Nama : Kayla Sheila Syakira

NPM : 150510210250
Kelas : Bioteknologi Pertanian F
Tanggal: 29 November 2022

Tugas Reflective Learning dan PBL (Deteksi & Identifikasi)

1. Anda menemukan suatu gejala penyakit yang berupa bercak kecoklatan pada daun tanaman
hias yang itu ternyata sulit ditemukan informasinya di internet
a. Jelaskan salah satu metode yang dapat anda gunakan untuk deteksi dan identifikasi
patogen penyebabnya secara konvensional!
Jawab: Metode yang bisa digunakan untuk mendeteksi dan mengidentifikasi patogen
secara konvensional yaitu deteksi dengan melihat gejala penyakitnya dan melihat tanda-
tanda patogen yang ada. Lalu, mengambil sampel tersebut di lapangan, kemudian
diidentifikasi melalui mikroskop (diamati karakter morfologinya). Setelah itu,
dicocokkan dengan teori pengetahuan atau sumber bacaan, misalnya buku, jurnal
penelitian, dan lain sebagainya.
b. Apa keterbatasan metoda seperti itu?
Jawab : Metode konvensional memiliki keterbatasan, antara lain:
• Memerlukan waktu yang lama.
• Membutuhkan pengetahuan yang luas mengenai morfologi dan taksonomi
patogen.
• Suatu penilaian secara subjektif
• Ada beberapa patogen yang tidak bisa diisolasi, seperti virus.

2. Pada kegiatan pemantauan, seorang petugas karantina tumbuhan menemukan suatu

penyakit yang dari tipe gejalanya itu adalah karena virus yang sepertinya masih jarang
sekali ditemukan sebelumnya.
a. Jelaskan apa saja metoda berbasis protein yang dapat digunakan untuk menentukan
penyebab penyakit tersebut!
Jawab: Metode berbasis protein yang dapat dipakai untuk mendeteksi penyakit yang
tipe gejalanya disebabkan oleh virus yaitu ELISA (enzyme-linked immunosorbent
assay) yakni suatu teknik biokimia berbasis plate yang khususnya digunakan dalam
bidang imunologi untuk mendeteksi dan mengukur konsentrasi antigen (peptida,
hormon, protein) serta antibodi dalam suatu sampel. Pada ELISA, antigen dimobilisasi
di atas plate, lalu dikonjugasikan dengan antibodi spesifik yang berhubungan dengan
enzim. Proses deteksi dilakukan dengan melihat perubahan warna akibat aktivitas enzim
terhadap substrat.
b. Jelaskan perbedaan indirect dan sandwich ELISA!
Jawab: Indirect ELISA, Antigen dipindahkan pada well plate, kemudian antibodi
utama yang tidak berlabel menempel pada antigen spesifik, lalu antibodi sekunder yang
terkonjugasi dengan enzim menempel pada antibodi utama dan aplikasinya bertujuan
untuk menentukan konsentrasi total antibodi dalam suatu sampel. Pada sandwich
ELISA, dibutuhkan pasangan antibodi yang cocok (capture and detection antibody),
setiap antibodi harus mempunyai lokasi atau epitope yang spesifik dan tidak
overlapping pada antigen dan aplikasinya untuk mengukur konsentrasi antigen/analyte
dari sampel yang kompleks (hormon, sitokinin, protein, bakteri/virus/parasit).

3. Anda ingin melakukan pengamatan kolonisasi jamur patogen dalam jaringan tanaman.
a. Metoda apa saja yang dapat anda gunakan agar mendapatkan visualisasi seperti
berpendar atau fluorescens dari hifa yang ada dalam jaringan. Jelaskan persamaan dan
perbedaan antara metoda tersebut!
 Jawab: Metode yang bisa dipakai yaitu metode FISH dan IF. Adapun persamaan dari
kedua metode tersebut yaitu:
• Memakai floursens
• Sensitivitas keduanya tinggi
• Limit of Detection (CFU/mL) keduanya bernilai 10^-3
• Photobleaching menjadi hambatan dalam kedua metode karena bisa
menghasilkan hasil negatif palsu.
Perbedaan kedua metode yaitu:
➢ FISH :
• Memakai kombinasi antara mikroskop dan hibridisasi probe DNA dan
gen target dari sampel tanaman
• Menggunakan rRNA sebagai sumber informasi
• Dapat dipakai untuk mendeteksi organisme yang belum dikultur (atau
yang disebut tidak dapat dikultur) untuk menyelidiki komunitas mikroba
yang kompleks
• Akurasi dan keandalan FISH sangat bergantung pada spesifisitas probe
nukleotida
➢ IF :
• Distribusi target bisa divisualisasikan
• Sampel tanaman difiksasi pada slide mikroskop pada bagian jaringan
yang tipis
• IF dapat dikombinasikan dengan teknik lain seperti IKAN
• Penurunan sensitivitas akibat photobleaching dapat dikontrol dengan
mengurangi intensitas dan durasi paparan cahaya, meningkatkan
konsentrasi fluorophores, dan memakai fluorophores yang lebih kuat
yang kurang sensitif terhadap photobleaching.

b. Apabila anda ingin mendeteksi dua jenis patogen yang secara bersama-sama
menginfeksi pada jaringan yang sama. Jelaskan metoda apa dan prinsip kerja (secara
garis besarnya) dari metoda tersebut!
Jawab: Berdasarkan jurnal, metode DNA microarray adalah metode yang mampu
mendeteksi beberapa patogen pada jagung. DNA microarray yaitu teknik esensial
dalam ilmu biologi molekular yang memungkinkan analisa dari tingkat ekspresi jutaan
gen dalam satu waktu. DNA microarray memanfaatkan susunan dua dimensi dari probe
yang menargetkan seluruh genom dari patogen yang diuji.

