MAKALAH BIOPROSES

“HOW CELLS GROW”

DISUSUN OLEH :

Cindy Tamara 03031281722045

Laila Reza Shintia 0303118172001
Tian Amalda Sabrina 03031281722065

DOSEN PENGAMPUH:
Dr. Ir. H. Syaiful, DEA.
(NIP. 195810031986031003)

JURUSAN TEKNIK KIMIA

UNSRI
INDRALAYA
2020
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kami haturkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, atas berkat
rahmat dan hidayahnya kami dapat menyelesaikan makalah ini dengan baik.
Makalah ini merupakan tugas mata kuliah Bioproses, membahas tentang “How
Cells Grow”. Harapan kami dengan membaca makalah ini pengetahuan para
pembaca dapat bertambah. Penulis menghaturkan banyak terima kasih kepada
semua pihak yang telah membantu dalam penulisan dan penyusunan, hingga dapat
membuat makalah ini dengan baik.

Pagaralam, April 2020

Penulis

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR........................................................................................ i
DAFTAR ISI....................................................................................................... ii
BAB I PENDAHULUAN
1.1. Latar Belakang..................................................................................... 1
1.2. Rumusan Masalah................................................................................ 2
1.3. Tujuan.................................................................................................. 2
1.4. Manfaat................................................................................................ 2
BAB II ISI
2.1. Quantifying Biomass............................................................................ 3
2.1.1. Cell Number Density...................................................................... 3
2.1.1.1. Electronic Particle Counter.................................................. 4
2.1.1.2. Viable Cell Counts (Petri Dish)............................................ 5
2.1.2. Konsentrasi Massa Sel................................................................... 5
2.1.2.1. Direct Methods...................................................................... 5
2.1.2.2. Indirect Methods................................................................... 6
2.2. Batch Growth Patterns......................................................................... 6
2.3. Biomass Yield....................................................................................... 10
2.4. Approximate Growth Kinetics and Monod Equation........................... 10
2.5. Cell Death Rate.................................................................................... 13
2.6. Cell Maintenance And Endogenous Metabolism................................. 14
2.7. Product Yield........................................................................................ 16
2.8. Kebutuhan Oksigen untuk Mikroorganisme Aerobik.......................... 17
2.9. Pengaruh Suhu..................................................................................... 19
2.10. Pengaruh pH....................................................................................... 21
2.11. Pengaruh Potensi Redox.................................................................... 22
2.12. Pengaruh Konsentrasi Elektrolit dan Substrat.................................... 22
2.13. Panas yang Dihasilkan oleh Pertumbuhan Mikroba.......................... 23
2.14. Gambaran Umum Model Kinetik Pertumbuhan Mikroba................. 24
2.14.1. Model Pertumbuhan Tidak Terstruktur...................................... 27

ii
 2.14.2. Model Tingkat Pertumbuhan Sederhana: Persamaan Monod.... 27
2.14.3. Model Jaringan Reaksi Sederhana (atau Metabolik Sederhana) 30
2.14.4. Jalur Metabolik Sederhana......................................................... 30
2.14.5. Model Cybernetic....................................................................... 31
2.14.6. Biologi Sistem Komputasi......................................................... 32
2.15. Analisa Kinerja Kultur Batch............................................................. 32
BAB III PENUTUP
3.1. Kesimpulan.......................................................................................... 34
3.2. Saran..................................................................................................... 34
DAFTAR PUSTAKA

iii
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

Sel-sel dalam biosintesis, juga disebut sebagai biomassa. Sel sel tersebut
mengkonsumsi dan membutuhkan nutrisi untuk tumbuh, berkembang, dan
menghasilkan lebih banyak lagi sel dan produk-produk penting lainnya.
Pertumbuhan adalah hasil dari replikasi dan perubahan dalam ukuran sel.
Mikroorganisme dapat tumbuh di bawah berbagai sifat fisik, kimia, dan kondisi
nutrisi. Dalam media nutrisi yang cocok, organisme mengekstrak nutrisi dari
medium dan mengubahnya menjadi senyawa biologis. Transformasi nutrisi
menjadi energi dan bioproduk dicapai melalui penggunaan sel dari sejumlah
enzim yang berbeda dalam serangkaian reaksi untuk menghasilkan produk
metabolisme seperti diuraikan dalam penjelasan sebelumnya. Produk ini bisa
tetap di dalam sel (intraseluler) atau dikeluarkan dari sel (ekstraseluler). Di
beberapa kasus, sel harus dilisiskan (pecah) dan kemudian produk dapat
dimurnikan dari keseluruhan kaldu (campuran reaksi). Secara teoritis,
pertumbuhan sel sangat rumit karena jalur metabolisme yang sangat rumit seperti
yang telah dipelajari.
Populasi mikroorganisme dalam biosfer kurang lebih selalu tetap dimana
pertumbuhan selalu diimbangi dengan kematian. Kelangsungan hidup kelompok
mikroba apapun ditentukan oleh keberhasilannya dalam persaingan untuk
makanan dan oleh adanya sekelompok sel yang dapat bertahan hidup selama masa
kekurangan makanan. Kini semakin jelas bahwa banyak mikroorganisme hidup
bersama dalam kelompok yang terdiri dari berbagai jenis genus. Mikroorganisme
yang di laboratorium sering kita sebut sebagai sel tunggal, membentuk koloni
kohesif di lingkungan alamiahnya. Pertumbuhan adalah peningkatan jumlah
komponen dari suatu organisme secara teratur. Dengan demikian, peningkatan
pada ukuran sel yang terjadi bila sel mengambil air atau menimbun lemak atau
polisakarida bukanlah pertumbuhan sejati. Perkembangbiakan sel adalah akibat
pertumbuhan, yaitu pada organisme uniseluler. Pertumbuhannya mengakibatkan
peningkatan jumlah individu yang merupakan anggota suatu populasi atau biakan.

1
Pembiakan adalah proses perbanyakan organisme dengan menyediakan keadaan
lingkungan yang tepat.
Sementara seseorang mungkin bisa menebak bagaimana sel-sel tumbuh
secara matematisdengan ekstrapolasi dari apa yang telah kita pelajari . kita akan
memeriksa pertumbuhan sel dari pengamatan eksperimental setelah
perkembangan alami atau pengembangan observatorium fisik. Dalam bab ini, kita
akan belajar bagaimana sel-sel tumbuh secara kuantitatif berdasarkan pengamatan
eksperimental, bagaimana kinetika yang sangat rumit dapat disederhanakan oleh
perkiraan-perkiraan yang ada, dan bagaimana kultur sel dan fermentasi
dimodelkan atau diprediksi secara kuantitatif.
1.2. Rumusan Masalah
1. Apa saja cara untuk melakukan perhitungan pertumbuhan sel?
2. Bagaimana sel dapat tumbuh?
3. Apa perbedaan intraseluler dan ekstraseluler?
4. Bagaimana kinetika dalam kultur sel dan fermentasi?

1.3. Tujuan Percobaan

1. Mengetahui cara untuk melakukan perhitungan pertumbuhan sel.
2. Mengetahui bagaimana sel dapat tumbuh.
3. Mengetahui perbedaan intraseluler dan ekstraseluler.
4. Mengetahui bagaimana kinetika dalam kultur sel dan fermentasi.

1.4. Manfaat Percobaan

1. Dapat mengetahui cara untuk melakukan perhitungan pertumbuhan sel.
2. Dapat mengetahui bagaimana sel dapat tumbuh.
3. Dapat mengetahui perbedaan intraseluler dan ekstraseluler.
4. Dapat mengetahui kinetika dalam kultur sel dan fermentasi?

