See discussions, stats, and author profiles for this publication at: https://www.researchgate.

net/publication/351119082

Analisis filogenetik bakteri Serratia sp. dan Kurthia sp. pada pindang tongkol
(Euthynnus affinis)

Conference Paper · April 2021

CITATIONS READS

0 498

1 author:

Purwaningtyas Kusumaningsih
Universitas Dhyana Pura Bali
26 PUBLICATIONS   3 CITATIONS   

SEE PROFILE

Some of the authors of this publication are also working on these related projects:

One Helath View project

Enrichment for Captive Animals View project

All content following this page was uploaded by Purwaningtyas Kusumaningsih on 28 April 2021.

The user has requested enhancement of the downloaded file.

 64

Analisis filogenetik bakteri Serratia sp. dan Kurthia sp. pada pindang tongkol (Euthynnus affinis)

Phylogenetic analysis of Serratia sp. and Kurthia sp. bacterial in Kawakawa

(Euthynnus affinis)
Purwaningtyas Kusumaningsih*, I Gede Mustika

Fakultas Ilmu Kesehatan, Sains dan Teknologi, Universitas Dhyana Pura, Jl. Raya Padang Luwih, Tegaljaya, Dalung, Kuta Utara, Bali
Indonesia 80361

*)Korespondensi penulis: purwak.05@undhirabali.ac.id

Abstrak
Polymerase Chain Reaction (PCR) merupakan suatu metode identifikasi yang menggunakan deoxyribose
nukleotida (DNA) mikroorganisme. Metode ini memiliki sensitivitas dan spesifikasi yang tinggi untuk mengenali
identitas mikroorganisme. Pada penelitian ini digunakan primer 16S rRNA (63f 5’-CAGGCCTAACACATGCAAGTC-3’
dan 1387r 5’-166 GGGCGGWGTGTACAAGGC-3’) dalam mengamplifikasi bakteri isolat K1 dan K9 dari pindang
tongkol (Euthynnus affinis). Hasil sekuensing nukleotida kedua sampel dilanjutkan dengan analisis BLAST di NCBI.
Nukleotida isolat K1 dan K9 teridentifikasi ke dalam grup bakteri Serratia sp. dan Kurthia sp. Analisis pohon
filogenetik dilakukan untuk membandingkan dan mengetahui kemiripan sekuens isolat dengan nukleotida spesies-
spesies Serratia dan Kurthia yang diperoleh dari hasil Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) di GenBank.
Pohon filogenetik dibuat menggunakan Neighbor-joining dengan pendekatan bootstrap pada program MEGA X.
Hasil pohon filogenetik kedua isolat K1 dan K9 menunjukkan kemiripan dengan nukleotida Serratia
surfactantfaciens strain YD25 dan Kurthia gibsonii strain NCIMB 9758.
[Kata kunci: kekerabatan, pengawetan, molekuler]

Pendahuluan bakteri baru atau spesies bakteri yang umumnya

tidak ada di suatu daerah kemudian merebak
Proses identifikasi suatu mikroorganisme
kejadiannya, disebabkan mobilisasi manusia,
sangat memerlukan keakuratan yang tinggi.
hewan ataupun terbawa oleh lingkungan seperti air
Semakin tinggi tingkat senitivitas dan
dan udara. Pemakaian antibiotik yang tidak
spesifikasinya, maka tidak akan terjadi kesalahan
terkendali juga menjadi faktor perkembangan
identifikasi suatu mikroorganisme (Yeung &
bakteri mutan (Djaouda et al., 2013); (Sebastião
Thorsen, 2016). Hal ini berkaitan dengan tahap
et al., 2015). Oleh karena itu analisis identifikasi
proses selanjutnya setelah diketahuinya identitas
dapat dipakai sebagai metode pendukung
bakteri tersebut. Berdasarkan identitas bakteri,
penegakan diagnosis bakteri (Rogina et al., 2014).
dapat diketahui sifat dari suatu mikroorganisme,
Terdapat beberapa metode identifikasi
apakah bersifat zoonosis (Karoki et al., 2018).
bakteri seperti pewarnaan, media selektif,
Pencarian sumber pencemaran, pengamatan pola
biokemikal test dan terakhir analisis nukleotida.
distribusi, pencegahan dan pengobatannya
Metode terakhir yaitu genomik yang digunakan dan
apabila tergolong patogen (Gill, 2017). Terlebih
dibahas dalam penelitian ini. Metode analisis
lagi apabila bakteri tersebut bersumber dari
nukleotida dipilih karena tingkat keakuratannya
makanan, minuman atau lingkungan disekitar
tinggi untuk mengenali identitas bakteri. Karena
manusia yang dapat menimbulkan permasalahan
setiap mikroorganisme memiliki susunan
bagi kesehatan bagi manusia (Ribeiro Júnior et al.,
nukleotida yang berbeda (Tran et al., 2017).
2018); (Nile et al., 2020). Selain itu, dapat dilihat
Amplifikasi nukleotida 16S rRNA merupakan pilihan
dampaknya bagi perekonomian dan pariwisata
gen yang paling baik dipakai sebagai penanda atau
(Lee, 2017). Penyebab kemunculan spesies
ciri khusus dan spesifik dalam analisis taksonomi

