“UAS MIKROBIOLOGI”

APLIKASI MODERN GENETIKA MIKROBA

Dosen Pengampu : Nuruh Hidayah, M.Pd

Disusun Sebagai Salah Satu Tugas Terstruktur yang Diwajibakan Dalam Mengikuti Perkuliahan
Mikrobiologi

Disusun Oleh :

Pricillia Humaira (0310193125)

Tadris Biologi 4 Semester VI

Nomor Absen 14

PROOGRAM STUDI TADRIS BIOLOGI

FAKULTAS ILMU TARBIYAH DAN KEGURUAN
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI SUMATERA UTARA
2022

i
 1.1. Mikroba Dan Alat Rekayasa Genetika
a. Pengertian Mikrobiologi
Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari tentang mikroba, jasad renik.
Mikrobiologi adalah salah satu cabang ilmu dari biologi, dan memerlukan ilmu pendukung
kimia, fisika dan biokimia. Mirobiologi sering disebut ilmu praktek dari biokimia. Dalam
mikrobiologi diberikan pengertian dasar tentang sejarah penemuan mikroba, macam-macam
mikroba di alam, struktur sel mikroba dan fungsinya, metabolisme mikroba secara umum,
pertumbuhan mikroba dan faktor lingkungan, mikrobiologi terapan di bidang lingkungan
dan pertanian.
b. Sejarah Perkembangan Mikrobiologi
Awal perkembangan ilmu mikrobiologi dimulai sejak ditemukan mikroskop. Dunia
jasad renik baru ditemukan 300 tahun yang lalu. Penemu mikroskop pertama adalah Antony
Van Leeuwenhoek (1632-1732), dia adalah seorang mahasiswa ilmu pengetahuan alam
berkebangsaan Belanda yang memiliki hobi mengasah lensa. Mikroskop Leewenhoek
mempunyai pembesaran hingga 300 kali. Dia menyebutkan adanya “animalculus” sebuah
makhluk asing dari air yang dilihat dengan mikroskop buatannya. Kemudian penemuan
Leeuwenhoek disampaikan kepada “ royal society” di Inggris antara tahun (1674-1683) ia
melaporkan hal-hal yang diamatinya kepada lembaga tersebut. Robert Hooke (1635-1703)
sebgai salah seorang anggota “ Royal Society”, menyatakan bahwa penemuan Leeuwehoek
dalam mikroskop buatannya adalah protozoa, spora, jamur, dan sel tumbuhan.
Beberapa pendapat tentang asal usul mikroba, Aristoteles berpendapat, bahwa
makhluk-makhluk kecil itu terjadi begitu saja dari benda yang mati. Hal ini sependapat
dengan Needham (1745-1750) mengadakan eksperimen dengan rebusan padi-padian,
daging, dll. Hasil eksperimen bahwa meskipun air rebusan disimpan rapat-rapat dalam botol
tertutup namun tetap timbul mikroorganisme. Berdasarkan ekeperimen tersebut muncullah
teori “abiogenesis” (a: tidak, bios: hidup, genesis: kejadian); artinya kehidupan baru timbul
dari benda mati atau mikroba tersebut timbul dengan sendirinya dari benda-benda mati.
Teori “abiogenesis” disebut juga dengan teori generatio spontania (makhluk-makhluk baru
terjadi begitu saja). Beberapa ahli yang menolak teori abiogenesis diantaranya Spallanzani
(1729-1799), melakukan eksperimen dengan merebus air daging tersebut ditutupnya rapat-
rapat dalam botol, hasilnya tidak diperoleh mikroorganisme baru. Eksperimen Spallanzani
dilanjutkan oleh Schulze pada tahun 1836 melalui eksperimen dengan mengalirkan udara
lewat pipa yang dipanasi, kemudian hasilnya tidak diperoleh mikroorganisme.
c. Ciri Umum Mikroba
ii
 Mikroba di adlam secara umum berperan sebagai produsen, konsumen, maupun
redusen. Jasad produsen menghasilkan bahan organik dari bahan anorganik dengan energi
sinar matahari. Mikroba yang berperan sebagai produsen adalah algae dan bakteri
fotosintetik. Jasad konsumen menggunakan bahan organik yang dihasilkan oleh produsen.
Contoh mikroba konsumen adalah protozoa. Jasad redusen menguraikan bahan organik dan
sisa-sisa jasad hidup yang mati menjadi unsur-unsur kimia (mineralisasi bahan organik),
sehingga di alam terjadi siklus unsur-unsur kimia. Contoh mikroba redusen adalah bakteri
dan jamur (fungi). Sel mikroba yang ukurannya sangat kecil ini merupakan satuan struktur
biologi. Banyak mikroba yang terdiri dari satu sel saja (uniseluler), sehingga semua tugas
kehidupannya dibebankan pada sel itu. Mikroba ada yang mempunyai banyak sel
(multiseluler). Pada jasad multiseluler umumnya sudah terdapat pembagian tugas diantara
sel atau kelompok selnya, walaupun organisasi selnya belum sempurna.
Setelah ditemukan mikroskop elektron, dapat dilihat struktur halus di dalam sel
hidup, sehingga diketahui menurut perkembangan selnya terdapat dua tipe jasad, yaitu:
1) Prokariota (jasad prokariotik/ primitif), yaitu jasad yang perkembangan selnya belum
sempurna.
2) Eukariota (jasad eukariotik), yaitu jasad yang perkembangan selnya telah sempurna.
Selain yang bersifat seluler, ada mikroba yang bersifat nonseluler, yaitu virus. Virus
adalah jasad hidup yang bersifat parasit obligat, berukuran super kecil atau submikroskopik.
Virus hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron. Struktur virus terutama terdiri dari
bahan genetik. Virus bukan berbentuk sel dan tidak dapat membentuk energi sendiri serta
tidak dapat berbiak tanpa menggunakan jasad hidup lain.

