PENGERTIAN PIRIMIDIN

Purin dan pirimidin merupakan komponen utama DNA, RNA, koenzim (NAD,
NADP, ATP, UDPG). Inti pirimidin adalah inti dari senyawa komponen molekul
nukleotida asam nukleat RNA dan DNA. Contoh Pirimidin: (sitosin, urasil, timin) →
dimetabolisme jadi CO2 dan NH3.

STRUKTUR PIRIMIDIN

Basa pirimidin dengan struktur cincin tunggal yaitu Timin (T) dan Sitosin (S). Basa
nitrogen yang terdiri atas purin (Adenin dan Guanin) dan pirimidin (Sitosin dan Timin)
akan membentuk rangkaian senyawa kimia dengan gula pentosa, membentuk nukleosida.
Nukleosida bersenyawa dengan gugus fosfat membentuk nukleotida, yang mempunyai
bentuk rantai panjang. Untuk lebih jelasnya, lihatlah gambar 3.11. Nukleotida inilah yang
akan menyusun molekul DNA. Satu molekul DNA terdiri atas ratusan atau ribuan
nukleotida. Nukleotida-nukleotida tersebut membentuk rantai panjang yang
disebut polinukleotida. Antara rantai polinukleotida satu dengan yang lainnya saling
berhubungan pada bagian basa nitrogen.

Golongan basa nitrogen pada DNA/ RNA                                                             

Derivat Pirimidin berupa senyawa sitosin, urasil dan timin  Nukleosida diberi nama
sesuai nama basa pembentuknya yaitu adenin nukleisida (adenosin), guanin nukleisida
(guanosin), urasil nukleosida (uridin), timin nukleisida (timidin), sitosin nukleisida
(sitidin)

KATABOLISME PIRIMIDIN

Katabolisme pirimidin terutama terjadi di hati. Ekskresi aminoisobutirat meningkat

pada leukemia dan radiasi sinar X akibat peningkatan destruksi sel dan DNA nya. Ekskresi
aminoisobutirat juga meningkat pada 25% orang normal dari etnis Cina dan Jepang
Untuk pseudouridin yang terdapat dalam tRNA, tidak ada mekanisme hidrolisa atau
fosforilasi untuk nukleosida ini menjadi basa pirimidinnya (urasil), sehingga pseudouridin
diekskresikan sebagai pseudouridin dalam urine manusia. Hasil akhir katabolisme
pirimidin berupa CO2, ammonia, beta alanin dan propionat serta mudah larut dalam air

Ciri Katabolisme Pirimidin

1. Ekskresi asam amino isobutirat meningkat pada leukemia dan radiasi sinar

X,akibat peningkatan destruksi sel dan DNA nya.
2. Ekskresi asam amino isobutirat juga meningkat pada 25% orang normal dari
etnis Cina dan Jepang

3. Untuk pseudouridin yang terdapat dalam tRNA, tidak ada mekanisme hidrolisa

atau fosforilasi untuk nukleosida ini menjadi basa pirimidinnya (urasil),
sehingga pseudouridin diekskresikan sebagai pseudouridin dalamurine manusia

BIOSINTESIS PIRIMIDIN

Regulasi Biosintesis Pirimidin

Regulasi biosintesis pirimidin dilakukan melalui 2 mekanisme, yaitu :

1. Dua enzim pertama diregulasi secara allosterik (karbamoil fosfat sintetase dan

aspartat transkarbamoilase) Karbamoil fosfat sintetase:                                      

- dihambat oleh UTP dan nukleotida purin

- diaktivasi oleh PP ribose P Aspartat transkarbamoilase dpt dihambat oleh CTP

2. Tiga enzim pertama dan dua enzim terakhir diregulasi secara represi dan derepresi
yang terkoordinasi

Biosintesis Nukleotida pirimidin

Sintesis dari pirimidin kurang kompleks dibandingkan dengan purin, karena dasar
jauh lebih sederhana. Basis menyelesaikan pertama adalah berasal dari 1 mol glutamin,
salah satu mol ATP dan satu mol CO 2 (yang merupakan karbamoilfosfat) dan satu mol
aspartate. Sebuah mol tambahan glutamin dan ATP yang diperlukan dalam konversi UTP
untuk CTP adalah. Jalur biosintesis pirimidin yang digambarkan di bawah ini.

karbamoilfosfat digunakan untuk sintesis nukleotida pirimidin berasal dari glutamin dan
bikarbonat, dalam sitosol, yang bertentangan dengan siklus karbamoil fosfat urea berasal
dari amonia dan bikarbonat dalam mitokondria. Reaksi siklus urea dikatalisis oleh
sintetase karbamoilfosfat I (CPS-I) sedangkan prekursor nukleotida pirimidin disintesis
oleh CPS-II. karbamoilfosfat kemudian kental dengan aspartat dalam reaksi dikatalisis
oleh enzim yang membatasi laju biosintesis nukleotida pirimidin, transcarbamoylase
aspartate (ATCase).

