Subscribe to DeepL Pro to translate larger documents.

Visit www.DeepL.com/pro for more information.

Seminar Imunologi 66 (2023) 101735

Daftar isi tersedia di ScienceDirect

Seminar dalam bidang

Imunologi
beranda jurnal: www.elsevier.com/locate/ysmim

Seminar dalam edisi khusus imunologi: Nutrisi, mikrobiota, dan imunitas

Mikroba yang belum dieksplorasi dalam kesehatan dan penyakit
Tamar Plitt a, Jeremiah J Faith a,b,*
a Institut Imunologi Presisi, Fakultas Kedokteran Icahn di Mount Sinai, New York, NY 10029, AS
b Departemen Genetika dan Ilmu Genomik, Fakultas Kedokteran Icahn di Mount Sinai, New York, NY 10029, AS

A R T I K L EI N F A B S T R A C T
O
Karakterisasi fungsional pengaruh mikrobioma terhadap fisiologi inang telah didominasi oleh beberapa
Kata kunci: contoh strain yang telah dipelajari secara mendetail. Namun, pengembangan metode yang luas untuk isolasi
Kanker
dan kultur bakteri dengan hasil tinggi selama dekade terakhir memungkinkan karakterisasi fungsional
mikrobiota usus
mikrobiota yang lebih luas yang dapat berdampak pada kesehatan manusia. Karakterisasi mayoritas mikroba
In vitro
Layar throughput tinggi
manusia yang belum banyak diketahui dan memperluas pemahaman fungsional kami tentang keragaman
Gnotobiotik Imunologi mikrobiota usus dapat memungkinkan wawasan baru tentang penyakit dengan etiologi yang tidak diketahui,
Imunologi memberikan tanda tangan mikrobioma yang dapat memprediksi penyakit, dan memajukan terapi mikroba.
Kultur strain Kami merangkum platform yang bergantung pada kultur dengan hasil tinggi untuk mengkarakterisasi fungsi
efektor strain bakteri dan interaksi inang. Kami menguraikan pentingnya teknologi ini dalam memfasilitasi studi
mekanistik mikroba yang sebelumnya tidak dieksplorasi, menyoroti peluang baru untuk skrining in vitro skala
besar fungsi mikroba yang relevan dengan inang, dan mendiskusikan aplikasi translasi potensial untuk ilmu
mikrobioma.

1. Pendahuluan Penemuan-penemuan tersebut mengarah pada periode pengumpulan

Penelitian bakteriologi selama beberapa dekade sebelumnya
berfokus pada beberapa model organisme dan patogen dengan tujuan
untuk memahami fungsi-fungsi yang mengatur kelangsungan hidup
bakteri dan faktor-faktor yang mendorong patogenesis dan pengobatan.
Terlepas dari banyaknya eksplorasi ilmiah yang mencakup sekuens
genom lengkap [1,2], pustaka gen knockout [3], dan profil
transkripsional yang ekstensif [4], bahkan strain bakteri model yang
dikarakterisasi dengan baik pun tidak memiliki anotasi fungsional pada
sebagian besar gen mereka [5,6].
Dalam 20 tahun terakhir, bidang mikrobioma telah mengalihkan
sebagian besar fokus komunitas bakteriologi dari beberapa organisme
model ke tantangan yang sangat besar untuk mengkarakterisasi semua
organisme di berbagai ekosistem. Perubahan ini pada awalnya
didorong oleh kemajuan dalam pengurutan genom yang
memungkinkan cara yang hemat biaya untuk mengkarakterisasi
anggota komunitas bakteri dengan menggunakan pendekatan yang
tidak bergantung pada kultur [7,8]. Meskipun fase katalogisasi bagian
ini terus berlanjut secara relatif tanpa henti, dengan kemajuan
teknologi yang membawa pengurutan yang lebih dalam untuk
mengidentifikasi anggota komunitas yang lebih langka dengan resolusi
yang lebih besar, fase ini meningkatkan kesadaran lapangan akan
proporsi signifikan mikroba yang sama sekali belum dipelajari. Seperti
bagian-bagian yang saat ini masih berada pada fase awal hingga
menengah di mana laboratorium dengan metode canggih untuk kultur
dengan hasil tinggi, menemukan pendekatan untuk memperkaya
mikroba yang jarang atau sulit dikultur, dan mengembangkan
komunitas model dari strain bakteri yang telah ditentukan sebagai
konsorsium untuk model in vivo atau skrining in vitro [9-14]. Dengan
banyaknya laboratorium yang kini menggunakan koleksi referensi
bagian [15-24], tantangannya adalah bagaimana mengidentifikasi
fungsi dari begitu banyak bakteri ketika setiap strain berpotensi
memiliki fungsi yang berbeda dari strain lain dalam suatu spesies dan
jumlah spesies dalam populasi manusia untuk bakteri usus
kemungkinan mencapai ribuan [25].
Identifikasi fungsi mikroba yang sangat menembus di usus
termasuk produksi asam lemak rantai pendek (SCFA) [26], induksi sel
T regulator (Treg) [27], induksi sel Th17 [28], dan metabolisme asam
empedu [29-33] telah menghasilkan disfungsi yang penting secara
fungsional dengan implikasi translasi, Sementara itu, transplantasi
mikrobiota tinja (FMT) dan produk bioterapi hidup (LBP) yang telah
ditentukan memberikan potensi untuk mengidentifikasi pengaruh
kausal dari strain bakteri pada manusia, mengukur penularan strain,
dan menerjemahkan penemuan fungsional baru ke dalam klinik.
Namun, masih ada sebagian besar strain bakteri yang belum
dieksplorasi yang fungsi individu dan kolektifnya sebagian besar tidak
diketahui meskipun telah hidup bersama selama bertahun-tahun hingga
berabad-abad.
 * Penulis korespondensi di: Institut Imunologi Presisi, Fakultas Kedokteran Icahn di Mount Sinai, New York, NY 10029, AS.
Alamat email: jeremiah.faith@mssm.edu (J.J. Faith).

https://doi.org/10.1016/j.smim.2023.101735
Diterima 4 Oktober 2022; Diterima dalam bentuk revisi 17 Januari 2023; Diterima 9 Februari 2023
Tersedia secara online pada 27 Februari 2023
1044-5323/© 2023 Elsevier Ltd. Semua hak cipta dilindungi undang-undang.
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
yang tidak bergantung pada kultur dalam kesehatan dan penyakit diikuti
pada tubuh kita. Periode katalogisasi bagian dan pengumpulan bagian dari
dengan upaya untuk membiakkan strain mikroba usus dengan hasil
bidang mikrobioma kini telah menyiapkan panggung untuk era baru
yang tinggi [11], menggunakan media yang beragam dan teknologi
karakterisasi bagian di mana kami mencari platform terukur dengan
pendeteksian [13], dan dengan upaya untuk meningkatkan fraksi yang
hasil yang tinggi untuk mengidentifikasi fungsi mayoritas strain yang
dapat dibiakkan pada usus [9,10], kulit [66], dan mikrobioma oral
belum diketahui dalam mikrobioma. Fase ini akan membutuhkan studi
[67,68]. Pengurutan genom dengan biaya lebih rendah memungkinkan
yang cukup untuk mempelajari strain yang cukup di seluruh pohon
upaya kultur throughput tinggi digabungkan dengan pengurutan genom
filogenetik kehidupan untuk mengidentifikasi prinsip-prinsip umum
untuk memfasilitasi pelacakan strain dan perbandingan
fungsi di seluruh taksa dan untuk mengidentifikasi pengecualian yang
dapat memicu wawasan biologis dan terapeutik baru. Dalam ulasan ini,
kami merangkum pendekatan dengan hasil tinggi yang dikembangkan
untuk membantu mengeksplorasi keragaman fungsional mikrobioma
manusia secara lebih lengkap, dengan penekanan pada mikrobioma
usus manusia. Kami fokus pada implikasi dari layar fungsional ini
untuk penerjemahan manusia di masa depan, terutama pada modulasi
kekebalan dan kanker.

2. Membuat katalog strain mikrobioma

2.1. pembuatan katalog suku cadang

Pengurutan yang tidak bergantung pada kultur mengubah

kemampuan kami untuk mengkarakterisasi konsorsium mikroba dari
mikrobioma manusia di seluruh lokasi tubuh [34]. Dari fase awal
pengurutan amplikon 16S rRNA yang berfokus pada genus yang
mengidentifikasi perbedaan luas antara mikrobioma orang dengan
status kesehatan dan respons pengobatan yang berbeda [35-37], kami
telah beralih ke fase metagenomik yang mengkarakterisasi perbedaan
tingkat spesies di antara komunitas [36,38-42]. Baru-baru ini, meta-
genomik, yang sering dikombinasikan dengan sekuensing genom strain
atau perakitan meta-genomik, mengarah pada banyak eksplorasi tentang apa
yang mendefinisikan strain, bagaimana kita melacak strain [43-47],
berapa banyak strain yang ada pada spesies tertentu [48] atau pada
lokasi anatomi tertentu [49], dan bagaimana strain berevolusi di
ekosistem aslinya [50-52]. Biasanya, spesies didefinisikan sebagai isolat
yang memiliki kesamaan lebih dari 99% urutan 16S rRNA [53,54]
sedangkan strain didefinisikan sebagai isolat dari spesies tertentu yang
memiliki kesamaan lebih dari 96% konten genomnya. [43,48,55,56].
Pembuatan katalog bagian mikrobioma sangat penting untuk
menyediakan kerangka kerja struktural yang dapat digunakan untuk
studi fungsional. Sebagai contoh, mempelajari potensi fungsional
komunitas mikroba usus manusia sintetis yang sebagian besar terdiri
dari Firmicutes dan Bacteroides serta beberapa bakteri Actino dan
Proteobacteria lebih realistis untuk ekosistem mikrobioma usus
manusia daripada komunitas yang hanya terdiri dari Fusobacterium
dan Proteobacteria. Katalog bagian mikrobioma ini juga menyediakan
sebagian besar pengamatan mikrobioma yang berwawasan fungsional
secara langsung pada manusia, seperti bakteri mana yang tumbuh
dalam FMT untuk subjek dengan infeksi Clostridium difficile berulang
[1], kolitis ulserativa [57], atau melanoma [58,59] yang merespons
terapi FMT. Demikian pula, pengayaan taksa dalam kondisi tertentu
seperti penyakit Crohn [42,60], kanker kolorektal [61,62], atau
penyembuhan luka [63] dapat memfokuskan proses pemilihan taksa
untuk studi fungsional dan terapi di masa depan - terutama saat ini
ketika lebih banyak peluang muncul untuk kumpulan data yang akan
digabungkan untuk mencari hasil konsensus di berbagai penelitian
pada manusia [41,42,60]. Meskipun katalogisasi bagian dapat
mengungkap korelasi antara kelimpahan relatif spesies/strain bakteri
tertentu dan timbulnya/berkembangnya penyakit, hal ini tidak cukup
untuk membuktikan hubungan sebab akibat.

2.2. mengumpulkan suku cadang

Asosiasi yang relevan secara fungsional dari analisis statistik dari

kumpulan data observasi yang besar sering kali menjadi fokus
eksplorasi fungsional selanjutnya [64,65]. Namun, sistem reduksionis
biasanya diperlukan untuk pemahaman fungsional yang luas tentang
sistem dan komponen biologis. Munculnya katalogisasi mikrobioma
2
T. T. Plitt dan J.J. dalam sistem pengurungan gnotobiosis dan
Seminar kultur66anaerobik,
Imunologi (2023) 101735kami
pendekatan
Faith genomik [23,43,69]. Secara paralel, koleksi yang lebih
dapat lebih memahami konteks dari temuan-temuan sebelumnya dan
besar dari komunitas bakteri yang telah ditentukan dan diurutkan
potensi penggunaannya pada manusia (Gbr. 1B). Sebagai contoh, di
yang dikumpulkan ke dalam konsorsium yang lebih besar dan pustaka
antara sel Th17 lamina propria usus, tampak bahwa strain penginduksi
penyaringan juga menyediakan alat yang luas untuk eksplorasi
Th17 yang kuat [28] adalah strain langka yang tidak dimiliki oleh
fungsional [15-24]. Koleksi-koleksi ini, yang terinspirasi oleh
banyak orang atau hewan [15,80]. Sebaliknya untuk Tregs,
diskripsi yang tidak bergantung pada budaya, sekarang menjadi
mikrobioma jelas merupakan dasar dari induksi mereka di lamina
beberapa sumber daya utama yang diperlukan untuk beralih dari
propria [27], dan ada banyak strain dan kelompok individu
mengkarakterisasi dampak fungsional dari strain efektor individu
menjadi memahami peran individu dan kolektif dari ratusan hingga
ribuan strain. Kami menemukan bahwa isolasi dan eksplorasi potensi
fungsional strain bakteri yang diisolasi dari tinja donor transplantasi
tinja yang sering digunakan sangat menarik, karena mikroba ini
berasal dari manusia yang telah lulus uji keamanan FMT yang
penting. Data keamanan pada penerima yang dihasilkan memberikan
setidaknya representasi kasar dari pengaruh kolektif strain terhadap
keamanan penerima, dan pelacakan strain dari donor ke penerima
memberikan perkiraan empiris tentang penularan setiap strain [43].
Ketika bidang mikrobioma bertransisi dari deskripsi komposisi
dan asosiasi fenotipik ke arah studi yang bertujuan untuk pemahaman
mekanistik, fungsional, dan intervensi, muncullah masalah skala.
Setiap individu dikolonisasi dengan serangkaian strain bakteri unik
yang secara kolektif mewakili variasi fungsional yang sangat besar.
Pendekatan berbasis in vivo murni tidak akan pernah bisa mendekati
skala dan ruang lingkup yang diperlukan untuk mengatasi
kompleksitas ini dan oleh karena itu, pengujian in vitro yang
diimplementasikan dalam throughput tinggi menggunakan
otomatisasi adalah satu-satunya alternatif yang realistis. Untuk
menjawab pertanyaan yang berkaitan dengan respons fungsional di
seluruh strain turunan mikrobiota, kita dapat mengabaikan
kompleksitas dan fokus pada sistem yang sederhana (misalnya,
dengan menggunakan strain model seperti bakteri berserabut
tersegmentasi (SFB)) atau kita harus menggunakan berbagai alat pada
skala yang berbeda untuk mencoba memahami keseluruhan sistem.
Oleh karena itu, masa depan terapi mikroba manusia akan mendapat
manfaat dari kemajuan paralel platform skrining in vitro, validasi dan
penemuan in vivo, dan perluasan transisi dari intervensi FMT [70] ke
intervensi konsorsium galur bakteri yang telah ditentukan [71-74].

