BIOKIMIA LANJUT

Nama : Ni Gusti Ayu Made Parwati

Stambuk : A 251 17 055

TUGAS 3
A. Biosintesis nukleotida purin
Biosintesis nukleotida purin dapat melalui dua jalur yaitu :
1. Melalui sintesis de novo
2. Melalui lintas penyelamatan (salvage pathways)

Pembahasan untuk kedua jalur biosintesis nukleotida purin tersebut adalah sebagai berikut :
1. Sintesis de novo
Sintesis de novo melalui 2 tahapan besar yaitu pembentukan IMP (Inosine 5 – monopospat)
dan pembentukan AMP/GMP.
1.1 Pembentukan IMP (inosine 5 – monopospat)
a. Ribosa 5 pospat dengan ATP akan membentuk 5 – fosforibosil 1 piropospat (PRPP).
Enzim yang mengkatalisa reaksi ini adalah PRPP sintetase.

b. PRPP + glutamin membentuk 5 – posporibosilamin (PRA) (Glutamin – PRPP

amidotranferase). (reaksi ditunjukkan oleh no.1 pada gambar)
c. Gugus amino mengalami asilasi oleh glisin menjadi glisinamid ribonukleotida
(GAR) enzim yang digunakan adalah GAR sintase (reaksi ditunjukkan oleh no.2
pada gambar).
d. Transfer gugus formil dari 10 – formiltetrahidrofolat pada N – 7 menjadi
formiglisinamid ribonukleotida (FGAR) enzim yang digunakan adalah FGAR
transformilase. (reaksi ditunjukkan oleh no.3 pada gambar).
e. Amida duibah menjadi amidin, memerlukan ATP, glutamin sebagai sumber N
menjadi formiglisinamidin ribonukleotida (FGAM) enzim yang digunakan adalah
FGAM sintase). (reaksi ditunjukkan oleh no.4 pada gambar).
f. Penutupan cincin, memerlukan ATP membentuk aminoimidazol ribonukleotida
(AIR) enzim yang digunakan adalah AIR sintase. (reaksi ditunjukkan oleh no.5
pada gambar).
g. Pengikatan CO2 pada C – 5, yang akan membentuk C – 4, menjadi karboksiamino
imidzolribonukleotida (CAIR) dengan menggunakan enzim CAIR karboksilase.
Tidak memerlukan biotin. CO2 mula – mula diikatkan pada N – 3, kemudian
dipindah terikat pada C – 5. Pada proses ini memerlukan ATP. (reaksi ditunjukkan
oleh no.6 pada gambar).
h. Aspartat berkondensasi dengan karboksilat yang baru terbentuk menjadi satu amida,
suksinilo aminoimidazol karboksamida ribonukleotida (SAICAR) enzim yang
digunakan adalah SAICAR sintase. (reaksi ditunjukkan oleh no.7 pada gambar).
i. Fumatrat dipecah oleh enzum adenilosuksinat liase dan menghasilkan
aminoimidazol karboksamida ribonukleotida (AICAR) dengan menggunakan enzim
adenilosuksinat liase. (reaksi ditunjukkan oleh no.8 pada gambar).
j. Menyerupai tahap ketiga, 10 formiltetrahidrofolat menyerahkan gugus formil
(–CH=O) pada gugus amino dari aminoimidazol karboksamida ribonukleotida
menjadi formamidoimidazol karboksamid ribonukleotida (FAICAR) dengan enzim
yang terlibat adalah AICAR transformilase. (reaksi ditunjukkan oleh no.9 pada
gambar).
k. Nitrogen dari amida berkondensasi dengan gugus formil, dan menutup cincin purin
menghasilkan inosine 5 – monopospat (IMP) dengan menggunakan enzim IMP
siklohidrolase (reaksi ditunjukkan oleh no.10 pada gambar).
1.2 Pembentukan AMP/GMP
a. Membentuk AMP
 IMP mendapatkan N yang menggantikan O pada posisi 6 dari aspartat. Energi
yang dibutuhkan berasal dari GTP. Kemudian fumarat lepas
b. Membentuk GMP
 IMP dioksidasi menjadi XMP yang memerlukan NAD+
 Oksigen pada posisi 2 akan digantikan oleh N dari amida glutamin, reaksi ini
memerlukan ATP.
2. Melalui lintas penyelamatan (salvage pathways)
Basa purin bebas adenin, guanin dan hiposantin dapat diubah kembali menjadi bentuk
nukleotida masing – masing. Jalur ini jauh lebih sedikit memerlukan energi dibandingkan dengan
sintesis de novo. Reaksi ini sangat diperlukan di beberapa sel, yaitu sel eritrosit, sel PMN
(polimorfonuklear) dan sel saraf.
Tahapannya adalah sebagai berikut.
1. Mekanisme pertama, yakni tahap yang menyebabkan terjadinya pemindahan gugus
amino ke senyawa 5-fosoforibosil-1-pirofosfat (FPPF), membentuk 5-fosforibosilamin.
2. Mekanisme kedua terjadi pada tahap terakhir, kelebihan GMP di dalam sel menyebabkan
penghambatan alosetrik terhadap pembentukan dari asam inosinat tanpa mempengaruhi
pembentukan AMP .
Ada dua enzim yang berperan disini, yaitu APRT (adenin phosporibosyl transferase) serta
HGPRT (Hypoxanthine/Guanin phosporibosyl transferase)
 Adenin oleh APRT diubah menjadi AMP
Lintas ini terdiri dari reaksi tuggal, dengan adenine bebas yang bereaksi dengan 5
posporibosil – 1- piropospat (PRPP) menghasilkan seyawa nukleotida adenine yang
bersangkutan.
Adenine + PRPP → AMP + PPi
 Hypoxhantin dan guanin oleh HGPRT diubah menjadi IMP dan GMP secara berturut
– turut. Guanine bebas dihemat dengan cara yang sama oleh enzim lain.
Guanin + PRPP → GMP + PPi
Hypoxhantin + PRPP → IMP + PPi
APRT kurang begitu berperan dibandingkan dengan HGPRT, karena manusia lebih
sedikit menghasilkan Adenin. Karena itu, individu yang mengalami defisiensi HGPRT
pada lesch – nyhan syndrom akan lebih rentan mengalami kenaikan level asam urat
dalam tubuh.
B. Biosintesis nukleotida pirimidin
Umumnya biosintesis pirimidin dan purin memerlukan bahan pembentukan yang sama
misalnya PRPP, glutamin, CO2, asam aspartat, koenzim tetrahidrofolat (FH4). Tetapi ada satu
perbedaan yang jelas sekali yaitu pada saat terjadinya penambahan gugus ribosa-P (pada
biosintesis purin), penambahan gugus ribosa-P tersebut sudah berlangsung ditahap awal.
Sedangkan pada biosintesis pirimidin berlangsung setelah perjalanan beberapa tahap lebih jauh.
Tahapan biosintesis pirimidin sama seperti biosintesis purin yang melalui dua jalur yaitu:
1. Melalui sintesis de novo
2. Melalui lintas penyelamatan (salvage pathways)

