BUKU AJAR

DASAR-DASAR BIOLOGI SEL

& MOLEKULER

Disusun oleh:
Zairin Thomy
Essy Harnelly

SYIAH KUALA UNIVERSITY PRESS

2018
Hak Cipta Dilindungi Undang-Undang
Dilarang keras memperbanyak, memfotocopy sebagian atau
seluruh isi buku ini, serta memperjual belikannya tanpa
mendapat izin tertulis dari penerbit.

Diterbitkan oleh Syiah Kuala University Press

Darussalam –Banda Aceh, 23111
Judul Buku : Buku Ajar Dasar-Dasar Biologi Sel dan Melekuler
Penulis : Zairin Thomy dan Essy Harnelly
Penerbit : Syiah Kuala University Press
Telp : (0651) 801222
Email : upt.percetakan@unsyiah.ac.id
Cetakan : Pertama, 2018
ISBN : 978-602-5679-68-1
Anggota Ikatan Penerbit Indonesia (IKAPI)
 KATA PENGANTAR

Dengan Rakhmat dan izin Allah Subhanahu wata’ala, penulisan

buku ajar “Dasar Dasar Biologi Sel & Molekuler” ini dapat diselesaikan.
Buku ini berawal dari tulisan lepas yang diberikan sebagai bahan mata
kuliah dan Biologi Sel, Biologi Molekuler dan mata kuliah Genetika pada
mahasiswa S1 di Program Studi Biologi serta mata kuliah Biologi Sel &
Molekuler pada mahasiswa S2 program studi Magister Biologi dan program
studi Magister Pendidikan Biologi Universitas Syiah Kuala.
Penyusunan kembali menjadi buku ini bertujuan untuk memenuhi
salah satu sarana kegiatan belajar mengajar yang sangat penting, dan
“meng-up date” kembali bahan ajar mengingat bahwa ilmu Biologi Sel
merupakan salah satu “bonggol ilmu” dalam sains Biologi yang
perkembangannya sangat pesat dan banyak dipelajari pada disiplin ilmu-
ilmu lainnya yang berbasis Biologi. Secara umum buku ini disusun
berdasarkan konsep dasar sel yang merupakan kesatuan fungsional &
kesatuan struktural makhluk hidup. Pembahasan pada setiap bab dalam
buku ini, diuraikan tentang fungsi penting bagian sel atau organel tertentu
dan kemudian diuraikan struktur dasarnya. secara biokimia struktur sel
makhluk hidup umumnya tersusun oleh unsur dan senyawa yang sama,
kemajuan dalam bidang mikroskopi membuktikan pada kita adanya
kesamaan struktur molekul sel. Maka dari pengetahuan tersebut dapat
menyimpulkan bahwa sel itu merupakan kesatuan fungsional dan struktural
dasar makhluk hidup.
Uraian di dalam buku ini pada Bab 1 Sel Sebagai Penyusun Struktur
Makhluk Hidup, yang menguraikan dasar-dasar struktur sel. Secara biokimia
biomolekul protein dan asam nukleat merupakan perhatian utama sehingga
pada Bab 2 dibahas tentang Struktur dan Fungsi Protein, diikuti uraian pada
Bab 3 yang terkait dengan bab sebelumnya, dibahas tentang Membran dan
Membran Dalam Sel. Pada Bab 4 dibahas tentang Struktur dan Fungsi
Materi Genetik. Terkait dengan bab 4 maka pada Bab 5 dibahas tentang
Ribosom dan Ekspresi Gen.
Struktur sel penting lainya adalah organel mitokondria dan kloroplas. Kedua
organel tersebut dibahas dalam bab tentang Mitokondria dan Kloroplas
Organel Biokonversi Enerji. Ternyata proses-proses reaksi biokimia dalam
organel tersebut berdasarkan atas hukum kimia dan fisika yang kita kenal.
Pemahaman sel makhluk hidup pada tingkat molekul merupakan suatu
kebutuhan dasar dalam pengetahuan dan kajian tentang sains biologi. Hal

ii
ini tidak hanya dibutuhkan sebagai dasar sains saja, tetapi juga sudah
menjadi suatu kebutuhan pada sejumlah kajian dan aplikasi dalam ilmu
Pertanian, ilmu Perikanan, ilmu Peternakan, Bioteknologi, dan ilmu
Kesehatan serta ilmu-ilmu lainnya yang berkaitan dengan ilmu Biologi.
Terima kasih kepada Universitas Syiah Kuala yang berkenan
menerbitkankan buku ini, serta terima kasih juga penulis sampaikan kepada
rekan-rekan staf pengajar di FMIPA Universitas Syiah Kuala yang telah
banyak mendorong penulis hingga dapat menyelesaikan penyusunan buku
ini. Kekurangan dan kesalahan dalam isi buku ini sudah pasti ada, kami
sangat mengharapkan kritikan dan saran untuk perbaikan dan
penyempurnaan serta pengembangannya, untuk itu kami sampaikan terima
kasih. Semoga bermanfaat.
Banda Aceh, Agustus 2018
Penulis
Zairin Thomy
Essy Harnelly