Seminar Nasional Bioteknologi | 2020


dan filogenetik. Panjang basa cukup panjang untuk
memberikan informasi dan perwakilan profil dari
suatu mikroorganisme (Johnson et al., 2019).
Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui
identitas isolat bakteri K1 dan K9 dari pindang
tongkol (Euthynnus affinis) dan hubungan
kekerabatan dengan spesies bakteri pada data
base nukleotida di GenBank menggunakan analisis
pohon filogenetik.
Bahan dan Metode
Bahan dan alat
Bahan-bahan yang digunakan dalam
penelitian ini: Media nutrient agar (NA), blood
agar, Tryptic Soy Broth (TSB), PCR reagent, Isolasi
DNA reagent. Alat-alat yang digunakan berupa
inkubator, laminar, mikropipet, microtube 1.5 ml
dan 0.5 ml, cawan petri dan tabung reaksi.
Isolasi bakteri
Isolat bakteri diambil dari 15 sampel
pindang tongkol (Euthynnus affinis) pada bagian
kulit, perut dan insang, masng-masing sebanyak 1
gram. Kelima belas isolate sampel dilarutkan dalam
larutan NaCl dengan pengenceran 10-2 hingga 10-
3. Kemudian masing-masing diambil 10 mikroliter
dan ditanam pada media Nutrient dan Blood agar.
Koloni yang tumbuh setelah inkubasi pada suhu
37°C selama 24 jam, diamati koloni yang berbeda
dan dilanjutkan pemurnian isolasi. Dua isolat yang
terlihat berbeda morfologinya diambil dinamai
menggunakan jarum oase dan ditanam di media
Nutrient agar, dinamai isolat K1 dan K9 kemudian
diinkubasi di suhu 37°C selama 24 jam.
Isolasi nukleotida, Polymerase Chain Reaction
(PCR) dan analisis nukleotida
Hasil pemurnian kultur bakteri diambil 1
koloni dan ditumbuhkan dalam 1 ml media TSB di
microtube, kemudian diinkubasikan pada suhu
37°C selama 24 jam. Isolasi nukleotida dilakukan
dengan mengambil 100 mikroliter mengunakan
metode chelax. Hasil isolasi nukleotida
diamplifikasi menggunakan primer 16S rRNA (63f
5’-CAGGCCTAACACATGCAAGTC-3’ dan 1387r 5’-
166 GGGCGGWGTGTACAAGGC-3’). Hasil PCR
dirunning di gel elektroforesis dan disekuensing ke
perusahaan Genetika di Jakarta. Hasil sekuensing
nukleotida diolah di website National Center for
Biotechnology Information (NCBI) dan MEGA X
software untuk proses identifikasi.
65
Konstruksi pohon filogenetik