2.3. karakterisasi bagian: fungsi yang tidak diketahui dari mayoritas

yang tidak diketahui

Eksplorasi awal terhadap potensi fungsional strain mikrobiota

usus manusia, dengan sendirinya, berfokus pada sejumlah kecil strain.
Ketika hanya ada sedikit yang dapat dibandingkan, setiap pertur- basi
fenotipik yang signifikan yang secara kausal terkait dengan strain
bakteri tertentu menjadi hal yang menarik [75] dan banyak
pengamatan mengajukan pertanyaan paling sederhana - apa
perbedaan antara tikus yang bebas kuman atau yang diberi antibiotik
dengan tikus yang dijajah dengan mikrobiota yang beragam dan
kompleks? Karena tujuan dari intervensi klinis tidak akan pernah
untuk mentransisikan seseorang antara keadaan bebas kuman dan
keadaan terjajah atau untuk memberikan campuran antibiotik untuk
menguras mikrobioma seumur hidup, implementasi praktis dari
penemuan fungsional mikrobioma membutuhkan identifikasi strain
individu atau kelompok strain yang mengganggu fisiologi inang.
Contoh paling awal dari eksperimen tersebut mengidentifikasi
beberapa sampel strain atau konsorsium yang dapat mengganggu
fenotipe inang, misalnya, melalui induksi sel Th17 [28], Tregs [76],
atau kolitis [77] (Gbr. 1A). Dalam mikrobioma di luar usus,
percobaan serupa mengidentifikasi strain mikrobioma kulit yang
menginduksi sel T CD8+ IL-17A+ [78] dan mikroba mulut yang
menginduksi sel Th1 [79]. Tantangan dari penelitian awal ini adalah
bahwa kesimpulan yang luas hanya dapat didasarkan pada eksplorasi
sempit yang sangat signifikan, dan ada terlalu sedikit contoh untuk
menentukan seberapa unik hasilnya relatif terhadap semua percobaan
yang mungkin dilakukan dengan semua jenis bakteri.
Sebagai eksplorasi fungsional berukuran sederhana dengan mi- yang
didefinisikan secara sintetis
Karena komunitas bakteri menjadi mungkin dengan adanya kemajuan
3
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith

Gbr. 1. Karakterisasi fungsional yang terukur dari strain mikrobioma usus. Dalam contoh ilustrasi ini, tujuan terapeutiknya adalah untuk mengidentifikasi strain
bakteri yang menginduksi proliferasi tinggi pada sel mamalia dan yang jika dihilangkan atau ditekan dapat mengurangi risiko kanker kolorektal. (A) Eksplorasi
fungsional awal mikrobiota usus berfokus pada beberapa sampel strain bakteri yang memengaruhi fisiologi inang. Titik hijau sesuai dengan strain bakteri unik
yang ada pada donor yang sehat dan menginduksi proliferasi sel karsinoma kolon yang rendah. Titik oranye sesuai dengan strain bakteri unik lainnya yang
terdapat pada donor CRC dan ditemukan menginduksi proliferasi sel karsinoma kolon yang tinggi. Kedua jenis bakteri ini termasuk dalam filum Proteobacteria.
Di sini kita dapat menyimpulkan bahwa Proteobacteria pada penderita CRC secara unik mampu menginduksi proliferasi sel karsinoma kolon. (B) Komunitas
mikroba yang didefinisikan secara sintetis memungkinkan eksplorasi potensi proliferasi sel karsinoma kolon dari spesies bakteri yang berbeda di berbagai taksa
per filum dan status penyakit. Dalam setiap kondisi penyakit, terdapat strain yang memiliki berbagai sifat proliferasi sel karsinoma kolon. Di sini kita dapat
menyimpulkan bahwa beberapa filum mengandung strain yang dapat menginduksi proliferasi sel karsinoma kolon yang tinggi, tetapi secara unik ditemukan pada
pasien CRC. (C) Berdasarkan perluasan terbaru dari kultur throughput tinggi, skrining fungsional sekarang sedang dilakukan pada skala populasi dengan ratusan
strain bakteri, sering kali dengan beberapa strain per spesies. Pada skala populasi, kami memiliki strain yang cukup dalam setiap kategori yang kami minati
(taksonomi dan status penyakit) untuk melihat distribusi yang mendasari pengamatan kami sebelumnya. Dalam contoh skala populasi ini, Actinobacteria secara
universal menginduksi proliferasi sel karsinoma kolon yang tinggi dan dapat berfungsi sebagai target untuk pengangkatan atau penekanan terapeutik yang pada
akhirnya dapat mengurangi risiko CRC, sementara hanya sebagian kecil Proteobacteria yang menginduksi proliferasi sel karsinoma kolon yang tinggi. Sementara
percobaan skala sampel dan konsorsium sebelumnya menunjukkan pengayaan strain yang menginduksi proliferasi tinggi pada CRC, efek ini dijelaskan oleh
pengayaan CRC dengan Actinobacteria dan Bacteroides. (D) Tantangan dan peluang untuk bidang ini ke depannya adalah mengembangkan sistem in vitro dan in
vivo yang relevan untuk memajukan ilmu mikrobioma menuju intervensi klinis dengan menggunakan strain yang dikarakterisasi secara fungsional. Singkatan: IBD,
penyakit radang usus; CRC, kanker kolorektal; T1D, diabetes tipe 1; FMT, transplantasi mikrobiota tinja.

4
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
bahan kimia yang lebih umum di usus seperti garam empedu dan
strain yang mampu menginduksi subset Treg yang berbeda [76,81,82]
SCFA.
melalui berbagai mekanisme [26,30].
Mikrobiota usus memainkan peran yang cukup besar dalam
Pengamatan empiris terhadap strain yang berulang kali melakukan
metabolisme inang, menghasilkan katekolamin aktif [90], mengatur
transplantasi tinja, transplantasi tinja terfraksinasi, dan LBP yang
biosintesis serotonin [91], dan menghasilkan butirat [92]. Faktanya,
ditentukan pada subjek yang status penyakitnya membaik dengan
bukti menunjukkan bahwa sebagian besar metabolit mikroba dapat
terapi mikroba kemungkinan besar merupakan rute terpendek untuk
berpindah dari lumen usus ke sirkulasi sistemik yang memengaruhi
mengembangkan konsorsium bakteri minimal untuk meningkatkan
organ jauh dan sistem saraf pusat (SSP) [93]. Sebagai contoh, penelitian
kesehatan manusia. Secara paralel, akan selalu ada keinginan untuk
berfokus pada
memahami mekanisme dan prinsip-prinsip umum yang mendorong
keberhasilan tersebut sehingga kita dapat menentukan penyebab kegagalan
pengobatan, meningkatkan terapi mikroba di masa depan, dan
membayangkan aplikasi masa depan yang tidak terlihat sampai kita
membangun fondasi dasar yang diperlukan untuk melihat lebih jauh.
Untuk mulai menyusun fondasi ini sebagai komunitas ilmiah akan
membutuhkan identifikasi metode in vitro, ex vivo, dan in silico baru
untuk membawa skala tambahan di luar eksperimen hewan yang telah
ditemukan hingga saat ini dan pengamatan manusia yang menjadi
motivasi kami untuk eksploitasi [70,83]. Katalogisasi bagian yang luas di
bidang mikrobioma dan koleksi bagian yang terus bertambah merupakan
sumber daya mentah yang diperlukan untuk membuka era
karakterisasi bagian berikutnya yang akan memfasilitasi pemahaman
kita tentang atribut fungsional setiap strain dalam konteks populasi
yang lebih luas dari ratusan strain (Gbr. 1C).
Di sini kami memberikan contoh dari literatur yang baru muncul di
bidang mikrobioma yang mengeksplorasi lusinan hingga ratusan galur
dengan pendekatan in vitro, ex vivo, dan in silico. Sebagai contoh,
eksplorasi yang lebih besar, yang difasilitasi oleh layar ex vivo yang
tidak terlalu dibatasi oleh skala eksperimen tikus, menunjukkan bahwa
proporsi sel Th17 yang tinggi pada tikus gnotobiotik dapat diperoleh
dengan galur efektor tunggal yang ampuh dengan fenotipe yang sangat
tembus seperti SFB [28] dan sel Th17 yang tinggi juga dapat diperoleh
dengan mengubah komposisi mikrobioma sehingga hanya terdiri dari
galur yang menginduksi Th17 moderat dan tidak ada galur yang
menginduksi Th17 rendah [84]. Kami mengantisipasi tren yang
muncul ini akan terus berkembang seiring dengan pengujian baru yang
dibayangkan dan lebih banyak laboratorium yang memiliki akses ke
komunitas galur yang dibudidayakan dalam jumlah besar.
Pada akhirnya, penting untuk menimbang kegunaan pendekatan in
vitro, ex vivo, in vivo, observasi manusia, dan pendekatan intervensi
manusia dengan cara yang tidak bias untuk mengidentifikasi
penggunaan sumber daya dan waktu terbaik guna memaksimalkan
relevansi bidang mikrobioma bagi manusia. Pembelajaran dan siklus
yang berkelanjutan di antara semua pendekatan ini (Gbr. 1D) mungkin
diperlukan agar kita dapat mencapai titik untuk mengidentifikasi
rangkaian terapi minimal dari strain, metabolit strain, atau protein
strain yang menyebabkan, mencegah, atau mengobati penyakit pada
manusia.