iii
 DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR............................................... ii
DAFTAR ISI........................................................... iv
DAFTAR GAMBAR................................................ ix
DAFTAR TABEL..................................................... x
BAB 1 PENDAHULUAN.................................................... 1
Pokok-pokok bahasan.......................................... 2
1.1 Perkembangan Pengetahuan Tentang Sel .......... 2
1.1.1 Konsep tentang sel.............................................. 2
1.1.2 Sejarah perkembangan tentang sel..................... 3
1.2 Struktur umum sel............................................... 3
1.2.1 Sel jasad hidup prokariotik................................... 4
1.2.2 Sel jasad hidup eukariotik.................................... 6
1.2.2.1 Struktur sel tumbuhan......................................... 7
1.2.2.2 Struktur sel hewan............................................... 9
1.2.2.3 Protoplasma......................................................... 9
1.2.2.3.1 Air......................................................................... 9
1.2.2.3.2 Protein.......................................................... 10
1.2.2.3.3 Lipida.................................................................... 11
1.2.2.3.4 Karbohidrat.......................................................... 12
1.2.2.3.5 Nukleotida............................................................ 12
1.3 Cara mempelajari sel........................................... 13
1.3.1 Mengamati sel dengan mikroskop...................... 13
1.3.2 Teknik-teknik lainnya........................................... 14
Rangkuman.......................................................... 14
DAFTAR PUSTAKA................................................ 15
BAB 2 BIOMOLEKUL PENYUSUN JASAD HIDUP.............. 16
Pokok-pokok bahasan......................................... 18
2.1 Struktur dasar protein......................................... 18
2.1.1 Tipe asam amino.................................................. 18
2.1.2 Ikatan peptida...................................................... 19
2.1.3 Tingkatan struktur protein................................... 20
2.1.3.1 Struktur primer.................................................... 20
2.1.3.2 Struktur sekunder................................................ 21
2.1.3.3 Struktur tersier..................................................... 21
2.1.3.4 Struktur kuarter................................................... 21
2.2 Enzim.................................................................... 22
2.2.1 Enzim dalam sel................................................... 22

iv
 2.2.2 Sifat-sifat enzim................................................... 23
2.2.3 Faktor-faktor yang mempengaruhi kerja enzim.. 24
2.2.4 Cara kerja enzim................................................... 25
2.2.5 Nomenklatur enzim............................................. 26
2.2.6 Penggolongan enzim........................................... 26
2.2.6.1 Penggolongan enzim berdasarkan tempat
kerjanya................................................................ 27
2.2.6.2 Penggolongan enzim berdasarkan cara
terbentuknya....................................................... 27
2.2.6.3 Penggolongan enzim berdasarkan katalitiknya.... 28
2.2.6.3.1 Enzim hidrolisis.................................................... 28
2.2.6.3.2 Enzim oksidase reduksi........................................ 28
2.2.6.3.3 Fosforilase............................................................ 29
2.2.6.3.4 Transferase.......................................................... 29
2.2.6.3.5 Karboksilase......................................................... 29
2.2.6.3.6 Isomerase............................................................. 30
2.2.6.3.7 Epimerase........................................................... 30
2.2.7 Kofaktor, aktivator, gugus prostetik dan
koenzim............................................................... 30
2.2.7.1 Ion-ion anorganik sebagai aktivator
enzim................................................................... 30
2.2.7.2 Gugus prostetik................................................... 30
2.2.7.3 Koenzim............................................................... 31
2.2.8 Mekanisme kerja enzim....................................... 33
2.2.9 Inhibitor............................................................... 33
Rangkuman.......................................................... 34
DAFTAR PUSTAKA................................................ 35
BAB 3 DNA, GEN, GENOM DAN KROMOSOM................ 36
Pokok-pokok bahasan......................................... 37
3.1 Molekul asam nukleat......................................... 37
3.1.1 Nukleosida ......................................................... 38
3.1.2 Nukleotida .......................................................... 38
3.2 Struktur molekul DNA......................................... 39
3.3 Denaturasi DNA.................................................. 42
3.4 Renaturasi DNA.................................................. 45
3.5 Struktur molekul RNA......................................... 47
3.5.1 mRNA (RNA-duta)................................................ 48
3.5.2 tRNA (RNA-pemindah)......................................... 48
3.5.3 rRNA(RNA-ribosom)............................................ 48
Rangkuman.......................................................... 49