Alat Rekayasa Genetika

Polymerase Chain Reaction atau yang disingkat dengan PCR merupakan alat yang
berfungsi untuk mengetahui genetika (gen), kelainan metabolik, penyakit bawaan, hingga
mendeteksi penyebaran virus. Teknik PCR yang pertama kali ditemukan oleh Karl B. Mullis
pada tahun 1985 menjadi populer di kalangan ilmuwan yakni dengan pengembangan DNA
yang dapat disintesiskan secara cepat.

Karl B. Mullis lahir di Carolina Utara Amerika Serikat 28 Desember 1944 tinggal di
areal peternakan. Anak dari pasangan Cecil Bank Mullis dan Bernice Alberta Barker
menamatkan sarjana kimia di Georgia Tech dan melanjutkan studi doktoralnya pada
Universitas Carolina.

iii
 Metode Mullis sederhana, tetapi sangat efektif. Langkah pertama dilakukan dengan
memanaskan sampel DNA berserat ganda pada temperatur mendekati titik didih untuk
mendapatkan dua helai DNA berserat tunggal. Kemudian menambahkan dua rangkaian
pendek DNA yang terikat pada ujung komplementer masing-masing helaian.
Selanjutnya adalah menambahkan nukleotida bebas dan enzim polimerase (suatu
protein yang dapat mempercepat sebuah reaksi kimia), dan kemudian bergabung dengan
nukleotida target. Singkatnya, teknik PCR memungkinkan kerja polimerase-DNA dapat
diarahkan untuk sintesis wilayah DNA tertentu. Berikutnya dengan mudah membuat salinan
dari rangkaian DNA yang diinginkan dengan melakukan proses tersebut berulang-ulang.
Proses ini memungkinkan para peneliti untuk membuat berjuta-juta salinan DNA hanya
dalam waktu beberapa jam.
Dengan memahami hal tersebut para ilmuwan berharap dapat mengetahui penyebab
penyakit atau kelainan genetika dan bagaimana cara mengatasinya. Di bidang pendidikan,
Fakultas Peternakan Unpad dalam rangka meningkatkan mutu layanan akademiknya kepada
mahasiswa telah memiliki alat (PCR) ini. Menurut teknisi Laboratorium Reproduksi Ternak
Fakultas Peternakan Unpad Kikin Winangun, sumber sampel yang diteliti dapat berupa
darah dan materi lainnya.
“Sampel yang digunakan dilakukan beberapa kali pengulangan melalui PCR untuk
mencapai rantai polimer. Disesuaikan dengan kebutuhan” kata Kikin. Teorinya jika reaksi
pelipatgandaan seratus persen, dalam putaran ke-30 siklus rantai PCR dapat menghasilkan
sebanyak kurang lebih satu milyar molekul DNA target. Reaksi ini sangat detail sehingga
dapat mendeteksi kontaminasi virus dalam sampel yang diteliti.
Genetika adalah kata yang dipinjam dari bahasa Belanda:genetica, adaptasidari
bahasa Inggris: genetics, dibentuk dari kata bahasa Yunani genno, yangberarti
"melahirkan". Genetika merupakan cabang biologi yang mempelajaripewarisan sifat
pada organisme maupun suborganisme (seperti virus dan prion).Maka, dapat juga dikatakan
bahwa genetika adalah ilmu tentang gen dan segalaaspeknya.Bidang kajian genetika dimulai
dari wilayah subselular (molekular) hinggapopulasi. Dan secara lebih rinci, genetika
berusaha menjelaskan tentang :• material pembawa informasi untuk diwariskan (bahan
genetik),• bagaimana informasi itu diekspresikan (ekspresi genetik), dan• bagaimana
informasi itu dipindahkan dari satu individu ke individu yang lain(pewarisan
genetik)Rekayasa atau biasa juga disebut dengan teknik adalah penerapan ilmu danteknologi
untuk menyelesaikan permasalahan manusia. Hal ini diselesaikan lewatpengetahuan,
ataupun pengalaman dari trial dan error. Dan rekayasa jugamengalami

iv
perkembangan layaknya lomba lari estapet yang meneruskanteknologi generasi
sebelumnya.
Maka, Rekayasa genetika dalam arti luas adalah teknologi dalampenerapan
genetika untuk membantu masalah dan kepentingan apapun darimanusia. Dengan
segala pengetahuan dan pengalaman dari trial dan error tersebutmanusia dapat
mengembangkan produk-produk yang bermanfaat bagi manusia itusendiri.Teknologi
Rekayasa Genetika merupakan inti dari bioteknologididifinisikan sebagai teknik in-
vitro asam nukleat, termasuk DNA rekombinan daninjeksi langsung DNA ke dalam sel atau
organel; atau fusi sel di luar keluargataksonomi; yang dapat menembus rintangan reproduksi
dan rekombinasi alami,dan bukan teknik yang digunakan dalam pemuliaan dan seleksi
tradisional.Prinsip dasar teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi
ataumelakukan perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkangen baru
ke dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan danorganisme penerima
dapat berasal dari organisme apa saja. Misalnya, gen daribakteri bisa diselipkan di
kromosom tanaman, sebaliknya gen tanaman dapatdiselipkan pada kromosom bakteri.
Gen serangga dapat diselipkan pada tanamanatau gen dari babi dapat diselipkan pada
bakteri, atau bahkan gen dari manusiadapat diselipkan pada kromosom bakteri.

