MODUL

Mikrobiologi perairan

Program studi Ilmu Perikanan

Universitas 17 Agustus 1945 Banyuwangi

Shinta Hiflina Yuniari, S.Pi., M.Ling

Puji syukur kita panjatkan ke hadirat Allah SWT karena berkat rahmat dan hidayah-
Nya saya dapat menyelesaikan penyusunan modul mikrobiologi perairan ini. Melalui
modul ini kami mengharapkan agar mahasiswa dapat mempelajari materi secara
mendalam. Pembahasan modul ini menekankan konsep, dengan pemberian contoh
berupa gambar dari kejadian disekitar. Mahasiswa dapat dengan mudah memahami
konsep-konsep mikrobiologi perairan dan dapat menerapkan teori yang didapat dalam
praktek kehidupan sehari-hari. Saya menyadari bahwa masih terdapat kekurangan
dalam modul ini, untuk itu dengan senang hati saya senantiasa menerima kritik
maupun saran yang bersifat membangun. Dengan modul ini, diharapkan para
mahasisiswa akan menjadikan modul ini yang akan dijadikan pedoman dalam
pembelajaran.

Penulis
Sebelum mempelajari modul ini, bacalah petunjuk penggunaan modul berikut ini :

1. Bacalah dengan seksama tujuan pembelajaran untuk mengetahui apa yang akan
diperoleh setelah mempelajari materi ini.
2. Jika anda mengalami kesulitan dalam mempelajari setiap materi, sebaiknya
berkonsultasi pada dosen pengampu mata kuliah.
3. Kerjakan latihan yang terdapat pada akhir uraian materi, diskusikan dengan
teman untuk mengetahui kemungkinan jawaban benar.
4. Kerjakan penilaian tanpa melihat kunci jawaban.
5. Gunakan kunci jawaban untuk mengetahui apakah jawaban anda benar.
6. Jika perolehan skor anda minimal 70 maka anda dinyatakan telah menguasai
kompetensi pada modul ini dan anda dipersilahkan melanjutkan ke modul
berikutnya.
Capaian pembelajaran: Menganalisis pendahuluan mikrobiologi, pengertian dan
peranan bakteri, pengertian dan klasifikasi protozoa, pengertian dan klasifikasi virus,
dan merumuskan ekologi mikroba dalam aspek pengelolaan lingkungan, peran
mikroba dalam daur karbon, interaksi antara mikroba perairan dan tanaman, dan
interaksi antara mikroba perairan dan hewan serta menyusunnya secara mandiri,
terampil, dan bertanggungjawab.

Deskripsi mata kuliah : Materi yang akan disampaikan dalam 14 (empat belas) kali
tatap muka difokuskan pada pendahuluan mikrobiologi, pengertian dan peranan
bakteri, pengertian dan klasifikasi protozoa, pengertian dan klasifikasi virus, ekologi
mikroba dalam aspek pengelolaan lingkungan, peran mikroba dalam daur karbon,
 PENDAHULUAN MIKROBIOLOGI
Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari organisme yang berukuran sangat
kecil sehingga tidak dapat dilihat dengan mata telanjang melainkan harus
menggunakan bantuan mikroskop. Organisme yang sangat kecil ini disebut sebagai
mikroorganisme, atau sering disebut mikroba ataupun jasad renik. Saat ini,
mikrobiologi sangat berkembang luas pada berbagai bidang ilmu pengetahuan,
misalnya pertanian, industri, kesehatan, lingkungan hidup, bidang pangan, Dan
perairan. Dunia mikroorganisme terdiri dari lima kelompok organisme, yaitu bakteri,
protozoa, virus, algae dan cendawan mikroskopis.
Beberapa ilmu dasar yang diperlukan untuk mendukung pemahaman
mikrobiologi, antara lain ilmu kimia, fisika, dan biokimia. Mikrobiologi juga sering
disebut sebagai ilmu praktik dari biokimia. Ruang lingkup dalam mempelajari
mikrobiologi meliputi pengertian tentang sejarah penemuan mikroorganisme, macam-
macam mikroorganisme di alam, struktur sel mikroorganisme dan fungsinya,
metabolisme mikroorganisme secara umum, pertumbuhan mikroorganisme dan faktor
lingkungan, dan mikrobiologi terapan baik di bidang lingkungan maupun perairan.
Seiring dengan berjalannya waktu mikrobiologi telah mengalami perkembangan yang
pesat menjadi beragam ilmu, antara lain virologi, bakteriologi, mikologi,
mikrobiologi pangan, mikrobiologi tanah, dan mikrobiologi perairan. Ilmu tersebut
mempelajari mikroorganisme secara spesifik, rinci, dan menurut pemanfaatannya.
Berbagai sifat mikroorganisme yang menjadikan dasar seringnya digunakan
sebagai model penelitian di bidang genetika adalah memiliki sifat sangat sederhana,
perkembangbiakan sangat cepat, dan adanya berbagai variasi metabolisme. Pada saat
ini penelitian berkaitan dengan mikroorganisme dilakukan secara intensif untuk
mengetahui dasar fenomena biologi. Mikroorganisme juga dikenal sebagai sumber
produk dan proses yang menguntungkan bagi masyarakat, misalnya: alkohol yang
dihasilkan melalui proses fermentasi dapat digunakan sebagai sumber energi
(gasohol). Di samping itu, strain-strain baru dari mikroorganime yang dihasilkan
melalui proses rekayasa genetika dapat menghasilkan bahan penting bagi kesehatan
manusia, seperti insulin. Padahal, sebelumnya apabila pankreas manusia gagal
memproduksi insulin maka hanya insulin hasil ekstraksi dari pankreas lembu yang
dapat diterimanya. Sekarang, insulin manusia dapat diproduksi dalam jumlah yang
tak terhingga oleh bakteri dari hasil rekayasa genetika.
Mikroorganisme juga mempunyai potensi cukup besar dalam membersihkan
lingkungan, misal: dari tumpahan minyak di lautan atau residu herbisida dan
insektisida di bidang pertanian. Hal tersebut dapat terjadi karena adanya kemampuan
mikroorganisme dalam mendekomposisi/menguraikan senyawa kompleks menjadi
senyawa lebih sederhana. Kemampuan mikroorganisme yang telah direkayasa untuk
tujuan tertentu menjadikan cabang baru dalam mikrobiologi industri yang dikenal
dengan bioteknologi. Sudah selayaknya apabila Anda telah mampu memahami secara
rinci tentang arti keberadaan mikroorganisme, pasti Anda akan menghargai dan
mengaguminya, seperti bakteri, algae, protozoa, dan virus yang mempunyai potensi
luar biasa bagi kelangsungan hidup manusia. Beberapa mikroorganisme dapat bersifat
patogen bagi manusia, hewan, maupun tumbuhan, dan dapat pula menyebabkan
lapuknya kayu dan korosi besi. Di sisi lain, mikroorganisme juga memiliki peran
penting dalam lingkungan sebagai dekomposer dan dapat menghasilkan
(manufacture) substansi penting di bidang kesehatan maupun industri makanan.