Sekuens hasil Basic Local Alignment Search
Tool (BLAST) dipilih 5 sekuens nukleotida teratas
yang memiliki kemiripan. Kelima sekuens dari data
base GenBank dan sekuens isolat disejajarkan
secara Multiple Sequences Alignment (MSA)
menggunakan MEGA X. Hasil MSA disimpan dalam
bentuk mega file dan dipakai sebagai dasar
konstruksi pohon filogenetik di MEGA X. Analisis
berdasarkan metode Neighbor-Joining dan jarak
genetik menggunakan parameter Kimura’s 2-
parameter di MEGA X.
Hasil dan Pembahasan
Pensejajaran sekuensing nukleotida
Analisis sekuens dengan pohon filogenetik
dimaksudkan untuk melihat hubungan kekerabatan
antara sekuens isolat dengan sekuens nukleotida
yang terdapat dalam data base. Pada penelitian ini
digunakan metode Neighbor-Joining sehingga
diketahui hubungan kedekatan secara tepat dan
benar dari posisi masing-masing sekuens
nukleotida dari data base dengan sekuens
nukleotida isolat yang diperoleh dari penelitian ini
yaitu K1 dan K9 (Hikmawati et al., 2019). Nilai
bootstrap di penelitian ini menggunakan replikasi
1000. Anjuran (Hall, 2013) menyarankan
pemakaian nilai bootstrap test antara 200-2000,
akan tetapi karena memakai MEGA X seperti pada
(De Moraes Russo & Selvatti, 2018) lebih dipilih
memakai 1000 replikasi. Sehingga diketahui
apakah sekuens yang diperoleh di penelitian ini
merupakan spesies bakteri baru atau mirip atau
sama dengan bakteri yang pernah ditemukan.
Apakah bakteri tersebut ditemukan dengan kondisi
dan dari lingkungan yang sama dengan bakteri
temuan kita, hasilnya dapat dijadikan masukan
(Tran et al., 2017). Sekuensing nukleotida isolat
K1 dan K9 bagian forward dan reverse disejajarkan
menggunakan software MEGA X sebelum dilakukan
BLAST pada NCBI. Hasil BLAST sekuensing
nukleotida isolat K1 dan K9 pada NCBI tergolong
dalam genus bakteri Serratia sp. dan Kurthia sp.
Konstruksi pohon filogenetik
Isolat K1 teridentifikasi sebanyak 100
sekuens genus Serratia sp. terseleksi identik.
Identifikasi molekular, terdapat kemiripan antara
sekuens nukleotida isolate K1 dengan lima group
Serratia sp. teratas berkisar antara 97.60-97.30%
Seminar Nasional Bioteknologi | 2020
 66