Tujuan Rekayasa Genetika

Rekayasa genetika pada tanaman mempunyai target dan tujuan antara lainuntuk
peningkatan produksi, peningkatan mutu produk agar tahan lama dalampenyimpanan
pascapanen, peningkatan kandungan gizi, tahan terhadap seranganhama dan penyakit
tertentu (serangga, bakteri, jamur, atau virus), tahan terhadapherbisida, sterilitas dan
fertilitas serangga jantan (untuk produksi benih hibrida),toleransi terhadap pendinginan,
penundaan kematangan buah, kualitas aroma dannutrisi, serta perubahan
pigmentasi.Rekayasa Genetika pada mikroba bertujuan untuk
meningkatkanefektivitas kerja mikroba tersebut (misalnya mikroba untuk fermentasi,
pengikatnitrogen udara, meningkatkan kesuburan tanah, mempercepat proses kompos
danpembuatan makanan ternak, mikroba prebiotik untuk makanan olahan), dan
untukmenghasilkan bahan obat-obatan dan kosmetika.

1.2. Visualisasi Dan Karakterisasi DNA, RNA, Dan Protein

a. Definisi Visualisasi
Menurut (Card, Mackinlay Shneiderman, 1998) definisi viusalisasi adalah
menggunakan teknologi komputer sebagai pendukung untuk melakukan penggambaran data
v
visual yang interaktif untuk memperkuat pengamatan. Sedangkan menurut (Mc Cormick,
1987) definisi visualisasi adalah metode penggunakan komputer untuk mentransformasikan
simbol menjadi geometrik dan memungkinkan peneliti dalam hal mengamati sumulasi
komputasi yang dapat memperkaya proses penemuan ilmiah sehingga dapat
mengembangkan pemahaman yang lebih dalam dan tak terduga.
Berdasarkan definisi diatas dapat disimpulakan bahwa visualisasi adalah suatu teknik
penggunaan komputer untuk menemukan metode terbaik dalam menampilkan data. Dengan
menggunakan visualisasi, data yang ditampilkan dapat mempermudah peneliti untuk melihat
data yang sulit dilihat dengan pemikiran sehingga peneliti bisa mengamati simulasi dan
komputasi, juga memperkaya proses penemuan ilmiah dan mengembangkan pemahaman
yang lebih dalam dan tak diduka, salah satu contohnya adalah dengan menampilkan data
atau informasi dalam bentuk gambar, contoh : grafik, struktur tree, pola, warna.
b. Tujuan Visualisasi
1. Mengeksplor
Kegiatan eksplor dapat disebut juga penjelajahan atau pencarian, adalah tindakan
mencari atau melakukan penjelajahan dengan tujuan menemukan sesuatu yang baru.
2. Menghitung
Menghitung adalah kegiatan yang bertujuan untuk mendapat gambaran tentang
dimensi/bentuk suatu objek.
3. Menyampaikan
Data mentah yang diolah lalu ditampilan dalam bentuk seperti grafik merupakan
bentuk penyampaian dengan cara pendekatan visual yang mana dapat membuat orang yang
melihat gambar tersebut dapat dengan mudah menyimpulkan arti dalam gambar tersebut
karena secara umum data yang diolah dalam bentuk grafik lebih mudah dipahami karena
sifatnya yang tidak berbelitbelit melainkan langsung kepada point yang dituju.
c. Karakterisasi DNA, RNA, Dan Protein
1. DNA
DNA (Deoxyribonucleic Acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) yaitu
sejenis biomolekul yang menyimpan instruksi – instruksi genetik setiap organisme
dan banyak jenis virus berupa asam nukleat yang didalamnya ada sel makhluk
hidup.Sedangkan RNA (Ribonucleic Acid) atau asam ribonukleat yaitu molekul
polimer yang terlibat dalam berbagai peran biologis dalam dekode, mengkode,
regulasi, dan ekspresi gen
Struktur DNA

