, kita sekarang siap menganalisis komponen molekuler
sel secara terinci, selalu dengan pandangan bahwa komponen tersebut berpartisipasi
dalam suatu logika yang telah mendasar. Kita akan mulai dengan air, matriks cair dari
semua organisme hidup.
 26

BAB III

AIR

Air merupakan senyawa anorganik yang memenuhi hampir setengah dari

jaringan hidup manusia, hewan dan tumbuhan, dan semua reaksi biokimia yang
melandasi kehidupan jaringan tersebut berlangsung dalam air. Karena itu,
beberapa sifat istimewa yang dimiliki air perlu dipela jari terlebih dahulu supaya
pengertian reaksi biokimia yang berlangsung dalam sel dan jaringan hidup
tersebut dimengerti dengan baik.
Dalam bab ini akan dibahas pula tentang "buffer" atau sering disebut
"dapar". Seluk-beluk mengenai dapar ini penting pula diketahui karena
menyangkut segala sesuatu mengenai keasaman dan kebasaan. Selama reaksi
biokimia yang sangat kompleks dalam sel atau jaringan makhluk hidup
berlangsung, konsentrasi H + berubah sangat sedikit sekali sehingga pH cairan
jaringan normal hampir selalu dalam keadaan mantap.

3.1. Air dan Ikatan Hidrogennya

Air adalah suatu senyawa yang mempunyai sifat istimewa. Ion OH - dan
ion H+ air sangat menentukan sifat biologis dan struktur molekul senyawa yang
ada di dalamnya, seperti protein, lipida, dan banyak lagi komponen lain dalam
sel. Air mempunyai titik didih, titik cair, panas penguapan, clan tegangan
permukaan yang tinggi (Tabel 3.1).

Tabel 3.1 Perbandingan beberapa sifat fisik air dan senyawa lain (°C)

Senyawa Titik Cair Titik Didih Panas Penguapan

H2 0 0 100 540
Etanol -114 78 204
Metanol -98 65 263
Aseton -95 56 125
Etil asetat -84 77 102
Kloroform -63 61 59
NH3 -78 -33 327
H2 S -83 -60 132
HF -92 19 360

Hal ini menunjukkan bahwa gaya tarik antara molekul dalam cairan air sangat
kuat, begitu juga kohesi internalnya: Kekuatan antar molekul ini disebabkan oleh
sifat alami molekul air yang berkutub dua (dwi kutub), yaitu tarikan elektrostatik
kutub negatif atom oksigen sebuah molekul air dengan kutub positif atom hidrogen
molekul air tetangganya. Interaksi elektrostatik ini membentuk ikatan hidrogen
 27

dengan molekul air tetangganya (lihat Gambar 3.1), tetapi ikatan hidrogen ini lebih
lemah jika dibandingkan dengan ikatan kovalen. Energi ikatan hidrogen dalam air
hanya 4.5 kkal per mol sedangkan energi ikatan pasangan H ─ O dalam molekul air
sebesar 110 kkal per mol.

Gambar 3.1. Ikatan hidrogen pada air. Perhatikan kecenderungan tiap molekul air
untuk membentuk 4 ikatan hidrogen dengan molekul tetangganya

Sifat ikatan hidrogen lain yang juga penting ialah bahwa ikatan ini terarah
dengan baik yang ditunjukkan oleh susunan istimewa gabungan orbital antara atom
hidrogen dan atom oksigen. Selain itu panjang ikatan hidrogen juga berbeda-beda,
bergantung pada struktur geometri dan distribusi elektron yang bersangkutan. Pada
es misalnya, tiap molekul air memiliki ikatan hidrogen dengan panjang 1.77 A o.
Pada bentuk kristal es, tiap molekul air berikatan hidrogen dengan 4 tetangganya
dengan jarak antara oksigen dengan oksigen 2.76 Ao. Sedangkan tiap molekul air
akan berikatan hidrogen dengan 3 atau 4 molekul air lainnya dengan jarak oksigen
ke oksigen 2.90 Ao pada suhu 15oC, dan 3.05 Ao pada suhu 83°C. Diperkirakan
hanya 15% ikatan hidrogen rusak jika es mencair pada suhu 0°C. Ikatan yang kuat
dalam molekul air ini masih ada walaupun air telah dipanaskan sampai 100°C, ini
dapat dilihat dengan tingginya panas penguapan air. Dan ikatan hidrogen air ini
hanya lepas secara tuntas jika air dipanaskan sampai 600 oC.
Kecenderungan untuk membentuk ikatan hidrogen terdapat juga antara tiap
atom yang bermuatan negatif (misalnya oksigen, nitrogen, atau fluor) dengan
hidrogen yang terikat kovalen pada atom bermuatan negatif lainnya. Pada Gambar
3.2 diberikan beberapa contoh ikatan hidrogen yang penting dalam makhluk hidup.
Ikatan hidrogen bisa terbentuk antara 2 molekul tetapi dapat juga antara 2 bagian
yang berlainan dalam 1 molekul. Jika di dalam air hanya terdapat 1 ikatan hidrogen
antara 2 molekul zat yang larut, ikatan ini akan kalah bersaing dengan air
sekelilingnya. Tetapi apabila antara dua struktur dalam air terdapat banyak ikatan
hidrogen maka diperlukan energi yang tertinggi untuk melepaskannya. Karena itu
struktur tersebut sangat stabil dalam air. Contohnya ialah molekul protein atau asam
nukIeat dimana di dalam molekulnya terdapat beratus-ratus bahkan beribu-ribu
ikatan hidrogen.
 28

Ikatan H antara gugus hidroksil Ikatan H antara gugus karboksil

dengan H2 O dengan H2O

Ikatan H antara dua rantai Ikatan H antara pasangan basa

Ikatan peptida pada DNA

Gambar 3.2. Beberapa jenis ikatan hidrogen

3.2. Air Sebagai Pelarut

Dibandingkan dengan cairan lain, air adalah pelarut yang paling baik. Air
melarutkan atau mendispersi berbagai zat berdasarkan sifat dwi kutub yang
dimilikinya. Berbagai zat berupa kristal mudah larut dalam air, tetapi tidak larut
dalam pelarut nonpolar seperti kloroform atau benzena. Misalnya air dengan mudah
melarutkan kristal natrium klorida walaupun ikatan elektrostatik antara ion Na+ dan
Cl- sangat kuat. Untuk memisahkan kedua ion ini sebenarnya diperlukan sejumlah
energi yang cukup tinggi, namun karena sifat dwi kutub air, daya tarik antara kutub-
kutub air dengan ion Na+ dan Cl- mengalahkan daya tarik antara kedua ion tersebut
sehingga garam ini larut dalam air dengan stabilitas yang tinggi.
Beberapa zat yang tidak membentuk ion tapi termasuk dalam senyawa polar seperti
gula, alkohol, aldehida juga larut dalam air. Kelarutannya dalam air disebabkan
oleh adanya gugus hidroksil (gula dan alkohol) dan gugus oksigen karbonil
(aldehida dan keton) yang cenderung membentuk ikatan hidrogen dengari air.
Air juga mempunyai "tetapan dielektrik" yang tiriggi, sehingga daya tarik antara ion
yang bermuatan dari zat yang dilarutkan di dalamnnya lebih kecil dibandingkari
dengan pelarut air. Hubungan ini. dapat - dilihat pada rumus berikut ini:

Dimana:
F = daya tarik antara ion yang berlawanan
e1 dan e2 = muatan ion
r = jarak antara ion
D = Konstanta dielektrik
 29

Dari rumus ini dapat dimengerti bahwa jika tetapan dielektrik suatu larutan lebih
tinggi, maka daya tarik antara 2 ion yang .berlawanan dalam pelarut itu menjadi
lebih rendah. Telah dibuktikan bahwa daya tarik ion Na+ dan ion CI- dalam air
dengan jarak tertentu hanya seperempat puluh dari daya tariknya dalam benzena.

3.3. Interaksi Hidrofobik

Air dapat pula mendispersi senyawa amfipatik (amphipathic), yaitu senyawa

yang sekaligus mengandung gugus hidrofobik dan gugus hidrofilik (gugus polar)
dalam molekulnya, misalnya asam lemak. Pada gambar 3.3. dapat dilihat sebuah
contoh molekul yang bersifat demikian, yaitu garam Na asam oleat. Karena rantai
hidrokarbonnya panjang, maka kecenderungan untuk membentuk "larutan
sebenarnya" sangat kecil. Tetapi rantai hidrokarbon, tersebut akan berdispersi di
dalam air membentuk misel. Dalam hal ini gugus karboksil yang bermuatan negatif
timbul di permukaan, sedangkan rantai hidrokarbon yang nonpolar dan tidak larut
bersembunyi disebelah dalam.

Gambar 3.3.
Garam Na yang mengandung gugus polar
dan gugus hidrofobik

Misel, terdiri atas beberapa molekul seperti yang terdapat dalam molekul natrium
oleat

Gambar 3.4. Misel dengan gugus karboksil. Gugus yang bermuatan negatif timbul di
permukaan, sedangkan rantai hidrokarbonnya berada di bagian dalam.
 30

Pada kenyataannya misel bisa dibangun oleh ratusan atau bahkan ribuan
senyawa amfipatik. Senyawa yang bersifat polar akan melarutkan senyawa yang
bersifat polar pula (like dissolve like) oleh karena itu air yang bersifat polar tidak
melarutkan rantai hidrokarbon nonpolar pada asam oleat, sehingga terbentuklah
misel. Untuk memasukkan struktur nonpolar seperti rantai hidrokarbon diperlukan
energi yang besar` karena dalam hal ini molekul air seakan-akan dipaksa untuk lebih
mengatur diri.
Dalam misel sendiri terdapat pula suatu daya tarik sesamanya melalui interaksi van
der Waals yaitu antara hidrokarbon yang bertetangga. Daya tarik ini disebut juga
interaksi hidrofobik. Stabilitas sistem yang dibentuk oleh ikatan ini sangat baik.
Contoh lain komponen sel yang membentuk struktur nonpolar dengan bagian
hidrofobiknya tersembunyi dari air ialah protein dan asam nukleat.

3.4. Beberapa Sifat Larutan

Berikut ini akan diterangkan beberapa sifat larutan yang akan menunjang
pengetahuan mengenai reaksi kimia dan pemindahan zat nutrisi dari sel ke sel atau
dari larutan dan jaringan sekitarnya ke sel. Pada hakikatnya sel makhluk hidup diisi
oleh sejumlah cairan. Dinding sel berfungsi sebagai membran.

a. Difusi
Difusi adalah suatu proses di mana molekul-molekul dalam larutan
mendistribusikan dirinya secara merata di seluruh larutan. Derajat distribusi ini
bergantung pada beberapa faktor seperti suhu dan besar partikel.

b. Osmotik dan Tekanan Osmostik

Jika suatu larutan dipisahkan dari air dengan suatu membran semipermeabel,
maka air akan merembes masuk kedalam larutan tersebut. Perpindahan air melalui
membran semipermeabel ini disebut dengan osmosis. Jika perembesan cairan tidak
diinginkan, maka terhadap larutan harus diberikan sejumlah tekanan. Tekanan ini
disebut dengan tekanan osmotik. Jadi tekanan osmotik suatu larutan ialah sejumlah
tekanan yang harus diberikan kepada larutan tersebut untuk mencegah penambahan
isinya jika ia dipisahkan oleh membran semipermeabel.
Jika tekanan osmotik larutan di luar sel lebih besar dibandingkan dengan di dalam
sel, maka tekanan di luar sel tersebut dikatakan hipertonik terhadap sel.
Perpindahan air dari dalam ke luar sel mengakibatkan sel berkeriput, ini disebut
plasmolisis. Sebaliknya cairan di luar sel bisa juga hipotonik, terhadap cairan sel.
Air akan pindah ke dalam sel dan menyebabkan sel itu menyembab, proses ini
disebut plasmotisis. Tentu saja pada suatu keadaan, cairan di dalam dan di luar sel
mempunyai tekanan osmotik yang sama sehingga tidak memungkinkan terjadinya
perpindahan cairan. Cairan tersebut dikatakan isotonik:
 31

Sebagai contoh umum adalah mengenai larutan garam fisiologis NaCI. Dalam ilmu
kedokteran, cairan ini digunakan untuk menolong penderita yang kekurangan cairan.
Sel darah manusia bertekanan osmotik kira-kira 6,6 .atm pada suhu 0°C. Larutan
fisiologis NaCl 0,9% juga bertekanan osmotik 6,6 atm pada 0 °C. Larutan yang
isotonik dengan cairan dalam sel darah merah ini tidak merusak sel darah merah jika
dimasukkan kedalam pembuluh darah penderita.

c. Dialisis
Jika membran sel dapat meloloskan beberapa molekul atau ion lain . (bukan
hanya air saja), maka molekul-molekul kompleks yang besar dapat dipisahkan dari
molekul atau ion yang sederhana yang lebih kecil. Misalnya larutan garam NaCI
dan albumin. Jika larutan ini dipisahkan dari air oleh membran yang dapat
meloloskan ion Na+ dan Cl-, tapi tidak meloloskan molekul albumin, maka garam
NaCl dapat dipisahkan dengan albumin. Supaya larutan albumin bebas dari NaCI,
maka air di sebelahnya harus sering ditukar. Proses pemisahan. Yang membiarkan
molekul sederhana berdifusi melalui membran dinamakan dialisis.
Penurunan Titik Beku. Tekanan osmotik darah, penurunan titik beku berhubungan
erat satu sama lain, sebab 1 gram molekul suatu senyawa yang tidak membentuk ion
jika dilarutkan dalam 1 liter air akan menurunkan titik bekunya 1.86°C. Jadi titik
beku suatu larutan turun sebanding dengan jumlah senyawa yang larut di dalamnya.
Sifat penurunan titik beku ini dapat menjawab pertanyaan mengapa kita tidak ikut
membeku sebagaimana salju pada muslin dingin. Senyawa-senyawa yang larut
dalam protoplasma mempengaruhi terhadap penurunan titik bekunya.
Peningkatan Titik Didih. Peningkatan titik didih ini jarang digunakan untuk materi
biologis, sebab protoplasma sel hidup akan berubah jika dipanaskan, umpamanya
albumin.

3.5. Konsentrasi Ion Hidrogen

Kadar asam suatu larutan bisa berarti faktor kuantitas keasaman atau faktor
intensitas keasaman. Faktor kuantitas keasaman ialah jumlah asam yang ada dalam
satuan volume tertentu, tidak peduli apakah asam itu dalam larutan berbentuk ion
atau berupa molekul. Sebagai contoh pengertian terhadap normalitas (N), molaritas
(M), dan molalitas (m). Sedangkan, faktor intensitas keasaman cenderung untuk
menunjukkan derajat disosiasinya, jadi bukan konsentrasi hidrogen yang
sebenarnya. Kesanggupan untuk mempertahankan konsentrasi ion H+ ini sangat
penting dalam sistem.biologis, karena itu akan dibahas secara mendasar mengenai
faktor intensitas keasaman.
a. Faktor Kuantitas Keasaman:
Jika kita ingin mengukur jumlah asam yang ada dalam suatu cairan biologis;
misalnya asam yang dikeluarkan selama 24 jam dalam air seni maka: sampel air
seni tersebut kita titrasi dengan basa yang sudah diketahui normalitasnya. Dengan
memakai buret, cairan basa ini ditambahkan ke dalam sampel air. seni . yang sudah
 32

dibubuhkan indikator (fenolftalin). Indikator diperlukan sebagai petunjuk untuk

menentukan perubahan warna pada saat larutan sampel mencapai titik akhir titrasi.
Banyaknya basa yang digunakan dapat dibaca dari banyaknya asam -yang
dikeluarkan bersama air seni selama 24 jam dapat dihitung.

b. Faktor Intensitas Keasaman

Faktor intensitas keasaman lebih bergantung pada derajat disosiasi dibandingkan
jumlah kadar hidrogen larutan. Untuk memahami hal tersebut, . coba perhatikan
reaksi di bawah ini: .
A+B C+D
Reaksi A dan B membentuk 2 macam produk C dan D. Menurut hukum aksi
massa yang diperkenalkan oleh Guldberg dan Waage; pada saat keseimbangan
tercapai, konseatrasi hasil reaksi yang terbentuk dibagi dengan konsentrasi
pereaksi sebelumnya, merupakan bilangan yang tetap . disebut tetapan
keseimbangan.
[C]  [D]
Kek =
[A]  [B]
K ek = tetapan keseimbangan. [A], [B], [C], [D] = konsentrasi A , B , C , D
(mol/liter)

Apabila konsentrasi salah satu komponen dalam reaksi berubah, konsentrasi

komponen lainnya akan menggeser pula supaya keseimbangan tetap terjadi.
Hukum aksi massa tersebut dapat diterapkan untuk disosiasi air.
H2 0 H+ + OH-

Air termasuk elektrolit lemah karena itu berdisosiasi sangat sedikit. Pada 25°C
tetapan keseimbangannya 1.8 x 1 0 -16 mol/liter -. Jadi
[H  ]  [OH - ]
Kek = = 1,8 x 10 -16
[H 2 O]

Konsentrasi H20 dalam 1 liter air murni pada 25°C sebanyak =

1000
mol = 55,56 mol. Karenanya
18
[H+] [OH-] = 1.8 x 10-16 x 55.56 = 1.00 x 10 -14
Kw = 1-.00 x 10 -14,
Kw menunjukkan hubungan antara ion H+ dengan OH- yang dibentuk dalam air
murni. Jika konsentrasi H + sama dengan x, kadar ion OH - harus sama.pula dengan
x, sebab dalam air murni hanya terbentuk 1 ion H + dan 1 ion OH - dari dissosiasi
satu molekul H20.
χ x χ = 1.00 x 10-16
χ 2 = 1.00 x 10-14
 33

χ = [H+] = [OH-] = 1.00 x 10-7

Untuk menunjukkan konsentrasi ion H+, Sorensen (1909) memberikan istilah pH.
1
pH = log = -.log a H 
aH 

Sebenarnya yang dimaksud aH  ialah aktivitas [H +], namun untuk tidak

meragukan a H  dianggap saja kadar [H +], Jadi:
1
pH = log 
= - log [H+]
[H ]
Perbedaan antara aktivitas dan konsentrasi ion [H +] dapat dilihat pada contoh di
bawah. Jika larutan 0.1 mol HCl diukur pH-nya, maka pH meter menunjukkan
1.09. Kalau dimasukkan dalam persamaan, .maka akan didapat:
1
1.09 = log
aH 
-1,09
a H  = 10
a H  = antilog 2,91
a H  = 8,1 x 10 -2 mol liter

Kadar H+ dalam 0.1 M HCl sama dengan 0.1 mol/liter. Koefisien aktivitas (γ)
dapat dihitung sebagai berikut:

aH  0,081
γ = 
= = 0,81
[H ] 0,1
Jika sekarang pH turun dari 5 menjadi 4, sebenarnya bermakna konsentrasi ion H +
naik 10 kali lipat, yaitu dari 10 -5 menjadi 1,0-4 . Kalau misalnya pH naik dari 6
menjadi 6.3 berarti konsentrasi ion H + menurun dari I0 -6 menjadi 5 x 10 -7 M.
Bila persamaan untuk air murni diperhatikan maka:
[H +] x [OH -] = 1.0 x 10 -1 4
Jika dilogaritmakan:
log [H+] + log [OH -] = log (1.0 x 10 -' 4) = - 14
atau -log [H +] - log [OH -] = 14
Kalau -log [OH -] disebut sebagai pOH, maka: pH + pOH = 14

3.6. Dissosiasi Elektrolit

Menurut definisi Bronsted: asam ialah suatu senyawa yang dapat memberikan
proton (donor) dan basa ialah senyawa yang dapat menerima proton (akseptor).
Reaksi asam-basa menurut definisi tersebut melibatkan pasangan asam-basa
konjugasi.
 34

Contoh asam Bronsted:

HCl H + + Cl -
NH 4 + H + + NH 3
CH 3 COOH H + + CH3C00 -
Secara umum ditulis: HA [H +] + [A - ]
Dari contoh di atas, tampak bahwa asam asetat (CH 3 COOH) merupakan donor
proton (asam) dan anion asetat (CH 3 C00 -) merupakan akseptor proton.

a. Disosiasi Elektrolit Kuat.

Contoh elektrolit kuat ialah NaCI. Garam ini disebut elektrolit kuat karena
didalam air berdisosiasi hampir sempurna membentuk partikel-partikel
bermuatan yang disebut ion.
NaCI . Na + + Cl-
Jadi asam dan basa kuat adalah elektrolit-elektrolit yang berdisosiasi hampir
sempurna dalam air membentuk ion-ion bermuatan. HCI misalnya berdisosiasi
sebagai berikut:

HCI H + + CI -
Reaksi HCl dalam air sebenarnya dapat ditulis :
HCl + H 2 O H 3 O + + Cl -
Disini terlihat bahwa ionisasi HCl (asam Bronsted) memberi proton pada
H 2 O (basa konjugasinya) guna membentuk asam Bronsted baru H 3 O + dan
basa konjugasi dari HCl yaitu Cl - . Keadaan ini dapat diperjelas sebagai
berikut:
HCl + H2O H 3 O+ + Cl -
(a sa m k onju ga si 1 ) (a sa m k on ju gasi 2 ) (a sam k onju ga si 2 ) (asa m k o nju ga si 1 )

Akan tetapi untuk memudahkan pengertian, biasanya cukup ditulis dengan:

HCl H + + Cl -

b. Disosiasi Asam Lemah

Berlainan dengan asam kuat, asam lemah hanya sedikit sekali ber-disosiasi di dalam
air.
HA + H 20 H30+ + A-
(asam konjugasi 1) (basa konjugasi 2) (asam konjugasi 2) (basa konjugasi 1)

Di sini proton yang diberikan oleh HA, diterima oleh H 2 0 dan me mbentuk ion
hidronium (H30+). Tetapan keseimbangan reaksi disosiasi ini dikenal juga sebagai
konstanta ionisasi (K ion ).
[ H 3O  ][ A  ]
K ek = K ion =
[ HA][ H 2 O]
 35

Karena konsentrasi H2O dalam larutan air juga konstan yaitu 55.5 mol/liter, maka K
ion dan [H 20] dapat dikombinasikan untuk membuat tetapan baru:

[ H 3O  ][ A  ]
Ka = Kion [H20] = ; Ka = tetapan disosiasi asam
[ HA]
Selanjutnya karena [H30+] sama dengan konsentrasi ion hidrogen maka persamaan
menjadi:
[ H  ][ A  ]
Ka =
[ HA]
Persamaan ini menyatakan tetapan keseimbangan asam lemah yang hanya
berdisosiasi sangat sedikit dalam reaksi:

HA [H+] + [A-]
[ H  ][ A  ]
Kek =
[ HA]

c. Disosiasi Basa Lemah.