BAB II

2
 PEMBAHASAN

2.1. Quantifying Biomass

Quantifying biomass didalam media kultur sangat penting kegunaannya
untuk penentuan kinetika pertumbuhan untuk mikroba. Metode yang dapat
digunakan dalam kuantifikasi konsentrasi sel dapat dilakukan secara langsung dan
tidak langsung. Dalam banyak kasus yang terjadi, penggunaan metode langsung
tidak layak karena keberadaan padatan tersuspensi atau senyawa pengganggu
lainnya (seperti misalnya, warna) dalam medium. Baik jumlah sel atau massa sel
dapat dikuantifikasi tergantung pada jenis informasi yang diperlukan dan sifat-
sifat sistemnya. Kombinasi dari dua pengukuran juga sering diinginkan.
2.1.1. Cell Number Density
Petroffe-Hausser atau hemositometer sering digunakan di penghitungan
sel langsung. Penentuan konsentrasi sel penting untuk mikrobiologi, biakan sel,
dan banyak aplikasi yang membutuhkan penggunaan dari larutan sel. Seringkali
densitas sel suatu larutan dapat ditentukan secara spektrofotometrik. Namun
bentuk penentuan seperti itu tidak dapat menentukan viabilitas sel dan jenis sel.
Hemasitometer adalah suatu ruang kaca dengan sisi yang menjulang dan kaca
penutup yang akan menahan cairan tepat 0.1 mm dari atas lantai ruang kaca.
Ruang hitung memiliki total luas permukaan 9 mm 2. Gambar di bahwa ini
menunjukkan dimensi dari suatu hemasitometer.

Gambar 2.1. Hemasitometer

Sumber : (Todar, 2003)
Di dalam metode ini, kotak dikalibrasi ditempatkan di atas ruang kultur,
dan jumlah sel perkisi-kisi kotak dihitung menggunakan mikroskop. Agar dapat
diandalkan secara statistik, setidaknya 20 kotak kotak harus dihitung dan dirata-
rata. Media kultur harus jelas dan bebas dari partikel karena itu bisa

3
menyembunyikan sel atau dengan sel. Noda dapat digunakan untuk membedakan
antara sel mati dan sel hidup. Metode ini cocok untuk kultur yang tidak
dikelompokkan. Sulit untuk menghitung cetakan di bawah mikroskop karena sifat
miselia mereka. Piring yang mengandung media pertumbuhan gel agar-agar
(cawan Petri) digunakan untuk menghitung sel hidup atau mati.
Sampel kultur diencerkan dan menyebar pada permukaan agar, dan
lempengan diinkubasi. Koloni dihitung pada permukaan agar setelah periode
inkubasi. Hasilnya dinyatakan dalam satuan unit pembentuk koloni. Jika sel
membentuk agregat, maka satu koloni mungkin tidak terbentuk dari sel tunggal.
Metode ini (jumlah plat) lebih cocok untuk bakteri dan ragi dan kurang cocok
untuk jamur. Koloni dihitung untuk menghasilkan angka yang dapat diandalkan
secara statistik. Media pertumbuhan harus dipilih dengan cermat,karena beberapa
media mendukung pertumbuhan yang lebih baik daripada yang lain.
Hitungan yang layak dapat bervariasi, tergantung pada komposisi media
pertumbuhan. Dari sel tunggal, mungkin membutuhkan 25 generasi untuk
membentuk koloni yang mudah diamati.Dalam metode alternatif, media agar-gel
ditempatkan di cincin kecil yang terpasang slide mikroskop, dan sel-sel tersebar di
piring miniatur ini. Setelah inkubasi Selama beberapa kali penggandaan, slide
diperiksa dengan mikroskop untuk menghitung sel. Penghitung sel otomatis
didasarkan pada resistansi listrik sel yang relatif tinggi.
2.1.1.1. Electronic Particle Counter
Penghitung partikel komersial menggunakan dua elektroda dan larutan
elektrolit. Satu elektroda ditempatkan dalam tabung yang berisi lubang. Vakum
diterapkan pada ban bagian dalam, yang menyebabkannyalarutan elektrolit yang
mengandung sel-sel untuk dihisap melalui lubang. Listrik potensial diterapkan di
seluruh elektroda. Tegangan yang diterapkan di seluruh lubang adalah dari
besarnya sama dengan yang dibutuhkan untuk kerusakan dielektrik membran
mikroba. Karena itu, voltase harus disesuaikan dengan hati-hati. Ketika sel
melewati lubang, hambatan listrik meningkat dan menyebabkan tegangan listrik.
Probe dengan berbagai ukuran lubang digunakan untuk ukuran sel yang berbeda.

4
 Metode ini cocok untuk sel-sel diskrit dalam media bebas partikel dan
tidak dapat digunakan untuk organisme miselium. metode otomatis alternatif, sel-
sel diukur melalui pengenalan gambar. Kapan kultur sel encer dilewatkan melalui
lubang, gambar diambil terus menerus (dengan cepat kamera pengambilan
gambar) dan kemudian dianalisis secara digital di komputer. Teknik khusus
seperti cahaya terpolarisasi mungkin diperlukan untuk menerangi sel. Metode ini
bisamengukur jumlah sel dan ukuran sel.Atau, jumlah partikel dalam larutan dapat
ditentukan dari pengukuran intensitas cahaya yang tersebar dengan bantuan
phototube (nephelometry). Cahaya berlalu melalui sampel kultur, dan sebuah
tabung foto mengukur cahaya yang tersebar oleh sel-sel di dalamSampel.
Intensitas cahaya yang tersebar sebanding dengan konsentrasi sel. Metode
inimemberikan hasil terbaik untuk suspensi sel dan partikel encer.
2.1.1.2. Viable Cell Counts (Petri Dish)
Dalam penelitian ekologi mikroba, jumlah sel yang hidup mencerminkan
perubahan dinamis dalam pertumbuhan bakteri. Secara umum, sel-sel dilapisi dan
koloni dihitung (lebih detail dalam "metode untuk mengukur unit pembentuk
koloni" di bawah) untuk mengukur jumlah sel yang layak, yang merupakan satu-
satunya sel dalam kultur yang dapat menjalani pembelahan sel dan bereproduksi.
Setelah inokulasi dan periode kultivasi tertentu, inokulasikan volume tertentu
kultur sel ke piring agar-agar. Grafik kurva pertumbuhan menggunakan logaritma
jumlah koloni sebagai sumbu Y dan waktu pertumbuhan sebagai sumbu X
(Harrigan dkk, 1966).
2.1.2. Konsentrasi Massa Sel
Massa sel memiliki hubungan langsung yang dapat dipahami dengan
konsumsi substrat dan pembentukan produk. Ada dua jenis metode kuantifikasi
massa sel: metode langsung dan metode tidak langsung.
2.1.2.1. Direct Methods
Penentuan berat kering sel adalah metode langsung yang paling umum
digunakan untuk menentukan konsentrasi massa sel dan hanya berlaku untuk sel
yang tumbuh dalam medium bebas padatan. Jika padatan nonseluler, seperti
padatan molase, selulosa, xilan, atau cairan jagung, dolakukan pengukuran berat

5
kering akan tidak akurat. Biasanya, sampel kaldu kultur disentrifugasi atau
disaring dan dicuci dengan larutan buffer atau air. Sel basah yang dicuci kemudian
dikeringkan pada 80 C selama 24 jam. kemudian berat sel kering diukur. Volume
sel massal digunakan untuk secara cepat tetapi secara kasar memperkirakan
konsentrasi sel dalam kaldu fermentasi (mis. Fermentasi antibiotik industri).
Kaldu fermentasi disentrifugasi di tabung dalam kondisi standar (revolusi per
menit dan waktu).
2.1.2.2. Indirect Methods
Dalam banyak proses fermentasi, seperti fermentasi cetakan, dan metode
langsung. Komponen sel intraseluler seperti RNA, DNA, dan protein dapat diukur
sebagai ukuran tidak langsung pertumbuhan sel. Selama siklus pertumbuhan
batch, konsentrasi komponen-komponen intraseluler ini berubah seiring waktu.
Konsentrasi RNA (RNA / berat sel) bervariasi secara signifikan selama siklus
pertumbuhan batch; namun, konsentrasi DNA dan protein tetap adacukup
konstan. Oleh karena itu, dalam media yang kompleks, konsentrasi DNA dapat
digunakan sebagai ukuran pertumbuhan mikroba. Pengukuran protein seluler
dapat dicapai dengan menggunakan metode yang berbeda.
Total asam amino, Biuret, Lowry (reagen folin), dan Kjeldahl nitrogen
pengukuran dapat digunakan untuk tujuan ini. Total asam amino dan metode
Lowry adalah yang paling bisa diandalkan. Baru-baru ini, penentuan protein dari
beberapa vendor telah dikembangkan untuk pengukuran protein sederhana dan
cepat. Namun, banyak media mengandung protein substrat, yang membatasi
kegunaan dari pendekatan ini.Konsentrasi ATP intraseluler (g-ATP / g-sel) kira-
kira konstan untuk diberikan organisme. Dengan demikian, konsentrasi ATP
dalam kaldu fermentasi dapat digunakan sebagai ukuran konsentrasi biomassa.
Metode ini didasarkan pada aktivitas luciferase, yang mengkatalisasi oksidasi
luciferin dengan mengorbankan oksigen dan ATP dengan emisi cahaya.
Luciferin + O2 + ATP → Light

