6.

INTERAKSI GEN o Missal : metabolism

 Sebagian besar fenotipe

dikendalikan o/ banyak gen
 Gen-gen saling berinteraksi
membentuk protein dan fenotipe
 Selain itu, interaksi gen dan o Interaksi antar lokus =
lingkungan juga berperan dalam epistasis
penampilan fenotipe
 Penyimpangan nisbah Mendel
disebabkan oleh :
o Interaksi antar alel
o Interaksi antar lokus
o Keterpautan antar lokus
o Pewarisan sitoplasmik
 Interaksi antar alel o 3 bentuk interaksi epistasis
o Akibat nya : nisbah fenotipe F2  Komplementasi
sama dengan nisbah  Fungsi gen dari satu
genotipenya yaitu 1:2:1 lokus akan diperlukan o/
 Interaksi antar lokus gen dari lokus lain
o Jika 2 gen/ lebih yang berbeda  Nisbah 9:7
lokus berinteraksi dalam ex : pembentukan HCN
membentuk satu fenotipe pada tanaman Clover
o Aksi gen-gen dari satu lokus
dapat menutupi pengaruh dari
gen-gen pada lokus yang lain  Nisbah 9:3:4 (epistasis
o Suatu fenotipe merupakan hasil resesif)
suatu proses metabolism yang ex : warna bunga Linaria
setiap tahapnya terdapat satu maroccana (ungu,
gen yang terlibat
o Diperlukan sederetan gen
 merah, putih) gandum

 Duplikasi
 Modifikasi  Interaksi berlangsung
 Kegiatan satu gen karena 2 gen
menekan atau merubah menghasilkan bahan
hasil aktivitas gen yang sama, dan fenotipe
lainnya yang sama
 Nisbah 13:3  Nisbah 15:1
ex : pembentukan warna ex : sifat bulu pada
aleuron jagung cakar ayam

 Nisbah 7:6:3 7. KETERPAUTAN

ex : warna bawang
 Sangat penting dalam penelitian
Bombay
pemuliaan, utamanya penelitian
molekuler
 Pemetaan fisik (DNA) biasanya
diawali dengan peta genetic
 Nisbah 12:3:1 (epistasis  Keterpautan
dominan) o Bateson dan RC Punnet,
- kedua gen bekerja persilangan dihibrid antar
menghasilkan produk tanaman “Sweet Pea” :
yang berbeda
- produk salah satu gen
tersebut menutupi
penampilan produk
lainnya
ex : warna sekam
o Bateson dan Punnet menduga gen
dominan untuk bunga ungu dan o Hipotesis Morgan : kedua pasang

tepungsari panjang cenderung gen pada coupling ada pada

tetap bersama-sama, demikian pasangan kromosom homolog

juga bunga merah dan tepung

sari bulat
o Morgan menemukan
penyimpangan serupa dari Hukum
Mendel II, 2 pasang gen
autosom pada drosophila

o Morgan menghipotesiskan bahwa

ketika kromosom homolog
berpasangan pada meiosis
terjadi pertukaran fisik antar
potongan kromosom yang disebut
 pindah silang o Stutevant, mahasiswa Morgan

o Lambing keterpautan o 1 UM (unit map) genetic = 1% =

RF
o Peta genetic = suatu contoh
hipotetik berdasarkan analisis
genetic
o Pembuatannya tanpa mengenal
atau berdasarkan struktur
kromosom