vi
 DNA merupakan materi genetik yang terdapat pada semua sel makhluk hidup
dan kebanyakan virus.DNA membawa informasi yang diperlukan untuk sintesis
protein dan replikasi.
Struktur DNA rantai helix ganda (double helix).Setiap rantai adalah
polinukleotida, dan terdiri atas nukleotida, masing-masing dari nukleotida tersusun
atas tiga unit yaitu gula, basa dan fosfat.Di dalam nukleotida terdapat nukleosida,
yakni gula yang berpasangan dengan basa. Setiap nukleotida dalam polinukleotida
dihubungkan dengan ikatan kimia yang sama (ikatan basa). Struktur nukleotida
terdiri dari.
 Satu molekul gula
Ada dua macam gula, yaitu ribosa (pentosa) dan dioxiribosa (aldopentosa)
 Pasangan basa
Pasangan basa terdiri dari dua macam yaitu basa purin dan pirimidin. Purin terdiri
atas adenine (A) dan guanine (G) dengan ikatan tunggal hydrogen. Sedangkan,
pirimidin terdiri atas sitosinin (S) dan timin (T). Pasangan basa dihubungkan dengan
ikatan hidrogen, purin berpasangan dengan primidin (A-T dengan dua ikatan
hydrogen) sedangkan (G-S dengan tiga ikatan hidrogen).
 Fosfat
Fosfat yang dihubungkan dengan gula pentosa membentuk sebuah ikatan yang
disebut ikatan fosfodiester
DNA memiliki struktur seperti rantai, dengan rantai helix ganda (double helix) yang
memilin yang dapat bereplikasi sendiri. Selain itu, terdapat karakteristik DNA yang lain
diantaranya
 Besar ukuran pada sel haploid mencapai 3x 10 9 pasangan basa
 Satu kromosom panjangnya ± 7 cm
 Rantainya dapat terpisah (denaturasi karena alkali dan suhu panas)
Denaturasi dapat terjadi saat DNA berada dalam kondisi panas mendekati 1000
celcius maka akan terpisah, terlebih DNA dengan pasangan basa A-T yang hanya memilki
dua ikatan hidrogen, karena pasangan basa G-C memliki 3 pasangan hydrogen akan lebih
tahan terhadap panas. Dan dapat mengalami Renaturasi saat kembali dalam kondisi semua
(suhu turun), dengan RNA yang utuh bertemu kembali dengna pasangannya yang sesuai.

Berfungsi sebagai materi genetik (pembawa sifat)

DNA sebagai materi genetik, berfungsi dalam pengekspresian gen,DNA mengatur
segala aktivitas sel,dan mampu membentuk cetakan-cetakan protein yang dibutuhkan oleh
vii
sel. Bereplikasi/menggandakan diri menjadi dua dengan komposisi yang samaberfungsi
dalam sintesis protein
2. RNA
RNA merupakan makromolekul, yang berfungsi sebagai penyimpan dan penyalur
informasi genetik yang hanya terdapat pada virus tertentu. RNA merupakan rantai tunggal
polinukleotida atau disebut juga single helix. Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus
molekul yaitu 5 karbon, basa nitrogen dan gugus fosfat. Berbeda dengan DNA, pasangan
basa pirimidin RNA terdiri dari sitosin (S) dan urasil (U). Pasangan basa purin terdiri dari
adenin (A) dan timin (T).
RNA adalah singkatan ribonukleat acid yang merupakan salah satu materi genetik
yang terdiri dari nukleotida. Dalam tubuh manusia RNA berperan sebagai pembawa
informasi genetik dan menerjemahkannya dalam sintesis berbgai macam protein.
Macam-Macam RNA
Seperti DNA, RNA juga terbagi menjadi beberapa macam, yaitu RNA transfer atau
tRNA, RNA ribosom rRNA, dan pembawa pesan atau Mrna
Struktur RNA
RNA biasanya adalah biopolimer beruntai tunggal. Namun, kehadiran sekuens
pelengkap diri dalam untai RNA menyebabkan pasangan basa intrachain dan pelipatan
rantai ribonukleotida menjadi bentuk struktural kompleks yang terdiri dari tonjolan dan
heliks. Struktur tiga dimensi RNA sangat penting untuk stabilitas dan fungsinya,
memungkinkan gula ribosa dan basa nitrogen dimodifikasi dengan berbagai cara oleh enzim
seluler yang mengikat gugus kimia (misalnya, gugus metil ) ke rantai. Modifikasi tersebut
memungkinkan pembentukan ikatan kimiaantara daerah yang jauh di untai RNA, yang
mengarah ke liuk kompleks dalam rantai RNA, yang selanjutnya menstabilkan struktur
RNA. Molekul dengan modifikasi struktural dan stabilisasi yang lemah dapat dengan mudah
dihancurkan. Sebagai contoh, dalam molekul inisiator transfer RNA (tRNA) yang tidak
memiliki gugus metil (tRNA i Met ), modifikasi pada posisi 58 dari rantai tRNA membuat
molekul tidak stabil dan karenanya tidak berfungsi; rantai nonfungsional dihancurkan oleh
mekanisme kontrol kualitas tRNA seluler.
RNA juga dapat membentuk kompleks dengan molekul yang dikenal
sebagairibonukleoprotein (RNP). Bagian RNA dari setidaknya satu RNP seluler telah
terbukti bertindak sebagai katalis biologis , fungsi yang sebelumnya hanya dianggap berasal
dari protein.
3. Protein