v
 DAFTAR PUSTAKA................................................ 49
BAB 4 REPLIKASI DAN PERBAIKAN DNA......................... 50
Pokok-pokok bahasan.......................................... 50
4.1 Replikasi DNA....................................................... 50
4.1.1 Sintesis untai utama (Leading Strand)................. 54
4.1.2 Sintesis untai lamban (Lagging Strand)................ 55
4.2 Polimerisasi DNA.................................................. 60
4.2.1 Polimerisasi prokariotik...................................... 60
4.2.2 Polimerisasi eukariotik......................................... 60
4.3 Ligase DNA........................................................... 61
4.4 Inhibitor DNA...................................................... 62
4.5 Daur Sel (Cell Cycle).............................................. 63
4.6 Perbaikan DNA..................................................... 64
4.7 Cacat mekanisme perbaikan................................ 68
Rangkuman.......................................................... 70
DAFTAR PUSTAKA................................................ 71
BAB 5 EKSPRESI GEN DAN PENGENDALIANNYA............. 72
Pokok-pokok bahasan.......................................... 72
5.1 Dogma genetik..................................................... 73
5.2 Ekspresi gen......................................................... 73
5.2.1 Proses transkripsi................................................ 74
5.2.1.1 Proses inisiasi...................................................... 74
5.2.1.2 Proses pemanjangan............................................ 74
5.2.1.3 Proses terminasi................................................. 75
5.2.1.4 Pemrosesan RNA-duta......................................... 75
5.2.1.5 Pemrosesan t-RNA dan r-RNA............................. 75
5.2.2 Model sintesis protein......................................... 76
5.2.2.1 tRNA dan fungsinya.............................................. 76
5.2.2.2 Protein dan asam amino...................................... 77
5.2.2.3 Sandi genetik........................................................ 78
5.2.2.4 Hipotesis Wobble................................................. 78
5.2.2.5 Ribosom tempat berlangsungnya sintesis
protein................................................................. 80
5.3 Sintesis Protein.................................................... 80
5.3.1 Inisiasi.................................................................. 80
5.3.2 Pemanjangan....................................................... 81
5.3.3 Terminasi............................................................. 82
5.4 Pengendalian Ekspresi gen.................................. 83
5.5. Konsep pengaturan kerja gen.............................. 84
5.5.1 Negatif inducer.................................................... 86
vi
 5.5.2 Positif inducer..................................................... 86
5.5.3 Negatif co-represor.............................................. 86
5.5.4 Positif co-represor................................................ 86
Rangkuman.......................................................... 87
DAFTAR PUSTAKA................................................ 87
BAB 6 MEMBRAN DAN SISTIM MEMBRAN DALAM SEL. 88
Pokok-pokok bahasan.......................................... 88
6.1 Fungsi membran plasma..................................... 89
6.1.1 Membran plasma sebagai penyekat.................... 89
6.1.2 Membran plasma sebagai pengatur
permeabilitas....................................................... 91
6.1.3 Membran plasma sebagai pengangkut
mikromolekul....................................................... 91
6.1.4 Membran plasma sebagai pengangkut
makromolekul...................................................... 91
6.2 Struktur dasar membran sel................................ 92
6.2.1 Perkembangan model membran plasma............. 95
6.2.2 Komposisi fraksi lipida membran plasma............ 96
6.2.3 Komposisi fraksi protein membran 96
plasma.............
6.2.4 Komposisi fraksi karbohidrat membran plasma.. 97
6.3 Struktur dasar membran plasma
mikroorganisme................................................... 98
6.4 Sistim membran dalam....................................... 99
6.4.1 Retikulum endoplasma (RE)................................ 100
6.4.1.1 Struktur Retikulum endoplasma (RE).................. 100
6.4.1.2 RE dan 101
biosintesis...........................................................
6.4.1.3 Biosintesis protein dan glikolisasi....................... 102
6.4.1.4 Biosintesis fosfolipida dan gliserol...................... 104
6.4.1.5 Detoksifikasi......................................................... 104
6.4.2 Kompleks golgi..................................................... 105
6.4.2.1 Struktur kompleks 105
golgi.....................................................................
6.4.2.2 Peranan fiiologi kompleks golgi.......................... 106
6.4.3 Pemulihan membran sel dan sekresi.................. 107
6.4.4 Lisosom................................................................ 108
Rangkuman.......................................................... 109
DAFTAR PUSTAKA.............................................. 109

vii
BAB 7 NUKLEUS DAN ASAM NUKLEAT.......................... 110
Pokok-pokokbahasan......................................... 111
7.1 Membran inti..................................................... 111
7.2 Materi genetik dan asam nukleat....................... 114
7.2.1 Kromatin.............................................................. 115
7.2.2 Struktur kromosom.............................................. 119
7.3 Materi genetik pada prokariot............................. 122
7.4 Batasan genom, gen dan sistron.......................... 123
7.5 Matriks inti 125
sel.........................................................................
7.6 Dogma genetik.................................................... 126
Rangkuman.......................................................... 127
DAFTAR PUSTAKA................................................ 127
BAB 8 RIBOSOM DAN SINTESIS PROTEIN...................... 128
Pokok-pokokbahasan.......................................... 128
8.1 Struktur ribosom................................................. 129
8.2 Fungsi ribosom pada sintesis protein................. 132
BAB 9 MITOKONDRIA DAN KLOROPLAS ORGANEL
KONVERSI ENERJI................................................ 135
Pokok-pokokbahasan.......................................... 135
9.1 Biokonversi enerji................................................ 135
9.1.1 Perbandingan struktur mitokondria dan
kloroplas.............................................................. 136
9.1.2 Perbandingan struktur mitokondria dan
kloroplas............................................................... 136
9.2 Mitokondria......................................................... 138
9.2.1 Struktur mitokondria........................................... 138
9.2.2 Jenis dan lokasi enzim dalam mitokondria.......... 141
9.2.3 Fungsi mitokondria.............................................. 142
9.3 Kloroplas.............................................................. 142
9.3.1 Struktur kloroplas................................................ 142
9.3.2 Jenis dan lokasi enzim kloroplas.......................... 152
9.3.3 Fotosintesis------------------------------------------------ 152
9.3.4 Fungsi kloroplas................................................... 153
Rangkuman.......................................................... 154
DAFTAR PUSTAKA................................................ 154

viii
 DAFTAR GAMBAR
Gambar Halaman
1.2.1 Struktur sel prokariotik.................................................... 6
1.2.2.a Struktur sel tumbuhan..................................................... 8
1.2.2.b Struktur sel hewan.......................................................... 8
2.2.1 Struktur dasar asam amino............................................. 19
2.2.2 Ikatan peptida.antar asam amino................................... 20
2.3 Struktur protein............................................................... 23
2.4 Model Kerja Enzim.......................................................... 26
2.5 Grafik mekanisme kerja enzim....................................... 31
3.2 Struktur komponen nukleotida...................................... 40
3.3 Model struktur DNA...................................................... 41
4.1 Proses replikasi melibatkan sejumlah protein.................. 54
4.2 Mekanisme pengikatan dNTP ke rantai DNA yang
sedang tumbuh............................................................. 56
4.3 Permulaan sintesis DNA oleh RNA dan pembentukan
penggalan Okazaki......................................................... 57
4.4 Bagan keseluruhan replikasi DNA................................... 59
4.5 Mekansime kerja ligase.................................................. 61
4.6 Siklus sel........................................................................... 63
4.7 Struktur dimer-timidin..................................................... 65
4.8 Perbaikan DNA cara eksisi............................................... 65
4.9 Mekanisme perbaikan DNA yang rusak dengan cara
eksisi............................................................................ 67
4.10 Mekanisme perbaikan pasca replikasi............................. 68
5.2 Pemrosesan 76
mRNA................................................................................
5.3 Model operon.................................................................. 84
5.4 Pengendalian ada 6 tahapan pada ekspresi
gen.............................................................................. 85
6.1 Struktur ultra membran sel............................................. 93
6.2 Model membran plasma “dua lembar molekul” bilayer
fosfolipida.................................................................... 96
6.3 Sistim membran interna pada sel hewan........................ 100
7.1 Model nukleus sel eukariotik.......................................... 111
8.1 Multi molekul ribosom prokariot dan eukariot................ 130
9.1 Perbandingan struktur mitokondria dan kloroplas........... 136
9.2 Perbandingan metabolisme mitokondria dan kloroplas... 137