o Coupling : satu tetua o Uji silang 3 titik : u/ melacak

memberikan kedua gen dominan keterpautan melibatkan lebih

dan tetua yang lain memberikan dari 2 pasang gen heterozigot

kedua gen resesif = cis o Ciri pindah silang ganda

 Jarak genetic hasil
perhitungan tidak sama
dengan hasil penjumlahan
 Ada genotype turunan hasil
o Repulsion : satu tetua test cross mempunyai angka
memberikan satu gen dominan kecil
dan satu gen resesif dan tetua o Interferensi (I) : efek pindah
yang lain memberikan gen silang di satu daerah
dominan dan resesif yang lain = memengaruhi pindah silang di
daerah lainnya
o Koefisien (Cc) : I= 1-CC
o Pada studi pindah silang tiga gen
trans terpaut kelas rekombinan ganda
 Pemetaan gen paling jarang terjadi sehingga
dengan diketahuinya ini, urutan
 ketiga gen bisa langsung diketahi  Substitusi pasangan basa
tanpa harus menghitung jarak  Transisi
map purin -> purin (AT)
o Faktor yang memengaruhi pirimidin -> pirimidin (GC)
frekuensi rekombinan  Transversi
 Jarak antar lokus purin -> pirimidin
 Posisi sentromer terhadap pirimidin -> purin
lokus  Berdasarkan perubahan
 Control gen asam amino ekspresinya
 Suhu yang ekstrim o Mutasi bisu
 Penggunaan bahan kimia/ o Mutasi rubah arah
radiasi o Mutasi hilang arah
 Penambahan/ pengurangan
8. MUTASI
pasangan basa
 Bermanfaat u/ penelitian yang  Mutasi rubah kerangka
berhubungan dengan mutasi  Banyaknya asam amino
(utamanya mutasi induksi) yang berubah dan
 Mutasi = suatu perubahan yang perubahan panjangnya
terjadi pada bahan genetic yang polipeptida
menyebabkan perubahan  Mutasi kromosom
ekspresinya o Struktur kromosom
 Perubahan ini dapat terjadi pada
tingkat pasangan basa, satu ruas
DNA, atau kromosom
 Berdasarkan besar kecilnya jumlah
nukleotida DNA yang berubah,
maka mutasi dapat dikelompokkan  Delesi
menjadi : mutasi gen/titik dan  diidentifikasi
mutasi kromosom
 Mutasi gen (titik) o
o Letal -> homozigot
o Terjadi akibat perubahan pada
delesi
satu pasang basa DNA suatu gen
o Pseudodominan : delesi
o Terdapat 2 mekanisme, yaitu :
terjadi pada alel
 dominan yang o u/ mempelajari tingkah
heterozigot sehingga laku kromosom seperti
fenotipe resesifnya efek posisi sentromer
akan muncul pada cara berpasangan,
 Akibat rekombinasi, dan efek
o Kematiaan (letal) posisi individu lokus
apabila terjadi
homozigot delesi
o Pada tumbuhan,
menyebabkan polen
tidak berfungsi
(abortil)
 Duplikasi
 Identifikasi

o
 Inversi
 Parasentrik : sentromer
terletak di luar daerah
intervensi
 Perisentrik : sentromer
terletas di dalam daerah
inversi
 Akibat
o Inversi parasentrik
menyebabkan aborsi
polen, tidak pada ovul  Translokasi
o Inversi perisentrik  Terjadi pada 2 kromosom
menyebabkan polen yang bukan homolognya
tidak dapat hidup dan  Saat meiosis terjadi
aborsi pada beebrapa perpasangan yang tampak
kantung embrio bentuk + pada pakiten
 Kegunaan atau bentuk lingkaran
 pada anaphase  Haploid = n :
banyaknya kromosom
dalam gamet
 Steril
 Jika terjadi meiosis,
peluang memperoleh
semua krmosom
 Dua tipe segragasi menuju salah satu
kutub
 Tumbuhan haploid
dapat diperoleh
 Cara spontan,
telur yang tidak
 Akibat dibuahi -> jagung
o Mengurangi produksi  Anggota kecambah
tanaman karena kembar pada cabai
semistreil  Tidak terjadi fusi
o Selalu heterozigot pada antara nucleus
oenothera (akibat telur dan sperma -
positif) > kapas
o Banyaknya kromosom  Kultur antera
 Euploidi (cara buatan) ->
 Mutasi kromosom berupa padi
perubahan set kromosom  Kegunaan tanaman
(x) monoploid
 1x : monoploid atau  Metode cepat u/
haploid membuat galur inbrs
o Tumbuhan yang hanya (homozigot)
mempunyai satu set inbred : tangkar
kromosom (x) dalam u/ membuat
 Monoploid = X : varieta hibrida
banyaknya kromosom
per set
  Mempelajari sifat o Semua set kromosom
yang dikendalikan gen berasal dari satu
resesif spesies
 2x : diploid o Secara spontan :
 3x : triploid 2x -> 4x
o Dihasilkan dengan cara o Buatan : memberi
kolkisin
o Akibat : ukuran
tanaman lebih besar
(bunga, daun, stomata)
o Digunakan dalam
karena masalah
pemuliaan tanaman yang
berpasangan pada
diambil hasilnya dari
meiosis -> segregasi
bagian vegetative dan /
tidak seimbang
atau umbi/ akarnya.
o u/ setiap kromosom,
Juga u/ tanaman buah
peluang u/ menghasilkan
yang tidak berbiji
gamet salah satu 2x
(semangka), tetapi juha
atau x ->
u/ tanaman tertentu
o Kegunaan : u/
yang menghasilkan biji
menghasilkan buah
(rye)
tanpa biji seperti
o Penemuan kolkisin,
semangka, pisang
suatu ekstrak alkaloid
 4x : tetraploid
dari tanaman Colohicum
 5x : pentaploid
automale sangat
 6x : heksaploid
membantu dalam
 Poliploidi = suatu keadaan
pembuatan
dalam mana individu
autopoliploidi
mempunyai lebih dari 2
o Bermanfaat dalam
saet kromosom (genom)
menimbulkan keragaman
dalam sel somatiknya
genetic
 Autopolyploid (spesies
o Menimbulkan rasio
sama)
genetic yang kompleks
 o Tanaman resesif jarang
muncul pada poliploidi
daripada bentuk diploid,
sehingga mutan gen
resesif yang mematikan
(letal) tertutupi o/ efek
dominan
o Mempunyai peranan
penting dalam evolusi
spesies tanaman

