Prosiding SEMNAS BIO 2023

UIN Raden Fatah Palembang

ISSN : 2809-8447

Analisis variasi genetic gen Group-specific antigen (Gag) polyprotein

pada HIV-1 menggunakan RFLP in silico

Analysis of genetic variations in the Group-specific antigen (Gag)

polyprotein gene in HIV-1 using in silico RFLP

Irdawati1,Dian Fatma Azizah¹*,Nifsa Riski Amanda1, Annisa Putri1, Silvi Pebryeni1, Shally
Azhara1, Vanesa Cinta Efandri1, Donny Suherman1, Feby Yeriska1
1) Jurusan Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang
Jl. Prof. Dr. Hamka Air Tawar Barat, Kecamatan Padang Utara, Kota Padang
Email: dianfatmaazizah99@gmail.com

ABSTRAK

Keywords:

1. PENDAHULUAN

Human Immunodeficiency Virus (HIV) adalah virus yang menyebabkan

Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Kondisi AIDS adalah suatu kumpulan
gejala berkurangnya kemampuan pertahanan diri yang disebabkan oleh masuknya HIV
dalam tubuh seseorang. HIV dapat ditularkan melalui hubungan seksual tanpa kondom
(vaginal atau anal), dan seks oral dengan orang yang terinfeksi, transfusi darah yang
terkontaminasi, dan berbagi jarum suntik yang terkontaminasi, alat suntik, peralatan
bedah, atau instrumen tajam lainnya (Juhaefah, 2020). HIV tergolong kelompok virus
RNA. Genom HIV terdiri dari 2 untai yang identik dengan ukuran masing-masing 9,2
Kb (ssRNA) (Susanto, 2023).
Virus HIV diklasifikasikan menjadi HIV-1 dan HIV-2. HIV-1 lebih tersebar luas
di seluruh dunia dan lebih mudah ditularkan. HIV-1 berasal dari Afrika Tengah. HIV-2
daya infeksi dan penyebarannya tidak sekuat HIV-1 dan berasal dari Afrika Barat.
Kedua varian virus ini secara antigen terkait dengan virus imunodefisiensi yang
ditemukan terutama pada primata (Valiant dan Gulick, 2022)
Sama seperti virus lainnya, HIV-1 memerlukan sel inang untuk melaksanakan
siklus hidupnya. Setelah masuk melalui reseptor sel spesifik, genom RNA virus
ditranskripsi balik menjadi DNA komplementer menggunakan transcriptase balik virus
dan elemen seluler. Pada saat ini, terjadi pengulangan terminal panjang 5’ dan 3’ pada
kedua ujung DNA proviral. Meskipun serupa, kedua LTR memiliki peran yang berbeda