viii
 Kata protein berasal dari bahasa Yunani proteios yang berarti "barisan pertama". Kata
yang diciptakan oleh Jons J. Barzelius pada tahun 1938 untuk menekankan pentingnya
golongan ini. Struktur protein merupakan sebuah struktur biomolekuler dari suatu molekul
protein. Setiap protein, khususnya polipeptida merupakan suatu polimer yang merupakan
urutan yang terbentuk dari berbagai asam L-α-amino (urutan ini juga disebut sebagai residu).
Perjanjiannya, suatu rantai yang panjangnya kurang dari 40 residu disebut sebagai sebagai
polipeptida, bukan sebagai protein.
Protein memegang peranan penting dalam hampir semua proses biologi. Protein
merupakan komponen penting atau komponen utama sel hewan atau manusia. Oleh karena
sel itu merupakan pembentuk tubuh kita, maka protein yang terdapat dalam makanan
berfungsi sebagai zat utama dalam pembentukan dan pertumbuhan tubuh. Untuk dapat
melakukan fungsi biologis, protein melipat ke dalam satu atau lebih konformasi spasial yang
spesifik, didorong oleh sejumlah interaksi non-kovalen seperti ikatan hidrogen, interaksi
ionik, gaya van der Waals, dan sistem kemasan hidrofobik. Struktur tiga dimensi perotein
sangat diperlukan untuk memahami fungsi protein pada tingkat molekul.
Struktur protein bervariasi dalam hal ukuran, dari puluhan hingga ribuan residu. Protein
diklasifikasikan berdasarkan ukuran fisik mereka sebagai nanopartikel (1-100 nm). Sebuah
protein dapat mengalami perubahan struktural reversibel dalam menjalankan fungsi
biologisnya. Struktur alternatif protein yang sama disebut sebagai konformasi.

Gambar Struktur Protein

STRUKTUR PROTEIN PRIMER, SEKUNDER DAN TERSIER

Pada pembahasan arsitektur protein digunakan pembagian empat tingkatan struktur.
Struktur primer adalah urutan asam amino. Struktur sekunder berhubungan dengan
pengaturan kedudukan ruang residu asam amino yang berdekatan dalam urutan linier.
Pengaturan sterik ini memberi struktur periodik. Heliks- α dan untai-  menunjukkan
struktur sekunder. Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino
ix
yang berjauhan dalam urutan linier dan pola ikatan-ikatan sulfida. Perbedaan antara struktur
sekunder dan struktur tersier tidaklah terlalu jelas. Di samping itu dikenal juga adanya
struktur kuarterner dan struktur supersekunder yang akan dibahas sekilas di bagian ini.
1. Struktur Primer
Pada tahun 1953, Frederick Sanger menentukan urutan asam amino insulin, suatu
hormon protein. Hal ini merupakan peristiwa penting karena pertama kali memperlihatkan
dengan tegas bahwa protein mempunyai urutan asam amino yang tertentu yang tepat. Urutan
asam amino inilah yang kemudian dikenal sebagai struktur primer. Selain itu juga
diperlihatkan bahwa insulin terdiri dari hanya asam amino L yang saling berhubungan
melalui ikatan peptida antara gugus amino- α dan gugus karboksil- α prestasi ini merangsang
peneliti lain untuk mempelajari urutan asam amino berbagai protein. Saat ini telah diketahui
urutan asam amino yang lengkap lebih dari 10.000 protein. Fakta yang menyolok
menyatakan bahwa tiap protein mempunyai urutan asam amino yang khas dengan urutan
yang sangat tepat
2. Struktur Sekunder
Dapatkah suatu rantai polipeptida berlipat membentuk struktur reguler yang berulang?
Untuk menjawab pertanyaan ini, Pauling dan Corey mempelajari berbagai kemungkinan
konformasi polipeptida dengan membuat model-model molekul. Mereka sangat mentaati
hasil pengamatan sudut ikatan dan jarak pada asam amino dan peptida kecil. Pada tahun
1951, mereka mengemukakan dua struktur polipeptida yang disebut heliks α dan lembar
berlipat β . Struktur ini berhubungan dengan pengaturan kedudukan ruang residu asam
amino dalam urutan linier. Heliks α merupakan struktur berbentuk batang. Rantai
polipeptida utama yang bergelung membentuk bagian dalam batang dan rantai samping
mengarah ke luar dari heliks.
3. Struktur Tersier
Struktur tersier menggambarkan pengaturan ruang residu asam amino yang berjauhan
dalam urutan linier dan pola ikatan-ikatan disulfida. Perbedaan antara struktur sekunder dan
tersier tidaklah terlalu jelas (lihat Gambar 2.15). Kolagen memperlihatkan tipe khusus suatu
heliks dan merupakan protein yang paling banyak ditemukan pada mamalia. Kolagen
merupakan komponen serat utama dalam kulit, tulang, tendon, tulang rawan dan gigi.
Protein ekstrasel ini mengandung tiga rantai polipeptida berbentuk heliks, yang masing-
masing sepanjang hampir 1000 residu. Urutan asam amino dalam kolagen sangat beraturan:
tiap residu ketiga hampir selalu glisin. Dibanding dengan protein lain kandungan prolin
dalam kolagen juga tinggi. Selanjutnya, kolagen mengandung 4-hidroksiprolin yang jarang