2.2. Batch Growth Patterns

Ketika media nutrisi cair diinokulasi dengan kultur benih (inokulum),
organisme selektif mengambil nutrisi terlarut dari media dan mengubahnya

6
menjadi biomassa. Kurva pertumbuhan khas meliputi beberapa tahapan sebagai
berikut:
(1) Fase lag.
(2) Logaritmik atau fase pertumbuhan eksponensial.
(3) Fase perlambatan.
(4) Fase diam.
(5) Fase kematian.
Siklus pertumbuhan mikroba secara batch. Plot semi-log digunakan
untuk mengidealkan rezim pertumbuhan dengan bantuan garis lurus yang
ditarik.Fase lag terjadi setelah inokulasi dan merupakan periode adaptasi sel
lingkungan baru. Mikroorganisme menyusun ulang konstituen molekulnya ketika
dipindahkan ke media baru tergantung pada komposisi nutrisi, enzim
barudisintesis, sintesis beberapa enzim lain ditekan, dan mesin internalsel
disesuaikan dengan kondisi lingkungan baru. Perubahan-perubahan ini
mencerminkan intraselule rmekanisme untuk pengaturan proses metabolisme yang
dibahas. Selama fase ini, massa sel dapat meningkat sedikit, tanpa peningkatan
kepadatan jumlah sel.

Gambar 2.2. a Typlical Growth Patterns

Sumber : (Liu, 2003)

Rendahnya konsentrasi beberapa nutrisi dan faktor pertumbuhan juga

dapat menyebabkan fase jeda yang panjang. Sebagai contoh, fase lag dari

7
Enterobacter aerogenes (sebelumnya Aerobacter aerogenes) tumbuh di glukosa
dan medium penyangga fosfat sehingga meningkat dengan konsentrasi Mg2þ,
yang merupakan aktivator enzim fosfatase. Sebagai contoh lain, heterotrofiksel
membutuhkan fiksasi CO2 (untuk melengkapi zat antara yang dihilangkan dari
penghasil energi utama siklus metabolisme selama biosintesis cepat), dan
penumpukan berlebihan dapat menghilangkan metabolisme menghasilkan CO 2
terlalu cepat untuk restrukturisasi seluler untuk dicapai secara efisien,khususnya
dengan inokulum kecil.
Fase pertumbuhan eksponensial juga dikenal sebagai fase pertumbuhan
maksimum dan logaritmik. Pada fase ini, sel-sel telah menyesuaikan dengan
lingkungan baru mereka. Setelah periode adaptasi sel dapat berkembang biak
dengan cepat dengan laju maksimum, dan massa sel dan kepadatan jumlah sel
meningkat secara eksponensial seiring waktu. Ini adalah periode pertumbuhan,
yang seimbang di mana semua komponen sel tumbuh pada tingkat yang sama
(keadaan semu). Artinya, komposisi rata-rata sel tunggal tetap sekitar konstan
selamafase pertumbuhan ini. model fenomenologis diusulkan untuk pertumbuhan
eksponensial:
rx=μ net X
Di integrasikan menjadi,
x
ln =¿ μnet t
x0
Dimana X dan X0 adalah konsentrasi sel pada saat t dan initial time t = 0. Waktu
yang diperlukan untuk menggandakan massa mikroba dihitung menggunakan
Persamaan :
¿2
td=
μ net
Apparent biomass inhibition:

X
rx=kX 1− ( X∞ )

8
 X0e kt

x=
x
1− ( 1−e kt )
x∞

Fase stasioner dimulai pada akhir fase deselerasi, ketika tingkat

pertumbuhan bersih nol (tidak ada pembelahan sel) atau ketika tingkat
pertumbuhan sama dengan tingkat kematian. Meskipun tingkat pertumbuhan
adalah nol selama fase diam, sel-sel masih aktif secara metabolik dan
menghasilkan metabolit sekunder. Metabolit primer adalah produk yang
berhubungan dengan pertumbuhan danmetabolit sekunder terkait dengan
nongrowth. Selama fase diam, satu atau lebih fenomena dapat terjadi:
1. Total konsentrasi massa sel tetap konstan.
2. Lisis sel dapat terjadi, dan massa sel yang layak dapat turun.
3. Sel mungkin tidak tumbuh tetapi mungkin memiliki metabolisme aktif
untuk menghasilkan metabolisme sekunder.
Fase kematian (atau fase penurunan) mengikuti fase diam. Namun,
beberapa sel mati dapat dimulai selama atau bahkan sebelum fase stasioner, dan
demarkasi yang jelas antaradua fase tidak selalu memungkinkan. Seringkali, sel-
sel mati membusuk, dan nutrisi intraseluler dilepaskan ke dalam medium
digunakan oleh organisme hidup selama fase diam. Tingkat kematian dapat
dianggap sebagai reaksi tingkat pertama. Karena S adalah nol, mG adalah nol
mulai dari fase diam:

rx=−k d X

Kd adalah first orde rate constant pada sel mati, mass balance untuk biomassa
batch reactor adalah :

d ( X .V )
−k d XV =rxV =
dt

Integrasi yield untuk medium V konstan:

X =X s 0 e
k dt

9
Dimana XS0 adalah konsentrasi sel pada fase stasioner.

2.3. Biomass Yield

Faktor yield dalam fermentasi adalah :
μG X dX ⇃ growt h
Y FX/S=
−rs
¿ (
−dS )
X− X 0
Y X=
S S 0−S

Growth yield :

∆ S=∆ SConcervation + ∆ S Growt h+ ∆ S Maintenance +∆ S Conversion

¿biomass energy energy ¿ extracellular
products

Faktor-faktor hasil berdasarkan substrat lain atau formasi produk dapat

didefinisikan:

d X Growt h
Y FX=
O2 −d [ O 2 ]

dp
Y F P=
S
−dS

Gambar 2.3. Substrat concentration

Sumber : (Liu, 2003)
2.4. Approximate Growth Kinetics and Monod Equation
Reaksi enzimatik secara umum diatur oleh Michaelise Menten kinetika
atau variasinya. Jenis persamaan kinetik yang sama juga terbukti dalam replikasi

10
dan manipulasi DNA dan RNA. Setiap langkah reaksi di sepanjang jalur
metabolisme adalah enzimatik reaksi. Kuantifikasi pertumbuhan sel dengan semua
parameter yang mengatur mengikuti semua langkah-langkah genetik dan jalur
metabolisme akan membuat perhitungan menjadi membosankan. Paling tidak,
menentukan semua parameter akan sangat sulit. Karena itu, beberapa
penyederhanaan kinetika diperlukan dalam mengukur pertumbuhan sel dan
bioreaksi secara umum. Substrat diambil ke dalam sel dan kemudian dikonversi
menjadi dua produk: P1 dan P2 setelah beberapa langkah-langkah perantara.
Asumsi bahwa P1 adalah produk ekstraseluler, sedangkan P2 adalah produk
intraseluler. Stoikiometri di sepanjang jalur dapat ditulis sebagai:

Gambar 2.4. A simple metabolic pathway producing two products

P1 and P2 from a single limiting substrate S.
Sumber : (Liu, 2003)

11
Diasumskan bahwa produk antara M3 dan produk P1 pada dasarnya sama atau
tidak diperlukan katalis untuk melanjutkan. Hal yang sama juga berlaku untuk M4
dan P2. Laju reaksi atau laju generasi untuk spesies j adalah :
Nr
rj=∑ v ji r i
i=1

di mana rj adalah laju reaksi untuk spesies j, N r adalah jumlah total reaksi dalam
sistem, Vji adalah koefisien stoikiometrik dari spesies j dalam reaksi i, dan ri
adalah laju reaksi. laju reaksi dapat ditulis sebagai:

Asumsi bahwa P2 adalah produk intraseluler. Karena E1, E2, E3, dan E5
semuanya adalah bagian dari bahan seluler, selanjutnya disederhanakan dan
memasukkannya ke dalam enzim menyebabkan:

12
Keseimbangan massa dalam reaktor batch dengan konstan:

dc i
=r j
dt

t = 0, CJ=0 untuk sema j kecuali S = S0.