A. SEJARAH PERKEMBANGAN MIKROORGANISME

Tabir terungkapnya dunia mikroorganisme berawal dari ditemukannya mikroskop
oleh Anthony van Leeuwenhoek (1633-1723). Pada mulanya, mikroskop temuan
tersebut masih sangat sederhana, hanya dilengkapi satu lensa dengan jarak fokus yang
sangat pendek, tetapi dapat menghasilkan bayangan jelas yang setara dengan
perbesaran 50-300 kali. Pengamatan yang dilakukan oleh Leeuwenhoek di antaranya
pengamatan terhadap struktur mikroskopis biji, jaringan tumbuhan, dan invertebrata
kecil. Penemuan terbesar pada zamannya dan diketahui sebagai dunia
mikroorganisme, yang disebut sebagai animalculus atau hewan kecil. Animalculus
adalah berbagai jenis mikroorganisme yang sekarang diketahui sebagai protozoa,
algae, khamir, dan bakteri.
1. Konflik Generatio Spontanea Penemuan Leewenhoek tentang hewan kecil
tersebut menjadi perdebatan sangat serius di kalangan ahli mikrobiologi.
Berkaitan dengan temuan Leewenhoek muncullah dua silang pendapat, satu
mengatakan bahwa munculnya hewan kecil karena proses pembusukan
tanaman atau hewan, ataupun melalui proses fermentasi. Pendapat ini
mendukung teori yang mengatakan bahwa makhluk hidup berasal dari benda
mati atau abiogenesis, dan konsepnya dikenal dengan genaratio spotanea.
Pendapat lain mengatakan bahwa hewan kecil tersebut berasal dari hewan
kecil sebelumnya seperti halnya organisme tingkat tinggi. Pendapat atau teori
yang mengatakan hal tersebut dikenal dengan biogenesis. Adanya perbedaan
pendapat tersebut menyebabkan mikrobiologi tidak berkembang dan hal ini
berlangsung sampai perdebatan terselesaikan dengan dibuktikannya
kebenaran teori biogenesis. Pembuktian ini memerlukan berbagai macam
eksperimen yang nampaknya sederhana tetapi memerlukan waktu lebih dari
100 tahun.
2. Pembuktian Ketidakbenaran Abiogenesis Franscesco Redi (1626-1697)
dengan hasil eksperimennya membuktikan bahwa ulat yang terdapat pada
daging busuk adalah larva yang berasal dari telur lalat, bukan berasal dari
benda mati (teori Generatio Spontanea). Bagaimana dengan asal usul
mikroorganisme yang hanya dapat dilihat dengan mikroskop? John Needham
(1713-1781) melakukan eksperimen dengan cara memasak sepotong daging
untuk menghilangkan organisme yang ada, kemudian menempatkannya dalam
toples terbuka. Berdasarkan pengamatannya ditemukan adanya koloni pada
permukaan daging tersebut, sehingga disimpulkan bahwa mikroorganisme
terjadi secara spontan dari daging. Pada tahun 1769, Lazarro Spalanzani
(1729-1799) melakukan eksperimen dengan cara merebus kaldu daging
selama 1 jam dan menempatkannya pada toples yang ditutup rapat, hasil
percobaan menunjukkan tidak ditemukannya mikroorganisme dalam kaldu
tersebut. Jadi eksperimen Lazarro Spalanzani menentang teori Abiogenesis.
Sebaliknya, Needham mengatakan bahwa berdasarkan eksperimennya sumber
 makhluk hidup berasal dari udara sementara pada percobaan Spalanzani tidak
berinteraksi langsung dengan udara. Setelah hampir 100 tahun percobaan
Needham berlangsung dan tidak ada kepastian kebenaran di antara kedua
eksperimen tersebut, muncullah dua peneliti yang mencoba memecahkan
kontroversi tentang peran udara tersebut. Pada tahun 1836, Franz Schulze
melakukan eksperimen dengan cara melewatkan larutan asam kuat ke dalam
tabung tertutup yang berisi daging yang telah dimasak. Pada tahun 1837,
Theodore Schwann melakukan eksperimen dengan cara mengalirkan udara
melalui pipa panas ke dalam tabung tertutup yang bersisi kaldu. Keduanya
tidak menemukan adanya mikroorganisme sebab mikroorganisme telah mati
oleh adanya asam kuat maupun panas, tetapi para pendukung teori Generatio
Spontanea berpendapat bahwa adanya asam kuat dan panas akan mengubah
udara sehingga tidak mendukung pertumbuhan mikroorganisme. Akhirnya
pada tahun 1954 muncul peneliti yang menyelesaikan perdebatan tersebut,
dengan melakukan percobaan menggunakan tabung tertutup berisi kaldu yang
telah dipanaskan. Kemudian ke dalam tabung tersebut dimasukkan pipa yang
pada sebagiannya diisi dengan kapas dan ujungnya dibiarkan terbuka, dengan
demikian mikroorganisme akan tersaring dan udara tetap bisa masuk.
Hasilnya, tidak ditemukan mikroorganisme dalam kaldu daging tersebut, hal
ini membuktikan bahwa teori Generatio Spontanea adalah salah.
3. Bukti Teori Biogenesis Pada periode yang sama muncul ilmuwan baru dari
Perancis Louis Pasteur (1822–1895) seorang ahli kimia yang menaruh
perhatian pada mikroorganisme. Pasteur tertarik untuk meneliti peran
mikroorganisme dalam industri anggur, terutama dalam pembuatan alkohol.
Salah satu pendukung teori Generatio Spontanea yang hidup pada masa Louis
Pasteur adalah Felix Archimede Pouchet (1800-1872). Pada tahun 1859
Pouchet banyak mempublikasikan tulisan yang mendukung teori Abiogenesis,
namun ia tidak dapat membantah penemuan-penemuan Pasteur. Pasteur
sebagai ilmuwan, untuk memastikan pendapatnya, melakukan serangkaian
eksperimen. Salah satu eksperimen Pasteur yaitu menggunakan bejana leher
panjang yang dibengkokkan dan dikenal dengan leher angsa (Gambar 1).
Bejana ini diisi dengan kaldu kemudian dipanaskan. Pada kondisi tersebut
udara dapat dengan bebas melewati tabung atau pipa leher angsa tetapi di
daerah kaldu tidak ditemukan adanya mikroorganisme. Hasil analisis
menunjukkan bahwa mikroorganisme beserta debu akan mengendap pada
bagian tabung yang berbentuk U sehingga tidak dapat mencapai kaldu.
Pasteur melalui eksperimen yang sama, membawa tabung tersebut ke
pegunungan Pyrenes dan Alpen. Hasil pengamatan menemukan bahwa
mikroorganisme terbawa debu oleh udara, sehingga Pasteur menyimpulkan
bahwa semakin bersih/murni udara yang masuk ke dalam bejana, semakin
sedikit kontaminasi yang terjadi.