ix
 DAFTAR TABEL
Tabel Halaman
1.1 Perbandingan struktur sel prokariotik dan eukariotik... 6
1.2 Senyawa-senyawa penyusun protoplasma.................. 9
3.1 Materi penyusun asam nukleat: DNA dan RNA............ 37
3.2 Beberapa macam nukleosida...................................... 38
3.3 Beberapa macam nukleotida...................................... 39
4.1 Protein yang membantu proses replikasi..................... 53
5.1 Sandi gnetik: kodon................................................... 79
5.2 Pasangan kodon-antikodon......................................... 79
8.1 Koofisien sedimentasi ribosom.................................... 130
8.2 Komposisi ribosom prokariot dan eukariot................... 131

x
 BAB 1
PENDAHULUAN

Biologi sel mempelajari organisasi dan fungsi jasad hidup (organisme)

ditinjau dari aspek struktur & fungsi komponen penyusun sel, sedangkan
biologi molekuler mempelajari fungsi dan organisasi organisme ditinjau
dari struktur dan regulasi molekuler unsur atau komponen penyusunnya,
dengan kata lain mempelajari jasad hidup pada tingkat molekul. Jasad
hidup secara umum dikelompokan menjadi dua yaitu: Jasad hidup selular
yang mempunyai satuan unit dasar yaitu sel, seperti bakteri, hewan dan
tanaman. Sedangkan Jasad hidup non-selular : tidak tersusun atas sel tapi
berupa satuan biomolekul seperti Virus dan bakteriofag, virus satuan
dasarnya adalah virion.
Ditinjau dari aspek seluler jasad hidup dikelompokan menjadi organisme
Prokariotik (tidak memiliki membran inti sel) dan organisme Eukariotik
(memiliki membran inti sel). Jasad hidup seperti mikroorganisme,
tumbuhan, dan hewan, struktur tubuhnya tersusun oleh sel atau oleh
sejumlah sel. Organisme yang hanya terdiri dari satu sel dikenal sebagai
organisme uniseluler seperti bakteri, dan organisme yang tubuhnya
disusun oleh sejumlah sel disebut organisme multiseluler seperti manusia.
Sel diartikan sebagai unit terkecil yang menyusun struktur makhluk hidup
yang dibatasi oleh membran dan berisi cairan sel yang disebut sitoplasma.
Organisasi organisme multiseluler yang tubuhnya tersusun oleh sejumlah
sel, kelompok sel penyusunnya disebut jaringan yang melaksanakan
berbagai fungsi tertentu yang saling berkaitan membentuk organ tubuh,
beberapa organ terkoordinasi dalam suatu sistem, misalnya sistem
pernafasan, sistem peredaran darah, sistem saraf dan sistem lainnya yang
saling berhubungan dan memiliki mekanisme pengaturan fungsi yang rumit.

1
menyebabkan perkembangan ilmu ini menjadi ilmu baru yang dikenal
sebagai biologi molekuler. Ilmu ini terutama mempelajari bentuk, agregasi
dan orietasi molekul yang menyusun sistim sel sebagai unit kehidupan.

DAFTAR PUSTAKA
Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.
Alberts, B., Bray, D.,Hopkin,K, Johnson,A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and
Walter, P. 2009. Essential Cell Biology, 3rd ed. Garland Science.
Cooper, G.M. 2000 . The cell : a moleculer approach, Second Edition.
Washington D.C. USA.
Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed.

15
 BAB 2
BIOMOLEKUL PENYUSUN JASAD HIDUP

Biomolekul adalah molekul kimia yang terdapat dalam jasad hidup,

berbeda dari senyawa kimia yang ada disekelilingnya, Karena berat
molekulnya (BM) yang besaryang jauh lebih besar antara 103 sampai 109,
dan strukturnya yang kompleks walaupun unsur-unsur yang menyusunnya
tidak berbeda. Sehingga disebut juga sebagai makromolekul. Biomolekul
tersebut antara lain senyawa lipida, polisakarida, asam nukleat dan protein.
Lipida berfungsi sebagai penyusun struktur membran sel, sebagai hormon,
sebagai sumber enerji. Polisakarida berfungsi sebagai komponen struktur
membran dan dinding sel, sebagai sumber enerji dan enerji cadangan
dalam bentuk glikogen. Asam nukleat berfungsi sebagai faktor genetika
(DNA), sebagai senyawa ko-enzim, sebagai pembawa/penyimpan, enerji
(ATP), sebagai informasi genetik pada proses penyusunan protein. Protein
berfunsi sebagai yang memiliki banyak fungsi antara lain berfungsi sebagai
biokatalisator (Enzim); sebagai protein Regulator / bioregulator (hormon);
sebagai protein transport seperti Hemoglobin, Albumin, Lipoprotein,
Transferin; sebagai protein integral membran sel; sebagai protein
kontraktil: aktin dan miosin; sebagai protein struktural: kolagen, tubulin,
keratin, glikoprotein; sebagai protein pelindung dan pertahanan:
Imunoglobin, interferon, perforin, fibrinogen; dan protein reseptor yang
menerima rangsangan serta sebagai molekul sinyal pada komunikasi antar
sel.
Protein merupakan biomolekul penting di dalam biologi sel karena protein
penyusun hampir lebih dari setengah bagian sel makhluk hidup. Sebagai
contoh pada sel bakteri Escherichia coli terdapat lebih dari 3.000 macam
molekul protein dan lebih 1.000 macam asam nukleat. Di dalam tubuh
16
Struktur dasar protein disusun oleh 20 tipe molekul asam amino, sejumlah
molekul asam amino ini antara satu dengan molekul yang lainnya berikatan
yang dengan ikatan peptida sehingga nama lain dari protein disebut juga
polipeptida.