o Umumya mempunyai
sifat lebih vigor dan
mempunyai ukuran
morfologi yang lebih
besar daripada bentuk
diploid
o Fertilitas yang rendah/
jumlah biji lebih sedikit
darip bentuk diploid
 Alopoliploid (spesies
berbeda)  Aneuploidi
 Individu yang memiliki
jumlah kromosom berbeda
dari kelipatan ganda
komponen kromosom
haploid dalam sel
somatiknya
 Penambahan atau  Asal asul : gagal berpisah
pengurangan satu/
beberapa kromosom
 Nulisomik : kehilangan 2
kromosom homolog (2n-2)
o Umumnya letal
 Monosomik : kehilangan 1
kromosom (2n-1)
o Umumnya menimbulkan
sifat buruk karena
 Banyaknya kromosom  Faktor penyebab mutasi

menjadi tidak o Mutasi spontan

seimbang  Perubahan tautomerik

 Setiap gen resesif  Mutasi titik dapat terjadi

yang kurang secara spontan akibat

menguntukngkan akan kesalahan dalam proses

muncul pemasangan basa pada

o Kegunaan : menentukan saat replikasi, atau

lokasi gen resesif pada kesalahan dalam proses

kromosom koreksi ketepatan

 Trisomik : tambahan 1 pemasangan basa

kromosom (2n+1)  Elemen loncat

o Dikenali dengan nisbah  Barbara McLintock

 1A : 2Aa : 2a : 1aa  Mempunyai frekuensi yang

o Kegunaan : menentukan paling besar dalam mutasi

lokasi gen resesif pada spontan

kromosom  Terdiri dari 2 lokus, Ac

 Tetrasomik : tambahan 2 (activator) dan lokus Ds

kromosom (2n+2) (dissociation)

 Transposisi
 Proses perpindahan
elemen loncat =
transposisi yang
 dikendalikan o/ enzim  Trdapat pewarisan sifat yang
transposase dikendalikan o/ gen yang ada di luar
 Kesalahan dalam mitosis dan inti/ gen maternal = pewarisan
meiosis ekstrakromosomal
 Terjadi penggandaan  Pembuktiannya dengan hasil
kromosom o Zuriat hasil persilangan berbeda
 Non-disjunction dengan zuriat hasil persilangan
o Mutasi akibat rangsangan resiprokalnya
 Mutasi akibat bahan kimia o Sifat diwariskan melalui tetua
 Mutasi fisik betina
 Radiasi sinar gamma o Tidak terjadi segregasi u/ sifat
 Radiasi sinar ultraviolet tsb
 Mutasi biologis o Nisbah segregasi tidak
 Penyisipan gen o/ virus mengikuti hukum Mendel
 Penyisipan gen o/ bakteri o Pewarisan ekstrakromosomal
Agrobacterium  Efek maternal
tumefaciens -> rekayasa  Pewarisan sitoplasmik
genetik  Efek maternal
o Efek tetua betina kepada
9. PEWARISAN
zuriatnya
EKSTRAKROMOSOMAL
o Masa pengaruhnya pendek
 Berhubungan dengan studi o Biasanya dibawa o/ bahan yang
pewarisan sifat dihasilkan o/ tetua betina,
 Mendel melakukan penelitian diteruskan ke zuriatnya
pewarisan pewarisan sifat o Ex : pewarisan ulir cangkang
kualitatif keong air Limnaea
 Zuriat hasil persilangannya sama
dengan zuriat hasil perilangan
resiprokalnya
 Tetua betina memberikan
sitoplasma dan setengah genomnya
ke zuriat hasil zigot
 o Arah ulir cangkang keong o Terdapat 3 mandul jantan
merupakan penampilan genotype (strilitas)
bukan fenotipe tetua betinanya  Mandul jantan sitoplasmik
o Berpengaruh pada individu genik
zuriatnya dan berlaku hanya satu
generasi saja
o Ex : rasa pahit pada tanaman
lupin