4. Deteksi penyebab penyakit dapat dilakukan secara langsung dan tidak langsung
a. Jelaskan apa perbedaan prinsip dari kedua cara tersebut!
Jawab: Deteksi penyebab penyakit secara langsung (direct method) yaitu metode yang
secara langsung menargetkan patogen, mencakup metode serologis, berbasis DNA dan
PCR, di mana lebih didasarkan pada protein (untuk serologi) dan asam nukleat (untuk
PCR). Pada metode serologi terdapat hubungan antara antibodi dan antigen. Antigen
yaitu senyawa yang bisa menginduksi produksi antibody, berasal dari tanaman sakit,
dan akan mengenali penyakit yang terkandung di dalamnya. Adapun secara tidak
langsung (indirect method), seperti sidik jari DNA dan hidung elektronik. Metode ini
tidak secara langsung menganalisis patogen, tetapi bisa didapatkan dari senyawa yang
dihasilkan oleh patogen pada tanaman. Selain itu, metode tidak langsung merupakan
biomolekul. Metabolit dilepaskan dari tanaman yang sakit dengan cara ini. Cara tidak
 langsung ini bekerja dalam waktu yang relatif singkat, karena mungkin hanya
dibutuhkan waktu 1 hari atau bahkan beberapa jam saja.
b. Apa kelebihan dan atau kelemahan dari masing-masing cara tersebut!
Jawab: Tabel Kelebihan dan Kelemahan Direct Method dengan Indirect Method
No Metode Kelebihan Kelemahan

1. Direct • Bisa digunakan untuk analisis • Sulit untuk dioperasikan

method throughput tinggi ketika sejumlah • Membutuhkan waktu yang cukup
(langsung) besar sampel perlu dianalisis lama untuk menganalisis data
• Metode secara langsung yang • Membutuhkan teknisi ahli
tersedia secara luas • Tidak cocok untuk berbagai jenis
• Identifikasi patogen lebih spesifik pengujian
dan pasti
2. Indirect • Waktu relatif singkat yaitu 1 hari/ • Tidak mempunyai spesifikasi
method beberapa jam jenis penyakit yang berbeda
(tidak •
langsung)
c. Apa yang dimaksud dengan e-nose application/system dan berikan contohnya yang
digunakan untuk mendeteksi penyakit tanaman!
Jawab: E-nose application/system merupakan metode yang mampu mendeteksi aroma
tertentu dalam mendeteksi penyakit tanaman. Cara kerjanya yaitu menangkap aroma
dalam bentuk gas dan seringkali bisa dipakai untuk mendeteksi tanaman yang terkena
penyakit. Struktur hidung elektronik mempunyai sensor kepekaan terhadap senyawa gas
atau molekul senyawa kimia. Contoh deteksi penyakit disebabkan oleh pathogen bakteri
buah pir pada apel dan kiwi, yaitu jamur penyebab busuk buah. Dalam hal ini, senyawa
volatil yang terkandung pada bakteri terdeteksi. Selain itu, aplikasi hidung elektronik
telah diuji untuk mengetahui apakah ada penyakit di dalam kayu. Metode yang
digunakan yaitu dengan membandingkan senyawa volatil yang dikeluarkan oleh jamur
pelapuk kayu dan kayu sehat. E-nose PEN3 digunakan karena mampu membedakan
antara fragmen akar yang sehat dan fragmen akar yang diinokulasi serta berbagai jenis
jamur pelapuk kayu di dalam tanah. Selain itu, uji lain digunakan untuk mendeteksi
adanya busuk coklat kentang yang disebabkan oleh Ralstonia solanacearum. Hal ini
dilakukan oleh serangkaian sensor oksida logam yang bisa mengidentifikasi senyawa
volatil pada tanaman kentang yang terinfeksi bakteri.

5. Salah satu teknologi yang dikembangkan terkait dengan identifikasi suatu organisme adalah
DNA barcode
a. Jelaskan prinsip atau langkah-langkah secara garus besarnya dari DNA barcode!
Jawab: Dna barcode adalah suatu teknik menggunakan sekuen DNA berukuran pendek
yang dipakai untuk mempermudah dan mempercepat proses identifikasi suatu spesies.
Prinsip DNA barcoding :
• Pengambilan sampel & preservasinya
• Ekstraksi DNA dari sampel
• Amplifikasi DNA Barcode dengan memakai PCR
• Purifikasi hasil amplifikasi dengan PCR
• Analisis data hasil sequencing
• Input data hasil sequencing ke database BOLD (Barcode of Life Data Systems)
b. Apa tujuan dan keuntungan dari penggunaan DNA barcoding?
 Jawab: Tujuan dan penggunaan DNA barcoding antara lain untuk mengidentifikasi
berbagai organisme sampai tingkat spesies dengan memanfaatkan sekuen DNA,
memecahkan permasalahan cryptic spesies serta mengidentifikasi suatu spesies yang
mirip secara morfologi.

Daftar Pustaka
Purnawati, F. (2015). Identifikasi, Tingkat Serangan, Dan Potensi Terbawa Benih
Colletotrichum Sp., Pada Tanaman Mentimun (Cucumis Sativus L.).

Suryadi, Y., & Manzila, I. (2009). Potensi pemanfaatan perangkat diagnostik ELISA serta
variannya untuk deteksi patogen tanaman. Jurnal Agroteknologi. Balai Besar Penelitian
dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumberdaya Genetik Pertanian.