BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Mikrobiologi kedokteran diagnostik dikaitkan dengan diagnosis etiologi suatu

infeksi. Prosedur laboratorium yang dipergunakan untuk menegakkan diagnosis

penyakit infeksi pada manusia mencakup berikut ini : (1) Identifikasi morfologi

agen penyakit dalam pewarnaan specimen atau potongan jaringan (mikroskopi

cahaya dan elektron). (2) Isolasi dan identifikasi biakan agen. (3) Deteksi antigen

dari agen melalui pemeriksaan imunologik (aglutinasi lateks, pemeriksaan

imunologik enzimatik (EIA), dan lain-lain atau melalui pewarnaan antibody

ditandai-fluoresensi (atau ditandai peroksidase). (4) Hibridisasi DNA_DNA atau

DNA-RNA untuk mendeteksi gen-spesifik pathogen dalam specimen pasien. (5)

Deteksi dan amplifikasi asam nukleat organisme dalam spesimen pasien. (6)

Demonstrasi Antibodi atau respons imun diperantarai sel yang bermakna terhadap

agen menular.

Di dalam bidang penyakit infeksi, hasil uji laboratorium sangat bergantung

pada kualitas spesimen, waktu dan penanganan ketika spesimen dikumpulkan,

dan kecakapan teknis, serta pengalaman para laborat. Meskipun dokter juga harus

kompeten melakukan beberapa uji mikrobiologi yang penting, tetapi sederhana

membuat da mewarnai apusan, memeriksanya dibawah mikroskop, dan membuat

corakan pada lempeng kultur –perincian teknis prosedur yang lebih mendalam

1
biasanya diserahkan kepada bakteriologis atau virologis dan teknisi yang

bertugas. Dokter yang menangani proses infeksius harus tau kapan dan bagaimana

mengambil spesimen, pemeriksaan laboratorium apa yang harus dimintakan, dan

bagaimana meninterpretasi hasilnya.

Mikrobiologi diagnostik mencakup penentuan ciri ribuan agen yang

menyebabkan atau berkaitan dengan penyakit infeksi. Teknik yang digunakan

untuk menentukan ciri agen infeksius sangat beragam berdasarkan gejala klinis

dan tipe agen yang dipertimbangkan tersebut, entah itu virus, bakteri, jamur atau

parasite lain. Karena tiadak ada pemeriksaan tunggal yang memungkinkan isolasi

atau penentuan ciri semua pathogen potensial, informasi klinis lebih penting

untuk mikrobiologi diagnostic daripada untuk kimia atau hematologic klinis.

Klinisi harus membuat diagnosis sementara dibandingkan dengan menunggu

hingga hasil laboratorium keluar. Ketika pemeriksaan dimintakan, dokter harus

memberitahu petugas laboratorium diagnosis sementara (tipe infeksi atau agen

infeksi yang dicurigai). Pelabelan specimen yang tepat mencakup data klinis

tersebut serta data identifikasi pasien (setidaknya dua metode identifikasi

definitive) dan nama dokter peminta serta informasi kontak yang relevan.

Banyak mikroorganisme patogenik lambat bertumbuh sehingga perlu waktu

berhari-hari bahkan berminggu-minggu sebelum mikroorganisme tersebut

berhasil diisolasi atau diidentifikasi. Terapi tidak dapat ditunda hingga proses ini

selesai. Setelah memperoleh specimen yang tepat dan memberi tahu diagnosis

klinis sementara ke bagian laboratorium, dokter harus memulai terapi dengan obat

2
 yang diarahkan kepada organisme yang dianggap menyebabkan penyakit pada

pasien. Setelah laborat mulai memperoleh hasilnya, meereka memberitahu dokter

yang kemudian mempu meninjau kembali diagnosis serta perjalanan klinis pasien

dan mungkin membuat perubahan program teraupetik. Informasi ‘umpan balik’

dari laboratorium ini terdiri atas laporan pendahuluan mengenai tiap tahapan

isolasi serta identifikasi agen penyebab.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apakah yang dimaksud dengan Mikrobiologi?

2. Apa saja Anatomi dan Fisiologi dari Mikroba?

3. Apakah yang dimaksud dengan Pemeriksaan Mikrobiologi?

4. Apa saja yang termasuk jenis-jenis pemeriksaan Mikrobiologi?

1.3 Tujuan

1. Mengetahui pengertian dari Mikrobiologi

2. Mengetahui Anatomi dan Fisiologi dari Mikroba

3. Mengetahui pengertian Pemeriksaan Mikrobiologi

4. Mengetahui jenis-jenis pemeriksaan Mikrobiologi

3
 BAB II

ISI

2.1 Definsi Mikrobiologi

Mikrobiologi adalah ilmu tentang kehidupan mikroorganisme antara lain

morfologi, fisiologi, reproduksi, dan penyebaran mikroorganisme. Salah satu

penemuan penting dalam sejarah biologi terjadi pada tahun 1665, ketika seorang

kebangsaan Inggris, Robert Hooke, melakukan penelitian terhadap sepotong

gabus tipis dan menemukan bahwa struktur paling kecil dari unit kehidupan

adalah sel. Temuan Hooke ini menandai awal mulanya teori test yang berbunyi:

“Semua struktur kehidupan disusun oleh sel”. sampai pertengahan abad-19,

banyak ilmuwan dan filsuf yang percaya bentuk kehidupan dapat timbul secara

spontan dari bahan yang tidak hidup; mereka menyebutnya sebagai “teori

generasi spontan”

Perlawanan terhadap teori generasi spontan dating dari Francesco Redi,

pada tahun 1668, yang membuat suatu pembuktian bahwa belatung tidak timbul

secara spontan dari daging merah. Namun, pernyataan Redi (1668) yang

berlawanan dengan teori generasi spontan tidak dapat meyakinkan para ilmuwan

lainnya.

Pendapat bahwa mikroorganisme dapat hidup secara spontan semakin kuat

ketika John Needham pada tahun 1745 menemukan bahwa meskipun cairan

nutrisi (air kaldu ayam) telah dipanaskan sebelum dituangkan kedalam labu atau

4
botol yang tertutup, larutan yang telah dingin segera penuh dengan

mikroorganisme. Needham menyatakan bahwa mikroba berkembang secara

spontan dari larutan tersebut.

Mikroorganisme merupakan mahluk hidup yang sangat kecil dan tidak

dapat dilihat dengan mata telanjang, tetapi dapat lihat dengan bantuan

mikroskop. Dalam penyebarannya, mikroorganisme dapat ditemukan hampir di

setiap tempat. Mikroorganisme terdiri dari bakteri, virus, fungi, dan protozoa.

Sebagian besar mikroorganisme mempunyai peranan yang sangat penting bagi

kesejahteraan penduduk dunia dengan membantu keseimbangan hidup organisme

dan bahan kimia di bidang kehidupan. Sebagai contoh, mikroorganisme tanah

membantu menghancurkan sampah dan mengubah gas nitrogen dalam udara

menjadi senyawa organik yang dapat didaur ulang dengan bahan-bahan kimia di

dalam tanah, air, dan udara. Mikroorganisme berperan dalam proses fotosintesis

yang sangat penting untuk kehidupan di muka bumi. Manusia dan banyak hewan

lain bergantung pada mikroorganisme yang menyintesis beberapa jenis vitamin

yang dibutuhkan untuk metabolism tubuh. Mikroorganisme juga mempunyai

banyak kegunaan untuk tujuan komersil, misalnya untuk menyintesis produk-

produk kimia, seperti aseton, asam organik, enzim, alkohol, dan obat-obatan.

5
2.2 Anatomi Fisiologi Mikroba

2.2.1. Bakteri

Bakteri merupakan organisme uniseluler, nukleoid atau tidak memiliki

membran inti, tidak berklorofil, saprofit atau parasit, pembelahan biner,

termasuk Protista. Protista terbagi menjadi 2 macam, yaitu:

 Prokariotik meliputi bakteri, alga biru hijau

 Eukariotik meliputi jamur, ganggang, lumut dan protozoa.

Tabel 1. Perbandingan Prokariotik dan Eukariotik

Keterangan Prokariot Eukariot

Organisme Bakteria dan sianobakteria Jamur, heman, manusia

Ukuran sel 1-10 mm 5-100 mm

Membrane inti Tidak ada Ada

Organel Beberapa/tidak ada Inti, mitokondria

DNA Sirkuler dalam sitoplasma Liner panjang, terkemas dalam

inti

RNA dan protein Disintesis dalam sitoplasma RNA dalam inti, protein dalam

sitoplasma

Organisasi Unisel Multisel

Ukuran sel bakteri dinyatakan dalam satuan micron, yaitu:

 1 mikron atau micrometer = seperseribu millimeter

 1 milimikron atau nanometer = seperseribu micron

6
Ukuran sel setiap jenis bakteri bervariasi, contoh pada bakteri bentuk bulat

berdiameter 0,2-2,0 um, bakteri bentuk batang memiliki panjang 2-10 um, lebar

0,2-1,5 um. Adapun faktor yang mempengaruhi ukuran sel adalah umur sel,

lingkungan, teknik laboratorium contohnya metode pewrnaan.

Bentuk sel bakteri ada 3 macam, yaitu:

a. Bulat (kokus)

b. Batang (basil)

c. Spiral (Lengkung) atau Koma

Bakteri dapat membentuk kumpulan sel atau susunan sel yaitu:

a. Pada bentuk kokus, dapat berupa diplokokus (dua-dua), tetrakokus =

gafkya (empat-empat), sarcina (8 atau kubus), streptokokus (seperti

rantai), staphylococcus ( bergerombol seperti buah anggur).

7
b. Pada bentuk batang, dapat berupa stretobasil (berderet), diplobasil (dua-

dua).

Bakteri umumnya monomorfik, namun karena faktor lingkungan maka

dapat berbentuk pleomorfik contoh Rhizobium, Corynebacterium.

Berdasarkan pewarnaan Gram, bakteri digolongkan 2 macam, yaitu:

1. Bakteri Gram positif

2. Bakteri Gram negative

Pewarnaan Gram dapat digunakan untuk determinasi bakteri, yaitu

dengan melihat hasil akhir pewarnaan bakteri. Pada akhir pewarnaan, Gram

positif berwarna ungu (violet) dan bakteri Gram negative berwarna merah.

Perbedaan tersebut terjadi karena adanya perbedaan komposisi dinding selnya,

dimana pada bakteri Gram negative lebih rumit daripada Gram positif.

8
 Tabel 2. Perbedaan antara bakteri Gram positif dengan Gram negative

Keterangan Gram positif Gram negatif

Dinding sel Sederhana Lebih kompleks

Struktur dinding sel 1 lapisan peptidoglikan 2 lapisan :

a. bagian luar

lipopolisakarida dan protein.

b. bagian dalam:

peptidoglikan

Ketebalan 15-80 nm 10-15 nm

Berat 50% berat kering sel 10% berat kering sel

Syarat nutrisi Lebih kompleks Lebih sederhana

Resisten terhadap :

Penisilin Lebih rentan Kurang resisten

Streptomisin Kurang rentan Resisten

Ungu Kristal Pertumbuhan terhambat Lebih resisten

Fisik Lebih resisten Kurang resisten

Tabel 3. perbedaan dinding sel bakteri Gram positif dan Gram negatif

Senyawa kimia Gram positif Gram negatif

Peptidoglikan 40-50% 5-20%

9
 Asam teikoat Ada Tidak ada

Lipopolisakarida (lps) Tidak ada Ada

Protein 10% 60%

2% 20%
Lipid

2.2.2. Virus

Virus (dari bahasa latin artinya racun), merupakan agensia infeksius

yang berbeda dari mikroorganisme lain karena ukuran kecil atau partikel dan

bersifat parasit obligat intraseluler, yaitu membutuhkan host untuk

10
multiplikasi. Penemuan virus oleh Adolf Mayer (1886)yaitu menemukan

penyakit mosaic tobacco disebabkan oleh TMV (Tobacco Mosaic Virus) dan

Dmitri Iwanoski (1892) yang mampu mengisolasi penyebab mosaic tembakau

tersebut.