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

dalam fungsi 5’LTR sebagai promotor virus dan 3’LTR sebagai situs terminasi selama
transkripsi. HIV-1 merupakan retrovirus kompleks yang mengandung gen struktural
yang umum untuk semua retrovirus, serta beberapa gen “pengatur” dan “aksesori”.
Setelah terintegrasi ke dalam genom sel inang, HIV-1 mereplikasi diri dengan
menggunakan mesin transkripsi dan translasi seluler untuk menghasilkan viral mRNA
dan protein. Berbeda dengan retrovirus sederhana, HIV-1 menghasilkan beberapa jenis
mRNA, yaitu unspliced, single spliced, dan multiple spliced mRNA. Partikel virus HIV
baru terbentuk dan dikeluarkan dari sel inang setelah berkumpul di permukaan sel.
Untuk menginfeksi sel yang tidak terinfeksi, partikel virus harus matang terlebih dahulu
melalui proses mediasi protease virus. Proses ini diperlukan untuk membentuk virion
menular yang dapat menargetkan sel baru.
Semua retrovirus memiliki struktur yang agak homogen dan mengandung tiga
gen yang sama, gag, pol, dan env, yang mengkode protein struktural dan enzim yang
digunakan dalam siklus replikasi. Fungsi masing-masing gen tidak sepenuhnya
dipahami, tetapi kode gen gag untuk pembuatan protein inti silinder padat, nukleokapsid
virus. Gen Gag dapat mengarahkan pembentukan partikel mirip virus tanpa adanya pol
dan env, dan ketika tidak berfungsi, HIV kehilangan kemampuannya untuk bermigrasi
keluar dari sel inang. Sel yang terinfeksi HIV mengandung 400.000 hingga 2.500.000
salinan RNA virus per cell. Viral RNA dapat menggunakan sebanyak 40% dari total
sintesis protein untuk produksi gag protein virus, dan ada tingkat tinggi RNA virus dan
sintesis protein sebelum kematian sel (Solehudin, 2023).
Variasi genetik merupakan perubahan yang terjadi pada nukleotida, gen,
kromosom, dan genom pada suatu organisme. Metode yang umum digunakan untuk
analisis variasi genetik diantaranya Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP),
sekuensing DNA, dan pohon filogenetik. Variasi genetik dapat dikaji secara in silico
menggunakan sekuen gen yang tersedia pada database genbank NCBI. Uji in silico
adalah suatu istilah untuk percobaan atau uji yang dilakukan dengan metode simulasi
computer (Achyar et al, 2021). Skrining in silico melibatkan penambahan struktur
molekul yang relevan ke database protein target (Shofi, 2021). Kegunaan uji in silico
adalah untuk memprediksi, memberi hipotesis, memberi penemuan baru atau kemajuan
baru dalam pengobatan dan terapi
Berdasarkan uraian di atas, maka studi ini bertujuan untuk menganalisis variasi
genetik pada sekuen gen Group-specific antigen (Gag) polyprotein pada HIV-1
menggunakan Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) secara in silico.

2. METODE PENELITIAN
2.1. Bahan
Sekuen gen gag virus HIV-1 yang digunakan untuk uji in silico diunduh dalam
format fasta dari NCBI dengan nomor identitas NCBI PopSet 1946563888 yang

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

dikirimkan oleh Gomes,S.T.M., da Silva Graca Amoras,E., Gomes,E.R.,

Queiroz,M.A.F., Sousa,E.C. Jr., de Vasconcelos Massafra,J.M., da Silva Lemos,P.,
Vianez,J.L. Jr., Ishak,R. dan Vallinoto,A.C.R dalam studinya yang berjudul Immune
escape mutations in HIV-1 controllers in the Brazilian Amazon region Lao PDR
(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/popset/1946563888). Dalam PopSet tersebut
terdapat 15 sekuen gen pengkode gag virus HIV-1, berukuran 1058 bp (partial
sequence) dengan nomor identitas GenBank MT738717-MT738731. Gomes et al.
(2020) mendeskripsikan bahwa sekuen tersebut diisolasi dari kultur
sel isolate BRPA from Brazil nonfunctional gag protein (gag) gene, partial sequence
2.2. Metode
2.2.1 Skrining kandidat enzim restriksi
Skrining kandidat enzim restriksi yang akan dipakai pada RFLP in silico dilakukan
dengan tools pada situs http://insilico.ehu.es/restriction/. Tools ini akan membandingkan
pola restriksi dari banyak sekuen DNA yang diuji serta enzim restriksi yang
memotongnya. Pada situs tersebut, tools yang dipilih adalah “compare restriction
pattern of many sequences”. Sekuen gen yang sudah diunduh dalam bentuk fasta,
diunggah pada kolom yang disediakan. Pada langkah selanjutnya akan terlihat hasil
alignment masing-masing sekuen dan sekuen yang sama akan dibuang untuk
mempermudah analisis. Langkah selanjutnya, opsi “only restriction enzymes with known
bases (no N,R,Y…)” dipilih agar mendapatkan enzim restriksi dengan sisi pengenalan
restriksi yang pasti. Kemudian tombol “get the list restriction enzyme” dipilih untuk
memperoleh kandidat enzim restriksi yang akan digunakan pada tahap berikutnya.