Disosiasi basa lemah dapat digambarkan sebagai berikut:
BOH B+ + OH-
[ B  ][OH  ]
Kek = kb = ; Kb = tetapan disosiasi basa
[ BOH ]
Di dalam buku petunjuk kimia dibaca bahwa Kb NH4 0H 1,8 x 10 -5 . Berbeda
dengan asam asetat, NH 40H berdisosiasi membentuk ion hidroksil (OH -)
sedangkan asam asetat membentuk proton (H +).
Salah satu basa yang sering ditemui dalam biokimia ialah kelompok amina
organik (misalnya gugus amina dari asam amino). Jika diperhatikan forrnulanya
R-NH2, senyawa itu tidak mengandung gugus hidroksil, tetapi dalam air Ia dapat
berioriisasi sebagai berikut:

RNH2 + H2 O RNH 3 + + OH -
Dalam reaksi ini H 2 O bertindak sebagai asam dengan memberikan proton kepada
basa R-NH2 .
Menurut definisi Bronsted, basa ialah senyawa yang dapat menerima proton.
Jadi:
B - + H2 0 HB + OH - (B - = basa)
Tetapan keseimbangan K ion menjadi:
[ HB][OH ]
Kion .=
[ B  ][ H 2 O]
Jika Kion dikombinasikan dengan H 2 0, persamaan dapat ditulis sebagai berikut:
[ HB][OH  ]
Kb =
[B  ]
 36

Hubungan antara Kb basa lemah dengan Ka asam konjugasinya dapat digunakan

secara langsung untuk menghitung pH campuran basa lemah dan garamnya.
Dari persamaan terdahulu dapat diturunkan berbagai persamaan sebagai . berikut:

Untuk disosiasi air didapatkan:

[K w] = [H +] [OH]

Jika disederhanakan :
K aK b = K w
Apabila harga K w pada 25°C dimasukkan dalam persamaan maka:
KaKb = 10 -14
Jika dilogaritmakan dan kemudian dikalikan dengan -1 akan diperoleh
log Ka + log Kb = log Kw
-log Ka - log K b = -log K w

Karena pH adalah -log [H+] maka pKa dan pK b dapat didefinisikan sebagai dan
-log Ka dan -log Kb . Karena itu persamaan dapat ditulis sebagai berikut:
pK a + pKb = -logK w = 0,14

d. Persamaan Henderson-Hasselbalch.
Henderson dan Hasselbalch menerapkan hukum-massa untuk ionisasi asam
lemah dengan persamaan yang terkenal sebagai persamaan Henderson-
Hasselbalch. Secara umum ionisasi asam lemah dapat dituliskan sebagai
berikut:
HA H + + A-
Dari persamaan ini dapat diturunkan persamaan:
[ HA]
[H +] = K a
[ A ]
Jika dilogaritmakan maka
[ HA]
log [H +] = log K a + log
[ A ]
Dikalikan dengan -1:
[ HA]
-log [H +] = -log Ka -log
[ A ]
[ A ]
pH = pK a + log
[ HA]
 37

Persamaan Henderson-Hasselbalch dapat pula ditulis dalam bentuk yang lebih

umum yaitu dengan mengubah A - menjadi basa konjugasi dan HA menjadi
asam konjugasi.
basakonjugasi
pH = pKa + log
asamkonjugasi
Persamaan ini dapat dipakai bukan saja untuk asam lemah seperti asam asetat,
tetapi juga untuk ionisasi ion amonium dan gugus amina yang terdapat dalam
asam amino.
Dalam hal ini ion NH4+ dan gugus amino yang berproton RNH3+ adalah asam
konjugasi, yang berdisosiasi membentuk proton dan basa konjugasi NH3 dan RNHz.
NH4+ NH3 + H+
RNH3+ RNH2 + H+
Persamaan untuk menghitung pH amina yang berproton ialah sebagai berikut:
RNH 2
pH = pKa + log 
RNH 3
e. Beberapa Contoh Perhitungan
Sekarang kita coba menghitung konsentrasi H + dalam 1.0 M asam asetat dan
kemudian ditentukan derajat disosiasi dalam konsentrasi ini. Apabila asam asetat
adalah asam kuat seperti HCl maka ia akan berdisosiasi secara sempurna dengan [H +]-
nya 1.0 mol./liter. Tetapi karena asam asetat adalah asam lemah maka harus dilihat
kembali persamaan keseimbangannya.
[ H  ][ A  ]
KA =
[ HA]

Misalkan χ adalah kansentrasi H+ yang dibentuk karena ionisasi asam asetat, maka
konsentrasi CH3COOH- juga χ sebab kedua ion ini terbentuk dalam jumlah yang
sama. Asam asetat yang tidak berdisosiasi setelah keseimbangan tercapai menjadi (1
- χ). Hal ini dijelaskan sebagai berikut:
Konsentrasi awal mol/liter Konsentrasi keseimbangan mol/liter
CH3COOH = 1.00 CH3COOH = (1,00 - χ )

H+ = 0.00
H+ = χ
CH3C00- = 0.00 CH3C00- = χ

Pada 25°C Ka asam asetat = 1.8 x 10-5 mol/liter, maka:

Jika dicari nilai χ pada persamaan kuadratik ini akan didapat angka 0.0042. Jadi
konsentrasi H+ dan konsentrasi CH3COOH- = 0.0042 M. Konsentrasi asam yang
tidak berdisosiasi ialah (1.00 - 0.0042) M atau 0.9958 M. Kesimpulannya, pada
 38

25oC, 1 M asam asetat berdisosiasi hanya 0.4%. Sedangkan pH larutan yang

mengandung 0.0042 M ion hidrogen ini dapat dicari sebagai berikut:
pH = - log 0.0042 = -log (4.2 x 10-3)
= - log 4.2-log 10-3
= - 0,62 + 3
= 2.38
Soal ini dapat juga dicari dengan menyederhanakan (1 - χ). Dalam hal ini dianggap
χ sangat kecil (0.04%) sehingga dapat ditiadakan, maka (1 - χ) menjadi 1. Kalau
disubstitusikan pada persamaan terdahulu maka:
χ 2 = 1.8 x 10 -5
χ = 1.8 x 10 -5
χ = 4.2 x 10 -3
H+ = CH3 C00- = 0.0042
Apabila dalam suatu campuran didapat konsentrasi anion sama dengan konsentrasi
asam lemah yang tidak berdisosiasi, maka H+ = Ka. Untuk membuktikan hal ini kita
coba menghitung konsentrasi H+ dalam campuran yang terdiri dari natrium asetat
(8.2 g) dan larutan asam asetat anhidrat (6 g) yang dimasukkan dalam air sampai
isinya 1 liter, jadi dalam hal ini

[CH3C00-] = [CH3COOH] = 0.1 M.

 
[ H ][CH 3COO ]
= 1,8 X 10 -5
[CH 3COOH ]
[ H  ] 0,1
= 1,8 X 10-5
0,1
[H+] = 1,8 X 10 -5
pH = 5 - log 1,8
pH = 4,74

Jelas dibuktikan di sini bahwa pada pH 4.74 (yang sama dengan harga pKa untuk
asam asetat), konsentrasi anion sama dengan konsentrasi asam lemah yang tidak
berdisosiasi.
Untuk menghitung pH larutan ini dapat pula dipakai persamaan Henderson-
Hasselbalch.
[CH 3COOH  ]
pH = pKa + log
[CH 3COOH ]
Konsentrasi asam asetat dalam campuran ini ialah 0.1 M dikurangi dengan asam
asetat yang berdisosiasi (χ), dan konsentrasi CH 3 C00- adalah 0.1 M ditambah
dengan ion asetat hasil disosiasi asam asetat (χ). Persamaan menjadi:
[0,1  x]
pH = pKa + log
[0,1  x]
 39

Dalam hal ini χ dapat diabaikan karena sangat kecil, walaupun sebenarnya masih
dapat dihitung: Ka asam asetat = 1.8 x 10-5 mol/liter; pKa = - log (1.8 x 10-5) =
4.74.
0,1
Jika χ ditiadakan maka: pH = 4.74 + log = 4.74
0,1

f. Kurva Titrasi
Pada Gambar 3.5. dapat dilihat 3 macam kurva titrasi yaitu:
(1) titrasi 100 ml 0.1N CH3COOH dengan 0.1N NaOH;
(2) titrasi 100 ml 0,1N NHCl- dengan 0.1N NaOH; dan
(3) titrasi 100 ml 0,1N NH4 Cl dengan 0.1N NaOH
Kurva titrasi ini diperoleh di laboratorium dengan mengukur pH 0,1N CH 3COOH;
0.1N HCI; dan 0.1N NH 4 Cl sebelum dan sesudah ditambahkan berbagai ml 0,1N
NaOH.
Dari kurva titrasi 0.1 N CH 3COOH dapat dilihat bahwa dengan penambahan tiap
satuan basa, terdapat perubahan pH paling besar pada awal dan akhir titrasi,
sedangkan perubahan paling kecil didapatkan pada saat titrasi setengah jalan.
Dengan kata lain, dapat disimpulkan bahwa perubahan pH paling kecil didapat
pada campuran equivalen Natrium asetat dan Asam asetat. Perubahan pH yang
sangat kecil dengan penambahan asam atau basa ini dihubungkan dengan
kesanggupan mempertahankan pH oleh larutan yang disebut bufer: Larutan bufer
mempunyai aktivitas tertinggi jika titrasi berlangsung setengah jalan atau jika pH
sama dengan pKa. Dalam gambar dapat dilihat bahwa aktivitas bufer maksimum
pada pH 4,1 (pKa asam asetat ). Pada pKa ini setengah dari asam asetat:
berdisosiasi sedangkan setengah lainnya tidak berdisosiasi.

pH

0,1N NaOH (ml)

Gambar 3.5. Kurva Titrasi 100 ml 0,1N CH3COOH (1); 100 ml 0,1N HCl (2);
100ml 0,1N NH4Cl (3) dengan 0,1N NaOH
 40

Pada tirasi 0,1n HCl, persamaan Henderson-Henselbalch tidak dapat digunakan,

karena persamaan tersebut hanya dapat dipakai untuk elektrolit lemah. Tetapi
dengan menghitung equivalen HCl yang tersisa, pH ditiap kurva titrasi dapat
dihitung . Jika 30 ml 0,1N NaOH sudah ditambahkan, 7,0 milliequivalen HCl
tersisa dalam 130 ml campuran. Konsentrasi H+ menjadi 7,0/130 atau 0.054 M.
Dengan mengabaikan koefisien aktivitas, pH larutan diperoleh sebesar 1.27.
Kurva titrasi 100 ml 0.1N NH4Cl memperlihatkan titrasi dimana ion NH4+
dinetralkan oleh ion OH - -yang berasal dari NaOH.
NH4+ + OH- NH3 + H2O
Persamaan Henderson-Hasselbalch hanya dapat dipakai jika sudah ada NH 4 Cl yang
dinetralkan.

g. Dissosiasi Asam Poliprotik

Asam poliprotik ialah asam yang menghasilkan lebih dari satu proton per molekul
asam. Misalnya H3PO4 menghasilkan 3 proton jika mengalami dissosiasi
sempurna.
H3PO4 H+ + H2PO4 - Ka1 = 7,5 x 10-3 pKa1 = 2,12
+ 2- -8
H2PO4 H + H2PO4 Ka2 = 6,23 x 10 pKa2 = 7,21
2- + 3-
HPO4 H + H2PO4 Ka3 = 4,8 x 10-13 pKa3 = 12,32
Ini berarti pada pH 2.12 disosiasi pertama H3P04 berlangsung setengah sempurna.
Supaya disosiasi terakhir bisa setengah sempurna, pH harus 12.32. Pada pH 7.0,
yaitu pH yang biasanya terdapat dalam sel, proton yang kedua dari asam fosfat
hampir setengahnya berdisosiasi. Pada pH ini konsentrasi mono dan dianion asam
fosfat atau ester fosfat kurang lebih sama.
Daftar pKa beberapa asam organik disajikan pada Tabel 3.2.

Tabel 3.2. Daftar pKa beberapa asam organik.

Asam pKa1 pKa2 pKa3
Asam asetat 4.74 - -
Asam aseto asetat 3.58 - -
Asam sitrat 3.09 4.75 5.41
Asam format 3.62 -
Asam fumarat 3.03 4.54 -
Asam DL. gliserat 3.55 - -
Asam DL. laktat 3.86 - -
Asam DL. malat 3.40 5.26 -
Asam piruvat 2.50 - -
Asam suksinat 4.18 5.56 -

3.7. Bufer
Bufer merupakan suatu sistem dalam larutan yang terdiri dari asam dan basa
konjugasi yang pH-nya dipertahankan tidak berubah walaupun dengan penambahan
 41

ion-ion OH- atau H+. Biasanya larutan bufer terdiri dari campuran asam Bronsted
lemah dan basa konjugasinya, misalnya campuran asam asetat dengan natrium
asetat atau campuran amonium hidroksida dengan amonium klorida.
Pada Gambar 3.5 dapat dilihat bahwa kurva titrasi asam asetat mempunyai
daerah yang agak rata sekitar 1 unit pH di kiri kanan titik tengah. Daerah ini
adalah daerah di mana asam dan basa konjugasi berfungsi sebagai bufer.
Kapasitas bufer paling tinggi berada pada titik tengah, dengan perbandingan
donor proton/penerima proton = 1, dan di sini pH = pK a. Tiap pasangan asam
dan basa konjugasi mempunyai pH atau pK a yang berlainan sesuai dengan
kapasitas bufer yang paling efektif.
Cairan yang terdapat dalam ruang ekstra dan intra sel dari suatu makhluk
hidup mengandung asam dan basa konjugasi yang berfungsi sebagai bufer pada
pH normal cairan tersebut. Bufer utama dalam cairan intraseluiar adaiah
pasangan asam dan basa konjugasi H 2 P04 - dan HPO4 2- (pKa = 7.2). Selain itu
fosfat arganik seperti glukosa-6P dan ATP juga ikut sebagai bufer dalam sel. Di
dalam cairan ekstraselular dan pada cairan intertisial vertebrata, sistem bufer
yang memegang peranan iaian H 2 C03 .
Plasma darah mempunyai kapasitas bufer sangat baik, cairan ini dapat
mempertahankan pH demikian rupa hingga perubahan pH yang terjadi hanya 0.2
unit saja untuk aktivitas pertukaran zat-zat. Sebagai contoh, jika 1 ml 1.0N HCl
ditambahkan pada 1 liter larutan fisiologis NaCI (misalnya 0.15 mol NaCI), pH
larutan garam akan turun dari 7.4 jadi 2.0 karena larutan NaCI bukan larutan
bufer. Tetapi jika 1 ml 1.0N HCl dimasukkan ke dalam 1 liter larutan plasma
darah, pH hanya turun dari 7.4 jadi 7.2. Perlu diketahui bahwa pH di luar daerah
ini sudah kurang baik untuk kehidupan, bahkan bisa membawa kematian.
Dalam makhluk hidup banyak metabolit (hasil reaksi) yang diproduksi dan
digunakan dalam sel, di samping itu enzim yang bertindak sebagai katalisator
untuk segala reaksi dalam sel membutuhkan pH tertentu pula untuk aktivitas
maksimumnya. Semua ini menunjukkan bagaimana pentingnya kestabilan pH
dalam jaringan hidup yang diatur oleh kapasitas bufernya.
Dalam laboratorium para peneliti biokimia mengikuti reaksi in vitro
dengan kondisi pH yang hanya berubah sekecil mungkin, sehingga diperlukan
larutan bufer yang efisien dan sesuai. Asam yang sering dipakai yakni asam
lemah seperti asam fosfat, asam asetat, asam glutarat, dan asam tartrat,
sedangkan basa yang sering digunakan yakni piridin, dan tris (hidroksimetil)
amino metan.
Bagaimana cara kerja bufer?. Sebagai contoh bila larutan NaOH ditambahkan
ke dalam campuran asam asetat dan kalium asetat, reaksi yang terjadi ialah:
OH - + CH3 COOH CH 3 COO - + H2 O
CH3COOH CH 3COO - + H+ OH-
H2 O
 42

Dalam reaksi ini dapat dilihat bahwa ion OH - bereaksi dengan proton
hasil disosiasi CH 3 COOH dan membentuk H 2 O. Dengan penambahan larutan
basa lagi, disosiasi terus berlanjut sehingga konsentrasi ion H + dan pH tetap
konstan. Kalau proton yang ditambahkan misalnya dari larutan HCl maka proton
ini segera berkombinasi dengan CH 3 COO - yang ada dalam bufer (sebagai kalium
asetat) sehingga menekan terjadinya disosiasi asam asetat. Dengan demikian,
perubahan pH dapat ditekan sekecil mungkin.
Kalau ditinjau aspek kuantitatifnya, ada 2 faktor yang menentukan
efektivitas atau kapasitas suatu larutan bufer, yakni molaritas dan perbandingan
konsentrasi basa konjugasi dengan asam lemahnya. Faktor pertama berkaitan
dengan kapasitas bufer yang berbanding lurus dengan konsentrasi komponen-
komponen bufer. Konsentrasi suatu bufer ialah jumlah konsentrasi asam lemah dan
basa konjugasinya. Jadi 0.1 M bufer asetat dapat terdiri dari 0.05 mol asam asetat
dan 0.05 mol natrium asetat per liter air. Tetapi bisa juga terdiri dari 0.065 mol
asam asetat dan 0.035 mol natrium asetat dalam 1 liter air.
Faktor kedua yang menentukan efektivitas bufer ialah perbandingan
konsentrasi basa konjugasi dan asam lemahnya. Lihat Gambar 3.5 di mana
efektivitas pH paling tinggi pada pKa yang menunjukkan perbandingan konsentrasi
CH3 COO- dan CH3COOH sama dengan 1.
Jadi sebelum kita menentukan bufer apa yang bisa dipakai dalam penelitian, terlebih
dahulu harus diperhatikan pH yang diinginkan. Misalnya pH 5, maka paling baik
bila memakai asam lemah yang mempunyai pKa 5 atau kalau tidak ada, pakailah
asam yang mempunyai pKa paling dekat dengan angka itu. Di samping itu, jenis
asam yang dipakai harus sesuai dengan seluruh sistem, sebab akibat tingginya
konsentrasi garam sering menghalangi kerja enzim atau sistem fisiologis. Dalam
Tabel 3.3. dapat dibaca pKa beberapa bufer yang sering digunakan dalam biokimia.
Tabel 3.3. Daftar pKa beberapa bufer.
Senyawa pKa1 pKa2 pKa3 pKa4
Asam asetat I 4.7 - - -
Amonium klorida 9.3 - - ~-
Asam karbonat 6.4 10.3 - -
Asam sitrat 3.1 4.7 5.4
Dietanolamin 8.9 - - -
Etanolamin 9.5 - - -
Asam fumarat 3.0 4.5 - -
Glisin 2.3 9.6 - -
Glisiglisin 3.1 8.1 -
Histidin 1.8 6.0 9.2 -
Asam maleat 2.0 6.3 - -
Asam fosfat 2.1 7.2 12.3
Asam;pirofosfat 0.9 2.0 6.7 9.4
Trietanolamin 7.8 - - -
Tris (hidroksimetii)
 43

amino metan 8.0 - - -

Veronal (natrium dietil
barbiturat) 8.0 I - -
Versene (asam etilendi I
aminotetraasetat) 2.0 2.7 6.2 10.3
 44

BAB IV

KARBOHIDRAT

Karbohidrat atau biasa dikenal secara awam sebagai gula merupakan bagian
utama dari kalori yang sangat dibutuhkan makhluk hidup termasuk mikroorganisme.
Karbohidrat adalah zat organik utama yang terdapat dalam tumbuh-tumbuhan dan
biasanya mewakili 50 sampai 75 persen dari jumlah bahan kering dalam bahan
makanan ternak. Karbohidrat sebagian besar terdapat dalam biji, buah dan akar
tumbuhan. Karbohidrat terbentuk dari proses fotosintesis yang melibatkan sinar
matahari terhadap hijauan daun. Secara sederhana proses fotosintesis pada tanaman
adalah sebagai berikut:

Sinar matahari
6 CO2 + 6 H2O C6H12O6 + 6 O2
Klorofil

Hasil fotosintesis ini menjadi sumber energi pokok bagi proses metabolisme
manusia, hewan, tumbuhan dan mikroorganisme.Karbohidrat tidak hanya sebagai
sumber energi. Polimer karbohidrat dapat berperan sebagai unsur struktural dan
penyangga dalam dinding sel bakteri dan tanaman serta jaringan pengikat pada sel
hewan.

Nama karbohidrat berasal dari unsur penyusun utamanya yaitu karbon dan
hidrat (hidrogen dan oksigen). Karbohidrat umum juga dikenal sebagai sakarida
(berarti gula dalam bahasa Yunani). Ratio penyusun karbohidrat yang terdiri dari
karbon, hidrogen dan oksigen yaitu 1:2:1. Secara umum rumus empiris karbohidrat
dikenal sebagai (CH2O)n.

Karbohidrat adalah polihidroksi aldehida atau keton atau senyawa yang

menghasilkan senyawa-senyawa ini bila dihidrolisa. Unsur utama pembentuk
karbohidrat adalah karbon, hidrogen dan oksigen dengan rumus umum C n(H2O)m.
Suatu senyawa digolongkan sebagai karbohidrat bukan hanya berdasarkan rumus
empiris saja melainkan juga karena memiliki 3 gugus fungsi. Ketiga gugus fungsi
tersebut adalah:
1. Gugus alkohol : -OH
2. Gugus Aldehida : -CHO
3. Gugus Keton : -CH2OH
Struktur karbohidrat yang ditentukan gugus fungsi akan terkait dengan sifat
kimia dan sifat fisikanya (aktivitas optik). Terdapat tiga golongan utama karbohidrat
yaitu monosakarida, oligosakarida dan polisakarida yang akan diuraikan berikut ini.
 45

4.1 Monosakarida

Monosakarida adalah karbohidrat yang terdiri dari satu unit polihidroksi

aldehida atau keton. Monosakarida yang paling banyak dialam D-glukosa 6-karbon.
Monosakarida disebut juga gula sederhana. Monosakarida dikenal dengan rumus
empiris (CH2O)n, n>=3
a. Struktur Kimia
Kerangka monosakarida adalah rantai karbon berikatan tunggal yang tidak
bercabang. Satu diantara atom karbon berikatan ganda terhadap suatu atom oksigen
membentuk gugus karbonil. Terdapat 2 golongan monosakarida yaitu aldosa dan
ketosa. Jika gugus karbonil berada pada ujung rantai karbon maka monosakarida
tersebut adalah suatu aldehida atau disebut aldosa (Gb.4.1). Jika gugus karbonil
berada pada posisi lain di rantai karbon maka monosakarida tersebut adalah suatu
keton atau disebut ketosa (Gb.4.1).