Partikel virus tersusun oleh:

a. Asam nukleat

Virus hanya mempunyai satu jenis asam nukleat, yaitu DNA atau

RNA. Asam nukleat berupa single stranded atau double stranded, sehingga

dikenal DNA double stranded, DNA single stranded, RNA double

stranded dan RNA single stranded. Tergantung jenis virusnya, DNA dapat

linier atau sirkuler. Pada beberapa virus, misalnya virus influenza, asam

nukleatnya tersusun beberapa segmen. Jumlah asam nukleat bervariasi

dari beberapa ratus hingga 250.000 nukleotida.

b. Kapsid dan Pembungkus (envelope)

Asam nukleat virus diselubungi oleh protein coat yang disebut capsid.

Perbedaan struktur kapsid pada asam nukleat an jumlah massa virus.

Setiap capsid tersusun dari sub unit protein yang disebut capsomer. Pada

beberapa virus, capsid diselubungi oleh envelope / selaput yang tersusun

dari kombinasi lipid, protein, dan karbohidrat. Envelope dapat atau tidak

diselubungi oleh spikes (kompleks karbihidrat-protein dari permukaan

envelope). Adanya spikes spesifik pada virus tertentu dapat digunakan

untuk identifikasi virus. Contohnya adanya spike pada virus influenza

11
dapat menyebabkan penggumpalan eritrosit atau hemaglutinasi dan

dgunakan sebagai test diagnostic.

Virus dengan capsid tanpa envelope disebut virus telanjang atau

nonenveloped virus. Kapsid pada nonenveloped virus yang berfungsi

melindungi asam nukleat dari enzim nuclease dalam cairan biologis dan

memungkinkan terjadinya perlekatan virus pada sel host yang sesuai. Jika

host terinfeksi virus, maka sistem imun host distimulasi untuk

pembentukan antibody. Interaksi antara antibody host dan protein virus

akan menginaktifkan virus dan menghentikan infeksi. Meskipun beberapa

virus mampu lolos dari antibody karena gen yang menyandi protein

permukaan virus mengalami mutasi. Mutan virus menghasilkan protein

permukaan berbeda sehingga antibody tidak mampu bereaksi, contoh

influenza karena virus dapat terjadi lebih dari 1 kali.

12
 Virus dapat diklasifikasikan berdasarkan perbedaan tipe morfologi

khusunya bentuk kapsid yaitu:

1. Helical virus

Bentuk batang panjang, kaku, atau fleksibel. Asam nukleat

terdapat dalam ruangan kapsid silindris yang membentuk

heliks. Contoh: virus rabies, virus ebola hemorrhagic fever.

2. Polyhedral virus

Kapsid mempunyai bentuk icosahedron, polyhedron dengan

20 sisi segitiga dan 12 sudut. Kapsomer tiap sisi membentuk

segitiga equilateral. Contoh: virus bentuk icosahedron yaitu

adenovirus, virus polio.

3. Enveloped virus

Memiliki selubung pembungkus dan berbentuk spheris kasar.

Pada virus helical dan polyhedral diselubungi pembungkus

dan disebut enveloped helical or enveloped polyhedral

viruses. Contoh: virus herpes simplex (genus simplexvirus).

4. Complex virus

Virus yang mempunyai struktur kompleks sehingga disebut

complex virus. Contoh: virus bakteri atau bakteriofage.

13
2.2.3. Jamur

Mikologi (mykes dan logos) merupakan ilmu yang mempelajari

tentang jamur. Jamur merupakan mikroorganisme Protista Eukariotik,

kemoheterotrof , reproduksi secara seksual dan atau aseksual, struktur

vegetative berupa sel tunggal atau berfilamen.

A. Sifat Umum

1. Termasuk protista eukariotik.

2. Kemoheterotrof dan kemoorganotrof.

3. Saprofit atau parasit.

4. Struktur vegetative berupa uniseluler (yeast atau khamir) atau

multiseluler / berfilamen (molds atau kapang, cedndawan )

5. Reproduksi seksual atau aseksual

14
B. Karakteristik Jamur

1. Yeast (Khamir)

Mempunyai sifat uniseluler ; nonfilamentous, dapat

membentuk pseudohifa; bentuk oval atau spheris . Umumnya

nonmotil. Reproduksi aseksual dengan pembelahan (fission) dan

seksual. Fakultatif anaerob; bila ada O2 mampu melakukan respirasi

aerob/ metabolisme karbohidrat CO2 dan H2O. Bila tidak ada O2

mampu melakukan fermentasi karbohidrat menghasilkan etanol dan

CO2.

2. Kapang (Molds)

Sifat Multiseluler; reproduksi seksual dan atau aseksual.

Struktur vegetative berfilamen /benang disebut hifa . Kumpulan hifa

disebut miselium.

Macam/tipe Hifa adalah :

a. Hifa nonsepta (coenocytic), merupakan hifa tidak bersepta.

b. Hifa bersepta (acoenocytic),uninukleat atau multinukleat

c. Hifa vegetative , merupakan hifa yang berfungsi untukn nutrisi

d. Hifa reproduktif atau aerial hifa , merupakan hifa yang berfungsi

untuk reproduksi atau pembentukan spora.

e. Pseudohifa, merupakan hifa yang berbentuk kuncup

C. Reproduksi

Ada 2 macam reproduksi, yaitu :

15
 1. Aseksual merupakan reproduksi secara fission (pembelahan),

budding (kuncup) atau pembentukan spora aseksual.

2. Seksual merupakan reproduksi secara fusi (peleburan) nucleus dari

2 gamet induk dan menghasilkan spora seksual yang dapat terjadi

melalui 3 fase yaitu :

a. Plasmogami , nukleus haploid dari sel donor (+) penetrasi ke

sitoplasma sel resipien.

b. Karyogami, inti (+) dan (-) berfusi membentuk zigot inti

diploid.

c. Meiosis, inti diploid menghasilkan inti haploid (spora seksual)

dan beberapa rekombinan genetic.

Adanya reproduksi seksual dan aseksual maka jamur mempunyai

siklus hidup. Jamur yang menghasilkan spora seksual danaseksual disebut

telemorphs, sedangkan jamur yang menghasilkan spora aseksual saja disebut

anamorphs.

D. Fisiologi

1. Habitat pada lingkungan kadar gula tinggi (osmofilik) dan pH asam

/ asidofil.

2. Yeast bersifat fakultatif (aerob dan anaerob) , kapang bersifat aerob

3. mempunyai kisaran suhu pertumbuhan yang luas : saprofit (22-

30˚C), pathogen (30-37˚C)

4. Kemoheterotof, umumnya membutuhkan kadar gula 4%

16
 5. Tumbuh baik pada substansi dengan kelembaban rendah.

6. Membutuhkan sumber N lebih sedikit dibandingkan bakteri.

7. Mampu memetabolisme karbohidrat kompleks seperti lignin.

2.2.4. Protozoa

Protozoa secara umum dapat dijelaskan bahwa protozoa adalah berasal

dari bahasa Yunani, yaitu protos artinya pertama dan zoon artinya

hewan. Protozoa adalah hewan pertama. Protozoa merupakan kelompok

lain protista eukariotik. Kadang-kadang antara algae dan protozoa kurang

jelas perbedaannya. Protozoa dibedakan dari prokariot karena ukurannya yang

lebih besar, dan selnya eukariotik. Protozoa dibedakan dari algae karena tidak

berklorofil, dibedakan dari jamur karena dapat bergerak aktif dan tidak

berdinding sel, serta dibedakan dari jamur lendir karena tidak dapat

membentuk badan buah.

A. Ciri- ciri protozoa

Protozoa adalah mikroorganisme menyerupai hewan yang merupakan

salah satu filum dari Kingdom Protista. Seluruh kegiatan hidupnya

dilakukan oleh sel itu sendiri dengan menggunakan organel-organel antara

lain membran plasma, sitoplasma, dan mitokondria.

Ciri-ciri umum :

 Organisme uniseluler (bersel tunggal).

 Eukariotik (memiliki membran nukleus).

17
  Hidup soliter (sendiri) atau berkoloni (kelompok).

 Sifat hidupnya kosmopolit artinya dapat hidup di tempat atau

habitat apapun.

 Umumnya tidak dapat membuat makanan sendiri (heterotrof).

 Hidup bebas, saprofit atau parasit.

 Protozoa merupakan bagian plankton di air tawar atau air laut dan

berperan penting sebagai indikator polusi.

 Sejumlah protozoa dapat menimbulkan penyakit.

 Dapat membentuk sista untuk bertahan hidup.

 Alat gerak berupa pseudopodia, silia, atau flagela.

B. Morfologi Protozoa

Kebanyakan Protozoa hanya dapat dilihat di bawah mikroskop. Ukuran

tubuhnya antara 1-600 mikron (amoeba) dan 2000 mikron (ciliata). Tubuh

protozoa amat sederhana, yaitu terdiri dari satu sel tunggal (unisel). Namun

demikian, Protozoa merupakan sistem yang serba bisa. Semua tugas tubuh

dapat dilakukan oleh satu sel saja tanpa mengalami tumpang tindih. Bentuk

tubuh macam-macam ada yang seperti bola, bulat memanjang, atau seperti

sandal bahkan ada yang bentuknya tidak menentu. Juga ada memiliki flagel

atau bersilia.

Semua protozoa mempunyai vakuola kontraktil. Vakuola dapat berperan

sebagai pompa untuk mengeluarkan kelebihan air dari sel, atau untuk

18
mengatur tekanan osmosis. Jumlah dan letak vakuola kontraktil berbeda pada

setiap spesies. Protozoa dapat berada dalam bentuk vegetatif (trophozoite),

atau bentuk istirahat yang disebut kista. Protozoa pada keadaan yang tidak

menguntungkan dapat membentuk kista untuk mempertahankan hidupnya.

Saat kista berada pada keadaan yang menguntungkan, maka akan

berkecambah menjadi sel vegetatifnya. Protozoa tidak mempunyai dinding

sel, dan tidak mengandung selulosa atau khitin seperti pada jamur dan algae.

Kebanyakan protozoa mempunyai bentuk spesifik, yang ditandai

denganfleksibilitas ektoplasma yang ada dalam membran sel. Beberapa jenis

protozoa seperti Foraminifera mempunyai kerangka luar sangat keras yang

tersusun dari Si dan Ca. Beberapa protozoa seperti Difflugia, dapat mengikat

partikel mineral untuk membentuk kerangka luar yang

keras. Radiolarian dan Heliozoan dapat menghasilkan skeleton. Kerangka luar

yang keras ini sering ditemukan dalam bentuk fosil. Kerangka

luar Foraminifera tersusun dari CaO2 sehingga koloninya dalam waktu jutaan

tahun dapat membentuk batuan kapur. Protozoa merupakan sel tunggal yang

dapat bergerak secara khas menggunakan pseudopodia (kaki semu), flagela

atau silia, namun ada yang tidak dapat bergerak aktif. Berdasarkan alat gerak

yang dipunyai dan mekanisme gerakan inilah protozoa dikelompokkan ke

dalam 4 kelas.