dengan panjang nukleotida ±1300 bp. Filogenetik
analisis dibuat dengan mengambil 5 sekuens
teratas tersebut dan disejajarkan secara multiple
sequences alignment (MSA) dengan sekuens isolat
K1. Hasil analisis pohon filogenetik menunjukkan
dari kelima sekuens terdekat, isolat K1 paling
dekat kemiripannya dengan S. surfactantfaciens
dapat dilihat di Gambar 1. Apabila dilihat pada nilai
bootstrap di pohon filogenetik pada pengulangan
100 kali pensejajaran, sebanyak 92 kali
pengulangan menunjukkan kemiripan. Nilai
ulangan bootstrap ≥ 70% menandakan kekuatan
dari hasil sekuens yang kita miliki. Sedangkan jarak
genetik antara isolat K1 dengan S.
surfactantfaciens sebesar 0.02, nilai yang kecil
berarti isolat K1 dekat atau sama dengan S.
surfactantfaciens (Irawan et al., 2016); (Su et al.,
2016). Sedangkan jarak genetik antara isolat K1
dengan S. nematodiphila DZ0503SBS1 jarak
genetiknya 0.021, terpaut perbedaan lebih besar
0.001. Melalui hasil tersebut dapat disimpulkan
bahwa nukleotida isolat K1, satu klaster dengan S.
surfactantfaciens strain YD25 dan memiliki
hubungan evolusi (Anggraini et al., 2019).
Pada penjelasan artikel di NCBI, peneliti
yang memasukkan sekuens nukleotida S.
surfactantfaciens strain YD29 (NR. 169468.1)
tahun publikasi di 2016. Peneliti meneliti tentang
produksi metabolisme sekunder prodogiosin dan
serrawettins yang dihasilkan S. surfactantfaciens.
Metabolit ini memiliki fungsi sebagai antimikroba.
Serratia surfactantfaciens strain YD29 (NR.
169468.1) di penelitian (Su et al., 2016), diisolasi
dari tanah yang mengandung rhizoid hasil
penanaman tembakau. Bila dilihat dari latar
belakang pengambilan isolat S. surfactantfaciens
memang berbeda dengan isolat K1 yang berasal
dari pindang tongkol. Umumnya Serratia sp. dapat
ditemukan di air, udara, tanah, tanaman, hewan
dan manusia (Li et al., 2015). Jadi tidak menutup
kemungkinan bakteri S. surfactantfaciens
ditemukan di lingkungan dan kondisi yang
berbeda. Sama halnya penemuan S. oryzae yang
diisolasi dari nasi namun ditemukan juga di danau
(Zhang et al., 2017); (Hugouvieux-Cotte-Pattat et
al., 2019).
Sekuens nukleotida isolate K9 yang
termasuk dalam genus Kurthia sp. dari hasil
BLAST, kemudian diambil salah satu strain K.
gibsonii (NR_118298.1) yang identik dengan
isolat K9 sebagai nukleotida outgroup. Kedudukan
sekuens K. gibsonii (NR_118298.1) pada pohon
filogenetik memang tidak memiliki kesamaan
ataupun kemiripan nukleotida dengan spesies-
spesies Serattia sp. dan isolat K1. Hal ini
ditunjukkan masing-masing dengan jarak genetik
±0.333 dan 0.357. Sekuens yang memiliki
kekerabatan yang jauh berbeda dari sekuens
ingroup disebut sebagai sekuens outgroup (Hall,
2013).