Persamaan Michaelise Menten, yaitu:

r p 1 max S
r p 1= ( 1−xo P2 )
K p 1 +S

r p 2 max S
r p 2= ( 1−xo P2 )
K p2+ S

rs=−r p 1−r p 2

Laju pertumbuhan sel :

rx μ max S
μG = =
X K s+ S

Untuk pembentukan sel ekstraseluler :

13
 rp μmax S
μ p= =
X K p+ S

Kp dan Ks adalah identik.

2.5. Cell Death Rate

Laju pertumbuhan sel disarankan berdasarkan analisis jalur metabolik.
Sel (atau seluruh mikroorganisme) mati karena kondisi lingkungan (misalnya
panas) atau fisiologis perkembangan. Tingkat kematian sel sebanding dengan
populasi sel, dan dengan demikian tingkat kematian spesifik bukan fungsi
populasi sel konsentrasi, yang dikonfirmasi oleh pengamatan eksperimental,

μd =K d

Tingkat pertumbuhan sel spesifik :

μnet =μG −K d

Memecahkan persamaan keseimbangan diatas:

X− X 0 Kd K d kd S0
Y X=
S
S 0−S S
(
=FY X 1− − ∈
μmax μmax S 0−S S )
Ks S0 Ks
∈ =
S 0−s S ( s 0 ) log−mean

Gambar 2.4. Semi-log plot of the biomass concentration

(and substrate concentration) variation with time.
Sumber : (Liu, 2003)

2.6. Cell Maintenance And Endogenous Metabolism

ATP, NADH, dan NADPH digunakan untuk menghubungkan fluks
melalui berbagai bagian jaringan metabolisme. Namun, untuk menerapkan ATP,

14
penting bahwa semua reaksi pembentukan dan konsumsi ATP dipertimbangkan;
satu kelompok proses yang memakan energi di dalam sel, yaitu proses
pemeliharaan penting karena merupakan pengeluaran energi tanpa manfaat yang
nyata bagi sistem. Pemeliharaan sel adalah konsumsi substrat utama yang sedang
dipertimbangkan untuk dipertahankan fungsi sel yang diinginkan selain secara
stoikiometri dapat dikuantifikasi hasil yang diinginkan, seperti pertumbuhan sel.
Saldo ATP, NADH, dan NADPHD. Pengembalian biomassa terdegradasi
membutuhkan substrat, dan total konsumsi substrat oleh karena itu:

−rs= YF + YF
( S
XμG
S
Xμe
)X
−rs= YF + ms X
( S
XμG
)
Koefisien maintenance kemudian dapat dikaitkan dengan tingkat spesifik
penggunaan substrat untuk maintenance seluler,melalui:

−rs I maintenance
ms= =YF S
X XK d

mtrue
s =a μG + b

Dimana m true
s =¿maintenance coef.

Selanjutnya maintenance sel dari sudut pandang yang lebih mekanistik. Seperti
yang yang telah dipelajari bahwa persamaan Monod adalah tingkat pertumbuhan
yang diperkirakan dari metabolisme. Perkiraan yang sama dapat diterapkan
berdasarkan perantara menengah (misalnya ATP), bukan substrat dari lingkungan.
Nyatakan kunci tengah ini sebagai Y, laju pertumbuhan sel spesifik kemudian
dapat diperkirakan :

rx μemax Y
μG = =
X K Ye +Y

15
 r e μ emax Y
μe = =
X K Ye +Y

r e μ emax s
μe = =
X K se + s

μ emax K YG M
μe = G

k ye μmax + ( k YG −K Ye ) μG

μeμmax μG
μe =
K eμ + μG

Berdasaran persamaan diatas didapat:

μ ATP=YF ATP ( μ G + μe )
X

μemax μG
μ ATP=YF ATP μG +
X
( K eμ + μG )
2.7. Product Yield
Secara umum, mikroba mengambil nutrisi dari lingkungan untuk
menjaga kesehatan spesies (atau untuk mempertahankan populasi yang sehat).
produk ekstra seluler diproduksi terkait dengan metabolisme endogen dan / atau
pertumbuhan sel, laju spesifik pembentukan produk mikroba dapat ditulis:
μp=YF P + YF P
XGμG eμe

Persamaan tersebut dapat direduksi menjadi bentuk yang berbeda ketika

pertumbuhan dan pemeliharaan berbeda kondisi. Ketika pertumbuhan sel tidak nol
dan substrat yang membatasi untuk pertumbuhan sel juga merupakan substrat
pembatas untuk pembuatan produk ekstraseluler, tiga bentuk sederhana dari
tingkat pembentukan produk telah ditunjukkan dalam literatur:
1. Produk terkait pertumbuhan diproduksi bersamaan dengan pertumbuhan
mikroba.Tingkat spesifik pembentukan produk sebanding dengan tingkat
spesifik pertumbuhan, μG
rp
μp= =YF P
X XμG

16
2. Pembentukan produk terkait non-growth terjadi selama fase diam ketika
tingkat pertumbuhan nol karena kurangnya setidaknya satu substrat yang
diperlukan untuk pertumbuhan. Kasus ini juga terjadi pada rezim
pertumbuhan cepat di mana metabolisme endogen telah mencapai tingkat
maksimum. Tingkat spesifik pembentukan produk adalah konstan.
μp= β=constant
3. Luedeking piret. Dalam hal ini, tingkat spesifik pembentukan produk
diberikan oleh:
μp= β+ αμG
Metabolisme pertumbuhan dan endogen berhubungan dengan pembentukan
produk mungkin lebih umum dan tiga kasus yang disebutkan di atas dapat
disederhanakan dari persamaan sebelumnya.

2.8. Kebutuhan Oksigen untuk Mikroorganisme Aerobik

Oksigen terlarut (DO) adalah substrat penting dalam fermentasi aerobik
dan mungkin merupakan substrat pembatas, karena gas oksigen sangat larut dalam
air. Pada konsentrasi sel yang tinggi, tingkat konsumsi oksigen dapat melebihi
tingkat pasokan oksigen, yang menyebabkan keterbatasan oksigen. Ketika oksigen
adalah faktor pembatas laju, laju pertumbuhan spesifik akan bervariasi dengan
konsentrasi oksigen terlarut menurut persamaan Monod, seperti halnya kasus
substrat yang terbatas lainnya.
Di atas konsentrasi kritis oksigen, laju pertumbuhan menjadi independen
dari konsentrasi oksigen terlarut. Gambar 2.5 menggambarkan variasi laju
pertumbuhan spesifik dengan konsentrasi oksigen terlarut dalam medium yang
kaya (tidak ada batasan substrat lainnya). Oksigen adalah faktor pembatas laju
pertumbuhan ketika tingkat DO di bawah konsentrasi DO kritis. Dalam hal ini,
komponen medium lain (mis. Glukosa, amonium) menjadi batas pertumbuhan.
Misalnya Azotobacter vinelandii pada DO=0,05 mg/L, laju pertumbuhannya
sekitar 50% dari maksimum bahkan jika terdapat banyak glukosa. Namun, jumlah
maksimum sel yang terbentuk tidak ditentukan oleh DO, karena oksigen terus
disuplai kembali. Jika glukosa dikonsumsi secara total, pertumbuhan akan

17
berhenti bahkan jika DO=0,05 mg/L. Dengan demikian, tingkat pertumbuhan
(massa sel yang terbentuk) akan tergantung pada glukosa, sedangkan tingkat
pertumbuhan untuk sebagian besar periode kultur akan tergantung pada nilai DO.