C. Fisiologi Protozoa

19
 Pada umumnya Protozoa membutuhkan suhu optimum untuk tumbuh

antara 16-25°C, dengan suhu maksimumnya antara 36-40°C. Adapun pH

(derajat keasaman optimum) untuk proses metabolismenya adalah antara pH

6-8. Protozoa umumnya bersifat aerobik nonfotosintetik, tetapi beberapa

protozoa dapat hidup pada lingkung anaerobik misalnya pada saluran

pencernaan manusia atau hewan ruminansia. Protozoa aerobik

mempunyai mitokondria yang mengandung enzim untuk metabolisme

aerobik, dan untuk menghasilkan ATP melalui proses transfer elektron dan

atom hidrogen ke oksigen.

Protozoa umumnya mendapatkan makanan dengan memangsa

organisme lain (bakteri) atau partikel organik, baik secara fagositosis maupun

pinositosis. Protozoa yang hidup di lingkungan air, maka oksigendan air

maupun molekul-molekul kecil dapat berdifusi melalui membran sel.

Senyawa makromolekul yang tidak dapat berdifusi melalui membran, dapat

masuk sel secara pinositosis. Tetesan cairan masuk melalui saluran pada

membran sel, saat saluran penuh kemudian masuk ke dalam membrane yang

berikatan denga vakuola. Vakuola kecil terbentuk, kemudian dibawa ke

bagian dalam sel, selanjutnya molekul dalam vakuola dipindahkan ke

sitoplasma. Partikel makanan yang lebih besar dimakan secara fagositosis oleh

sel yang bersifat amoeboid dan anggota lain dari kelompok Sarcodina.

Partikel dikelilingi oleh bagian membran sel yang fleksibel untuk ditangkap

kemudian dimasukkan ke dalam sel oleh vakuola besar (vakuola makanan).

20
Ukuran vakuola mengecil kemudian mengalami pengasaman. Lisosom

memberikan enzim ke dalam vakuola makanan tersebut untuk mencernakan

makanan, kemudian vakuola membesar kembali. Hasil pencernaan makanan

didispersikan ke dalam sitoplasma secara pinositosis, dan sisa yang tidak

tercerna dikeluarkan dari sel. Cara inilah yang digunakan protozoa untuk

memangsa bakteri. Pada kelompok Ciliata, ada organ mirip mulut di

permukaan sel yang disebut sitosom. Sitosom dapat digunakan menangkap

makanan dengan dibantu silia. Setelah makanan masuk ke dalam vakuola

makanan kemudian dicernakan, sisanya dikeluarkan dari sel melalui sitopig

yang terletak disamping sitosom.

D. Reproduksi Protozoa

Protozoa dapat berkembang biak secara seksual dan aseksual. Secara

aseksual protozoa dapat mengadakan pembelahan diri menjadi 2 anak sel

(biner), tetapi pada Flagelata pembelahan terjadi secara longitudinal dan pada

Ciliata secara transversal. Beberapa jenis protozoa membelah diri menjadi

banyak sel (schizogony). Pada pembelahan schizogony, inti membelah

beberapa kali kemudian diikuti pembelahan sel menjadi banyak sel anakan.

Perkembangbiakan secara seksual dapat melalui cara konjugasi, autogami, dan

sitogami. Protozoa yang mempunyai habitat atau inang lebih dari satu dapat

mempunyai beberapa cara perkembangbiakan. Sebagai contoh spesies

Plasmodium dapat melakukan schizogony secara aseksual di dalam sel inang

manusia, tetapi dalam sel inang nyamuk dapat terjadi perkembangbiakan

21
 secara seksual. Protozoa umumnya berada dalam bentuk diploid. Protozoa

umumnya mempunyai kemampuan untuk memperbaiki selnya yang rusak atau

terpotong. Beberapa Ciliata dapat memperbaiki selnya yang tinggal 10 % dari

volume sel asli asalkan inti selnya tetap ada.

2.3 Definisi Pemeriksaan Mikrobiologi

Pemeriksaan mikrobiologi adalah satu pemeriksaan yang sangat penting

dalam menunjang penegakkan diagnosis serta terapi penyakit infeksi terutama

dalam penanganan infeksi Nosokomial.

2.4 Pengambilan Spesimen dalam Pemeriksaan Mikrobiologi

Pemeriksaan Laboratorium biasanya mencakup pemeriksaan mikroskopik

terhadap materi baru yang belum maupun yang sudah diwarnai serta persiapan

kultur dengan keadaan yang cocok untuk pertumbuhan berbagai macam

organisme, termasuk jenis mikroorganisme yang paling mungkin menyebabkan

penyakit berdasarkan bukti klinis. Jika suatu mikroorganisme berhasil diisolasi

maka identifikasi lengkap terhadap mikroorganisme tersebut dapat dillakukan.

Mikroorganisme yang berhasil ditemukan tersebut kemudian diuji tingkat

sensivitasnya terhadap obat – obat antimikroba. Ketika pathogen yang bermakna

berhasil ditemukan sebelum terapi dimulai, pemeriksaan laboratorium lanjutan

selama dan setelah terapi harus dikerjakan.

Spesimen yang dikumpulkan dengan tepat merupakan satu tahap yang paling

penting dalam menegakkan diagnosis infeksi, karena hasil uji diagnosis penyakit

infeksi bergantung pada pilihan, waktu, dan metode pengumpulan specimen.

22
Bakteri dan jamur tumbuh dan mati, sensitive terhadap berbagai zat kimia, dan

dapat ditemukan di berbagai lokasi anatomi serta cairan tubuh dan jaringan

dalam perjalanan penyakit infeksi. Karena penemuan agen penyebab sangat

penting dalam menegakkan diagnosis, specimen harus di peroleh dari lokasi yang

paling mungkin mengandung agen di tahap tertentu penyakit dan harus ditangani

sedemikian rupa sehingga menunjang keberlangsungan hidup serta pertumbuhan

agen.

Penemuan bakteri dan jamur sangat bermakna jika agen yang diisolasi berasal

dari tempat yang biasanya tidak dihuni mikroorganisme (area yang normalnya

steril). Segala jenis mikroorganisme yang dikultur dari darah, cairan

serebrospinal, cairan sendi, atau rongga pleura merupakan temuan diagnostic yag

bermakna. Sebaliknya, banyak bagian tubuh memiliki mikrobiota normal yang

dapat diubah oleh pengaruh endogen atau eksogen. Penemuan patogen potensial

dari saluran pernapasan, cerna atau genitourinaria, dari luka, atau dari kulit harus

dilihat dalam konteks mikrobiota normal di tiap lokasi tertentu. Data

mikrobiologik harus berkaitan dengan informasi klinis agar sampai pada

interpretasi hasil yang bermakna.

Beberapa aturan umum yang berlaku untuk semua specimen :

1. Jumlah sampel harus mencukupi

2. Sampel harus mewakili proses infeksi ( contoh, sputum, bukan saliva; pus

dari dasar lesi, bukan dari saluran sinusnya; apusan dari bagian dalam

luka, bukan dari permukaanya).

23
 3. Kontaminasi specimen harus dihindari dengan cara hanya menggunakan

peralatan steril dan tindakan aseptic

4. Spesimen harus dibawa ke laboratorium dan diperiksa dengan segera.

Media transport khusus turut membantu

5. Spesimen yang bermakna untuk menegakkan diagnosis infeksi bakteri dan

jamur harus didapatkan sebelum obat antimikroba diberikan. Jika obat

antimikroba diberikan sebelum specimen untuk pemeriksaan

mikrobiologik dikumpulkan, terapi obat perlu dihentikan dan specimen

diambil kembali beberapa hari kemudian.

Jenis specimen yang hendak diperiksa ditentukan melalui gambaran klinis

yang ada. Jika gejala atau tanda mengarah pada keterlibatan satu system organ,

specimen diambil dari sumber tersebut. Jika tidak ada tanda atau gejala pada

lokasi tertentu, sampel darah ulangan untuk kultur diambil terlebih dahulu, lalu

pengambilan specimen dari lokasi lain dipertimbangkan berikutnya, berdasarkan

pada kemungkinan system organ yang terlibat dalam pasien tersebut serta pada

kemudahan pengambilan spesimen.

2.5 Pemeriksaan Mikrobiologi Terhadap Jenis – Jenis Mikroba

2.5.1 Bakteri

24
 Pemeriksaan mikroskopik pulasan secara langsung umumnya kurang

memadai untuk mengidentifikasi spesies bakteri; identifikasi spesies bakteri

secara tepat hanya dapat dilakukan melalui kultur. Karena itu, pengiriman

spesimen ke laboratorium rujukan mutlak harus dilakukan. Namun, pemeriksaan

mikroskopik pulasan secara langsung merupakan metode yang efisien untuk

mendeteksi bakteri dalam cairan biologis, yang normalnya steril, dan dalam

spesimen dari sumber-sumber lain. Pemeriksaan ini dapat memberikan informasi

berharga untuk penegakan diagnosis, pemberian terapi, dan pengendalian

penyakit sesegera mungkin. Contoh:

 Pemeriksaan spesimen dari pasien pria dengan uretritis stadium dini dapat

digunakan dalam penegakan diagnosis infeksi gonokokus (gonore), dengan

ketepatan yang cukup tinggi (pada wanita, penegakan diagnosis gonore jauh

lebih sulit).

 Pemeriksaan mikroskopik pulasan sputum merupakan teknik yang praktis dan

efektif untuk pendeteksian infeksi Tuberculosis.

 Pemeriksaan mikroskopik CSF digunakan dalam pengidentifikasian bakteri

atau jamur penyebab meningitis.

Diagnosis beberapa penyakit juga dapat ditegakkan melalui pemeriksaan

serologis; salah satu contohnya, sifilis. Teknik serologis juga berperan penting

dalam surveilans epidemiologis dan deteksi dini penyakit-penyakit yang

25
disebabkan oleh bakteri-bakteri yang sulit dikultur (misalnya Mycobacterium

tuberculosis).

1. Teknik Pewarnaan

a. Pewarnaan Gram

Pewarnaan Gram mempermudah pemeriksaan mikroskopik apusan

untuk mendeteksi bakteri, pus, basil Vincent, dan Candida albicans.

Bakteri komensal, yang selalu ditemukan, tidaklah signifikan. Bakteri

komensal ini tidak perlu diperiksa lebih lanjut ataupun dilaporkan.

Prinsip :

 Ungu kristal mewarnai semua bakteri menjadi ungu

 Larutan iodin menahan zat warna violet secara lebih kuat atau

lemah, tergantungjenis bakterinya

 Etanol 95%

 memudarkan warna bakteri ketika ungu kristal tidak terikat

kuat oleh larutan iodin

 tidak memudarkan warna bakteri ketika ungu kristal terikat

kuat oleh larutan iodin

 Larutan fuksin karbol, merah netral, atau safranin (berwarna pink):

 mewarnai ulang (pink) bakteri yang warnanya dipudarkan oleh

etanol

26
  tidak berpengaruh terhadap bakteri 'yang tetap berwarna ungu

tua (tidak dipudarkan oleh etanol)

 Pemeriksaan Mikroskopik

Pertama-tama, amati preparat dengan objektif x 40 untuk melihat

distribusi pulasan; selanjutnya, pakai objektif X100 (dengan minyak

imersi).

 Organisme positif-Gram

Organisme positif-Gram terwarnai ungu tua (mis., stafilokokus,

streptokokus, mikrokokus, pneumokokus, enterokokus, basil difteri,

basil antraks).

 Organisme negatif-Gram

Organisme negatif-Gram terwarnai merah(mis.,gonokokus,

meningokokus, basil koliform, shigella, vibrio kolera).