Gambar 1. Pohon filogenetik Isolat K1 yang dikontruksi menggunakan metode Neighbor-Joining dalam software MEGA X. K. gibsonii dipakai sebagai
outgroup. Nilai bootstrap disetiap percabangan ≥ 50%. Skala dibawah pohon filogenetik menunjukkan perbedaan nukleotida
Figure 1. The K1 isolate phylogenetic tree constructed using the Neighbor-Joining method in MEGA X. K. gibsonii software was used as the outgroup.
Bootstrap value in each branch ≥ 50%. The scales under the phylogenetic tree show nucleotide differences

Seminar Nasional Bioteknologi | 2020

 67

Gambar 2. Pohon filogenetik Isolat K9 yang dikontruksi menggunakan metode Neighbor-Joining dalam software MEGA X. K. gibsonii dipakai sebagai
outgroup. Nilai bootstrap disetiap percabangan ≥ 50%. Skala dibawah pohon filogenetik menunjukkan perbedaan nukleotida
Figure 2. The K9 isolate phylogenetic tree constructed using the Neighbor-Joining method in MEGA X. K. gibsonii software was used as the outgroup.
Bootstrap value in each branch ≥ 50%. The scales under the phylogenetic tree show nucleotide differences

Sama halnya dengan analisis pohon
filogenetik isolat K9, setelah dilakukan multiple
sequence alignment dengan 5 spesies-spesies
Kurthia sp. teratas, dilanjutkan konstruksi pohon
filogeni, diperoleh hasil seperti pada gambar 2.
Homologi sekuens isolat K9 dengan spesies-spesies
Kurthia sp. 5 deretan teratas berkisar antara 97.92-
97.05%. Jarak genetik isolat K9 dengan K. gibsonii
strain NICMB 9758 (NR_118298.1) sebesar 0.018
lebih dekat dibandingkan K. gibsonii (NR_118298)
hanya terpaut sedikit yaitu 0.019. Jarak genetik S.
nematodiphila sebagai outgroup dengan spesies-
spesies Kurthia dan isolat K9 sebesar ±0.334 dan
0.351. Menunjukkan nilai yang cukup besar,
sehingga dapat diartikan tidak memiliki hubungan
kekerabatan. Nilai bootstrap antara isolat K9
dengan Kurthia gibsonii strain NICMB 9758
(NR_118298.1) adalah 55% masih diatas 50%
yang berarti moderate (Jain et al., 2014). Meskipun
demikian nilai bootstrap rendah tidak selalu menjadi
tolak ukur tingkat kepercayaan keseluruhan pohon
filogenetik. Akan tetapi bagaimana kita memilah
sekuens yang disejajarkan tersebut, mana yang
dekat hubungan kekerabatannya dan yang tidak.
Nilai bootstrap akan membantu dalam mengevaluasi
hasil nukleotida isolat penemuan dengan ketepatan
identitas di GenBank (Hall, 2013).
Sayangnya pada keterangan sekuens
nukleotida K. gibsonii (NR_118298.1), tidak
mencantumkan referensi peneliti serta artikel
penelitiannya. Tetapi terdapat judul artikel yang
mencantumkan uraian tentang penemuan bakteri
spesies baru Kurthia pada keterangan referensi K.
gibsonii (NR_118298.1) di NCBI. Penelitian
tersebut mengklaim bahwa sekuens nukleotida isolat
temuan Veronique Roux beserta team yang berasal
dari feses manusia sehat sebagai spesies baru di
genus Kurthia setelah dianalisis dengan pohon
filogenik dan DNA-DNA hybridization (DDH). Hal ini
berdasarkan nilai bootstrap 82% dan perkiraan
DNA-DNA hybridization (DDH)-generalized linier
model (GLM) yaitu 21% (< 70%) setelah
dibandingkan dengan spesies-spesies Kurthia di
GenBank. Termasuk K. gibsonii dan terakhir K.
massiliensis yang ditemukan sebelumnya oleh
peneliti yang sama. Maka penemuan bakteri ini
dinamakan K. senegalensis, karena ditemukan di
Senegal (Roux et al., 2012); (Roux et al., 2015).
Referensi artikel dari K. gibsonii strain NICMB
9758 (NR_118298.1), dicantumkan hanya satu di
tahun 1994. Artikel ini membahas hasil penelitian
hubungan Kurthia sebagai salah satu golongan
taksonomi asporogenous dengan Bacillus
aminovorans. Hasilnya sekuens B. aminovorans
tidak memiliki hubungan secara spesifik dengan
genus Kurthia (Farrow et al., 1994).
Kedua identitas isolat bakteri diatas yaitu
Serratia surfactantfaciens strain YD29 dan Kurthia

