1

PENGENALAN ALAT UNTUK IDENTIFIKASI MOLEKULER

ENDAH SUSILOWATI

JURUSAN KEHUTANAN
2017
 2

PENGENALAN ALAT UNTUK IDENTIFIKASI MOLEKULER

(Laporan Praktikum Bioteknologi Kehutanan)

ENDAH SUSILOWATI

FAKULTAS PERTANIAN
UNIVERSITAS LAMPUNG
2017
 3

DAFTAR ISI

Halaman
 1

I. PENDAHULUAN

A. Latar Belakang

Pengenalan alat merupakan langkah pertama sebelum melakukan suatu percobaan

atau penelitian, dengan mengenal alat maka fungsi masing-masing bagian dari alat

tersebut dapat diketahui. Selain itu penting untuk mengetahui cara pengoprasian

atau penggunaan alat-alat yang akan digunakan dalam percobaan atau penelitian

yang dilakukan. Hal tersebut juga dapat memperlancar jalannya suatu percobaan

atau penelitian. Sehingga dengan berbekal pengetahuan pemahaman akan fungsi

dan cara kerja dari alat yang digunakan, maka akan memperoleh hasil suatu

percobaan atau penelitian yang maksimal.

Penggunaan alat-alat laboratorium merupakan suatu cara untuk mengetahui nama

dan fungsi alat-alat laboratorium. Dalam menggunakan alat-alat laboratorium,

sebaiknya terlebih dahulu alat-alat laboratorium yang akan digunakan di

sterilisasi. Sterilisasi merupakan kegiatan yang dilakukan untuk menghilangkan

mikroba yang tidak di inginkan. Dengan pengenalan alat-alat laboratorium maka

dapat meminimalisir resiko kesalahan kerja pada saat melakukan percobaan

mikrobiologi. Alat-alat laboratorium mempunyai cara dan prinsip kerja yang

berbeda. Setiap pengguna harus mengikuti hal-hal tersebut agar dalam

menggunakan alat-alat laboratorium tidak terjadi kerusakan alat ataupun hal-hal

 2
yang berbahaya. Oleh karena itu, praktikum pengenalan alat dan fungsinya ini

perlu untuk dilakukan agar dapat meminimalisir kesalahan dalam penggunaannya.

B. Tujuan Praktikum

Tujuan dari praktikum ini adalah.

1. Mahasiswa dapat mengetahui nama-nama alat laboratorium yang digunakan

dalam identifikasi molekuler.

2. Mahasiswa dapat mengetahui fungsi dari masing-masing alat laboratorium

yang digunakan dalam identifikasi molekuler.

 3

II. TINJAUAN PUSTAKA

A. Bioteknologi

Bioteknologi merupakan cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan makhluk

hidup (bakteri, fungi dan lain-lain) maupun produk dari makhluk hidup (enzim

dan alkohol) dalam proses produksi untuk menghasilkan barang dan jasa.

Bioteknologi adalah penerapan suatu prinsip-prinsip biologi, biokimia dan

rekayasa dalam pengolahan bahan dan memanfaatkan agensia jasad hidup dan

komponen-komponennya untuk menghasilkan barang dan jasa. Bioteknologi

pertanian memiliki laboratorium tempat dimana kegiatan pembiakan dan

perakitan tanaman dilakukan. Dalam laboratorium tersebut terdapat berbagai

macam alat yang memiliki fungsi cara penggunaan yang beranekaragam

(Choudhary, 2008).

Bioteknologi secara sederhana sudah dikenal oleh manusia sejak ribuan tahun

yang lalu. Sebagai contoh, di bidang teknologi pangan adalah pembuatan bir, roti,

maupun keju yang sudah dikenal sejak abad ke-19.

Ciri utama bioteknologi adalah.

1. Adanya agen biologi berupa mikroorganisme, tumbuhan atau hewan.

2. Adanya pendayagunsan secara teknologi dan industri.

3. Produk yang dihasilkan adalah hasil ekstraksi dan pemurnian.

 4
Bioteknologi dalam perkembangannya sekarang telah mencapai aras rekayasa

yang jauh lebih terarah sehingga hasilnya dapat lebih atau bahkan sepenuhnya,

dikendalikan. Perkembangan ilmu dan teknologi akhir-akhir ini menunjukan

bahwa batasan-batasan semacam ini semakin tipis karena adanya proses interaksi

yang insentif antara suatu teknologi dengan teknologi yang lain (Pratama, 2011).