Gambar 1. Botol Pasteur Berleher Angsa tetap Steril karena Lengkung pada
Leher Menahan Partikel Debu
Salah satu argumen klasik untuk menentang teori Biogenesis adalah panas
yang digunakan untuk mensterilkan udara atau bahan dianggap dapat merusak
energi vital, karena tanpa adanya vital force tersebut mikroorganisme tidak
dapat muncul serta spontan. John Tyndall merespon argumen tersebut dengan
mengatakan bahwa udara dapat mudah dibebaskan dari mikroorganisme
melalui serangkaian percobaan yaitu meletakkan tabung reaksi berisi kaldu
steril ke dalam kotak tertutup. Udara dari luar masuk ke dalam kotak melalui
pipa yang sudah dibengkokkan membentuk dasar U seperti spiral. Terbukti
bahwa meskipun udara luar dapat masuk ke dalam kotak yang berisi tabung
dengan kaldu di dalamnya, namun tetap tidak ditemukan adanya
mikroorganisme. Hasil percobaan Pasteur dan Tyndall memacu diterimanya
 konsep biogenesis. Selanjutnya Pasteur lebih memfokuskan penelitiannya
pada peran mikroorganisme dalam pembuatan anggur dan mikroorganisme
yang menyebabkan penyakit.
4. Teori Tentang Fermentasi Salah satu contoh proses fermentasi dapat terjadi
jika jus anggur dibiarkan, pada proses tersebut terjadi serangkaian perubahan
biokimia, alkohol, dan senyawa lain yang pada akhirnya dihasilkan anggur
(wine). Alasan Pasteur, menentang pendapat Generatio Spontanea karena
keyakinannya bahwa produk fermentasi anggur merupakan hasil dari
mikroorganisme yang ada, bukan fermentasi menghasilkan mikroorganisme
sebagaimana yang dipercaya pada waktu itu. Pada tahun 1850-an Pasteur
memecahkan masalah yang muncul dalam industri anggur, yakni dengan
melakukan penelitian terhadap anggur yang baik dan anggur kurang bagus
maka ditemukan mikroorganisme yang berbeda. Mikroorganisme tertentu
mendominasi anggur yang bagus, sementara mikroorganisme tipe lain
mendominasi anggur kurang bagus. Pasteur menyimpulkan bahwa pemilihan
mikroorganisme yang sesuai akan menghasilkan produk anggur bagus.
Berdasarkan analisis tersebut Pasteur memusnahkan mikroorganisme yang
terdapat dalam sari buah anggur dengan cara memanaskannya. Setelah dingin
ke dalam sari buah tersebut diinokulasikan anggur yang berkualitas baik
dengan kandungan mikroorganisme sesuai yang diinginkan. Hasilnya
menunjukkan bahwa anggur yang diperoleh memiliki kualitas baik dan tidak
mengalami perubahan aroma selama disimpan karena sebelumnya telah
dipanasi selama beberapa menit pada suhu 50-60ºC. Proses ini dikenal dengan
pasteurisasi yang saat ini sudah digunakan secara luas di bidang industri
makanan. Padahal, sebelumnya orang meningkatkan produk fermentasi
melalui trial and error, karena ketidaktahuan mereka bahwa kualitas produk
tergantung pada mikroorganisme tertentu.
5. Penemuan Bakteri Berspora John Tyndall (1820-1893), juga mendukung
pendapat Pasteur, melalui eksperimennya dengan menggunakan cairan bahan
organik yang sudah dipanaskan dalam air garam mendidih selama 5 menit dan
 diletakkan di dalam ruangan bebas debu, ternyata cairan bahan organik tidak
membusuk walaupun disimpan dalam waktu berbulan-bulan. Apabila tanpa
dilakukan pemanasan maka akan terjadi pembusukan. Tyndall dalam
percobaannya menemukan adanya fase termolabil (bakteri saat melakukan
pertumbuhan tidak tahan pemanasan) dan termoresisten pada bakteri (tahan
terhadap pemanasan). Hasil penyelidikan seorang ahli botani Jerman bernama
Ferdinand Cohn, dapat diketahui secara mikroskopis bahwa pada fase
termoresisten, bakteri dapat membentuk endospora. Berdasarkan penemuan
tersebut, maka dicarilah cara untuk sterilisasi bahan yang mengandung bakteri
pembentuk spora. Cara yang dimaksud adalah dengan pemanasan yang
terputus dan diulang beberapa kali, proses tersebut dikenal sebagai
Tyndallisasi. Proses pemanasannya sebagai berikut, pada awalnya pemanasan
dilakukan pada suhu 100º C selama 30 menit, kemudian dibiarkan pada suhu
kamar selama 24 jam, cara ini diulang sebanyak 3 kali. Saat dibiarkan pada
suhu kamar, bakteri berspora yang masih hidup akan berkecambah
membentuk fase pertumbuhan/termolabil, sehingga dapat dimatikan pada
pemanasan berikutnya.
6. Peran Mikroorganisme dalam Transformasi Bahan Organik Berbagai bahan
yang ditumbuhi mikroorganisme akan mengalami perubahan susunan kimia.
Perubahan susunan kimia yang terjadi dikenal sebagai fermentasi