Gambar 2.5. (a) Ketergantungan Tingkat Pertumbuhan pada DO untuk Aerobik

(Azotobacter vinelandii) dan (b) Organisme Fakultatif (Escherichia coli).
(Sumber: Chen dkk, 1985)

Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 2.5, ketergantungan DO untuk

organisme aerob dan fakultatif pada pertumbuhan sel mengikuti persamaan
pertumbuhan Monod. Untuk organisme aerob:

μmax DO
μ=
K DO + DO

Untuk organisme fakultatif:

( μmax −μmax 0) DO
μ=μ max 0 +
K DO+ DO

di mana μmax 0 adalah tingkat pertumbuhan spesifik maksimum dalam kondisi

anaerob. Organisme fakultatif tumbuh dengan atau tanpa oksigen. Untuk
organisme anaerob, tidak ada pertumbuhan jika ada oksigen.
Konsentrasi oksigen kritis adalah sekitar 5-10% dari konsentrasi DO
jenuh untuk bakteri dan ragi dan sekitar 10-50% dari konsentrasi DO jenuh untuk
kultur cetakan, tergantung pada ukuran pelet cetakan. Konsentrasi DO jenuh
dalam air pada 25°C dan tekanan 1 atm sekitar 7 ppm. Kehadiran garam dan
organik terlarut dapat mengubah nilai saturasi, sementara suhu yang semakin
tinggi akan menurunkan nilai saturasi.

18
 Oksigen biasanya dimasukkan ke dalam kaldu fermentasi dengan
mengalirkan udara melalui kaldu. Transfer oksigen dari gelembung gas ke sel
biasanya dibatasi oleh transfer oksigen melalui liquid film yang mengelilingi
gelembung gas. Laju transfer oksigen dari fase gas ke cairan diberikan oleh:
NO2 = kLa (C* - CL) = OTR
di mana kL adalah koefisien transfer oksigen (m/jam), a adalah area antarmuka
gas-liquid (m2/m3), C* adalah konsentrasi DO jenuh (g/L), CL adalah konsentrasi
DO aktual dalam kaldu (g/L) ), NO2 adalah laju transfer oksigen (g/L/jam), dan
Oxygen Transfer Rate (OTR).
Tingkat penyerapan oksigen dilambangkan sebagai OUR.

di mana μO 2 a adalah laju spesifik konsumsi oksigen (g g-sel/jam), YF X/O2 adalah

faktor hasil pada oksigen (g-sel/g-O2), dan X adalah konsentrasi sel (g-sel/L).
Ketika transfer oksigen adalah langkah pembatas laju, laju konsumsi oksigen
sama dengan laju transfer oksigen. Jika persyaratan maintenance O2 diabaikan
dibandingkan dengan pertumbuhan, maka

atau dalam reaktor batch dengan volume loss pada medium dapat diabaikan,

Laju pertumbuhan bervariasi hampir secara linier dengan OTR di bawah batasan
transfer oksigen. Di antara berbagai metode yang digunakan untuk mengatasi
batasan DO adalah penggunaan udara yang diperkaya oksigen atau oksigen murni
dan operasi di bawah tekanan atmosfer tinggi (2-3 atm). Transfer oksigen
memiliki dampak besar pada desain reaktor.

2.9. Pengaruh Suhu

Suhu adalah faktor penting yang mempengaruhi kinerja sel. Tabel 2.1.
menunjukkan klasifikasi mikroorganisme sesuai dengan suhu optimalnya. Ketika
suhu meningkat menuju suhu pertumbuhan optimal, laju pertumbuhan juga
meningkat sekitar dua kali lipat untuk setiap kenaikan suhu 10°C. Di atas kisaran

19
suhu optimal, laju pertumbuhan menurun dan kematian termal dapat terjadi.
Penurunan laju pertumbuhan ini sebagian karena enzim (denaturasi protein) yang
menjadi kurang aktif pada suhu tinggi. Metabolisme endogen atau kebutuhan
pemeliharaan juga meningkat karena suhu meningkat di luar kisaran optimal, yang
mengarah pada penurunan hasil biomassa.

Tabel 2.1. Klasifikasi Mikroorganisme Berdasarkan Daya Tahan terhadap Suhu

Growth Temperature Range, °C
Thermal Preference Classification Lower Optimum
Upper limit
limit range
Psychrophiles -5 (to 5) 15-18 19-22
Mesophiles 10 (to 15) 30-45 35-45
Thermophiles 25 45-75 60-80
Extreme thermophiles 50 60-75 75-95
Hyperthermophiles 100 and over
Sumber: (Blanch dan Clark, 1996)
Pada suhu tinggi, tingkat kematian termal melebihi tingkat pertumbuhan,
yang menyebabkan penurunan konsentrasi sel-sel.
μnet = μG - kd
Kematian termal lebih sensitif terhadap perubahan suhu daripada pertumbuhan
mikroba. Suhu juga mempengaruhi pembentukan produk. Namun, suhu optimal
untuk pertumbuhan dan pembentukan produk mungkin berbeda. Faktor hasil juga
dipengaruhi oleh suhu karena perubahan dalam persyaratan metabolisme endogen
seperti yang ditunjukkan pada persamaan di atas. Peningkatan suhu pada suhu
tinggi menghasilkan penurunan faktor hasil diharapkan. Dalam beberapa kasus,
seperti produksi protein sel tunggal, optimalisasi suhu untuk memaksimalkan
faktor hasil (YFX/S) sangat penting. Ketika suhu meningkat di atas suhu optimal,
kebutuhan pemeliharaan atau metabolisme endogen sel meningkat dengan energi
aktivasi 60-85 kJ/mol, menghasilkan penurunan faktor hasil.
Suhu juga dapat mempengaruhi langkah pembatasan tingkat dalam
proses fermentasi. Pada suhu tinggi, laju bioreaksi mungkin menjadi lebih tinggi
daripada laju difusi, dan difusi kemudian akan menjadi langkah pembatas laju
(misalnya, dalam sistem sel terimobilisasi). Energi aktivasi difusi molekuler
sekitar 25 kJ/mol. Energi aktivasi untuk sebagian besar bioreaksi adalah lebih dari

20
48 kJ/mol, sehingga keterbatasan difusi harus dipertimbangkan dengan hati-hati
pada suhu tinggi. Gambar 2.6 menggambarkan variasi khas dari laju pertumbuhan
maksimum suhu, terdapat laju pertumbuhan maksimum pada suhu optimal.

Gambar 2.6. Variasi Laju Pertumbuhan Maksimum Spesifik terhadap Suhu untuk
Escherichia coli B/r.
(Sumber: Herendeen dkk, 1979)

2.10. Pengaruh pH
Konsentrasi pH mempengaruhi aktivitas enzim dan laju pertumbuhan
mikroba. pH optimal untuk pertumbuhan mungkin berbeda dengan pH untuk
pembentukan produk. Secara umum, kisaran pH yang dapat diterima bervariasi
dengan satuan pH 1-2. Organisme yang berbeda memiliki pH optimal yang
berbeda: pH optimum untuk kebanyakan bakteri berkisar dari pH 3-8, untuk ragi
pH 3-6, untuk mold pH 3-7, untuk sel tumbuhan pH 5-6, dan untuk sel-sel hewan
pH 6.5-7.5. Banyak organisme memiliki mekanisme untuk mempertahankan pH
intraseluler pada tingkat yang relatif konstan dengan adanya fluktuasi pH
lingkungan. Ketika pH tidak optimal, kebutuhan energi pemeliharaan meningkat.
Dalam kebanyakan fermentasi, pH dapat bervariasi secara substansial.
Seringkali sifat sumber nitrogen menjadi penting. Jika amonium adalah satu-
satunya sumber nitrogen, ion hidrogen dilepaskan ke dalam medium sebagai hasil
dari pemanfaatan mikroba amonia, yang mengakibatkan penurunan pH. Jika nitrat
adalah satu-satunya sumber nitrogen, ion hidrogen dikeluarkan dari medium untuk
mereduksi nitrat menjadi amonia, menghasilkan peningkatan pH. Juga, pH dapat
berubah karena produksi asam organik, pemanfaatan asam (terutama asam
amino), atau produksi basa. Pasokan CO2 dapat mengubah pH dalam beberapa

21
sistem (mis. Air laut atau kultur sel hewan). Kontrol pH melalui buffer atau sistem
kontrol pH aktif sangatlah penting. Variasi laju pertumbuhan spesifik dengan pH
ditunjukkan pada Gambar 2.7, yang menunjukkan pH optimal.