B. Pemeliharaan Alat dan Bahan Laboratorium

Alat dan bahan yang digunakan dalam kegiatan di laboratorium memerlukan

perlakuan khusus sesuai sifat dan karakteristik masing-masing. Perlakuan yang

salah dalam membawa, menggunakan dan menyimpan alat dan bahan di

laboratorium dapat menyebabkan kerusakan alat dan bahan, terjadinya kecelakaan

kerja serta dapat menimbulkan penyakit. Cara memperlakukan alat dan bahan di

laboratorium secara tepat dapat menentukan keberhasilan dan kelancaran

kegiatan. Adapun perlakuan terhadap alat-alat di laboratorium seperti membawa

alat sesuai petunjuk penggunaan, menggunakan alat sesuai petunjuk penggunaan,

menjaga kebersihan alat dan menyimpan alat (Triwibowo, 2008).

C. Sejarah Penemuan Teknik PCR

Menurut Widiowati (2013) metode PCR pertama kali dikembangkan pada tahun

1985 oleh Kary B. Mullis, seorang peneliti di perusahaan CETUS Corporation.

Pada awalnya metode PCR hanya digunakan untuk melipatgandakan molekul

DNA, namun kini mulai dikembangkan lebih lanjut sehingga dapat digunakan

pula untuk melipatgandakan dan melakukan kuantitasi molekul mRNA. Saat ini
 5
metode PCR telah banyak digunakan untuk berbagai macam manipulasi dan

analisis genetik. Metode PCR tersebut sangat sensitif, sehingga dapat digunakan

untuk melipatgandakan satu molekul DNA. Metode ini juga sering digunakan

untuk memisahkan gen-gen berkopi tunggal dari sekelompok sekuen genom.

Dengan menggunakan metode PCR, dapat diperoleh pelipatgandaan suatu

fragmen DNA (110 bp, 5×109 mol) sebesar 200.000 kali setelah dilakukan 20

siklus reaksi selama 220 menit. Hal ini menunjukkan bahwa pelipatgandaan suatu

fragmen DNA dapat dilakukan secara cepat.

Kelebihan lain metode PCR adalah bahwa reaksi ini dapat dilakukan

menggunakan komponen dalam jumlah sangat sedikit, misalnya DNA cetakan

(template) yang diperlukan hanya sekitar 5 µg, oligonukleotida yang diperlukan

hanya sekitar 1 mM dan reaksi ini bisa dilakukan dalam volume 50 – 100 µL

(Widowati, 2013).

Target PCR yaitu asam nukleat (DNA) untai ganda yang diekstraksi dari sel dan

terdenaturasi menjadi asam nukleat beruntai tunggal. Komponen reaksi PCR

terdiri atas pasangan primer berupa oligonukleotida spesifik untuk target gen yang

dipilih, enzim (umumnya Taq polymerase, enzim thermostable dan thermoactive

yang berasal dari Thermus aquaticus) dan triphosphat deoxynucleoside (dNTP)

digunakan untuk amplifikasi target gen secara eksponensial dengan hasil replikasi

ganda dari target awal. Reaksi ini dilakukan dalam suatu mesin pemanas yang

diprogram secara otomatis disebut thermocycler. Mesin tersebut menyediakan

kondisi termal yang diperlukan untuk proses amplifikasi (Nollet & Toldra 2011).
 6
D. Elektroforesis

Elektoforesis merupakan metode yang digunakan untuk memisahkan molekul-

molekul yang bermuatan berdasarkan kecepatan migrasinya dalam suatu medan

listrik. Elektroforesis memiliki beberapa kegunaan yaitu untuk mengetahui

ukuran fragmen DNA, pemurnian DNA, dan memisahkan fragmen DNA yang

berbeda ukuran. Cara pemisahan fragmen DNA dengan elektroforesis

membutuhkan matriks berupa gel. Selain itu, metode pemisahan menggunakan

elektroforesis dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu ukuran molekul, struktur

molekul, densitas muatan, dan tegangan listrik. Hasil elektroforesis molekul

DNA harus dibandingkan dengan marka DNA sehingga DNA yang diperoleh

dapat diketahui kemurnianya. Elektroforesis diaplikasikan untuk pembelajaran

forensik, analisis filogenetik, diagnosis penyakit keturunan dan lain-lain

(Nurfadila, 2015).
 7

III. METODELOGI PENELITIAN

A. Waktu dan Tempat

Praktikum ini dilakukan pada hari Kamis, 30 November 2017 bertempat di

Laboratorium Bioteknologi Fakultas Pertanian Universitas Lampung, Bandar

Lampung.