(pengkhamiran) dan pembusukan (putrefaction). Fermentasi merupakan
proses pemecahan senyawa organik menjadi senyawa sederhana yang hasil
akhirnya alkohol atau asam organik, misalnya terjadi pada bahan yang
mengandung karbohidrat. Pembusukan merupakan proses peruraian yang
menghasilkan bau busuk, seperti pada peruraian bahan yang mengandung
protein. Pada tahun 1837, C. Latour, Th. Schwanndon, dan F. Kutzing secara
terpisah menemukan bahwa pada zat gula yang mengalami fermentasi alkohol
selalu dijumpai adanya khamir, sehingga dapat disimpulkan bahwa perubahan
gula menjadi alkohol dan CO2 merupakan fungsi fisiologis dari sel khamir
tersebut. Teori biologis ini ditentang oleh J. Berzelius, J. Liebig, dan F.
 Wahler. Mereka berpendapat bahwa fermentasi dan pembusukan merupakan
reaksi kimia biasa. Hal ini dapat dibuktikan pada tahun 1812 telah berhasil
disintesis senyawa organik urea dari senyawa anorganik. Pasteur banyak
meneliti tentang proses fermentasi (1875-1876)
7. Penemuan Kehidupan Anaerob Selama meneliti fermentasi asam butirat,
Pasteur menemukan adanya proses kehidupan yang tidak membutuhkan
udara. Pasteur menunjukkan bahwa jika udara dihembuskan ke dalam bejana
fermentasi butirat, proses fermentasi menjadi terhambat, bahkan dapat terhenti
sama sekali. Atas dasar pengamatan tersebut muncullah 2 istilah kehidupan
mikroorganisme, yaitu (1) kehidupan anaerob, untuk mikroorganisme yang
tidak memerlukan oksigen, dan (2) kehidupan aerob, untuk mikroorganisme
yang memerlukan oksigen. Secara fisiologis adanya fermentasi dapat
digunakan untuk mengetahui beberapa hal. Oksigen umumnya diperlukan
mikroorganisme sebagai agensia untuk mengoksidasi senyawa organik
menjadi CO2. Reaksi oksidasi tersebut dikenal sebagai “respirasi aerob”, yang
menghasilkan tenaga untuk kehidupan jasad dan pertumbuhannya.
Mikroorganisme lain dapat memperoleh tenaga dengan jalan memecahkan
senyawa organik secara fermentasi anaerob, tanpa memerlukan oksigen.
Beberapa jenis mikroorganisme bersifat obligat anaerob atau anaerob
sempurna. Jenis lain bersifat fakultatif anaerob, yaitu mempunyai dua
mekanisme untuk mendapatkan energi. Apabila ada oksigen, energi diperoleh
secara respirasi aerob, apabila tidak ada oksigen energi diperoleh secara
fermentasi anaerob. Pasteur mendapatkan bahwa respirasi aerob adalah proses
yang efisien untuk menghasilkan energi.
8. Penemuan Enzim Menurut Pasteur, proses fermentasi merupakan proses vital
bagi kehidupan mikroorganisme. Pendapat tersebut ditentang oleh Bernard
(1875), bahwa khamir dapat memecah gula menjadi alkohol dan CO2 karena
mengandung katalisator biologis dalam selnya. Katalisator biologis tersebut
dapat diekstrak sebagai larutan tetap yang dapat menunjukkan kemampuan
fermentasi, sehingga fermentasi dapat dibuat sebagai proses yang tidak vital
 lagi (tanpa sel). Pada tahun 1897, Buchner mampu membuktikan gagasan
Bernard, yaitu pada saat menggerus sel khamir dengan pasir dan ditambahkan
sejumlah besar gula, terlihat dari campuran tersebut dibebaskan CO2 dan
sedikit alkohol. Penemuan tersebut membuka jalan ke perkembangan
biokimia modern. Pada akhirnya dapat diketahui bahwa pembentukan alkohol
dari gula oleh khamir, merupakan hasil urutan beberapa reaksi kimia, yang
masingmasing dikatalisir oleh biokatalisator spesifik atau dikenal sebagai
enzim.
9. Penemuan Virus Iwanowsky melalui eksperimennya menemukan adanya
kemampuan filtrat bebas bakteri (cairan yang telah disaring dengan saringan
bakteri) berasal dari ekstrak tanaman tembakau terkena penyakit mozaik,
ternyata masih tetap dapat menimbulkan infeksi pada tanaman tembakau yang
sehat. Berdasarkan kenyataan tersebut dapat diketahui adanya jasad hidup
yang memiliki ukuran jauh lebih kecil daripada bakteri (submikroskopik)
karena mampu lolos dari saringan bakteri, dan jasad tersebut dikenal sebagai
virus. Pembuktian penyakit yang disebabkan oleh virus, dapat digunakan
postulat River (1937), sebagai berikut.
a. Virus harus berada di dalam sel inang.
b. Filtrat bahan yang terinfeksi tidak mengandung bakteri atau
mikroorganisme lain yang dapat ditumbuhkan di dalam media buatan.
c. Filtrat dapat menimbulkan penyakit pada jasad yang peka.
d. Filtrat yang sama dan berasal dari hospes peka tersebut harus dapat
menimbulkan kembali penyakit yang sama.