 Identifikasi organisme spesifik

Candida albicans terlihat sebagai spora positif-Gram berukuran

besar (diameter 2-4 /lm), berbentuk oval atau bulat dengan berbagai

filamen mirip-miselium yang panjangnya bervariasi dan ujungnya

membulat

b. Pewarnaan Albert (untuk Pendeteksian Corynebacterium diphtheriae)

Pada kasus dengan kecurigaan difieri, apusan sputum sebaiknya dipulas

dengan larutan pewarna Albert. Larutan pewarna ini digunakan untuk

27
 memperlihatkan granula volutin yang terwarnai gelap pada basil

Corynebacterium diphtheria

c. Pewarnaan Ziehl-Neelsen (untuk pendeteksian basil tahan asam)

Larutan pewarna Ziehl-Neelsen dipakai untuk mengidentifikasi

mikobakterium dan ookista Cryptosporidium spp.

Prinsip :

Mikobakterium dan ookista Cryptosporidium spp., yang diwarnai

dengan larutan fuksin karbol yang pekat dan panas, resisten terhadap

pemudaran warna oleh larutan asam atau asam-etanol sehingga tetap

berwarna merah. Jaringan dan organisme lainnya memudar warnanya

oleh larutan asam-etanol dan terwarnai dengan larutan pewarna lain,

misalnya terwarnai biru dengan biru metilen. Mycobacterium Zeprae

dan ookista Cryptosporidium spp. hanya resisten terhadap pemudaran

warna oleh larutan asam atau asam-etanollemah. Spesies-spesies ini

diperlihatkan teknik pewarnaan Ziehl-Neelsen yang dimodifikasi

Mycobacterium spp. dan ookista Cryptosporidium spp. dikenal sebagai

basil "tahan asam" karena basil-basil ini resisten terhadap pemudaran

warna oleh larutan asam. Basil-basil ini tidak terwarnai dengan baik

kalau memakai larutan pewarna Gram atau larutan pewarna sederhana

lainnya, seperti biru metilen.

28
 Sampel Organisme

M.tuberculosis
Sputum
M.bavis

M.leprae
Kulit
M.ulcerans

M.tuberculosis
Urine
M.bavis

Feses Cryptosporidium spp.

M.tuberculosis
Bilasan lambung
M.bavis

Organisme yang terwarnai oleh larutan pewarna Ziehl – Neelsen

2. Pemeriksaan Spesiemen Sputum dan Swab Tenggorokan

Berbagai organisme patogen dapat terdeteksi melalui pemeriksaan

mikroskopik spesimen sputum dan swab tenggorokan.

Organisme-organisme ini meliputi:

 Bakteri: basil tahan asam negatif-Gram atau positif-Gram.

 Jamur atau ragi: berupa filamen-filamen miselium, dengan atau tanpa

pori. Jamur atau ragi ini mungkin patogen atau mungkin juga hanya

saprofit yang berkembangbiak di dalam sampel setelah sampel disimpan

dalam wadahnya (identifikasi secara tepat perlu dilakukan di

laboratorium spesialistik).

29
 Actinomycetes: berupa granula-granula, lihat halaman 196.

 Parasit: telur trematoda paru dan, sangat jarang, telur skistosoma dan

cacing dewasa spesies Mammomonogamus laryngeus.

Sering kali, perlu dilakukan kultur untuk pengidentifikasian agen-agen

infektif.

Pemeriksaan Mikroskopis Sputum

Pemeriksaan sputum dilakukan pertama-tama dengan mata telanjang dan

selanjutnya, dengan mikroskop. Sputum pasien dengan infeksi bakteri

biasanya berisi:

 Mukus yang tebal, disertai gelembung-gelembung udara

 Benang-benang fibrin

 Kumpulan pus

 Kadang-kadang, noda-noda darah berwarna kecoklatan.

Berdasarkan inspeksi visual ini, karakteristik sputum dapat dilaporkan

sebagai berikut.

 Purulen: berwarna kehijauan, berisi pus;

 Mukopurulen: berwarna kehijauan, berisi pus dan mukus;

 Mukoid: sebagian besar berisi mukus;

 Mukosaliva: berisi mukus dan sedikit saliva.

Darah juga harus dilaporkan kalau terIihat pada inspeksi visual ini. Sampel

sputum yang sebagian besar berisi saliva tidak dapat dipakai untuk kultur

30
 ataupun pemeriksaan langsung. Periksa apusan yang sudah dipulas dengan

larutan pewarna Albert. Kalau terIihat basil-basil berwama hijau dan berisi

granula-granula volutin berwarna hijau-kehitaman), laporkan dengan

menuliskan "ditemukan Corynebacterium diphtheriae". Periksa apusan yang

sudah dipulas dengan larutan pewarna Ziehl-Neelsen. Kalau terlihat basil-

basil berwarna merah, laporkan dengan menuliskan "ditemukan basil tahan

asam". Laporkan juga jumlah basil tahan asam yang ditemukan,Kalau tidak

ada basil tahan asam yang terlihat, laporkan dengan menuliskan "tidak

ditemukan basil tahan asam".

3. Pemeriksaan Spesimen Genital untuk Diagnosis Sifilis

Sifilis merupakan penyakit menular seksual yang disebabkan oleh

Treponema pallidum dan berlangsung dalam tiga stadium klinis.

 Stadium primer ditandai dengan ulkus genital soliter, tidak nyeri

(chancre sifilis), kadang-kadang disertai limfadenopati di beberapa

bagian tubuh. Chancre ini akan sembuh spontan, bahkan tanpa

pengobatan. Pada beberapa pasien, terjadi progresivitas penyakit sampai

stadium kedua.

 Stadium kedua ini ditandai dengan: ruam kulit, ulkus oral, kutil genital,

limfadenopati generalisata.

 Stadium ketiga sangat jarang dijumpai; stadium ini ditandai dengan

kelainan susunan saraf pusat dan jantung.

31
 Sifilis sekunder atau tersier dapat ditularkan ke fetus in utero (sifilis

kongenital).

2.5.2 Virus

Virologi diagnostic memerlukan komunikasi yang baik antara dokter dan

laboratorium serta bergantung kepada kualitas spesimen dan informasi yang

diberikan kepada laboratorium.

Uji antibody membutuhkan sampel yang diambil pada interval yang tepat,

dan diagnosis seringkali tidak dapat di pastikan hingga masa konvalesens. Isolasi

virus atau deteksi antigen perlu dikerjakan ketika

1. Timbul epidemic baru, seperti pada kasus influenza

2. Ketika uji serologi tidak bermanfaat

3. Ketika penyakit klinis yang sama dapat disebabkan oleh banyak agen

yang berbeda.

Metode diagnostic berdasarkan teknik amplikasi asam nukleat sebentar lagi

akan menggantikan beberapa, tetapi tidak semua, teknik kultur virus. Akan

tetapi, kebutuhan akan penggumpulan sampel dan interprerasi hasil uji yang baik

tidak akan berubah.

Virus dapat di deteksi dengan baik melalui pemeriksaan mikroskopik

langsung terhadap apusan atau meliputi infeksi rabiesdan herpes simpleks serta

infeksi sela – zoster. Pewarnaan antigen virus dengan immunoassay terhadap

32
apusan otak dan impresi kornea dari luar dan dari kulit bagian belakang leher

manusia dan metode pilihan untuk menegakkan diagnosis secara rutin.

2.5.3 Jamur

a. Pemeriksaan Jamur Pada Kulit dan Rambut

Kurap (ringworm) atau tinea adalah infeksi jamur pada kulit. Tinea

dapat terjadi pada permukaan bad an, kulit kepala, kuku, dan sela-sela jari

kaki. Infeksi silang antar-manusia sering terjadi; hewan atau tanah yang

terinfeksi juga dapat menyebabkan infeksi pada manusia. Pada kulit,

infeksi jamur menimbulkan lesi sirkuler, suatu massa yang tersusun dari

hifa-hifa yang bercabang; spora jamur juga dapat ditemukan pada rambut

dan kuku yang terinfeksi.

Pada pemeriksaan ini, mungkin akan terlihat hifa-hifa yang

bercabang dan artrospora-artrospora yang bulat dan anguler (tersusun

membentuk rantai). Hifa jamur dapat dibedakan dengan struktur-struktur

jaringan lainnya berdasarkan adanya percabangan dan sekat (septum).

Jamur terwarnai biru dengan lactophenol cotton blue. Spora-spora

(granula-granula bulat yang besar dan bermembran transparan) mungkin

terlihat di tepi luar rambut. Spora-spora ini disebut ektotriks. Spora-spora

yang ditemukan di bagian dalam rambut disebut endotriks. Pelaporan

hasilnya: "ditemukan hifa atau spora jamur", atau "tidak ditemukan hifa

atau sporajamur".

33
 b. Pemeriksaan pus untuk diagnosis misetoma

Misetoma adalah penyakit granulomatosa kronis pada jaringan

subkutis dan jaringan-jaringan yang lebih dalam. Kaki merupakan tempat

predileksi tersering, yang disebut sebagai "kaki Madura". Tempat-tempat

predileksi lainnya: tangan, kepala, dan dada. Jamur penyebab misetoma

menghasilkan granula-granula kecil, yang dikeluarkan ke permukaan

melalui sinus (rongga). Adanya granula-granula ini merupakan tanda

diagnostik misetoma.

c. Pemeriksaan Spesimen Kulit untuk Diagnosis Pitiriasis Versikolor

Pitiriasis versikolor adalah penyakit kulit yang lazim ditemukan

pada musim panas, penyakit ini disebabkan oleh jamur

Pityrosporumfurfur. Pada wajah dan badan, terdapat makula-makula

berwarna: pucat dan memudar, pada pasien yang berkulit gelap, cokelat-

kekuningan, pada pasien yang berkulit putih.

2.5.4 Protozoa

Protozoa adalah mikroorganisme bersel-tunggal (uniseluler). Protozoa usus

dapat ditemukan di feses, baik dalam bentuk motil (trofozoit) ataupun bentuk

kista. Beberapa protozoa usus bersifat patogenik, protozoa lainnya tidak

merugikan. Semua protozoa ini ditemukan di seluruh dunia.

a. Identifikasi bentuk motil (trofozoit)

Trofozoit adalah bentuk motil protozoa baik karena pergerakan sel yang

lambat (ameba); ataupun karena protozoa ini memiliki flagel (benang-

34
 benang panjang seperti cambuk) atau silia (rambut-rambut pendek berjumlah

banyak).

Trofozoit terutama ditemukan di dalam:

 feses encer

 feses berlendir

 feses lunak.

Berbagai karakteristik berikut berguna untuk pengidentifikasian bentuk

motil protozoa usus, ukuran, sitoplasma, pseudopodia, inti (nuldeus),

ektoplasma, endoplasma, vakuola, badan inklusi berisi eritrosit, bakteri, sel

ragi, debris, membran inti (kromatin), kariosom inti flagel membran

bergelombang (undulating membrane).

2.6 Macam – Macam Pemeriksaan Mikrobiologi

2.6.1 Pemeriksaan Mikroskopik dan Pewarnaan

Pemeriksaan mikroskopik terhadap spesimen yang sudah atau belum

diwarnai atau belum diwarnai relative sederhana dan tidak mahal, tetapi kurang

sensitive dibandingkan dengan kultur untuk mendeteksi sejumlah kecil bakteri.

Spesimen harus mengandung setidaknya mengandung 105 organisme permililiter

sebelum organisme tersebut dapat terlihat pada apusan. Medium cair yang

mengandung 105 organisme per milliliter tidak tampak keruh. Spesimen yang

mengandung 102 – 103 organisme per milliliter menghasilkan pertumbuhan pada

35
media padat, dan specimen yang mengandung 10 bakteri atau kurang permililiter

dapat mengahsilkan pertumbuhan pada media cair.

