Nama : Yosi Dea Angela

NPM : 1753023009
Kelas :A

UAS Proses Kimia Dalam Metabolisme dan Gen

1. Jelaskan Biosintesis basa Purin

Jawab:
Purin adalah basa heterosiklik. Sederhananya, ini adalah struktur cincin tertutup yang
terdiri dari setidaknya dua jenis atom. Purin adalah salah satu dari tiga komponen
nukleotida; ester fosfat dari gula pentosa (baik ribosa atau deoksiribosa) di mana basa
purin atau pirimidin dihubungkan dengan C1 gula.
• biosintesis purin kompleks.
Kerangka purin adalah cincin pirimidin beranggota 6-anggota yang menyatu dengan
cincin imidazol beranggota 5 (Lihat Gambar 1). Setiap cincin mengandung dua atom
nitrogen (N), dengan 5 posisi sisanya di setiap cincin ditempati oleh karbon (C), yang
melekat pada Hidrogen (H). Hidrogen dapat digantikan oleh atom atau kelompok yang
berbeda untuk membentuk purin yang berbeda. 4 Ns berasal dari asam amino yang
berbeda dan 5 Cs lainnya berasal dari gugus yang mengandung satu karbon. Ini
ditemukan pada tahun 1948 oleh John Buchanan yang memberi makan merpati senyawa
berlabel isotop untuk menentukan posisi atom berlabel dalam asam urat yang mereka
keluarkan. Nama senyawa yang menyediakan masing-masing atom C dan N diberi label
pada Gambar 1

Gambar 1. Struktur nukleotida yang menggambarkan bagaimana basa dan gula pentosa
 (nukleosida, berwarna kuning biru dan hijau) dapat dilekatkan pada salah satu, dua
atau tiga gugus fosfat. Nukleosida yang melekat pada satu fosfat (merah) adalah
nukleosida monofosfat.

Penambahan gugus fosfat e kedua (merah) membentuk difosfat nukleosida, dan

akhirnya, penambahan fosfat ketiga membentuk nukleosida trifosfat. Dimana gugus
fosfat proksimal ke nukleosida tempat ikatan fosfat-ester.

• Biosintesis Sintesis purin ribonukleotida

Biosintesis purin terjadi dalam sitosol semua sel. Cincin purin dibangun dalam
serangkaian 11 langkah katalis enzim. Setiap enzim bersifat oligomer, yang artinya
mengandung beberapa monomer. Produk antara yang diproduksi selama reaksi tidak
dilepaskan. Sebaliknya, mereka diangkut ke enzim berikutnya di sepanjang jalur.
Langkah pertama dari jalur ini menghasilkan senyawa penting, 5-phosphoribosyl-alpha-
pyrophosphate (PRPP). Senyawa ini juga merupakan prekursor dalam biosintesis
nukleotida pirimidin. Ini menyediakan unit fosfo-ribosa dari ribonukleotida ini.PRPP
berasal dari ribosa-5-fosfat (R5P), produk dari jalur pentosa fosfat. Oleh karena itu,
purin dibangun dari serangkaian reaksi adisi menjadi gula

• Sintesis purin menghasilkan inosin monofosfat

Pada langkah pertama biosintesis purin, ribose phosphate pyrophosphokinase
mengaktifkan ribose dengan bereaksi dengan ATP untuk membentuk 5-phosphoribosyl-
alpha-pyrophosphate (PRPP).
Langkah 2 adalah langkah komitmen biosintesis purin. Dalam reaksi ini di tengah
transferofoforforososil mengkatalisis perpindahan kelompok pirofosfat PRPP oleh
nitrogen amida glutamin. Reaksi ini adalah langkah pengontrol fluks jalur yaitu laju di
mana keluaran jalur biosintetik menghasilkan produk. Itu ditunjukkan pada Gambar 3
 Gambar 3 (A) Langkah 1 - Aktivasi ribosa-5-fosfat. Bahan awal untuk purin
biosintesis ribosa-5-fosfat, produk dari Jalur pentosa fosfat. Pada langkah pertama
biosintesis purin, ribose phosphate pyrophosphokinase mengaktifkan ribose dengan
bereaksi dengan ATP, yang menggerakkan reaksi, untuk membentuk 5-
phosphoribosyl-alpha-pyrophosphate (PRPP). (B) Langkah 2 - Langkah
pengendalian fluks. Amidophosphoribosyl transferase mengkatalisis perpindahan
kelompok pirofosfat PRPP oleh nitrogen amida glutamin yang membentuk Beta-5-
phosphoribosylamine. Langkah ini juga didorong oleh ATP.