B. BAKTERI
Bakteri berasal dari bahasa Latin bacterium (jamak): bacteria adalah kelompok
organisme yang tidak memiliki membran inti sel, uniseluler, pada umumnya tidak
berklorofil, ada beberapa yang fotosintetik dan produksi aseksualnya secara
pembelahan. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran
sangat kecil (mikroskopik) pada umumnya mempunyai ukuran sel 0,5-1,0 µm kali
2,0-5,0 µm. Hal ini menyebabkan organisme ini sangat sulit untuk dideteksi, terutama
sebelum ditemukannya mikroskop. Dinding sel bakteri sangat tipis dan elastis,
terbentuk dari peptidoglikan yang merupakan polimer unik yang hanya dimiliki oleh
golongan bakteri. Fungsi dinding sel adalah memberi bentuk sel, memberi
perlindungan dari lingkungan luar dan mengatur pertukaran zat-zat dari dan ke dalam
sel.
Teknik pewarnaan Gram adalah teknik untuk menunjukan perbedaan yang mendasar
dalam organisasi struktur dinding sel bakteri atau cell anvelope. Bakteri Gram positif
memiliki dinding sel relatif tebal, terdiri dari berlapis-lapis polymer peptidoglycan
(disebut juga murein). Tebalnya dinding sel menahan lolosnya komplek crystal
violet-iodine ketika dicuci dengan alkohol atau aseton. Bakteri Gram negatif memiliki
dinding sel berupa lapisan tipis peptidoglycan, yang diselubungi oleh lapisan tipis
outer membrane yang terdiri dari lipopolysaccharide (LPS). Daerah antara
peptidoglycan dan lapisan LPS disebut periplasmic space (hanya ditemui pada Gram
negatif) adalah zona berisi cairan atau gel yang mengandung berbagai enzymes dan
nutrient-carrier proteins. Kompleks Crystal violet-iodine mudah lolos melalui LPS
dan lapisan tipis peptidoglycan ketika sel diperlakukan dengan pelarut. Ketika sel
diberi perlakuan pewarna tandingan Safranin O, pewarna tersebut dapat diserap oleh
dinding sel bakteri Gram negatif.
Bakteri umumnya melakukan reproduksi atau berkembang biak secara aseksual
(vegetatif = tak kawin) dengan membelah diri. Pembelahan sel pada bakteri adalah
pembelahan biner yaitu setiap sel membelah menjadi dua. Selama proses
pembelahan, material genetik juga menduplikasi diri dan membelah menjadi dua, dan
mendistribusikan dirinya sendiri pada dua sel baru. Bakteri membelah diri dalam
waktu yang sangat singkat. Pada kondisi yang menguntungkan berduplikasi setiap 20
menit. Bakteri adalah organisme yang paling banyak jumlahnya dan tersebar luas
dibandingkan makhluk hidup lainnya. Bakteri memiliki ratusan ribu spesies yang
hidup di gurun pasir, salju atau es, hingga lautan (Maryati, 2007).
Menurut JANNASCH & JONES (1959) indek aktivitas dan nilai biomassa
mikroorganisme dalam suatu perairan dapat ditunjukkan dengan mengetahui jumlah
mikroorganisme dalam perairan tersebut. Untuk mengetahui jumlah mikroorganisme
dalam suatu perairan ada dua cara dasar yaitu :
- Perhitungan mikroorganisme secara langsung (direct count).
- Perhitungan bakteri secara tidak langsung (indirect count).
Perhitungan mikroorganisme secara langsung digunakan untuk menghitung
keseluruhan mikroorganisme yang hidup dan yang mati. Sedangkan perhitungan
secara tidak langsung biasanya digunakan untuk menghitung mikroorganisme yang
masih hidup saja (viable count). Walaupun demikian cara ini juga bisa digunakan
untuk menghitung jumlah mikroorganisme secara keseluruhan baik yang masih hidup
maupun yang sudah mati (YUTONO et al. 1973). Kedua cara tersebut di atas masing-
masing masih dapat dibagi lagi menjadi beberapa teknik tergantung dari
keperluannya.
Bakteri terdiri dari tiga bentuk dasar yaitu bentuk bulat atau kokus, bentuk batang
atau Bacillus, bentuk spiral. Syarif dan Halid (1993) menyatakan bahwa : identifikasi
jenis bakteri berdasarkan sifat morfologi, biokimia, fisiologi dan serologi adalah
sebagai berikut :
a. Bakteri gram positif
1) Kokus
a) Katalase positif : Staphylococcus
b) Katalase negatif : Streptococcus, Leuconostoc, Pediococcus
2) Batang
a) Anaerobik atau Fakultatif Anaerobik : Clostridium botulinum, Lactobacillus,
Propionic bacterium
b) Aerobik : Bacillus
b. Bakteri Gram Negatif
1) Fermentatif (batang) : Proteus, Eschericia coli, Enterobacter
2) Non Fermentatif (spiral/batang) : Pseudomonas, Alcaligenes
 C. PERANAN BAKTERI DI LAUT
Bakteri adalah salah satu makhluk hidup yang tidak bisa dilihat dengan mata biasa,
karena ukurannya yang sangat kecil yaitu dalam mikron (1 mikron = 0,001 mm),
Sedangkan mata manusia hanya mampu melihat benda-benda yang ukuran garis
tengahnya tidak kurang dari 0,1 mm. Oleh karena itu, apabila kita ingin melihat
bakteri diperlukan alat pembesar yang disebut mikroskop. Di laut penyebaran bakteri
sangat luas, dari permukaan hingga ke dasar laut yang dalam, di air maupun di
lumpurnya. HOPPE (1986) membagi lautan menjadi 4 kompartemen (zona)
berdasarkan sifat-sifat ekologi dan biokimianya. Pembagian tersebut diikuti juga
dengan pembagian kelompok bakteri yang berkembang di tiap kompartemen tersebut.
Ke 4 kompartemen tersebut ialah :
1. Kompartemen neustonik.
Kompartemen ini terletak beberapa mikrometer di atas lapisan permukaan air
laut (± 150 µm), merupakan daerah pertukaran antara air laut dan udara di
atasnya. Pada kompartemen ini substansi yang sukar larut dalam air
(hidrophobic) seperti minyak, lemak dan pestisida tertentu akan terakumulasi.
Adanya substansi ini menyebabkan berkembangnya kelompok bakteri tertentu
yang mampu menguraikan subtansi tersebut. Kelompok bakteri ini disebut
kelompok bakteri neuston yang merupakan gabungan antara bakteri laut dan
bakteri yang hidup di udara. Oleh karena itu, jumlahnya lebih tinggi daripada
jumlah bakteri yang hidup di lapisan air lautnya yaitu mencapai 108 /ml.
Untuk mempelajari kelompok bakteri neuston ini sangat susah oleh karena
habitatnya tidak stabil. dipengaruhi oleh gelombang laut dan gelembung udara
dari gerakan gelombang laut tersebut.
2. Kompartemen eupotik
Kompartemen ini adalah kompartemen lautan yang masih dapat ditembus
oleh cahaya matahari. Kedalamannya bervariasi antara 20 m - 200 m
tergantung dari kejernihan air dan intensitas cahaya matahari. Kelompok
bakteri yang berkembang pada kompartemen ini ialah kelompok bakteri yang
menguraikan substansi yang larut dalam air atau yang mudah terurai. Subtansi
 ini berasal dari liasil ekskresi plankton dan plankton yang mati. Untuk daerah
perairan pantai substansi terlarut yang berasal dari daratan ikut menambah
substansi terlarut yang sudah ada di laut. Kelompok bakteri yang hidup pada
kompartemen ini umumnya hidup bebas dan kepadatannya berkisar antara 105
/ml dan 106 /ml.
3. Kompartemen apotik
Kompartemen ini berada di bawah kompartemen eupotik. Pada kompartemen
ini cahaya matahari sudah tidak bisa lagi menyinari oleh karena itu pada
kompartemen ini gelap, yang merupakan bagian terbesar dari lautan.
Kelompok bakteri yang berkembang pada kompartemen ini ialah kelompok
bakteri yang mampu menguraikan partikel organik dan substansi polymer
organik terlarut. Kepadatan bakteri pada kompartemen ini lebih rendah
daripada kepadatan bakteri pada kompartemen eupotik. Kepadatannya kurang
dari 104 /ml dan makin ke bawah makin berkurang kepadatannya, kecuali di
daerah yang berbatasan dengan sedimen (lumpur). Umumnya kelompok
bakteri yang berada pada kompartemen ini hidupnya melekat pada partikel
organik.
4. Kompartemen dasar laut
Pada daerah continental shelf, bakteri yang berada dalam sedimen (lumpur)
maupun pada lapisan air yang menutupinya mempunyai aktivitas penguraian
partikel organik yang tinggi. Sedangkan pada sedimen yang berada di dasar
laut yang dalam, aktivitasnya rendah. Kepadatan bakteri pada kompartemen
ini lebih tinggi daripada kepadatan bakteri pada kompartemen apotik. Bahkan
untuk laut dangkal kepadatan bakteri di sedimennya dapat mencapai l012/gr.
Pada kompartemen dasar laut (sedimen) kelompok bakteri yang dominan ialah
kelompok bakteri yang memainkan pengaturan siklus nitrogen dan sulfur.
 Gambar 1. Sistem kompartemen di lautan, status bakteri dan proses penguraian
substansi organiknya