x
ditemukan dalam protein lain. Urutan glisin-prolin-hidroksiprolin (Gly-ProHyp) sering kali
dijumpai.
1.3. Metode Genom Utuh Dan Aplikasi Farmasi Rekayasa Genetika
Ilmu biologi molekular yang berkembang sangat pesat belakangan ini telah memicu
manusia dalam memaksimalkan potensi bioteknologi untuk pemenuhan kebutuhan manusia
baik secara keilmuan maupun praktikal, salah satunya adalah dengan pemanfaatan teknologi
rekayasa genetik. Rekayasa genetik adalah pemanfaatan informasi genomik dengan
menggunakan teknologi DNA. Rekayasa genetik meliputi introduksi DNA asing ke dalam
organisme yang menjadi target untuk menghasilkan sifat-sifat tertentu yang diharapkan.
Pemanfaatan teknologi rekayasa genetik telah diaplikasikan pada banyak bidang untuk
memenuhi dan menyokong kebutuhan manusia. Pemanfaatan teknologi rekayasa genetik ini
tentu tidak lepas dari adanya masalah-masalah dalam pemenuhan kebutuhan manusia yang
melatarbelakangi pengembangan aplikasi rekayasa genetik sebagai usaha untuk mengatasi
permasalahan-permasalahan yang ada. Dengan berkembangnya ilmu pengetahuan dan
teknologi yang mendasari teknik rekayasa genetik, maka aplikasi dan produk hasil rekayasa
genetik juga turut berkembang dengan pesat. Dalam tulisan ini akan dijelaskan aplikasi dan
produk hasil rekayasa genetik dalam bidang industri, agrikultur, dan kesehatan.
a. Bidang Industri
Teknologi rekayasa genetika dalam bidang industri lebih banyak diaplikasikan
dalam industri farmasi untuk menciptakan banyak produk farmasi yang sebagian besar
merupakan protein. Protein tertentu yang pada kondisi alaminya hanya dapat diproduksi
dalam jumlah sedikit atau hanya dapat diproduksi oleh organisme tertentu dapat dihasilkan
dalam jumlah banyak dan cepat dengan cara mentransfer gen tertentu ke mikrobia seperti
bakteri, virus, fungi, dan jenis sel lainnya yang dapat dikultur. Keuntungan penggunaan
mikrobia sebagai penghasil produk dalam industri yaitu mikrobia dapat dikulturkan dengan
cepat dalam lahan kecil untuk menghasilkan produk dalam jumlah banyak dan waktu yang
singkat.
b. Hormon dan protein terapis
Produksi hormon-hormon terapis melalui mikrobia mulai dikembangkan karena
adanya berbagai masalah kesehatan, khususnya berkembangnya penyakit-penyakit
degeneratif, baik yang merupakan penyakit genetis atau bukan. Salah satu penyakit yang
banyak diderita masyarakat modern adalah diabetes tipe I, yaitu penyakit dimana tubuh tidak
dapat mensintesis hormon insulin dalam jumlah cukup untuk pengaturan kadar gula darah.
Karena ketidakmampuan tubuh untuk mensintesis, maka satu-satunya cara pengobatan

xi
adalah dengan menginjeksikan sumber insulin dari luar tubuh, yaitu menggunakan insulin
dari ternak seperti babi ataupun dari cadaver.
Mikrobia yang digunakan untuk mensintesis insulin manusia adalah Escherichia coli.
Pertama-tama gen pada manusia yang mengkode insulin dan kloning vektor pUC19
dipotong menggunakan enzim restriksi SalI menghasilkan sticky ends pada daerah gen LacZ
pada plasmid. Kemudian fragmen DNA yang membawa gen insulin dan vektor
disambungkan menggunakan enzim ligase, menghasilkan sejumlah plasmid rekombinan dan
juga plasmid yang gagal terekombinasi. Plasmid kemudian diintegrasikan kedalam sel E.
coli melalui proses transformasi dan kemudian dikulturkan. Proses seleksi transforman
kemudian dilakukan dengan melihat ekpresi gen resistensi antibiotik dan gen LacZ untuk
menentukan transforman yang mana yang sukses menerima plasmid rekombinan. Koloni
transforman rekombinan kemudian dikulturkan untuk memproduksi insulin yang akan
diekspresikan oleh gen insulin manusia yang telah disisipkan (Pommerville, 2010). Hormon
insulin manusia sintesis, yang sebagai produk farmasi dinamai dengan Humulin, mulai
dipasarkan oleh perusahaan farmasi Eli Lilly sejak tahun 1982.