Mengikuti 9 langkah yang tersisa, turunan purin pertama yang disintesis adalah inosin
monofosfat (IMP). Ini dapat dilihat pada Gambar 4.

Gambar 4. Jalur metabolisme untuk biosintesis de novo dari IMP. Di sini residu purin
dibangun di atas cincin ribosa dalam 11 reaksi yang dikatalisis oleh enzim
 IMP adalah prekursor untuk nukleotida purin, adenosin dan guanosin monofosfat (AMP
dan GMP). Masing-masing disintesis dalam jalur dua reaksi dengan dua cabang pada
tingkat IMP: Penambahan fosfat selanjutnya untuk menghasilkan nukleosida difosfat dan
trifosfat dapat mengikuti penyelesaian sintesis monofosfat. Reaksi ini dilakukan oleh
kinase. Kinase disebut karena sifatnya mentransfer gugus fosfat dari molekul fosfat
berenergi tinggi ke substrat tertentu. Bentuk nukleotida trifosfat lengkap, adenosin dan
guanosin trifosfat (ATP dan GTP) adalah unit RNA dan DNA yang dapat dikenali. Oleh
karena itu, purin pada awalnya dibentuk sebagai ribonukleotida daripada sebagai basa
bebas.

• Biosintesis nukleotida purin diatur pada beberapa langkah

Jalur yang mensintesis IMP, ATP, dan GTP diatur secara individual. Ini sangat penting
untuk mencegah pemborosan (1) energi dan nitrogen, (2) untuk mengontrol jumlah total
nukleotida purin yang tersedia untuk sintesis asam nukleat dan (3) produk limbah purin,
asam urat, berbahaya bagi sel. Produksi asam urat yang berlebihan menyebabkan
deposisi pada sendi yang menyebabkan rasa sakit dan kemerahan; ini adalah dasar
patofisiologis dari gout.
Sintesis IMP dikendalikan oleh kadar nukleotida adenin dan guanin. Kontrol tambahan
diberikan oleh aktivasi feedforward, yang merupakan stimulasi enzim berikutnya oleh
substrat sebelumnya. Dalam situasi ini, amidophosphoribosyl transferase I langkah 2
dirangsang secara aloster oleh PRPP, produk dari langkah 1. Regulasi tingkat kedua
terjadi pada titik cabang di bawah IMP, yang mengarah ke AMP atau GMP. Produk
akhir ini masing-masing merupakan penghambat IMP yang kompetitif dan oleh karena
itu, penumpukan berlebihan mereka dicegah. Kebutuhan metabolisme purin dapat
dipenuhi dengan biosintesis dalam tubuh manusia. Tanpa produksi purin yang memadai,
atau karena jalur biosintetik yang abnormal, manifestasi klinis yang menyakitkan dapat
timbul.

2. Jelaskan Biosintesis basa Pirimidin

Jawab :
Biosintesis Basa Pirimidin Dari Asam Aspartat Dan Ribosa Posfat
Biosintesis nukleotida pirimidin berlangsung dengan cara yang agak berbeda dari
biosintesis nukleotida purin; dalam hal ini cincin pirimidin dengan 6 anggota karbon
dibentuk dulu, dan kemudian dilekatkan pada ribosa fospat yang diperlukan dalan proses
ini adalah karbamoil fospat, yang juga merupakan senyawa antara didalam siklus urea.
Namun demikian, karbamoil fospat yang diperlukan didalam sintesis urea dibuat didalam
mitokondrion oleh suatu enzim mitokondrion yaitu karbamoil fospat sintetase I,
sedangkan karbamoil fospat yang diperlukan dalam biosintesis pirimidin dibuat didalam
sitosol oleh bentuk enzim yang berbeda, karbamoil fospat sintetase II.Karbamoil fospat
sitosol bereaksi dengan aspartat menghasilkan N-Karbamoil aspartat.Reaksi ini
dikatalisis oleh aspartat transkarbamoilase, yakni salah satu diantara enzim alosterik
yang paling banyak diteliti.Dengan reaksi pelepasan air dari N-Karbamoilaspartat, yang
dikatalisis oleh dihidroorotase, cincin pirimidin ditutup dengan pembentukan asam L-
dihidroorotat.Pada reaksi ini, NAD+ bertindak sebagai senyawa akhir penerima elektron.