Pewarnaan Gram merupakan prosedur yang sangat bermanfaat dalam

mikrobiologi diagnostik. Kebanyakan spesimen yang dikirim ketika dicurigai

terdapat infeksi bakteri harus dihapuskan pada kaca objek, diberi pewarnaan

Gram, dan diperiksa secara mikroskopis. Pada pemeriksaan mikroskopik, reaksi

Gram (biru – ungu menunjukkan organisme gram – positif; merah, gram negatif)

dan morfologi ( bentuk : kokus, batang, fusiform, atau lainnya) bakteri harus

diketahui. Terlihatnya akteri pada apusan pewarnaan-Gram tidak memungkinkan

identifikasi spesies. Laporan akan adanya kokus gram – positif dalam bentuk

rantai mengarah ke, tetapi tidak memastikan, spesies streptokokus; kokus gram-

positif yang berkelompok mengarah ke spesies stafilokokus. Batang Gram –

negative dapat berukuran besar, kecil, atau bahkan kokobasiler. Beberapa bakteri

gram – positif yang nonviable dapat terpulas menyerupai gram – negative. Secara

khas, morfologi bakteri ditentukan melalui organisme yang ditumbuhkan pada

agar. Akan tetapi, bakteri di dalam cairan atau jaringan tubuh dapat menunjukkan

morfologi yang sangat beragam.

Spesimen yang dikirim untuk pemeriksaan mikobakteria harus dilakukan

pulasan untuk organisme tahan – asam, menggunakan pewarna Ziehl-Neelsen

atau pewarna Kinyoun. Pewarna fluoresens alternative untuk mikrobakteria,

yaitu pewarna auramine-rhodamine, lebih sensitive daripada pewarna untuk

organisme tahan – asam lain tetapi perlu diperiksa dengan mikroskop fluoresens

36
dan, jika hasilnya positif, perlu dipastikan kembali morfologinya dengan pewarna

tahan – asam.

Pewarna antibody imunofluoresens (IF) berguna untuk mengidentifikasi

banyak mikroorganisme. Prosedur tersebut lebih spesifik dari pada teknik

pewarnaan lain, tetapi juga lebih tidak praktis pengerjaannya. Antibodi bertanda

fluoresens yang biasa dipergunakan dibuat dari antiserum yang dihasilkan

dengan menyuntik seluruh organisme atau campuran antigen kompleks ke tubuh

hewan. Antibodi poliklonal yang dihasilkan dapat bereaksi dengan berbagai

antigen di dalam tubuh organisme yang di suntikkan dan dapat juga bereaksi –

silang dengan antigen mikroorganisme lain atau mungkin dengan sel manusia di

dalam specimen. Pewarnaan IF paling bermanfaat untuk memastikan keberadaan

organisme spesifik seperti Bordetella pertussis atau Legionella pneumophila di

dalam koloni yang diisolasi pada media kultur. Penggunaan pewarnaan IF

langsung pada specimen dari pasien jauh lebih sulit dan kurang spesifik.

Pewarnaan seperti calcofluor putih, perak methenamine, dan sesekali

periodic acid-Schiff (PAS), serta pewarnaan lainnya dipergunakan untuk jaringan

dan spesiemen lain ketika dicurigai adanya jamur atau parasite lain. Pewarnaan

yang demikian tidak spesifik untuk mikroorganisme tertentu, tetapi pewarnaan

tersebut dapat menentukan struktur sehingga kriteria morfologik dapat

digunakan untuk proses identifikasi.

Spesimen untuk pemeriksaan jamur dapat dilakukan tanpa pewarnaan,

yaitu dengan memberikan larutan kalium hidroksida 10% guna memecah

37
jaringan yang mengelilingi miselium jamur agar bentuk hifa terlihat lebih jelas.

Mikrosop fase kontras sesekali berguna untuk memeriksa specimen tanpa

pewarnaan. Mikroskop lapangan gelap digunakan untuk mendeteksi Treponema

pallidum dalam materi dari lesi sifilitik primer atau sekunder atau spirokaeta lain

seperti Leptospira.

2.6.2 Sistem Kultur

Pada bakteriologi diagnostic, pemeriksaan kultur rutin perlu

menggunakan beberapa jenis media, khususnya jika kemungkina organismenya

meliputi bakteri aerobic, anaerobic fakultatif, dan anaerobic obligat. Medium

standar untuk spesimen adalah agar darah, biasanay terbuat dari darah domba

5%. Kebanyakan organisme aerobic dan anaerobic fakultatif akan bertumbuh

pada agar darah. Agar coklat,medium yang mengandung darah yang dipanaskan

dengan atau tanpa suplemen, merupakan medium terpenting kedua, beberapa

organisme yang tidak bertumbuh pada agar darah, termasuk Neisseria dan

Haemophilus yang patogenik, akan bertumbuh pada agar cokelat.

Kultur kaldu dalam media yang sangat diperkaya bernilai penting sebagai

kultur cadangan bagi jaringan biopsy dan cairan tubuh, seperti cairan

serebrospinal. Kultur kaldu dapat memberikan hasil positif jika tidak ada

pertumbuhan pada media pdat karena sedikitnya jumlah bakteri yang ada di

dalam inoculum.

38
2.6.3 Deteksi Antigen

Sistem imunologi yang dirancang untuk mendeteksi antigen

mikroorganisme dapat digunakan untuk menegakkan diagnosis infeksi tertentu.

EIA, termasuk enzyme-linked immunosorbent assays (ELISA), serta uji

aglutinasi digunakan untuk mendeteksi antigen agen – agen infeksius yang ada di

dalam spesimen klinis.

Pada uji aglutinasi lateks, satu antibodi(entah bersifat poliklonal atau

monoclonal) yang spesifik untuk satu antigen sudah difikssi ke manik – manik

lateks. Ketika spesimen klinis ditambahkan ke dalam larutan suspense manik –

manik lateks, antibody akan berikatan dengan antigen yang terdapat di dalam

mikroorganisme, membentuk struktur kisi – kisi, dan aglutinasi manik – manik

pun terjadi. Koaglutinasi yang terjadi sama seperti aglutinasi lateks, kecuali

bahwa ketimbang partikel lateks, uji ini mempergunakan stafilokoki yang kaya

akan protein A, koaglutinasi kurang bermanfaat untuk mendeteksi antigen jika

dibandingkan dengan aglutinasi lateks, tetapi bermanfaat ketika dipergunakan

untu mengidentifiksi bakteri di dalam kultur, seperti D pneumonia, Nesseria

meningitides, N gonorrhoaea, dan streptokokus beta hemolitikus.

Sensitivitas uji aglutinasi lateks dalam menegakkan diagnosis meningitis

bakterialis mungkin tidak lebih baik ketimbang pewarnaan gram yang banyaknya

data mencapai sekitar 100.000 bakteri per milliliter.Untuk alasan tersebut, uji

aglutinasi lateks tidak di anjurkan untuk memeriksa spesimen secara langsung.

39
 Selain aglutinasi lateks,ada juga metode immunoassay western blot

dimana pemeriksaan ini biasanya dikerjakan terhadap antigen khusus dari

organisme tertentu. Metode ini didasarkan atas pemisahan elektroforetik protein

– protein utama dalam organisme yang sedang diselidiki diatas gel agarosa dua

dimensi. Organisme yang sedang di periksa di ganggu secara mekanis atau

kimiawi, dan antigen mampu larut dari organisme bersangkutan ditempatkan di

atas gel poliakrilamida. Arus listrik pun diberikan dan protein – protein utama

dipisahkan menurut ukurannya(protein yang lebih kecil akan berjalan lebih

cepat). Pita – pita protein tersebut kemudian di pisahkan ke kertas – kertas

nitroselulosa. Setelah kertas – kertas tersebut diinkubasi dengan spesimen pasien

yang mengandung antibody ( biasanay serum), antibody akan berkaitan dengan

protein yang ada di dalam kertas dan akan terdeteksi secara enzimatik menurut

cara yang sama dengan metode EIA. Uji western blot di pergunkan sebagai uji

khusus untuk memeriksa antibody HIV dan penyakit Lyme.

2.6.4 Diagnostik Molekuler

Prinsip yang berada dibalik pemeriksaan molecular dini adalah hibridisasi

ajur asam nukleat khusus terhadap sekuens asam nukleat spesifik didalam

specimen uji, diikuti oleh deteksi hybrid berpasangan. Sebagai contoh, DNA atau

(RNA) ajur beruntai satu dipergunakan untuk mendeteksi RNA komplementer

atau DNA terdenaturasi di dalam specimen uji. Ajur asam nukleat secara khas

dilabel dengan enzim –enzim ,substrat antigenic, molekul kemiluminesens, atau

40
radio isotope untuk memudahkan deteksi produk hibridisasi dengan hati-hati dan

ketat, asam nukleat didalam specimen uji dapat dideteksi dengan sangat spesifik.

Pemeriksaan seperti ini sekarang dipergunakan terutama untuk

melakukan konfirmasi cepat pathogen setelah terdeteksi adanya pertumbuhan,

contoh, identifikasi Mycobacterium tuberculosis diatas kultue menggunakan ajur

DNA Gen-Probe Inc. (San Diego, CA). Uji Gen- Probe ini merupakan satu

contoh format uji hibridisasi ; ajur dan target dalam uji ini dibuat dalam bentuk

solusio. Kebanyakan perangkat yang digunakan dalam laboratorium

mikrobiologi klinis mempergunakan format hidridisasi solusio. Hibridisasi in situ

menggunakan ajur DNA berlabel atau ajur RNA berlabel untuk mendeteksi

asam nukleat komplementer yang terdapat didalam jaringan yang telah direndam

dengan paraffin dan difiksasi dengan formalin, jaringan beku, atau sediaan

sitology yang dipasang diatas kaca objek. Secara terknis, hali ini sulit dikerjakan

sehingga biasanya dikerjakan di laboratorium histologi dan bukan di

laboratorium mikrobiologi klinis. Akan tetapi, teknik ini telah menambah

pengetahuan seputar biologi berbagai macam penyakit infeksi, khususnya yang

disebabkan oleh virus hepatitis dan onkogenik, dan masih bermanfaat untuk

menegakkan peneyakit infeksi.

Teknik baru yang sedikit banyak merupakan modifikasi hibridisasi in situ

memanfaatkan ajur asam nukleat peptide. Ajur asam nukeat peptide merupakan

potongan DNA sintesis yang kerangka gula fosfat DNA-nya (normalnya

bermuatan negative) telah diganti dengan poliamida unit berulang ( bermuatan

41
netral). Tiap basa nukleotida dapat emlekat dengan kerangka yang sekarang telah

bermuatan netral sehingga hibridasi menjadi asam nukleat komplementer dapat

berlangsung lebih ceopat an spesifik. Karena ajurnya bersifat sintetik, mereka

tidak terdegradasi oleh nuclease dan enzim lain. Satu perusahaan komersial (

AdvanDx, Woburn MA ) memiliki sejumlah pemeriksaan yang telah disetujui

FDA untuk memastikan keberadaan Staphylococcus aureus, enterokoki,

beberapa Candida sp. dan beberapa hasil gram negative didalam botol-botol

kultur darah positif. Hibridisasi ajur di deteksi memlalui fluoresensi dan disebut

Peptide Nucleic Acid-Fluorescence In Situ Hybridization (PNA-FISH).

A. Identifikasi bakteri menggunakan 16s Rrna

16S rRNA yang terkandung dalam tiap-tiap spesies bakteri memiliki

rangkaian sekuens yang stabil (senantiasa di lestarikan). Banyak salinannya

dijumpai di dalam tiap organisme. Ajur berlabel; yang spesifik umtuk 16S

rRNA suatu spesies kemudian ditambahkan, dan jumlah label yang ada di

hibrida beruntai ganda pun diukur. Teknik ini banyak dipergunakan untuk

melakukanidentifikasi cepat berbagai macam organisme. Contoh nya meliputi

Mycobacterium spesies yang paling banyak dijumpai dan juga penting. C

immitis , Histoplasma capsulatum, dan lain sebaginya.