DAFTAR PUSTAKA

Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Hans-Walter Heldt. 2005. Plant Biochemistry. Third edition. Elsevier

Academic Press. New York.

Hiram F. Gilbert. 2000. Basic Concepts in Biochemistry. Mc Graw-Hill. New

York.

Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed.

35
 BAB 3
DNA, GEN, GENOM DAN KROMOSOM

Deoksiribonukleic acid (DNA) adalah asam inti (nucleicacid) merupakan

polimer yang dibentuk oleh mononukleotida sebagai satuan
pembentuknya. Fungsi yang terpenting dalam mekanisme molekuler
adalah menyimpan, mereplikasi dan mentranskripsi informasi genetika.
Fungsi lainnya adalah hubungannya dengan metabolisme antara dan
reaksi-reaksi transformasi enerji. DNA terdapat pada inti sel eukariotik,
pada mitokondria dan pada kloroplas tumbuhan. Selain itu DNA juga
terdapat pada inti sel miroorganisme dan pada plasmid sel-sel bakteri, dan
merupakan bahan genetik dari virus. Secara umum dapat dikatakan bahwa
DNA memegang peranan yang sangat penting dalam kelangsungan hidup
makhluk hidup karena berperan sebagai the blue print of life (rancang
bangun mahkluk hidup). Semua informasi mengenai karakter dari individu
mahluk hidup tersebut tersimpan di dalam DNA dan informasi tersebut
akan diwariskan kepada keturunannya pada proses mitosis dan meiosis.
Sel-sel kelamin mempunyai jumlah DNA separuh dari sel-sel somatik. Sel-sel
sistem imun yang telah matang mempunyai jumlah DNA yang sama dengan
sel-sel lain dalam individu tersebut, tetapi mempunyai penataan
yangsedikit berbeda. Sel darah merah yang matang dari mamalia tidaklah
mempunyai inti sel dan mitokondria, karena itu tidak lagi mengandung
DNA. Satu segmen dari untai DNA yang memiliki informasi genetika
(sebagai fungsi genotipnya) dan informasi genetika tersebut dapat
diekspresikan menjadi protein (fungsi fenotipnya) kita sebut sebagai gen.
Keseluruhan dari gen yang terdapat pada jasad hidup disebut sebagai
genom. Genom di “packaging” sedemikian rupa sehingga memiliki struktur
tertentu di dalam sel jasad hidup kita sebut sebagai kromosom.

36
ribosom berfungsi untuk mengenali RNA duta & RNA pemindah dalam
proses sintesa protein. Urutan nukleotida pada RNA dapat digunakan
untuk identifikasi jenis jasad hidup seperti pada prokariot yang banyak
menggunakan salah satu potongan (sekuens) DNA 16S-RNA.

Rangkuman
Deoksiribonukleic acid (DNA) adalah asam inti (nucleicacid) merupakan
polimer yang dibentuk oleh mononukleotida sebagai satuan pembentuknya.
Fungsi yang terpenting dalam mekanisme molekuler adalah menyimpan,
mereplikasi dan mentranskripsi informasi genetika. Fungsi lainnya adalah
hubungannya dengan metabolisme antara dan reaksi-reaksi transformasi
enerji. DNA terdapat pada inti sel eukariotik, pada mitokondria dan pada
kloroplas tumbuhan. Selain itu DNA juga terdapat pada inti sel
miroorganisme dan pada plasmid sel-sel bakteri, dan merupakan bahan
genetik dari virus. Secara umum dapat dikatakan bahwa DNA memegang
peranan yang sangat penting dalam kelangsungan hidup makhluk hidup
karena berperan sebagai the blue print of life (rancang bangun mahkluk
hidup). Semua informasi mengenai karakter dari individu mahluk hidup
tersebut tersimpan di dalam DNA dan informasi tersebut akan diwariskan
kepada keturunannya pada proses mitosis dan meiosis.

DAFTAR PUSTAKA
Alberts, B., Bray, D.,Hopkin,K, Johnson,A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and
Walter, P. 2009. Essential Cell Biology, 3rd ed. Garland Science.

Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Cooper, G.M. 2000 . The cell : a moleculer approach, Second Edition.

Washington D.C. USA.

Hiram F. Gilbert. 2000. Basic Concepts in Biochemistry. Mc Graw-Hill. New

York.

Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed.