Pada saat ini rantai samping D-ribosa 5-Fospat, yang diberikan oleh 5-Fosporibosol-1-Pi-
rofospat, dilekatkan pada orotat, menghasilkan asam orotidilat.Orotidilat kemudian
didekarboksilasi menjadi uridilat, yang selanjutnya difosforilasi menjadi UTP dan
kemudian menerima gugus amino dari glutamin, membentuk sitidin trifospat, atau CTP
(Lehninger A,1982).
Gambar 2.5. Biosintesis nukleotida pirimidin dari asam aspartat dan ribosa posfat

(Harper,2001)
Sintesis pirimidin kurang kompleks daripada purin, karena alasnya jauh lebih sederhana.
Basa lengkap pertama berasal dari satu mol glutamin, satu mol ATP dan satu mol CO2
(yang membentuk karbamoil fosfat) dan satu mol aspartat. Mol tambahan glutamin dan
ATP diperlukan dalam konversi UTP ke CTP. Jalur biosintesis pirimidin digambarkan di
bawah ini. Sintesis pirimidin berbeda dalam dua cara signifikan dari purin. Pertama,
struktur cincin dirangkai sebagai basis bebas, tidak dibangun di atas PRPP. PRPP
ditambahkan ke basa pirimidin yang terbentuk sepenuhnya pertama (asam orotik),
membentuk orotat monofosfat (OMP), yang kemudian didekarboksilasi menjadi UMP.
Kedua, tidak ada cabang di jalur sintesis pirimidin.

Karbanoil fosfat yang digunakan untuk sintesis pirimidin nukleotida berasal dari
glutamin dan bikarbonat, di dalam sitosol, berbeda dengan siklus urea karbamoil fosfat
yang berasal dari amonia dan bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi siklus urea
dikatalisis oleh karbamoil fosfat sintetase 1 (CPS-1, CPS-I) sedangkan prekursor
pirimidin nukleotida disintesis oleh aktivitas CPS-2 (CPS-II) dari enzim tri-fungsional
yang membatasi laju tri-fungsi enzim pirimidin nukleotida nukleotida biosintesis.
Karbamoil fosfat yang dihasilkan oleh enzim ini kemudian dikondensasi dengan aspartat
pada langkah kedua dari reaksi yang dikatalisis oleh aktivitas aspartat transcarbamoylase
(ATCase) dari enzim tersebut. Langkah ketiga biosintesis pirimidin nukleotida dikatalisis
oleh aktivitas dihidroorotase (sebelumnya disebut sebagai carbamoyl aspartate
dehydratase) dari enzim tri-fungsional. Nama resmi untuk enzim tri-fungsional ini adalah
carbamoyl-phosphate synthetase 2, aspartate transcarbamoylase, dan dihydroorotase.
Enzim ini dikodekan oleh gen CAD yang terletak pada kromosom 2p23.3 yang terdiri
dari 45 ekson yang menghasilkan dua mRNA yang disambungkan, yang satu mengkode
protein 2225 asam amino dan yang lain protein 2162 asam amino

Sintesis karbamoil fosfat. Aktivitas CPS-2 (CPS-II) dari enzim trifungsional yang
dikodekan oleh gen CAD (carbamoyl-phosphate synthetase 2, aspartate
transcarbamoylase, dan dihydroorotase) menggunakan glutamin sebagai donor nitrogen
pada langkah pertama sintesis nukleidida de novo pyrimidine. Reaksi yang dilabeli
sebagai 1 dan 2 pada Gambar berikut dikatalisis oleh dua aktivitas lain dari enzim
berkode CAD.

Mengikuti sintesis asam dihydroorotic oleh enzim CAD tri-fungsional, senyawa ini
dioksidasi menjadi asam orotik oleh dihydroorotate dehydrogenase (reaksi 3).
Dihydroorotate dehydrogenase adalah enzim mitokondria yang ditambatkan ke
permukaan luar membran mitokondria bagian dalam. Enzim ini dikodekan oleh gen
DHODH yang terletak pada kromosom 16q22 dan terdiri dari 11 ekson yang mengkode
protein dari 395 asam amino. Dua reaksi terakhir (4 dan 5), yang menghasilkan pirimidin
nukleotida (UMP) pertama yang sepenuhnya terbentuk, dikatalisis oleh enzim
homodimerik bi-fungsional yang diidentifikasi sebagai sintetase UMP. Enzim ini
memiliki aktivitas orotate phosphoribosyltransferase dalam domain N-terminal dan
aktivitas decarboxylase OMP dalam domain C-terminal. Gen UMPS terletak pada
kromosom 3q21.2 dan terdiri dari 7 ekson yang mengkode protein 480 asam amino.