 Sifat mandul jantan yang

dikendalikan o/ interaksi
sitoplasma (penyebab
mandul) dan gen pemulih
fertilitas dalam inti
 sterilitas akan terjadi jika
dalam sitoplasma steril dan
gen pemulih tidak ada
o Fenotipe biji sama dengan induk  Sterilitas terjadi karena
yang menghasilkan, karena ketidakseimbangan nucleus
bagian dari biji berasal dari dan sitoplasma akibat
jaringan induk. Kecambah adalah terjadi persilangan antar
bagian dari jaringan maternal spesies
dan menampakkan sifat tetua  Kesetimbangan akan pulih
betinanya pada generasi berikutnya
 Pewarisan sitoplasmik jika terjadi mutasi pada
o Sifat mandul jantan banyak nucleus yang menghasilkan
ditemukan dalam spesies alel pemulih
tumbuhan  Pemulia tanaman telah
o Melibatkan mitokondria dan/ berhasil memindahkan
atau kloroplas sterilitas antar spesies
o Mandul jantan sitoplasmik dengan cara persilangan
disebabkan adanya sitoplasma interspesifik
steril
  Dalam persilangan antar  Sitoplasma fertilnya belum
spesies, alel pemulih bisa diidentifikasi
dipindahkan / mungkin tidak
10. PENGANTAR GENETIKA
bisa dipindahkan dari
POPULASI
spesies donor ke spesies
penerima Pengantar genetika populasi
 Yang berhubungan dengan bermanfaat menjembatani pola piker
system fenotipe polen dari genetika kualitatif ke genetika
o Sporofitik berkaitan kuantitatif
dengan genotype tetua
 Frekuensi genotype dan frekuensi
polen
alel
o Gametofitik berkaitan
o Populasi
dengan genotype polen
= kumpulan individu sejenis yang
 Ex : sitoplasmik genik pada
menempati habitat tertentu
bawang, warna daun
= kumpulan individu yang
variegate pada bunga
membentuk kumpulan gen (gene
Mirabilis jalapa, warna daun
pool) yang merupakan kumpulan
pada Jagung-lojap,
gamet reproduktif dari suatu
tembakau
generasi dan dapat digunakan
 Mandul jantan sitoplasmik
untuk membentuk generasi
 Gen pemulihnya belum
selanjutnya
diidentifikasi
o Individu dalam populasi dating
 Hanya dikendalikan o/
dan pergi, tetapi gen tetap
sitoplasma maternal,
sepanjang waktu
sehingga sterilitas ini hanya
o Frekuensi genotype & frekuensi
ditemukan pada zuriat
alel (atau frekuensi gen)
tanaman dari induk yang
= karakteristik genetic suatu
mandul jantan saja
populasi
 System mandul jantan ini
o Frekuensi genotype
stabil
= nisbah individu bergenotipe
 Ex : kubis (Brassica
tertentu terhadap keseluruhan
oleracea)
individu dalam populasi
 Mandul jantan genik
 o Frekuensi alel  Mutasi yang lazim terjadi,
= nisbah alel tertentu terhadap yaitu dari alel dominan ke
keseluruhan alel dalam populasi alael resesif
o Dengan mengambil model diploid,  Seleksi
frekuensi genotype homozigot = kondisi/ tindakan yang
dominan dan homozigot resesif memngakibatkan genotype
berturut-turut dilambangkan tertentu bertahan dalam
dengan P, Q, H populasi, sedangkan genotype
o Frekuensi suatu alel dengan lainnya tersingkir
model diploid dilambangkan  Migrasi
dengan p, sedangkan frekuensi = perpindahan individu keluar/
alel pasangannya dilambangkan q masuk ke dalam populasi
o Dalam populasi HWeq, kawin
acak berjalan sempurna,
sehingga sesuai dengan teori
peluang, maka frekuensi
 Keseimbangan Hardy-Weinberg genotype pada generasi
o Dalam populasi besar alami, tiap berikutnya merupakan hasil
individu memiliki peluang yang penggandaan frekuensi alel yang
sama untuk kawin antar individu membentuknya
dalam populasi tersebut (kawin o Oleh karena itu, bila diketahui
acak) dan tidak ada faktor yang frekuensi alel suatu populasi
mengakibatkan terjadinya dengan model diploid adalah p
perubahan frekunsi genotipe dan q, maka frekuensi genotype
ataupun frekuensi alelnya, maka homozigot dominan (P),
frekuensi genotype dan homozigot resesif (Q), dan
frekuensi alel populasi akan heterozigot (H) pada generasi
tetap sepanjang generasi berikutnya
= populasi HWeq
o Faktor pengubah frekuensi alel
 Mutasi
= perubahan genetic suatu alel
menjadi alel baru o Bila tidak ada keterpautan
(lingkage), kondisi HWeq akan
 tercapai setelah satu kali kawin HWeq frekuensi genotypenya
acak mencerminkan frekuensi alelnya