Synthesis of carbamoyl phosphate by CPS II Sintesis karbamoilfosfat oleh CPS II

Enzim nama:

1. Aspartate transcarbamoylase, ATCase

2. Karbamoil dehydratase aspartate

3. Dihydroorotate dehidrogenase

4. Orotate fosforibosiltransferase
 5. -5-fosfat karboksilase orotidine

Sintesis UMP dari karbamoilfosfat. Karbamoil fosfat digunakan dalam sintesis nukleotida
pirimidin berbeda dari yang disintesis pada siklus urea, melainkan disintesis dari glutamin
bukan amonia dan disintesis dalam sitosol. Reaksi ini dikatalisis oleh sintetase karbamoil
fosfat II (CPS-II). Selanjutnya karbamoilfosfat dimasukkan ke dalam jalur biosintesis
nukleotida pirimidin melalui aksi transcarbamoylase aspartat, ATCase (enzim # 1) yang
adalah tingkat membatasi langkah dalam biosintesis pirimidin. Setelah penyelesaian
sintesis UMP dapat difosforilasi menjadi UTP dan digunakan sebagai substrat untuk
sintase CTP untuk sintesis nukleotida CTP uridin. juga merupakan prekursor untuk sintesis
de novo dari nukleotida timin. Tempatkan mouse di atas nama menengah hijau untuk
melihat struktur.

Sintesis pirimidin berbeda dalam dua cara yang signifikan dari tahun
purin.Pertama, struktur cincin dipasang sebagai basa bebas, tidak dibangun di atas PRPP.
PRPP ditambahkan ke base pirimidin terbentuk penuh pertama (asam orotic), membentuk
monofosfat orotate (OMP), yang kemudian dekarboksilasi untuk UMP. Kedua, tidak ada
cabang di jalur sintesis pirimidin. UMP adalah fosforilasi dua kali untuk menghasilkan
UTP (ATP merupakan donor fosfat). Yang pertama adalah fosforilasi dikatalisis oleh
kinase uridylate dan yang kedua oleh nukleosida difosfat kinase mana-mana. Akhirnya
UTP aminated oleh aksi sintase CTP, menghasilkan CTP. Para nukleotida timin pada
gilirannya diturunkan oleh sintesis de novo dari DUMP atau dengan jalur penyelamatan
dari deoxyuridine atau deoxythymidine.

Sintesis CTP dari UTP

NUKLEOTIDA PIRIMIDIN

Katabolisme dari nukleotida pirimidin akhirnya menyebabkan β-alanin (ketika CMP dan
UMP yang rusak) atau β-aminoisobutyrate (ketika dTMP diturunkan) dan NH 3 dan
CO 2. The β-alanin dan β-aminoisobutyrate berfungsi sebagai donor-NH2 di transaminasi
dari α-ketoglutarate untuk glutamat.Reaksi selanjutnya mengubah produk untuk malonyl-
KoA (yang dapat dialihkan ke sintesis asam lemak) atau methylmalonyl-KoA (yang
dikonversikan ke succinyl-KoA dan dapat didorong dengan siklus TCA).

Sisa barang dari basa pirimidin memiliki signifikansi klinis kurang daripada purin, karena
kelarutan dengan-produk katabolisme pirimidin. Namun, seperti yang ditunjukkan di atas,
jalur penyelamatan untuk sintesis nukleotida timidin sangat penting dalam persiapan untuk
pembelahan sel. Urasil dapat diselamatkan untuk membentuk UMP melalui tindakan
bersama dari fosforilase uridina dan uridina kinase, seperti ditunjukkan:

- urasil fosfat + ribosa-1-<-> uridina + P i

- uridina + ATP -> ADP + UMP

Deoxyuridine juga merupakan substrat untuk fosforilase uridina. Pembentukan dTMP,

dengan menyelamatkan dari dTMP membutuhkan fosforilase timin dan sebelumnya
dihadapi kinase timidin:

- timin <+ deoksiribosa-1-fosfat -> timidin + P i

- timidin + ATP -> ADP + dTMP

Sisa barang dari deoxycytidine ini dikatalisis oleh kinase deoxycytidine:

- deoxycytidine + ATP <-> dCMP + ADP

Deoxyguanosine Deoxyadenosine dan juga substrat untuk kinase deoxycytidine,

meskipun m K untuk substrat ini jauh lebih tinggi daripada deoxycytidine.

Fungsi utama dari kinase pirimidin nukleosida adalah untuk menjaga keseimbangan selular
antara tingkat pirimidin nukleosida dan monophosphates pirimidin nukleosida. Namun,
karena keseluruhan selular dan konsentrasi plasma dari pirimidin nukleosida, serta mereka
yang ribosa-1-fosfat, rendah, sisa barang dari pirimidin oleh kinase ini relatif tidak efisien.
Metabolisme Signifikansi klinis Metabolisme pirimidin

Karena produk katabolisme pirimidin yang larut, hanya sedikit gangguan akibat
kelebihan tingkat sintesis atau katabolisme. Dua kelainan bawaan yang mempengaruhi
biosintesis pirimidin adalah hasil dari kekurangan dalam bifunctional enzim mengkatalisis
langkah-langkah terakhir dua sintesis UMP, orotate transferase phosphoribosyl dan
dekarboksilase OMP. Hasil ini kekurangan dalam aciduria orotic yang menyebabkan
pertumbuhan terbelakang, dan anemia parah yang disebabkan oleh eritrosit hipokrom dan
sumsum tulang megaloblastik.Leukopenia juga umum di acidurias orotic. Kelainan dapat
diobati dengan uridin dan / atau cytidine, yang mengarah ke produksi UMP meningkat
melalui aksi kinase nukleosida. UMP kemudian menghambat CPS-II, sehingga
menghaluskan produksi asam orotic. 

Hasil akhir Metabolisme pirimidin

 Hasil akhir katabolisme pirimidin: CO2, ammonia, betalanin dan propionat
sangat mudah larut dalam air bila overproduksi dan jarang didapati kelainan.
 Hiperurikemia dengan overproduksi PPRP akan terjadi peningkatan nukleotida
dan peningkatan ekskresi dari betalanin.
 Defisiensi folat dan vitamin B12 dengan defisiensi TMP.

Kekacauan Enzim rusak keterangan

aciduria Orotic, Tipe I transferase phosphoribosyl suatu kondisi yang terjadi

dan dekarboksilase OMP
ketika tubuh tidak dapat
membuat senyawa yang
disebut UMP sintetase, yang
merupakan
penting enzim yang
menghasilkan bahan kimia
yang
membentuk DNA . Gejala
utama penyakit ini
adalah anemia
 megaloblastik , serta
keterlambatan dalam
perkembangan fisik dan
intelektual.Aciduria orotic
disebabkan oleh perubahan
diwariskan ( mutasi )
di UMPS gen.Pengobatan
terdiri dari mengambil
suplemen dari senyawa yang
disebut uridin

Orotic aciduria, Tipe II OMP dekarboksilase

Orotic untuk aciduria karena enzim siklus urea,

kekurangan OTC  transcarbamoylase ornithine,
 (Tidak ada komponen kekurangan
hematologi)

β-aminoisobutyric aciduria  transaminase, meningkat fosfat keluar

mempengaruhi fungsi siklus karbamoil mitokondria dan
urea selama deaminasi of- biosintesis pirimidin
amino asam α ke-keto asam menambah; ensefalopati
α hepatik

obat aciduria orotic OMP dekarboksilase sering terjadi pada orang

Timur

KELAINAN-KELAINAN METABOLISME PIRIMIDIN

 Hiperurikemia dengan overproduksi PPRP, yaitu peningkatan nukleotida dan

peningkatan ekskresi dari beta alanin

 Aminoisobutirat Aciduria, yaitu kelainan autosomal resesif. Sifatnya diturunkan,

terutama pada orang-orangAsia dan tidak ada hubungannya dengan penyakit lain.

 Reye’s Syndrome yaitu gangguan pada mitokondria hati

 Orotikasiduria sekunder karena ketidakmampuan mitokondria memakai
karbamoil fosfat (pada defisiensi ornitin trankarbamoilase) dan overproduksi asam
orotat

 Defisiensi ornitin transkarbamoilase (enzim dalam mitokondria hati untuk

sintesa urea dan arginin) yaitu terjadi peningkatan ekskresi dari asam orotat, urasil,
dan uridin. Karena blok enzim sehingga terjadi akumulasi enzim tersebut dalam
mitokondria. Enzim ini dapat berdifusi keluardari sitosol dan katalisa intesis
pirimidin
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa atas berkat dan
rahmat-Nya penulis dapat menyelesaikan makalah BIOKIMIA yang berjudul :
Metabolisme Pirimidin.
Penulis juga mengucapkan terimah kasih kepada Ibu Fransiska selaku pembimbing
dan semua pihak yang telah membantu sehingga makalah ini dapat diselesaikan tepat pada
waktunya.
Makalah ini masih jauh dari sempurna, oleh karena itu penulis mengharapkan kritik
dan saran yang bersifat membangun demi kesempurnaan makalah ini. Semoga makalah ini
dapat memberikan informasi bagi masyarakat dan bermanfaat untuk pengembangan
wawasan dan peningkatan ilmu pengetahuan bagi kita semua. Akhir kata penulis
mengucapakan banyak terima kasih.

Yogyakarta, 08 mai 2012

penulis
 MAKALAH BIOKIMIA
PIRIMIDIN

Disusun oleh :
Febri Adiningtyas (1101033)
Berta Agus Wulandari (1101015)
Yoseva marietha togo paba (1101125)
Ana Istikoma (1101006)
Setiawati Ajeng P (1101109)
Risky Ardi Putra (1101104)
M. Arini (1101073)
Kristian Prakoso (1101068)
Kairul Tri Atmaja (1101063)
Putri Prima (1101096)
Maria Restuningsih (1101 )
Digna Dessy (1101 )

STIKES BETHESDA YAKKUM YOGYAKARTA

Jl. Johar Nurhadi No. 6 Yogyakarta 55224
TAHUN 2011