Gambar 2.6. Variasi Tingkat Laju Pertumbuhan Spesifik dengan pH.

2.11. Pengaruh Potensi Redox

Potensi redoks adalah parameter penting yang mempengaruhi laju dan
tingkatan pada reaksi oksidatif-reduktif. Dalam media fermentasi, potensi redoks
adalah fungsi kompleks dari DO, pH, dan konsentrasi ion lainnya, seperti agen
pereduksi dan pengoksidasi. Potensi elektrokimia media fermentasi dapat
dinyatakan dengan persamaan berikut:

di mana F adalah konstanta Farady, potensial elektrokimia diukur dalam milivolt

oleh pH/voltmeter, dan PO2 ada di atmosfer.
Potensi redoks dari media fermentasi dapat dikurangi dengan
melewatkan gas nitrogen atau dengan menambahkan zat pereduksi seperti sistein,
HCl, atau Na2S. Gas oksigen dapat dilewati atau beberapa zat pengoksidasi dapat
ditambahkan ke media fermentasi untuk meningkatkan potensi redoks.
Konsentrasi karbon dioksida terlarut (DCO2) memiliki efek pada kinerja
organisme. Konsentrasi DCO2 yang sangat tinggi mungkin beracun bagi beberapa
sel. Di sisi lain, sel membutuhkan tingkat DCO 2 tertentu untuk fungsi

22
metabolisme yang tepat. Konsentrasi DCO2 dapat dikontrol dengan mengubah
kandungan CO2 dari pasokan udara dan kecepatan agitasi.

2.12. Pengaruh Konsentrasi Elektrolit dan Substrat

Kekuatan ionik media fermentasi mempengaruhi pengangkutan nutrisi
tertentu masuk dan keluar sel, fungsi metabolisme sel, dan kelarutan nutrisi
tertentu, seperti DO. Kekuatan ionik diberikan oleh persamaan berikut:

di mana Cj adalah konsentrasi molar dari spesies ionik j, Zj adalah muatan dari
spesies ionik j, dan I adalah kekuatan ionik medium.
Konsentrasi substrat tinggi yang secara signifikan di atas persyaratan
stoikiometrik akan menghambat fungsi seluler. Level penghambatan substrat
bervariasi tergantung pada jenis sel dan substrat. Glukosa dapat dihambat pada
konsentrasi di atas 200 g/L (misal Fermentasi etanol oleh ragi), mungkin karena
pengurangan aktivitas air. Garam tertentu seperti NaCl dapat dihambat pada
konsentrasi di atas 40 g/L karena tekanan osmotik yang tinggi. Beberapa senyawa
tahan api, seperti fenol, toluena, dan metanol, bersifat menghambat pada
konsentrasi yang jauh lebih rendah (misal 1 g/L). Konsentrasi non-inhibitor
maksimum di beberapa nutrisi yaitu: glukosa 100 g/L, etanol 50 g/L untuk ragi,
amonium 5 g/L, fosfat 10 g/L, dan nitrat 5 g/L. Penghambatan substrat dapat
diatasi dengan penambahan substrat ke media secara berselang.

2.13. Panas yang Dihasilkan oleh Pertumbuhan Mikroba

Sekitar 40-50% dari energi yang tersimpan dalam karbon dan sumber
energi dikonversi menjadi energi biologis (ATP) selama metabolisme aerobik, dan
sisa energi dilepaskan sebagai panas. Untuk sel yang tumbuh aktif, persyaratan
pemeliharaannya rendah, dan perkembangan panas berhubungan langsung dengan
pertumbuhan.

23
 Gambar 2.7. Kesetimbangan Entalpi pada Pembakaran Substrat dan dengan
Pemanfaatan Produk Mikroba dan Ekstraseluler.
Panas yang dihasilkan selama pertumbuhan mikroba dapat dihitung
dengan menggunakan panas pembakaran substrat dan material sel. Skema pada
keseimbangan entalpi untuk pemanfaatan mikroba substrat disajikan pada Gambar
2.7. Panas pembakaran substrat sama dengan jumlah panas metabolik dan panas
pembakaran material sel.

di mana Hc,s adalah panas pembakaran substrat (kJ/g-substrat), YFX/S adalah

faktor yield biomassa (g-sel/g-substrat), Hc,x adalah panas pembakaran sel
(kJ/g-sel), YFP/S adalah faktor yield produk ekstraseluler (gP/g-substrat), Hc,p
adalah panas pembakaran produk ekstraseluler (kJ/gP), dan YF H/X adalah faktor
hasil panas pada biomassa atau panas metabolisme yang berevolusi per gram sel
diproduksi (kJ/g-sel). Persamaan (11.51) dapat disusun ulang untuk menghasilkan
Total laju perkembangan panas dalam fermentasi batch adalah:

di mana VL adalah volume liquid (L) dan X adalah konsentrasi sel (g/L).
Dalam fermentasi aerob, laju evolusi panas metabolik dapat dikorelasikan
dengan laju penyerapan oksigen, karena oksigen adalah akseptor elektron final.

di mana H adalah panas pembakaran untuk satu unit tingkat reduksi. Panas
metabolis yan dilepaskan selama fermentasi bisa dihilangkan dengan mengalirkan
air pendingin melalui koil pendingin atau jaket pendingin dalam fermentor.

24
Seringkali, kontrol suhu (penghilangan panas yang memadai) merupakan batasan
penting pada desain reaktor. Kemampuan untuk memperkirakan persyaratan
pelepasan panas sangat penting untuk desain reaktor yang tepat.

2.14. Gambaran Umum Model Kinetik Pertumbuhan Mikroba

Kami telah menjelaskan konsep dan kinetika kunci dalam pertumbuhan
kultur berdasarkan metabolisme sel dan generasi sel. Untuk menghasilkan
deskripsi matematis tentang pertumbuhan sel, kita sering menggunakan perkiraan,
seperti yang diilustrasikan pada gambar 2.8. Deskripsi matematis yang berhasil
adalah menggunakan jumlah komputasi paling sedikit untuk menangkap jumlah
maksimum perilaku fisik. Sejauh ini, persamaan Monod yang umum digunakan.

Gambar. 2.7. Penyederhanaan dalam Deskripsi Kinetik Mikroba

Komposisi seluler dan kapabilitas biosintesis berubah sebagai respons
terhadap kondisi pertumbuhan baru (pertumbuhan tidak seimbang), meskipun
komposisi seluler yang konstan dan pertumbuhan seimbang dapat mendominasi
pertumbuhan yang stabil dan semu (misal pertumbuhan maksimum selama fase
pertumbuhan batch). Jika fase pertumbuhan melambat (atau laju pertumbuhan
lebih rendah dari maksimum) disebabkan oleh pembatasan atau penipisan substrat
karena penghambatan oleh racun, laju pertumbuhan akan menurun sehubungan
dengan penurunan konsentrasi substrat. Pada fase stasionari dan fase kematian,
distribusi properti di antara individu adalah penting.
Meskipun ide-ide kinetik ini terbukti pada kultur batch, mereka sama-
sama terbukti dan penting dalam mode kultur lain (mis. kultur continous). Jelas,
deskripsi lengkap kinetika pertumbuhan suatu kultur akan melibatkan pengenalan
jalur metabolisme yang lengkap dan konstruksi genetik sel. Namun, seluruh jalur
metabolisme melibatkan sejumlah besar parameter dan komponen antar sel.