o Bila suatu populasi frekuensi  Perubahan frekuensi alel
genotipenya tidak berubah o Mutasi
setelah satu kali kawin acak,  Mutasi gen yang
maka konstitusi genetic awal mengakibatkan suatu alel
populasi sudah HWeq berubah menjadi alel „baru‟
o Bila frekunsi genotype setelah  Mutasi teru-menerus dari
satu kali kawin acak berubah, suatu alel akan mengubah
maka populasi awalnya belum frekuensi alel secara lambat
HWeq dan frekuensi genotype kea rah alel mutan
sesudah kawin acak merupakan  Mutasi biasanya dari alel
konstitusi genetic populasi dominan menjadi alel resesif
setalh HWeq  Mutasi di alam terjadi dalam
o Konstitusi genetic populasi frekuensi yang sangat rendah,
setalh HWeq tercapai tidak sehingga pengaruh mutasi
berubah sepanjang generasi pada perubahan frekuensi alel
selama faktor pengubah sangat kecil
frekuensi alel tidak bekerja  Peran utama mutasi dalam
o Populasi dengan frekuensi perubahan evolusi bukan
genotype awal berbeda akan mengubah frekuensi alel
mencapai HWeq pada frekuensi tetapi menyediakan sumber
genotype sama bila frekuensi keragaman genetic secara
alelnya sama terus-menerus
o Yang menentukan konstitusi o Seleksi
genetic populasi HWeq adalah  Kondisi/tindakan yang
frekuensi alel, bukan frekuensi mengakibatkan genotype
genotype tetua tertentu bertahan dalam
o Dalam populasi HWeq bila populasi sedangkan genotype
frekuensi salah satu genotipenya lainnya tersingkirkan
diketahui, maka frekuensi  Kekuatan utama yang dapat
genotype yang lainya dapat menimbulkan perubahan
diduga, karena pada populaisi frekuensi alel dalam populasi
 Pengaruh seleksi dapat diukur suatu genotype terhadap
dengan membandingkan jumlah fitness terbesar dari
individu sebelum dan sesusah genotype dalam populasi
seleksi  Koefisien seleksi (s)
 Hal tersebut merupakan = ukuran kekuatan yag bekerja
ukuran fitness atau daya pada masing-masing genotype
hidup dari suatu genotype u/ menurunkan nilai
dalam populasi adaptifnya
 Fitness menggambarkan = ukuran tingkat kegagalan
keberhasilan suatu genotype sautu genotype u/ hidup atau
mewariskan gametnya ke berkembangbiak
generasi berikutnya  Hubungan koefisien seleksi
 Faktor yang memengaruhi dengan fitness suatu individu
fitness, yaitu fertilisasi
dalam populasi
relative, mekanisme
 Bila koefisien seleksi
penyerbukan, toleransi
diketahui maka perubahan
terhadap kekeringan/cekaman
frekuensi alel yang
abiotic lainnya, serangan
disebabkan tekanan seleksi
penyakit dan hama
terhadap genotype dalam
 Nilai fitness suatu genotype
populasi dapat diduga
ditentukan berdasarkan
 Populasi dengan konstitusi genetic
banyaknya individu yang hidup
khusus
sebelum dan sesudah faktor
yang memengaruhi fitness 11. PENGANTAR GENETIKA
bekerja KUANTITATIF
 Fiteness relative (W)
 Pentingnya mempelajari sifat
mengukur keberhasilan
kuantitatif :
relative suatu genotype u/
o Karena kebanyakan sifat tanaman
hidup dibandingkan genotype
yang benilai ekonomis tinggi
lainnya dalam populasi yang
adalah sifat kuantitatif
sama
o Sifat kuantitatif dipengaruhi
 Fitness relative tiap genotype
lingkungan
ditentukan dari rasio fitness
 o Metode pemuliaan yang digunakan o Hubungan ini menggambarkan
dapat dibantu dengan adanya seberapa jauh fenotipe yang
prediksi dari nilai heritabilitas tampak merupakan refleksi dari
o u/ kajian evolusi, pewarisan sifat, genotype
program seleksi o Misalkan dalam suatu populasi
 Perbandingan sifat kualitatif dan dijumpai ragam genetic tinggi
sifat kuantitatif untuk suatu karakter, maka dapat
diramalkan turunan individu
terseleksi akan mirip dengannya
o Sesuai dengan komponen ragam
genetiknya, heritabilitas arti luar
(broad sense) dan heritabilitas
arti sempit (narrow sense)
o Heritabilitas arti luas
 Pendugaan heritabilitas = perbandingan anatara ragam
o Ragam genetic suatu populasi genetic total dengan ragam
sangat penting dalam pemuliaan, fenotipe
sehingga pendugaan besarannya
perlu dilakukan
o Ragam yang diukur dari suatu o Heritabilitas arti sempit
populasi untuk karakter tertentu = perbandingan antara ragam
= ragam fenotipe aditif dan ragam fenotipe