Golongan heksosa (6 atom karbon) mencakup D-glukosa dan D-fruktosa

adalah monosakarida yang banyak dijumpai di alam (Gb.4.2). Sementara jenis
aldopentosa D-ribosa dan 2-deoksi-D-ribosa merupakan komponen asam nukleat
(Gb.4.3).

Gambar 4.1. Contoh aldosa dan ketosa

Gambar 4.2 Dua jenis heksosa yang umum dijumpai

 46

Gambar 4.3. Komponen pentosa dari asam nukleat

Struktur monosakarida yang terdiri dari lima atau lebih atom karbon dalam
larutan berbentuk siklik atau lingkaran. Gula heksosa membentuk lingkaran disebut
piranosa karena senyawa ini menyerupai senyawa cincin dengan 6 anggota yang
disebut piran (Gb.4.3). Aldoheksosa yang terdapat dalam bentuk cincin yang
mempunyai 5 anggota disebut furanosa karena menyerupai bentuk cincin 5 anggota
(furan (Gb.4.4)). Hanya aldosa yang dapat membentuk cincin piran stabil
dibandingkan furan. Bentuk isomer dari monosakarida yang berbeda satu dengan
lainnya, hanya dalam konfigurasi di sekitar atom karbon hemiasetal/hemiketal, seperti
α-D-Glukosa dan β-D-glukosa disebut anomer (Gb.4).

Gambar 4.4 Komponen pentosa dari asam nukleat

Rumus struktur cincin monosakarida secara tiga dimensi dapat ditunjukkan

dengan dua cara yaitu rumus proyeksi Haworth dan rumus konformasi. Sebagai
contoh pada maltosa (Gb.4.5). Konformasi tiga dimensi spesifik gula sederhana 6
 47

karbon penting dalam menentukan sifat-sifat biologi dan fungsi beberapa

polisakarida.

Gambar 4.5. Perbandingan rumus struktur maltosa dengan

menggunakan rumus proyeksi Haworth dan rumus
konformasi
b. Sifat Kimia
Monosakarida tidak berwarna dan berbentuk kristal padat yang larut dalam air
namun tidak larut dalam pelarut non-polar. Umumnya monosakarida memiliki rasa
manis dan bersifat optik aktif. Monosakarida bersifat mereduksi senyawa-senyawa
pengoksidasi seperti ferisianida, hidrogen peroksida atau ion kupri (Cu 2+). Glukosa
dan gula-gula lain yang mampu mereduksi senyawa pengoksidasi disebut gula
pereduksi. Sifat ini akan berguna dalam analisis gula.

4.2 Oligosakarida
Oligosakarida adalah rantai pendek yang terbentuk dari unit-unit
monosakarida yang digabungkan bersama-sama oleh ikatan kovalen. Oligosakarida
yang paling sederhana adalah disakarida yang memiliki 2 unit monosakarida.
 48

Contoh-contoh oligosakarida:
a. Disakarida
 Sukrosa = Glukosa + Fruktosa
 Laktosa = Glukosa + Galaktosa
 Maltosa = Glukosa + Glukosa
b. Trisakarida
 Rafinosa = Galaktosa + Glukosa + Fruktosa
 Manotriosa = Galaktosa + Galaktosa + Glukosa
c. Tetrasakarida
 Stakiosa = 2 Galaktosa + 1 Glukosa + 1 Fruktosa

a. Struktur kimia
Disakarida terdiri dari 2 molekul monosakarida yang berikatan kovalen
terhadap sesamanya. Ikatan kimia yang menggabungkan kedua unit monosakarida
disebut ikatan glikosida dan dibentuk jika gugus hidroksil pada salah satu gula
bereaksi dengan karbon anomer pada gula yang kedua. Ikatan glikosida dapat segera
terhidrolisa oleh asam namun tahan terhadap basa.
Disakarida yang banyak terdapat di alam yang paling umum adalah sukrosa,
laktosa dan maltosa. Maltosa adalah disakarida yang paling sederhana, merupakan
gabungan dari dua molekul glukosa (Gb.4.5). Sedangkan laktosa meruakan disakarida
hasil gabungan dari molekul glukosa dan galaktosa (Gb.4.6). Jenis disakarida ini
hanya terdapat pada susu. Hidrolisis laktosa dapat dilakukan oleh enzim laktose.

Gambar 4.6 Laktosa dan Sukrosa

Sukrosa atau gula tebu adalah disakarida dari glukosa dan fruktosa. Sukrosa
dibentuk oleh banyak tanaman, tetapi tidak terdapat pada hewan tingkat tinggi.
Hewan tidaka dapat menyerap sukrosa seperti pada tanaman, tetapi dapat menyerap
molekul tersebut dengan bantuan enzim suknosa. Sukrosa merupakan produk
 49

fotosintesis antara yang utama. Pada banyak tanaman sukrosa merupakan bentuk
utama dalam transport gula dari daun ke bagian lain tanaman melalui sistem vaskular.
Sukrosa merupakan disakarida yang paling manis diantara ketiga jenis disakarida
yang umum dijumpai.
b. Sifat Kimia
Maltosa dan laktosa adalah gula pereduksi karena gula ini memiliki gugus
karbonil yang berpotensi bebas, yang dapat dioksidasi. Sedangkan sukrosa tidak
bersifat pereduksi karena tidak mengandung atom karbon anomer bebas.

4.3 Polisakarida
Kebanyakan karbohidrat yang ditemukan di alam terdapat sebagai polisakarida
dengan berat molekul tinggi. Hidrolisis sempurna oleh asam atau enzim spesifik
terhadap polisakarida menghasilkan monosakarida atau senyawa turunannya.
Gabungan lebih dari 10 unit monosakarida disebut sebagai polisakarida.
a. Struktur kimia
Polisakarida, disebut juga glikan, berbeda dalam kandungan unit
monosakarida, panjang rantainya, dan dalam tingkat percabangannya. Terdapat dua
jenis polisakarida, yaitu homopolisakarida, yang mengandung hanya satu jenis unit
monomer dan heteropolisakarida, yang mengandung dua atau lebih jenis unit
monosakarida yang berbeda. Contoh homopolisakarida adalah pati yang berasal dari
unit-unit D-glukosa dan contoh heterosakarida adalah asam hialuronat yang berasal
dari 2 jenis monosakarida. Polisakarida yang penting di alam yaitu pati pada
tumbuhan dan glikogen pada hewan.

Pati terutama terdapat alam jumlah tinggi pada golongan umbi seperti kentang
dan biji-bijian seperti jagung. Pati mengandung dua jenis polimer glukosa yaitu α-
amilosa dan amilopektin. Amilosa memiliki struktur tidak bercabang sementara
amilopektin memiliki struktur bercabang tingkat tinggi (Gb.4.7).
 50

Gambar 4.7 (a) amilosa; (b) amilopektin; (c) struktur suatu titik cabang

Glikogen merupakan polisakarida utama pada hewan dan memiliki struktur

bercabang dari gabungan D-glukosa dalam ikatan α(1->4). Pada glikogen
percabangannya lebih banyak dan strukturnya lebih kompak daripada amilopektin.

Selulosa merupakan homopolisakarida linear yang tidak bercabang, terdiri dari

10.000 atau lebih unit D-glukosa yang dihubungkan oleh ikatan 1-> 4 glikosida.

Contoh karbohidrat yang terdiri dari banyak polisakarida (lebih dari 10).
 Amilum
 Glikogen
 Selulosa
 Pati
Dekomposisi pati: Pati →dekstrin → maltosa → glukosa

b. Sifat Kimia
Pati dan glikogen dihidrolisa dalam saluran pencernaan oleh enzim amilase.
Enzim α-amilase menguraikan ikatan α-(1-> 4) dan α-(1-> 6) diuraikan oleh enzim α-
(1-> 6)-glukosidase. Pada sel hewan, glikogen terdegradasi oleh jenis enzim lain,
glikogen terdegradasi oleh jenis enzim lain, glikogen fosforilase, yang memecah
glikogen menjadi glukosa-1-fosfat.
Ikatan B selulosa pada rantai D-glukosa membentuk konformasi yang melebar
dan mengalami pengelompokan antar sisi menjadi serat yang tidak larut. Ruminansia
 51

mampu mencerna selulosa karena memiliki enzim selulose yang dikeluarkan oleh
mikroorganisme dalam rumen ruminansia.

4.4 Derivat dan Gabungan Karbohidrat

Monosakarida mempunyai gugus fungsi yang dapat dioksidasi menjadi gugus
karboksilat. Asam yang terbentuk dapat dipandang sebagai derivat monosakarida.
Disamping itu dikenal pula gula amino, yaitu monosakarida yang mengandung gugus
–NH2. Selain dapat dioksidasi gugus aldehida dan keton dapat pula direduksi menjadi
gugus alkohol.

Oksidasi terhadap monosakarida dapat menghasilkan beberapa macam asam

dan senyawa lainnya, misalnya : asam-asam, gula amino dan alkohol.

Gambar 4.8. Reaksi reduksi-oksidasi (redoks) dari D-glukosa

Glikoprotein adalah protein yang mengandung karbohidrat yang terikat secara

kovalen yang merupakan monosakarida tunggal atau oligosakarida yang relatif
pendek. Bagian karbohidrat dapat mencapai 30% karbohidrat atau lebih. Hampir
semua protein pada permukaan sebelah luar hewan adalah glikoprotein.Glikoprotein
ekstraselular paling menonjol adalah protein anti-beku pada beberapa spesies ikan di
kutub. Contoh glikoprotein pada membran diantaranya adalah glikoforin dan
fibronektin.Proteoglikan merupakan derivat karbohidrat dengan komponen utamanya
adalah karbohidrat.
 52

4.5 Fungsi Biologi Karbohidrat

Beberapa polisakarida berfungsi sebagai bentuk penyimpanan bagi
monosakarida, sedangkan yang lain berfungsi sebagai unsur struktural di dalam
dinding sel dan jaringan pengikat. Polisakarida penyimpan yang paling penting di
alam adalah pati, yang khas pada sel tanaman dan glikogen pada sel hewan.

Banyak polisakarida yang berfungsi sebagaui unsur struktural ekstra selular

pada dinding sel mikroorganisme bersel tunggal dan tumbuhan dan permukaan
sebelah luar sel hewan. Polisakarida sstruktural memberikan perlindungan, bentuk
dan daya penyangga terhadap sel, jaringan atau organ. Contonya selulosa. Kayu
terbuat dari selulosa dan polimer lain sedangkan katun merupakan selulosa murni.

Selulosa merupakan senyawa yang amat berguna. Kayu, katun, kertas dan
papan sebagian besar merupakan selulosa. Lebih jauh, selulosa adalah bahan dasar
dari banyak produk lain, seperti rayon, genteng isulasi dan bahan-bahan pembungkus
dan pembangun lainnya. Polisakarida pada kulit udang, kepiting dan banyak insekta
terbentuk dari polisakarida khitin.
 53

BAB V

LIPID

5.1 Pengertian dan Ciri Khas

Lipid (dari kata Yunani, Lipos, lemak) dikenal oleh masyarakat awam sebagai
minyak (organik, bukan minyak mineral atau minyak bumi), lemak, dan lilin.
Tersusun dari Karbon, Hidrogen, dan Oksigen (C,H,O), Lipida memiliki lebih banyak
atom karbon dan hidrogen dibandingkan atom oksigen, dengan nisbah H : O > 2:1.
Istilah "lipida" mengacu pada golongan senyawa hidrokarbon alifatik nonpolar (tidak
bisa atau susah larut dalam air) dan hidrofobik, yang esensial dalam menyusun
struktur dan menjalankan fungsi sel hidup. Karena nonpolar, lipida tidak larut dalam
pelarut polar, seperti air atau alkohol, tetapi larut dalam pelarut nonpolar (organik)
seperti dalam eter, metanol, aseton, kloroform, dan benzen,

Tabel 5.1 Penggunaan Asam Lemak dari Minyak Sayur

5.2 Fungsi Biologi dari Lipid

Fungsi biologi dari lipid sesuai dengan jenisnya. Lemak dan minyak
merupakan penyimpan energi utama pada kebanyakan organism Fofolipid dan sterol
merupakan komponen struktural dari membrane biologi. Lilin merupakan penutup
permukaan pada tanaman (kutikula) bertindak sebagai penolak air dan sebagai
pengkonsistensi lapisan, Kilapan pada daun keladi dilapisi dengan lapisan lilin, yang
dapat menghambat evaporasi berlebihan dan melindungi tanaman dari parasit.. Lipid
lainnya, walaupun berada dalam jumlah sedikit tetapi mempunyai peranan yang
sangat penting seperti kofaktor reaksi enzimatik (vitamin K), pembawa sinyal
electron (steroid), pigmen pengabsobsi cahaya (klorofil), jangkar hidrofobik untuk
 54

protein, khaperon untuk membantu pelipatan protein membran, hormon dan

penyampai pesan intraselular.

Tabel 5.2. Komposisi Asam Lemak Penghasil Minyak dan Daun pada Beberapa
Tanaman
Komposisi asam lemak pada beberapa Komposisi asm lemak dalam daun beberapa
tanaman penghasil minyak tanaman

Ada beberapa golongan lipid:

Gliserida dan asam lemak, termasuk di dalamnya minyak dan lemak; Lilin,
Fosfolipid; Sfingolipid; Glikolipid; Terpenoid, termasuk di dalamnya getah dan
steroid.

Gambar 5.1 Struktur Lipid

 55

Gliserida

Gliserida dikenal pula sebagai adalah ester dari gliserol dan asam lemak. Minyak nabati
serta lemak hewani adalah gliserida yang tersusun dari gliserol dan asam lemak.
Gliserol memiliki tiga gugus hidroksil fungsional (-OH) yang dapat teresterifikasi
oleh asam lemak. Jika hanya satu gugus hidroksil teresterifikasi dinamakan
monogliserida, jika dua yang teresterifikasi dinamakan digliserida, dan jika ketiga
gugus hidroksilnya teresterifikasi disebut trigliserida. Trigliserida disebut juga
triasilgliserol atau triasilgliserida. Dalam kondisi alami, semua kombinasi tercampur
dalam sel.

Asam lemak

Asam lemak adalah asam karboksilat dengan jumlah atom karbon banyak. Biasanya
asam lemak mengandung 4 – 24 atom karbon, dan mempunyai satu gugus karboksil (-
COOH). Bagian alkil dari asam lemak bersifat nonpolar, sedangkan gugus karboksil
bersifat polar. Bila bagian alkil asam lemak mengandung paling sedikit satu ikatan
rangkap, dinamakan asam lemak tak jenuh. Contohnya asam oleat, asam linoleat.
Sebaliknya, bila tidak memiliki ikatan rangkap (hanya satu ikatan antar karbon)
dinamakan asam lemak jenuh, seperti pada asam stearat dan asam palmitat. Ester
gliserol yang terbentuk dari asam lemak tak jenuh dinamakan minyak, sedangkan
yang berasal dari asam lemak jenuh dinamakan lemak. Titik leleh lemak lebih tinggi
daripada minyak, sehingga minyak cenderung mencair pada suhu kamar.

Gambar 5.2 Contoh Asam lemak tak jenuh

 56

Gambar 5.3 Contoh Asam lemak jenuh

Trigliserida

Lemak tersusun tersusun dari gliserol (alkohol) dan tiga rantai asam lemak.
Sub unit ini disebut trigliserida (atau lebih tepatnya triasilgliserol atau
triasilgliserida) adalah sebuah gliserida, yaitu ester dari gliserol dan tiga asam lemak.
Trigliserida merupakan penyusun utama minyak nabati dan lemak hewani. Gliserol
merupakan senyawa larut dalam air dengan tiga gugus hidroksil. Rumus kimia
trigliserida adalah CH2COOR-CHCOOR'-CH2-COOR", dimana R, R' dan R"
masing-masing adalah sebuah rantai alkil yang panjang. Ketiga asam lemak RCOOH,
R'COOH and R"COOH bisa jadi semuanya sama, semuanya berbeda ataupun hanya
dua diantaranya yang sama. Lemak merupakan trigliserida yang mengandung asam
lemak jenuh (butter, margarine, shortening padat pada suhu ruangan). Sedangkan
minyak merupakan trigliserida dengan asam lemak tak jenuh (minyak jagung cair
pada suhu ruangan)
 57

Gliserol Rantai asam Lemak

Gambar 5.4 Struktur umum trigliserida

Lilin

Lilin merupakan rantai panjang asam lemak disambungkan ke rantai panjang alkohol.
Lilin bersifat nonpolar. Padat pada suhu ruangan; mempunyai titik leleh tinggi ;
kedap air dan tahan degradasi. Membentuk lapisan pelindung yang menahan
kehilangan air pada tanaman; menjaga kulit dan bulu pada hewan.

Fosfolipid

Fosfolipid mirip dengan lemak netral, yaitu merupakan suatu ester gliserol, tetapi,
fosfolipid hanya mengandung dua asam lemak, yang terikat pada atom C nomor 1
dan nomor 2 dari gliserol, sedangkan atom C nomor tiga diesterkan oleh asam fosfat
atau sebuah gugus gabungan fosfat dan nitrogen, yang telah mengikat gugus alkohol
jenis lain, seperti kolin, etanolamin, serin, dan inositol. Karena itu, fosfolipid diberi
nama menurut gugus alkohol yang terikat pada asam fosfatnya, misalnya
fosfatidilkolin (gugus alkohol mengikat kolin), fosfatidil etanolamin (mengikat
etanolamin), fosfatidil serin, dan nama lainnya. Fosfolipid membantu menyusun
membrane sel. Dua lapisan fosfolipid menyusun membran. Fosfolipid memiliki
sebuah kepala "suka air" hidrofilik dan dua ekor "takut air" hidrofobik.
 58

Gambar 5.5 Fosfolipid

Sfingolipid

Sfingolipid merupakan salah satu penyusun utama dari membrane plasma.

Sfingolipid berada dalam plasma dan membran Retikulum Endoplasma (ER).
Sfingolipids terdiri basa sfingo. Rantai hidrokarbon ini mengandung ikatan
ganda,sebuah gugus amino pada posisi 2, dan dua sampai tiga gugus hidroksil pada
posisi 1, 3,dan 4. Basa sfingo dihubungkan oleh sebuah ikatan amide ke asam lemak
(C16–24, denngan ikatan rangkap). Salah satu contoh, sfingolipid adalah,
ceramide,dengan sfinganin sebagai basa (lihat Gambar dibawah ini). Pada
glukosilsfingolipid, gugus terminal hidroksil terikat ke residu glukosa (lihat Gambar
dibawah ini). Metabolit sfingolipid bisa terlibat sebagai sinyal dalam program
pematian sel (programmed cell death).
 59

Gambar 5.6 Sfingolipid

Steroid

Steroid berbeda dengan asam lemak neutral. Steroid memiliki cincin karbon
,yaitu memilik rangka yang merupakan penyatuan 4 buah cincin karbon yang
bervariasi tergantung pada gugus fungsional yang melekat padanya. Rangka karbon
dari steroid adalah rangka benzen merupakan gabungan 4 buah cincin benzene.
Kolesterol adalah ―basa steroid‖ tempat badan kita menghasilkan steroid. Kolesterol
merupakan prekursor dari steroid lainnya, termasuk aldosteron dan hormon sex.
Estrogen dan testosteron (merupakan hormon sex jantan) juga steroid.

Sintesis Asam Lemak

Pada tanaman sintesis asam lemak de novo selalu terjadi dalam plastida
Karbon terfiksasi yang merupakan hasil assimilasi CO2 dalam kloroplas bukan
hanya merupakan precursor untuk sintesis karbohidrat dan asam amino, tetapi juga
untuk sintesis asam lemak dan berbagai metabolit sekunder lainnya. Tanaman tidak
mampu memindahkan asam lemak jarak jauh di dalam tanaman. Padahal asam lemak
ada di setiap sel sebagai constituen dari lipid membrane, dengan demikian setiap sel
seharusnya memiliki enzim untuk mesintesis lipid membran dan juga untuk
mensintesis asam lemak.
 60

Kolestrol

Estrogen

Testosteron

Gambar 5.7 Contoh Steroid

Pada tanaman sintesis asam lemak de novo selalu terjadi dalam plastida: dalam
kloroplas dari sel hijau dan leukoplast dan kromoplas dari sel-sel yang tidak hijau.
Walaupun enzim pensisntesis asam lemak pada sel tanaman dijumpai juga dalam
membrane ER, tetapi enzim tersebut nampaknya hanya terlibat dalam memodifikasi
asam lemak yang telah disintesis, sebelumnya dalam plastida. Modifikasi tersebut
termasuk pemanjangan rantai asam lemak dan introduksi ikatan rangkap berikutnya
oleh desaturases.