2.2.2 RFLP secara in silico

Restriction-Fragment Length Polymorphism (RFLP) secara in silico atau restriksi
secara virtual dilakukan menggunakan tools pada situs https://www.benchling.com/.
Situs ini gratis tetapi harus melakukan registrasi untuk membuat akun menggunakan
email. Tahap awal yang dilakukan adalah melakukan import 15 sekuen DNA gen Gag
yang sudah diunduh dari NCBI ke dalam folder project di situs Benchling. Restriksi in
silico dilakukan dengan mengklik simbol gunting pada pojok kanan layar. Kemudian
tools “find enzyme” dipilih dan nama enzim restriksi yang sudah ditentukan sebelumnya
pada saat skrining, diketikkan pada kolom yang tersedia. Selanjutnya, menu “run digest”
diklik untuk melakukan restriksi. Adapun gambar elektroforegram diperoleh dengan
mengklik menu “virtual digest”.

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

3. HASIL PENELITIAN DAN PEMBAHASAN

3.1. Skrining kandidat enzim restriksi

Berdasarkan output yang diperoleh dari skrining kandidat enzim restriksi pada
situs http://insilico.ehu.es/restriction/, terdapat 98 sisi pengenalan enzim restriksi
diantaranya GT^AC yang dikenali oleh enzim Rsal. Sisi pengenalan ini dipilih karena
menunjukkan variasi sisi pemotongan pada semua sekuen gen gag virus HIV-1 dalam
PopSet 1946563888. Enzim restriksi adalah enzim yang dapat memotong genom DNA
untuk mendapatkan urutan DNA memecahnya menjadi fragmen oleh enzim yang dapat
memutus rantai fosfodiester DNA. Enzim restriksi yang dihasilkan oleh bakteri disebut
juga endonuklease. Enzim restriksi memerlukan enzim yang optimal kondisi untuk
memotong sepenuhnya dan menghasilkan fragmen pembatas yang pas. Ini optimal
Kondisi tersebut adalah suhu, pH buffer, waktu destruksi, dan konsentrasi garam buffer
digunakan (Putri dkk., 2017; Gerstein, 2001).
Rsal merupakan enzim endonuklease restriksi tetrametrik (memiliki sisi
Pengenalan 4 basa), sehingga bila penyebaran nukleotida terjadi secara acak pada
organisme dengan G+C sekitar 50%, maka setiap sekitar 256 pasang basa dapat
diharapkan memiliki satu sisi pengenalan. Di sini enzim Rsal menghasilkan sejumlah
besar fragmen yang bervariasi ukurannya, yang bisa digunakan untuk membandingkan
pola fllogenetik antar isolat (Susilowati et al., 2010)
3.2. RFLP secara in silico

RFLP merupakan analisis DNA tertua dan menghasilkan gambar hitam putih.
Secara sederhana, ini teknik pemotongan DNA dengan enzim restriksi (enzim yang
memutus ikatan basa pada DNA rantai) dengan menargetkan urutan tertentu menjadi
untaian dengan panjang berbeda. Dan panjangnya adalah dipisahkan oleh gen khusus
(biasanya matriks gelnya berasal dari agarosa) (Winaya, 2017). RFLP berguna untuk
mendeteksi variasi tingkat sekuens DNA yang menggunakan kemampuan enzim
restriksi pada DNA. Dengan metode RFPL, kesamaan atau variabilitas gen bisa
diketahui (Wavedi, 2015). Perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi saat ini
sangat menguntungkan dalam bidang ilmu pengetahuan seperti genetika. Kehadiran
berbagai macam Alat bioinformatika melakukan proses screening enzim restriksi dan
visualisasinya fragmen pembatasan dapat dilakukan secara silico. RFLP in-silico pada
15 sekuens gen gag virus HIV-1 NCBI Popset 1946563888 dilakukan pada situs
Benchling dengan menggunakan enzim restriksi dan dilakukan screening calon enzim
restriksi yaitu enzim Rsal. Hasil RFLP in silico divisualisasikan dengan elektroforesis

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

gel virtual seperti yang ditunjukkan pada Gambar 1 untuk restriksi dengan enzim Rsal.