B. Alat dan Bahan

Alat yang digunakan saat melakukan praktikum ini adalah buku catatan, alat tulis

dan kamera. Sedangkan bahan yang digunakan dalam praktikum ini adalah alat-

alat yang digunakan di Laboratorium Bioteknologi.

C. Cara Kerja

Cara kerja dalam praktikum ini adalah.

1. Memasuki ruang laboratorium.

2. Mengikuti instruksi asisten dosen.

3. Mencatat nama daan fungsi alat yang diperkenalkan.

4. Mengambil gambar (foto) setiap alat yang diperkenalkan.

5. Membuat laporan praktikum.

 8

IV. HASIL DAN PEMBAHASAN

A. Hasil

Hasil yang diperoleh selama praktikum di lapangan dapat dilihat pada tabel 1.

Tabel 1. Nama Alat dan Fungsinya

No. Nama Alat Gambar Fungsi
1. PCR Membentuk cetakan DNA
(Polimerase secara berulang kali
Chain dengan menggunakan
Reaction) prosedur dan waktu yang
tertentu.

2. Elektroforesis 1. Mengetahui ukuran dan

bentuk suatu partikel
baik DNA, RNA dan
protein.
2. Fraksionasi yang dapat
digunakan untuk
mengisolasi masing-
masing komponen dari
campurannya,
mempelajari
fitogenetika,
kekerabatan dan
mempelajari penyakit
yang diturunkan.
 9
3. UV Transilu- 1. Melihat pita-pita DNA
minator hasil elektroforesis
menggunakan gel
agarose yang telah
diberi zat fluoresens
berupa ethidium
bromide atau gel red
stain sehingga dengan
adanya lampu UV pada
alat akan berfluoresensi
2. Melihat pita-pita
pemisahan protein dari
darah
3. Menghitung banyaknya
koloni dalam media
kultur
4. Sentrifuge Memisahkan suatu bahan
berdasarkan berat
molekulnya, dimana bahan
dengan berat molekul yang
berat akan mengendap dan
bagian atas berupa
supernatant yang
disebabkan adanya
perputaran permenit dan
dalam keadaan seimbang.

5. Ultrasonic Membersihkan alat-alat

Cleaner yang akan dan telah
digunakan dalam
penelitian.

B. Pembahasan

Bioteknologi selalu berkaitan dengan reaksi-reaksi biologis yang di lakukan oleh

jasad hidup sebagai suatu individu atau komponen-komponennya yang datanya

 10
dapat berupa organel, sel, jaringan atau bahkan molekul-molekul tertentu

misalnya DNA dan RNA, protein atau enzim. Secara umum, bioteknologi dapat

dikelompokkan menjadi dua, yakni bioteknoloi sederhana dan bioteknologi

modern. Bioteknologi sederhana masih menggunakan penerapan teknologi yang

terbatas, sedangkan bioteknologi modern sampai pada tingkat molekuler.

Alat dan bahan yang digunakan dalam kegiatan di laboratorium memerlukan

perlakuan khusus sesuai sifat dan karakteristik masing-masing. Perlakuan yang

salah dalam membawa, menggunakan dan menyimpan alat dan bahan di

Laboratorium dapat menyebabkan kerusakan alat dan bahan, terjadinya

kecelakaan kerja serta dapat menimbulkan penyakit. Cara memperlakukan alat

dan bahan di Laboratorium secara tepat dapat menentukan keberhasilan dan

kelancaran kegiatan. Adapun perlakuan terhadap alat-alat di laboratorium seperti

membawa alat sesuai petunjuk penggunaan, menggunakan alat sesuai petunjuk

penggunaan, menjaga kebersihan alat dan menyimpan alat. Berdasarkan uraian

diatas maka sangat perlu untuk mengetahui dan mengenal nama serta fungsi dari

masing-masing alat yang ada di laboratorium. Ada banyak sekali alat ang ada di

laboratorium, namun hanya ada 6 alat yang akan di uraikan, alat tersebut adalah.