Setelah selesainya sintesis UMP nukleotida ini difosforilasi dua kali untuk menghasilkan
UTP (ATP adalah donor fosfat). Fosforilasi pertama dikatalisis oleh kinase uridilat dan
yang kedua oleh nukleosida difosfat kinase di mana-mana. Sintesis CTP terjadi melalui
aminasi UTP oleh aksi CTP synthase. Manusia memiliki dua gen CTP synthase yang
berbeda, CTPS1 dan CTPS2. Gen CTPS1 terletak pada kromosom 1p34.2 dan terdiri dari
22 ekson yang menghasilkan dua mRNA yang disambung secara alternatif, yang
keduanya menyandikan isoform protein yang berbeda. Gen CTPS2 terletak pada
kromosom Xp22.2 dan terdiri dari 24 ekson yang menghasilkan tiga mRNA yang
diselingi, yang masing-masing mengkode protein asam amino 586 yang sama.

Nukleotida uridin juga merupakan prekursor untuk sintesis de novo nukleotida timin
(bagian selanjutnya). Nukleotida timin pada gilirannya berasal dari sintesis de novo dari
dUMP atau dengan jalur penyelamatan dari deoksiuridin atau deoksiimidin.
3. Bagaimana Regulasi Biosintesis Nukleotida Pirimidin.
Jawab :
Regulasi Biosintesis Basa Pirimidin
Regulasi kecepatan sintesis nukleotida pirimidin terjadi melalui enzim aspartat
transkarba etaseilase (ATCase), yang mengkatalisis reaksi pertama di dalam rangkaian
reaksi ini Enzim ini dihambat oleh sitidin trifosfat (CTP), yang merupakan produk akhir
rangkaian reaksi ini.Molekul ATCase terdiri dari enam subunit katalitik dan enam
subunit pengatur.Subunit katalitik mengikat molekul substrat, dan subunit alos- terik
mengikat penghambat alosterik CTP. Keseluruhan molekul ATCase, dan juga
subunitnya terdapat dalam dua konformasi, aktif dan inaktif. Bilamana subunit regulatori
tidak terisi (kosong), enzim berada dalam keadaan aktif maksimum.Akan tetapi,
bilamana terjadi akumulasi CTP, molekul ini diikat oleh subunit regulatori sehingga
menyebabkan perubahan dalam konformasinya.Perubahan ini disampaikan kepada
subunit katalitik, yang kemudian juga beralih ke konformasi inaktif.Adanya ATP
mencegah perubahan yang diinduksi oleh CTP (Lehninger A,1982)
 Gambar 2.6 . Pengaruh modulator alosterik CTP dan ATP terhadap kecepatan
pengubahan aspartat menjadi karbamoilaspartat oleh aspartat transkarbamoilase.

Regulasi biosintesis pirimidin terjadi terutama pada langkah pertama yang dikatalisis
oleh enzim trifungsional yang dikodekan oleh gen CAD. Aktivitas ATCase enzim
dihambat oleh CTP dan diaktifkan oleh ATP. Aktivitas sintetase karbamoil-fosfat
kompleks ini disebut karbamoil-fosfat sintetase 2 (CPS-2), berbeda dengan CPS-1 yang
terlibat dalam siklus urea. Enzim yang dikodekan CAD dilokalisasi ke sitoplasma dan
aktivitas CPS-2 memanfaatkan glutamin sebagai donor nitrogen untuk sintesis karbamoil
fosfat. CPS-1 dari siklus urea terlokalisasi di mitokondria dan memanfaatkan amonia.
Domain CPS-2 diaktifkan oleh ATP dan dihambat oleh UDP, UTP, dUTP, dan CTP.
Peran glisin dalam regulasi enzim tri-fungsional gen CAD diberikan pada aktivitas
ATCase kompleks. Tingkat ATP juga mengatur biosintesis nukleotida pirimidin pada
tingkat pembentukan PRPP. Peningkatan tingkat hasil PRPP dalam aktivasi sintesis
pirimidin.Ada juga peraturan aktivitas OMP decarboxylase dari enzim OMP synthase bi-
fungsional. Domain aktivitas dekarboksilase secara kompetitif dihambat oleh UMP dan,
pada tingkat yang lebih rendah, oleh CMP. Akhirnya, CTP synthase dihambat oleh
umpan balik oleh CTP dan diaktifkan oleh GTP.