Gambar 1. Elektroforegram hasil restriksi dengan enzim AfeI secara in silico. Kiri:
Ladder Life 1 kb Plus, (1) MT738717.1, (2) MT738718.1, (3) MT738719.1, (4)
MT738720.1, (5) MT738721.1, (6) MT738722.1, (7) MT738723.1, (8) MT738724.1,
(9) MT738725.1, (10) MT738726.1, (11) MT738727.1, (12) MT738728.1, (13)
MT738729.1, (14) MT738730.1, (5) MT738731.1

Restriksi dengan enzim restriksi Rsal pada 15 sekuen gen gag virus HIV-1
menghasilkan 11 variasi alel, yaitu alel A1 yang menghasilkan empat untaian DNA
berukuran 400 bp, 360 bp, 230 bp dan 100 bp. Alel A2 menghasilkan empat untai DNA
berukuran 400 bp, 340 bp, 260 dan 100 bp. Alel A3 menghasilkan empat untai DNA
berukuran 450 bp, 260 bp, 250 bp dan 100 bp. Alel A4 menghasilkan empat untai DNA
berukuran 400 bp, 330 bp, 260 bp dan 100 bp. Alel A5 menghasilkan empat untai DNA
berukuran 400 bp, 330 bp, 260 bp dan 120 bp. Alel A6 menghasilkan empat untai DNA
berukuran 400 bp, 360 bp, 330 bp dan 100 bp. Sedangkan Alel A7 menghasilkan dua
untai DNA berukuran 400 bp dan 330 bp. Hal ini karena alel A7 hanya memiliki satu
situs pengenalan restriksi Rsal saja sehingga hanya terjadi 2 pemotongan oleh restriksi
tersebut.

Tabel 1. Frekuensi Alel Gen Gag Virus HIV-1 Berdasarkan Hasil RFLP in Slico

Enzim Situs Ukuran Alel Jumlah Persentase Frekuensi

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

Restriksi pengenalan fragmen kehadiran kehadiran alel

restriksi (bp) fragment fragment
(N=15)

Rsal GT^AC 400, 360, A1 1 6,67% 0,0667

230 dan
100

400, 340, A2 1 6,67% 0,0667

260 dan
100

450, 260, A3 3 20% 0,2

250 dan
100

400, 330, A4 2 13,33% 0,1333

260 dan
100

400 , 330, A5 2 13,33% 0,1333

260 dan
120

400, 360, A6 1 6,67% 0,0667

330, dan
100

400 dan A7 5 33,33% 0,3333

330

Berdasarkan Tabel 1 diiketahui bahwa enzim restriksi Rsal diintroduksi oleh

GT^AC situs tersebut mempunyai 7 variasi alel yang terdiri dari alel A1 terdapat empat

pita DNA yang hanya memiliki jumlah kehadiran sebanyak satu sekuens saja,

persentase Keberadan fragmen sebesar 6,67% dan frekensi alel 0,0667. Pada alel A2

terdapat empat pita DNA yang hanya memiliki jumlah kehadiran satu sekens saja,

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

persentase keberadaan fragmen sebesar 6,67% dan frekuensi alel 0,0667. Pada alel A3

terdapat empat pita DNA yang memiliki jumlah kehadiran tiga sekuens, persentase

keberadaan fragmen sebesar 20% dan frekuensi alel 0,2. Alel A4 terdapat empat pita

DNA yang memiliki jumlah kehadiran dua sekuens, persentase keberadaan fragmen

sebesar 13,33% dan frekuensi alel 0,1333. Alel A5 rerdapat empat pita DNA yang

memiliki jumlah kehadiran dua sekuens, persentase keberadaan fragmen sebesar 13,33%

dan frekuensi alel 0,1333. Alel A6 terdapat empat pita DNA yang memiliki jumlah

kehadiran satu sekuens saja, persentase keberadaan fragmen sebesar 6,67% dan

frekuensi alel 0,0667. Lalu terakhir untuk alel A7 hanya terdapat satu pita DNA saja

namun, memiliki jumlah kehadiran tertinggi yaitu sebanyak lima sekuens, persentase

keberadaan fragmen sebesar 33,33% dan Frekuensi alel 0,3333

4. KESIMPULAN

Hasil RFLP in silico pada penelitian ini menunjukkan adanya variasi genetik dalam

sisi pengenalan restriksi enzim Rsal ApaLI A1, A2, A3, A4, A5, A6 dan A7 dari 15

sekuens DNA sel isolate BRPA from Brazil nonfunctional gag protein (gag) gene virus