1. PCR (Polimerase Chain Reaction)

PCR (Polimerase Chain Reaction) salah satu teknik untuk mempelajari biologi

molekuler, merupakan metode enzimatis yang digunakan untuk melipatgandakan

secara eksponensial suatu sekuen nukleotida tertentu dengan cara in vitro.

Metode ini sangat sensitif, sehingga dapat digunakan untuk melipatgandakan satu

molekul DNA. Konsep asli teknologi PCR mensyaratkan bahwa bagian tertentu
 11
sekuen DNA yang akan dilipatgandakan harus diketahui terlebih dahulu sebelum

proses pelipatgandaan tersebut dapat dilakukan. Sekuen yang diketahui tersebut

penting untuk menyediakan primer, yaitu sekuen oligonukleotida pendek yang

berfungsi mengawali sintesis rantai DNA dalam reaksi berantai polimerase.

Pengembangan lebih lanjut metode PCR memungkinkan dilakukannya

pelipatgandaan suatu fragmen DNA yang belum diketahui sekuennya.

Proses PCR terdiri dari tiga tahap, yakni.

1.1 Denaturesi

Denaturasi adalah pelepasan dua ntai DNA menjadi untai tunggal. Pada tahap

denaturasi, suatu fragmen DNA (duoble strand) dipanaskan pada suhu 95oC

selama 1-2 menit sehingga akan terpisah menjadi rantai tunggal (singlestrand).

1.2 Annealing

Penempelan (annealing) pada suhu 55oC selama1-2 menit, yakni oligonukleotida

primer menempel pada DNA cetakan yang komplementer dengan sekuen primer.

1.3 Amplifikasi

Amplifikasi adalah pembentukan rantai DNA yang baru melalui pembentukan

jembatan hidrogen dengan DNA cetakan. Pembentukan ini terjad saat suhu

dinaikkan menjadi 72oC selama 1,5 menit. Pada suhu ini, enzim DNA polimerase

akan melakukan poses polimerasi (Widowati, 2013).

Proses yang dimulai dari denaturasi, penempelan dan ekstensi disebut sebagai satu

siklus. Produk PCR dapat langsung divisualisasikan melalui proses elektroforesis

dan digunakan untuk analisis lebih lanjut (Weissensteiner et al., 2004). Produk
 12
PCR dipisahkan dengan elektroforesis gel yang diwarnai dengan bromida dan

divisualisasikan dengan sinar ultraviolet

Teknik PCR mulai berkembang setelah ditemukannya enzim DNA polimerase,

yang dapat mereplikasi DNA. Teknik ini awalnya dikembangkan dengan

menggunakan fragmen Klenow DNA polimerase I yang berasal dari Escherichia

coli. Fragmen klenow merupakan DNA polimerase yangtelah dihilangkan

aktifitas eksonuklease-nya. Enzim ini ternyata memiliki beberapa kelemahan

antara lain tidak tahan panas, laju polimerisasinya sedang, dan prosesivitasnya

rendah. Rendahnya prosesifitas ini menunjukkan rendahnya kemampuan enzim

polimerase tersebut untuk menggabungkan nukleotida dengan suatu primer secara

terus-menerus tanpa mengalami dissosiasi dari komplek primer-DNA template.

2. Elektroforesis

Elektroforesis adalah teknik yang digunakan untuk memisahkan dan memurnikan

suatu makromolekul khususnya protein dan asam nukleat berdasarkan perbedaan

ukuran. Elektroforesis merupakan metode yang paling banyak dipakai saat ini

dalam percobaan biokimia dan biologi molekuler (Magdeldin, 2012). Prinsip

kerja dari elektroforesis berdasarkan pergerakan partikel-partikel bermuatan

negatif (anion), dalam hal tersebut DNA, yang bergerak menuju kutub positif

(anode), sedangkan partikel-partikel bermuatan positif (kation) akan bergerak

menuju kutub negatif (anode). Elektroforesis digunakan untuk mengamati hasil

amplifikasi dari DNA. Hasil elektroforesis yang terlihat adalah terbentuknya

band yang merupakan fragmen DNA hasil amplifikasi dan menunjukkan

potongan-potongan jumlah pasangan basanya.