Bagian dari 16S rRNA senantiasa dilestarikan keberadaannya dalam

berbagai macam spesies organisme. Amplifikasi 16S rRNA menggunakan

primer dari daerah yang dilestarikan tersebut memungkinkan dilakukannya

isolasi dan penentuan sekuens berbagai macam daerah di molekul tersebut .

42
 sekuens yang beragam ini merupakan pertanda khas untuk tiap genus atau

spesies yang membuat mikroorganisme mampu dideteksi. Pathogen yang sulit

atau tidak mungkin dibiakkan di dalam laboratorium telah diidentifikasi

menggunakan teknik ini. Salah satu contohnya adalah Tropheryma whippley,

penyebab penyakit Whipple.

Pemeriksaan diagnostic melekular yang menggunakan amplifikasi

asam nukleat telah banyak dipergunakan dan berevolusi dengan cepat.

System amplifikasi ini termasuk ke dalam beberapa kategori dasar, seperti

dijelaskan dibawah ini.

B. Sistem amplifikasi target

Pada pemeriksaan ini, DNA atau RNA target diamplifikasi berulang

kali. Reaksi rantai polymerase (PCR) dipergunakan untuk mengamplifikasi

DNA khusus yang jumlahnya sangat sedikit, yang ada di dalam specimen

klinis sehingga DNA yang awalnya berjumlah sangat sedikit tersebut dapat

berjumlah sangat banyak.

PCR juga dapat dikerjakan pada target RNA yang disebut reverse

transciptase PCR. Enzim reverse transciptase dipergunakan untuk

mentranskripsi RNA kedalam DNA komplementer untuk tujuan amplifikasi.

Pemeriksaan PCR tersedia di pasaran guba mengidentifikasi sejumlah

besar pathogen bakteri dan virus, seperti hlamydia trachomatys, N

gonorrheae, M tuberculosis, sitosega lovirus, enterovirus, dan banyak lainnya.

Tersedia pula pemeriksaan untuk menguji beban virus HIV-1. Ada banyak CR

43
 “setempat” yang telah dikembangkan oleh masing-masing laboratorium untuk

mendiagnosis banyak infeksi-terutama ketika kultur dan teknik deteksi

antigen tradisional tidak bermanfaat dengan baik. Contoh pemeriksaan ini ,

antara lain cairan serebrospinal akan adanya virus herpes simpleks guna

menegakkan diagnosis ensefalitis herpes dan pemeriksaan cairan bilas

nasofaring untuk menegakkan diagnosis infeksi B ertussis (batuk rejan).

Pertimbangan utama bagi laboratorium yang melakukan pemeriksaan

PCR adalah untuk mencegah kontaminasi reagen atau specimen dengan DNA

target dari lingkungan, yang dapat mengaburkan perbedaan antara hasil yang

betul-betul positif dan hasil positif semu karena adanya kontaminasi.

C. Sistem amplifikasi ajur

Reaksi rantai ligase (LCR) merupakan system amplifikasi yang

berbeda dengan PCR. LCR menggunakan DNA polymerase yang termostabil

dan DNA ligase yang juga termostabil. LCR menggunakan empat ajur

oligonukleotida, masing-masing terdiri atas 20-24 basa. Tiap pasang

oligonuleotida berikatan dengan DNA target. Celah kecil di antara dua

oligonukleotida diisi oleh DNA polymerase dan dihubungkan dengan ligase

sehingga menghasilkan molekul DNA beruntai dengan panjang 40-50 bp.

System ini juga dapat dipergunakan untuk mendeteksi trachomatis dan N

gonorrhoeae. System ini hanya tersedia di luar Amerika Serikat.

44
D. Teknik amplifikasi sinyal

Pemeriksaan ini memperkuat sinyal dengan mengamplifikasi label (

contoh, fluorokrom, enzim) yang melekat dengan asam nukleat target. System

DNA bercabang (branched DNA, bDNA) memiliki serangkaian ajur primer

dan ajur sekunder bercabang yang dilabel dengan enzim. Ajur oligonukleotida

yang berjumlah banyak, spesifik untuk RNA (atau DNA) target, terfiksasi ke

permukaan padat seperti baki mikrodilusi. Ini dinamakan ajur penangkap

(captured probe). Specimen yang telah dipersiapkan kemudian ditambahkan

dan molekul RNA-nya kemudian melekat ke ajur penangkap di baki

mikrodilusi. Ajur target tambahan berikatan dengan target, tetapi tidak dengan

baki. Ajur pengamplifikasi bDNA yang telah dilabel dengan enzim kemudian

juga ditambahkan dan kemudian melekat ke ajur target. Suatu substrat

kemiluminesens turut ditambahkan, dan cahaya yang dipancarkanpun diukur

guna mengukur jumlah RNA target yang ada. Contoh penggunaan tipe

pemeriksaan ini meliputi pengukuran kuantitaif HIV-1, virus hepatitis C, dan

virus hepatitis B.

E. Metode amplifikasi : bukan berbasis PCR

Sistem amplifikasi berperantara transkripsi (transcription mediated

amplification, TMA) dan amplifikasi berbasis sekuens asam nukleat

(NASBA) mengamplifikasi banyak RNA dalam pemeriksaan isothermal yang

dengan teraturmenggunakan enzim reverse transciptase, yaitu RNase H, dan

RNA polymerase. Primer oligonukleotida yang mengandung promotor RNA

45
 polymerase dimungkinkan untuk berikatan dengan target RNA. Reverse

transciptase menciptakan salinan cDNA beruntai tunggal dari RNA. Deteksi C

trachomatis, N gonorrhoeae, dan M tuberculosis dan kuantitas beban HIV-1

merupakan contoh-contoh penggunaan tipe pemeriksaan ini.

F. Real-time PCR

Berbagai perkembangan teknologi, yang menghasilkan ‘’real time

amplification’’, telah metakhirkan rancangan amplifikasi asam nukleat,

meningkatkan sensitivitas uji amplifikasi, dan telah menurunkan secara

drastic potensi kontaminasi. Peralatan real time telah menggantikan blok blok

padat yang dipergunakan thermocycle kuno, dengan kipas yang

memungkinkan siklus PCR berjalan lebih cepat. Peningkatan dramatis dalam

hal kimia reaksi amplifikasi asam nukleat menghasilkan campuran reaksi

homogenik; dalam reaksi ini, senyawa fluorogenik terdapat di dalam tabung

yang sama tempat terjadinya amplifikasi. Beragam molekul fluorogenik turut

dipergunakan, seperti pewarna nonspesifik seperti hijau SYBR yan berikatan

dengan lekuk minor DNA beruntai ganda, dan metode deteksi spesifik

amplicon yang menggunakan ajur oligonukleotida yang diberi label

fluorescence energy transfer (FRET); dan suar hidrolisis .

2.7. Diagnosis Infeksi Menurut Lokasi Anatomi

2.7.1 Luka jaringan tulang abses &cairan

Pemeriksaan mikroskopis terhadap apusan dan kultur spesimen dari

luka atau sering kali memberikan petunjuk dini dan penting mengenai sifat

46
organisme penyebab infeksi sehingga membantu pemilihan obat

mikroba.spesimen dari biopsi jaringan guna kepentingan dignostik harus

diserahkan untuk pemeriksaan bakteriologi dihindarkan dari zat fiksasi dan

disinfektan,dicincangk kemudian dibiarkan dengan berbagai metode.

Pus yang terkandung di dalam abses jaringan lunak yang tertutup dan

belum disalir sering kali hanya mengandung satu organisme sebagai agen

penyebab infeksi.paling sering adalah stafilokok,streptokok atau batang gram-

negatif enteril.hal yang sama berlaku pada osteomielitis akut.organisme

penyebab sering kali dapat dikultur dari darah sebelum infeksi menjadi

kronik.berbgai mikroorganisme sering kali ditemukan di dalam abses abdomen

dan abses yang berbatasan dengan permukaaan mukosa serta pada luka

terbuka.ketika lesi supuratif yang dalam seperti osteomielitis kronik,menyalir

ke permukaan luar melalui sinis atau fistula,flora permukaan yang

dilalauisaliran lesi dalam.dalam keadaan ini,spesimen harus diaspirasi dari

infeksi primer melalaui jaringan yang tidak terinfeksi.

Pemeriksaan baketeriologi terhadap pus yang berasal dari lesi tertutup

atau dalam harus mencakup kultur dengan metode anaerobik.bakteri aneorobik

(bacteroids peptos treptokok)sesekali berperan penting sebagai penyeba dan

campuran anaerob sering kali dijumpai.

Metode yang dipergunakan untuk kultur harus sesauai dengan perolehan

semi kuantitatif terhadap bakteri yang umum dijumpai dan juga dengan

perolehan mikroorganisme khusus,termasuk mikrobakteri dan jamur,kulit dan

47
membran mukosa yang tererosi umunnya menjadi lokasi infeksi jamur atau ragi

candida,aspergillus dan ragi atau jamur lain dapay dilihat secara mikroskopis

didalam apusan atau kerokan dari area yang dicurigai dan dapat ditumbuhkan

dalam biakan.penambahan KOH dan calcoluor putih pada spesimen sangat

membantu pengamatan ragi dan kapang didalam spesimen.

Eksudat yang dikumpulkan dari rongga pkuera, peritoneum,

perikardium atau sinovium harus diaspirasi dengan teknik aspetik jika cairan

jernih cairan dapat disntrifugasi dalam kecepatan tinngi dalam 10 menit dan

endapannya digunakan sebagai bahan untuk pewarnaan apusan dan

baiakan.metode kultur yang digunakan harus sesaui dengan untuk pertumbuhan

organisme yang dicurigai atas dasar klinis-contoh mikrobakteri,organisme

anaerobik serta bakteri piogenik yang umumnya dujumpai.beberapa spesimen

caiaran akan mengumpal dan biakan spesimen yang telah diberikan

antikoaguan mungkin diperlukan.hasil kimawi dan hematologi berikut

menandakan infeksi berat jenis >1,018 kandungan protein >3 g/dl (sering kali

menyebabkan pengumpalan)dan hitung sel >500-1000/l leukosit

polimorfonuklear banyak dijumpai pada infeksi piogenik akut yang tidak

ditangani limposit atau monosit banyak dijumpai pada infeksi kronik,transudat

yang berasal dari pertumbuhan neoplasma secara makroskopis dapat

menyurupai eksudat infeksi karena tanpak berdarah atau perulen atau karena

menggumpal ketika dibiarkan dalam posisi tegak.pemeriksaan sitologi terhadap

48
apusan atau potongan sel yang disentrifugasi dapat membuktikan sifat

neoplastik dari proses tersebut.

2.7.2 Darah

Karena bakteremia sering kali menandakan penyakit yang mengancam

nyawa,keberadaannya perlu dideteks dini.kultur darah menjadi satu prosedur

terpenting untuk mendeteksi infejsi sistemik akibat bakteri .pemeriksaan ini

memberikan informasi yang penting dalam tatalaksana pasien demam dan sakit

akut dengan atau tanpa gejalahdan ta da setempat serta sangat penting pada

pebderita yang dicurigai menderita endokarditis infektif.meski penderita trsebut

tidak tanmpak sakit akut atau berat.selain mkana diagnostiknyapenemuan agen

yang infeksius dari darah sangat membantu dalam menentukan terapi

antimikroba.oleh karena itu setiap upaya harus dikerahkan untuk mencari

organisme penyebab dalam bakteremia.

