Pengantar Praktikum Bioinformatika

Gene Prediction:
Prokaryotes &
Eukaryotes
Dr. Adi Pancoro
Prediksi Gen

• Proses identifikasi sekuen gen

pada DNA genom baik parsial
atau seluruhnya untuk
mengetahui sifat yang fungsional
pada sekuen tersebut.
• Metode-metode yang digunakan
untuk prediksi gen:
– Ab Initio-based
– Homology-based
– Consensus-based
Prediksi Gen (Lanjutan…)

Untuk memprediksi gen pada genome

Prokaryotes & eukaryotes setidaknya
diperlukan informasi seperti :
Start dan stop kodon

intron splice signals

transcription factor binding sites

ribosomal binding sites

polyadenylation (poly-A) sites

Prediksi Gen

Karakter yang harus dipertimbangkan memprediksi

gen dalam genom

• Posisi Promoter (-10 sd -35 utk prokariot, TATA

box dll utk eukariot)
• Posisi Ribosom Binding Site (RBS) (shine
dalgarno box utk prokariot)
• Keberadaan Start Kodon (ATG) setelah RBS
• Keberadaan Stop Kodon
• Untuk eukariot bisa memperhatikan 5' UTR intron
dan 3' UTR intron serta intron di dalam suatu gen
dengan membandingkan EST dan prediksi gen.
Prediksi Gen pada Prokariot
• Genom relatif kecil dengan rentang 0.5 to 10
mB
• Kepadatan gen sangat tinggi( >90% sekuen
genom terdiri dari coding sequence)
• Repetitive sequences sangat sedikit
• Struktur gen terdiri dari :Transcription start ,
RBS (consensus motif Shine-Dalgarno
AGGAGGT), Translation start, Coding
Region, transcription terminator.
Prediksi Gen pada Eukariot
• Ukurannya 1- Mbp to 670 Gbp
• Kepadatan gen sangat rendah
(hanya 3% sekuen genom
merupakan gen)
• Repetitive sequences sangat
banyak
• Terdapat bagian exon dan intron
• Struktur gen: transcription start,
TATA box, start codon, exon,
intron…exon…..intron, exon, stop
codon, poly A signal.
ab initio-based

ab initio-based : prediksi gen berdasarkan

sekuen itu sendiri

Prediksi menggunakan discriminant

analysis:
FGENES (www.softberry.com)
Prediksi menggunakan HMM (Hidden
Markov model)
GENSCAN (http://genes.mit. edu/GENSCAN.html
AB Initio: Prediksi gen secara intrinsik yang menandai keberadaan
gen dalam suatu sekuens berdasarkan sinyal-sinyal yang terdapat
pada gen tersebut.
Pada bagian signal sensor merupakan splice-sites (donor:
GTRAGT, acceptor: NCAG, branch-site: CURAY), awal translasi
(ATG), and akhir translasi (TGA,TAA,TAG). Sedangkan konten
sensor antara lain: coding regions. Prinsip: mencari element baru
pada suatu sekuens genom yang polanya mirip dengan model
pembacaan pada program.
Homology-based

Prediksi gen berdasarkan

kecocokan/similaritas yang
signifikan dari query
sequence dengan sekuen
yang ada di database

GenomeScan
http://genes.mit.edu/gen
omescan.html
Consensus-Based

Setiap program prediksi gen memiliki

tingkat sensitivitas dan spesifitas yang
berbeda-beda  kombinasi hasil
beberapa program berdasarkan
konsensus
DIGIT
(http://digit.gsc.riken.go.jp/cgi-bin/index.cgi)

Menggunakan 3 program ab initio-based

(FGENESH, GENSCAN, and HMMgene)