1.

Jelaskan salah satu metode deteksi dan identifikasi penyakit/patogen secara

kovensional
Jawab :
Pada buah jeruk metode yang digunakan adalah metode deteksi cendawan infeksi
laten. Buah jeruk impor yang terinfeksi jamur laten memiliki gejala pada buah tidak
akan muncul karena bersifat laten, sehingga terjadi kesulitan dalam proses isolasinya.
Oleh karena itu, metode konvensional mengadopsi metode ONFIT (Overnight
Freezing and Incubation Technology), yang melibatkan pencelupan beberapa senyawa
seperti etanol dan larutan NaOCl ke dalam jeruk yang telah dimasukkan ke dalam
plastik. Menggunakan metode ONFit merupakan metode yang aman, karena tidak
menggunakan pestisida berbahaya, serta metode ini akurat dan cepat. Cara ini dapat
dengan cepat mendeteksi jamur, karena perannya secara langsung menghancurkan
jaringan buah, sehingga memudahkan patogen memperoleh nutrisi dari buah. Apabila
metode ini dipakai pada awal pembentukan buah, maka bisa digunakan untuk
mendeteksi keparahan penyakit salah satu contohnya yaitu busuk cokelat Monilinia
sp. pada buah plum.
2. Apa yang dimaksud dengan Postulat Koch dan apa keterbatasannya?
Jawab :
Posulat Koch adalah metode dimana standar untuk menilai apakah bakteri tertentu
adalah penyebab penyakit tanaman tertentu harus ditetapkan. Metode ini
mensyaratkan bahwa mikroorganisme harus dapat dideteksi pada inang yang
terinfeksi, dan mikroorganisme harus dipisahkan dari inang yang terinfeksi terlebih
dahulu dan ditumbuhkan dalam kultur murni.Keterbatasan hipotesis Koch adalah
bahwa bakteri tertentu, seperti bakteri kusta, tidak dapat tumbuh dalam biakan murni
di laboratorium. Selain itu, metode ini tidak dapat mendeteksi keberadaan bakteri
tertentu pada hewan yang terinfeksi.
3. Bedakan direct method dan indirect method di dalam mendeteksi penyakit tanaman!
Jawab :
Direct methodtersebut meliputi metode serologis, berbasis DNA dan PCR. Metode
langsung ini secara langsung menargetkan patogen. Kemudian metode langsung ini
lebih didasarkan pada protein (untuk serologi) dan asam nukleat (untuk PCR). Dalam
metode serologi ini, ada hubungan antara antibodi dan antigen. Antigen adalah
senyawa yang dapat menginduksi produksi antibodi. Antigen berasal dari tanaman
yang sakit, dan akan mengenali penyakit yang terkandung di dalamnya.
 Adapun indirect method, termasuk sidik jari DNA dan hidung elektronik. Metode ini
tidak secara langsung menganalisis patogen, tetapi dapat diperoleh dari senyawa yang
dihasilkan oleh patogen pada tanaman. Selain itu, metode tidak langsung adalah
biomolekul. Metabolit dilepaskan dari tanaman yang sakit dengan cara ini. Cara tidak
langsung ini bekerja dalam waktu yang relatif singkat, karena mungkin hanya
membutuhkan waktu 1 hari atau bahkan beberapa jam saja.
4. Apa yang dimaksud dengan e-nose application/system dan berikan contohnya yang
digunakan untuk mendeteksi penyakit tanaman!
Jawab :
E – nose application ini merupakan metode yang dapat mendeteksi aroma tertentu
untuk mendeteksi penyakit tanaman. Cara kerja alat ini adalah menangkap aroma
dalam bentuk gas, yang seringkali dapat digunakan untuk mendeteksi tanaman yang
terkena penyakit. Struktur hidung elektronik ini memiliki sensor kepekaan terhadap
senyawa gas atau molekul senyawa kimia.
E-nose ini telah digunakan untuk mendeteksi berbagai penyakit tanaman. Misalnya,
deteksi penyakit yang disebabkan oleh bakteri buah pir pada apel dan kiwi, yaitu
jamur penyebab busuk buah. Dalam hal ini, senyawa volatil yang terkandung dalam
bakteri terdeteksi. Selain itu, aplikasi hidung elektronik ini telah diuji untuk
mengetahui apakah ada penyakit di dalam kayu. Metode yang digunakan adalah
dengan membandingkan senyawa volatil yang dikeluarkan oleh jamur pelapuk kayu
dan kayu sehat. E – nose PEN3 digunakan karena dapat membedakan antara fragmen
akar yang sehat dan fragmen akar yang diinokulasi serta berbagai jenis jamur pelapuk
kayu di dalam tanah. Kemudian uji lain digunakan untuk mendeteksi adanya busuk
coklat kentang yang disebabkan oleh Ralstonia solanacearum. Hal ini dilakukan oleh
serangkaian sensor oksida logam yang dapat mengidentifikasi senyawa volatil pada
tanaman kentang yang terinfeksi bakteri
5. Apa yang dimaksud dan apa yang dapat dibuat dari metoda DNA fingerprint/PCR-
RFLP?
Jawab :
DNA fingerprint/PCR-RFLP merupakan metode yang digunakan untuk melakukan
analisis DNA. Teknik ini merupakan salah satu teknik penanda DNA yang pada
dasarnya ada perbedaan sisi pemotongan (situs restriksi). Enzim restriksi endonuclease
yang bisa mendigesti DNA akan memotong DNA pada sisi restriksi tertentu yang akan
 menjadi fragmen dan kemudian dengan analisis elektroforesis gel yang bisa tentukan
analisis yang sesuai dengan markernya.
6. Jelaskan bagaimana identifikasi serangga secara molekuler
Jawab :
Proses identifikasi molekuler dimulai dengan adanya ekstraksi DNA yang dimana
DNA yang dipakai adalah DNA total yang bebas dari komponen – komponen
penyusun sel. Metode molekuler merupakan metode yang proses identifikasinya lebih
cepar. Metode molekuler yaitu sekuen DNA yang tersambung dengan metode DNA
barcoding. DNA barcoding termasuk teknik pendekatan secara molekuler yang dapat
digunakan sebagai proses indentifikasi sari berbagai serangga. Teknik ini dapat
dilakukan dengan mendasarkan sekuen DNA pendek dari variasi yang rendah pada
intraspesies dan mempunyai variasi yang cukup tinggi dari interspesies. Kemurnian
DNA yang dihasilkan memengaruhi pita DNA yang terbentuk pada proses
elektoforesis. Kemudian akan dilanjutkan dengan teknik PCR. Menurut Nurhasanah
(2012) aplikasi PCR sudah sering dilakukan pada bidang penyakit tanaman.
7. Apa tujuan penggunaan DNA barcoding
Jawab :
Menurut Kress et al. (2009). Tujuan dari DNA barcoding, yaitu :
a. Sebagai perangkat riset untuk ahli taksonomi
- Untuk membantu mengindentifikasi spesies
- Memperluas diagnose spesies kehidupan organisme hidup termasuk buah –
buahn, biji – bijian, penentuan kelamin, dll.
- Menguji konsisten definisi spesies yang berpacu dengan variabilotas DNA
b. Perangkat bagi semua taksonomi
- Unruk mengindentifikasi spesies yang telah dilindungi
- Untuk menguji kemurnian danidentitas biologi
- Untuk membantu para ahli ekologi dalam pembelajaran laoangan pada
organisme yang belum diketahui identitasnya
c. Perangkat penemu terutama menandai spesies baru yang belum ada deskripsinya
dengan baik.
8. Mengapa COI digunakan untuk barcode hewan?
Jawab :
Gen COI merupakan penanda molekuler utama yang efektif dalam keterlacakan
produk, namun fragmen DNA lebih dari 200- bp sulit diperoleh dari surimi karena
 adanya kemungkinan degradasi DNA (Khallaf et al. 2016). Maka dari itu COI ini
digunakan untuk hewan karena memberikan peluang yang sangat akurat dan cepat
untuk mengidentifikasi berbagai takson dari hewan dan dapat mendeteksi hewan yang
sebelumnya sulit untuk diketahui taksonominya.