49
 BAB 4
REPLIKASI DAN PERBAIKAN DNA

Replikasi merupakan fungsi genotip DNA yang membawa informasi

genetik yang harus diwariskan. Oleh karena DNA mengandung informasi
genetik yang tetap dari suatu sel, maka perlu sekali ia memperbanyak diri
dengan ketelitian dan ketepatan yang tinggi, dibagi sama rata antara sel-
sel hasil pada saat pembelahan, dan dengan tepat diperbaiki manakala
terjadi kerusakan. Karena proses ini sangat penting untuk kelangsungan
hidup organisme, maka iapun berlangsung dengan pengendalian yang
sangat ketat. Proses replikasi paling sedikit memerlukan tujuh langkah
reaksi enzimatik yang berbeda. Untuk menjamin perbaikan bagian DNA
yang rusak, ada empat proses perbaikan yang terpisah. Sebagai tambahan,
pasangan protein di perlukan untuk replikasi kromosom antara sel-sel anak.
Karena rumitnya proses-proses ini, belumlah semua enzim yang berperan
berhasil diasingkan dan belum seluruh mekanisme dipahami dengan jelas,
terutama pada eukariot.
Pokok-pokok bahasan
4.1. Replikasi DNA
4.2. Polimerisasi DNA
4.3. Ligase DNA
4.4. Inhibotor DNA.
4.5. Daur Sel (Cell Cycle)
4.6. Perbaikan DNA.
4.7. Cacat mekanisme perbaikan
4.1 Replikasi DNA.
Struktur DNA yang diajukan oleh Watson dan Crick membawa kepada
mekanisme pergandaan DNA yang sederhana. Oleh karena satu basa dari

50
 DAFTAR PUSTAKA
Alberts, B., Bray, D.,Hopkin,K, Johnson,A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and
Walter, P. 2009. Essential Cell Biology, 3rd ed. Garland Science.

AlbertS, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Cooper, G.M. 2000 . The cell : a moleculer approach, Second Edition.

Washington D.C. USA.

Hiram F. Gilbert. 2000. Basic Concepts in Biochemistry. Mc Graw-Hill.

New York.

Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed.

71
 BAB 5
EKSPRESI GEN DAN PENGENDALIANNYA

Kita ketahui bahwa asam deoksiribonukleat (DNA) menyimpan informasi

genetik yang diturunkan dari sel “lama” ke sel “baru” yang kita kenal pada
bab sebelumnya sebagai replikasi. Fungsi DNA lain adalah fungsi fenotipnya
yang diekspresikan dengan mensintesis protein-enzim. Protein inilah yang
berfungsi sebagai pengaturan metabolisme dalam jasad hidup. Semua
proses kimia yang terjadi pada jasad hidup tidak bisa terlepas dari peranan
enzim, sehingga enzim menentukan sifat atau karakter dari jasad hidup. Ini
semua bermula dari gen yang merupakan cetakan asli segala macam
protein dan enzim-enzim yang disintesis oleh makhluk hidup. Dogma
genetik merupakan konsep dasar sifat menurun yang menentukan ciri-ciri
khas suatu spesies, dengan kata lain dogma genetik merupakan alir materi
genetik dari DNA keurutan asam amino protein. Transkripsi dan Translasi
merupakan proses-proses untuk sintesis protein sebagai ekspresi dari gen,
bagaimana sel itu mengendalikan ekspresi gen tersebut merupakan hal
yang sangat penting selama proses pertumbuhan dan diferensiasi sel serta
penyesuaiannya terhadap perubahan lingkungannya. Pada dasarnya
mekanisme pengendalian gen prokariot dan eukariot hampir sama,
walaupun mekanisme pengendalian gen eukariot lebih rumit dari pada
prokariot dan pada umumnya pengendalian pada sel eukariot belum
banyak diketahui secara lengkap.
Pokok-pokok bahasan
5.1 Mengenal “dogma genetik” tentang hubungan DNA dan RNA.
5.2 Mempelajari replikasi DNA.
5.3 Mempelajari Sintesa Protein sebagai ekspresi gen.
5.4 Mempelajari mekanisme pengendalian gen.

72
Rangkuman
Proses ekspresi gen membentuk protein terjadi dalam dua tahapan yaitu
transkripsi dan translasi. Pada jasad hidup prokariotik transkripsi dan
translasi berlangsung hampir bersamaan waktunya, sedangkan pada jasad
eukariotik proses transkripsi di dalam nukleus pre-mRNA mengalami
pemrosesan karena informasi genetik DNA eukariotik memiliki ruas intron
yang tidak menyandi asam amino. hanya ruas ekson yang menyandi asam
amino yang diprosesing menjadi mRNA yang di transpor ke luar inti sel
untuk di translasi di ribosom dalam sitoplasma. Pengaturan pengendalian
ekspresi gen ini pada sel eukariotik terjadi pada proses: 1. transkripsi, 2.
Prosesing RNA, 3. transporRNA, 4. Translasi, 5. Degradasi RNA dan 6.
Aktivitas protein. Pengaturan pengendalian ekspresi gen ini pada sel
prokariotik melalui sistim operon.

DAFTAR PUSTAKA

Alberts, B., Bray, D.,Hopkin,K, Johnson,A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and
Walter, P. 2009. Essential Cell Biology, 3rd ed. Garland Science.

Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Cooper, G.M. 2000 . The cell : a moleculer approach, Second Edition.

Washington D.C. USA.

Hans-Walter Heldt. 2005. Plant Biochemistry. Third edition. Elsevier

Academic Press. New York.

Hiram F. Gilbert. 2000. Basic Concepts in Biochemistry. Mc Graw-Hill. New

York.

Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed.