Pada orang sehat spesimen darah yang diambil denagn baik bersifat

steril.miskipun mikroorganisme yang berasal dari flora saluran cerna dan napas

normalsesekali masuk kedalam darh.mereka dengan cepat dikeluarkan oleh

sistem retikuloendotelial.mikroorganisme yang hanya muncul sebentar ini

jarang berdampak terhadap interprestasi hasil kultur darah.jika pada hasil kultur

darah terdapat mikroorganisme,fakta ini sangat bernilai secara klinis,asalkan

tidak ada kontaminasi.kontaminasi kultur darah oleh flora kulit normal paling

49
sering dosebaban oleh kesalahan dalam prosedur pengambilan darah.sebab itu

teknik yang tepat daalm melakukan kultur darah teramat pentin.

Aturan –aturan berikut jika diterapkan secara ketat membutuhkan hasil

yang dapat diandalkan :

1. Terapkan teknik yang septik yang ketat,pakailah sarung tanggan tidak

perlu steril.

2. pasang tornitet dan tentukan lokasi vena dengan palpasi.lepaskan

torniket sementara kulit dibersihkan.

3. Bersihkan kulit yang akan menjadi lokasi fungsi vena dengan baik

menggunak isopropil alkohol 70-95% dengan tinktur iodine 2% atau

klohesinin 25 mukai pembersihan kulit dari lokasi fungsi

vena.kemudian buat lingkaran konsentrik keluar dengan diameter yang

semakin besar.biarkan sediaan antiseptik menngering sekama

setidaknya 30 detik.jangan sentuh kulit setelah dibersihkan.

4. Pasang kembali tornitet,lakukan funsi vena dan (untuk orang

dewasa)ambil setidaknya 20 ml.

5. Masukkan darah dalam botol kultur darahyang telah diberi label

aerobik dan anaerobik.

6. Bawahlah spesimen segera ke laboratorium atau tempatkan di dalam

inkubator dalam suhu 37 c.

Beberapa faktor menentukan jika kultur darah akan memberikan hasil

positif volume darah yang dikultur,dilusi darah dalam mediumkultur

50
 .penggunaan media kultur aerobik dan anaerobik dan durasi inkubasi.untuk

orang dewasa umumnya darah diambil sebanyak 20-30 ml perkultur.dan

separuhnya dimasukkan ke dalam botol kultur darah aerobik dan separuhnya

lagi dimaukkan dalam botol kultur anerobik,sepasang sel merupakan satu sel

kultur darah.akan tetapi diperlukan voleme darah yang berada untuk berbagai

macam sistem kultur darah yang ada.sisstem kultur yang banyak dipakai

menggunakan botol yang berisikan 5 ml darh bukan 10 ml.dilusi darah yang

optimal didalam medium kultur darah cair adalah sebesar 1;300-1:150 yang

akan menimilisasikan efek antibodi,komplemen dan sistem anti bakteri sel

darah putih yang ada.karena dilusi yang sedemikain besarnya tidaklah praktis

diterapkan dalam kultur darah,kekebanyakan media menggandung natrium

polianetosulfat (sps) 0,05%,yang mengandung sistem antibakteri.akan tetapi

sps juga menghambat perumbuhan beberap neiseria akan kokus gram-positf

anearobik serta gardnelrella vaginalis.jika keberadaan organisme ini dicuriga

sistem kultur darah alternatif tanpa sps harus dipergunakan .

Kultur darah inkubasi selama 5-7 hari.sistem kultur darah otomatis

menggunakan berbagai macam metode untuk mendeteksi kultur yang

positif.dengan menggunakan metode otomatis ini kultul dapat sering dipantau

sampai tiap beberapa menit dan hasil positif dapat dideteksi sedini

mungkin.media yang dipakai dlam sistem kultur darah otomatis begitu diercaya

dan sistem sistem deteksi nya sensitif sehinnga kultur darah yang menggunaan

sistem otomatis tidak perlu diproses lebih dari 5 hari.pada umunnya subkultur

51
hanya dikerjakan jika mesin menunjukkan hasil kultur yang positif.sistem

kultur darah manuak sudah jarang digunakan dan hanya dipergunakan oleh

laboratorium dinegara berkembang yang tidak memiliki sumber daya untuk

memperoleh sistem kultur darah otomatis.dalam sistem manual botol kultul

darah diperiksa dua-tiga kali sehari selama 2 hari pertama,lalunsekali sehari

selama botol ultur darah pada hari ke 2 dak hari ke-7 mungkin perlu dilakukan.

2.7.3 Urin

Pemeriksaan bakteriologik terhadap urin dikerjakan terutama ketika

tanda atau gejala mengarah ke infeksi saluran kemih.infusiensi ginjal atau

hipertensi.pemeriksan ini harus selalu dikerjakan pada orang yang dicurigai

menderita infeksi sistemik atau demam tanpa seba yang jelas.pemeriksaan ini

juga baiknya pada perempuan dalam transmiter pertama kehamilan.

Urin yang disekresikan ginjal bersifat steril.kecuali jika ginjalnya

terinfeksi.urine dari kandung kemih tidak terkontaminasi juga normalnya steril

.akan tetapi uretra mengandung flora normal sehingga urine normal yang

ditampung mengandung sedikit jumlah kecil bakteri.karena organisme

kontaminan dan organisme yang secra etiologis bermakna harys dibedakan

hanya pemeriksaan urine kuantitatif yang dapt memberikan hasil yang berarti.

52
Langkah –langkah nerikut penting diikuti demi tepatnya pemeriksaan urine.

a. Pengumpulan sedimen yang baik

Pengumpulan sedimen yang baik merupakan satu langkah terpenting

dalam kultur urine sekaligus tersulit.spsimen yang baik dari kaum

perempuan cukup sulit diperoleh.

1. Pegang wadah pengumpul spesimen steril.tertutup-uir serta dua atau

tiga kassa yang telah diberi oleh saline non bakteriostatik(sabun

antibakteri untuk oembersig tidak dianjurkan dipakai)

2. Sibak labia dengan dua jari dan pertahankan agar tetap terbuka selama

proses pembersihan dan pengumpulam usap daerah uretra sesekali dari

depan ke belakang dengan masing-masing kassa saline.

3. Mulailah berkemih,dan menggunakan wadah urine kumpulkan

spesimen pancaran tengah,beri label di wadah tersebut.

Metode yang sama diterapkan untuk menggumpulkan spesimen dari

kaaum laki-laki yang belum disunat. Keterisasi berisiko membawa

mikroorganisme masukkedalam kandung kemih,tetapi hal ini terkadang tidak

dapat dihindari.spesimen terpisah dari dari masing-masing ginjal serta ureter

kanan dan kiri dapat diperoleh oleh dokter ahli urologi menggunakn kateter saat

pengumpulan tertutup urineterpasang pada pasien.urine harus diperoleh

melaluai aspirasi steril dari katete dengan jarum dan semprit,bukan dari kantong

enggumpul rine.untuk menyelesaikan masalah diagnostik urine dapat diaspirasi

53
secara aseptis langsung dari kantung kemih yang penuh melalui fungsi

suprapublik dari dinding abdomen.

Untuk sebagian besar pemeriksaan urine sebanyak 0,5 ml yang

diperoleh dari ureter atau 5 ml uretra sudah mencukupi.karena berbagai jenis

mikroorganisme mampu dengan cepat berkembang biak didalam urine pada

suhu ruang atau tubuh,spesimen urine harus segera dikirim ke laboratorium atau

disimpan didalam kulkas tidak lebih dari satu malam.

b. Pemeriksaan mikroskopis

Banyak hal dapat dipelajari dari pemeriksaan mikroskopis urine

sederhana.setetes urine segar yang belim disentrifugasi dan diteteskan diatas

kaca objek,ditutup kaca tipis dan diperiksa dengan menggunakan mikroskopis

klinis biasa dengan intensitas cahaya yang dibatasi dan dibawah lensa objektif

high-dry maupun mengungkap leukosit,sel epitel dan bakter jika jumlahnya

melebihi 105 /ml .ditemukannya organisme sebanyak 105 per mililiter urine

yang ditampung dan diperiksa dengan teliti merupakan bukti kuat ada nya

infeksi saluran kemih yang aktif.apusan pulasan –gram atas urine pancran

tengah tanfa sentrifugasi yang memperlihatkan batang gram negatif mampu

menrgakan diagnosisinfeksi saluran kemih.

Sentrifugasi singkat terhadap urine dengan epat mengendap sel pus yang

mungkin saja membawa serta bakteri sehingga membantu menegakkan

diagnisis infejsi secra mikroskopis.ditemukan unsur lain didalam sedimen atau

54
adanya proteinuria-sedikit membantu mengidentifikasi secara spesifik infeksi

saluran kemih aktif,sel pus dapat dijumpai tanpa ada bakteri dan sebaliknya

,bakteriuria dapat dijumpai tanpa ada bakteri dan sebaliknya bakteriurua dapat

ditemukan tanpa ada piuria.ditemukan banyak sel epitel

skuamosa.laktobasil,flora campuran pada kultur menandakan pengumpulan

urine yang tidak tepat.

c. Kultur

Agar bermakna kultur urine dikerjakan secara kuantitatif.urine yang

dikumpulkan dengan baik dikultur dalam jumlah yang sesuai diatas media

padat.dan koloni muncul setelah inkubasi selesai dihitung untuk menggetahuai

jumlah bakteri per mililiter.prosedur yang biaanya dikerjakan adalah menyebar

urine tak didilusi sebanyak 0,001-0.05 ml diatas lempeng agar darah dan media

padat laian nuntuk kulur kuantitatif.semua media didinkubasi pada suhu 37

,densitas pertumbuhan kemudian dibandingkan dengan foto berbagai densitas

pertumbuhan untuk bakteri yang serupa yang menghasilkan semi kuantitatif.

Ditemukan bakteri lebih dari sedikit dari 104 per mililiter termasuk

ditemukannya beberapa jenis bakteri yang beberapa jenis bakteri yang

berbeda.menandakan bahwa organisme tersebut berasal dari flora normaldan

merupakan kontaminan biasanya dari spesimen yang secara pengumpulannya

yang tidak tepat.ditemukannya 104 ml satu jenis batang gram-negatif

menguatkan kemungkinan infeksi saluran kemih.khususnya pada laki-laki

55
terkandung hanya ditemukannya 102 -103 mlbakteri pada perempuan muda

dengan keluhan disuria dan infeksi saluran kemih akut.jika kultur negatif tetapi

terdapat tanda klinis infeksi saluran kemih,kemugkinan sibdrom

uretra,obstruksi uretra,tuberkulosis kandungan kemih,infeksi gonokokus atau

penyakit lain harus diertimbangkan.

2.7.4 Cairan Serebrospinal

Meningitis termasuk dalam kegawatdaruratan medis yang paling banyak

dijumpai sehingga diagnosis dini, cepat dan sangat penting dilakukan.

Diagnosis meningitis bergantung pada penetapan indeks kecurigaan yang tinggi

penyimpanan spesimen yang mencukupi dengan baik, dan pemeriksaan

specimen dengan tepat. Karena resiko kematian atau kerusakan terpulih begitu

besar, kecuali terapi segera dimulai, jarang ada kesempatan kedua untuk

mendapatkan spesimen sebelum terapi yang penting bagi penegakan diagnosis

etiologi spesifik dan tata laksana optimal.

Permasalahan diagnostik yang paling penting adalah membedakan

antara meningitis bacterial purulenta akut dari meningitis ‘aseptik’ dan

granulomatosa. Keputusan biasanya segera dibuat berdasarkan hitung jenis sel,

konsentrasi glukosa dan kandungan protein dalam cairan serebrospinal,

sertahasil pemeriksaan mikroskopik untuk mencari mikroorganisme. Kesan

awalnnya dipengaruhi oleh hasil kultur, uji serologi, uji amplifikasi asam

nukleat, dan ptosedur laboratorium lainnya. Dalam menilai hasil penentuan

56
glukosa dalam cairan serebrospinal, kadar gula darah juga harus turut

diperhitungkan. Dalam beberapa neoplasma sistem saraf pusat, kadar glukosa

dalam caira serebrospinal rendah.

a. Spesimen

Segera setelah dicurigai adanya infeksi sistem saraf pusat, sampel

darah diambil untuk dikultur, dan cairan serebrospinal pun diperoleh.