HIV-1 NCBI PopSet 1946563888

DAFTAR PUSTAKA

Achyar Afifatul, Alvenaya Hindayageni, Fadhila Humaira, Nurfadillatun Nisa Wijaya,

Nur Aqsha, Zultsatunni’mah. 2021. Analysis of Genetic Variations in POLY
Gene Sequences in Dengue Virus 2 Using In-Silico RFL. Bioscience. Volume 5
Number 1, 2021, pp. 80-86. ISSN: Print 1412-9760 – Online 2541w-5948
Anjalia, K.M., A. Mandala, B. Gunalanb, L. Rubana, E. Anandajothia, D.
Thineshsanthara, T.G. Manojkumara, & S. Kandan. 2019. Identification of six
grouper species under the genus Epinephelus (Bloch, 1793) from Indian

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

waters using PCR-RFLP of cytochrome c oxidase I (COI) gene fragment.

FOOD CONTROL, 101, 39-44
Direktur Jenderal P2P. (2021). Laporan Perkembangan HIV AIDS & Penyakit lnfeksi
Menular Seksual (PIMS) Triwulan I Tahun 2021. Kementerian Kesehatan RI,
4247608(021), 613–614.
German Advisory Committee Blood (Arbeitskreis Blut), Subgroup ‘Assessment of
Pathogens Transmissible by Blood’ (2016). Human Immunodeficiency Virus
(HIV). Transfusion medicine and hemotherapy : offizielles Organ der Deutschen
Gesellschaft fur Transfusionsmedizin und Immunhamatologie, 43(3), 203–222.
Ibrahim, K., Kurnia H, Y., Rahayuwati, L., Nurmalisa, B. E., & Rifa’atul Fitri, S. U.
(2018). Hubungan antara Fatigue, Jumlah CD4, dan Kadar Hemoglobin pada
Pasien yang Terinfeksi Human Immunodeficiency Virus (HIV). Jurnal
Keperawatan Padjadjaran, 5(3).
Juhaefah, A. J. A. (2020). Gambaran Karakteristik Pasien Hiv/Aids Yang Mendapat
Antiretroviral Therapy (Art). Jurnal Medika: Karya Ilmiah Kesehatan, 5(1).
Shofi,M. (2021). Studi In Silico Senyawa Kuarsetin Daun Kencana Ungu (Ruellia
tuberosa L.) Sebagai Agen Antikanker Payudara. Jurnal Sintesis: Penelitian
Sains, Terapan dan Analisisnya, 2(1), 1–9.
Solehudin. (2023). Analisis Penyakit Menular Seksual-HIV/AIDS. Global Eksekutif
Teknologi.
Susanto, W. H. A (2023). Analisis Penyakit Menular Seksual-HIV/AIDS. Global
Eksekutif Teknologi.
Tarach, P. (2021). Application of polymerase chain reaction-restriction fragment length
polymorphism (RFLP-PCR) in the analysis of single nucleotide polymorphisms
(SNPs). Acta Universitatis Lodziensis. Folia Biologica et Oecologica, 17, 48-53.
Vaillant, A. A. J., & Gulick, P. G. (2022). HIV Disease Current Practice. In StatPearls
[Internet]. StatPearls Publishing.
Yao, L., Lu, J., Qu, M., Jiang, Y., Li, F., Guo, Y., Wang, L., & Yuxiu, Z. 2020.
Methodology and application of PCR‐RFLP for species identification in tuna
sashimi. FOOD SCIENCE & NUTRITION, 8, 1-9

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”
 Prosiding SEMNAS BIO 2023
UIN Raden Fatah Palembang
ISSN : 2809-8447

“Produktivitas dan Pelestarian Biodiversitas Lahan Basah dalam Perwujudan Ekonomi Rendah Karbon menuju SDGs 2045”