87
 BAB 06
MEMBRAN DAN SISTIM MEMBRAN DALAM SEL

Membran plasma mempunyai beberapa fungsi yang sangat penting untuk

kehidupan sel. Fungsi membran sel sebagai: penyekat, pemilih, pemilah,
dan pengatur. Selain itu membran plasma juga berperan sebagai tempat
terjadinya reaksi kimia, sarana komunikasi, penerima dan penerus
informasi serta fungsi-fungsi lainnya. Membran plasma mempunyai sifat-
sifat hidrofobik di bagian tengah dan sifat hidrofilik di permukaan luar
maupun permukaan sitosol. Membran plasma strukturnya disusun oleh
senyawa-senyawa lipida, protein, dan karbohidrat.
Sistem membran dalam atau membran sitoplasma atau membran interna
dibutuhkan oleh sel-sel yang berukuran besar, hal ini terkait dengan
kebutuhan protein atau enzim-enzim yang diperlukan untuk aktivitas sel.
Terbentuknya membran dalam dikarenakan adanya proses invaginasi
maupun evaginasi berulang-ulang dari membran sel. Sifat-sifat fisik
maupun struktur molekul membran dalam tidak tepat sama seperti
membran sel. Membran sitoplasma membagi sitoplasma menjadi beberapa
ruangan (kompartemen) yang ditinjau dari segi fungsinya berbeda-beda.
Ruangan-ruangan beserta membran pembatasnya disebut organela.
Organella tersebut antara lain adalah retikulum endoplasma (RE),
kompleks golgi, lisosom, badan-badan mikro,nukleus, ribosom,
mitokondria dan kloroplas. Semua organel tersebut terdapat pada sel
tumbuhan dan sel hewan kecuali kloroplas yang hanya terdapat pada sel
tumbuhan. Organel-organel yang membentuk sistem kita bicarakan pada
bab-bab khusus dalam buku ini seperti ribosom & nukleus yang terkait
dengan sistim ekspresi gen atau sintesa protein; kloropas & mitokondria
yang terkait dengan sistem konversi enerji.

88
fosfatase asam. Oleh karena itu, enzim ini dinyatakan sebagai enzim
penanda lisosoma.
Rangkuman
Membran sel dan membran dalam sel (membran interna) memiliki struktur
dasar yang hampir sama yaitu tersusun oleh protein, lipida dan karbohidrat
dalam bentuk Membran interna membagi sitoplasma menjadi beberapa
kompartemen yang ditinjau dari segi fungsinya berbeda-beda.
Kompartemenk-kompartemen beserta membran pembatasnya disebut
sebagai organel. Fungsi membran sel sebagai: penyekat, pemilih, pemilah,
dan pengatur. Selain itu membran plasma juga berperan sebagai tempat
terjadinya reaksi kimia, sarana komunikasi, penerima dan penerus informasi
serta fungsi-fungsi lainnya.

DAFTAR PUSTAKA
Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Karp, Gerald. 2008. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments.
John Wiley and Sons, Inc. 5th Ed.

109
 BAB 7
NUKLEUS DAN ASAM NUKLEAT

Salah satu yang membedakan antara sel prokariot dengan eukariot adalah
membran plasma, organel sel yang memiliki membran plasma rangkap
adalah Kloroplas, Mitokondria dan Nukleus. Nukleus adalah organel sel
yang memiliki membran plasma rangkap yang memyelimuti nukleoplasma
membentuk suatu kesatuan. Membran-plasma rangkap diberi nama
selubung nuklear dengan membran ke arah nukleoplasma disebut
membran-dalam dan yang mengarah ke sitoplasma disebut membran-
luar. Di dalam nukleoplasma terdapat bentukan satu atau lebih yang
disebut nukleoli (anak inti), dan bahan pembawa informasi genetik yang
terdapat dalam nukleus disebut asam nukleat. Anak inti dan materi genetik
terdapat di dalam suatu cairan yang disebut matriks nuklear.
Nukleus umumnya berbentuk bola atau gelendong. setiap sel umumnya
memiliki sebuah nukleus. Sel prokariot tidak memiliki nukleus sejati. Materi
genetik sel prokariot terkumpul di bagian tengah sel namun, tidak
dipisahkan dari sitoplasma oleh selubung nuklear. Daerah tempat
terkumpulnya materi genetik sel prokariot disebut nukleoid. selubung
nuklear merupakan salah satu pembeda antara sel-sel eukariot dari sel-sel
prokariot. Letak nukleus di dalam sel bervariasi, kadang agak ke tepi,
kadang hampir di tengah. Nukleus tidak dapat bergerak bebas, karena
terperangkap di dalam jaring-jaring yang terbuat dari filamen intermedia
dan mikrofilamen. Jaring-jaring ini terletak di sebelah menyebelah selubung
nuklear. Bagian jaring-jaring yang berada di permukaan nukleoplasmik
selaput-dalam disebut lamina nuklear dan berperan sebagai penyangga
selaput-dalam.

110
 BAB 8
RIBOSOM DAN SINTESIS PROTEIN

Kita mengenal ribosom sebagai multimolekul yang berperan sebagai

tempat sintesis protein, sekaligus merupakan “mesin” yang mengatur dan
memilih komponen-komponen yang terlibat dalam sintesis protein.
Struktur ribosom secara umum mempunyai komposisi 60% rRNA dan 40%
protein basa, yang tersusun secara kompleks oleh lebih dari 50 jenis protein
yang berbeda. Dalam ribosom terdapat tRNA yang merupakan jenis RNA
yang terdapat terbanyak diantara jenis RNA yang dikenal. Jumlah ribosom
di dalam suatu sel sangat banyak dan berbeda-beda sesuai dengan jenis
organismenya. Misalnya pada bakteri yang sedang tumbuh mengandung
sekira 20.000 ribosom. Struktur ribosom merupakan butir globular dengan
garis tengah sekitar 150-200 Å. Ribosom ini ditemukan dalam semua sel
prokariot dan eukariot. Pada sel prokariot, ribosom terdapat bebas di
sitosol, sedangkan pada sel eukariot terdapat bebas di sitosol, matriks
mitokondria, stroma kloroplast, atau menempel pada permukaan sitolik
membran retikulum endoplasma (RE). Hubungan struktural antara RE
dengan ribosom membentuk RE-Granular (REG) yang juga sering disebut
ergastoplasma. Seringkali pula terlihat lingkaran-lingkaran kecil yang
terdiri dari beberapa buah ribosom, bentukan semacam ini disebut
polisom. Pengamatan terhadap ribosom ini yang diisolasi dan diwarnai
dengan teknik pewarnaan, menunjukkan bahwa ribosom terdiri dua bagian
yang tidak sama besar, satu kecil yang lainnya besar. Diketahui juga bahwa
ribosom prokariot lebih kecil daripada ribosom eukariot.
Pokok-pokok bahasan
8.1 Struktur ribosom
8.2 Fungsi ribosom pada sintesa protein
128
ke sitosol, sedangkan ribosoma meninggalkan mRNA, dan segera terurai
menjadi subunit besar dan kecil.
Kodon-kodon yang terdapat pada sebuah mRNA, dapat diterjemahkan oleh
beberapa buah ribosoma dengan tRNAnya. Penerjemahan ini berlangsung
dengan beruntun, sehingga terbentuklah untaian ribosoma, yang disebut
poliribosoma atau polisoma. Perlu diingat bahwa dari sebuah mRNA hanya
terbentuk satu jenis polipeptida.