D. PROTOZOA

Pengertian Protozoa
Protozoa (Protos = pertama ; Zoa = hidup) adalah hewan mikroskopik yang
terdapat di semua lingkungan di mana kehidupan dapat terjadi. Mereka tersebar luas
di seluruh dunia. Banyak dari mereka mampu membentuk sista (cyst), atau membuat
semacam cangkang yang menutupi sekujur tubuhnya sehingga mereka dapat hidup
dalam kondisi yang kering sama sekali, yang tidak memungkinkan makhluk lain
hidup. Sifat yang khas ialah bahwa mereka terdiri dari satu sel.

Ciri-ciri protozoa yakni :

a) Sifat hidupnya kosmopolit artinya dapat hidup di tempat atau habitat apapun.
b) Pada ummnya hidup bebas pada tempat yang lembab atau berair (akuatik)
seperti di air tawar, air laut, hutan, sawah serta sebagai parasit pada tubuh
organisme lainnya.
c) Pada umumnya hidup soliter (menyendiri atau sepasang-sepasang) tetapi ada
juga yang hidup sebagai koloni.
d) Protozoa merupakan bagian plankton di air tawar atau air laut dan berperan
penting sebagai indicator polusi.
 e) Sejumlah protozoa dapat menimbulkan penyakit.
f) Dalam kondisi lingkungan yang tidak menguntungkan protozoa dapat
membentuk kista agar dapat bertahan hidup lebih lama.
g) Jika kondisi di sekitarnya membaik, maka kista akan pecah dan protozoa akan
kembali hidup secara aktif.

Habitat Protozoa
Protozoa hidup di air atau setidaknya di tempat yang basah. Mereka umumnya
hidup bebas dan terdapat di lautan, lingkungan air tawar, atau daratan. Beberapa
spesies bersifat parasitik, hidup pada organisme inang. Inang protozoa yang bersifat
parasit dapat berupa organisme sederhana seperti algae, sampai vertebrata yang
kompleks, termasuk manusia. Beberapa spesies dapat tumbuh di dalam tanah atau
pada permukaan tumbuh-tumbuhan.
Semua protozoa memerlukan kelembaban yang tinggi pada habitat apapun.
Beberapa jenis protozoa laut merupakan bagian dari zooplankton. Protozoa laut yang
lain hidup di dasar laut. Spesies yang hidup di air tawar dapat berada di danau,
sungai, kolam, atau genangan air. Ada pula protozoa yang tidak bersifat parasit yang
hidup di dalam usus termit atau di dalam rumen hewan ruminansia.
Beberapa protozoa berbahaya bagi manusia karena mereka dapat menyebabkan
penyakit serius. Protozoa yang lain membantu karena mereka memakan bakteri
berbahaya dan menjadi makanan untuk ikan dan hewan lainnya.

Morfologi Protozoa
Semua protozoa mempunyai vakuola kontraktil. Vakuola dapat berperan sebagai
pompa untuk mengeluarkan kelebihan air dari sel, atau untuk mengatur tekanan
osmosis. Jumlah dan letak vakuola kontraktil berbeda pada setiap spesies. Protozoa
dapat berada dalam bentuk vegetative (trophozoite), atau bentuk istirahat yang
disebut kista. Protozoa pada keadaan yang tidak menguntungkan dapat membentuk
kista untuk mempertahankan hidupnya. Saat kista berada pada keadaan yang
menguntungkan, maka akan berkecambah menjadi sel vegetatifnya.
 Protozoa tidak mempunyai dinding sel, dan tidak mengandung selulosa atau khitin
seperti pada jamur dan algae. Kebanyakan protozoa mempunyai bentuk spesifik, yang
ditandai dengan fleksibilitas ektoplasma yang ada dalam membran sel. Beberapa jenis
protozoa seperti Foraminifera mempunyai kerangka luar sangat keras yang tersusun
dari Si dan Ca. Beberapa protozoa seperti Difflugia, dapat mengikat partikel mineral
untuk membentuk kerangka luar yang keras. Radiolarian dan Heliozoan dapat
menghasilkan skeleton. Kerangka luar yang keras ini sering ditemukan dalam bentuk
fosil. Kerangka luar Foraminifera tersusun dari CaO2 sehingga koloninya dalam
waktu jutaan tahun dapat membentuk batuan kapur. Protozoa merupakan sel tunggal,
yang dapat bergerak secara khas menggunakan pseudopodia (kaki palsu), flagela atau
silia, namun ada yang tidak dapat bergerak aktif.