o Umumnya heritabilitas arti

sempit banyak mendapat
perhatian, karena pengaruh dari
tiap alelnya diwariskan dari tetua
kepada turunannya
o Hubungan antara ragam genotype o Metode untuk menduga nilai
dengan ragam fenotipe = heritabilitas, yaitu:
heritabilitas  Perhitungan ragam turunan
 Regresi parent-offspring
  Perhitungan analisis ragam dimana :
 Rancangan persilangan
o Nilai heritabilitas dikatakan
rendah, apabila <20%; cukup
tinggi 20%-50%; dan tinggi >50%
(tergantung metode dan populasi
yang digunakan)
o Perhitungan statistic sederhana
 Nilai tengah

 Menggunakan metode Mahmud-

 Ragam Kramer

 Metode Backcross-J. Warner

(heritabilitas arti sempit)
 Simpangan baku

 Koefisien keragaman dimana

o Pendugaan heritabilitas
menggunakan perhitungan ragam
turunan
 Menggunakan data populasi P1,
P2, F1, dan F2

 Kemajuan seleksi
o Apabila seleksi telah dilakukan
terhadap suatu populasi tanaman,
diharapkan turunan dari tanaman
terpilih akan memberikan hasil
yang lebih baik
o Selisih antara nilai tengah o Perbandingan antara jumlah
turunan hasil seleksi dengan nilai individu yang terseleksi dengan
tengah populasi yang diseleksi jumlah individu awal
= persentase seleksi
o Besarnya nilai intensitas seleksi
o Besarnya kenaikan hasil yang akan menurun seiring dengan
diperoleh dapat diperkirakan meningkatnya persentase seleksi
dengan menghitung kemajuan
seleksi secara teoritis
o Kemajuan genetic akibat seleksi

o Untuk dapat memperkirakan

besarnya kemajuan seleksi,
diperlukan pengertian secara baik
tentang populasi beserta
keragamannya dan pengetahuan
tentang besarnya angka
heritabilitas

dimana