Daftar Pustaka
Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Alberts, B., Bray, D.,Hopkin,K, Johnson,A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and
Walter, P. 2009. Essential Cell Biology, 3rd ed. Garland Science.

Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed

Cooper, G.M. 2000 . The cell : a moleculer approach, Second Edition.

Washington D.C. USA.

134
 BAB 9
MITOKONDRIA DAN KLOROPLAS ORGANEL BIOKONVERSI ENERJI

Organel sel mitokondria dan kloroplas merupakan organel penting sebagai

biokonversi enerji Ternyata proses-proses biokimia di dalam sel
berdasarkan atas hukum kimia dan fisika yang kita kenal. Pertumbuhan dan
pembelahan sel ternyata sangat bergantung pada tersedianya enerji kimia
yang dapat digunakan. Enerji ini berasal dari enerji kuanta cahaya yang
oleh tumbuhan melalui proses fotosintesis diubah menjadi monosakarida,
disakarida atau polisakarida, proses tersebut kita kenal terjadi di dalam
organel sel kloroplas. Diantara senyawa ini digunakan sebagai makanan
oleh tumbuhan, hewan dan mikroba. Perlu kita fahami molekul makanan
tersebut diubah menjadi biomolekul lain dan bentuk enerji di dalam sel
makhluk hidup. Kita pelajari dalam biokimia, enerji yang tersimpan dalam
molekul makanan sebagian besar ada dalam ikatan kovalen senyawa
karbon yang tereduksi. Enerji ini dilepaskan ketika molekul tersebut
mengalami perubahan oleh reaksi oksidasi-reduksi menjadi senyawa
karbon dengan derajat oksidasi yang lebih tinggi. Pada makhluk hidup
umumnya oksigen (O2) merupakan oksidator utama, Hasil oksidasi
sempurna seperti molekul monosakarida atau glukosa menjadi CO2 + H2O.
Sebagian dari proses ini kita kenal terjadi di dalam organel sel mitokondria.
Pokok-pokok bahasan
9.1 Biokonversi energi
9.2 Mitokondria mengkonversi energi kimia menjadi ATP
9.3 Kloroplas mengkonversi energi foton cahaya menjadi energi kimia
9.1 Biokonversi energi
Organel sel mitokondria dan kloroplas merupakan organel penting sebagai
biokonversi enerji. Ternyata proses-proses biokimia di dalam sel
135
Rangkuman
Metabolisme di dalam kloroplas terjadi yang kita kenal sebagai proses
fotosintesis dimana molekul H2O mengalami proses fotolisis dengan
menyerap enerji foton dari cahaya dan proses fiksasi CO2 menjadi glukosa
dan karbohidrat melalui proses siklus Calvin-Benson yang dikenal sebagai
reaksi gelap. Proses fotosintesis ini difahami sebagai proses konversi enerji
dari enerji cahaya atau enerji foton dirubah menjadi enerji kimia dalam
berntuk molekul glukosa-karbohidrat. Persamaan reaksi sederhana biokimia
pada fotosintesis dapat kita tuliskan sebagai :
CO2 + H2O →O2 + glukosa (enerji dalam bentuk kimia)
Metabolisme di dalam mitokondria kita kenal sebagai proses respirasi yang
terjadi dalam beberapa tahapan dimana enerji kimia hasil fotosintesis
diubah menjadi enerji ikatan kimia yang kita kenal sebagai enerji dalam
bentuk Adenosin TriFosfat (ATP) yang siap digunakan untuk metabolisme di
dalam sel. Persamaan reaksi sederhana biokimia pada fotosintesis dapat
kita tuliskan sebagai :
O2 + glukosa→ CO2 + H2O + enerji
Dari kedua persamaan sederhana biokimia tersebut sesungguhnya adalah
persamaan kimia yang bolak-balik dan berlaku hukum termodinamika yang
kita kenal sebagai enerji tidak bisa diciptakan dan hanya dapat dirubah dari
satu bentuk ke bentuk lainnya.
.
DAFTAR PUSTAKA
Alberts, B., Bray, D.,Hopkin,K, Johnson,A., Lewis, J., Raff, M., Roberts, K. and
Walter, P. 2009. Essential Cell Biology, 3rd ed. Garland Science.

Albert, B., Johnson, A., Lewis, J., Raff, M., Robert, K. And Walter, P. 2008.
Moleculer Biology of The Cell. 5rd. Ed. Gardland Publ. New York.

Cooper, G.M. 2000 . The cell : a moleculer approach, Second Edition.

Washington D.C. USA.

Hiram F. Gilbert. 2000. Basic Concepts in Biochemistry. Mc Graw-Hill. New

York.

Karp, G. 2013. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. John
Wiley and Sons, Inc. 7th Ed.

154