Acetil CoA merupakan precursor untuk sintesis asam lemak

Plastida mengandung piruvat dehidrogenase, di mana piruvat dioksidasi menjadi
acetil CoA, yang disertai dengan reduksi NAD (Gambar 5.8 di bawah ini).
 61

Gambar 5.8 sintesis asam lemak

 62

BAB VI

PROTEIN
Protein adalah makromolekul polipeptida yang tersusun dari sejumlah L-asam
amino yang dihubungkan oleh ikatan peptida, berbobot molekul tinggi dari 5000
samapi berjuta-juta. Suatu molekul protein disusun oleh sejumlah asam amino tertentu
dengan susunan yang sudah tertentu pula dan bersifat turunan.
Protein (akar kata protos dari bahasa Yunani yang berarti "yang paling
utama") adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang merupakan
polimer dari monomer-monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain
dengan ikatan peptida. Molekul protein mengandung karbon, hidrogen, oksigen,
nitrogen dan kadang kala sulfur serta fosfor. Protein berperan penting dalam struktur
dan fungsi semua sel makhluk hidup dan virus.
Kebanyakan protein merupakan enzim atau subunit enzim. Jenis protein lain
berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, seperti misalnya protein yang
membentuk batang dan sendi sitoskeleton. Protein terlibat dalam sistem kekebalan
(imun) sebagai antibodi, sistem kendali dalam bentuk hormon, sebagai komponen
penyimpanan (dalam biji) dan juga dalam transportasi hara. Sebagai salah satu sumber
gizi, protein berperan sebagai sumber asam amino bagi organisme yang tidak mampu
membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
Protein merupakan salah satu dari biomolekul raksasa, selain polisakarida,
lipid, dan polinukleotida, yang merupakan penyusun utama makhluk hidup. Selain itu,
protein merupakan salah satu molekul yang paling banyak diteliti dalam biokimia.
Protein ditemukan oleh Jöns Jakob Berzelius pada tahun 1838.
Biosintesis protein alami sama dengan ekspresi genetik. Kode genetik yang
dibawa DNA ditranskripsi menjadi RNA, yang berperan sebagai cetakan bagi
translasi yang dilakukan ribosom. Sampai tahap ini, protein masih "mentah", hanya
tersusun dari asam amino proteinogenik. Melalui mekanisme pascatranslasi,
terbentuklah protein yang memiliki fungsi penuh secara biologi.

Gambar 6.1 Struktur Protein

 63

Struktur tersier protein. Protein ini memiliki banyak struktur sekunder beta-
sheet dan alpha-helix yang sangat pendek. Model dibuat dengan menggunakan
koordinat dari Bank Data Protein (nomor 1EDH).
Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur primer
(tingkat satu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan kuartener (tingkat
empat). Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang
dihubungkan melalui ikatan peptida (amida). Sementara itu, struktur sekunder protein
adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asam amino pada protein
yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya
ialah sebagai berikut:
 alpha helix (α-helix, "puntiran-alfa"), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral;
 beta-sheet (β-sheet, "lempeng-beta"), berupa lembaran-lembaran lebar yang
tersusun dari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen
atau ikatan tiol (S-H);
 beta-turn, (β-turn, "lekukan-beta"); dan
 gamma-turn, (γ-turn, "lekukan-gamma").

Gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder akan menghasilkan struktur
tiga dimensi yang dinamakan struktur tersier. Struktur tersier biasanya berupa
gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksi secara fisik tanpa ikatan
kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer, trimer, atau kuartomer)
dan membentuk struktur kuartener. Contoh struktur kuartener yang terkenal adalah
enzim Rubisco dan insulin.
Struktur primer protein bisa ditentukan dengan beberapa metode: (1) hidrolisis
protein dengan asam kuat (misalnya, 6N HCl) dan kemudian komposisi asam amino
ditentukan dengan instrumen amino acid analyzer, (2) analisis sekuens dari ujung-N
dengan menggunakan degradasi Edman, (3) kombinasi dari digesti dengan tripsin dan
spektrometri massa, dan (4) penentuan massa molekular dengan spektrometri massa.
Struktur sekunder bisa ditentukan dengan menggunakan spektroskopi circular
dichroism (CD) dan Fourier Transform Infra Red (FTIR). Spektrum CD dari
puntiran-alfa menunjukkan dua absorbans negatif pada 208 dan 220 nm dan lempeng-
beta menunjukkan satu puncak negatif sekitar 210-216 nm. Estimasi dari komposisi
struktur sekunder dari protein bisa dikalkulasi dari spektrum CD. Pada spektrum
FTIR, pita amida-I dari puntiran-alfa berbeda dibandingkan dengan pita amida-I dari
lempeng-beta. Jadi, komposisi struktur sekunder dari protein juga bisa diestimasi dari
spektrum inframerah.
Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini terdiri
dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya memiliki satu domain.
Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa domain yang terlibat di dalamnya.
Hubungan rantai polipeptida yang berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah
fungsi baru berbeda dengan komponen penyusunnya. Bila struktur domain pada
 64

struktur kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis masing-masing komponen

domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur domain dengan
struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah struktur kompleksnya berpisah,
protein tersebut tidak fungsional.

6.1 Fungsi protein

Protein memegang peranan penting dalam berbagai proses biologi. Peran-peran

tersebut antara lain:

1. Katalisis enzimatik
Hampir semua reaksi kimia dalam sistem biologi dikatalisis oleh enzim dan
hampir semua enzim adalah protein.
2. Transportasi dan penyimpanan
Berbagai molekul kecil dan ion-ion ditansport oleh protein spesifik. Misalnya
transportasi oksigen di dalam eritrosit oleh hemoglobin dan transportasi oksigen di
dalam otot oleh mioglobin.
3. Koordinasi gerak
Kontraksi otot dapat terjadi karena pergeseran dua filamen protein. Contoh
lainnya adalah pergerakan kromosom saat proses mitosis dan pergerakan sperma oleh
flagela.
4. Penunjang mekanis
Ketegangan kulit dan tulang disebabkan oleh kolagen yang merupakan protein
fibrosa
5. Proteksi imun
Antibodi merupakan protein yang sangat spesifik dan dapat mengenal serta
berkombinasi dengan benda asing seperti virus, bakteri dan sel dari organisma lain.
6. Membangkitkan dan menghantarkan impuls saraf
Respon sel saraf terhadap rangsang spesifik diperantarai oleh oleh protein
reseptor. Misalnya rodopsin adalah protein yang sensitif terhadap cahaya ditemukan
pada sel batang retina. Contoh lainnya adalah protein reseptor pada sinapsis
7. Pengaturan pertumbuhan dan diferensiasi
Pada organisme tingkat tinggi, pertumbuhan dan diferensiasi diatur oleh protein
faktor pertumbuhan. Misalnya faktor pertumbuhan saraf mengendalikan pertumbuhan
jaringan saraf. Selain itu, banyak hormon merupakan protein.

6.2 Komponen penyusun protein

Unit dasar penyusun struktur protein adalah asam amino. Dengan kata lain
protein tersusun atas asam-asam amino yang saling berikatan.

6.3 Struktur asam amino

Suatu asam amino-α terdiri atas:

 65

1. Atom C α. Disebut α karena bersebelahan dengan gugus karboksil (asam).

2. Atom H yang terikat pada atom C α.
3. Gugus karboksil yang terikat pada atom C α.
4. Gugus amino yang terikat pada atom C α.
5. Gugus R yang juga terikat pada atom C α.
Agar lebih jelas dapat Anda cermati Gambar 6.2 berikut.

Gambar 6.2 Struktur asam amino α

6.4 Macam asam amino

Ada 20 macam asam amino, yang masing-masing ditentukan oleh jenis gugus
R atau rantai samping dari asam amino. Jika gugus R berbeda maka jenis asam amino
berbeda. Contohnya ada pada Gambar 2.2. Dari gambar tersebut tampak bahwa asam
amino serin, asam aspartat dan leusin memiliki perbedaan hanya pada jenis gugus R
saja.

Gambar 6.3 Contoh struktur dari beberapa asam amino

Gugus R dari asam amino bervariasi dalam hal ukuran, bentuk, muatan,
kapasitas pengikatan hidrogen serta reaktivitas kimia. Keduapuluh macam asam
amino ini tidak pernah berubah. Asam amino yang paling sederhana adalah glisin
 66

dengan atom H sebagai rantai samping. Berikutnya adalah alanin dengan gugus metil
(-CH3) sebagai rantai samping. Struktur dari 20 macam asam amino pada Tabel 6.1.

Tabel 6.1 Nama-nama asam amino

No Nama Singkatan
1 Alanin (alanine) Ala
2 Arginin (arginine) Arg
3 Asparagin (asparagine) Asn
4 Asam aspartat (aspartic acid) Asp
5 Sistein (cystine) Cys
6 Glutamin (Glutamine) Gln
7 Asam glutamat (glutamic acid) Glu
8 Glisin (Glycine) Gly
9 Histidin (histidine) His
10 Isoleusin (isoleucine) Ile
11 Leusin (leucine) Leu
12 Lisin (Lysine) Lys
13 Metionin (methionine) Met
14 Fenilalanin (phenilalanine) Phe
15 Prolin (proline) Pro
16 Serin (Serine) Ser
17 Treonin (Threonine) Thr
18 Triptofan (Tryptophan) Trp
19 Tirosin (tyrosine) Tyr
20 Valin (valine) Val

Kekurangan Protein

Protein sendiri mempunyai banyak sekali fungsi di tubuh kita. Pada dasarnya
protein menunjang keberadaan setiap sel tubuh, proses kekebalan tubuh. Setiap orang
dewasa harus sedikitnya mengkonsumsi 1 g protein pro kg berat tubuhnya. Kebutuhan
akan protein bertambah pada perempuan yang mengandung dan atlet-atlet.

Kekurangan Protein bisa berakibat fatal:

 Kerontokan rambut (Rambut terdiri dari 97-100% dari Protein -Keratin)

 Yang paling buruk ada yang disebut dengan Kwasiorkor, penyakit kekurangan
protein. Biasanya pada anak-anak kecil yang menderitanya, dapat dilihat dari
yang namanya busung lapar, yang disebabkan oleh filtrasi air di dalam
pembuluh darah sehingga menimbulkan odem.Simptom yang lain dapat
dikenali adalah hipotonus, gangguan pertumbuhan, hati lemak.
 Kekurangan yang terus menerus menyebabkan marasmus dan berkibat
kematian.
 67

Sintese protein
Dari makanan kita memperoleh Protein. Di sistem pencernaan protein akan
diuraikan menjadi peptid peptid yang strukturnya lebih sederhana terdiri dari asam
amino. Hal ini dilakukan dengan bantuan enzim. Tubuh manusia memerlukan 9 asam
amino. Artinya kesembilan asam amino ini tidak dapat disintesa sendiri oleh tubuh
esensiil, sedangkan sebagian asam amino dapat disintesa sendiri atau tidak esensiil
oleh tubuh. Keseluruhan berjumlah 21 asam amino. Setelah penyerapan di usus maka
akan diberikan ke darah. Darah membawa asam amino itu ke setiap sel tubuh. Kode
untuk asam amino tidak esensiil dapat disintesa oleh DNA. Ini disebut dengan
DNAtranskripsi. Kemudian mRNA hasil transkripsi di proses lebih lanjut di ribosom
atau retikulum endoplasma, disebut sebagai translasi.
Sumber Peotein terdapat dalam Daging, Ikan, Telur, Susu, dan produk sejenis
Quark, Tumbuhan berbji, Suku polong-polongan dan Kentang.
Keuntungan Protein adalah Sumber energi, Pembetukan dan perbaikan sel dan
jaringan, Sebagai sintesis hormon,enzim, dan antibodi, Pengatur keseimbangan kadar
asam basa dalam sel

Gambar 6.4 Alanin

 68

Gambar 6.4 Arginin

Gambar 6.5 Asparagin (asparagine)

 69

Gambar 6.6 Asam Aspartat

Gambar 6.7. Sistein (cystine)

 70

Gambar 6.8 Glutamine

Gambar 6.9 Asam glutamat

 71

Gambar 6.10 Glisin (Glycine)

Gambar 6.11 Histidin (histidine)

Gambar 6.11 Leucine

 72

BAB. VII

ASAM NUKLEAT

Molekul asam nukleat merupakan satu-satunya molekul yang membawa

informasi genetik organisme hidup. Asam nukleat ditemukan pada tahun 1879 oleh
Albrecht Kossel. Terdapat 2 golongan besar asam nukleat yaitu asam
deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Kedua asam ini adalah
polimer linier yang tidak bercabang, dengan nukleotida sebagai monomernya.
Satu nukleotida tersusun atas 3 bagian yaitu:
(a). Sebuah gula berkarbon 5 (pentosa) yaitu ribosa atau deoksiribosa
(b) Suatu basa yang berstruktur cincin dan mengandung nitrogen. Basa ini adalah
adenin, guanin, sitosin, dan timin atau urasil
(c). Satu, dua, atau tiga gugus fosfat yang terikat pada atom karbon gula pentosa.

7.1 Komposisi Kimia Asam Nukleat

Hasil analisis kimia asam nukleat menunjukkan bahwa makromolekul ini tersusun
dari subunit-subunit berulang (monomer) yang disebut nukleotida sehingga asam
nukleat dapat juga dikatakan sebagai polinukleotida. Nukleotida yang satu dengan
nukleotida berikutnya dihubungkan oleh ikatan fosfodiester yang sangat kuat. Tiap
nukleotida terdiri atas tiga komponen, yaitu gugus fosfat, gula pentosa (gula dengan
lima atom karbon), dan basa nukleotida atau basa nitrogen (basa siklik yang
mengandung nitrogen). Pada DNA basa nitrogen berikatan secara kimia dengan gula
pentosa membentuk molekul yang disebut nukleosida sehingga setiap nukleotida
pada DNA dapat disebut juga sebagai nukleosida monofosfat.
Gula pentosa pada DNA adalah 2-deoksiribosa, sedangkan pada RNA adalah
ribosa. Menurut kebiasaan, penomoran atom C pada gula pentosa dilakukan
menggunakan tanda aksen (‘) untuk membedakannya dengan penomoran atom C pada
basa nitrogen. Atom C pada gula pentosa yang berikatan dengan basa nitrogen
ditentukan sebagai atom C pertama (1‘). Atom C nomor 2‘ pada DNA tidak mengikat
gugus OH seperti halnya pada RNA, tetapi mengikat gugus H sehingga gula
pentosanya dinamakan deoksiribosa.
Sementara itu, basa nitrogen ada dua macam, yakni basa dengan cincin
rangkap atau disebut purin dan basa dengan cincin tunggal atau disebut pirimidin.
Basa purin, baik pada DNA maupun RNA, dapat berupa adenin (A) atau guanin (G),
sedangkan basa pirimidin pada DNA dapat berupa sitosin (C) atau timin (T). Pada
RNA tidak terdapat basa timin, tetapi diganti dengan urasil (U).
Biasanya DNA mempunyai struktur sebagai molekul polinukleotida untai ganda,
sedangkan RNA adalah polinukleotida untai tunggal. Ini merupakan perbedaan lain di
antara kedua macam asam nukleat tersebut.
 73

O P=O gugus fosfat

5‘CH2OH O 5‘CH2OH O

OH OH

4‘ 1‘ 4‘ 1‘

H H H H H H H H

3‘ 2‘ 3‘ 2‘

OH H OH OH

gula 2-deoksiribosa gula ribosa

Gambar 7.1 Gula 2-deoksiribosa dan gula ribosa

Gambar 7.2 Cincin Purin dan Pirimidin

 74

Gambar 7.3 Komponen kimia basa penyusun asam nukleat

Gambar 7.4 Nukleosida

 75

Gambar 7.5 Nukleotida

Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan

fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3‗nya dengan gugus fosfat dari nukleotida
berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus
fosfat di atom karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom
karbon nomor 3' nukleotida terakhir.

Gambar 7.6 Ujung poli- atau oligonukleotida menyisakan gugus fosfat di atom
karbon nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom
karbon nomor 3' nukleotida terakhir.
 76

Ribonukleotida

• Gula ribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di bawah
adalah suatu pirimidin, urasil dan sitosin) pada atom karbon nomor 1‗nya
disebut ribonukleosida (dalam contoh di samping adalah uridin dan sitidin).
• Ribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‗nya disebut
ribonukleotida (dalam contoh di bawah adalah uridilat atau sitidilat)

Gambar 7.7 Ribonucleotides

 77

Keragaman Ikatan Fosfat

Gambar 7.8 Hidrolisis RNA oleh enzim menghasilkan ribonukleosida

5‘- mono-fosfat atau ribonukleosida 3'-monofosfat.

Keragaman Jumlah Fosfat

Gambar 7.9 Keragaan Jumlah Fosfat

 78

Kerangka Gula Fosfat

Gambar 7.10 Kerangka Gula Fosfat

• Kerangka dasar polinukleotida atau asam nukleat tersusun atas residu fosfat
dan ribosa yang berselang-seling.

• Urutan basa dalam polinukleotida ditulis dari ujung yang memiliki gugus
fosfat di atom karbon nomor 5' ke ujung yang memiliki gugus hidroksil di
atom karbon nomor 3‗, atau biasa disebut ujung 5' ke 3': 5'-ATGCTAGC-3'

• Perhatikan bahwa kerangka dasar polinukleotida memiliki muatan negatif.

Basa Nitrogen Dapat Berposisi Syn- Atau Anti-

Gambar 7.11 Basa Nitrogen Dapat Berposisi Syn- Atau Anti-

 79

Konformasi Kerangka Dasar Gula-Fosfat

Gambar 7.12 Konformasi Kerangka Dasar Gula-Fosfat

Polinukleotida memiliki kebebasan berotasi tak terbatas, kecuali pada kerangka cincin
ribosanya.

Nukleotida Dan Asam Nukleat

Ribonukleotida adalah penyusun RNA

Gambar 7.13 Nukleotida Dan Asam Nukleat

 80

7.2 Komposisi Basa Penyusun Asam Nukleat

Tabel 7.1 Komposisi Basa Penyusun Asam Nukleat

Organisme A G C T

Escherichia coli 24,7 26,0 25,7 23,6

Khamir 31,3 18,7 17,1 32,9

Gandum 27,3 22,7 22,8 27,1

Salmon 29,7 20,8 20,4 29,1

Ayam 28,8 20,5 21,5 29,3

Model Struktur DNA Watson-Crick

Model struktur fisik molekul DNA pertama kali diajukan pada tahun 1953
oleh J.D. Watson dan F.H.C. Crick. Ada dua dasar yang digunakan dalam melakukan
deduksi terhadap model tersebut, yaitu:
1. Hasil analisis kimia yang dilakukan oleh E. Chargaff terhadap kandungan basa
nitrogen molekul DNA dari berbagai organisme selalu menunjukkan bahwa
konsentrasi adenin sama dengan timin, sedangkan guanin sama dengan sitosin.
Dengan sendirinya, konsentrasi basa purin total menjadi sama dengan konsentrasi
basa pirimidin total. Akan tetapi, nisbah konsentrasi adenin + timin terhadap
konsentrasi guanin + sitosin sangat bervariasi dari spesies ke spesies.
2. Pola difraksi yang diperoleh dari hasil pemotretan molekul DNA menggunakan
sinar X oleh M.H.F. Wilkins, R. Franklin, dan para koleganya menunjukkan
bahwa basa-basa nitrogen tersusun vertikal di sepanjang sumbu molekul dengan
interval 3,4 Å.

Dari data kimia Chargaff serta difraksi sinar X Wilkins dan Franklin tersebut
Watson dan Crick mengusulkan model struktur DNA yang dikenal sebagai model
tangga berpilin (double helix). Menurut model ini kedua untai polinukleotida saling
memilin di sepanjang sumbu yang sama. Satu sama lain arahnya sejajar tetapi
berlawanan (antiparalel). Basa-basa nitrogen menghadap ke arah dalam sumbu, dan
terjadi ikatan hidrogen antara basa A pada satu untai dan basa T pada untai lainnya.
Begitu pula, basa G pada satu untai selalu berpasangan dengan basa C pada untai
lainnya melalui ikatan hidrogen. Oleh karena itu, begitu urutan basa pada satu untai
 81

polinukleotida diketahui, maka urutan basa pada untai lainnya dapat ditentukan pula.
Adanya perpasangan yang khas di antara basa-basa nitrogen itu menyebabkan kedua
untai polinukleotida komplementer satu sama lain.
Setiap pasangan basa berjarak 3,4 Å dengan pasangan basa berikutnya. Di
dalam satu kali pilinan (360°) terdapat 10 pasangan basa. Antara basa A dan T yang
berpasangan terdapat ikatan hidrogen rangkap dua, sedangkan antara basa G dan C
yang berpasangan terdapat ikatan hidrogen rangkap tiga. Hal ini menyebabkan nisbah
A+T terhadap G+C mempengaruhi stabilitas molekul DNA. Makin tinggi nisbah
tersebut, makin rendah stabilitas molekul DNAnya, dan begitu pula sebaliknya.
Gugus fosfat dan gula terletak di sebelah luar sumbu. Seperti telah disebutkan
di atas, nukleotida-nukleotida yang berurutan dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
Ikatan ini menghubungkan atom C nomor 3‘ dengan atom C nomor 5‘ pada gula
deoksiribosa. Di salah satu ujung untai polinukleotida, atom C nomor 3‘ tidak lagi
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester dengan nukleotida berikutnya, tetapi akan
mengikat gugus OH. Oleh karena itu, ujung ini dinamakan ujung 3’ atau ujung OH.
Di ujung lainnya atom C nomor 5‘ akan mengikat gugus fosfat sehingga ujung ini
dinamakan ujung 5’ atau ujung P. Kedudukan antiparalel di antara kedua untai
polinukleotida sebenarnya dilihat dari ujung-ujung ini. Jika untai yang satu
mempunyai arah dari ujung 5‘ ke 3‘, maka untai komplementernya mempunyai arah
dari ujung 3‘ ke 5‘.