2.4. Potensi metabolisme

Skrining untuk memahami potensi metabolik strain dan komunitas

mikrobiota usus merupakan area yang siap untuk ditemukan dengan
keunggulan utama dibandingkan jenis skrining inang/mikroba lainnya.
Pertama, potensi metabolisme dari strain bakteri secara in vitro dan in
vivo kemungkinan besar serupa ketika diberi substrat yang sama [22].
Kedua, ada banyak metabolit yang dipengaruhi mikrobiota yang
relevan dengan manusia untuk dieksplorasi dari SCFA [85] hingga
metabolisme obat [86,87]. Selain itu, pendekatan ini dapat dilakukan
dengan mikroba asli atau dalam pustaka ekspresi kloning untuk
memfasilitasi identifikasi gen penyebab, metabolit, dan enzim [88,89].
Namun, tantangan dan peluang untuk penerapan yang lebih luas dari
skrining metabolik strain mikroba untuk terapi termasuk kesulitan
mengidentifikasi metabolit, dan tantangan untuk membandingkan hasil
di seluruh platform pengukuran metabolomik. Selain itu, pemberian
makan silang yang substansial dan redundansi metabolik yang terjadi
pada komunitas multi-spesies dapat membatasi prediktabilitas skrining
in vitro strain tunggal untuk proses metabolisme dan senyawa untuk
5
T. T. Plitt dan J.J. risiko utama untuk perkembangan karsinoma sel hati
Seminar Imunologi (HCC)
66 (2023) [119].
101735
mengkarakterisasi
Faith peran mikrobiota usus pada pensinyalan aksis usus-
Studi pada tikus obesitas yang diobati dengan campuran antibiotik
otak menemukan bahwa metabolit yang diproduksi oleh strain
yang mengurangi jumlah bakteri usus komensal menunjukkan
tertentu dari Escher-ichia coli mengaktifkan c-Fos di nukleus arkuata
penurunan risiko pengembangan HCC
(ARC) dan menstimulasi laju penembakan neuron proopiomelanokortin di
ARC, yang berperan dalam pengendalian nafsu makan dan pengeluaran
energi [94,95]. Sebuah studi yang lebih baru menggunakan
metabolomik cakupan tinggi untuk menggambarkan metabolit
turunan mikrobiota yang terlibat dalam transportasi antarorgan
metabolit mikroba usus dan sumbu usus-otak [96].
Dalam ulasan ini, kami akan menekankan peran metabolit
mikroba dalam kanker. Metabolit mikroba dapat memiliki peran
protektif terhadap karsinogenesis dengan berkontribusi pada nada
inflamasi atau mempengaruhi keseimbangan antara proliferasi dan
apoptosis dalam jaringan [97]. Beberapa metabolit mikroba yang
dihasilkan dari serat makanan dan lemak memiliki efek yang mapan
terhadap kanker [97,98]. Memahami efek dari metabolit ini pada
pertumbuhan dan penyebaran kanker menawarkan potensi untuk
intervensi terapeutik - baik dengan transfer langsung strain atau
pemberian produk bakteri.
Fermentasi usus dari serat makanan melepaskan SCFA, terutama
asam asetat, propionat, dan butirat, yang membantu menjaga
integritas epitel usus [99] dan tidak tersedia dari makanan. SCFA ini
telah dipelajari dalam konteks peradangan intratumoral dan terbukti
memiliki efek anti-inflamasi pada sel mieloid [100] dan Tregs kolon
[101-103]. Butirat, khususnya, adalah sumber energi utama untuk sel
epitel kolon dan telah terbukti memiliki fungsi penekan tumor [103].
Butirat dapat menghambat aktivitas histone deacetylase pada
kolonosit dan sel imun, menurunkan sitokin proinflamasi dan
menginduksi apoptosis pada sel kanker kolorektal (CRC) [103-106]. Efek
SCFA pada sel epitel kolon juga dapat dikalibrasi oleh reseptor yang
mereka ikat, seperti reseptor berpasangan protein G (GPCR) [107-
109]. Gpr109, misalnya, diekspresikan pada sel epitel kolon dan sel
mieloid usus dan penting untuk generasi Treg [109]. Hilangnya
reseptor ini meningkatkan kerentanan terhadap kanker kolorektal
terkait kolitis (caCRC) [109]. Aktivasi propionat Gpr43, yang
diekspresikan dalam jaringan hematopoietik dan usus b e s a r ,
mengurangi proliferasi sel pro-B BaF3 murin dengan cara yang
bergantung pada dosis [110]. Dibandingkan dengan jaringan usus
besar normal, ekspresi Gpr43 secara signifikan berkurang atau hilang
pada jaringan adeno-karsinoma kolorektal dan adenokarsinoma
metastasis kelenjar getah bening yang sesuai [106]. Ekspresi Gpr43
yang dipulihkan pada sel adenokarsinoma kolon manusia
menyebabkan peningkatan kematian sel apoptosis pada pengobatan
SCFA [106].
Namun, efek yang bertentangan dari SCFA dalam pencegahan kanker juga
telah
telah didokumentasikan. Dua penelitian pada tikus melaporkan efek
yang berlawanan dari butirat pada tumorigenesis. Sebagai contoh,
butirat memiliki efek pemicu tumor pada model tikus tumorigenesis
usus yang disebabkan oleh mutasi pada gen perbaikan ketidakcocokan
DNA, Msh2, dan gen penekan tumor, Apc [111]. Di sisi lain, butirat
pada akhirnya menekan genesis tumor pada model AOM/DSS kanker
terkait kolitis dengan mengurangi proliferasi sel dan meningkatkan
apoptosis [92]. Efek yang terakhir dijelaskan oleh fakta bahwa
kolonosit neoplastik mendukung glikolisis untuk energi seluler, yang
menyebabkan penurunan metabolisme butirat, peningkatan akumulasi
nuklir, dan penghambatan histone deacetylases berikutnya. Studi-
studi ini menyoroti berbagai efek yang dapat ditimbulkan oleh
metabolit mikroba tunggal dalam model tumor, yang menghambat
penerjemahan data mikrobioma dan diet ke dalam intervensi klinis
praktis dalam konteks kanker. Dengan demikian, memperluas
penelitian tentang taksa dan metabolit yang belum dikarakterisasi
akan memungkinkan kita untuk mengidentifikasi metabolit dengan
efek yang lebih spesifik atau saling melengkapi.
Selain SCFA, diet tinggi lemak (HFD) dan obesitas juga dianggap
terlibat dalam patogenesis kanker tertentu dengan mengubah
mikrobiota usus dan menginduksi peradangan [83,98-103,112,114-
117]. Faktanya, obesitas sekarang dianggap sebagai keadaan
inflamasi [97,118] dan inflamasi serta HFD dianggap sebagai faktor
6
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
pengurutan 16S rRNA, Patnode et. al. melaporkan fenotip pengikatan
dengan menipisnya mikrobioma dan sekresi metabolit pro-
spesifik strain dan spesifik glikan di antara 160 strain Bacteroides dan
karsinogenik dan proinflamasi serta racun [120].
Parabacteroides [126]. Dalam skrining yang lebih baru terhadap
Mekanisme lain yang digunakan HFD untuk memengaruhi risiko
pemanfaatan karbohidrat dari 354 anggota di 29 spesies filum
kanker adalah melalui sekresi asam empedu [97,121]. Asam empedu
Bacteroidetes [127], Pudlo dkk. menemukan kemampuan pemanfaatan
primer disintesis dari kolesterol di hati dan disekresikan dari kantung
glikan yang sangat diperkaya dalam spesies yang menunjukkan jejak
empedu ke dalam duodenum untuk melarutkan dan mencerna lemak.
fungsional evolusi vertikal pada strain mikroba usus. Namun, mirip
Bakteri di usus halus dan usus besar dapat memetabolisme asam
dengan studi oleh Han dkk., mosaik yang jelas ada pada tingkat strain
empedu primer menjadi berbagai asam empedu sekunder, yang
individu menunjukkan bahwa transfer gen horizontal atau mungkin
kemudian diserap di usus besar atau dikembalikan ke hati. Asam
evolusi konvergen memberikan kontribusi penting untuk kapasitas
empedu sekunder telah terbukti mengerahkan fungsi imunoregulasi
metabolisme strain individu.
dan telah terlibat dalam pengembangan dan perkembangan kanker hati
[121,122]. Misalnya, pada tahun 2018, Ma et al. menunjukkan bahwa
produksi asam empedu sekunder oleh spesies Clostridium
berkontribusi pada perkembangan tumor pada berbagai model tikus
kanker hati primer atau metastasis [122]. Efek pro-tumorigenik
disebabkan oleh penurunan regulasi CXCL16 yang digerakkan oleh asam
empedu sekunder pada sel endotel sinusoidal hati, yang mengakibatkan
berkurangnya perekrutan sel pembunuh alami T (NKT) di hati [122].
Dalam penelitian lain, pengayaan spesies Clostridium tertentu sebagai
respons terhadap HFD menyebabkan peningkatan kadar asam empedu
sekunder, asam deoksikolat (DCA), metabolit bakteri usus yang
diketahui menyebabkan kerusakan DNA. Akumulasi DCA di hati
menyebabkan percepatan perkembangan kanker hati yang diinduksi
karsinogen [113]. Selain diet, sebuah penelitian sebelumnya oleh
Yoshimoto menemukan bahwa kerentanan genetik terhadap obesitas
juga dapat meningkatkan aktivasi yang dimediasi oleh DCA terhadap
program respons mitogenik dan proinflamasi dalam sel bintang hati
(HSC), yang mempotensiasi kanker hati pada tikus [120].
Mengingat mikrobiota usus menghasilkan, memodifikasi, atau
mempengaruhi
metabolit yang relevan dengan inang, banyak peluang yang tersedia
untuk mengkarakterisasi kapasitas metabolisme strain bakteri secara
luas dengan cara throughput yang tinggi. Baru-baru ini, Han et.al.
mendemonstrasikan pipa metab- olomik untuk mengidentifikasi dan
mengkarakterisasi metabolit yang bergantung pada mikrobiota (MDM)
[123]. Dalam platform in vitro yang dapat diskalakan, tim
menumbuhkan 178 mikroorganisme usus manusia, yang mencakup
130 spesies dan 6 filum, dalam media kultur yang kompleks dan
menggunakan spektrometri massa untuk menghasilkan kumpulan data
referensi profil metabolomik untuk setiap strain. Skrining ini
menunjukkan bahwa hubungan filogenetik antara strain dapat
memprediksi beberapa potensi metabolik masing-masing strain,
dengan sejumlah pengecualian di mana terdapat perbedaan yang
signifikan antara profil metabolomik strain yang memiliki hubungan
filogenetik yang tinggi. Peningkatan jenis platform ini di berbagai
media pertumbuhan dan jumlah strain yang lebih besar akan terus
memajukan pengetahuan kita tentang potensi metabolit yang sama dan
unik dari strain di seluruh taksonomi dan penyakit manusia. Dan pada
akhirnya, ini memungkinkan kita untuk menggunakan genomik
komparatif untuk mengaitkan fitur genom dengan hasil metabolisme
[123]. Dalam penelitian terkait, Wong et al. menggunakan strategi
strain-dropout untuk menunjukkan bahwa ada redundansi fungsional
dalam ceruk asam empedu 7a-dehidroksilasi selama Clostridium
scindens atau Clostridium hylemonae ada di masyarakat [124]. Namun,
menghilangkan salah satu strain menyebabkan variasi dalam
metabolisme asam empedu di luar ceruk. Studi-studi ini
mendefinisikan ulang bagaimana kita berpikir tentang variasi tingkat
strain dalam mikrobioma.
Mikroorganisme usus secara fungsional dibedakan berdasarkan
kemampuannya untuk
memetabolisme sumber karbon atau glikan yang berbeda secara
struktural. Glikan sintetis (SG) dari beragam monosakarida yang
terbentuk secara alami, atau glikan alami yang secara selektif
mendorong mikrobiota usus untuk menghasilkan metabolit yang
bermanfaat atau kelimpahan relatif dari strain tertentu memberikan
satu strategi terapeutik yang potensial [125]. Dengan menggunakan
pendekatan berbasis manik-manik yang dikombinasikan dengan

7
T. T. Plitt dan J.J. konsorsium multi strain [69]. Dua minggu
Seminar kemudian, sel T 101735
Imunologi 66 (2023) dari usus
FaithMenggabungkan skrining metabolik in vitro dengan studi validasi
besar dikultur bersama secara ex vivo dengan masing-masing dari 97
in vivo telah memiliki beberapa bukti prinsip dan tampaknya menjadi
strain untuk mengidentifikasi spesifisitas sel T terhadap masing-
area yang siap untuk berkembang dalam dekade berikutnya. Untuk
masing strain. Meskipun kumpulan sel T global jelas digerakkan oleh
relevansi jangka pendek pada manusia, kuncinya adalah
sel T spesifik antigen terhadap strain tertentu, ditemukan juga bahwa
mengidentifikasi metabolit langka dari strain mikroba usus yang
banyak sel T mengenali beberapa strain bakteri. Menggunakan
memiliki sifat kesehatan yang bermanfaat dan tidak ada pada orang
kombinasi yang indah dari pengurutan TCR untuk mengidentifikasi sel
dengan penyakit tertentu. Beralih ke aplikasi di luar pembuatan
T yang relevan, sintesis DNA, garis reporter sel T untuk menghasilkan
metabolit atau metabolisme obat yang sangat kuat akan membutuhkan
92 klonotipe sel T,
pemahaman masalah kompleks tentang apa yang menentukan hasil
metabolisme rata-rata dari campuran strain dengan potensi
metabolisme yang sangat tumpang tindih (misalnya, asam lemak
rantai pendek atau garam empedu sekunder) ketika diberi beragam
masukan dari makanan manusia dan metabolit inang.

2.5. Potensi imunogenik

2.5.1. imunitas yang dimediasi oleh sel

Mengingat interkonektivitas sel-sel dalam sistem kekebalan tubuh
manusia, mengembangkan model fungsi kekebalan tubuh yang dapat
diukur merupakan sebuah tantangan. Dengan banyaknya peran
penting yang telah diidentifikasi untuk mikrobiota dalam
pembentukan sistem kekebalan tubuh kita, sangat menarik bahwa
aplikasi berskala besar mulai bermunculan yang memanfaatkan
platform in vitro, ex vivo, dan in silico serta alat dari genomik dan
sintesis DNA.
Bukti-bukti yang ada menunjukkan bahwa mikrobioma dapat
memengaruhi berbagai penyakit yang dimediasi oleh kekebalan
tubuh, termasuk penyakit radang usus (IBD), artritis reumatoid,
diabetes tipe 2, penyakit alergi, dan kanker [128]. Data ini lebih lanjut
didukung oleh penelitian yang menunjukkan bahwa mikrobiota usus
secara langsung memodulasi respons imun inang spesifik antigen
[129-131]. Sebagai contoh, Perez-Munoz dkk. mengkolonisasi tikus
bebas kuman dengan strain Bacteroides thetaiotao-micron dan
mampu mengisolasi sel T spesifik antigen terhadap strain tersebut
serta mengidentifikasi epitop protein yang dimiliki oleh spesies yang
sebagian besar dapat memprediksi reaktivitas silang sel T [132]. Yang
d k k . , menunjukkan bahwa sel Th17 usus pada tikus yang
dikolonisasi SFB mengekspresikan reseptor antigen sel T (TCR) yang
spesifik untuk SFB [133]. Demikian pula, toleransi terhadap patobiont,
Helicobacter hepaticus (Hh), terbukti dimediasi oleh Treg spesifik Hh
[134]. Produksi Treg oleh berbagai individu atau kelompok mikroba
telah diekspresikan oleh beberapa kelompok [27,81,135]. Penelitian
lain telah menunjukkan spesifisitas respon sel T CD8 + IL17A+
terhadap Staphylococcus epidermidis komensal pada kulit yang
berlangsung selama berbulan-bulan dan tidak terkait dengan
peradangan, melainkan diinduksi untuk mengkalibrasi imunitas
penghalang dan memberikan perlindungan heterolog terhadap
patogen invasif [78].
Kekhususan respons imun mukosa terhadap usus yang berhubungan
dengan
mensal memiliki implikasi yang mendalam bagi pemahaman kita
tentang imunitas dan patologi spesifik jaringan. Sesuai dengan
gagasan ini, Spin- dler et al. baru-baru ini membuat profil respons
spesifik antigen yang diarahkan ke strain individu dalam pengaturan
komunitas multi-strain yang ditentukan dan menemukan lamina
propria dan sel T kelenjar getah bening mesenterika yang spesifik
untuk strain bakteri pada tingkat spesies, dengan kemampuan sel
Th17 untuk mendiskriminasikan antara beberapa strain spesies yang
sama [84]. Spesifisitas respons sel T ini memungkinkan uji penarikan
kembali ex vivo untuk menunjukkan kontribusi Th17 in vivo dari
strain individu dalam komunitas multi-strain. Selain itu, mengetahui
potensi menginduksi Th17 dari strain ini memungkinkan untuk
generasi subset strain yang ditentukan khusus yang secara kolektif
menginduksi jumlah sel Th17 yang dapat diprediksi pada tikus
gnotobiotik.
Dalam aplikasi penting baru-baru ini dari pipa in vitro terukur
yang dirancang untuk memahami interaksi antara sel T dan mikroba
usus, Nagashima dkk. mengkolonisasi tikus bebas kuman dengan 97
strain bakteri untuk mendidik sistem kekebalan tubuh mereka dengan
8
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
ditentukan [138]. Efek fungsional yang berbeda dari IgA ini sangat
Dengan menggunakan genomik komparatif di seluruh pustaka galur
tergantung pada antigen yang dikenali.
yang besar, para penulis mengidentifikasi klonotipe TCR yang
Dalam konteks penyakit, beberapa kelompok menemukan respons
melimpah yang bersifat polispesifik untuk 18 galur cemara dalam
IgA spesifik taksa dalam kaitannya dengan gangguan pada mikrobiota
koleksi galur tersebut. Selain itu, para penulis menemukan bahwa 18
usus. Sebagai contoh, Palm dkk. meneliti pola lapisan IgA pada tikus
galur ini memiliki protein pengikat substrat yang dikonservasi dari
dengan mikrobiota kolitogenik yang dapat ditularkan dan menemukan
sistem transpor ABC yang ternyata merupakan epitop sel T. Dalam
lapisan IgA yang tinggi secara khusus menandai anggota usus yang
banyak hal, pengamatan ini paralel dengan penelitian sebelumnya
diketahui sebagai pemicu penyakit.
dengan sejumlah kecil strain yang mengidentifikasi epitop sel T spesifik
terhadap B. thetaiotaomicron dan reaktivitas bersama dari sel T spesifik
antigen terhadap anggota Bacteroidetes lainnya [132]. Namun, dengan
memanfaatkan platform yang lebih terukur dan komunitas yang lebih
besar dari strain bakteri, kami memiliki kesempatan untuk mengejar
lebih banyak interaksi dan memiliki pemahaman yang lebih baik
tentang bagaimana pengamatan semacam itu dapat diekstrapolasi ke
manusia yang dikolonisasi dengan sejumlah besar mikroba dalam
ekosistem yang dapat menambah atau mengurangi strain dari waktu ke
waktu.
Platform skrining dengan hasil tinggi juga telah dikembangkan
untuk mengidentifikasi interaksi antara mikroba dan sel kekebalan
bawaan. Sebagai contoh, skrining terbaru dari komunitas bakteri akar
tanaman sintetis mengidentifikasi strain yang menekan kekebalan yang
dipicu MAMP yang diinduksi oleh flg2 (epitop asam amino 22-amino
dalam flagellin bakteri). Penekanan kekebalan ini mempengaruhi
kemampuan bakteri yang berbeda untuk mengkolonisasi akar dan
dapat dimanipulasi dengan subset dari 35 strain yang diidentifikasi
memiliki efek penekanan dalam layar monokolonisasi [136]. Penelitian
lain baru-baru ini mengeksplorasi interaksi antara strain mikroba usus
dan reseptor seperti tol (TLR). TLR adalah sub-keluarga utama dari
reseptor pengenalan pola (PRR) yang diekspresikan secara luas oleh
berbagai sel. Dalam penelitian ini, 277 strain bakteri komensal dari
individu sehat dan individu dengan IBD dikultur bersama dengan sel
myeloid atau sel dendritik untuk mengukur respons sitokin terhadap
masing-masing strain [23]. Respons sitokin terhadap 277 strain bakteri
usus ini ditemukan sama kuatnya dengan respons terhadap patogen
enterik dan bervariasi di seluruh filum, hingga ke tingkat strain [23].
Mirip dengan skrining metabolomik skala populasi [123] dan profil
pemanfaatan karbohidrat dari pustaka skrining besar [127], banyak
pola yang diperkaya secara filogenetik dapat diidentifikasi dalam
respons kekebalan bawaan terhadap strain bakteri usus, sementara
banyak pengecualian terhadap pola filogenik ini menyoroti bagaimana
keragaman strain dan transfer gen horisontal memungkinkan
keragaman respons yang besar. Selain itu, Spindler et al. menemukan
bahwa sel myeloid secara berbeda bergantung pada aktivasi toll-like
receptor 2 (TLR2) atau TLR4 untuk merasakan taksa tertentu, sebuah
pengamatan yang memprediksi fungsi in vivo. Akhirnya, uji ko-kultur
in vitro juga telah berhasil digunakan untuk mengeksplorasi potensi
fungsional strain dari mikrobioma serviksovaginal pada penghalang
epitel serviksovaginal [137] dan mewakili salah satu sistem yang lebih
dapat digeneralisasikan dan dapat diskalakan untuk mengeksplorasi
mikrobioma lainnya.