c. Antibiotik dan Vaksin

Produk farmasi lain yang dihasilkan melalui rekayasa genetik adalah berbagai
macam antibiotik yang digunakan sebagai pencegahan dan pengobatan penyakit-penyakit
yang disebabkan oleh infeksi mikrobia. Berbeda dengan rekayasa genetik untuk mensintesis
hormon dan protein terapis yang dilakukan dengan cara menyisipkan gen tertentu yang
kemudian akan diekspresikan oleh expression host, antibiotik memang merupakan produk
sampingan dari mikroba secara alami. Rekayasa genetik dilakukan dengan cara menyisipkan
promoter dan sekuen kontrol gen yang sangat aktif sehingga jumlah produk yang diinginkan
dapat ditingkatkan.
Fungi Acremonium chrysogenum adalah mikrobia yang digunakan dalam
industri antibiotik penicillin N dan cephalosporin. Kedua antibiotik ini merupakan produk
yang dibentuk dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim bifungsional DAOC ekpandase-
hidroksilase dan DAC asetiltransferase. Kedua enzim ini dikode oleh gen cefEF dan cefG
yang kemudian diamplifikasi dan diperkuat ekspresinya dengan menggunakan promoter
aktif sehingga dapat menghasilkan produk yang lebih banyak hingga 50% (Hofrichter,
2010).
d. Bidang Agrikultur
Pemanfaatan teknologi rekayasa genetik di bidang agrikultur bertujuan untuk
meningkatkan produksi hasil pertanian maupun peternakan untuk memenuhi peningkatan
xii
kebutuhan manusia akan bahan makanan. Dalam bidang pertanian, mikrobia digunakan
sebagai agen untuk mengklon gen dan mentransferkan gen tersebut melalui vektor plasmid
ke sel tumbuhan untuk menciptakan tumbuhan transgenik. Pada bidang peternakan mikrobia
digunakan sebagai expression host untuk menghasilkan hormon tertentu yang diperlukan
untuk meningkatkan produksi ternak.
e. Bidang pertanian
Peningkatan kualitas dan kuantitas tanaman dapat dilakukan dengan merekayasa
bahan genetik tanaman tersebut sehingga memiliki sifat-sifat khusus yang sebelumnya tidak
dimiliki oleh tanaman tersebut. Berdasarkan perubahan sifat tersebut, tanaman transgenik
terbagi atas tiga generasi. Generasi pertama adalah tanaman transgenik yang resisten
terhadap herbisida dan serangan serangga. Generasi kedua adalah tanaman transgenik yang
ditingkatkan kandungan nutrisinya. Generasi ketiga adalah tanaman transgenik yang dapat
menghasilkan zat-zat biopharmaceutical.
f. Bidang peternakan
Selain dengan menciptakan hewan-hewan transgenik, pemanfaatan teknologi
rekayasa genetik yang paling dikenal dalam bidang peternakan adalah sintesis hormon
pertumbuhan sapi (bGH) oleh mikrobia. Mikrobia yang digunakan untuk mensintesis bGH
adalah E. coli. Ekstraksi bGH dari E. coli kemudian digunakan untuk diinjeksikan kepada
sapi perah untuk meningkatkan produksi susu hingga 10% (Campbell dan Reece, 2005).
Injeksi bGH juga terbukti dapat meningkatkan perolehan bobot dalam daging ternak.
g. Bidang Kesehatan
Selain dalam industri farmasi, pemanfaatan teknologi rekayasa gen dalam bidang
kesehatan yang dianggap paling potensial dan bermanfaat adalah terapi gen. Terapi gen
merupakan penyisipan atau introduksi gen asing ke sel yang cacat untuk memperbaiki
kesalahan fenotip yang ditimbulkan. Terapi gen dikembangkan sebagai jawaban atas
masalah penyakit-penyakit genetis yang frekuensinya semakin meningkat. Percobaan
pertama terkait terapi gen dilakukan pada tahun 1989 di National Institutes of Health (NIH),
Maryland oleh tim yang dipimpin Steven Rosenberg. Rosenberg menandai secara genetik
sel-sel yang diperoleh dari pasien penderita kanker. Sel limfosit T dari lima pasien kanker
diambil dari bagian tumornya, dimana sel-sel tersebut ditransduksi menggunakan retrovirus
untuk menyisipkan gen penanda (marker) secara ex vivo sehingga gen kanker tersebut dapat
ditandai. Percobaan inilah yang kemudian menjadi dasar bagi terapi gen yang sekarang
sedang dikembangkan (Giacca, 2010).

1.4. Terapi Gen

xiii
 Teknologi terapi gen tidak terlepas dari prinsip rekayasa genetika untuk
menghasilkan GMO (Genetically Modified Organism) atau yang biasa dikenal sebagai
organisme transgenik. Ide untuk terapi gen cukup unik yaitu dengan menambahkan gen yang
normal ke bagian genom yang mengalami mutasi ataupun kerusakan sehingga fungsi gen
tersebut dapat diperbaiki (Kachroo & Gowder, 2016). Proses rekayasa genetik pada
teknologi terapi gen meliputi tahapan berikut: isolasi gen target, penyisipan gen target ke
vektor transfer, transfer vektor yang telah disisipi gen target ke organisme yang akan
diterapi, transformasi pada sel organisme target. Gen target yang telah disisipkan pada
organisme yang diterapi tersebut diharapkan mampu menggantikan fungsi gen abnormal
yang mengakibatkan penyakit pada penderita.
Penggunaan terapi gen harus disesuaikan dengan jenis penyakit yang akan diterapi.
Penyakit dan hubungan genetiknya harus diketahui terlebih dahulu sebelum dilakukan terapi
gen. Apabila suatu gen yang terkait pada penyakit tertentu telah dapat diidentifikasi, maka
potensi penyakit tersebut untuk diterapi akan semakin besar. Misra (2013) menyatakan
bahwa gen merupakan unit fungsional yang berkaitan dengan hereditas yang memiliki
sekuen basa tertentu. Sekuen basa tersebut yang nantinya akan menentukan jenis dan fungsi
protein yang diekspresikan. Ketika suatu gen mengalami mutasi ataupun perubahan dalam
sekuen basa nitrogennya, maka protein yang dikode tidak akan bisa melaksanakan fungsi
normalnya dan mengakibatkan suatu kelainan genetik. Terapi gen hadir untuk menjadi solusi
terapi terbaru pada penyakit baik yang diturunkan maupun yang tidak.
Metode terapi gen mulai digunakan pada tahun 1990 ketika National Health Institute
dari Amerika Serikat memasukkan gen normal adenosine deaminase (ADA) ke leukosit
penderita defisiensi kekebalan kombinasi akut yang berusia 4 tahun. Terapi gen ADA
disetujui oleh Food and Drug Administration (FDA) di Amerika Serikat pada tahun yang
sama (Emengaha et al., 2015). Setelah inisiasi, penelitian-penelitian mengenai terapi gen
semakin berkembang. Terapi gen meliputi penggunaan asam nukleat baik DNA ataupun
RNA dalam perlakuan, pengobatan, dan pencegahan penyakit pada manusia. Berdasarkan
pada tipe penyakitnya, terapi gen dapat dilakukan dengan mentransfer gen fungsional yang
dapat menggantikan gen yang hilang ataupun tidak berfungsi sehingga dapat mengurangi
efek negatif dari kondisi tersebut (Kaufmann et al., 2013)
Tipe Terapi Gen Terdapat dua tipe utama terapi gen, meliputi terapi gen sel
embrional (germ line gene therapy) dan terapi gen sel tubuh (somatic gene therapy) (Misra,
2013):
1. Terapi gen sel embrional (germ line gene therapy) Pada terapi gen sel kelamin
ini, digunakan sel kelamin jantan (sperma) maupun sel kelamin betina (ovum)
xiv
 yang dimodifikasi dengan adanya penyisipan gen fungsional yang terintegrasi
dengan genomnya.
2. Terapi gen sel tubuh (somatic gene therapy) Pada terapi gen sel tubuh ini,
dilakukan transfer gen fungsional ke dalam sel tubuh pasien sehingga malfungsi
pada organ dapat diperbaiki. Singh et al. (2016) menyatakan bahwa terapi gen sel
tubuh spesifik untuk setiap pasien dan tidak diturunkan ke generasi berikutnya