25
Deskripsi kinetik penuh bisa sangat berpengaruh. Sementara pada contoh pertama
deskripsi matematis melalui penyederhanaan jalur metabolisme dengan
pendekatan yang diinginkan, terkadang bisa menggunakan model fenomenologis
yang mungkin atau mungkin tidak mencerminkan langsung jalur metabolisme.
Model yang dapat menggambarkan berbagai perilaku pertumbuhan melibatkan
pengakuan sifat terstruktur dari setiap sel dan pemisahan kultur menjadi unit-unit
individu (sel) yang mungkin berbeda dari yang lainnya.
Model fenomenologis yang terstruktur membagi massa sel menjadi
komponen-komponen. Model yang sepenuhnya terstruktur akan mampu meniru
metabolisme lengkap dan pembentukan sel serta fisiologinya. Jika rasio masing-
masing komponen sel dapat berubah sebagai respons terhadap gangguan dalam
lingkungan ekstraseluler, maka model terstruktur berperilaku secara analog
terhadap sel yang mengubah komposisinya sebagai respons terhadap perubahan
lingkungan. Setiap respon metabolik ini menghasilkan perubahan struktur
intraseluler. Lebih jauh, jika suatu model kultur dibangun dari unit-unit diskrit, ia
mulai meniru pemisahan yang diamati dalam kultur nyata di mana fisiologi sel
dapat dimodelkan. Seperti yang ditunjukkan pada gambar. 2.8, model dapat
terstruktur dan terpisah, terstruktur dan tidak tersegregasi, tidak terstruktur dan
tersegregasi, dan tidak terstruktur dan tidak tersegregasi. Model yang
mengandung struktur dan segregasi bisa menjadi yang paling realistis, tetapi
mereka juga kompleks secara komputasional.

Gambar 2.8. Klasifikasi Model Kinetik Mikroba Fenomenologis

Tingkat realisme dan kompleksitas yang diperlukan dalam model

fenomenologis tergantung pada apa yang dijelaskan; pemodel harus selalu

26
memilih model paling sederhana yang dapat menggambarkan sistem yang
diinginkan secara memadai. Model yang tidak terstruktur mengasumsikan
komposisi sel tetap, yang setara dengan asumsi keadaan semu atau pertumbuhan
seimbang. Asumsi pertumbuhan yang seimbang berlaku terutama dalam kultur
kontinu satu-tahap, kondisi-mapan dan fase eksponensial dari kultur batch; gagal
selama kondisi sementara.
Seberapa cepat sel merespon gangguan di lingkungannya dan seberapa
cepat gangguan ini terjadi menentukan apakah pertumbuhan pseudobalanced
dapat diasumsikan. Jika respons sel cepat dibandingkan dengan perubahan
eksternal dan jika besarnya perubahan ini tidak terlalu besar (misalnya variasi
10% atau 20% dari kondisi awal), maka penggunaan model yang tidak terstruktur
dapat dibenarkan, karena penyimpangan dari pertumbuhan seimbang mungkin
kecil. Respons kultur terhadap gangguan besar atau cepat tidak dapat dijelaskan
secara memuaskan oleh model yang tidak terstruktur. Untuk banyak sistem,
segregasi bukan merupakan komponen penting dari respon kultur, sehingga model
yang tidak teregregasi akan memuaskan dalam banyak keadaan. Pengecualian
penting adalah prediksi respon pertumbuhan kultur yang mengandung plasmid.
2.14.1. Model Pertumbuhan Tidak Terstruktur
Persamaan kinetik pertumbuhan paling sederhana adalah model yang
tidak terstruktur. Model-model ini memandang sel sebagai spesies tunggal dalam
larutan dan berupaya menggambarkan kinetika pertumbuhan sel berdasarkan
profil konsentrasi sel dan nutrisi. Model paling sederhana adalah Malthus:
rx = μnetX
Setelah memeriksa persamaan tersebut orang dapat menyimpulkan bahwa ini
adalah definisi untuk tingkat pertumbuhan spesifik dan dengan demikian berlaku
secara umum. Namun, ini bukan kasus dalam konteks model Malthus, karena μ net
dianggap konstan, tidak tergantung pada konsentrasi substrat. Ini didasarkan pada
pengamatan empiris pertumbuhan batch selama fase pertumbuhan maksimum.
Jelas bahwa penerapan model Malthus terbatas karena tidak memberikan
batasan untuk pertumbuhan sel. Satu-satunya batasan adalah substrat berlebih,
yang tidak dimasukkan ke dalam model. Bahkan untuk kasus pertumbuhan batch

27
paling sederhana, fase deselerasi tidak akan sepenuhnya dijelaskan dengan model
Malthus. Hubungan dengan substrat dapat ditemukan melalui hasil pertumbuhan.
Untuk menyediakan sarana untuk membatasi pertumbuhan, model
Verhulst memasukkan istilah penghambatan biomassa ke persamaan Malthus:
rx = kX (1 –X/X)
yang juga dikenal sebagai persamaan logistik. Model Verhulst dapat
menggambarkan pertumbuhan batch cukup akurat untuk periode pertumbuhan.
Terlepas dari kemampuan persamaan logistik untuk mengkorelasikan
fase dekelerasi dan stasioner di atas model Malthus, ia memiliki daya tarik bahwa
konsentrasi sel maksimum dapat dipertimbangkan. Meskipun daya dukung XN
adalah parameter yang terkait dengan tingkat nutrisi maksimum yang tersedia
dalam medium, itu juga bisa menjadi kepadatan (pengepakan) maksimum sel juga
(ketika nutrisi tidak terbatas).
2.14.2. Model Tingkat Pertumbuhan Sederhana: Persamaan Monod
Model laju pertumbuhan sederhana yang secara mekanis dapat
menggambarkan pertumbuhan mikroba dalam pendekatan tertutup adalah model
yang mendekati keseluruhan jalur metabolisme dan pembentukan sel dengan
langkah pembatas laju tunggal. Dalam kasus ini, persamaan Monod menang. Ini
juga merupakan model paling sederhana yang menggabungkan efek konsentrasi
sel dan konsentrasi substrat:

Dan laju pembentukan produk general:

Ini adalah model pertumbuhan mikroba yang paling umum digunakan.

Seperti yang telah kita bahas di 2.4, berkinerja baik dalam kasus kondisi semu
(atau pertumbuhan seimbang).
Untuk menunjukkan persamaan Monod benar-benar perkiraan untuk
pertumbuhan mikroba, kami lebih lanjut mempertimbangkan efek difusi eksternal
(atau perpindahan massa) pada tingkat pertumbuhan. Dalam hal ini, persamaan
laju perpindahan massa berbeda secara matematis dari laju reaksi enzimatik. Mari

28
kita perhatikan bahwa media bulk mengandung S g/L substrat dan konsentrasi
substrat dalam media di luar membran sel adalah Sc. Konsentrasi substrat tepat di
luar membran sel adalah konsentrasi yang dapat dimanfaatkan sel. Karena itu:

Dengan demikian laju serapan media diberikan oleh

Transfer fluks massa antara media curah dan sel mikroba:

di mana kL adalah koefisien perpindahan massa dalam medium cair, ac adalah

luas permukaan sel per satuan volume sel, dan cell adalah kepadatan sel. Pada
kondisi semu, laju serapan media identik dengan laju transfer media ke sel.

29
 Dengan kata lain, persamaan Monod masih berlaku. Namun, konstanta
saturasi Ks dimodifikasi. Konstanta saturasi lebih tinggi ketika efek perpindahan
massa jelas. Derivasi ini memberi kita petunjuk mengapa persamaan monod
merupakan perkiraan laju pertumbuhan untuk jalur metabolisme yang rumit ketika
keadaan semu (pertumbuhan seimbang) bertahan.
Karena koefisien perpindahan massa meningkat dengan meningkatnya
agitasi (konveksi), suhu, dan ukuran partikel (sel) (luas permukaan berkurang
dengan ukuran sel), orang dapat mengharapkan konstanta saturasi Ks bervariasi
dengan parameter-parameter ini. Sementara persamaan Monod adalah model
pertumbuhan sel yang paling banyak digunakan, ia memiliki keterbatasan.
Misalnya, kondisi pertumbuhan seimbang (keadaan semu), konsentrasi substrat
encer, konsentrasi sel encer, tidak ada zat penghambat yang ada dalam medium,
dan substrat pembatas tunggal (dengan semua substrat lain yang diperlukan
berlebih) adalah batasan yang paling parah. Beberapa batasan ini dapat dikurangi
dengan menambahkan persyaratan tambahan.
2.14.3. Model Jaringan Reaksi Sederhana (atau Metabolik Sederhana)
Jaringan reaksi paling sederhana yang memiliki potensi untuk
menangkap efek transisi (atau pertumbuhan yang tidak seimbang) diberikan di
bawah ini,

Ini adalah pendekatan paling sederhana untuk jalur metabolisme. Ini memiliki
potensi untuk menggambarkan pertumbuhan yang seimbang dan tidak seimbang.