2.6. Imunitas humoral

Respons IgA telah terbukti dipengaruhi oleh mikrobioma usus

[138-141]. Yang et al. mengevaluasi respons IgA tinja terhadap bakteri
komensal dan menemukan Bacteroides ovatus sebagai penginduksi
IgA yang paling kuat di usus besar tikus gnotobiotik [139].
Karakterisasi lebih lanjut dari 19 galur B. ovatus yang unik
mengungkapkan respons IgA spesifik galur. Transplantasi tikus
dengan IgA rendah dengan koktail multipleks dari strain yang
menginduksi IgA tinggi, tetapi bukan yang individual, menyebabkan
peningkatan IgA tinja. Studi lanjutan menemukan repertoar antibodi
IgA sekretori massal yang dirancang untuk mengenali bakteri usus
"sendiri" dengan sebagian kecil IgA yang menunjukkan reaktivitas
silang [24]. Pada saat yang sama, Rollenske dkk. mengidentifikasi
berbagai IgA monoklonal spesifik antigen dengan repertoar gen
imunoglobulin yang beragam yang menargetkan antigen bakterial yang
9
T. T. Plitt dan J.J. Di luar dampaknya pada sistem kekebalan tubuh bawaan,
Seminar Imunologi penghalang
66 (2023) 101735
mikrobiota
Faith [142]. Kolonisasi tikus GF dengan bakteri dari pasien IBD mukosa
manusia yang sangat dilapisi dengan IgA memberikan kerentanan Pelanggaran ini juga memiliki konsekuensi yang merusak pada lengan
yang dramatis terhadap kolitis. Selain itu, Alexander dkk. kekebalan adaptif. Interaksi yang tidak tepat antara epitel usus, usus
mengkarakterisasi reaktivitas antibodi pada pasien IBD menggunakan
larik antigen mikrobiota yang diarahkan pada flagel bakteri
rekombinan [143]. Dibandingkan dengan kontrol yang sehat, subset
pasien dengan penyakit Crohn menunjukkan peningkatan respons IgG
serum terhadap beberapa flagellin. Pasien yang reaktif terhadap multi-
flagellin juga menunjukkan peningkatan sel memori efektor T
spesifik flagellin (TEM), penurunan rasio Treg yang reaktif terhadap
flagellin terhadap sel T efektor, dan frekuensi komplikasi penyakit
yang tinggi. Memahami spesifisitas antibodi terhadap strain mikroba
usus adalah area yang sangat cocok untuk eksperimen skrining
fungsional dengan hasil tinggi. Ketersediaan hibridoma spesifik strain
dan spesies bersama dengan berbagai uji in vitro berbasis antibodi
yang saat ini ada dalam literatur memfasilitasi skrining dengan hasil
tinggi.
Selain IgA, antibodi IgG dan IgM usus juga telah dilaporkan
bereaksi terhadap antigen komensal usus [144]. Meskipun antibodi ini
tidak dikarakterisasi dengan baik, mereka memiliki kekhususan yang
sama dengan IgA. Antibodi IgG komensal homeostatis, khususnya
IgG2b dan IgG3, umumnya mengikat antigen gram negatif (yaitu,
Proteobacteria). IgG2b dan IgG3 ditularkan ke neonatus dalam ASI
dan transmisi maternal dari antibodi IgG ini berkoordinasi dengan
IgA untuk membatasi respons sel T mukosa, dan memodulasi ILC3
usus neonatal dan diferensiasi makrofag [146]. Zeng dkk.,
mengidentifikasi murein lipo- protein (MLP) sebagai antigen utama
yang menginduksi IgG sistemik pada tikus dan manusia [145].
Pemberian anti-MLP memberikan perlindungan terhadap infeksi
Salmonella.

3. Potensi onkogenik

Gangguan pada komposisi dan hasil metabolisme mikrobiota usus

dikaitkan dengan berbagai penyakit, mulai dari penyakit autoimun
dan metabolik hingga kanker. Mekanisme yang digunakan mikroba
untuk berkontribusi pada karsinogenesis terbagi dalam tiga kategori
besar: 1) memicu peradangan gastrointestinal (GI), 2) menginduksi
genotoksisitas di dalam sel epitel usus, dan 3) mendorong proliferasi
sel epitel usus [97].

3.1. Peradangan

Meskipun penghalang mukosa mempertahankan hubungan

simbiosis antara mikrobiota usus dan inang, penghalang ini rentan
terhadap gangguan lingkungan yang terus-menerus. Kanker dan
gangguan inflamasi muncul ketika penghalang permukaan mukosa ini
dilanggar, dan mikroba masuk ke dalam lamina propria,
menjungkirbalikkan toleransi kekebalan dan memicu peradangan
mukosa [97,147-149]. Setelah penghalang mukosa ditembus, jalur
proinflamasi menjadi aktif dan berfungsi sebagai komponen penting
dari perkembangan tumor. Faktor-faktor inflamasi dalam lingkungan
mikro tumor, seperti spesies oksigen reaktif (ROS) dan spesies
nitrogen reaktif (RNS), selanjutnya berkontribusi pada pertumbuhan
tumor dan metastasis [150]. Keterlibatan tumor selanjutnya dari PRR
menghasilkan proliferasi sel lebih lanjut dengan mengaktifkan sinyal
kelangsungan hidup sel melalui NF-kB, pengatur utama dalam
peradangan terkait kanker [151-153]. Sebagai contoh, nukleat
Fusobacterium yang terkait dengan CRC telah terbukti mengaktifkan
pensinyalan NF-kB di dalam lingkungan mikro tumor melalui
berbagai mekanisme, seperti keterlibatan PRR [154-156] atau
pengikatan FadA pada E-cadherin pada sel epitel [157]. NF-kB
mengatur transkripsi lebih dari 100 gen proinflamasi dan anti-
apoptosis. Reseptor seperti anggukan (Nod-like receptors/NLR), yang
merupakan PRR sitosolik, juga telah dikaitkan dengan kanker karena
tikus yang kekurangan NLR menunjukkan kerentanan yang
meningkat terhadap caCRC [158-161]. Sebagai contoh, usus besar
tikus NOD2-/- mengekspresikan tingkat gen inflamasi yang jauh lebih
tinggi dan aktivasi jalur inflamasi [158].
10
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
merupakan metode lain yang dapat diandalkan untuk mengukur
mikrobiota, dan sel-sel kekebalan tubuh merupakan kontributor utama
pemutusan untai DNA. Lisat bakteri dari strain Campylobacter jejuni
terhadap patogenesis inflamasi pada usus. Sejumlah penelitian telah
tipe liar dan yang kekurangan CDT digunakan untuk mengobati garis sel
melibatkan peran sumbu IL23/IL17 [162,163], TNFa [152,164,165], sel
kanker usus besar manusia HT-29, garis sel IEC-6, dan kultur enteroids
penolong folikel T, [166] dan STAT3 [167] dalam pertumbuhan dan
selama 24 jam. Pada ketiga model eksperimental, lisat bakteri dari C. jejuni
perkembangan tumor. Seperti yang telah dibahas di atas, beberapa
tipe liar mendorong kerusakan DNA, sementara respons ini sangat
platform skrining in vitro dan ex vivo telah dikembangkan untuk
dilemahkan dalam sel
mengidentifikasi interaksi antara ratusan mikroba dan sel kekebalan
tubuh termasuk sel bawaan dan adaptif yang terkait dengan kanker.
Hasil dari skrining tersebut akan menjadi penting dalam memahami
kontribusi inflamasi dari strain bakteri
potensi onkogenik.

3.2. Genotoksisitas

Selain menimbulkan peradangan, banyak bakteri telah berevolusi

mekanisme untuk merusak DNA untuk memberikan keuntungan
bertahan hidup dibandingkan mikroorganisme lain [168,169].
Mekanisme ini penting untuk ekologi dan evolusi bakteri, dengan bukti
bahwa perilaku tersebut dapat mencegah strain yang bersaing untuk
menyerang ceruk atau menghambat pertumbuhan strain yang hidup
berdampingan [168,170]. Namun, strategi pertahanan bakteri ini dapat
menyebabkan ketidakstabilan kromosom inang - ciri khas
karsinogenesis. Sebagai contoh, E. coli (serta Enterobacteriaceae
lainnya) yang mengekspresikan pulau genom poliketida sintase (pks+ )
menghasilkan genotoksin col- ibactin yang diyakini dapat mengalkilasi
residu adenin dalam DNA, menyebabkan kerusakan DNA [171,172].
Deteksi pks+ E. coli pada CRC manusia, bersama dengan kemampuan
strain ini untuk mempotensiasi tumorigenesis pada model penyakit
pada hewan, menimbulkan minat yang besar pada colibactin sebagai
molekul yang menarik dalam karsinogenesis kolorektal [173-176].
Cytolethal distending toxin (CDT) yang diproduksi oleh beberapa ε-
dan γ-proteobacteria juga telah terbukti menghasilkan DNA double-
strand break (DSB) pada sel mamalia dan meningkatkan tumorigenesis
kolorektal pada tikus [177, 178]. Data yang terkumpul juga
mendukung peran enterotoxigenic Bac- teroides fragilis (ETBF),
Enterococcus faecalis, dan Peptostreptococcus anaerobius dalam
tumorigenesis hewan dan manusia melalui kerusakan DNA inang yang
diperantarai oleh ROS [179-182]. Pada tingkat yang tinggi, ROS dapat
menyebabkan kerusakan dan mutasi DNA.
Karakterisasi dan pengukuran genotoksisitas mungkin sangat
berharga dalam memprediksi patogenisitas strain bakteri, khususnya
yang terkait dengan peningkatan risiko kanker. Banyak metode uji
kerusakan DNA tradisional, seperti uji mutasi balik bakteri (Ames),
yang melelahkan, memakan waktu, dan memiliki banyak masalah
metodologis lainnya termasuk hasil sampel yang rendah [183,184].
Namun, sejumlah platform genotoksisitas yang sensitif dan berkinerja
tinggi baru-baru ini telah dikembangkan untuk pengukuran cepat
kerusakan DNA (pemutusan untai tunggal dan ganda). Terutama,
tingkat kerusakan DNA dalam sel epitel usus telah diukur secara in vitro dan
in vivo menggunakan fosforilasi histon H2AX (γH2AX) sebagai
penanda pengganti kerusakan DNA. Pewarnaan imunofluoresensi (IF)
sel epitel usus tikus (IEC-6) yang terinfeksi pks+ yang mengandung
strain E. coli NC101 mengungkapkan γH2AX pada ~ 30% sel dibandingkan
dengan γH2AX <5% pada sel yang terinfeksi NC101 yang kekurangan
pks isogenik [175]. Hasil serupa telah dilaporkan pada tikus IL10-/-
bebas kuman dan larva ikan zebra transparan menggunakan
imunohistokimia (IHC) dan uji deteksi berbasis aliran-sitometri γH2AX
[185]. Layar IF skala yang lebih kecil menggunakan antibodi terhadap
lesi DNA 8-oxo-7,8-dihy-dro-2′ -deoxyguanosine (8-oxoG), penanda
yang lebih umum dari kerusakan DNA oksidatif, juga telah digunakan
untuk menunjukkan efek kerusakan DNA yang diinduksi oleh mikroba
pada model inflamasi CRC IL10 -/-[186].
Mekanisme kerusakan DNA yang diinduksi oleh CDT didefinisikan
dengan menggunakan
serupa, meskipun dengan hasil yang rendah, skrining genotoksik
termasuk IF menggunakan antibodi terhadap penanda DSB yang
terdefinisi dengan baik 53BP [187] dan uji komet [178], yang
11
T. T. Plitt dan J.J. istirahat dari tikus gnotobiotik individu danImunologi
Seminar transisi66ke pengujian
(2023) 101735 ex
terpapar
Faith lisat dari C. jejuni yang kekurangan CDT [178].
vivo pada tikus yang sebelumnya dikolonisasi dengan set galur atau
Meskipun uji genotoksik mikroba terkait kanker yang dijelaskan
pengujian in vitro. Fitur utama dari platform skala besar ini adalah
di atas masih terbatas pada beberapa strain bakteri, namun sangat
relevansi pengujian yang diimplementasikan untuk in vivo dan biologi
memungkinkan untuk meningkatkan uji ini untuk mengevaluasi dan
manusia. Selain itu, bekerja dengan ratusan
memprediksi potensi genotoksik (dan berpotensi karsinogenik) dari
strain tambahan. Dalam contoh yang sangat baik baru-baru ini dari
peningkatan skala seperti itu, Cao dkk., menyaring genotoksisitas lebih
dari 100 strain bakteri usus manusia yang secara filogenetik beragam
melalui inkubasi bersama setiap strain dengan DNA plasmid yang
diikuti oleh elektroforesis gel [188]. Mereka mengidentifikasi
beberapa strain genotoksik baru, sebagian di antaranya mendorong
peningkatan pembentukan tumor pada tikus yang rentan, dan
metabolit genotoksik yang dihasilkan oleh salah satu hit teratas
mereka - strain Morganella morganii.