Untuk memperoleh cairan serebrospinal, lakukan fungsi lumbal dengan

teknik aseptik yang tinggi, cegah resiko kompresi medulla dengan tidak

mengaspirasi cairan terlalu cepat ketika tekanan intrakranial sangat tinggi.

Cairan serebrospinal biasnaya dikumpulkan didalam tiga hingga empat

tabung steril, masing-masing bervolume 2-5 ml. dengan ini, pemeriksaan

untuk menentukan berbagai macam nilai yang diperlukan untuk

merencakan tindakan dapat dikerjakan dengan sangat nyaman dan

terpercaya

b. Pemeriksaan Mikroskopik

Apusan dibuat dari endapan cairan serebrospinal yang

disentrifugasi. Sebaiknya dipergunakan sentrifugasi sitospin untuk

membuat sediaan apusan karena alat ini lebih efektif mengendapkan materi

sel dan sel bakteri ketimbang sentrifugasi standard. Apusan diwarnai

dengan pewarna Gram. Pemeriksaan ulasan apusan dengan lensa objektif

dan minyak emersi dapat memperlihatkan adanya diplokok gram negatif

intasel (meningikok), diplokok gram-positif intrasel dan ekstrasel yang

57
 menyerupai lanset (pneumokok), batang garam-negatif kecil (H influenza

atau batang garam negatif enteric)

c. Deteksi Antigen

Antigen kriptokokus didalam cairan serebrospinal dapat dideteksi

melalui uji aglutinasi latex atau EIA. Antigen S. pneumonia dapat

terdeteksi dengan immunoassay membrane.

d. Kultur

Metode kultur yang diterapkan harus mendukung pertumbuhan

mikroorganisme yang paling sering berkaitan dengan meningitis. Agar

coklat dan bersama-sama dapat menumbuhkan hamper semua bakteri dan

jamur penyebab meningitis. Diagnosis meningitis tuberculosis memerlukan

kultur pada media khusus. Isolasi virus dapat dikerjakan pada meningitis

aseptic atau meningoenserfalitis. Virus dapat diisolasi dan cairan

serebrospinal pada infeksi yang disebabkan oleh virus gondongan,

meningitis herpes simplex dan beberapa enterovirus. Kebanyakan infeksi

system saraf pusat oleh virus paling baik dideteksi dengan metode

amplikasi asam nukleat.

e. Pemeriksaan Cairan Serebospinal Lanjutan

Kembalinya kadar glukosa cairan serebrospinal dan hitung jenis sel

ke nilai normalmerupakan bukti kuat dari keberhasilan terapi. Respons

klinis merupakan nilai yang paling bermakna.

58
2.6.5 Sekresi Pernapasan

Gejala atau tanda seringkali mengarah pada gangguan bagian tertentu

saluran pernafasan sehingga specimen yang dipilih harus sesuai, dalam

menafsirkan hasil laboratorium, flora mikroba normal dari area tempat

diambilnya specimen harus dipertimbangkan.

a. Spesimen

1. Tenggorok

Kebanyakan (nyeri tenggorok) disebabkan oleh infeksi virus.

Hanya 5-10% nyeri tenggorok pada orang dewasa dan 15-20% pada

anak disebabkan oleh infeksi bakteri. Ditemukannya eksudat kuning

folikular atau membrane yang keabuan harus meningkatkan

kecurigaan kearah infeksi streptococcus hemolitucus – β grup

lancefield A, difteri, gonokokus, fusospiroketa, atau candida : tanda-

tanda, seperti demikian juga dapat dijumpai pada infeksi

mononucleosis infeksiosa atau adenovirus, dan infeksi virus lain.

Apapun tenggorok diambil dari tiap tonsil dan dari dinding

faring posterior. Flora normal tenggorok, meliputi sejumlah

streptokokfiridans, neisseriae, difteroid, stafilokok, batang garam-

negatif kecil, dan banyak organisme lain. Pemeriksaan mikroskopik

terhadap sediaan apusan tenggorok hanya sedikit bermakna dalam

infeksi streptococcus karena semua daerah tenggorok didominasi oleh

streptokok.

59
Kultur apus tenggorok paling terpercaya jika segera diinokulasi setelah

dikumpulakan. Media yang selektif untuk streptokok dapat

dipergunakan untuk membiakkan organisme grup A. ketika menggores

media selektif untuk streptokokus atau lempeng kultur agar darah,

inoculum yang kecil harus disebar secara merata dan pertumbuhan

flora normal yang berlebih harus dihindari, hal ini dilakukan dengan

cara menyentuhkan apus tenggorok kesatu area kecil pada lempeng

dengan menggunakan aplikator kedua yang steril (atau loop

bakteriologi steril) untuk menggores strip gores lempeng dan dari area

tersebut. Deteksi kolom β-hemolitik dimudahkan dengan menyayat

agar (untuk membantu menurunkan tegangan oksigen) dan

menginkubasi lempeng selama 2 hari dengan suhu 37⁰C.

Selama dua dekade terakhir, beragam uji deteksi terakhir,

beragam uji deteksi antigen, metode ajur, dan uji amplikasi asam

nukleat telah dikembangkan untuk meningkatkan deteksi strepcoccus

pyeogenes dari apus tenggorok penderita faringitis streptokokus akut.

Dalam banyak kasus, metode deteksi cepat terbukti sama sensitifnya

dengan kultur sehingga telah menggantikan kultur dibanyak

laboratorium. Pengguna uji ini harus menyadari bahwa hanya

S.pyeogenes yang akan terdeteksi atau tersingkirkan sehingga uji ini

tidak dapat digunakan untuk menegakkan diagnosis faringitis bakteri

yang disebabkan oleh patogen lain. Menurut suatu algoritme,

60
 pemeriksaan dimulai dengan uji cepat, kemudian specimen yang

terbukti negatif melalui uji tersebut dikirimkan untuk dilakukan

pemeriksaan kultur.

2. Nasofaring

Spesimen dari nasofaring tidak begitu banyak diperiksa karena

memerlukan teknik khusus untuk mendapatkannya. Batuk rejan

didiagnosis melalui pembiakan B.pertussis dari bilasan nasofaring atau

nasal, atau melalui amflikasi PCR terhadap DNA B.pertussis dalam

spesimen.

3. Telinga tengah

Spesimen dari telinga tengah jarang diperoleh karena harus

dilakukan fungsi membrane timpani untuk mendapatkannya. Pada

otitis media akut, 30-50% cairan yang diaspirasi bebas dari bakteri.

Bakteri yang paling sering dijumpai adalah pneumokok, H.Influenzae,

Moraxela catarrhalis, dan Streptococcus hemoliticus.

4. Saluran pernafasan bawah

Sekresi eksudat dari bronkus dan paru sering dipelajari melalui

pemeriksaan sputum. Aspek yang paling sering mengaburkan

pemeriksaan sputum adalah kontaminasi saliva dan flora mulut yang

hamper tidak dapat dihindari. Dengan demikian, ditemukannya

candida S.aureus atau bahkan S.pneumoniae didalam sputum pasien

pneumonitis tidak memiliki makna etiologis kecuali ditunjang oleh

61
 gambaran klinis. Specimen sputum yang bermakna harus berasal dari

saluran pernafasan bawah yang dibatukkan keluar dan secara

makroskopik berbeda dengan saliva.

Ditemukannya sel epitel skuamosa dalam jumlah besar

menunjukkan banyaknya kontaminasi saliva ; leukosit

polimorfonuklear (PMN) dalam jumlah besar menunjukkan eksudat

purulen. Sputum dengan dipicu oleh inhalasi aerosol saline hipertonik

yang telah dipanaskan selama beberapa menit. Pada pneumonia yang

diserta efusi pleura, cairan pleura lebih dipercaya dalam menunjukkan

organisme penyebab ketimbang sputum. Pada orang yang dicurigai

menderita tuberculosis, bilas lambung (sputum yang tertelan) yang

meunjukkan organisme penyebab jika sputum tidak dibatukkan keluar,

contoh pada pasien anak.

5. Aspirasi transtrakeal, bronkoskopi, biopsi paru, bilas bronkoalveolar

Flora didalam specimen ini sering mencerminkan secara akurat

gangguan disaluran nafas bawah. Specimen yang diperoleh melalui

bronkoskopi mungkin diperlukan untuk menegakkan diagnosis

pneumonia pneumosistis atau infeksi legionella atau organisme lain.

Specimen bilas bronkoalveolar secara khusus bermanfaat bagi pasien

pneumonia difus yang luluh iman.

62
 6. Pemeriksaan Mikroskopik

Apusan flek atau granulapurulen dari sputum yang diwarnai

dengan pewarna gram atau metode tahan asam dapat mengungkap

organisme penyebab dan PMN. Uji ‘quellung’ langsung untuk

pneumokok dapat dikerjakan dengan serum polivalen pada sputum

yang masih segar.

7. Kultur

Media yang digunakan untuk membiakkan sputum harus sesuai

dan menunjang pertumbuhan bakteri, jamur, mikrobakteri, dan

organisme lain

2.6.6 Spesimen Saluran Pernapasan

a. Spesimen

Feses dan apusan rektal merupakan specimen yang paling mudah

didepat. Empedu yang peroleh melalui drainase duodenum dapat

menunjukkan adanya infeksi saluran empedu.

b. Kultur

Specimen dibuat menjadi bentuk suspense dalam kaldu dan dikultur

pada media biasa juga pada media khusus (agar MaConkey) untuk

memisahkan batang gram-negatif yang tidak memfermentasi laktosa

dari bakteri enteric lain.

63
c. Metode Tanpa Kultur

Tersedia EIA untuk mendeteksi patogen enteric spesifik, langsung

pada specimen feses atau untuk memastikan pertumbuhan didalam

kaldu atau media berlempeng.

64
 BAB III

PENUTUP

3.1. Kesimpulan

 Mikrobilogi adalah ilmu tentang kehidupan mikroorganisme antara lain

morfologi, fisiologi, reproduksi, dan penyebaran mikroorganisme.

 Pengambilan spesimen dalam pemeriksaan mikrobiologi memiliki

beberapa aturan umum yang berlaku untuk semua specimen yaitu:

 Jumlah sampel

 Sampel harus mewakili proses infeksi

 kontaminasi specimen harus dihindari

 spesimen harus dibawa ke laboratorium dan diperiksa dengan segera

 spesimen yang bermakna untuk menegakkan diagnosis infeksi.

 Pemeriksaan Mikrobiologi Terhadap Jenis – Jenis Mikroba:

 Bakteri

 Jamur

 Virus

 protozoa

 Macam – Macam Pemeriksaan Mikrobiologi:

 Mikroskopik dan Pewarnaan

 Sistem Kultur

 Deteksi Antigen

65
 Diagnostik Molekuler

66
 DAFTAR PUSTAKA

Brooks, G.F., Janet, S.B., Stephen A.M. 2007. Jawetz, Melnick and Adelbergs,

Mikrobiologi Kedokteran Edisi 23, Jakarta : Penerbit Buku Kedokteran EGC

Radji, maksum; M. biomed. 2011. Buku Ajar Mikrobiologi Panduan Mahasiswa

Farmasi & Kedokteran. Jakarta: Buku Kedokteran EGC

Sri Harti, Agnes. 2015. Mikrobiologi Kesehatan. Yogyakarta : Andi Offset

WHO. 2012. Pedoman Teknik Dasar Untuk Laboratorium Kesehatan. Jakarta :

Kedokteran EGC

67