 13
Teknik elektroforesis mempergunakan medium yang terbuat dari gel.

Perpindahan partikel pada medium gel tersebut dipengaruhi oleh faktor-faktor

seperti ukuran partikel, komposisi dan konsentrasi gel, densitas muatan, kuat

medan listrik dan sebagainya. Semakin kecil partikel tesebut, maka pergerakan

atau migrasinya akan semakin cepat, karena matriks gel mengandung jaringan

kompleks berupa pori-pori sehingga partikel-partikel tersebut dapat bergerak

melalui matriks tersebut.

Elektroforesis digunakan dengan tujuan untuk mengetahui ukuran dan bentuk

suatu partikel baik DNA, RNA dan protein. Selain itu, elektroforesis juga

digunakan untuk fraksionasi yang dapat digunakan untuk mengisolasi masing-

masing komponen dari campurannya, mempelajari fitogenetika, kekerabatan dan

mempelajari penyakit yang diturunkan. Elektroforesis dalam bidang genetika,

digunakan untuk mengetahui ukuran dan jumlah basa yang dikandung suatu

sekuen DNA tertentu.

3. UV Transiluminator

Transiluminator ultraviolet (UV) biasanya digunakan untuk memvisualisasikan

penanda fluorescent yang digunakan dalam elektroforesis gel asam nukleat dan

protein, biasanya terdiri dari sumber sinar UV dan elektronika terkait yang

ditempatkan dalam kotak dengan filter optik yang sesuai. Harus ada penutup

transmisi cahaya dengan filter UV yang mentransmisikan cahaya tampak untuk

memungkinkan gel dilihat. Paparan terhadap UV biasanya terjadi saat pengguna

memvisualisasikan gel untuk memotong dan melepaskan pita tertentu. Alat ini

berguna untuk mempresentasikan DNA yang ada pada sampel uji. Prinsip kerja
 14
dari alat ini adalah sinar UV yang dipancarkan akan memendarkan Ethidium

bromide (EtBr) yang menempel pada DNA. Sehingga visualisasi DNA bisa

terlihat lewat pancaran yang berwarna orange keputihan tersebut.

4. Sentrifuge

Sentrifuge adalah alat untuk memutar sampel pada kecepatan tinggi, memaksa

partikel yang lebih berat terkumpul ke dasar tabung sentrifuge. Pemakaian

sentrifuge yang paling sering adalah untuk pemisahan komponen sel darah dari

cairannya sehingga cairannya bisa dipakai untuk pemeriksaan. Kegunaan dari alat

ini adalah untuk memisahkan suatu bahan berdasarkan berat molekulnya, dimana

bahan dengan berat molekul yang berat akan mengendap dan bagian atas berupa

supernatant yang disebabkan adanya perputaran permenit dan dalam keadaan

seimbang. Ada beberapa klasifikasi sentrifuge menurut jenisnya, antara lain :

1. General Purpose Centrifuge

Sentrifuge ini digunakan untuk pemisahan sampel urine, serum atau cairan lain

dari bahan padat yang tidak larut. sentrifuge ini biasanya berkecepatan 0-3000

rpm dan bisa menampung sampel dari 5-100 ml.

2. Speciality Centrifuge

Sentrifuge dipakai untuk keperluan yang lebih spesifik, seperti microhematocrit

centrifuges dan blood bank centrifuges, yang dirancang untuk pemakaian spesifik

di laboratorium klinik.

3. Refrigerated Centrifuges  

Sentrifuge ini berkecepatan tinggi berputar pada kecepatan 0-20.000 rpm dan

ultracentrifuge berputar pada kecepatan di atas 50.000 rpm. Kebanyakan

 15
sentrifuge ini dilengkapi dengan sistem pendinginan untuk menjaga sampel tetap

dingin selama sentrifugasi. Sentrifuge ini lazim dipakai di laboratorium penelitian

5. Ultrasonic Cleaner

Ultrasonic cleaner adalah suatu alat yang dirancang untuk kebutuhan

membersihkan peralatan laboratorium dan peralatan optik tertentu. Alat ini

memakai energi listrik dan memerlukan medium cair proses pembersihannya.