3.3. Proliferasi

Beberapa bakteri yang terkait dengan kanker terbukti mengubah

jalur pensinyalan yang terlibat dalam pertumbuhan dan pembelahan
sel. Jalur Wnt/β-catenin adalah jalur pensinyalan pleiotropik yang
umumnya bermutasi pada banyak jenis kanker. Jalur ini mengatur
perkembangan embrio, proliferasi dan diferensiasi sel, dan apoptosis
[189]. Tidak mengherankan, bakteri patogen telah mengembangkan
strategi untuk membajak proses-proses ini untuk membangun ceruk
replikasi [190]. Bakteri seperti Helicobacter pylori, F. nucleatum, ETBF,
Salmonella typhi, Mycobacterium tuberculosis, dan C. difficile
mengeluarkan faktor virulensi yang mengubah aktivitas jalur Wnt / β-
catenin [97,189]. Sebagai contoh, strain onkogenik H. pylori menyuntikkan
protein pemicu kanker eksogen, CagA, secara intermiten ke dalam sel
epitel lambung yang mengarah ke aktivasi jalur Wnt / β-catenin dan
selanjutnya regulasi gen yang terlibat dalam proliferasi, kelangsungan
hidup, migrasi, dan angiogenesis [97.151.191-193]. Di sisi lain, F.
nucleatum, anggota mikrobiota mulut yang terkait dengan adenoma
kolorektal manusia, menggunakan adhesin FadA-nya untuk mengikat
dan menyerang sel epitel dan endotel [157,194-196]. FadA mengikat
E-cadherin inang, mengaktifkan jalur Wnt / β-catenin dan
merangsang pertumbuhan sel kanker [157]. ETBF, yang diperkaya
pada beberapa CRC manusia, mengeluarkan toksin logam-loprotease
20-kDa, BFT [197-199]. Toksin ini membelah E-cadherin inang, yang
mengarah pada stimulasi proliferasi sel yang bergantung pada β-
catenin [198,200]. Akhirnya, S. typhi, yang berlimpah pada kanker
hepatobilier, mengaktifkan jalur β-catenin melalui produk
patogeniknya, AvrA [201-203]. AvrA mengubah ubiquitination dan
asetilasi protein target untuk memodulasi proliferasi epitel dan
apoptosis [203,204].
Proliferasi adalah bagian penting dari perkembangan kanker dan pro
Oleh karena itu, penyaringan strain bakteri untuk mengetahui
kemampuannya dalam mengubah proliferasi sel mamalia dapat
mengidentifikasi mikroba yang berpotensi bersifat onkogenik. Sebagai
contoh, ETBF yang terkait dengan CRC telah terbukti merangsang
proliferasi sel melalui sekresi BFT di beberapa garis sel epitel usus
kanker menggunakan uji penggabungan timidin [200]. Selain itu,
evaluasi imunohistokimia dari kelimpahan β-catenin di usus besar
tikus yang dijajah dengan Citrobacter rodentium mengungkapkan
hiperproliferasi kolonosit [205]. C. rodentium telah terbukti
mendorong pembentukan adenoma pada tikus Apc Min/+[206].
Akhirnya, uji proliferasi BrdU dan XTT telah digunakan untuk
menunjukkan proliferasi dan migrasi sel kanker pankreas pada invasi
F. nucleatum [207]. Banyak dari uji proliferasi ini dapat dimodifikasi
untuk meningkatkan skrining mikroba pro-proliferasi yang terkait dengan
berbagai penyakit.

4. Tantangan dan peluang

Melakukan skrining fungsional pada skala ratusan hingga ribuan

strain mikroba memberikan keuntungan dan kerugian dibandingkan
dengan eksperimen yang lebih umum pada strain individu atau
kelompok kecil strain. Untuk secara praktis bergerak melampaui
seratus galur berbeda yang diuji secara individual memerlukan
12
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
Kami
secara inheren lebih rentan terhadap kesalahan daripada bekerja
terima kasih kepada Graham Britton atas komentar kritisnya terhadap
dengan sejumlah kecil strain. Selama penyaringan seperti itu, tidak
naskah ini dan Philip Ahern atas tweet yang sangat membantu
masuk akal untuk mengasumsikan bahwa setiap strain akan tumbuh
mengenai spesifisitas sel T.
setiap kali pengujian dijalankan dan tidak akan ada kontaminasi pada
sumur mana pun jika ratusan strain ditumbuhkan di pelat multi-sumur
Referensi
dalam jarak yang berdekatan. Oleh karena itu, sangat penting bahwa
kemurnian setiap strain diuji dengan setiap layar untuk menghilangkan [1] FR Blattner, dkk., Urutan genom lengkap Escherichia coli K-12, Science 277
setiap sumur yang bukan strain yang diharapkan atau yang tidak (1997) 1453-1462.
tumbuh. Selain itu, kami membutuhkan metode yang lebih baik untuk [2] T. Hayashi, dkk., Urutan genom lengkap Escherichia coli enterohemoragik
O157:H7 dan perbandingan genom dengan galur laboratorium K-12, DNA Res 8
mereplikasi dan mendistribusikan pustaka penyaringan strain bakteri (2001) 11-22.
sehingga pengujian dapat diulang di seluruh laboratorium dan
penyaringan yang berbeda dapat dilakukan pada set strain yang sama
sehingga memungkinkan untuk mengembangkan basis pengetahuan
tentang strain-strain ini.
Tantangan lain yang ada di depan untuk skrining fungsional skala
besar dari strain mikrobioma termasuk bagaimana membangun
pengetahuan sebelumnya daripada membuat setiap penelitian menjadi
sebuah pulau. Akumulasi pengetahuan kami dari upaya fungsional
komunitas ilmiah secara tradisional difokuskan pada strain bakteri
individu, organisme model (misalnya, tikus), atau manusia. Sumber
daya fungsional manusia yang banyak digunakan seperti TCGA [208]
dan ImmGen [209] memiliki keuntungan karena mereka menargetkan
i n a n g mamalia dalam jumlah tunggal atau terbatas, sedangkan
dalam konteks mikrobioma manusia, setiap skrining baru dapat
mencakup ratusan galur baru yang belum pernah dipelajari
sebelumnya. Pada saat yang sama, ada tumpang tindih yang tinggi
pada spesies dan tingkat taksonomi lainnya dan bahkan pada urutan
genetik yang tersedia untuk lebih banyak strain yang digunakan dalam
skrining dengan hasil tinggi. Oleh karena itu, membayangkan sistem
yang mengatur hasil dari berbagai skrining throughput tinggi ke dalam
basis data komunitas bersama adalah tugas yang menakutkan tetapi
bukan tidak mungkin - tugas yang membutuhkan kecerdikan untuk
memaksimalkan utilitas di seluruh studi tetapi dengan potensi
pengembalian dari peningkatan pemanfaatan kembali data,
pengetahuan yang berkembang tentang probabilitas fungsi yang
berbeda sebagai fungsi konteks taksonomi atau genetik, dan organisasi
komunitas. Aspek kunci lain dari layar fungsional termasuk skala layar
dan generalisasi hasil. Dengan puluhan organisme, seseorang dapat
mencakup beberapa spesies yang umum, dengan ratusan organisme,
spesies yang lebih langka akan teramati serta beberapa galur spesies
yang umum, dan dengan ribuan organisme dalam sebuah layar, beberapa
galur dapat diuji untuk setiap spesies. Dengan semakin banyaknya genom
yang tersedia untuk setiap spesies bakteri, pangenetika juga akan
menyediakan strategi untuk memilih strain dan menentukan jumlah
strain yang diperlukan untuk menutupi sebagian kecil ruang
pangenetika suatu spesies. Dengan sebagian besar layar fungsional
throughput tinggi yang terdiri dari lebih dari 100 strain mikroba yang
muncul sebagai publikasi atau pracetak hanya dalam satu tahun
terakhir, kemungkinan kita akan melihat tren ini berkembang di tahun-
tahun mendatang. Sebagai sebuah komunitas, kita harus
menyeimbangkan kegunaan setiap laboratorium yang menggunakan
set penyaringan strain yang berbeda versus strain yang digunakan
bersama di seluruh layar versus kombinasi keduanya. Terlepas dari itu,
skrining yang lebih besar yang sering kali mencakup beberapa galur
per spesies untuk spesies yang sama memberikan banyak informasi di
seluruh penelitian bahkan ketika galur yang berbeda digunakan karena
tren tingkat yang lebih tinggi yang diamati di seluruh kelompok
taksonomi dapat dengan mudah ditransfer ke galur lain. Kunci
keberhasilan untuk jenis percobaan baru ini adalah menyeimbangkan
nilai uji skrining, validasi in vivo, dan intervensi manusia untuk
mendapatkan hasil yang maksimal.
menentukan secara tepat kegunaan dari penemuan-penemuan baru.