Seminar Nasional Bioteknologi | 2020


gibsonii strain NICMB 9758 didasarkan penelitian
sebelumnya kedua strain tersebut tidak bersifat
patogen. Serratia surfactantfaciens strain YD29
diketahui menghasilkan metabolit sekunder yang
memiliki kemampuan sebagai antimikroba. Begitu
pula dengan Kurthia senegalensis diisolasi dari
feses orang sehat, yang dapat diartikan bakteri ini
termasuk flora normal didalam saluran pencernaan
manusia. Penemuan kedua spesies strain bakteri
diatas pada pindang tongkol (Euthynnus affinis) bisa
disebabkan karena kemampuan bakteri Serratia
surfactantfaciens strain YD29 dalam menghasilkan
enzim pectate lyase untuk memecah pectin sebagai
sumber karbon yang bisa diperoleh di lingkungan
sekitar bakteri seperti di air laut. Kurthia gibsonii
strain NICMB 9758 sedikit informasi yang bisa
didapat. Tetapi salah satu penelitian melaporkan
berhasil mengisolasi strain K. gibsonii B38 dari daun
bayam (Mukhopadhyay et al., 2019). Genus Serratia
dan Kurthia termasuk golongan bakteri halophilik
yang mampu beradaptasi di lingkungan bergaram
(Sowmya et al., 2014); (Vora et al., 2014).
Sehingga memungkinkan ditemukan di ikan ataupun
produk olahan makanan laut seperti pindang tongkol
(Euthynnus affinis).
Kesimpulan
Analisis pohon filogenetik dapat dipakai
untuk melihat kedekatan dan kemiripan sekuens
isolate K1 dan K9 yang belum diketahui dengan
membandingkan di data GenBank, sehingga
diperoleh identitas mikroorganisme. Jarak genetik
yang dekat dapat diartikan suatu mikroorganisme
masuk kedalam kluster yang sama dengan spesies
yang ada di GenBank. Nilai bootstrap ≥ 50% dapat
diartikan hasil sekuens memiliki tingkat kepercayaan
yang tinggi dan menunjukkan kedekatan hubungan
kekerabatan antar spesies.
Saran
Sekuens nukleotida isolat K1 dan K9 perlu
dilakukan analisis lebih lanjut untuk dapat ditentukan
sebagai isolat bakteri baru dalam genus Kurthia sp.,
berbeda dengan Kurthia gibsonii strain NICMB
9758, berdasarkan analisis bioinformatika.
Daftar Pustaka
Anggraini, L., Marlida, Y., Wizna, W., Jamsari, J.,
Mirzah, M., Adzitey, F., & Huda, N. (2019).
68
Molecular identification and phylogenetic
analysis of gaba-producing lactic acid
bacteria isolated from indigenous dadih of
west sumatera, indonesia. F1000Research,
7, 1–15.
De Moraes Russo, C. A., & Selvatti, A. P. (2018).
Bootstrap and rogue identification tests for
phylogenetic analyses. Molecular Biology and
Evolution, 35(9), 2327–2333.
Djaouda, M., Gaké, B., Ebang Menye, D., Zébazé
Togouet, S. H., Nola, M., & Njiné, T. (2013).
Survival and Growth of Vibrio cholerae ,
Escherichia coli , and Salmonella Spp. in Well
Water Used for Drinking Purposes in Garoua
(North Cameroon) . International Journal of
Bacteriology, 2013, 1–7.
Farrow, J. A. E., Wallbanks, S., & Collins, M. D.
(1994). Phylogenetic Interrelationships of
Round-Spore-Forming Bacilli Containing Cell
Walls Based on Lysine and the NonSpore-
Forming Genera Caryophanon,
fiiguobacterium, Kurthia, and Planococcus.
INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC
BACTERIOLy, 2(2), 74–82.
Gill, A. (2017). The importance of bacterial culture
to food microbiology in the age of genomics.
Frontiers in Microbiology, 8(MAY), 1–6.
Hall, B. G. (2013). Building phylogenetic trees from
molecular data with MEGA. Molecular Biology
and Evolution, 30(5), 1229–1235.
Hikmawati, F., Susilowati, A., & Setyaningsih, R.
(2019). Colony morphology and molecular
identification of Vibrio spp. On green mussels
(Perna Viridis) in Yogyakarta, Indonesia
tourism beach areas. Biodiversitas, 20(10),
2891–2899.
Hugouvieux-Cotte-Pattat, N., Jacot-des-Combes, C.,
& Briolay, J. (2019). Genomic
characterization of a pectinolytic isolate of
Serratia oryzae isolated from lake water .
Journal of Genomics, 7, 64–72.
Irawan, P. D., Tallei, T. E., & Kolondam, B. J. (2016).
Analisis sekuens dan filogenetik beberapa
tumbuhan Syzygium (Myrtaceae) di Sulawesi
Utara berdasarkan gen matK. Jurnal Ilmiah
Sains, 16(2), 43.
Jain, P., Reza, H. M., & Pal, S. (2014). Molecular
phylogenetic analysis of bacterial community
and characterization of Cr(VI) reducers from
Seminar Nasional Bioteknologi | 2020

