Soekarno yang murka karena hal itu mengutuk tindakan demonstrasi anti-
Indonesian yang menginjak-injak lambang negara Indonesia[6] dan ingin
melakukan balas dendam dengan melancarkan gerakan yang terkenal dengan nama
Ganyang Malaysia.
Berikut ini adalah kronologi konfrontasi Indonesia - Malaysia:
Awal mula terjadinya konfrontasi antara Indonesia dengan Malaysia adalah karena
adanya rencana Federasi Malaya atau Persekutuan Tanah Melayu yang didukung
Inggris mengumumkan penggabungan Brunei, Sarawak, dan Sabah ke dalam
Federasi Malasyia, yang mana tindakan tersebut merupakan pelanggaran atas
Persetujuan Manila yang ditandatangani oleh Indonesia, Filipina dan Federasi
Malasyia. Dukungan Inggris tersebut diberikan karena Inggris mempunyai
kepentingan atas Malaysia dan daerah sekitarnya, serta dengan dasar mempunyai
perjanjian pertahanan bersama dengan Malaysia.
Rencana Federasi Malaya atau Persekutuan Tanah Melayu yang didukung Inggris
tersebut kemudian ditentang oleh Pemerintahan Indonesia. Presiden Soekarno yang
merupakan Presiden Indonesia menentang rencana tersebut karena penggabungan
tersebut akan menambah kontrol Inggris di kawasan Kalimantan yang masih
berkeinginan untuk melakukan penjajahan di wilayah nusantara sehingga
berpotensi membahayakan kemerdekaan Indonesia. Presiden Soekarno berang dan
mengecam Malaysia sebagai boneka imperialis Inggris.
Pemerintah Indonesia dan juga pemerintah Filipina yang mempunyai kepentingan
atas rencana Malaysia tersebut kemudian menyatakan sikapnya bahwa kedua
negara ini akan mengakui penggabungan tersebut apabila disetujui oleh mayoritas
rakyat dari daerah yang akan digabungkan melalui sebuah referendum yang
diselenggarakan oleh PBB.
Namun sebelum hasil dari referendum diumumkan malasyia telah mengumumkan
penggabungan tersebut dengan alasan penggabungan dan pembentukan federasi
Malasyia sebagai masalah dalam negeri, tanpa tempat untuk turut campur orang
luar. Namun pemerintah Indonesia berpendapat lain karena pengumuman
pembentukan dan penggabungan sepihak itu adalah bentuk pelanggaran
persetujuan Manila dimana Indonesia adalah salah satu pihak yang berkepentingan
dalam persetujuan tersebut.Karena pengumuman sepihak tersebut, pemerintah
Indonesia kemudian mengumumkan konfrontasi dengan Malasyia melalui perintah
Dwi Komando Rakyat (Dwikora) pada tanggal 3 Mei 1964 di Jakarta
Perintah Dwi Komando Rakyat (Dwikora) yang dikeluarkan Presiden Soekarno
berisi: