TUGAS BIOINFORMATIKA

GENE PREDICTION

DISUSUN OLEH:
SIGIT DWI PRAMONO
P062181015

DOSEN PENGAMPUH:
dr. GITA VITA SORAYA, Ph.D

KOSENTRASI BIOKIMIA DAN BIOLOGI MOLEKULER

PROGRAM PASCASARJANA ILMU BIOMEDIK
UNIVERSITAS HASANUDDIN
MAKASSAR
2019

Tugas Bioinformatika - Gene Prediction

1. Dengan menggunakan metode pertama (GENSCAN), lakukan beberapa prediksi untuk

sequence anda:
 Ada berapa gen dalam sequence? Tiap gen memiliki berapa exon?
 Ada berapa peptida yang dihasilkan oleh sequencenya?
2. Dengan menggunakan metode kedua:
a) Dengan menggunakan BLAST, apakah ada gen yang identic dengan sequence
anda?
b) Dengan menggunakan ENSEMBL cari tahu hal berikut tentang gen nya:
 Terletak di chromosome berapa gen anda?
  Ada berapa exon dan intron pada gen tersebut?
 Tampilkan lah grafik gene annotation yang menunjukkan daerah
regulator (eg: promoter) pada gen anda)
 Ada berapa macam protein yang bisa dihasilkan oleh gen? Apa fungsi dari
protein-protein tersebut?

Jawaban:
1. Dengan menggunakan metode pertama (GENSCAN), hasil prediksi untuk sequence yang
didapatkan
 Ada 1 gen yang terdapat dalam sequence tersebut dengan jumlah exon 40.
 Jumlah peptida yang dihasilkan oleh sequence tersebut adalah 1 dengan jumlah
asam amino 1714.
2. Dengan menggunakan metode kedua:
a) Dengan menggunakan BLAST, gen yang identik dengan sequence tersebut
adalah ATP binding cassette subfamily C member 8 (ABCC8).

b) Dengan menggunakan ENSEMBL cari tahu hal berikut tentang gen nya:
 Gen tersebut terletak di chromosome 11
 Jumlah exon pada gen tersebut adalh 38 dan intron sebanyak 39.
 Grafik gene annotation yang menunjukkan daerah regulator pada gen
tersebut.

 Protein yang bisa dihasilkan oleh gen tersebut adalah ATP-binding

cassette sub-family C member 8 atau Sulfonylurea receptor.
Fungsi dari protein tersebut adalah Regulator saluran K + sensitive ATP
dan pelepasan insulin.