Ribosa Dan Deoksiribosa

• Turunan penting dari ribosa adalah 2'-deoksiribosa, sering hanya disebut

deoksiribosa, yang pada karbon nomor 2‗nya OH digantikan oleh H.
• Deoksiribosa ditemukan di DNA (deoxyribonucleic acid)
• Ribosa ditemukan di RNA (ribonucleic acid).
• Penggantian –OH oleh H di atom C nomor 2 mempengaruhi struktur

Deoksiribonukleotida – Penyusun DNA

• Gula 2'-deoksiribosa yang berikatan dengan basa nitrogen (dalam contoh di

samping adalah purin - adenin dan guanin) pada atom karbon nomor 1‗nya disebut
deoksiribonukleosida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenosin dan
deoksiguanosine).
• Deoksiribonukleosida yang terfosforilasi pada atom karbon nomor 5‗nya
disebut Deoksiribonukleotida (dalam contoh di samping adalah deoksiadenilat dan
deoksiguanilat).
 82

Gambar 7. 14 Deoksiribonukleotida

Deoksiribonukleotida Utama

Gambar 7. 15 Deoksiribonukleotida Utama

Penamaan Nukleotida

Tabel 7.2 Nucleotida dan Nomenclature Asam Nukleat

 83

Gambar 7. 16 Penamaan Nukleotida

7.3 Fungsi Biologi Asam Nukleat

Asam Nukleat (Nucleic acid) merupakan substansi yang sungguh amat sangat
penting. Asam ini terdapat pada hampir setiap sel tubuh kita. Perlu diketahui, tubuh
kita tersusun atas ribuan, jutaan bahkan miliaran sel.
Asam nukleat ini terletak dalam kromosom yang ada pada inti sel. Asam nukleat
terdiri atas 2 jenis: DNA(Deoxiribo Nucleic Acid) dan RNA(Ribonucleic Acid).
Kedua asam nukleat ini mempunyai peran yang sangat penting bagi kita (dan semua
 84

organisme). RNA ada tiga tipe yaitu Ribosomal RNA (rRNA), Messenger RNA
(mRNA), Transfer RNA (tRNA).
Peranan Asam Nukleat dalam sel antara lain:
• DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA.
• DNA mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen
(promoter, operator, dll.)
• Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom, mesin biologis
pembuat protein
• Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa informasi genetik dari
gen ke ribosom
• Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang menterjemahkan informasi
dalam mRNA menjadi urutan asam amino
• RNAs memiliki fungsi-fungsi yang lain, di antaranya fungsi-fungsi katalis

Dalam ilmu Genetika peranan DNA dan RNA dikelompokkan menjadi dua fungsi
yang sangat penting yaitu:

1. Sebagai penentu hereditas (faktor sifat keturunan)

DNA/ADN mempunyai andil sangat besar dalam mewariskan sifat. Sebab,
DNA (juga RNA Genetik) mempunyai ―kode khusus‖ untuk tiap sifat. Misal:
 pada manusia kode/gen B (sifatnya dominan) menunjukkan sifat gigi coklat.
Sedangkan gigi normal oleh huruf b (resesif)
 pada bunga sifat merah dilambangkan dengan M; putih m.
 pada Drosophila melanogaster (lalat buah) Cu menunjukkan sayap normal;cu
sayap keriput(tak bisa terbang).
Dan masih sangat banyak lagi kode lainnya. Kode huruf tersebut hanya
merupakan kesepakatan para ahli. Di dalam kromosom tidak terdapat/tercantum
huruf-huruf tersebut. Sebagai contoh adalah persilangan ercis (Pisum sativum) batang
tinggi dan batang pendek. Jika gen (boleh juga disebut gamet) T (dominan)
menunjukkan sifat batang tinggi, maka batang pendek ditunjukkan oleh gen t(resesif).

P (Parental/induk): TT >< tt
Gamet : T t
Batang tinggi batang pendek
F1(fillial/
Keturunan pertama: Tt (batang tinggi)
Jika
F2: F1 >< F1
Tt >< Tt
Menghasilkan
25% (kemungkinan) TT (batang tinggi)
50% Tt (batang tinggi)
 85

25% tt (batang pendek)

3. Sebagai sintesis protein (asam amino)

Asam nukleat yang tersusun atas basa nitrogen tersebut dapat membentuk
protein.
Misal susunan kode pada rantai/pita antisense DNA adalah
ATG GGC CTA TCG. Protein yang akan disintesa adalah
AUG GGC GUA ACG. Maka asam amino yang dihasilkan adalah
AUG menunjukkan kode untuk protein Metionin
GGC adalah Glisin
GUA adalah Valin
ACG adalah Threonin

Sungguh betapa Maha Agungnya Allah. Dalam satu molekul yang ukurannya
sangat kecil itu terdapat miliaran informasi genetik/sifat. Kalau saja informasi dalam
satu molekul tersebut kita tulis di atas kertas, butuh jutaan lembar.Informasi dengan
jumlah luar biasa banyaknya hanya ―tersimpan‖ pada satu kromosom.Kromosom
berada dalam inti sel. Sel mempunyai organel selain inti(nukleus), yaitu: membran
sel, ribosom, lisosom, RE,vakuola dan mitokondria. Pada hewan ditambah sentriol.
Tumbuhan, dinding sel dan plastid.
Semua informasi sejumlah sangat banyaknya itu ―tersimpan‖ hanya dalam
satu sel.
 86

BAB VIII

ENZIM

Enzim adalah golongan protein yang paling banyak terdapat dalam sel hidup. Asal
kata adalah en-zyme yang berarti dalam ragi. Pada tahun 1860, Pasteur menunjukkan
bahwa proses fermentasi dikatalisis oleh enzim yang secara struktural terikat di dalam
sel ragi.
Enzim merupakan suatu biokatalis, artinya suatu katalisator yang disintesis
oleh organisme hidup. Secara struktural, semua enzim tanpa kecuali berupa protein,
sehingga sifat-sifat protein dimiliki enzim misalnya sifat termolabil, dirusak oleh
logam berat.
Ekstraksi enzim pertama kali dilakukan oleh Buchner pada tahun 1897
terhadap enzim sel ragi yang berperan dalam fermentasi alkohol. Pada tahun 1926
Summer untuk pertama kali mengisolasi enzim urease dari kacang-kacangan ke dalam
bentuk kristal. Hal yang sama dilakukan oleh Northrop dalam tahun 1930-1936
terhadap enzim pepsin, tripsin, dan kemotripsin.
Enzim aktif bukan semata-mata di dalam organisme hidup tetapi juga di dalam
tabung reaksi, asalkan kondisinya disesuaikan dengan kondisi di mana enzim tersebut
diisolasi. Penelitan tentang enzim kini secara lebih jelas telah memberikan
pemahaman tentang peranan enzim dalam biologi sel, sifat pengaturan sendiri system
enzim, peranan enzim dalam berbagai proses pertumbuhan , differensiasi atau
pembelahan sel.

8.1 Penamaan Dan Klasifikasi Enzim

Aktivitas enzim umumnya bersifat spesifik. Pemberian nama (nomenklatur)

yang mula-mula digunakan sangat sederhana yaitu dengan mencantumkan akhiran –
ase pada nama substrat di mana enzim itu bekerja. Misalnya proteinase yaitu enzim
yang bekerja pada protein, karbohidrase yaitu enzim yang bekerja pada karbohidrat,
lipase yaitu enzim yang bekerja pada lipid atau lemak. Ada pula yang mencantumkan
akiran –ase pada jenis reaksinya misalnya oksidase yaitu enzim yang beraksi secara
oksidasi, reduktase yaitu enzim yang bereaksi secara reduksi.
Sistem ini menimbulkan kesimpangsiuran penamaan enzim, sehingga IUB
(International Union of Biochemistry) melalui sutau badan yang bernama CEIUB (
Commission on Enzyme of the International Union of Biochemistry) membuat satu
aturan kode dengan cara membagi enzim ke dalam enam golongan utama, dan setiap
golongan dibagi lagi menjadi sub-golongan. Sistem kode CEIUB terdiri atas empat
digit, dengan ketentuan digit 1 merupakan kode kelas enzim, digit 2 kode untuk sub-
 87

klas enzim, digit 3 untuk sub-sub klas enzim, dan digit 4 untuk nama enzim tertentu.
Keenam golongan enzim tersebut adalah sebagai berikut:

1. Oksido-reduktase : berparan dalam reaksi oksidasi-reduksi

2. Transferase: berperan dalam reaksi pemindahan gugus tertentu
3. Hidolase: berperan dalam reaksi hidrolisis
4. Liase : mengkatalisis reaksi adisi atau pemecahan ikatan rangkap dua
5. Isomerase: berperan dalam mengkatalisis reaksi isomerisasi
6. Ligase: mengkatalisis reaksi pembentukan ikatan dengan bantuan pemecahan
ikatan dalam ATP.

Contoh penamaan untuk golongan 1 (oksidoreduktase) : enzim yang

menyerang gugus –CH-OH pada alcohol diberi nama NAD oksidoreduktase
(penamaan sistematik CEIUB) atau alcohol dehidrogenase (nama trivial); golongan 3
(hidrolase): enzim yang menyerang ikatan peptide diberi nama peptide
peptidohidrolase (penamaan sistematik CEIUB) atau pepsin (hidrolisis peptida,
terhadap iakatan yang bertetangga dengan sisa asam amino aromatic atau
dikarboksilat), dan papain (hidrolisis peptida, terhadap ikatan dari asam amino basa:
lesin atau glisin ) (nama trivial).

8.2 Koenzim, Gugus Prostetik Dan Aktivator

Berkaitan dengan enzim (senyawa protein) terdapat pula kofaktor (non

protein) yaitu senyawa organic atau ion-ion logam yang diperlukan untuk aktivitas
sesuatu enzim. Kofaktor dapat dibagi dalam tiga kelompok yaitu koenzim, gugus
prostetik, dan activator. Gabungan enzim dan kofaktor dinamakan holoenzim.
Kofaktor diklasifikasikan menjadi dua yaitu (1) kofaktor yang turut dalam
pemindahan suatu gugus yang bukan hydrogen misalnya Koenzim A-SH, Tiamin Piro
Posfat (TPP), Biotin, Lipoat, dan (2) kofaktor yang turut dalam pemindahan hydrogen
misalnya NAD, NADP, FMN, FAD, L(SH)2, dan Koenzim Q.
Gugus prostetik ialah kelompok kofaktor yang terikat pada enzim dan tidak
mudah terlepas dari enzimnya. Sebagai contoh flavin adenine dinukleotida (FAD)
adalah gugus prostetik yang terikat pada enzim suksinat dehidrogenase. Koenzim
adalah molekul organic kecil, tahan terhadap panas, yang mudah terdisosiasi dan
dapat dipisahkan dari enzimnya dengan cara dialysis, misalnya NAD, NADP, asam
tetrahidroposfat, tiamin piroposfat, dan ATP. Aktivator pada umumnya ialah ion-ion
logam yang dapat terikat atau mudah terlepas dari enzim, misalnya K+, Mn+. Mg++,
Cu++, atau Zn++.
Dari ketiga kofaktor tersebut, koenzim dan gugus prostetik mempunyai
struktur yang mirip dengan vitamin tertentu. Sebagai contoh niasin adalah nama
vitamin yang berupa molekul nikotinamida yang terdapat sebagai magian dari
molekul koenzim NAD atau NADP+, riboflaflavin atau vitamin B2 merupakan bagian
 88

dari molekul FAD atau FADH2, asam lipoat sebagai kofaktor pada enzim piruvat
dehidrogenase dan ketoglutarat dehidrogenase, biotin sebagai koenzim pada reaksi
karboksilasi, tiamin atau vitamin B1 dalam bentuk tiaminpiroposfat merupakan
koenzim pada enzim alpha-ketodekarboksilase, vitamin B6 (piridoksal, piridoksin,
dan piridoksamin) dalam bentuk piridoksalposfat dan piridoksaminaposfat
merupakan koenzim pada enzim yang mengkatalisis reaksi metabolisme asam amino
seperti transaminasi, dekarboksilase, dan rasemisasi antara lain enzim glutamate
dekarboksilase, asam folat dalam bentuk asam tetrahidrofolat (FH4) merupakan
koenzim dalam biosintesis purin, serin, dan glisin, vitamin B12 merupakan bagian
dari koenzim B12 yang bekerja pada beberapa reaksi antara lain pemecahan ikatan C-
C, ikatan C-O, dan ikatan C-N dengan enzim mutase dan dehidrase, dan asam
pantotenat sebagai komponen dalam molekul koenzim A atau koASH yang
memegang peranan penting sebagai pembawa gugus asetil, terutama dalam biosintesis
asam lemak.
Koenzim yang tidak mempunyai hubungan structural dengan vitamin adalah
adenosine triposfat atu ATP. Koenzim ini adalah senyawa berenergi tinggi dan
berfungsi sebagai koenzim yang memindahkan gugus posfat yang sekaligus
melepaskan sejumlah energi. Bila melepaskan satu gugus posfat, ATP akan berubah
menjadi adenine diposfat (ADP). ATP memegang peranan penting dalam
metabolisme karbohidrat dan bertindak sebagai koenzim yang menyertai enzim
kinase, misalnya heksokinase dan piruvat kinase.

8.3 Kinetika Reaksi

Tingkat Reaksi
Suatu reaksi kimia dapat berlangsung karena molekul-molekul reaktan, A pada
suatu waktu tertentu mengalami keadaan aktif, yaitu apabila energi molekul tersebut
dalam keadaan energi pengaktifan. Dalam keadaan demikian ikatan kimia dalam
molekul tersebut dapat pecah sehingga memungkinkan terbentuknya produk, P.
Keadaan ketika molekul A dalam keadaan aktif disebut keadaan transisi, dan energi
pengaktifan diartikan sebagai sejumlah energi (dalam kalori) yang dibutuhkan oleh
satu mol zat, pada tempratur tertentu untuk membawa semua molekul (dari satu mol
zat) ke keadaan aktifnya.
Laju reaksi berbanding lurus dengan konsentrasi senyawa keadaan transisi.
Dengan manaikkan tempratur jumlah molekul yang dapat masuk ke keadaan transisi
bertambah. Dalam banyak reaksi kimia pertambahan suhu 10C menyebabkan berlipat
gandanya laju reaksi.

Katalisis
Fungsi katalisator adalah mempercepat reaksi kimia dengan cara menurunkan
energi bebas pengaktifan. Katalisator bergabung dengan reaktan sedemikian rupa
sehingga dihasilkan keadaan transisi yang mempunyai energi bebas lebih rendah
 89

daripada keadaan transisi reaksi tanpa katalisator. Setelah hasil raksi terbentuk
(produk), katalisator dibebaskan kembali ke keadaan semula. Dalam system bilogi,
katalisator reaksi tersebut adalah enzim.
Kecepatan reaksi enzimatis dipengaruhi oleh beberapa factor yaitu (1) suhu,
(2) keasaman atau pH, (3) ada atau tidaknya senyawa inhibitor, (4) ada atau tidaknya
senyawa perusak enzim, (5) kadar enzim, dan (6) kadar substrat. Kenaikan suhu 10C
menaikkan kecepatan reaksi enzimatis dua kali lipat dan ini berlangsung sampai
dicapai suhu optimal enzim bersangkutan. Di atas suhu optimal kecepatan reaksi
mulai menurun apabila suhu terus dinaikkan sampai suatu saat enzim mengalami
denaturasi dan tidak aktif. Kenaikan dua kali lipat kecepatan reaksi akibat kenaikan
cuhu 10C dinamakan “quotient 10”.
Enzim pada umumnya memiliki pH optimum antara pH 5-9, dengan beberapa
pengecualian misalnya pepsin (pH sangat asam). Adanya inhibitor dapat menghambat
reaksi enzimatis.
Berdasarkan daya kerjanya inhibitor dibedakan menjadi dua macam yaitu
inhibitor kompetitif dan inhibitor non-kompetitif. Inhibitor kompetitif mempunyai
bentuk molekul yang mirip dengan substrat yang sebenarnya bagi enzim tersebut.
Akibatnya enzim salah tangkap atau salah menangani molekul substrat. Sebagai
contoh asam malonat (inhibitor) dan asam suksinat (substrat).
Inhibitor non kompetetif pada umumnya bersifat irriversibel karena inhibitor
menimbulkan kerusakan pada molekul enzim khususnya terhadap protein enzim.
Contoh inhibitor non kompetitif adalah logam berat yang berpengaruh terhadap sifat
protein molekul enzim. Selain inhibitor, factor perusak enzim seperti sinar ultra
violet, oksidator dapat empengaruhi reaksi enzim.

Reaksi Enzimatis
Reaksi enzimatis dapat digambarkan sebagai beriktut:
Reaksi : E + S = ES ------------- E + P
E: enzim, S: substrat, ES: kompleks enzim-substrat, P: produk atau hasil akhir.

Mekanisme reaksi enzim-substrat tersebut dapat digambarkan dengan

menggunakan model Fisher (model kaku) dan model Koschland (model konformasi,
model fleksibel). Model Fisher digunakan untuk menerangkan mekanisme kerja
―inhibitor kompetitif‖ dan sulit untuk menerangkan ―inhibitor non-kompetitif‖. Model
Koschland menggambarkan molekul enzim yang lentur (fleksibel), karena ditempat
tertentu molekul enzim terdapat unsure-unsur pengatur kelenturan molekul.

8.4 Kinetika Reaksi Enzim

Pendekatan Asas Keseimbangan Michaelis-Menten

Kadar enzim berbanding lurus dengan kecepatan reaksi enzim. Ditinjau dari kerja
enzim pada substrat tunggal, meningkatnya kadar substrat akan meningkatkan
 90

kecepatan reaksi enzim dan pada kadar substrat tertentu kecepatan reaksi enzim
menjadi maksimal (V maks) Setelah Vmaks tercapai penambahan kadar substrat tidak
lagi meningkatkan kecepatan reaksi enzim.
Berkaitan dengan kadar substrat, dikenal Konstante Mickhaelis (Km) yaitu besarnya
kadar substrat pada kecepatan reaksi enzim sebesar 1/2V maks. Persamaan ini adalah
persamaan Michaelis-Menten yang menggambarkan hubungan kuantitatif antara laju
reaksi enzim dan konsentrasi substrat, bila Vmaks dan Km diketahui.
Harga Km akan sama dengan konsentrasi substrat pada waktu laju reaksi sama
dengan seperdua laju reaksi maksimum. Satuan Km adalah mol per liter.

Pendekatan ‘Steady State Theory” Briggs-Halden

Prinsip teori keadaan tunak (steady state theory) adalah bahwa laju reaksi
pembentukan kompleks Enzim-Substrat (ES) sama dengan laju reaksi penguraian ES
menjadi produk (P) dan E. Dalam keadaan tunak, bertambahnya ES persatuan waktu
adalah nol.

Transformasi Persamaan Michaelis-Menten

Yang disebut persamaan Eadie-Hofstee, yang tidak saja mengasilkan Vmaks
dan Km secara sederhana tetapi juga memperbesar sifat kelinieran yang mungkin
terlihat kurang jelas pada persamaan Lineweaver-Burk.

Analisis Kuantitatif Aktivitas Enzim

Jumlah enzim dalam ekstrak suatu jaringan ditentukan secara kuantitatif
berdasarkan efek katalisisnya. Dengan kata lain bahwa aktivitas enzim dapat
dianalisis berdasarkan produk reaksi yang dikatalisisnya. Sebagai contoh aktivitas
enzim dehidrogenase pada benih yang berkecambah dapat diketahui dengan
menganalisis secara kuantitatif jumlah formazan yang terbentuk apabila benih
tersebut diperlakukan dengan 2,3,5-trimetil tetrazolium chloride.
Untuk penentuan secara kuantitatif akktivitas enzim perlu diketahui beberapa
factor sebagai berikut:
1. persamaan reaksi yang dikatalisi oleh enzim tersebut
2. perlu tidaknya kofaktor tertentu (misalnya ion logam atau koenzim)
3. pengaruh konsentrasi substrat dan ko-faktor
4. pH optimum reaksi
5. daerah temperatur saat enzim mantap dan mempunyai aktivitas yang tinggi
6. cara-cara analisis untuk penentuan berkurangnya substrat atau bertambahnya
hasil reaksi.

Inhibisi Reaksi Enzim

Sebagaimana telah dikemukakan terdahulu bahwa reaksi enzimatis dapat
mengalami inhibisi. Pada umumnya proses inhibisi merupakan suatu cara kontrol
reaksi enzim di dalam sel. Proses inhibisi dapat reversible atau irriversibel. Inhibisi
 91

irriversibel biasanya berlangsung dalam proses destruksi atau modifikasi suatu gugus
fungsional dalam molekul enzim.
Inhibisi reversibel dikelompokkan ke dalam dua macam yaitu bersaing
(kompetitif) dan tidak bersaing. Inhibisi bersaing dapat dihilangkan dengan
memperbesar konsentrasi substrat, sedangkan inhibisi tidak bersaing tak dapat
dihilangkan dengan cara tersebut. Pada jenis inibisi ini substrat dan inhibitor masing-
masing berikatan dengan enzim pada lokasi/tempat yang berbeda.

Pengaruh Temperatur terhadap K

Temperatur berpengaruh terhadap reaksi enzim. Sebagaimana telah
dikemukakan bahwa sampai dengan tingkat tempratur tertentu laju reaksi enzim akan
meningkat, kemudian stabil dan akan menurun dan bahkan terhenti apabila tempratur
terus dinaikkan.
Persamaan ini biasanya digunakan untuk mencari entalpi, H, suatu reaksi
keseimbangan yaitu dengan menghitung harga K pada berbagai temperatur tertentu.

8.5 Mekanisme Reaksi Enzim

Suatu bagian yang sangat kecil dari satu molekul protein enzim berperan
dalam mengkatalisis reaksi. Bagian kecil ini disebut bagian aktif (active site) enzim.
Aktivitas katalitik enzim ditentukan pula oleh struktur tiga dimensi molekul enzim
tersebut.

Kekhususaan Substrat
Suatu molekul substrat berikatan dengan bagian aktif enzim melalui suatu
mekanisme khas dan selektif yang disebut lock and key. Sebagian enzim mempunyai
kekhususan mutlak terhadap sustrat dan tidak akan menyerang substrat lain meskipun
struksurnya hampir sama. Sebagian lainnya mempunyai kekhususan yang kurang dan
dapat bereaksi dengan suatu golongan substrat tertentu atau kelompok molekul
sejenis.

Mekanisme Enzim
Pada beberapa enzim gugus fungsional yang terdapat pada bagian aktifnya
berperan dalam reaksi ketalitik. Gugus –SH yang terdapat pada bagian aktif enzim
peptidase berperan sebagai katalisator proses hidrolisis ikatan peptida tertentu. Gugus
hidroksi pada bagian aktif esterase berperan dalam hidrolisis ester. Pada ribonuklease,
gugus imidazol dari histidinnya berfungsi dalam mekanisme reaksi katalitik.