Ucapan Terima Kasih

Penelitian ini didukung oleh hibah dari National Institutes of Health

(no. NIDDK DK112978, NIDDK DK124133, dan NIDDK DK123749).
13
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
[3] T. Baba, dkk., Konstruksi Escherichia coli K-12 in-frame, mutan knockout gen
Faith
tunggal: koleksi Keio, Mol. Syst. Biol. 2 (2006) (2006) 0008.
[4] J.J. Faith, dkk., Pemetaan skala besar dan validasi regulasi transkripsi
Escherichia coli dari ringkasan profil ekspresi, PLoS Biol. 5 (2007), e8.
[5] S. Kasif, R.J. Roberts, Kita perlu menyimpan jejak fakta, prediksi, dan hipotesis
yang dapat direproduksi dari gen ke fungsi di era data besar, PLoS Biol. 18
(2020), e3000999.
[6] R.J. Roberts, dkk., COMBREX: sebuah proyek untuk mempercepat anotasi
fungsional genom prokariotik, Nucleic Acids Res 39 (2011) D11-D14.
[7] D.J. Lane, dkk., Penentuan cepat sekuens RNA ribosom 16S untuk analisis
filogenetik, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82 (1985) 6955-6959.
[8] CR Woese, GE Fox, Struktur filogenetik dari domain prokariotik: kerajaan
primer, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 74 (1977) 5088-5090.
[9] H.P. Browne, dkk., Kultur mikrobiota manusia yang 'tidak dapat dikultur'
mengungkapkan taksa baru dan sporulasi yang luas, Nature 533 (2016) 543-546.
[10] M. Derrien, E.E. Vaughan, C.M. Plugge, W.M. de Vos, Akkermansia muciniphila
gen. nov., sp. nov., a human intestinal mucin-degrading bacterium, Int J. Syst.
Evol. mikrobiol 54 (2004) 1469-1476.
[11] A.L. Goodman, dkk., Koleksi kultur mikrobiota usus manusia pribadi yang
ekstensif dikarakterisasi dan dimanipulasi pada tikus gnotobiotik, Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 108 (2011) 6252-6257.
[12] E.E. Hansen, dkk., Pan-genom dari archaeon yang terkait dengan usus manusia
yang dominan, Methanobrevibacter smithii, dipelajari pada anak kembar, Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 108 (Suppl 1) (2011) 4599-4606.
[13] J.-C. Lagier, dkk., Kulturomik mikroba: pergeseran paradigma dalam studi
mikrobioma usus manusia, Clin. Microbiol Infect. 18 (2012) 1185-1193.
[14] F.E. Rey, dkk., Ceruk metabolik dari bakteri usus manusia yang mereduksi
sulfat, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 110 (2013) 13582-13587.
[15] G.J. Britton, dkk., Transplantasi mikrobiota yang ditentukan
mengembalikan keseimbangan sel T pengatur Th17 / RORγt (+) pada tikus
yang dikolonisasi dengan mikrobiota penyakit radang usus, Proc. Natl.
Acad. Sci. USA 117 (2020) 21536-21545.
[16] S. Brugiroux, dkk., Desain yang dipandu genom dari mikrobiota tikus yang
ditentukan yang memberikan resistensi kolonisasi terhadap Salmonella enterica
serovar Typhimurium, Nat. Microbiol 2 (2016) 16215.
[17] A.G. Cheng, dkk., Desain, konstruksi, dan augmentasi in vivo mikrobioma usus
yang kompleks, Cell 185 (3617-3636) (2022), e19.
[18] CS Eun, dkk., Induksi kolitis spesifik antigen bakteri oleh konsorsium
mikrobiota manusia yang disederhanakan pada tikus interleukin-10-/-
gnotobiotik, Infect. Imun. 82 (2014) 2239-2246.
[19] J.J. Faith, dkk., Menciptakan dan mengkarakterisasi komunitas mikroba usus
manusia pada tikus gnotobiotik, ISME J. 4 (2010) 1094-1098.
[20] S.C. Forster, dkk., Koleksi genom dan kultur bakteri usus manusia untuk
analisis metagenomik yang lebih baik, Nat. Bioteknologi. 37 (2019) 186-192.
[21] M. Poyet, dkk., Perpustakaan isolat bakteri usus manusia yang dipasangkan
dengan data multiomik longitudinal memungkinkan penelitian mikrobioma
mekanistik, Nat. Med 25 (2019) 1442-1452.
[22] KA Romano, EI Vivas, D. Amador-Noguez, FE Rey, Komposisi mikrobiota usus
memodulasi ketersediaan hayati kolin dari diet dan akumulasi metabolit
proatherogenik trimetilamina-N-oksida, mBio 6 (2015), e02481.
[23] MP Spindler, dkk., Mikrobiota usus manusia menstimulasi respons imun
bawaan yang bervariasi dari filum ke strain, 00408-5, Cell Host Microbe
S1931-3128 (22) (2022), https://doi.org/10.1016/j.chom.2022.08.009.
[24] C. Yang, dkk., Komposisi antibodi Immunoglobulin A dipahat untuk mengikat
mikrobioma usus sendiri, Sci. Imunol. 7 (2022), eabg3208.
[25] J. Qin, dkk., Katalog gen mikroba usus manusia yang dibuat dengan sekuensing
metagenomik, Nature 464 (2010) 59-65.
[26] P.M. Smith, dkk., Metabolit mikroba, asam lemak rantai pendek, mengatur
homeostasis sel Treg kolon, Science 341 (2013) 569-573.
[27] K. Atarashi, dkk., Induksi Treg oleh campuran strain Clostridia yang dipilih
secara rasional dari mikrobiota manusia, Nature 500 (2013) 232-236.
[28] I.I. Ivanov, dkk., Induksi sel Th17 usus oleh bakteri berserabut tersegmentasi,
Cell 139 (2009) 485-498.
[29] C.G. Buffie, dkk., Rekonstitusi mikrobioma yang presisi mengembalikan
resistensi yang dimediasi asam empedu terhadap Clostridium difficile,
Nature 517 (2015) 205-208.
[30] C. Campbell, dkk., Metabolisme bakteri asam empedu mendorong
pembentukan sel T pengatur perifer, Nature 581 (2020) 475-479.
[31] S. Hang, dkk., Metabolit asam empedu mengontrol diferensiasi sel
T(H)17 dan T(reg), Nature 576 (2019) 143-148.
[32] LN Lucas, dkk., Filum Bakteri Dominan dari Usus Manusia Menunjukkan
Kemampuan Luas Untuk Mengubah dan Mengkonjugasikan Asam Empedu,
mSystems e0080521 (2021), https://doi.org/10.1128/mSystems.00805-21.
[33] D. Paik, dkk., Bakteri usus manusia menghasilkan metabolit asam empedu
yang memodulasi Τ (Н) 17, Nature 603 (2022) 907-912.
[34] Struktur, fungsi, dan keanekaragaman mikrobioma manusia yang sehat, Nature
486 (2012) 207-214.
[35] P.B. Eckburg, dkk., Keanekaragaman flora mikroba usus manusia, Science 308
(2005) 1635-1638.
[36] D. Gevers, dkk., Mikrobioma yang naif terhadap pengobatan pada penyakit Crohn
yang baru timbul, Cell Host Microbe 15 (2014) 382-392.
[37] J.M. Shapiro, dkk., Imunoglobulin a menargetkan subset unik dari mikrobiota
pada penyakit radang usus, Cell Host Microbe 29 (83-93) (2021), e3.
[38] EA Franzosa, dkk., Struktur mikrobioma usus dan aktivitas metabolik pada
penyakit radang usus, Nat. Microbiol 4 (2019) 293-305.
[39] V. Gopalakrishnan, dkk., Mikrobioma usus memodulasi respons terhadap
imunoterapi anti-PD-1 pada pasien melanoma, Science 359 (2018) 97-103.

14
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
[74] F. Cold, C.K. Svensson, A.M. Petersen, L.H. Hansen, M. Helms, Keamanan Jangka
[40] B. Routy, dkk., Mikrobioma usus memengaruhi kemanjuran
Panjang Setelah Transplantasi Mikrobiota Tinja sebagai Pengobatan untuk Infeksi
imunoterapi berbasis PD-1 terhadap tumor epitel, Science 359 (2018)
Clostridioides difficile Kambuhan Dibandingkan dengan Pasien yang Diobati dengan
91-97.
Campuran Bakteri Tetap: Hasil dari Studi Kohort Retrospektif, Sel 11 (2022).
[41] FY Shaikh, dkk., Pendekatan komputasi yang seragam yang ditingkatkan pada
jalur pipa yang ada untuk mengungkapkan biomarker mikrobioma yang tidak
merespons penghambat pos pemeriksaan kekebalan, Clin. Cancer Res 27 (2021)
2571-2583.
[42] B. Yilmaz, dkk., Gangguan jaringan mikroba pada penyakit Crohn refrakter yang
kambuh, Nat. Med 25 (2019) 323-336.
[43] V. Aggarwala, dkk., Kuantifikasi yang tepat dari strain bakteri setelah
transplantasi mikrobiota tinja menggambarkan engraftment jangka panjang
dan menjelaskan hasilnya, Nat. Mikrobiol 6 (2021) 1309-1318.
[44] M.R. Olm, dkk., inStrain memprofilkan keanekaragaman mikroba populasi dari
data metagenomik dan secara sensitif mendeteksi strain mikroba yang sama, Nat.
Biotechnol. 39 (2021) 727-736.
[45] DT Truong, A. Tett, E. Pasolli, C. Huttenhower, N. Segata, Struktur populasi
tingkat strain mikroba dan keanekaragaman genetik dari metagenom, Genome Res
27 (2017) 626-638.
[46] S. Zhao, CL Dai, ED Evans, Z. Lu, EJ Alm, Melacak strain memprediksi
mikrobioma pribadi dan mengungkapkan evolusi adaptif baru-baru ini,
2020.09.14, bioRxiv (2020), 296970, https://doi.org/10.1101/2020.09.14.296970.
[47] W. Zheng, dkk., Genomik mikroba tunggal dengan throughput tinggi dengan
resolusi regangan, diterapkan pada mikrobioma usus manusia, Science 376 (2022)
eabm1483.
[48] J.J. Faith, dkk., Struktur populasi strain bervariasi secara luas di seluruh spesies
bakteri dan memprediksi kolonisasi strain pada individu yang tidak terkait,
2020.10.17, bioRxiv (2020), 343640,
https://doi.org/10.1101/2020.10.17.343640.
[49] A. Conwill, dkk., Anatomi mendorong koeksistensi netral strain dalam
mikrobioma kulit manusia, Cell Host Microbe 30 (171-182) (2022), e7.
[50] T.D. Lieberman, Mendeteksi adaptasi bakteri dalam mikrobioma individu, Philos.
Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 377 (2022) 20210243.
[51] B. Yilmaz, dkk., Evolusi jangka panjang dan adaptasi jangka pendek strain dan
sub-strain mikrobiota pada tikus, Cell Host Microbe 29 (650-663) (2021), e9.
[52] S. Zhao, dkk., Evolusi adaptif dalam mikrobioma usus orang sehat, Cell Host
Microbe 25 (656-667) (2019), e8.
[53] J.S. Johnson, dkk., Evaluasi pengurutan gen 16S rRNA untuk analisis
mikrobioma tingkat spesies dan strain, Nat. Commun. 10 (2019) 5029.
[54] RC Edgar, Memperbarui ambang batas identitas 97% untuk OTU RNA ribosomal
16S, Bioinformatika 34 (2018) 2371-2375.
[55] A. Chen-Liaw, dkk., Kekayaan strain bakteri mikrobiota usus bersifat spesifik
spesies dan membatasi terapi engraftment, 2022.11.01, bioRxiv (2022),
514782, https://doi.org/10.1101/2022.11.01.514782.
[56] J.J. Faith, dkk., Stabilitas jangka panjang mikrobiota usus manusia, Science 341
(2013) 1237439.
[57] S. Paramsothy, dkk., Bakteri Spesifik dan Metabolit yang Berhubungan dengan
Respon terhadap Transplantasi Mikrobiota Tinja pada Pasien dengan Kolitis
Ulserativa, Gastroenterologi 156 (1440-1454) (2019), e2.
[58] E.N. Baruch, dkk., Transplantasi mikrobiota tinja meningkatkan respons pada
pasien melanoma yang refrakter terhadap imunoterapi, Science 371 (2021)
602-609.
[59] D. Davar, dkk., Transplantasi mikrobiota tinja mengatasi resistensi terhadap
terapi anti-PD-1 pada pasien melanoma, Science 371 (2021) 595-602.
[60] M. Schirmer, A. Garner, H. Vlamakis, R.J. Xavier, Gen dan jalur mikroba
p a d a penyakit radang usus, Nat. Rev. Microbiol 17 (2019) 497-511.
[61] S. Tomkovich, dkk., Biofilm mukosa usus besar manusia dari i n a n g y a n g
sehat atau kanker usus besar bersifat karsinogenik, J. Clin. Invest 129 (2019)
1699-1712.
[62] F. Colombo, dkk., Komposisi mikrobiota usus pada pasien kanker kolorektal
diatur secara genetik, Sci. Rep. 12 (2022) 11424.
[63] S. Gupta, dkk., Luka bedah kulit memiliki mikrobioma yang berbeda dari kulit
yang utuh, Microbiol Spectr. e0330022 (2022), https://doi.org/10.1128/
spectrum.03300-22.
[64] JP Hugot, dkk., Asosiasi varian pengulangan kaya leusin NOD2 dengan
kerentanan terhadap penyakit Crohn, Nature 411 (2001) 599-603.
[65] Y. Ogura, dkk., Mutasi pergeseran bingkai pada NOD2 yang terkait dengan
kerentanan terhadap penyakit Crohn, Nature 411 (2001) 603-606.
[66] E. Fleming, dkk., Budidaya spesies dan strain bakteri umum dari mikrobiota
kulit, mulut, dan usus manusia, BMC Microbiol 21 (2021) 278.
[67] X. He, dkk., Kultivasi filotipe TM7 yang terkait dengan manusia mengungkapkan
genom yang berkurang dan gaya hidup parasit epibiotik, Proc. Natl. Acad. Sci.
USA 112 (2015) 244-249.
[68] B. Bor, dkk., Wawasan yang diperoleh dengan membiakkan saccharibacteria
dengan inang bakterinya, J. Dent. Res 99 (2020) 685-694.
[69] K. Nagashima, dkk., Memetakan repertoar sel T ke komunitas bakteri usus
yang kompleks, 2022.05.04, bioRxiv (2022), 490632,
https://doi.org/10.1101/
2022.05.04.490632.
[70] E. van Nood, dkk., Infus duodenum dari tinja donor untuk Clostridium difficile
yang berulang, N. Engl. J. Med 368 (2013) 407-415.
[71] M. Dsouza, dkk., Kolonisasi produk bioterapi hidup VE303 dan modulasi
mikrobiota dan metabolit pada sukarelawan sehat, Cell Host Microbe 30
(583-598) (2022), e8.
[72] E.O. Petrof, dkk., Terapi transplantasi pengganti feses untuk pemberantasan
infeksi Clostridium difficile: 'RePOOPulating' usus, Microbiome 1 (2013) 3.
[73] D. Kao, dkk., Efek terapi ekosistem mikroba (MET-2) pada infeksi
Clostridioides difficile berulang: uji coba fase 1, label terbuka, kelompok
tunggal, Lancet Gastroenterol. Hepatol. 6 (2021) 282-291.
15
T. T. PlittG.J.
dan Britton,
J.J. Transporter dan reseptor untuk asam lemak rantaiImunologi
Seminar pendek sebagai penghubung
66 (2023) 101735
[75] J.J. Faith, Mikroba Penyebab dalam Interaksi Inang- molekuler antara bakteri kolon dan inang, Curr. Opin. Farm. 13 (2013) 869-874.
Faith
Mikrobioma, Annu Rev Microbiol 75 (2021) 223-242.
[76] M.B. Geuking, dkk., Kolonisasi bakteri usus menginduksi respons sel T
pengatur mutualistik, Imunitas 34 (2011) 794-806.
[77] HC Rath, dkk., Bakteri luminal normal, terutama spesies Bacteroides,
memediasi kolitis kronis, gastritis, dan artritis pada tikus transgenik HLA-
B27/manusia beta2 mikroglobulin, J. Clin. Invest 98 (1996) 945-953.
[78] S. Naik, dkk., Interaksi sel komensal-dendritik menentukan tanda kekebalan
kulit pelindung yang unik, Nature 520 (2015) 104-108.
[79] K. Atarashi, dkk., Kolonisasi ektopik bakteri mulut di usus mendorong induksi
sel T (H) 1 dan peradangan, Science 358 (2017) 359-365.
[80] M. Viladomiu, dkk., E. coli yang diperkaya dengan IgA pada
spondyloarthritis penyakit Crohn meningkatkan peradangan yang bergantung
pada T (H) 17, Sci. Transl. Med 9 (2017).
[81] JJ Faith, PP Ahern, VK Ridaura, J. Cheng, JI Gordon,
Mengidentifikasi hubungan fenotipe mikroba usus-inang
menggunakan komunitas kombinatorial pada tikus gnotobiotik, Sci.
Transl. Med 6 (2014) 220ra11.
[82] N. Geva-Zatorsky, dkk., Menambang Mikrobiota Usus
Manusia untuk Organisme Imunomodulator, Cell 168 (928-
943) (2017), e11.
[83] S. Paramsothy, dkk., Transplantasi mikrobiota feses intensif multidonor
untuk kolitis ulserativa aktif: uji coba terkontrol plasebo secara acak, Lancet
389 (2017) 1218-1228.
[84] MP Spindler, I. Mogno, P. Suri, G.J. Britton, J.J. Faith, CD4 Spesifik Spesies+
Sel T Memungkinkan Prediksi Fenotip Imun Mukosa dari Komposisi
Mikrobiota, 2022.08.13, bioRxiv (2022), 503851, https://doi.org/10.1101/
2022.08.13.503851.
[85] D.J. Morrison, T. Preston, Pembentukan asam lemak rantai pendek oleh
mikrobiota usus dan dampaknya terhadap metabolisme manusia, Gut
Microbes 7 (2016) 189-200.
[86] M. Zimmermann, M. Zimmermann-Kogadeeva, R. Wegmann, A.L.
Goodman, Memetakan metabolisme obat mikrobioma manusia oleh bakteri
usus dan gennya, Nature 570 (2019) 462-467.
[87] N. Koppel, V. Maini Rekdal, EP Balskus, Transformasi kimiawi xenobiotik
oleh mikrobiota usus manusia, Science 356 (2017).
[88] L.J. Cohen, dkk., Mengurai fungsi dan keragaman lektin bakteri dalam
mikrobioma manusia, Nat. Commun. 13 (2022) 3101.
[89] DA Colosimo, dkk., Memetakan Interaksi Metabolit Mikroba dengan Reseptor
Berpasangan G-Protein Manusia, Cell Host Microbe 26 (273-282) (2019), e7.
[90] Y. Asano, dkk., Peran penting mikrobiota usus dalam produksi katekolamin
bebas yang aktif secara biologis dalam lumen usus tikus, Am. J. Fisiol.
Gastrointest. Fisiologi Hati. 303 (2012) G1288-G1295.
[91] J.M. Yano, dkk., Bakteri asli dari mikrobiota usus mengatur biosintesis
serotonin inang, Cell 161 (2015) 264-276.
[92] DR Donohoe, dkk., Model tikus gnotobiotik menunjukkan bahwa serat
makanan melindungi terhadap tumorigenesis kolorektal dengan cara yang
bergantung pada mikrobiota dan butirat, Cancer Disco 4 (2014) 1387-1397.
[93] F. Hosseinkhani, dkk., Kontribusi metabolit bakteri usus dalam jalur
pensinyalan kekebalan tubuh manusia untuk penyakit tidak menular, Gut
Microbes 13 (2021) 1-22.
[94] N. Tennoune, dkk., Protein kejut panas ClpB bakteri, antigen-mimetik dari
peptida anoreksigenik α-MSH, pada asal mula gangguan makan, Terj.
Psikiatri 4 (2014), e458.
[95] J. Breton, dkk., Protein E. coli Komensal Usus Mengaktifkan Jalur
Kekenyangan Inang setelah Pertumbuhan Bakteri yang Diinduksi Nutrisi, Cell
Metab. 23 (2016) 324-334.
[96] Y. Lai, dkk., Metabolomik dengan cakupan tinggi mengungkap lanskap
biokimia yang digerakkan oleh mikrobiota dari transportasi antarorgan dan
komunikasi usus-otak pada tikus, Nat. Komun. 12 (2021) 6000.
[97] W.S. Garrett, Kanker dan mikrobiota, Science 348 (2015) 80-86.
[98] S.J.D. O'Keefe, Diet, mikroorganisme dan metabolitnya, dan kanker usus
besar, Nat. Rev Gastroenterol. Hepatol. 13 (2016) 691-706.
[99] P. Liu, dkk., Peran asam lemak rantai pendek dalam fungsi sawar usus,
peradangan, stres oksidatif, dan karsinogenesis kolon, Pharm. Res 165
(2021), 105420.
[100] K.M. Maslowski, dkk., Regulasi respons inflamasi oleh mikrobiota usus dan
reseptor kemoatraktan GPR43, Nature 461 (2009) 1282-1286.
[101] N. Arpaia, dkk., Metabolit yang diproduksi oleh bakteri komensal
mendorong generasi sel T pengatur perifer, Nature 504 (2013) 451-
455.
[102] Y. Furusawa, dkk., Butirat yang diturunkan dari mikroba komensal
menginduksi diferensiasi sel T pengatur kolon, Nature 504 (2013) 446-
450.
[103] PV Chang, L. Hao, S. Offermanns, R. Medzhitov, Metabolit mikroba
butirat mengatur fungsi makrofag usus melalui penghambatan histone
deacetylase, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 111 (2014) 2247-2252.
[104] K.Y.C. Fung, L. Cosgrove, T. Lockett, R. Head, D.L. Topping, Sebuah
tinjauan mekanisme potensial untuk menurunkan onkogenesis kolorektal oleh
butirat, Br.
J. Nutr. 108 (2012) 820-831.
[105] Y. Cheng, Z. Ling, L. Li, Mikrobiota Usus dan Kanker Kolorektal, Front
Immunol. 11 (2020), 615056.
[106] Y. Tang, Y. Chen, H. Jiang, GT Robbins, D. Nie, Reseptor berpasangan
protein-G untuk asam lemak rantai pendek menekan kanker usus besar, Int J.
Cancer 128 (2011)
847-856.
[107] A.J. Brown, dkk., Reseptor berpasangan protein Orphan G GPR41 dan GPR43
diaktifkan oleh propionat dan asam karboksilat rantai pendek lainnya, J. Biol.
Chem. 278 (2003) 11312-11319.
[108] V. Ganapathy, M. Thangaraju, P.D. Prasad, P.M. Martin, N. Singh, 16
T. T. Plitt dan J.J. Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
Infeksi Sistemik oleh Bakteri Simbiotik dan Patogen, Imunitas 44 (2016) 647-658.
[109] N. Singh, dkk., Aktivasi Gpr109a, reseptor niasin dan metabolit butirat
komensal, menekan peradangan kolon dan karsinogenesis, Imunitas 40 (2014)
128-139.
[110] L.B. Bindels, dkk., Propionat yang diturunkan dari mikrobiota usus
mengurangi proliferasi sel kanker di hati, Br. J. Cancer 107 (2012) 1337-
1344.
[111] A. Belcheva, dkk., Metabolisme mikroba usus mendorong transformasi sel
epitel usus besar yang kekurangan MSH2, Cell 158 (2014) 288-299.
[112] R.E. Ley, P.J. Turnbaugh, S. Klein, J.I. Gordon, Ekologi mikroba: mikroba usus
manusia yang terkait dengan obesitas, Nature 444 (2006) 1022-1023.
[113] TM Loo, dkk., Mikrobiota Usus Mempromosikan Kanker Hati Terkait Obesitas
melalui Penekanan Kekebalan Antitumor yang Dimediasi oleh PGE (2), Cancer
Disco 7 (2017) 522-538.
[114] P. Marzullo, dkk., Titik terang pada mikrobiota pada obesitas dan kanker, Int J.
Obes. (Lond.) 45 (2021) 2291-2299.
[115] J. Park, TS Morley, M. Kim, DJ Clegg, PE Scherer, Obesitas dan kanker -
mekanisme yang mendasari perkembangan dan kekambuhan tumor, Nat. Rev
Endokrinol. 10 (2014) 455-465.
[116] R.W. O'Rourke, Obesitas dan kanker: di persimpangan metabolisme dan
proliferasi sel, Surg. Obes. Relat. Dis. 10 (2014) 1208-1219.
[117] G. Brandi, dkk., Mikrobiota, NASH, HCC dan peran potensial probiotik,
Karsinogenesis 38 (2017) 231-240.
[118] MF Gregor, GS Hotamisligil, Mekanisme inflamasi pada obesitas, Annu Rev
Immunol. 29 (2011) 415-445.
[119] R. Mirzaei, dkk., Peran asam lemak rantai pendek yang diturunkan dari
mikrobiota dalam perkembangan dan pencegahan kanker, Biomed. Pharm. 139
(2021), 111619.
[120] S. Yoshimoto, dkk., Metabolit mikroba usus yang diinduksi obesitas
mendorong kanker hati melalui sekresi penuaan, Nature 499 (2013) 97-101.
[121] V. Matson, CS Chervin, TF Gajewski, Kanker dan Mikrobioma-Pengaruh
Mikrobiota Komensal terhadap Kanker, Respons Imun, dan Imunoterapi,
Gastroenterologi 160 (2021) 600-613.
[122] C. Ma, dkk., Metabolisme asam empedu yang dimediasi mikrobioma usus
mengatur kanker hati melalui sel NKT, Science 360 (2018).
[123] S. Han, dkk., Pipa metabolomik untuk interogasi mekanistik mikrobioma usus,
Nature 595 (2021) 415-420.
[124] M. Wang, dkk., Strain putus sekolah mengungkapkan interaksi yang mengatur
hasil metabolisme mikrobioma usus, 2022.07.25, bioRxiv (2022), 501461,
https://doi. org/10.1101/2022.07.25.501461.
[125] A.C. Tolonen, dkk., Glikan sintetis mengontrol struktur mikrobioma usus dan
mengurangi kolitis pada tikus, Nat. Komun. 13 (2022) 1244.
[126] ML Patnode, dkk., Variasi fungsional tingkat strain pada mikrobiota usus manusia
berdasarkan pengikatan bakteri pada partikel makanan buatan, Cell Host Microbe
29 (664-673) (2021), e5.
[127] NA Pudlo, dkk., Diversifikasi Fenotipik dan Genomik pada Bakteri Usus
Manusia Pendegradasi Karbohidrat Kompleks, mSystems 7 (2022), e0094721.
[128] L.C.-H. Yu, Disbiosis mikrobiota dan disfungsi penghalang pada penyakit radang
usus dan kanker kolorektal: mengeksplorasi hipotesis dasar yang sama,
J. Biomed. Sci. 25 (2018) 79.
[129] M.A. Fischbach, Microbiome: fokus pada sebab-akibat dan mekanisme, Cell 174
(2018) 785-790.
[130] MC Andrews, dkk., Tanda tangan mikrobiota usus dikaitkan dengan toksisitas
terhadap gabungan blokade CTLA-4 dan PD-1, Nat. Med 27 (2021) 1432-1441.
[131] TK Pedersen, dkk., Respon sel T CD4 (+) terhadap transisi epitop turunan
komensal dari keadaan toleran ke inflamasi pada penyakit Crohn, Immunity
S1074-7613 (22) (2022) 00410-00411, https://doi.org/10.1016/j.
immuni.2022.08.016.
[132] M.E. Perez-Mun˜oz, P. Joglekar, Y.-J. Shen, K.Y. Chang, D.A. Peterson,
Identifikasi dan Filogeni Epitop Sel T Pertama yang Diidentifikasi dari Spesies
Bacteroides Usus Manusia, PLoS One 10 (2015), e0144382.
[133] Y. Yang, dkk., Spesifisitas terfokus sel TH17 usus terhadap antigen bakteri
komensal, Nature 510 (2014) 152-156.
[134] M. Xu, dkk., Sel T regulator yang bergantung pada c-MAF memediasi
toleransi imunologis terhadap patobiont usus, Nature 554 (2018) 373-377.
[135] E. Sefik, dkk., IMUNOLOGI MUKOSAL. Simbion usus individu menginduksi
populasi yang berbeda dari sel T pengatur RORγ+ , Science 349 (2015) 993-997.
[136] P.J.P.L. Teixeira, dkk., Modulasi spesifik sistem kekebalan akar oleh
komunitas bakteri komensal, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 118 (2021).
[137] Gardnerella vaginalis mengubah fungsi sel epitel serviksovaginal melalui
respons imun spesifik mikroba. vol. 10, 2022.
[138] T. Rollenske, dkk., Paralelisme IgA sekresi usus membentuk kebugaran
mikroba fungsional, Nature 598 (2021) 657-661.
[139] C. Yang, dkk., Kadar IgA tinja ditentukan oleh perbedaan tingkat strain pada
bacteroides ovatus dan dapat dimodifikasi dengan manipulasi mikrobiota usus,
Cell Host Microbe 27 (467-475) (2020), e6.
[140] DA Peterson, NP McNulty, JL Guruge, JI Gordon, Respon IgA terhadap bakteri
simbiotik sebagai mediator homeostasis usus, Cell Host Microbe 2 (2007) 328-
339.
[141] S. Hapfelmeier, dkk., Kolonisasi mikroba y a n g d a p a t dibalik pada tikus
bebas kuman mengungkapkan dinamika respons imun IgA, Science 328 (2010)
1705-1709.
[142] NW Palm, dkk., Lapisan imunoglobulin A mengidentifikasi bakteri kolitogenik
pada penyakit radang usus, Cell 158 (2014) 1000-1010.
[143] KL Alexander, dkk., Flagellin Mikrobiota Manusia Mendorong Respons Imun
Adaptif pada Penyakit Crohn, Gastroenterologi 161 (522-535) (2021), e6.
[144] JJ Bunker, A. Bendelac, Respons IgA terhadap Mikrobiota, Kekebalan 49
(2018) 211-224.
[145] M.Y. Zeng, dkk., Imunoglobulin G yang Diinduksi Mikrobiota Usus Mengontrol
10
T. T. Plitt
[146] MA dan J.J. dkk., Antibodi IgG dan IgA Ibu Meredam Pembantu T Mukosa,
Koch, Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
Faith
Respons Sel di Awal Kehidupan. Cell 165 (2016) 827-841.
[147] R. Ahmad, MF Sorrell, SK Batra, P. Dhawan, AB Singh, Permeabilitas usus dan
peradangan mukosa: buruk, baik atau tergantung pada konteks, Mucosal
Immunol. 10 (2017) 307-317.
[148] L.R. Lopez, J.-H. Ahn, T. Alves, JC Arthur, Faktor Lingkungan Mikro yang
Membentuk Metabolit Bakteri pada Penyakit Radang Usus, Front Cell Infect.
Microbiol 12 (2022), 934619.
[149] L. Robrahn, L. Jiao, T. Cramer, Integritas penghalang dan peradangan kronis
yang dimediasi oleh HIF-1 berdampak pada tumorigenesis usus, Cancer Lett.
490 (2020) 186-192.
[150] A. Piechota-Polanczyk, J. Fichna, Artikel ulasan: peran stres oksidatif dalam
patogenesis dan pengobatan penyakit radang usus, Naunyn Schmiede Arch.
Pharm. 387 (2014) 605-620.
[151] M.T. Abreu, R.M.J. Peek, Keganasan saluran cerna dan mikrobioma,
Gastroenterologi 146 (1534-1546) (2014), e3.
[152] RF Schwabe, C. Jobin, Mikrobioma dan kanker, Nat. Rev. Cancer 13 (2013)
800-812.
[153] JA DiDonato, F. Mercurio, M. Karin, NF-κB dan hubungan antara peradangan
dan kanker, Immunol. Rev. 246 (2012) 379-400.
[154] G. Zhang, R. Chen, JD Rudney, Streptococcus cristatus memodulasi respon
interleukin-8 epitel yang diinduksi oleh Fusobacterium nucleatum melalui jalur
faktor nuklir-kappa B, J. Periodontal Res 46 (2011) 558-567.
[155] MR Milward, dkk., Aktivasi diferensial NF-kappaB dan ekspresi gen dalam sel
epitel mulut oleh patogen periodontal, Clin. Exp. Immunol. 148 (2007) 307-324.
[156] E. Allen-Vercoe, J. Strauss, K. Chadee, Fusobacterium nucleatum: patogen usus
yang baru muncul? Mikroba Usus 2 (2011) 294-298.
[157] MR Rubinstein, dkk., Fusobacterium nucleatum mempromosikan
karsinogenesis kolorektal dengan memodulasi pensinyalan E-cadherin /
β-catenin melalui adhesin FadA-nya, Cell Host Microbe 14 (2013) 195-
206.
[158] SMN Udden, dkk., NOD2 Menekan Tumorigenesis Kolorektal melalui
Regulasi Jalur TLR, Cell Rep. 19 (2017) 2756-2770.
[159] MH Zaki, dkk., Reseptor NOD-like NLRP12 melemahkan peradangan usus
besar dan tumorigenesis, Cancer Cell 20 (2011) 649-660.
[160] I.C. Allen, dkk., Inflammasome NLRP3 berfungsi sebagai pengatur negatif
tumorigenesis selama kanker terkait kolitis, J. Exp. Med 207 (2010)
1045-1056.
[161] K.-M. Lin, dkk., IRAK-1 melewati priming dan secara langsung
menghubungkan TLR dengan aktivasi inflammasome NLRP3 yang cepat, Proc.
Natl. Acad. Sci. USA 111 (2014) 775-780.
[162] S.I. Grivennikov, dkk., Cacat penghalang yang terkait dengan adenoma dan
produk mikroba mendorong pertumbuhan tumor yang dimediasi oleh IL-23/IL-
17, Nature 491 (2012) 254-258.
[163] S. Wu, dkk., Komensal kolon manusia mendorong tumorigenesis usus besar
melalui aktivasi respons sel T helper tipe 17, Nat. Med 15 (2009) 1016-1022.
[164] E. Elinav, dkk., Kanker yang diinduksi oleh peradangan: hubungan silang
antara tumor, sel kekebalan, dan mikroorganisme, Nat. Rev. Cancer 13
(2013) 759-771.
[165] T. Irraz´abal, A. Belcheva, SE Girardin, A. Martin, DJ Philpott, Peran multifaset
mikrobiota usus dalam kanker usus besar, Mol. Cell 54 (2014) 309-320.
[166] A.E. Overacre-Delgoffe, dkk., Sel penolong folikel T spesifik mikrobiota
mendorong struktur limfoid tersier dan kekebalan anti tumor terhadap kanker
kolorektal, Imunitas 54 (2812-2824) (2021), e4.
[167] N. Li, S.I. Grivennikov, M. Karin, Trinitas yang tidak suci: peradangan, sitokin,
dan STAT3 membentuk lingkungan mikro kanker, Cancer Cell 19 (2011) 429-
431.
[168] R. Niehus, NM Oliveira, A. Li, A.G. Fletcher, KR Foster, Evolusi strategi
dalam perang bakteri melalui regulasi bakteriosin dan antibiotik, Elife 10
(2021).
[169] L.-S. Ma, A. Hachani, J.-S. Lin, A. Filloux, E.-M. Lai, Agrobacterium
tumefaciens menyebarkan superfamili efektor DNase sekresi tipe VI sebagai
senjata untuk kompetisi antarbakteri secara in planta, Cell Host Microbe 16
(2014) 94-104.
[170] J.E. Silpe, J.W.H. Wong, S.V. Owen, M. Baym, E.P. Balskus, Racun bakteri
colibactin memicu induksi profag, Nature 603 (2022) 315-320.
[171] J.-P. Nougayr`ede, dkk., Escherichia coli menginduksi pemutusan untai ganda
DNA pada sel eukariotik, Science 313 (2006) 848-851.
[172] J. Putze, dkk., Struktur genetik dan distribusi pulau genom colibactin di antara
anggota keluarga Enterobacteriaceae, Infect. Immun. 77 (2009) 4696-4703.
[173] E. Buc, dkk., Prevalensi tinggi E. coli terkait mukosa yang memproduksi
siklomodulin dan genotoksin pada kanker usus besar, PLoS One 8 (2013),
e56964.
[174] M. Prorok-Hamon, dkk., Mukosa kolon yang terkait dengan afaC+
Escherichia coli yang melekat secara difus yang mengekspresikan lpfA dan
pks meningkat pada penyakit radang usus dan kanker usus besar, Gut 63
(2014) 761-770.
[175] J.C. Arthur, dkk., Peradangan usus menargetkan aktivitas pemicu kanker dari
mikrobiota, Science 338 (2012) 120-123.
[176] J.C. Arthur, dkk., Analisis genom mikroba mengungkapkan peran penting
peradangan pada kanker kolorektal yang diinduksi oleh bakteri, Nat.
Commun. 5 (2014) 4724.
[177] L. Guerra, R. Guidi, T. Frisan, Apakah genotoksin bakteri berkontribusi pada
peradangan kronis, ketidakstabilan genom, dan perkembangan tumor? FEBS J.
278 (2011) 4577-4588.
[178] Z. He, dkk., Campylobacter jejuni mempromosikan tumorigenesis kolorektal
melalui aksi toksin sitolitik, Gut 68 (2019) 289-300.
[179] H. Tsoi, dkk., Peptostreptococcus anaerobius Menginduksi Biosintesis
Kolesterol Intraseluler pada Sel Usus Besar untuk Menginduksi Proliferasi dan
Menyebabkan Displasia pada Tikus, Gastroenterologi 152 (1419-1433) (2017),
e5. 10
T. T. Plitt dan J.J.
Faith
[180] X. Wang, dkk., Enterococcus faecalis menginduksi aneuploidi dan tetraploidi
pada sel epitel kolon melalui efek pengamat, Cancer Res 68 (2008) 9909-9917.
[181] C.M. Dejea, dkk., Pasien dengan poliposis adenomatosa familial memiliki
biofilm kolon yang mengandung bakteri tumorigenik, Science 359 (2018) 592-
597.
[182] L. Chung, dkk., Toksin Bacteroides fragilis mengoordinasikan kaskade inflamasi
pro-karsinogenik melalui penargetan sel epitel usus besar, Cell Host Microbe 23
(203-214) (2018), e5.
[183] B.C. Nelson, dkk., Metrologi yang sedang berkembang untuk
genotoksikologi nanomaterial throughput tinggi, Mutagenesis 32 (2017)
215-232.
[184] S. Dubbert, B. Klinkert, M. Schimiczek, T.M. Wassenaar, R. Bünau, von. Tidak
Ada Genotoksisitas yang Terdeteksi untuk Escherichia coli Strain Nissle 1917
dengan Tes Standar In Vitro dan In Vivo. Eur, J. Microbiol Immunol. (Bp) 10
(2020) 11-19.
[185] JJ Mousa, dkk., Pengangkutan MATE dari genotoksin colibactin yang diturunkan
dari E. coli, Nat. Microbiol 1 (2016) 15009.
[186] T. Irrazabal, dkk., Membatasi kerusakan DNA oksidatif mengurangi kanker
kolorektal terkait kolitis yang diinduksi mikroba, Nat. Komun. 11 (2020) 1802.
[187] V. Graillot, dkk., Genotoksisitas Cytolethal Distending Toxin (CDT) pada Garis
Sel Kolorektal Manusia Isogenik: Efek Promosi Potensial untuk Karsinogenesis
Kolorektal, Infeksi Sel Depan. Microbiol 6 (2016) 34.
[188] Cao, Y. dkk. Mikrobiota komensal dari pasien dengan penyakit radang usus
menghasilkan metabolit genotoksik. Science 378, eabm3233 (2022).
[189] O. Silva-García, JJ Valdez-Alarco´n, VM Baizabal-Aguirre, Pensinyalan Wnt /
β-Catenin sebagai Target Molekuler oleh Bakteri Patogen, Imunol Depan. 10
(2019) 2135.
[190] MR Rogan, LL Patterson, JY Wang, JW McBride, Manipulasi Bakteri dari
Pensinyalan Wnt: Tarik-menarik Inang-Patogen Wnt, Imunol Depan. 10 (2019)
2390.
[191] S. Alzahrani, dkk., Pengaruh Helicobacter pylori pada sel epitel lambung, World
J. Gastroenterol. 20 (2014) 12767-12780.
[192] M. Hatakeyama, Struktur dan fungsi Helicobacter pylori CagA, protein bakteri
yang diidentifikasi pertama kali yang terlibat dalam kanker manusia, Proc. Jpn
Acad. Ser. B Phys. Biol. Sci. 93 (2017) 196-219.
[193] L.F. Jim´enez-Soto, R. Haas, Toksin CagA dari Helicobacter pylori: produksi
yang melimpah tetapi jumlah yang ditranslokasi relatif rendah, Sci. Rep. 6
(2016) 23227.
[194] A.D. Kostic, dkk., Fusobacterium nucleatum mempotensiasi tumorigenesis usus
dan memodulasi lingkungan mikro imun tumor, Cell Host Microbe 14 (2013) 207-
215.
11
Seminar Imunologi 66 (2023) 101735
[195] A.D. Kostic, dkk., Analisis genomik mengidentifikasi hubungan Fusobacterium
dengan karsinoma kolorektal, Genome Res 22 (2012) 292-298.
[196] M. Castellarin, dkk., Infeksi Fusobacterium nucleatum lazim terjadi pada
karsinoma kolorektal manusia, Genome Res 22 (2012) 299-306.
[197] CL Enterotoxigenic Sears, Bacteroides fragilis: a rogue among symbiotes
(Bakteri jahat di antara simbiotik), Clin. Microbiol Rev. 22, 349-369, Daftar Isi
(2009).
[198] S. Wu, K.-J. Rhee, M. Zhang, A. Franco, CL Sears, Toksin Bacteroides fragilis
menstimulasi pelepasan sel epitel usus dan pembelahan E-kadherin yang
bergantung pada gamma-sekretase, J. Cell Sci. 120 (2007) 1944-1952.
[199] A. Boleij, dkk., Gen toksin Bacteroides fragilis lazim ditemukan pada mukosa
usus besar pasien kanker kolorektal, Clin. Infect. Dis. 60 (2015) 208-215.
[200] S. Wu, PJ Morin, D. Maouyo, CL Sears, Enterotoksin Bacteroides fragilis
menginduksi ekspresi c-Myc dan proliferasi sel, Gastroenterologi 124 (2003)
392-400.
[201] U. Dutta, P.K. Garg, R. Kumar, R.K. Tandon, Pembawa tifus di antara pasien
dengan batu empedu berisiko tinggi terkena karsinoma kantung empedu, Am. J.
Gastroenterol. 95 (2000) 784-787.
[202] E.C. Lazcano-Ponce, dkk., Epidemiologi dan patologi molekuler kanker kandung
empedu, CA Cancer J. Clin. 51 (2001) 349-364.
[203] F. de la Gala Sa´nchez, JJ Jorge Go´mez, P. García M´endez, M. Gonz´alez Estecha,
[Ferritin and iron deficiency anemias], Med Interna 6 (1989) 133-136.
[204] R. Lu, dkk., Keberadaan Salmonella AvrA pada tumor kolorektal dan lesi
prekursornya pada usus tikus dan spesimen manusia, Oncotarget 8 (2017)
55104-55115.
[205] J.H. Sellin, S. Umar, J. Xiao, A.P. Morris, Peningkatan ekspresi beta-catenin
dan translokasi nuklir menyertai hiperproliferasi seluler in vivo, Cancer Res 61
(2001) 2899-2906.
[206] JV Newman, T. Kosaka, BJ Sheppard, JG Fox, DB Schauer, Infeksi bakteri
mempromosikan tumorigenesis usus besar pada tikus Apc (Min / +), J. Infect.
Dis. 184 (2001) 227-230.
[207] B. Udayasuryan, dkk., Fusobacterium nucleatum menginduksi proliferasi dan
migrasi pada sel kanker pankreas melalui pensinyalan autokrin dan parakrin
inang, Sci. Signal 15 (2022).
[208] G.F. Gao, dkk., Sebelum dan Sesudah: Perbandingan Data TCGA Genomik Data
Commons yang Lama dan yang Diselaraskan, Cell Syst. 9 (24-34) (2019), e10.
[209] ImmGen pada usia 15 tahun. Nat Immunol 21, 700-703, 2020.