the sediments of Tantloi hot spring, India.
Aquatic Biosystems, 10(1), 1–11.
Johnson, J. S., Spakowicz, D. J., Hong, B. Y.,
Petersen, L. M., Demkowicz, P., Chen, L.,
Leopold, S. R., Hanson, B. M., Agresta, H. O.,
Gerstein, M., Sodergren, E., & Weinstock, G.
M. (2019). Evaluation of 16S rRNA gene
sequencing for species and strain-level
microbiome analysis. Nature
Communications, 10(1), 1–11.
Karoki, W. H., Karanja, D. N., Bebora, L. C., & Njagi,
L. W. (2018). Isolation, Characterization, and
Quantification of Bacteria from African
Sausages Sold in Nairobi County, Kenya.
International Journal of Food Science, 2018.
Lee, B. (2017). Foodborne disease and the need for
greater foodborne disease surveillance in the
Caribbean. Veterinary Sciences, 4(3).
Li, P., Kwok, A. H. Y., Jiang, J., Ran, T., Xu, D., Wang,
W., & Leung, F. C. (2015). Comparative
genome analyses of Serratia marcescens
FS14 reveals its high antagonistic potential.
PLoS ONE, 10(4), 1–22.
Mukhopadhyay, B. C., Mitra, S., Kazi, A., Mandal, S.,
& Biswas, R. (2019). Draft Genome Sequence
of Cold-Tolerant Kurthia gibsonii B83,
Isolated from Spinach Leaf. Microbiology
Resource Announcements, 8(11), 1–2.
Nile, S. H., Baskar, V., Selvaraj, D., Nile, A., Xiao, J.,
& Kai, G. (2020). Nanotechnologies in Food
Science: Applications, Recent Trends, and
Future Perspectives. In Nano-Micro Letters
(Vol. 12, Issue 1). Springer Singapore.
Ribeiro Júnior, J. C., de Oliveira, A. M., …, de Oliveira,
A. L. M., & Beloti, V. (2018). The main
spoilage-related psychrotrophic bacteria in
refrigerated raw milk. Journal of Dairy
Science, 101(1), 75–83.
Rogina, P., Skvarc, M., & Kaasch, A. (2014).
Diagnostic utility of broad range bacterial
16S rRNA gene PCR with degradation of
human and free bacterial DNA in bloodstream
infection is more sensitive than an in-house
developed PCR without degradation of
human and free bacterial DNA. Mediators of
Inflammation, 2014.
Roux, V., El Karkouri, K., Lagier, J. C., Robert, C., &
Raoult, D. (2012). Non-contiguous finished
genome sequence and description of Kurthia
View publication stats
69
massiliensis sp. nov. Standards in Genomic
Sciences, 7(2), 221–232.
Roux, V., Lagier, J. C., Gorlas, A., Robert, C., & Raoult,
D. (2015). Non-contiguous finished genome
sequence and description of Kurthia
senegalensis sp. nov. Standards in Genomic
Sciences, 9(3), 1319–1230.
Sebastião, F. A., Furlan, L. R., Hashimoto, D. T., &
Pilarski, F. (2015). Identification of Bacterial
Fish Pathogens in Brazil by Direct Colony PCR
and 16S rRNA Gene Sequencing. Advances in
Microbiology, 05(06), 409–424.
Sowmya, M., Rejula, M. P., Rejith, P. G., Mohan, M.,
Karuppiah, M., & Hatha, A. A. M. (2014).
Heavy metal tolerant halophilic bacteria from
vembanad lake as possible source for
bioremediation of lead and cadmium. Journal
of Environmental Biology, 35(4), 655–660.
Su, C., Xiang, Z., Liu, Y., Zhao, X., Sun, Y., Li, Z., Li,
L., Chang, F., Chen, T., Wen, X., Zhou, Y., &
Zhao, F. (2016). Analysis of the genomic
sequences and metabolites of Serratia
surfactantfaciens sp. nov. YD25T that
simultaneously produces prodigiosin and
serrawettin W2. BMC Genomics, 17(1), 1–19.
Tran, Q., Pham, D. T., & Phan, V. (2017). Using 16S
rRNA gene as marker to detect unknown
bacteria in microbial communities. BMC
Bioinformatics, 18(Suppl 14).
Vora, J. U., Jain, N. K., & Modi, H. A. (2014).
Extraction , Characterization and Application
studies of red pigment of halophile Serratia
marcescens KH1R KM035849 isolated from
Kharaghoda soil. International Journal of
Pure and Applied Bioscience, 2(6), 160–
168.
Yeung, M., & Thorsen, T. (2016). Development of a
more sensitive and specific chromogenic
agar medium for the detection of vibrio
parahaemolyticus and other vibrio species.
Journal of Visualized Experiments,
2016(117), 1–9.
Zhang, C. W., Zhang, J., Zhao, J. J., Zhao, X., Zhao, D.
F., Yin, H. Q., & Zhang, X. X. (2017). Serratia
oryzae sp. Nov., isolated from rice stems.
International Journal of Systematic and
Evolutionary Microbiology, 67(8), 2928–
2933.
Seminar Nasional Bioteknologi | 2020