Hubungan antara konformasi molekul enzim dengan aktifitas katalitik

Selain dari bagian aktif enzim, bagian sisanya yang merupakan molekul
protein juga dibutuhkan untuk berlangsungnya reaksi katalitik. Dengan kata lain
bahwa aktivitas enzim juga ditentukan oleh strauktur tiga dimensinya.
 92

Sebagian enzim akan hilang aktivitasnya dengan pemecahan satu atau lebih ikatan
peptida dari rantai polipeptidanya. Tetapi sebagian enzim lainnya akan dapat
mempertahankan aktivitasnya meskipun beberapa ikatan peptidanya telah pecah, atau
malahan dapat menjadi lebih aktif.
Ada dua teori yang menerangkan mekanisme pengikatan substrat oleh enzim.
Teori pertama disebut teori kunci dan anak kunci (lock and key) yang menyatakan
bahwa bentuk ruang dan konformasi bagian aktif enzim adalah khusus sedemikian
rupa shingga molekul substrat dengan bentuk yang khusus pula yang dapat masuk
pada bagian aktif tersebut, sebagaimana halnya kunci dan anak kuncinya.
Teori kedua disebut teori ―induced fit‖ yang menyatakan bahwa perubahan
konformasi molekul enzim terjadi untuk menyesuaikan dirinya dengan bentuk
molekul substrat. Jadi kompleks yang terjadi antara enzim-substrat disebabkan oleh
induksi substrat terhadap konformasi enzim. Dengan demikian fleksibilitas
konformasi enzim merupakan fungsi dari proses katalitik.
 93

BAB X

VITAMIN

Vitamin berasal dari kata vita dan amina yang berarti senyawa-senyawa amina yang
vital, sangat diperlukan untuk mempertahankan hidup. Akan tetapi dalam
kenyataannya tidak semua vitamin mengandung gugus amina.
Eijkman pertama kali mengemukakan adanya zat yang bertindak sebagai
faktor diet esensial dalam kasus penyakit beri-beri. Pada tahun 1897 ia menemukan
adanya suatu penyakit yang diderita oleh unggas yang serupa dengan gejala beri-beri
pada manusia. Gejala penyakit tersebut timbul setelah unggas diberi makanan yang
terdiri atas beras giling murni. Ternyata penyakit ini dapat disembuhkan dengan
memberi makanan sisa gilingan beras yang berupa serbuk.
Temuan yang menyatakan bahwa dalam makanan ada faktor lain yang penting
selain karbohidrat, lemak dan protein sebagai energi, mendorong para ahli untuk
meneliti lebih lanjut tentang vitamin, sehingga diperoleh konsep mengenai vitamin
yang kita kenal sekarang. Istilah ―vitamin‖ untuk faktor diet esensial tersebut pertama
kali diperkenalkan oleh Polish.
Selanjutnya hasil penelitian Warburg tentang koenzim (1923-1935) dan
kemudian penelitian Kuhn dan Kerrer menunjukkan adanya hubungan antara struktur
kimia vitamin dengan koenzim. Selanjutnya Kodicek (1971) menyebut kelompok
vitamin yang larut dalam air dengan nama prakoenzim (procoenzym) sedangkan yang
larut dalam lemak disebutnya alosterin.
Tumbuhan mensintesis/menghasilkan vitamin atau precursor vitamin.
Beberapa vitamin dapat disintesis dalam tubuh manusia dengan menggunakan
precursor tersebut misalnya vitamin A dari karoten, niasin dari triptopan, dan vitamin
D dari 7-dehidrokolesterol. Kekurangan vitamin pada manusia tetapi belum
menunjukkan gejala klinis disebut hipovitaminosis, dan apabila kekurangan tersebut
telah menunjukkan gejala klinis disebut avitaminosis. Sebaliknya kelebihan vitamin
disebut hipervitaminosis
Pengolahan makanan sering menyebabkan rusaknya keutuhan vitamin. Oleh
karena itu vitamin perlu ditambahkan kembali ke dalam makanan. Penambahan ini
disebut suplemasi. Bila penambahannya melebihi kondungan vitamin bahan makanan
secara alamiah disebut fortifikasi. Bahan makanan yang ditambah dengan sejumlah
vitamin disebut carrier.

9.1 Klasifikasi Vitamin

Klasifikasi vitamin berdasarkan struktur dan spesifik kimianya sulit dilakukan.

Oleh karena itu diambil sutau kesepakatan mengenai klasifikasi vitamin berdasarkan
 94

sifat kelarutan vitamin di dalam dua jenis pelarut, yaitu (1) air, dan (2) minyak atau
pelarut lemak.
Berdasarkan sifat kelarutan dalam dua jenis pelarut tersebut maka vitamin
dikelompokkan menjadi dua kelompok yaitu kelompok vitamin yang larut dalam
lemak atau pelarut lemak yaitu vitamin A, D, E, dan K serta kelompok vitamin yang
larut dalam air yaitu Vitamin C dan vitamin B kompleks yang terdiri dari 11 macam
vitamin yaitu tiamin, riboflavin, niacin, piridoksin, asam pantotenat, asam lipoat,
biotin, asam folat, inositol, asam para aminobensoat, dan vitamnin B12..

9.2 Vitamin Yang Larut Dalam Minyak Atau Pelarut Lemak

Vitamin A
Vitamin A adalah senyawa-senyawa organik dengan cincin ionon-beta,
diantaranya vitamin A alcohol (retinol), vitamin A aldehid (retinal), dan vitamin A
asam (retinoat). Di dalam tumbuhan vitamin A terdapat sebagai provitamin A atau
precursor vitamin A yaitu senyawa karoten. Pada hidrolisis karoten terjadi vitamin A.
Struktur vitamin A (retinal) adalah sebagai berikut:

Gambar 9.1 Struktur Vitamin A

Kebutuhan vitamin A pada diet diukur dalam satuan internasional (IU=International

Unit). 1 IU vitamin A ekivalen dengan 0.344 mikrogram (ug) retinol-asetat atau 0.6
ug beta karoten.
Vitamin A relative stabil terhadap panas sehingga tidak banyak yang hilang selama
proses pemasakan makanan. Makanan dalam kaleng masih bisa menahan vitamin A
selama sembilan bulan.
 95

Vitamin D
Merupakan sekumpulan senyawa yamg mengandung inti sterol. Vitamin D
dihasilkan dari provitamin D yaitu ergosterol yang berasal dari ergot.
Bila ditinjau dari strukturnya, pada vitamin D dikenal beberapa senyawa yakni
D1, D2, D3, dan seterusnya. Vitamin D2 dikenal sebagai ergokalsiferol berasal dari
tumbuhan sedangkan D3 atau kolekalsiferol berasal dari hewan. Sumber vitamin D
adalah susu, minyak ikan. 1 IU vitamin D sama dengan aktivitas 0.025 ug kristal
murni vitamin D.
Struktur vitamin D2=kalsiferol adalah sebagai berikut:

Gambar 9.2 Struktur vitamin D2=kalsiferol

Vitamin E
Vitamin E atau Tokoferol ( asal kata tokos=kelainan, dan
pherein=mengandung) dihubungkan dengan fertilitas. Di alam didapatkan enam
macam vitamin E berturut-turut dinamakan Tokoferol alfa, beta, gamma, delta, eta,
dan zeta. Semuanya berupa minyak, tidak dapat dikristalkan, viskositasnya tinggi,
tahan terhadap suhu, alkali dan asam. Ia merupakan reduktor alamiah yang sangat
kuat (antioksidan).
 96

Sumber vitamin E terutama berasal dari jaringan tumbuhan seperti minyak tumbuhan,
sayuran hijau, kacang-kacangan.1 IU vitamin E setara dengan aktivitas 1 mg
tokoferol-alfa.
Struktur vitamin E adalah sebagai berikut:

Gambar 9.3 Struktur vitamin E

Vitamin K

Vitamin K adalah sekumpulan senyawa dengan inti quinon. Vitamin ini

terdapat pada jaringan tumbuhan hijau (Vit. K1), berasal dari ikan dan daging
(Vit.K2), dan berasal dari bakteri (Vit. K3). Vitamin K berperan pada proses
fosforilasi oksidatif dalam metabolisme sel.
Struktur vitamin K adalah sebagai berikut:

Gambar 9.4 Struktur vitamin K

9.3 Vitamin Yang Larut Dalam Air

Vitamin C

Vitamin C atau Asam Askorbat berupa kristal putih, mempunyai rasa asam,
dan tidak berbau. Dalam bentuk kristal kering lebih stabil sedangkan dalam larutan
vitamin C mudah rusak. Vitamin C bersifat reduktor, sehingga dapat berperan sebagai
antioksidan.
Sumber vitamin C yang baik adalah buah-buahan dan sayuran segar. Rasa
asam pada buah tidak selalu sejalan dengan kadar vitamin C dalam buah, karena rasa
asam dapat disebabkan oleh asam-asam lain yang terdapat dalam buah bersama
dengan vitamin C.
 97

Tiamin
Tiamin dikenal sebagai antineuretik, digunakan untuk membuat normal
kembali susunan syaraf. Larut dalam air, termostabil pada pH asam, tetapi termolabil
pada pH alkali. Mengandung inti pirimidin dan inti tiasol.
Bentuk aktif derivat tiamin adalah ko-enzim berbentuk Tiamin Piro Posfat
(TPP) misalnya koenzim piruvat dekarboksilase dan transketolase. TPP berfungsi
dalam reaksi-reaksi dekarboksilasi asam alfa-keto, dan transketolasi. Bagian aktif
koenzim TPP adalah gugus tiazolnya.
Struktur Tiamin adalah sebagai berikut:

Gambar 9.5 Struktur Tiamin

Riboflavin

Merupakan bagian dari molekul koenzim dehidrogenase, berbentuk Flavin

Adenin Dinukleotida (FAD) dan Flavin Mono Nukleotida (FMN). Dapat berbentuk
kristal warna kuning, sedikit larut dalam air memberikan flouresensi kuning
kehijauan. Termostabil dalam larutan asam mineral, tahan terhadap pengaruh radiasi
tetapi sensitif terhadap alkali, diuraikan oleh sinar ultraviolet bahkan oleh sinar biasa.
Struktur Riboflavin adalah sebagai berikut:

Gambar 9.6 Struktur Riboflavin

 98

Niasin

Larut dalam air, berbentuk kristal putih, termostabil, tahan terhadap alkohol,
sinar u.v., sinar matahari. Triptofan adalah provitamin Niasin, setiap 60 mg triptofan
menghasilkan 1 mg niasin.
Bentuk aktif niasin adalah niasinamid, merupakan komponen dari dua macam
koenzim dehidrogenase yaitu sebagai Niasinamid Adenin Dinukleotida (NAD) dan
Niasinamid Adenin Dinukleotida Posfat (NADP). Keduanya berperan dalam reaksi-
reaksi glikolisis, yaitu parombakan glukosa sebelum memasuki siklus Krebs.
Struktur NAD dan NADP adalah sebagai berikut:

Nikotinamida adenin Nikotinamida adenin

dinukleotida (NAD') dinukleotida fosfat
(NADP')
Gambar 9.7 Bentuk NAD dan NADP

Piridoksin

Ada dua derivat piridoksin dengan aktivitas piridoksin yaitu (1) piridoksal,
dan (2) piridoksamin. Aktif sebagai koenzim adalah piridoksal dan piridoksamin
posfat. Piridoksal posfat berperan sebagi koenzim dari enzim pada metabolisme
protein, asam amino misalnya enzim transferase (transaminase, transmetilase, glukosil
transferase), pada dekarboksilasi dan rasemisasi. Vitamin ini dikenal sebagai Vitamin
B6, sumbernya adalah daging, unggas, ragi, leguminosa, serealia, kentang, ubi jalar.
Struktur Piridoksin adalah sebagai berikut:
 99

Gambar 9.8 Struktur Piridoksin

Biotin

Biotin berperan sebagai kofaktor yang terikat kuat pada bagian protein enzim.
Biotin larut dalam air panas dan larutan alkali, tetapi kurang larut dalam larutan asam
dan air dingin. Ia merupakan derivate dari imidazol.
Sebagai molekul koenzim, biotin terikat pada L-lisin terminal molekul
apoenzim dan berperan pada fiksasi CO2. Bahan makanan asal nabati umumnya lebih
banyak mengandung biotin dibandingkan dengan makanan asal hewan, misalnya
dedak beras dan kacang kedele.

Asam Pantotenat
Vitamin ini merupakan pembentuk koenzim A. Gugus aktif pada koenzim A
adalah gugus –S-H. Dalam reaksi kimia biasanya ditulis KoA-SH atau HS-KoA.
Berperan sebagai pengaktif gugus asil misalnya asetil-KoA.Berparan penting pada
oksidasi lemak dan karbohidrat. Semua makanan berasal dari hewan merupakan
sumber asam pantotenat. Selain itu biji-bijian dan kacang polong juga banyak
mengandung asam pantotenat. Buah dan sayuran mengandung asam pantotenat
dengan kadar yang rendah.
Struktur asam pantotenat adalah sebagai berikut:

Gambar 9.9 Struktur Asam Pantotenat

Asam Folat

Berupa kristal oranye kekuningan, tidak mempunyai rasa, tidak berbau, larut
dalam air. Hati, sayuran berwarna hijau tua terutama bayam, asparagus, dan kacangan
merupakan sumber asam folat. Bentuk aktif asam folat, Tetrahidrofolat (FH4)
merupakan koenzim yang berperan dalam transfer gugus hidroksi metal, metilen, .
Terkait erat dengan sintesis purin, metionin, dan serin juga dengan katabolisme
histidin. FH4 berperan penting dalam pembelahan sel dan reproduksi.
 100

Struktur asam folat terdiri atas tiga bagian yaitu pteridin, paba (p-amino-
benzoic acid) dan asam glutamate dengan struktur sebagai berikut:

Gambar 9.10 Struktur Asam Folat

Vitamin B12

Beberapa senyawa kobalamin mempunyai bioaktivitas Vitamin B12. Di alam

ditemukan banyak senyawa kobalamin, tetapi sianokobalamin tidak alamiah karena ia
merupakan hasil ekstraksi dengan KCN. Vitamin B12 dalam bentuk kristal berwarna
gelap (hitam), larut dalam air, paling stabil dalam larutan pH 4-7, dan mengandung
Co dalam molekulnya. Berperan aktif sebagai koenzim reaksi-reaksi mutasi misalnya
glutamate mutase, metilmalonil-SKoA mutase, dehidrase, dan enzim-enzim yang
mengkatalisis fermentasi lisin, pembentukan metan oleh bakteri, dan sintesis
nucleoprotein. Sumber vitamin B12 umumnya dari hewan.
Struktur Vitamin B12 sangat kompleks. Mengandung inti corin yaitu cincin
yang mengandung inti pirol dengan Co sebagai pusat. Sianokobalamin mempunyai
struktur sebagai berikut:
 101

Gambar 9.11 Struktur Vitamin B12

Asam Lipoat

Dinamakan pula sebagai ―Acetate Replacement Factor‖ karena awal

ditemukannya asam lipoat dapat menggantikan asam asetat merangsang pertumbuhan.
Vitamin ini merupakan unsur penting dalam pertumbuhan. Dekarboksilasi asam
piruvat dan asam alfa-ketoglutarat selain memerlukan koenzim lainnya juga
memerlukan koenzim lipoat.
Struktur asam lipoat
Suatu derivat asam lipoat dinamakan 6,8-ditiooktanat (asam tioktat) dengan
struktur sebagai berikut:
 102

Gambar 9.12 Struktur Asam Lipoat

Inositol

Terdapat sembilan isomer inositol, diantaranya meso-inositol/mio-inositol,

yang paling penting dari sembilan isomer tersebut. Inositol memiliki enam gugus
hidroksil. Kalau enam gugus hidroksil tersebut membentuk ester dengan gugus posfat
maka terbentuklan asam fitat.

Para Amino Bensoat

Para Amino Benzoat atau disingkat Paba masih dipandang sebagi vitamin
pada mikroba, tetapi tidak pada manusia. Para merupakan komponen asam folat dan
amigdalin (vitamin B17).
 103

BAB X
METABOLISME DAN BIOENERGITIKA

10.1 METABOLISME

Sebelum membicatakan metabolisme dan pola reaksi invivo, terlebih dulu,

perlu dibicarakan pengertian senyawa-senyawa kimia berenergi tinggi. Senyawa
kimia berenergi ,tinggi yang banyak terlibat pada reaksi invivo atau metabolisme
(baca: reaksi-reaksi biokimia) tergolong senyawa organik yang biasa
dilambangkan -P. Bila senyawa berenergi tinggi itu mengalami degradasi atau
destruksi atau perombakan atau terurai, akan terjadi senyawa yang lebih sederhana
dan terjadi pelepasan sejumlah energi. . Reaksi seperti itu, di dalam biokimia,
disebut reaksi eksergonik..
Senyawa berenergi tinggi Senyawa sederhana + Energi bebas
BM tinggi BM rendah ΔGO
Sebaliknya, bila senyawa sederhana mengalami penyusunan atau pembentukan
kembali atau anabolisme akan terjadi senyawa kompleks berenergi lebih tinggi yang
akan membutuhkan sejumlah energi. Reaksi seperti itu, di dalam biokimia,
disebut reaksi endergonik. J adi, hanya ada dua bentuk akfivitas metabolisms, yaitu:

Senyawa sederhana + Energi bebas Senyawa kompleks

O
BM rendah AG BM tinggi
1 Katabolisme atau perombakan senyawa kompleks (BM tinggi) menjadi
senyawa yang lebih sederhana (BM rendah) sambil melepaskan sejumlah energi
bebas.
2. Anabolisme atau penyusunan atau pembentukan atau sint esis dari
senyawa sederhana (BM rendah) menjadi senyawa kompleks (BM tinggi) dan
memerlukan sejumlah energi bebas.

Dari uraian di atas, pengertian metabohme dapat diikhtisarkan seperti berikut.

 104

Jadi metabolisme merupakan reaksi-reaksi katalitik proses katabolisme dan

anabolisme. Beberapa senyawa fosfat organik berenergi tinggi yang sudah
diketahui dengan baik keterlibatannya pada proses metabolisme diperlihatkan oleh
Tabel 10.1 berikut.
Tabel 10.1. Daftar baku energi bebas (AG') yang dibebaskan dari
beberapa senyawa organik berenergi tinggi ( —P) jika
mengalami katabolisme

Senyawa-senyawa fosfat berenergi tinggi pada Tabel 10.1 selalu ada di

dalam sel hidup karena ia merupakan bioenergi yang selalu tersedia di dalam sel,
layaknya bank energi. Energi kimia yang terbentuk pada proses metabolisme akan
ditransformasikan ' dikonversi dalam bentuk energi bebas panas l kalor. Akan
tetapi, pada sistem biologi, energi panas tersebut tidak dapat langsung
ditransformasikan menjadi energi mekanik atau dalam bentuk energi kehidupan
lainnya karena pada sistem biologi berlaku sistem isotermal.
Dengan adanya dug bentuk aktivitas metabolisme, yaitu katabolisme
clan anabolisme yang masing-masing melepaskan dan membutuhkan sejumlah energi
bebas, dimana pada satu pihak ada kelebihan energi dan di pihak lain ada kekurangan
energi maka pada proses metabolisme ada mekanisme take and give untuk mencapai
keseimbangan dinamis internal.

10.2 Pola Reaksi Di Dalam Sel Hidup (In Vivo)

Pola reaksi di dalam set hidup bila dicampur zat A dan zat B dalam satu
tabung reaksi (reaksi invitro) maka secara umum dapat dicatat bahwa:
1. pada waktu berlangsungnya reaksi dapat diamati timbulnya panas atau dingin pada
 105

dinding tabung, keluarnya asap atau gas dari tabung, clan kadang-kadang dapat
terdengar suara ledakan, timbul aroma/bau, dan timbul perubahan warna;
2. pada suatu saat, reaksi akan berhenti, bila zat A dan zat B habis.
Pada proses metabolisme di dalam set (reaksi in vivo), secara umum, dapat dicatat:
1. pada waktu berlangsungnya reaksi, tidak terlihat atau dirasakan adanya perubahan
suhu, keluarnya asap atau gas, suara-suara gemercik atau ledakan, keluarnya
aroma/bau, dan timbulnya perubahan warna, seolah-olah tidak terjadi reaksi di dalam
set tersebut;
2. selama set atau organisms itu masih hidup, proses metabolisme senantiasa akan
berjalan terus, berarti reaksi-reaksi kimia pada proses metabolisme berjalan terus atau
berkelanjutan atau lestari.

Dan kedua pengamatan di atas, dapat disimpulkan bahwa reaksi-reaksi

metabolisme tertata dan terkoordinasi dengan baik. Siapakah yang mengatur atau
mengkoordinasi reaksireaksi tersebut? Jawabnya enzim. Enzimlah yang mengatur dan
mengkoordinasi jalannya reaksi-reaksi metabolisme tersebut sesuai dengan
organismenya. Dengan kata lain, kespesifikan reaksi-reaksi yang terjadi memiliki
keunikan tersendiri yang dikendalikan oleh suatu sistem. Sistem yang dimaksud ialah
sistem reaksi berangkai atau coupling reactions. Bagaimana mekanisme enzim sebagi
biokatalis dapat mengatur dan mengkoordinasi reaksireaksi metabolisme tersebut, akan
dibicarakan secara khusus pada pokok bahasan tentang enzim.
Pada proses metabolisme, senantiasa, terjadi transformasi energi, di mana energi
bebas dari katabolisme dalam bentuk energi kalor ditransformasi menjadi energi
kimia yang akan dimanfaatkan antara lain oleh reaksi-reaksi anabolisma. Pada sistem
tersebut, seperti sudah dikemukakan, terjadilah take and give energi, antara
katabolisme dan anabolisme. Uniknya, energi bebas tersebut tidak langsung
diberikan kepada yang memerlukannya, akan tetapi melalui/via orang ketiga sebagai
pengemban energi/karier yaitu koenzim. Koenzim adalah bagian dari kompleks
molekul enzim. Untuk menjelaskan mekanisme sistem reaksi berangkai tersebut, perlu
dicontohkan sebagai berikut:

A+B C + D - ΔG
Reaksi di atas dapat berlangsung dengan persyaratan sebagai berikut:
1. dari A menjadi C harus reaksi eksergonik, reaksi yang melepaskan
sejumlah energi bebas, yaitu mengalami proses katabolisme.;
2. dari B menjadi D harus reaksi endergonik, reaksi yang
memerlukan sejumlah energi bebas, yaitu mengalami proses anabolisme;
3. energi bebas yang dikeluarkan sewaktu A menjadi C akan
diberikan kepada reaksi B menjadi D, bila tingkat energi A > tingkat
energi B (lihat Tabel 5) Bila tingkat energi A = atau < tingkat energi B
 106

maka reaksi di atas tidak akan berlangsung/tidak terjadi.

