Praktikum Pengantar Bioinformatik 2021

Lembar Jawaban Modul 7 – Gene and Promoter Prediction

Screenshot Hasil Prediksi FGENESH dengan Softberry

 Praktikum Pengantar Bioinformatik 2021

Pertanyaan 1: Ada berapa gen yang diprediksi?

1 gen

Pertanyaan 2: Apa yang dimaksud dengan CDSf, CDSi, CDSl, CDSo, PolA, dan TSS?
CDSf (Coding Sequence First): daerah awal hasil transkripsi yang ditranslasi atau mengkodeka
polipeptida
CDSi (Coding Sequence Internal): daerah transkrip yang tetap menjasi mRNA (ekson internal)
CDSl (Coding Sequence Last): daerah yang diakhiri dengan kodon stop untuk menghentikan
translasi
CDSo: prediksi gen dengan hanya satu ekson. Pada prokariot, prediksi mungkin salah
PolA: wilayah untuk poliadenilasi
TSS (Transcription Start Site): tempat dimulainya transkripsi

Pertanyaan 3: Berapa banyak ekson dan intron yang dimiliki oleh tiap gen tersebut?
Ekson: 10
Intron: 9
 Praktikum Pengantar Bioinformatik 2021

Pertanyaan 4: Pada nukleotida ke berapa transkripsi dimulai dan berakhir untuk tiap gen?
Hanya ada gen 1, transkripsi dimulai pada nukleotida ke 3559 (TSS) dan berakhir pada
nukleotida ke 29622 (PolA)

Pertanyaan 5: Berapa panjang produk polipeptida (aa) yang dihasilkan untuk tiap gen?
420 aa

Screenshot Hasil Prediksi GENSCAN

 Praktikum Pengantar Bioinformatik 2021

Pertanyaan 6: Apa yang dimaksud dengan Init, Intr, Term, dan PlyA pada hasil GENSCAN?
Apa perbedaan hasil prediksi GENSCAN dengan hasil FGENESH?
- Init adalah initial exon yang sama dengan CDSf
- Intr adalah internal exon yang sama dengan CDSi
- Term adalah terminal exon yang sama dengan CDSf
- PlyA adalah PolyA yang merupakan sekuens poliadenisasi

Perbedaan:
Prediksi GENSCAN tidak memberikan informasi TSS dan menomori jumlah ekson yang
diprediksi, namun dapat memberikan informasi mengenai GC%. Selain itu, FGENESH memiliki
prediksi urutan mRNA karena FGENESH menambahkan sekuens cis seperti TSS.

Pertanyaan 7: Protein apa yang dihasilkan? (Sertakan screenshot)

 Praktikum Pengantar Bioinformatik 2021

Pertanyaan 8: Berapa jumlah gen yang muncul? Pada urutan basa ke berapa gen tersebut
terletak dalam sekuens? Sertakan screenchot hasilnya!
Terdapat 8 gen yang muncul;
Gen 1 pada urutan basa ke 6778 hingga ke 6804
Gen 2 pada urutan basa ke 6807 hingga ke 6989
Gen 3 pada urutan basa ke 7003 hingga ke 7656
Gen 4 pada urutan basa ke 7659 hingga ke 8861
Gen 5 pada urutan basa ke 8863 hingga ke 9780
Gen 6 pada urutan basa ke 9783 hingga ke 9929
Gen 7 pada urutan basa ke 9932 hingga ke 10102
Gen 8 pada urutan basa ke 10105 hingga ke 10926

Pertanyaan 9: Apa perbedaan hasil prediksi gen dengan FGENESH, GENSCAN, dan
GENEWISE dilihat dari algoritma, input, & output?
Program Algoritma Input Output
HMM Sekuens DNA Jumlah gen dan exon,
FGENESH posisi gen dan exon,
CDS, TSS, dan PolyA
HMM Sekuens DNA %GC, jumlah gen, CDS,
GENSCAN dan PolyA

HMM Sekuens DNA dan Jumlah gen, panjang

GENEWISE asam amino gen, dan exon

Pertanyaan 10: Gen apakah ini?

Gen chitinase

Pertanyaan 11: Pada organisme apakah gen ini berasal?

Pada organisme Oryza sativa
 Praktikum Pengantar Bioinformatik 2021

Screenshot Hasil Prediksi Promoter dengan Softberry

Pertanyaan 12: Ada berapa promoter yang diprediksi? Bagaimana Anda mengetahuinya?
Ada 3 promoter yang diprediksi, hal tersebut dapat diketahui karena melebihi threshold
untuk TATA box promoter/enhancer

Pertanyaan 13: Pada posisi berapa promoter atau enhancer tersebut berada?
Promotor/enhancer bedada pada posisi ke 2977, 4212, dan 1967

Pertanyaan 14: Pada posisi berapa TATA box berada?

TATA bocx berada pada posisi 2944, 4192, dan 1945