Keberhasilan terapi gen sangat dipengaruhi oleh beberapa faktor, terutama efisiensi
transfer dan ekspresi gen pada sel target. Transfer gen fungsional ke dalam sel target dalam
terapi gen memerlukan vektor yang kompeten dan dapat membawa gen target dengan baik.
Gen normal akan disisipkan ke dalam genom organisme untuk menggantikan gen abnormal
yang menyebabkan penyakit. Menurut Misra (2013), tahapan penyisipan gen merupakan
yang paling sulit dalam keseluruhan tahapan terapi gen karena pada tahapan ini menentukan
keberhasilan terapi gen itu sendiri. Vektor yang akan digunakan untuk penyisipan gen pada
terapi gen harus memenuhi beberapa karakteristik, yaitu memiliki spesifitas yang tinggi,
mampu secara efisien menyisipkan satu atau lebih gen dengan ukuran tertentu, tidak dikenali
oleh sistem imun tubuh penderita, dan dapat dipurifikasi dalam jumlah yang besar. Vektor
pembawa gen target harus tidak dikenali oleh sistem tubuh penderita sehingga tidak akan
menimbulkan reaksi alergi ataupun inflamasi. Penyisipan gen target via vektor tersebut
harus aman bagi penderita dan lingkungan. Vektor penyisipan gen juga harus mampu untuk
memfasilitasi ekspresi gen target sepanjang terapi tersebut dibutuhkan, bahkan sepanjang
umur penderita.
Tiga vektor virus yang banyak digunakan dalam terapi gen adalah:
1. Adenovirus Adenovirus termasuk dalam virus ikosahedral yang berukuran antara
90–100 nm, memiliki 252 kapsomer dengan 240 hekson dan 12 penton.
2. Retrovirus Retrovirus merupakan salah satu virus yang menginfeksi sel hewan,
termasuk manusia.
3. Adeno-associated virus (AAV) Adeno-associated virus (AAV adalah virus yang
tidak memiliki selubung (envelop)

Aplikasi Terapi Gen

Terapi gen dapat digunakan sebagai alternatif pengobatan terhadap penyakitpenyakit
yang selama ini belum ditemukan obat maupun vaksinnya. Gambar 11 menunjukkan
beberapa jenis penyakit yang diasumsikan dapat disembuhkan dengan terapi gen. Penyakit-
penyakit tersebut dapat diterapi apabila gen yang terkait dengan munculnya penyakit telah
xv
berhasil diidentifikasi dan dapat ditemukan gen fungsional yang dapat mensubstitusi gen
yang abnormal tadi. Urutan pertama penyakit yang diterapi gen adalah kanker. Beberapa
jenis kanker terutama yang terkait dengan abnormalitas suatu gen telah berhasil diterapi
dengan menyisipkan gen fungsional tertentu.

xvi
 DAFTAR PUSTAKA

Dwidjoseputro, D. 2003. Dasar - Dasar Mikrobiologi. Djambatan. Jakarta.

Garry. 2002. Tobacco Mosaic Virus. In: Plant disease Facts. Departemen of Plant

Phatologhy. University of Pennsyvania State University. 152 Hal

Hadioetomo, R. S. 1993. Mikrobiologi Dasar dalam Praktek : Teknik dan Prosedur Dasar

Laboratorium. PT Gramedia Pustaka Utama. Jakarta. 163 hal

Lestari, Purwaning. 2017. Mikrobiologi Berbasis Inkuiri. Malang. Gunung Samudra.

Madigan et al. 2017. Brock Biologi Mikroorganisme. 14th edition. Penerbit Buku

kedokteran EGC

Nurohaianah, 2007. Media . Jakarta : UI Press. 266 hal. Pelczar, Michael J., dan Chan, E. C.

S., 1986, 190-191, Dasar-Dasar Mikrobiologi, Universitas Indonesia, UI-Press,

Jakarta. Pratiwi, T. Silvia . 2008. Mikrobiologi Farmasi. Yogyakarta. Erlangga.

Waluyo, L. (2004). Mikrobiologi Umum. Malang: Universitas Muhammadiyah. Malang

Press.

xvii