Bila ketiga persyaratan di atas terpenuhi maka reaksi akan berlangsung dan dapat
dilukiskan sebagai berikut:
Mekanisme reaksi berangkai di atas dapat pula aukiskan sebagai berikut:

Sebagai telaah, Tabel 10.1 dapat dikaji sebagai berikut. Energi bebas yang
berasal dari molekul ATP tidak dapat memasok pembentukan/anabolisme
senyawa-senvawa di atasnya (nomor 6 dan seterusnva), tetapi dapat memasok
pembentukan/anabolisme senyawa-senyawa di bawahnya (nomor 8 dan seterusnya).
Walaupun, sel merupakan unit atau satuan terkecil kehidupan, tidak
dapat dikatakan bahwa metabolisms dalam satu sel terisolasi dari metabolisms sel-sel
lainnva. Walaupun sel dibungkus dan dikelilingi oleh membran, namun interaksi
metabolisms antarsel tetap terjadi, terutama pada organisme sel uniseluler.
Pada organisme multiseluler, sel senantiasa berhubungan dengan sekelilingnya.
Pada hakikatnya, metabolisme merupakan aktivitas kehidupan, balk kehidupan
uniseluler maupun multiseluler yang super terkoordinasi sekalipun. Hakikat dari
suatu metabolisme dalam mencapai tujuan dapat dilukiskan sebagai berikut.
1. Untuk mendapatkan bioenergi yang berasal dari proses
katabolisme (pencernaan secara luas), bahan makanan yang berasal dari
lingkungan organisms dalam bentuk energi kimia.
2. Untuk mengubah zat nutrien dari bahan makanan melalui proses
anabolisme atau blosintesis dari zat prekursor menjadi molekul-
 107

molekul unit atau monomer pembentuk makromolekul atau polimer

pembangun sel.

3. Untuk membentuk atau menyintesis biomolekul dari unit atau monomer

makromolekul atau polimer, yaitu protein, karbohidrat, lipid, dan
asam nukleat.
4. Terjadinya proses dinamisasi komponen kimia yang membangun sel,
proses katabolisme dan anabolisme yang terjadi secara seimbang
sebagai suatu fenomena kehidupan.

10.3 Jalur (Pathways) Metabolisms

Zat atau senyawa yang mengalarni proses metabolisme disebut metabolit,
katabolit, dan anabolit. Suatu kat abolit at au anabolist dala m
perjalanannya mencapai pembentukan senyawa yang diingini atau senyawa
target selalu tidak langsung, , akan tetapi berliku-liku dan panjang serta bertahap.
Jalan panjang dan berliku-liku tersebut adakalanya memproduksi senyawa antara atau
sampingan yang disebut senyawa intermedier atau antara atau senyawa sekunder /
metabolit sekunder.
Senyawa sekunder tersebut adakalanya, dapat dimanfaatkan bagi kehidupan
organisme bersangkutan atau organisme lain dan itu belum terungkap secara pasti.
Senyawa sekunder itu banyak dimanfaatkan bagi kehidupan manusia dan merupakan
bahan komoditi yang bernilai ekonomi tinggi. Beberapa contoh senyawa sekunder atau
metabolit sekunder ialah lateks, antibiotik, dan sebagainya.
Suatu reaksi metabolisme sering dikatakan birokrasi, akan tetapi disiplin birokrasi inilah
justru yang dapat mengatur dan mengarahkan reaksi-reaksi invivo. Hampir semua aktivitas
metabolisme melibatkan enzim. Enzim tersebut patuh kepada birokrasi, artinva
setiap enzim memiliki spesifikas i yang dipatuhi. Aktivitas metabolisme melibatkan
ratusan bahkan ribuan enzim yang mampu bekerja secara simultan. Dapat dibayangkan bila
tidak ada yang mengatur (oleh enzim) tidak mungkin ratusan bahkan ribuan reaksi dapat
terjadi dalam satu saat (simultan).
Sebagai contoh, dari satu molekul glukosa akan disintesis molekul asam
amino. Untuk mencapai pembentukan asam amino, ternyata harus membentuk
 108

lebih dulu puluhan senyawa lain sebagai senyawa intermediet atau metabolit
sekunder. Berikut akan diskemakan jalur metabolisme pembentukan molekul
asam amino dari molekul glukosa.

Metabolisme dengan birokrasi

Setiap proses metabolisme dalam mencapai tujuan produknya, masing-masing

mempunyai jalan atau pathway. Pola atau bentuk jalur bebaerapa metabolisme dapat
digolongkan sebagai berikut:

1. Jalur lurus

a. Produk reaksi pertama yang berfungsi sebagai prazat/prekursor senyawa target

X.
b. A prazat P, P prazat X.

2. Jalur melingkar
a. Metabolisme atau lingkar
 Senyawa A menjadi X (target) dengan bantuan prazat P yang menjadi
M lagi.

b. Metabolisme dua lingkar atau lebih

 Dari prazat A dan Q, diproduksi X dan S.
 Dari A, tidak dapat menjadi X tanpa jalur lingkar QS, dan sebaliknya.
 109

3. Jalur bercabang

a. Dapat bercabang 2 atau lebih

b. Dari A menjadi X dan Y (salah satu target) dengan membentuk dulu P sebagai
zat intermedier.

4. Jalur tangga

10.4 Bioenergitika

Bioenergetika (bioenergetics) adalah transformasi energi dan perubahan energi

biologis (sebagaimana terjadi pada proses fotosintesis dan respirasi) di dalam dan
 110

diantara makhluk hidup dan dengan lingkungannya. Sumber energi primer untuk
semua kehidupan di bumi adalah matahari. Tumbuhan hijau (berklorofil) mengubah
energi matahari menjadi energi kimia melalui proses fotosintesis dan mensintesis
semua komponen molekuler tubuhnya dari bahan-bahan anorganik yang diperoleh
dari lingkungannya. Kelompok tumbuhan ini disebut autotrop, yang di dalam
ekosistem menyediakan energi serta bahan anorganik bagi makhluk lain yang hidup
heterotrop seperti herbivora.

Kajian bioenergetika mencakup kajian tentang konversi energi cahaya menjadi

energi kimia, seperi dalam proses fotosintesis, serta ektraksi energi kimia hasil
fotosintesis dalam proses respirasi. Proses fotosintesis terjadi pada tumbuhan hijau
dan melibatkan klorofil, sedangkan respirasi melibatkan mitokondria di dalam sel
semua makhluk hidup. Energi yang dihasilkan disimpan dalam senyawa kimia
berenergi tinggi yaitu Adenosin Tri-Posfat (ATP) dan digunakan sebagai sumber
energi untuk aktivitas hidup.

Reaksi Oksidasi-Reduksi (Redoks)

Reaksi oksidasi-reduksi atau dikenal sebagai reaksi redoks merupakan reaksi

kimia yang mengubah keadaan aksidasi beberapa atom senyawa yang terlibat dalam
reaksi tersebut. Banyak reaksi kunci dalam industri kimia, kehidupan makhluk
(biologi), dan geologi merupakan reaksi oksidasi-reduksi. Sebagai contoh
pembakaran, korosi (seperti pengaratan pada besi), pengambilan logam dari bijihnya,
melarutkan logam, proses elektrokimia pada baterai, pemasakan buah, respirasi dan
fotosintesis.

Latar Belakang Sejarah

Reaksi pertama yang digolongkan ke dalam kelompok reaksi oksidasi-reduksi

ialah pembakaran. Pada tahun 1967 fisikawan Jerman Georg Ernst Stahl mengajukan
teori flogiston tentang pembakaran. Teori ini menegaskan bahwa pembakaran sesuatu
bahan akan melepaskan flogiston, suatu unsur pokok/dasar, selama pembakaran. Akan
tetapi pada akhir abad ke 18 filosof dan ilmuwan Perancis Antoine-Leurent Lavoisier
menepis teori flogiston. Sebagai penggantinya Lavoisier menyatakan bahwa
pembakaran adalah suatu reaksi kimia antara suatu bahan dengan gas oksigen dari
udara. Pandangan Lavoisier didukung oleh percobaan Joseph Priestley, seorang
kimiawan Inggeris, yang berhasil mengisolasi oksigen pada tahun 1774.
Menurut sejarah, suatu reaksi dinyatakan sebagai reaksi oksidasi jika gas
oksigen digunakan (dikonsumsi). Suatu reaksi dikatakan reduksi apabila gas oksigen
dikeluarkan. Akan tetapi, ahli kimia belakangan mengetahui bahwa unsura lain
bereaksi dengan cara yang secara umum sama dengan oksigen, dan konsep oksidasi
dan reduksi diperluas mecakup reaksi tersebut. Pada abad ke 19 perkembangan bidang
 111

baru elektrokimia menyebabkan perluasan definisi reaksi oksidasi-reduksi. Peneliti

mengamati bahwa ion ferri (Fe3+) dapat dibentuk dari ion ferro (Fe2+) oleh aktivitas
gas oksigen. Konsumsi gan oksigen ini (―oksidasi‖) menyebabkan hilangnya electron
pada Fe2+. Oleh karena itu reaksi oksidasi disebut juga sebagai transfer electron.

Pertimbangan Umum

Rekasi oksidasi-reduksi, dalam pemahaman yang lebih umum, disertai oleh

perubahan kondisi oksidatif pada beberapa unsur. Perubahan kondisi oksidatif dapat
dihasilkan dari transfer atom oksigen, atom hydrogen, atau electron. Transfer atom
oksigen atau atom hydrogen adalah sebanding dengan transfer lektron antara kedua
reaktan. Jadi setiap reaksi oksidasi-reduksi dapat dianggap sebagai suatu reaksi
transfer electron.
Suatu proses oksdidasi hanya dapat terjadi jika disertai oleh suatu proses
reduksi pengimbang; dan keduanya terjadi secara simultan (bersamaan). Definisi yang
lebih umum mengenai oksidasi ialah proses dimana kondisi oksidasi suatu unsur, baik
bebas maupun terikat, meningkat. Reduksi adalah proses pengurangan kondisi
oksidasi suatu unsur.
Ada dua ―agen‖ yang terlibat dalam setiap reaksi oksidasi-reduksi. Yang
pertama disebut agen pengoksidasi atau oksidan, yang menyebabkan oksidasi pada
agen kedua. Pada saat yang bersamaan, yang ke dua disebut agen pereduksi atau
reduktan, menyebabkan reduksi pada reaktan pertama. Pada setiap reaksi redoks,
oksidan akan mengalami reduksi sedangkan reduktan akan mengalami oksidasi.
Apabila agen pengoksidasi kuat bereaksi, ia mereduksi agen tersebut menjadi
suatu agen pereduksi lemah. Dengan cara yang sama, setelah suatu reaksi, suatu agen
pereduksi kuat mejadi suatu agen pengoksidasi lemah. Non metal aktif seperti
nonmetal dan oksigen adalah agen-agen pengoksidasi yang baik sehubungan dengan
kecenderungannya yang besar untuk membentuk ion-ion negatif. Agen pengoksidasi
yang paling aktif diantara unsur-unsur adalah gas flourin (F2). Ion florida (F-) adalah
agen pereduksi yang paling lemah. Ozon (O3) juga adalah agen pengoksidasi yang
kuat. Alkali aktif dan metal alkali adalah agen pereduksi yang kuat sehubungan
dengan kemampuannya untuk senantiasa siap membentuk ion positif. Litium adalah
agen pereduksi terkuat diantara semua unsur dan ion litium (Li+) adalah agen
pengoksidasi terlemah.

Contoh-Contoh Reaksi Redoks

Transfer Elektron

Jika metal Zn dimasukkan ke dalam larutan ion Cu2+, maka akan terbentuk
ion Zn dan metal Cu, sesuai reaksi berikut:

Zn (solid) + Cu2+ (larutan) ------ Zn2+(larutan) + Cu (solid)

 112

Pada reaksi ini ion Cu adalah oksidan, dan Zn metal adalah reduktan. Zn
dioksidasi dari suatu keadaan teroksidasi 0 menjadi +2; sedangkan ion Cu direduksi
dari keadaan teroksidasi +2 menjadi 0.Dalam proses ini Zn keghilangan dua elektron
dan ion Cu memperoleh dua electron.

Contoh berikut lebih lanjut menunjukkan prinsip-prinsip transfer elektron pada

reaksi redoks.

MnO4- + 5Fe2+ + 8H+ -------- Mn2+ + 5Fe3+ + 4H2O

Dalam suatu larutan asam ion permanganat (MnO4-) direduksi oleh ion Ferro
(Fe2+) , sebagai agen pereduksi, reduktan) menjadi ion Mn2+. Ion ferro dioksidasi
oleh ion permanganate ( sebagai agen pengoksidasi, oksidan) menjadi ion ferri
(Fe3+). Proses in hasil dari transfer 5 elektron dari lima ion ferro ke ion
permanganate. Kondisi teroksidasi dari mangan mengalami perubahan dari +7
menjadi +2, sedangkan setiap ion dari lima ion ferro mengalami perubahan dari +2
menjadi +3.

Transfer Atom Hidrogen

Reaksi : FeO + CO --- Fe + CO2 hasil dari transfer dari satu atom oksigen dari
ferro-oksida (FeO) ke karbon-monoksida (CO), yang menghasilkan Fe dan karbon-
dioksida. Ferro-oksida kehilangan satu atom oksigen dan berarti tereduksi, sedangkan
karbon-monoksida memperoleh satu atom oksigen dan berarti teroksidasi. Sebagai
oksidan adalah ferro-oksida, dan reduktan adalah karbon-monoksida. Transfer atom
oksigen tersebut adalah seimbang dengan proses transfer satu electron yang
menghasilkan perubahan dalam keadaan teroksidasi Fe dan C, yaitu :

Fe (II) + C(II) ---------- Fe(0) + C(IV)

Fe mangalami perubahan kondisi teroksidasi dari +2 (dalam ferro-oksida)

menjadi 0 (dalam logam Fe). Karbon mengalami perubahan dari +2 (karbon-
monoksida) menjadi +4 (karbon dioksida). Ini sebanding dengan hilangnya dua
electron oleh karbon.

Transfer Atom Hidrogen

Reaktan yang kehilangan atom hidrogen menjadi teroksidasi dan yang

memperoleh hidrogen menjadi tereduksi. Hidrogenasi gas etilen (H2CCH2) menjadi
gas etan (H3CCH3) merupakan salah satu contoh reaksi ini:

H2 + H2C=CH2 -------------- H3CCH3

Molekul etilen mendapatkan atom hidrogen dan mengalami reduksi oleh

molekul gas hidrogen, yang berubah menjadi teroksidasi. Transfer atom hydrogen ini
 113

sebanding dengan transfer electron yang dihasilkan dalam perubahan kondisi

teroksidasi berikut:

2H(0) + 2C(-II)---------------- 2H(I) + 2C (-3)

Dua atom hidrogen pada molekul hidrogen mengalami suatu perubahan

kondisi teroksidasi dari 0 menjadi +1 karena kehilangan total dua electron. Sama
halnya, dua atom karbon mengalami perubahan dari -2 menjadi -3 oleh karena
mendapatkan dua electron. Jadi molekul hidrogen adalah reduktan dan etilen adalah
oksidan.

Reaksi-paruh

Setiap reaksi redoks dapat dinyatakan langsung atau tidak langsung sebagai
hilangnya electron dari agen pereduksi ke agen pengoksidasi. Oleh karena itu suatu
rekasi redoks dapat ditulis sebagai dua ―reaksi-paruh‖, satu untuk proses oksidasi dan
lainnya untuk proses reduksi. Sel elektrokimia, dimana reaksi redoks terjadi, dapat
difahami melalui konsep reaksi-paruh tersebut. Kedua reaksi paruh terjadi pada lokasi
yang berbeda di dalam sel. Oksidasi terjadi pada anoda dan reduksi terjadi pada
katoda. Arus listrik terjadi sebagai bagian dari transfer electron dari anoda ke katoda
melalui kabel penghubung eksternal. Arus tersebut dilengkapi oleh perpindahan ion
antara lokasi pengoksidasi dan lokasi pereduksi melalui larutan.
Baterai pembangkit listrik yang biasa digunakan untuk mobil terdiri atas
sejumlah sel-sel elektrokimia yang dihubungkan dalam bentuk seri. Plat anoda baterai
ini adalah kisi-kisi timbel yang diisi dengan campuran timbel (Pb) yang bebentuk
bunga karang yang mempunyai kondisi pengoksidasi pada nol (0). Plat katoda adalah
kisi-kisi timbel yang diisi dengan timbel (IV) oksida (PbO2). Kedua elektroda
dihubungkan dengan larutan asam sulfat (H2SO4), suatu elektrolit yang berperan
dalam reaksi. Larutan asli mempunyai berat jenis 1.3 gr/cc, dan mengandung sekitar
38% asam sulfat.
Reaksi redoks yang terjadi di dalam baterai adalah:

Pb + PbO2 + 2SO42- +4H+ ------------2PbSO4 + 2H2O.

Reaksi ini dipecah menjadi dua reaksi paruh :

Oksidasi pada anoda :

Pb(s) + SO4 2- ------------PbSO4 + 2e-

Bersamaan dengan itu terjadi reaksi paruh reduksi di katode:

PbO2+ SO4 2- + 4H+ + 2e- ----------------------PbSO4 + 2H2O

Oksidasi melibatkan Pb, dengan kondisi oksidasi , kehilangan 2 elektron, dan

menjadi kondisi oksidasi +2 pada timbel (II)sulfat (PbSO4), suatu garam putih yang
 114

tidak larut. Reduksi melibatkan perolehan dua electron oleh timbel pada timbel (IV)
oksida, sebagaimana terjadi pada timbel(II) sulfat. Jika dua reaksi paruh tersebut
digabungkan , maka dihasilkan reaksi redoks secara keseluruhan.
Apabila sel-sel tersebut dihubungkan, energi kimia diubah menjadi energi
listrik dan reaksi redoks sebagaimana diuraikan di atas terjadi. Konsekuensinya timbel
sulfat yang tidak larut ditimbun baik di plat anoda maupun plat katoda. Bila sel di isi,
energi listrik diubah menjadi energi kimia, dan terjadi reaksi sebaliknya dari reaksi
yang dikemukakan di atas.

Bahan Bakar Metabolik

Bahan bakar metabolik pada dasarnya adalah senyawa organik di dalam sel
baik senyawa organik cadangan maupun pembentuk sel. Namun demikian pada
umumnya bahan bakar yang digunakan adalah karbohidrat, terutama glukosa. Hanya
dalam keadaan tertentu senyawa organic lain digunakan sebagai bahan bakar
metabolic, misalnya keadaan defisit karbohidrat atau metabolisme benih yang
cadangan makanannya dominant bukan karbohidrat misalnya lemak atau protein.
Dalam keadaan yang sangat ekstrim, senyawa organic penyusun sel digunakan
sebagai bahan bakar metabolic guna mempertahankan proses hidup.
Bahan bakar yang digunakan menentukan jumlah energi yang dihasilkan.
Bahan bakar lemak akan menghasilkan energi lebih besar dari bahan bakar
karbohidrat. Pada proses respirasi jenis bahan bakar yang digunakan dapat di ketahui
dari besarnya nilai kuosien respirasi (RQ) yaitu perbandingan antara oksigen yang
digunakan dengan CO2 yang dihasilkan dalam proses respirasi tersebut.

Glikolisis

Metabolisme karbohidrat dapat dibagi dalam dua bagian yaitu yang tidak
menggunakan oksigen atau anaerob, dan yang menggunakan oksigen atau aerob.
Reaksi anaerob terdiri atas rangkaian reaksi yang mengubah glukosa menjadi asam
piruvat. Proses ini disebut glikolisis. Asam piruvat dalam kondisi anaerob akan
berubah menjdai asam laktat, dan pada proses peragian (fermentasi) asam piruvat
dapat berubah menjadi etanol dan CO2. Reaksi aerob terjadi bila sel menyerap
eksigen, dan karbohidrat akan diubah menjadi CO2, air dan energi. Proses ini disebut
pernafasan atau respirasi.
Proses penguraian karbohidrat menjadi asam piruvat sering disebut jalur
metabolisme Embden-Meyerhoff. Proses ini terjadi di dalam sitoplasma dan tiap
reaksi dalam proses glikolisis ini menggunakan enzim tertentu. Proses glikolisis
terdiri atas sembilan rangkaian reaksi yang melibatkan enzim-enzim yang secara
berurutan adalah sebagai berikut: heksokinase, fosfoheksoisomerase,
fosfofruktokinase, aldolase, triosafosfat isomerase, gliseralldehid-3-posfat
 115

dehidrogenase, posfogliseril kinase, posfogliseril mutase, enolase, dan piruvat kinase.

Secara rinci masing-masing reaksi tersebut adalah sebagai berikut:

Heksokinase

Merupakan tahap pertama proses glikolisis adalah pengubahan glukosa

menjadi glukosa-6-posfat dengan reaksi posforilasi, dengan katalis enzim
heksokinase, dibantu ion Mg++ sebagai kofaktor. Enzim ini ditemukan oleh
Meyerhoff pada tahun 1927 dan telah dapat dikristalkan dari ragi. Gugus posfat
diterima dari ATP, yang kemudian berubah menjadi ADP, sebagaimana terlihat pada
reaksi berikut:

C6H12O6 + ATP --------------------C6H12O(H2PO3) + ADP

Glukosa glukosa-6-posfat

Posfoheksoisomerase

Tahap kedua adalah isomerasi yaitu perubahan glukosa-6-posfat menjadi

fruktosa-6-posfat dengan enzim posfokglukoisomerase. Enzim ini tidak memerlukan
kofaktor dan dapat dikristalkan dari ragi.

Glukosa-6-posfat ------------------- Fruktosa-6-posfat

Posfofruktokinase

Reaksi tahap ketiga adalah pemasukan gugus posfat dari ATP ke fruktosa-6-
posfat menjadi fruktosa-1,6-diposfat , dikatalisis oleh enzim posfofruktokinase
dengan ion Mg++ sebagai kofaktor. Pemindahan gugus posfat dari ATP menyebabkan
ATP berubah menjadi ADP. ATP yang berlebihan dan asam sitrat dapat menghambat
aktivitas enzim posfofruktokinase.