Panas akan timbul sebagai akibatan sampingan dari mekanisme pembersihan yang

terjadi. Prinsip kerja ultrasonic cleaner adalah mengubah energi listrik menjadi

getaran dengan frekuensi sangat tinggi. Getaran ini akan dirambatkan melalui

medium cair ke benda-benda yang berada di dalam medium itu. Partikel yang

melekat akan terlepas, molekul-molekul akan terurai, sel akan pecah dan DNA

akan terpotong-potong sebagai akibat dari getaran yang mengenainya. Alat ini

berfungsi sebagai pembersih alat-alat yang akan dan telah digunakan dalam

penelitian.
 16

V. SIMPULAN DAN SARAN

A. Simpulan

Simpulan dari praktikum ini adalah.

1. Alat-alat yang digunakan dalam identifikasi molekuler ada 5 yakni, PCR

(Polimerase Chain Reaction), elektroforesis, UV transiluminator, sentrifuge

dan ultrasonic cleaner.

2. Fungsi dari masing-masing alat adalah PCR (Polimerase Chain Reaction)

untuk membentuk cetakan DNA secara berulang kali dengan menggunakan

prosedur dan waktu yang tertentu; elektroforesis untuk mengetahui ukuran

dan bentuk suatu partikel baik DNA, RNA dan protein, serta untuk

fraksionasi yang dapat digunakan untuk mengisolasi masing-masing

komponen dari campurannya, mempelajari fitogenetika, kekerabatan dan

mempelajari penyakit yang diturunkan; , UV transiluminator berfungsi untuk

Melihat pita-pita DNA hasil elektroforesis menggunakan gel agarose yang

telah diberi zat fluoresens berupa ethidium bromide atau gel red stain

sehingga dengan adanya lampu UV pada alat akan berfluoresensi, melihat

pita-pita pemisahan protein dari darah dan menghitung banyaknya koloni

dalam media kultur; sentrifuge berfungsi untuk memisahkan suatu bahan

berdasarkan berat molekulnya, dimana bahan dengan berat molekul yang

 17

berat akan mengendap dan bagian atas berupa supernatant yang disebabkan

adanya perputaran permenit dan dalam keadaan seimbang; dan ultrasonic

cleaner berfungsi untuk membersihkan alat-alat yang akan dan telah

digunakan dalam penelitian.

B. Saran

Saran untuk praktikum ini adalah pelaksanaan praktikum yang dilakukan bersama

kelompoknya masing-masing agar mempermudah dalam penyusunan laporan.

 18

DAFTAR PUSTAKA

Choudhary, M. I. 2008. Keselamatan dan Keamanan Laboratorium Kimia.

Yudsitira. Jakarta.

Magdeldin, Sameh. 2012. Gel Electrophoresis - Principles and Basics. InTech

Rijeka. Croatia.

Nollet, L. M. L. dan Toldra, F. 2011. Safety Analysis of Foods of Animal Origin.

CRC Press. New York.

Nurfadila, M. 2015. Elektroforesis. . Diakses pada 5 Desember 2017.

Pratama, M. S. 2011. Pengenalan Alat Laboratorium. Universitas Lampung.

Bandar Lampung.

Triwibowo, Y. 2008. Bioteknologi Pertanian. Universitas Gadjah Mada Press.

Yogyakarta.

Weissensteiner, T., Griffin, H. G. dan Griffin, A. 2004. PCR Technology Current

Innovations. Ed ke-2. CRC Press LLC. Boca Raton, Florida.

Widowati, E. W. 2013. Desain Primer Sitokrom B (Cyt B) Sebagai Salah Satu

Komponen PCR (Polymerase Chain Reaction) untuk Deteksi DNA Babi.
Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga. Yogyakarta.
 19

LAMPIRAN
 20

DOKUMENTASI

Gambar 1. Alat UV Transiluminator di Laboratorium Bioteknologi

Gambar 2. Alat ultrasonic cleaner di Laboratorium Bioteknologi

21