30
 Perkiraan ini tidak hanya pada jumlah langkah yang terlibat dalam
metabolisme dan pembentukan sel tetapi juga pada langkah-langkah dasar. Jelas,
setidaknya dua langkah dalam persamaan di atas tidak elementer, di mana
koefisien stoikiometrik tidak terbatas pada bilangan bulat antara 0 dan 3.
Selain substrat S, produk ekstraseluler P, dan biomassa X, ada dua
spesies perantara (yang merupakan bagian dari biomassa): E dan SE. Laju
sistem:

Dengan menetapkan 0=rE dan 0=rS.E, jaringan reaksi paling sederhana

menghasilkan ekspresi laju yang sama dengan persamaan Monod. Namun, tanpa
asumsi kondisi pseuosteady (atau pertumbuhan seimbang), laju persamaan diatas
menggambarkan variasi temporal dari enzim dan dengan demikian fase lag dalam
konsumsi substrat dan produksi biomassa.
2.14.4. Jalur Metabolik Sederhana
Jalur metabolisme paling sederhana yang dapat menangkap fase lag dan
efek transisi temporal. Penyerapan substrat terjadi ketika sel mengubah substrat
terikat intraseluler menjadi Y intermediet, dan kemudian ke produk ekstraseluler
P dan produk intraseluler P2, yang diintegrasikan ke dalam biomassa sel X. Enzim
yang diperlukan untuk setiap langkah juga diproduksi sebagai bagian dari P2.
Stoikiometri di sepanjang jalur diilustrasikan pada gambar 2.9 dapat ditulis
sebagai:

31
 Gambar 2.9. Jalur Metabolisme Paling Sederhana untuk Pertumbuhan Sel dengan Satu
Substrat S yang Membatasi
2.14.5. Model Cybernetic
Salah satu pendekatan untuk memodelkan pertumbuhan pada banyak
substrat adalah cybernetic. Cybernetic merupakan suatu proses untuk pencarian
tujuan (misal maksimalisasi tingkat pertumbuhan ketika tingkat substrat tinggi).
Walaupun pendekatan ini pada awalnya dimotivasi oleh keinginan untuk
memprediksi respon kultur mikroba terhadap pertumbuhan pada serangkaian
sumber karbon yang dapat disubstitusikan, pendekatan ini telah diperluas untuk
menyediakan metode alternatif untuk mengidentifikasi struktur pengaturan
jaringan reaksi biokimia yang kompleks (seperti metabolisme seluler) secara
sederhana. Biasanya tujuan tunggal, seperti tingkat pertumbuhan maksimum,
dipilih dan analisis matematika berorientasi tujuan digunakan. Analisis ini mirip
dengan banyak analisis ekonomi untuk distribusi sumber daya. Untuk banyak
situasi praktis, pendekatan ini menggambarkan pertumbuhan budaya yang
memuaskan pada media yang kompleks. Namun, kekuatan potensial dari
pendekatan ini adalah dalam rekayasa metabolisme dan dalam menghubungkan
informasi tentang urutan DNA dalam suatu organisme dengan fungsi fisiologis.
Pendekatan ini memiliki keterbatasan, karena fungsi objektif untuk
setiap organisme adalah memaksimalkan kelangsungan hidup jangka panjangnya

32
sebagai spesies. Maksimalisasi tingkat pertumbuhan atau hasil pertumbuhan
benar-benar sub-subyektif yang dapat mendominasi dalam beberapa kondisi
lingkungan, misalnya tingkat substrat tinggi dan populasinya jarang; kondisi ini
seringkali sangat menarik bagi insinyur bioproses. Akibatnya, pendekatan
cybernetic sering menjadi alat yang berharga. Generasi dari pendekatan ini
mengarah ke diskusi kita di bagian selanjutnya.
2.14.6. Biologi Sistem Komputasi
Sebagai perkembangan dari model kinetik yang disajikan pada bagian
sebelumnya, selanjutnya mempelajari pemahaman sistem tingkat kultur seluler.
Karena kebutuhan untuk deskripsi kuantitatif lengkap (holisme) dalam biologi
diakui, pemahaman berkembang bahwa sistem kehidupan tidak dapat dipahami
dengan mempelajari hanya bagian-bagian individu. Biologi sistem komputasi
bertujuan untuk pemahaman tingkat sistem dengan menganalisis data biologis
menggunakan komputasi teknik.
Kemajuan sekuensing genom yang cepat dalam berbagai bidang dan
sejumlah besar data yang dihasilkan oleh percobaan throughput tinggi dalam
microarray DNA, proteomik, dan kemajuan metabolisme telah menyebabkan
lompatan dalam pemodelan sistem biologis. Pendekatan yang diuraikan sejauh ini
adalah perkiraan sistem seluler pada berbagai tingkat penyederhanaan.
Pemahaman seluruh sistem akan membantu dalam menyederhanakan sistem pada
kondisi input dan / atau lingkungan yang berbeda dan memberikan panduan untuk
mengubah sistem seluler untuk tujuan yang diinginkan.

2.15. Analisa Kinerja Kultur Batch

Kultivasi sel biasanya dilakukan dalam mode batch. Bioreaksi biasanya
diterapkan dalam produksi obat, makanan, dan pengolahan limbah. Terlepas dari
pengolahan limbah, nilai produk biasanya tinggi dan arahan utama adalah kontrol
kualitas. Bioreaktor dalam industri farmasi dan makanan umumnya dioperasikan
dalam mode batch, menghilangkan potensi kontaminasi silang dan hilangnya
produktivitas karena hilangnya sel yang diinginkan.

33
 Operasi batch bukan operasi yang dikendalikan. Tidak ada kontrol yang
diberikan ke sistem setelah fermentasi dimulai selain lingkungan eksternal. Pada
saat yang sama, ada sedikit kesempatan untuk memperkenalkan materi yang tidak
diinginkan ke dalam sistem. Ini juga merupakan alasan bahwa produksi obat
biasanya batch.

BAB III
PENUTUP

34
3.1. Kesimpulan
1. Perhitungan pertumbuhan sel bisa dilakukan dengan model pertumbuhan
tidak terstruktur, persamaan monod, model metabolik sederhana, model
cybernetic, dan sistem komputasi.
2. Sel dapat tumbuh dengan kondisi yang sesuai. Beberapa faktor yang
mempengaruhi pertumbuhan sel, yaitu suhu, pH, potensi redoks, serta
konsentrasi elektrolit dan substrat.
3. Intraseluler terdapat di dalam sel dan ekstraseluler terdapat di luar sel.
4. Kinetika pertumbuhan sel dan produk yang dihasilkan adalah atas
pengaruh gabungan dari metabolisme sel dan duplikasi sel.
3.2. Saran
Pembaca harus lebih menggali lebih dalam lagi mengenai pertumbuhan
sel untuk menambah informasi dan dapat menerapkannya pada proses perkuliahan
dan juga saat bekerja nanti.

35
 DAFTAR PUSTAKA

Blanch, H. W dan Clark, D. S. 1996. Biochemical Engineering. New York:

Marcel Dekker, Inc.
Chen, J., Tannahill, A. L., dan Shuler, M. L. 1985. Design of a System for the
Control of Low Dissolved Oxygen Concentrations: Critical Oxygen
Concentartion for Azotobacter vinelandii and Escherichia coli.
Biotechnology and Bioengineering Journal. 27: 151-155.
Harrigan, W. F., Margaret, E., dan McCance. 1966. Laboratory Methods in
Microbiology. Amerika Serikat: Academic Press.
Herendeen, S. L., VanBogelen, R. A., dan Neidhardt, F. C. 1979. Levels of Major
Proteins of Escherichia coli During Growth at Different Temperatures.
Journal of Bacteriology. 139: 185-194.
Liu, S. 2012. BioprocessEngineering 1st edition. New York: Elsevier.
Todar, k. 2003. Hemacytometer. (Online). Http://Arbl.Cvmbs.Colostate.Edu
/Hbooks-/Pathphys/Reprod/Semeneval/Hemacytometer.Html. (diakses
pada tanggal 21 april 2020).

36