Fruktosa-6-posfat + ATP ---------- Fruktosa-1,6-diposfat + ADP

Aldolase

Reaksi tahap keempat merupakan pemecahan senyawa karbohidrat beratom C

enam menjadi dua senyawa beratom C tiga berupa dua molekul triosaposfat yaitu
gliseraldehid-3-posfat dan dehidroksi aseton posfat. Pada tahap ini enzim yang
menjadi katalisator reaksi adalah aldolase, yang ditemukan dan berhasil dimurnikan
oleh Warburg. Selain mengkatalisis penguraian fruktosa-1,6-diposfat, enzim ini juga
dapat menguraikan beberapa ketosa dan monoposfat lain seperti sedoheptulosa-1,7-
diposfat, fruktosa-1-posfat, dan eritrulosa-1-posfat; yang juga menghasilkan
dehidroksi aseton posfat.
 116

Triosaposfatisomerase

Reaksi penguraian glukosa oleh aldolase membentuk dua macam senyawa

yaitu gliseraldehid-3-posfat dan dehidroksiasetonposfat. Yang mengalami reaksi lebih
lanjut dalam proses glikolisis adalah gliseraldehid-3-posfat. Dehidroksi aseton posfat
diubah menjadi gliseraldehid-3-posfat oleh enzim triosaposfatisomerase sehingga
tidak terjadi penimbunan dehidoksiasetonposfat didalam sel. Menurut Meyerhoff
kedua senyawa tersebut berada dalam keseimbangan dengan dehidroksiasetonposfat
terdapat dalam jumlah 90%.

Gliseraldehid-3-posfat dehidrogenase

Reaksi tahap kelima adalah perubahan gliseraldehid-3-posfat menjadi asam

1,3-diposfogliserat, yang melibatkan pemasukan satu gugus posfat dari asam posfat
(bukan dari ATP) dan oksidasi molekul aldehid menghasilkan molekul asam
karboksilat. Reaksi ini dikatalisis olah enzim gliseraldehid-3-posfat dehidrogenase
dengan koenzim NAD+ yang mengalami reduksi membentuk NADH.

Gliseraldehid-3-posfat + NAD+ + H3PO4 -----------asam-1,3-diposfogliserat +

NADH

Telah diketahui bahwa oksidasi satu molekul NADH dalam proses fosforilasi
bersifat oksidasi melalui rantai pengangkutan electron (rantai pernafasan)
menghasilkan tiga molekul ATP. Oleh karena itu reaksi tahap kelima ini dapat
diartikan sebagai reaksi yang menghasilkan tiga molekul ATP untuk tiap satu molekul
asam-1,3-diposfogliserat yang terbentuk dari satu molekul gliseraldehid-3-posfat.
Satu dari dua ikatan antara asam posfat dengan asam gliserat dalam molekul asam
1,3-diposfogliserat adalah suatu ikatan anhidrida yang dalam proses pemecahannya
menghasilkan energi untuk pembentukan ATP dari ADP dan Pi.

Posfogliseril Kinase

Reaksi tahap keenam merupakan reaksi pengubahan asam 1,3-diposfogliserat

menjadi asam 3-posfogliserat yang dikatalisis oleh enzim posfogliserilkinase, dan ion
Mg++ sebagai kofaktor. Dalam reaksi ini terbentuk satu moleul ATP dari ADP. Oleh
karena ATP adalah senyawa posfat berenergi tinggi, maka reaksi ini mempunyai
fungsi untuk menyimpan energi yang dihasilkan oleh proses glikolisis dalam bentuk
ATP.

Asam 1,3-diposfogliserat + ADP +Mg++ -------------asam 3-posfogliserat + ATP

Posfogliseril Mutase

Pada tahap ini terjadi reaksi pengubahan asam 3-posfogliserat menjadi asam 2-
posfogliserat yang dikatalisis oleh enzim posfogliserilmutase. Enzim ini berfungsi
 117

memindahkan gugus posfat dari atom C yang satu ke atom C lainnya dalam satu
molekul.

Asam 3-posfogliserat ---------------- asam 2-posfogliserat

Enolase

Reaksi tahap kedelapan adalah lepasnya satu molekul H2O dari asam 2-
posfogliserat, yang kemudian membentuk asam posfoenolpiruvat yang dikatalisis
oleh enzim enolase dan ion Mg++ sebagai kofaktor. Reaksi ini adalah reaksi
dehidrasi karena lepasnya satu molekul H2O.

Asam 2-posfogliserat --------------------- asam posfoenol piruvat

Piruvat Kinase

Reaksi tahap kesembilan atau tahap akhir adalah pembentukan asam piruvat
dari posfoenolpiruvat, melalui senyawa antara enolpiruvat. Reaksi ini merupakan
pemindahan gugus posfat dari asam posfoenolpiruvat kepada ADP sehingga terbentuk
molekul ATP dan molekul asam piruvat, dan dikatalisis oleh enzim piruvat kinase
dengan ion Mg++ dan K+ sebagai activator. Perubahan enolpiruvat menjadi asam
piruvat terjadi secara spontan.

Asam posfoenol piruvat +ADP -----------enolpiruvat-----asam piruvat + ATP

Mg++,K+

Laktat dehidrogenase

Dalam kondisi anaerob, asam piruvat akan mengalami reduksi dan membentuk
asam laktat. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim laktat dehidrogenase dengan NADH
sebagai koenzim.

Asam piruvat + NADH + H+ --------------- asam laktat + NAD+

Pada proses fermentasi atau peragian, yang juga berlangsung dalam kondisi
anaerob, asam piruvat akan diubah menjadi asetaldehid dan CO2. Reaksi ini
merupakan reaksi dekarboksilase yang dikatalisis oleh piruvat dekarboksilase dengan
tiamin piroposfat sebagai koenzimnya.

Asam piruvat ----------------------------------- asetaldehid + CO2

piruvat dekarboksilase

Selanjutnya asetaldehid akan direduksi oleh NADH dengan enzim alcohol

dehidrogenase sebagai katalisator, dan menghasilkan alcohol (etanol). Dengan
demikian alkohol dan CO2 merupakan hasil akhir fermentasi alcohol.
 118

Asetaldehid + NADH + H+ ------------------- etanol

Energi dari Proses Glikolisis

Secara keseluruhan glikolisis terbagi menjadi dua bagian. Bagian pertama

meliputi tahap reaksi enzim yang memerlukan ATP, yaitu tahap reaksi dari glukosa
sampai terbentuknya fruktosa-6-posfat yang menggunakan dua molekul ATP untuk
tiap satu molekul glukosa yand dioksidasi. Bagian kedua meliputi tahapan reaksi yang
menghasilkan energi (ATP dan NADH), yaitu dari gliseraldehid 3-posfat sampai
dengan asam piruvat. Dari bagian ini dihasilkan dua molekul NADH dan empat
molekul ATP untuk tiap molekul glukosa yang dioksidasi. Karena satu molekul
NADH yang masuk rantai pengangkutan electron dapat menghasilkan tiga molekul
ATP, maka tahap reaksi bagian kedua ini menghasilkan 10 molekul ATP (2 mol.
NADH setara dengan 2 x 3 mol. ATP = 6 mol ATP , dan ditambah dengan 4 mol ATP
yang terbentuk). Dengan demikian keseluruhan proses glikolisis (dari glukosa
menjadi asam piruvat) menghasilkan 10 – 2 = 8 mol ATP untuk tiap molekul glukosa
yang dioksidasi. Tiap mol ATP setara dengan 8.000-10.000 kal sehingga keseluruhan
proses glikolisis menghasilkan 64-80 ribu kalori.
Dalam keadaan tanpa oksigen (anaerob), respirasi terhenti karena proses
pengangkutan electron yang terangkai dengan posforilasi bersifat oksidasi (posforilasi
oksidatif) yang menggunakan oksigen sebagai penerima electron terakhir, tidak
berjalan. Akibatnya jalan metabolisme lingkar (siklus) asam trikarboksilat (siklus
asam sitrat atau suklus Krebs) akan terhenti pula sehingga asam piruvat tidak masuk
ke dalam siklus asam trikarboksilat melainkan dialihkan pemakaiannya yaitu diubah
menjadi asam laktat oleh laktat dehidrogenase dengan NADH sebagai sumber
energinya. Dengan demikian maka 2 mol NADH yang dihasilkan oleh reaksi tahap
kelima dalam glikolisis tidak dipakai untuk membentuk ATP melainkan digunakan
untuk reaksi reduksi 2 mol asam piruvat menjadi 2 mol asam laktat. Dengan demikian
maka pada glikolisis anaerob, energi yang dihasilkan hanya 2 mol ATP saja atau
setara dengan 16-20 ribu kalori, jauh lebih rendah dibandingakan dengan glikolisis
aerob (64-80 ribu kalori).
Hal yang sama juga terjadi pada fermentasi alcohol yang berlangsung dalam
keadaan anaerob. Asam piruvat tidak masuk ke dalam siklus asam trikarboksilat,
melainkan diubah menjadi alcohol dan CO2, dengan enzim alcohol dehidrogenase
sebagai katalisator. Jumlah energi yang dihasilkan adalah 2 mol ATP sebagaimana
terjadi pada respirasi anaerob pembentukan asam laktat.

Siklus Asam Sitrat

Siklus asam sitrat dinamakan juga siklus asam trikarboksilat atau siklus Krebs.
Dinamakan siklus Krebs karena rangkaian lingkar reaksi kimia ini diajukan oleh
Hans A. Krebs, seorang ahli biokimia Inggeris yang berjasa dalam penelitian
metabolisme karbohidrat. Proses ini adalah proses oksidasi dengan menggunakan
 119

oksigen atau aerob. Reaksi kimia yang berhubungan dengan siklus Krebs dapat dibagi
ke dalam sembilan tahap yaitu: tahap pembentukan asetil koenzim A (Asetil Ko-A),
pembentukan asam sitrat, pembentukan asam iso sitrat, pembentukan asam alpha-
ketoglutarat, pembentukan suksinil KoA, pembentukan asam suksinat, pembentukan
asam fumarat, pembentukan asam malat, dan pembentukan asam oksaloasetat.
Secara rinci masing-masing tahap tersebut diuraikan sebagai berikut:

Pembentukan Asetil Koenzim A (Asetil Ko-A)

Reaksi oksidasi piruvat (hasil glikolisis) menjadi asetilkoenzim A, merupakan

tahap reaksi penghubung antara glikolisis dengan jalur metabolisme lingkar asam
trikarboksilat (asam sitrat, siklus Krebs). Asetilkoenzim A dibentuk oleh reaksi antara
asam piruvat dengan koenzim A yang dikatalisis oleh enzim kompleks
piruvatdehidrogenase (melibatkan tiga macam enzim piruvat dehidrogenase,
dehidrolipoil transasetilase, dan dehidrolipoil dehidrogenase), lima macam koenzim
(tiamin piro posfat, asam lipoat, koenzim A, flavin adenine dinukleotida, dan
nikotinamid adenine dinukleotida). Reaksi ini berlangsung dalam lima tahap reaksi
dan bersifat irriversibel.

Asam piruvat + NAD+ + koenzim A------------- asetil koenzim A + NADH + CO2

Asetilkoenzim-A adalah senyawa berenergi tinggi dan dapat berfungsi sebagai

pemberi gugus asetil atau dapat ikut dalam reaksi kondensasi.

Pembentukan asam sitrat

Asam sitrat dibentuk oleh asetilkoenzim-A dan asam oksaloasetat dengan cara
kondensasi dan dikatalisis oleh enzim sitrat sintase. Reaksi ini menghasilkan energi
dan merupakan reaksi pendorong pertama untuk siklus Krebs. Laju reaksi ditentukan
oleh jumlah asetilkoenzim-A yang tersedia, oksaloasetat, dan kadar suksinil koenzim-
A.

Asetilkoenzim-A + asam oksaloasetat ---------------asam sitrat + KoASH (koenzim-A)

Pembentukan Asam Isositrat

Asam isositrat dibentuk dari asam sitrat melalui cisakonitat, dikatalisis secara
reversible oleh enzim akonitase.

Asam sitrat -------------------cisakonitat -----------------------asam isositrat

akonitase akonitase

Dalam keadaan seimbang terdapat 90% asam sitrat, 4% asam akonitat, dan 6%
asam isositrat. Walaupun dalam keseimbangan ini asam isositrat terdapat dalam
jumlah sedikit, tetapi asam isositrat akan segera diubah menjadi asam ketoglutarat
sehingga keseimbangan akan bergeser ke kanan.
 120

Pembentukan Asam Alpha-ketoglutarat

Dalam reaksi ini asam isositrat diubah menjadi asam oksalosuksinat,

kemudian diubah lebih lanjut menjadi asam alpha-ketoglutarat. Pembentukan asam
oksalosuksinat dikatalisis oleh enzim isositratdehidrogenase dengan koenzim
NADP+, dan pengubahan eksalosuksinat menjadi asam alpha-ketoglutarat + CO2
dikatalisis oleh enzim karboksilase dan koenzim NADP, dan NAD. Untuk tiap
molekul asam isositrat yang diubah menjadi asam alpha-ketoglutarat dihasilkan 1 mol
NADPH dan 1 mol CO2.

Asam isositrat ----------------asam oksalosuksinat ------------------asam alpha-

ketoglutarat

NADP NADPH CO2

Pembentukan Suksinilkoenzim-A

Pembentukan suksinilkoenzim-A dari alpha-ketoglutarat adalah reaksi yang

irriversibel dan dikatalisis oleh enzim kompleks alpha-ketoglutarat dehidrogenase.
Reaksi ini berlangsung dengan mekanisme yang sama seperti proses oksidasi piruvat
menjadi asetilkoenzim-A dan CO2, yaitu dengan melibatkan tiaminpiroposfat (TPP),
asam lipoat, koenzim-A, FAD dan NAD. Suksinilkoenzim-A adalah suatu senyawa
tioester berenergi tinggi dan akan diubah menjadi asam suksinat.

Suksinilkoenzim-A terbentuk dari reaksi antara asam alpha-ketoglutarat

dengan koenzim-A. Dalam reaksi ini dilepaskan CO2 dan dihasilkan pula NADH..
Sebagaimana telah dikemukakan bahwa reaksi ini tidak riversibel sehingga secara
keseluruhan siklus asam trikarboksilat (siklus asam sitrat) tidak bersifat riversibel.

Asam alpha-ketoglutarat + KoASH ---------------------------suksinilkoenzim-A + CO2

NAD NADH

Pembentukan Asam Suksinat

Asam suksinat terbentuk dari suksinil KoA dengan cara melepaskan koenzim-
A dan dirangkaikan dengan reaksi pembentukan senyawa guanosintriposfat (GTP)
dari guanosin diposfat (GDP) dan posfat. Reaksi ini bersifat riversibel dan dikatalisis
oleh enzim suksinil KoA sintetase. GDP yang terbentuk dari reaksi ini segera dipakai
untuk sintesis ATP dari ADP dengan katalis enzim nukleosida diposfat kinase.

Suksinil KoA---------------------------------------- asam suksinat

GDP + Pi GTP

GTP + ADP ----------------------------GDP + ATP

 121

Pembentukan GTP (ATP) yang terkait dengan reaksi deasilasi suksinil

koenzim-A sebagaimana tercantum di atas disebut fosforilasi tingkat substrat, dan ini
berbeda dari fosforilasi yang terkait dengan rantai pernafasan (fosforilasi oksidatif).

Pembentukan Asam Fumarat

Asam suksinat dioksidasi menjadi asam fumarat yang dikatalisis oleh enzim
dehidrogenase yang berikatan dengan flavin adenine dinukleotida (FAD)sebagai
koenzimnya. Dalam reaksi ini FAD bertindak sebagai gugus aseptor hydrogen.

Asam suksinat ----------------------------------------- asam fumarat

FAD FADH2

Pembentukan Asam Malat

Asam malat terbentuk dari asam fumarat dengan cara adisi molekul air ke
ikatan rangkap asam fumarat, yang dikatalisis oleh enzim fumarase. Reaksi ini
bersifat riversibel.

Asam fumarat ---------------------------- asam malat

+/-H2O, fumarase

Pembentukan Asam Oksaloasetat

Pembentukan asam oksaloasetat merupakan reaksi tahap akhir siklus asam

trikarboksilat. Asam malat mengalami dehidrogenasi yang dikatalisis oleh enzim
malat dehirogenase (berikatan dengan NAD sebagai koenzim) dan membentuk asam
oksaloasetat. Dalam reaksi ini dahasilkan NADH.

Asam malat ----------------------------- asam oksaloasetat

NAD- NADH + H+

Asam oksaloasetat yang terbentuk akan beraksi dengan asetilkoenzim-A dan

asam sitrat yang terbentuk bereaksi lebih lanjut dalam siklus asam trikarboksilat
(siklus asam sitrat, siklus Krebs), dengan reaksi sebagaimana tersebut di atas
berlangsung terus menerus dan berulangkali.

Energi dari Siklus Asam Trikarboksilat (Siklus Asam Sitrat, Siklus Krebs)

Siklus asam trikarboksilat (asam sitrat) merupakan kelanjutan dari proses glikolisis.
Reaksi-reaksi dalam siklus asam sitrat juga menghasilkan energi yang tersimpan
dalam bentuk molekul ATP. Reaksi-reaksi yang menghasilkan molekul ATP adalah
sebagai berikut:
 122

Tabel 10.1 Reaksi-reaksi yang menghasilkan molekul ATP

Jumlah ATP
Reaksi Koenzim Permol
glukosa

Pemindahan electron:
 Piruvat ------- asetil KoA
 Isositrat ----------- alpha ketoglutarat NAD 6
 Alpha ketoglutarat ----- suksinil KoA NADP 6
 Suksinat ---------------fumarat NAD 6
 Malat --------------- oksaloasetat FAD 4
NAD 6

Pemindahan electron:
 Suksinil koenzim A---------- suksinat 2

Tabel di atas menunjukkan bahwa proses oksidasi dimulai dari asam piruvat
menghasilkan molekul ATP sebanyak 15 molekul untuk setiap satu molekul asam
piruvat atau 30 molekul ATP untuk setiap molekul glukosa ( satu molekul glukosa
pada proses glikolisis menghasilkan dua molekul asam piruvat.

Seperti telah dibahas pada bagian terdahulu, oksidasi satu molekul glukosa
melalui glikolisis menjadi dua molekul asam piruvat, menghasilkan 8 ATP. Dengan
demikian oksidasi sempurna (glikolisis dan siklus asam sitrat) satu molekul glukosa
menjadi CO2 + H2O, menghasilkan 2 x 15 + 8 = 38 molekul ATP atau setara dengan
304 – 380 ribu kalori. Pembakaran bebas satu molekul glukosa di dalam bom
calorimeter akan menghasilkan energi sebesar 790 ribu kalori. Jadi efisiensi oksidasi
satu molekul glukosa melalui proses respirasi aerob adalah (304 – 380 ribu
kalori)/790 ribu kalori dikalikan 100% = 38.4 – 48.1 %. Tingkat efisiensi ini jauh
lebih tinggi dari efisiensi energi yang dihasilkan oleh mesin berbahan bakar bensin
yang hanya mencapai sekitar 10-15% saja.

Fosforilasi Oksidatif

Pengangkutan electron yang dirangkaikan dengan posforilasi yang bersifat

oksidasi (posforilasi oksidatif) merupakan tahap akhir dari proses respirasi, yaitu
oksidasi glukosa menghasilkan CO2 + H2O dan ATP. Rantai pengangkutan electron
disebut juga rantai respirasi (rantai pernafasan), terdapat dalam membran
mitokondria.

Urutan reaksi pengangkutan electron dalam rantai respirasi berlangsung dalam

delapan tahap reaksi oksidasi reduksi, sebagai berikut:
 123

NAD ---- FMN ---- FeS --- Q --- Cyt.b --- Cyt.C --- Cyt.a ---Cyt.a3 --- O

Proses reaksi eksergonik mengalirkan electron dari NADH ke O2

dirangkaikan dengan proses posforilasi yang bersifat oksidasi (pembentukan ATP dari
ADP + Pi) pada tiga tahap reaksi pengangkutan electron, yaitu (1) dari NAD ke FMN;
(2) dari sitokrom b ke sitokrom c1, dan (3) dari sitokrom a3 ke O2. Dengan demikian
pasangan electron dari senyawa substrat respirasi yang masuk rantai respirasi melalui
NAD akan menghasilkan tiga molekul ATP persatu atom O (atau ½ O2) yang dipakai.
Sedangkan yang masuknya melalui koenzim Q menghasilkan 2 ATP. Malat, isositrat
dan alpha-ketoglutarat adalah senyawa-senyawa siklus asam trikarboksilat yang
memasukkan elektronnya melalui NAD, sedangkan suksinat melalui koenzim-Q.
Tiap substrut yang melepaskan elektronnya ke NADH akan menghasilkan 3
ATP dan mereduksi satu atom oksigen, sehingga nisbah (perbandingan) P terhadap O
(P/O) untuk substrat tersebut adalah 3. Nisbah P/O untuk tahap reaksi : piruvat ----
asetil-KoA; isositrat --- alpha-ketoglutarat; alpha-ketoglutarat----- suksinil-KoA; dan
malat ---- akksaloasetat masing-masing adalah 3, sedangkan reaksi malat ---
oksaloasetat bernilai 2.
Proses pengangkutan electron dalam rantai respirasi berlokasi di dalam
membrane mitokondria, menghasilkan energi yang digunakan untuk membentuk ATP
dari ADP dan Pi. Proses inilah yang disebut posforilasi oksidatif (atau posforilasi
bersifat oksidatif atau posforilasi rantai respirasi). Persamaan reaksi keseluruhan
proses posforilasi oksidatif adalah:
NADH + H+ + 3 ADP + 3 Pi + ½ O2 ------- NAD+ + 4 H2O + 3 ATP

Reaksi ini dapat dibagi ke dalam dua bagian yaitu:

Reaksi eksergonik :

NADH + H+ + O2 -------------- NAD+ + H2O

Reaksi endergonik :

3 ADP + 3 Pi --------------------- 3 ATP

 124

DAFTAR PUSTAKA

Girindra, A. 1990. Biokimia I. Penerbit PT. Gramedia. Jakarta.

Lehniger, A.L. 1982. Dasar-dasar Biokimia Jilid I. Terjemahan Maggy

Thenawidjaya. Penerbit Gelora Aksara Pertama, Erlangga.

Poedjiadi, A ., Supriyanti, T., , Soemodimedjo, P. 2006. Dasar-dasar Biokimia.

Penerbit Universitas Indonesia. Jakarta.

Stryer, L. 2000. Biokimia Volume 1 Edisi 4. Terjemahan: Bagian Biokimia FKUI.

Edisi Syahbanar Soebianto & Evisetiadi. Penerbit Buku Kedokteran EGC.
Jakarta.