Klasifikasi Protozoa
1. Kelompok Protozoa
Protozoa dikelompokkan menurut habitatnya menjadi dua yaitu mereka
yang hidup di dalam air atau di tempat tempat lembab dan di kenal sebagai
protozoa yang hidup bebas. Lalu mereka yang hidup didalam atau pada hewan
atau tumbuhan – tumbuhan lain dan disebut dengan protozoa Parasitik.
Kelompok pertama tidak tersebar begitu saja dalam lingkungan air, tetapi
setiap jenis kurang lebih mendiami tipe habitat tertentu seperti halnya hewan
tingkat tinggi. Beberapa jenis protozoa hidup di air tawar, lainnya pada air laut
dan lainnya lagi hidup pada dasar perairan. Kelompok protozoa ini terdapat
dimana mana di dunia dimana terdapat air atau tempat berair atau tempat
lembab.
Kelompok kedua mudah di pisahkan, karena mereka pasitik dan tidak
mempunyai cara untuk bergerak sendiri. Mereka mempunyai habitat yang
terbatas. Protozoa parasitic biasanya dipisahkan menjadi dua kelompok yaitu
mereka yang hidup dalam saluran pencernaan dinamakan protozoa usus dan
mereka yang hidup dalam darah dinamakan protozoa penghuni darah. Jumlah
jenis protozoa sangat besar sehingga tidak dapat diperkirakan.
2. Kelas Protozoa
Filum protozoa terdiri dari 4 kelas yakni :
(a) Kelas Ciliata (Infusoria)
Sifat khas dari kelas ini adalah bulu getar seperti rambut di sekujur
tubuhnya yang digunakan untuk bergerak, menangkap makanan, atau kadang
hanya menimbulkan arus air untuk pernapasan. Pada kelompok tertentu, bulu
getar tersebut dimiliki sepanjang hidupnya dan pada kelompok yang lain bulu
bulu getar tersebut hanya dimiliki di sebagaian daur hidupnya.
Sebagian besar ciliata hidup bebas, baik di air tawar maupun di air laut.
Ada sementara pakar membagi kelas ini menjadi dua anak-kelas, yakni ciliate
dan suctoria. Yang pertama memiliki bulu getar, baik yang muda maupun yang
dewasa dan yang kedua, bulu getar itu hanya dimiliki pada yang muda saja,
dewasanya dilengkapi tentakel. Sebenarnya mereka menyedot protoplasma atau
cairan hidup dari protozoa lain yang ditangkap. Mereka adalah makhluk-
mahkluk yang menarik tetapi tidak begitu penting dalam mempelajari kehidupan
laut.

E. PARAMECIUM
 Dalam tubuh Paramecium memiliki dua macam inti (nucleus) yaitu inti kecil
(mikronukleus) dan inti besar (makronucleus).
 Di samping itu memiliki vakuola makanan yang berfungsi untuk mencerna dan
mengedarkan makanan, serta vakuola berdenyut yang berguna untuk
mengeluarkan sisa makanan.
 Paramecium bergerak dengan menggetarkan silianya, yang bergerak melayang-
layang di dalam air.
 Hal ini akan terlihat jika menggunakan mikroskop.
 Sedangkan cara menangkap makanan adalah dengan cara menggetarkan rambut
(silianya), maka terjadi aliran air keluar dan masuk mulut sel. Saat itulah
 bersamaan dengan air masuk bakteri bahan organik atau hewan uniseluler
lainnya.

a. Berkembangbiakan Paramecium adalah dengan cara:

1) Asexual
 Aseksual atau dengan cara membelah diri yaitu dengan pembelahan biner
dimana sel membelah menjadi 2 kemudian menjadi 4, 8 dan 16 dst.
 Pembelahan diawali dengan pembelahan mikronukleus dan diikuti dengan
pembelahan makronucleus.

2) Seksual atau perkembangbiakan secara kawin

 Caranya adalah dua sel saling mendekat, menempel pada bagian mulut sel
untuk kawin. Artinya kedua hewan ini sedang mengalami konjugasi.
 Selanjutnya terbentuk saluran konjugasi diantara kedua sel ini.
 Dan melalui saluran ini terjadi tukar-menukar mikronukleus.
 Mikronukleus dari sel yang satu pindah ke sel yang lain, demikianlah
sebaliknya.
Suku dari kelas ciliata yang lain adalah tintinnidae. Hampir semua suku
ini hidup di laut Mereka membentuk kanting kitin yang dinamakan lorika
(lorica) yakni penutup luar pelindung yang dihasilkan oleh sekresi sekujur
tubuh. Bentuk lorika masing masing jenis berbeda sehingga bagian tubuh hewan
ini digunakan sebagai ciri utama untuk identifikasi. Lorika tidak selalu untuk
melindungi tubuh, karena jenis yang tidak memiliki lorika Nampak lebih berhasil
hidup. Mereka sangat banyak, jumlah jenisnya dan umumnya planktonik.
Beberapa diantaranya bertindak sebagai tuan rumah dinoflagellata parasitic.
Parasit itu Nampak seperti nucleus tambahan yang besar. Tetapi jika dilihat lebih
dekat ia adalah sel parasit itu sendiri yang mempunyai nucleus, yang terdapat
dalam sitoplasma tintinid.
(b) Kelas Rhizopoda atau Sarcodina
Sifat khas dari hewan ini adalah gerakannya dilakukan dengan
menjulurkan badannya dan mengerutkannya kembali atau bergerak dengan kaki
semu atau pseupodium (Pseupodia). Kelompok yang mendapat perhatian khusus
dari kelas ini adalah ordo foraminifera dan radiolarian, meskipun masih ada satu
ordo lagi, yakni heliozoan, tetapi ordo ini mencangkup hewan air tawar, jadi
tidak diterangkan disini.

Ordo Foraminifera
Semua foraminifera (sebutan umumnya foram) mempunyai cangkang.
Cangkang yang dihasilkan oleh hewan ini umumnya terdiri dari bahan kitin atau
kapur. Beberapa cangkang terbentuk dari bahan fisika gelatin, yang lain berasal
dari bahan dari luar yang direkat jadi satu. Ada dua tipe foraminifera, yakni yang
tidak berlubang lubang dan yang berlubang lubang. Yang pertama mempunyai
lubang tunggal, melalui lubang ini menjulur kaki semu. Yang kedua, sebagai
tambahan, mempunyai banyak lubang dan melalui lubang lubang ini,
protoplasma manjulur keluar dan mengkerut kembali. Gerakan seperti ini
disebut streaming yang menciptakan kaki semu dan yang selalu bergerak. Inilah
sifat khas dari kelas ini.