DAFTAR PUSTAKA

Abdullah, A., Sativa, H. A., Nurhayati, T., & Nurilmala, M. (2019). Pemanfaatan DNA
barcoding untuk ketertelusuran label berbagai produk olahan ikan berbasis surimi
komersial. Jurnal Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia, 22(3), 508-519.

Baietto, M., Wilson, A. D., Bassi, D., & Ferrini, F. (2010). Evaluation of three electronic
 noses for detecting incipient wood decay. Sensors, 10(2), 1062-1092.

Biondi, E., Blasioli, S., Galeone, A., Spinelli, F., Cellini, A., Lucchese, C., & Braschi, I.
(2014). Detection of potato brown rot and ring rot by electronic nose: From
laboratoryto real scale. Talanta, 129, 422-430.

Cellini, A., Blasioli, S., Biondi, E., Bertaccini, A., Braschi, I., & Spinelli, F. (2017).
Potential applications and limitations of electronic nose devices for plant
disease diagnosis. Sensors, 17(11), 2596.
El Sheikha, A. F. (2019). Tracing insect pests: is there new potential in molecular
techniques?. Insect molecular biology, 28(6), 759-772.

Jakarta Selatan: Yayasan Inspirasi Ide Berdaya.

Nurholis, N., Sinaga, M. S., & Tondok, E. T. (2015). Metode Deteksi Cendawan
PenyebabInfeksi Laten pada Buah Jeruk Impor. J. Hort. Vol. 25 No. 4: 357-366.

Rahayu, Dwi dan Miftahul Jannah. (2019). DNA Barcode Hewan dan Tumbuhan
Indonesia.

Rondelli, E., Busi, S., Vanneste, J. L., Rodriguez, E. M. T., Savioli, S., Cristescu, S. M., ...
& Costa, G. (2010, August). Volatile compounds produced by Erwinia amylovora
and their potential exploitation for bacterial identification. In XII International
Workshop on Fire Blight 896 (pp. 77-84).

Sari, Widya., dan Nur, Chindy Rosmeita. (2020. IDENTIFIKASI MOLEKULER

CENDAWAN ENTOMOPATOGEN Beauveria Bassiana DAN Metarhizium
Anisopliae ASAL ISOLAT CIANJUR. Bogor. Bogor Agricultural University.

Stoppler, Melissa. (2021). Medical Definition of Koch’s Postulates. Retrieved October 4,

2021 from https://www.medicinenet.com/kochs_postulates/definition.htm
Sunaryo, W. I. D. I. (2015). Aplikasi DNA Barcoding untuk analisis keragaman genetik lai-
durian (Durio zibethinus x kutejensis) asal Kalimantan Timur. Pros Sem Nas Masy
Biodiv Indon, 1(6), 1273-1277.

Zein, M. S. A., & Fitriana, Y. S. (2012). Teknik molekuler untuk identifikasi spesies
ordoCetartiodactyla menggunakan DNA barcode. Zoo Indonesia, 21(2).