Pembahasan untuk kedua jalur biosintesis nukleotida purin tersebut adalah sebagai berikut :
1. Sintesis de novo
a. Cincin pirimidin berasal dari bicarbonat ( C-2 ), amida dari glutamin ( N-3 ), aspartat ( C-
4, C-5, C-6 dan N-1 ).
b. Sintesa pirimidin dimulai dengan pembentukan karbamoil fosfat (carbamoyl phosphate)
dari glutamin dan bikarbonat. Reaksi ini memerlukan 2 ATP. Enzim yang mengkatalisa
reaksi ini adalah karbamoil fosfat sintetase II (CPS II). Berbeda dengan CPS I yang
lebih cenderung memakai amonia bebas, CPS II memakai glutamin sebagai sumber N-
nya, dan tidak memerlukan N-Asetilglutamat.

c. Biosintesis pirimidin diawali oleh reaksi pembentukan carbamoyl asparticacid phospat

(CAP) atau karbamoil-P yang dihasilkan dari reaksi antara glutamin, ATP dan CO2 yang
dikatalisis oleh enzim karbamoil-P sintetase yang berlangsung didalam sitosol. Berbeda
dengan enzim karbamoil-P sinthase yang bekerja pada reaksi pembentukan urea, dimana
reaksi nya berlangsung bukan didalam sitosol melainkan didalam mitokondria. (reaksi
ditunjukkan oleh no.1 pada gambar).
d. Berikutnya carbamoyl asparticacid phospat (CAP) atau karbamoil-P berkondensasi
dengan asam aspartat menghasilkan senyawa karbamoil-aspartat atau carbamoyl
asparticacid (CAA) . Reaksi ini dikatalisis oleh enzim aspartat transkarbamoilase. (reaksi
ditunjukkan oleh no.2 pada gambar).
e. Berikutnya terjadi reaksi penutupan rantai sambil membebaskan H2O dari molekul
karbamoil-aspartat (CAA) sehingga dihasilkan asam dehidro orotat (DHOA=
dihidroorotic acid). Reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim dihidroorotase. (reaksi
ditunjukkan oleh no.3 pada gambar).
f. Berikutnya melalui reaksi yang dikatalisis oleh enzim DHOA dehidrogenase dengan
koenzim NAD+, DHOA menghasilkan asam orotat (OA=orotic acid). (reaksi ditunjukkan
oleh no.4 pada gambar).
g. Selanjutnya terjadi reaksi penambahan gugus ribosa-P pada asam orotat. Reaksi ini
dikatalisis oleh enzim orotat fosforibosil transferase dan dihasilkan orotidilat OMP
(orotidin mono posphate). (reaksi ditunjukkan oleh no.5 pada gambar).
h. Akhirnya enzim orotidilat dikarboksilase mengkatalisis reaksi dikarboksilasi orotidilat
dan menghasilkan uridilat (uridin mono phosphate) yaitu produk nukleotida pertama pada
biosintesis pirimidin. (reaksi ditunjukkan oleh no.6 pada gambar).
2.Melalui Melalui lintas penyelamatan (salvage pathways)
Tipe kedua penyelamatan atau daur ulang (salvage pathway) yang terdiri dari dua tahap
merupakan jalur utama “salvaging” pirimidin.
(Tipe pertama : enzim orotat PRT dapat memakai pirimidin yang lain → nukleosida yang sesuai)
Tahap 1 : Basa + Ribosa 1-fosfat ↔ Nukleosida + Pi
(nukleosida fosforilase)
Tahap 2 : Nukleosida + ATP → Nukleotida + ADP
(nukleosida kinase)
Ada enzim uridin fosforilase dan uridin kinase dan deoksitimidin fosforilase dan timidin kinase
yang dapat mendaur ulang (salvage) timin apabila tersedia dR 1-P
Pertanyaan :
1. Kenapa ada biosisntesis melalui tahap de novo yang memerlukan lebih banyak energi?
sedangkan ada jalan biosintesis lain yaitu salvage pathways atau lintas penyelamatan yang
tidak membutuhkan banyak energi dan reaksinya juga lebih sederhana. Apakah asal
substratnya berbeda?
2. Untuk apa purin dan pirimidin di biosintesis kembali setelah didegradasi?