Ordo Radiolaria
Radiolaria hanya hidup di laut. Lebih dari 4000 jenis ditemukan dan
sebagian besar hidup di laut jeluk. Hewan ini umumnya mempunyai bentuk
cangkang terdiri dari silica dan bentuknya bulat. Kerangkanya berupa jejaring
yang indah dipandang ukuran umumnya kecil. Kurang dari 2mm, tetapi kadang
mengelompok membentuk gumpalan 2,54 cm lebarnya. Kaki semunya dan
kebiasaan makannya sama seperti foram. Seperti juga beberapa foram, mereka
ada yang bersimbiosis dengan zooxanthellae.
Sifat khas hewan ini adalah kerangkanya terdiri dari silica yang tidak larut
di lapisan perairan jeluk. Tidak seperti kerangka kapur yang larut di tempat itu.
 Gejala laut inilah yang membuat sebagian besar area dasar laut jeluk ditutupi
oleh nenes raiolaria (radiolarian ooze), bukan nenes globigerina. Jenis ini
biasanya terdapat pada kejelukan lebih dari 3.600 m dan menutupi area seluas3,7
juta km2, dibandingkan dengan area nenes globigerina yang 89 juta km2 luasnya.

(c) Kelas Flagellata (Mastigophora)

Kelas mastigophora mencangkup Protozoa renik yang sangat besar
jumlahnya.sehingga agak sulit bagi para pakar zoology untuk mengklasifikasikan
mereka. Oleh sebab itu taksonomi kelompok protozoa ini dalam keadaan kacau.
@da sifat mereka yang mendua sehingga menimbulkan pertanyaan apakah
flagellate ini hewan atau tumbuhan? Mereka hewan karena bisa bergerak kesana
kemari dan menunjukkan kegiatan seperti hewan, yakni “makan” hewan lain
sebagai makanan mereka. Mereka juga tumbuhhan, karena mempunyai pigmen
untuk fotosintesis seperti tumbuhan, mensekresi jenis bahan serupa tumbuhan
yang disebut selulosa sebagai penutup atau pelindung. Mereka dapat dimasukkan
ke dalam kelas Dinophyceae, jadi sebagai alga.

Kelompok biota ini dapat di definsikan sebagai berikut :

a. Organisme yang khas mempunyai satu atau lebih flagella
b. Soliter atau berkoloni
c. Perkembangbiakan secara aseksual, khususnya dengan pembelahan biner.
(binary fission).
d. Permakanan dapat bersifat autotrof, heterotrof, miksotrof.

E. Reproduksi Protozoa
Protozoa dapat berkembang biak secara seksual dan aseksual. Secara
aseksual protozoa dapat mengadakan pembelahan diri menjadi 2 anak sel (biner),
tetapi pada Flagelata pembelahan terjadi secara longitudinal dan pada Ciliata
secara transversal. Beberapa jenis protozoa membelah diri menjadi banyak sel
 (schizogony). Pada pembelahan schizogony, inti membelah beberapa kali
kemudian diikuti pembelahan sel menjadi banyak sel anakan.
Perkembangbiakan secara seksual dapat melalui cara konjugasi, autogami,
dan sitogami. Protozoa yang mempunyai habitat atau inang lebih dari satu dapat
mempunyai beberapa cara perkembangbiakan. Sebagai contoh spesies
Plasmodium dapat melakukan schizogony secara aseksual di dalam sel inang
manusia, tetapi dalam sel inang nyamuk dapat terjadi perkembangbiakan secara
seksual. Protozoa umumnya berada dalam bentuk diploid.
Protozoa umumnya mempunyai kemampuan untuk memperbaiki selnya yang
rusak atau terpotong. Beberapa Ciliata dapat memperbaiki selnya yang tinggal 10
% dari volume sel asli asalkan inti selnya tetap ada.

F. Fisiologi Protozoa
Protozoa umumnya bersifat aerobik nonfotosintetik, tetapi beberapa protozoa
dapat hidup pada lingkung ananaerobik misalnya pada saluran pencernaan
manusia atau hewan ruminansia. Protozoa aerobik mempunyai mitokondria yang
mengandung enzim untuk metabolisme aerobik, dan untuk menghasilkan ATP
melalui proses transfer elektron dan atom hidrogen ke oksigen. Protozoa
umumnya mendapatkan makanan dengan memangsa organisme lain (bakteri)
atau partikel organik, baik secara fagositosis maupun pinositosis.
Protozoa yang hidup di lingkungan air, maka oksigen dan air maupun
molekul-molekul kecil dapat berdifusi melalui membran sel. Senyawa
makromolekul yang tidak dapat berdifusi melalui membran, dapat masuk sel
secara pinositosis. Tetesan cairan masuk melalui saluran pada membran sel, saat
saluran penuh kemudian masuk ke dalam membrane yang berikatan denga
vakuola. Vakuola kecil terbentuk, kemudian dibawa ke bagian dalam sel,
selanjutnya molekul dalam vakuola dipindahkan ke sitoplasma.
Partikel makanan yang lebih besar dimakan secara fagositosis oleh sel yang
bersifat amoeboid dan anggota lain dari kelompok Sarcodina. Partikel dikelilingi
oleh bagian membran sel yang fleksibel untuk ditangkap kemudian dimasukkan
 ke dalam sel oleh vakuola besar (vakuola makanan). Ukuran vakuola mengecil
kemudian mengalami pengasaman. Lisosom memberikan enzim ke dalam
vakuola makanan tersebut untuk mencernakan makanan, kemudian vakuola
membesar kembali.
Hasil pencernaan makanan didispersikan ke dalam sitoplasma secara
pinositosis, dan sisa yang tidak tercerna dikeluarkan dari sel. Cara inilah yang
digunakan protozoa untuk memangsa bakteri. Pada kelompok Ciliata, ada organ
mirip mulut di permukaan sel yang disebut sitosom. Sitosom dapat digunakan
menangkap makanan dengan dibantu silia. Setelah makanan masuk ke dalam
vakuola makanan kemudian dicernakan, sisanya dikeluarkan dari sel melalui
sitopig yang terletak disamping sitosom.

E. VIRUS
Sejarah virus
Virus merupakan suatu partikel yang masih diperdebatkan statusnya apakah ia
termasuk makhluk hidup atau benda mati. Virus dianggap benda mati karena ia dapat
dikristalkan, sedangkan virus dikatakan benda hidup, karena virus dapat
memperbanyak diri (replikasi) dalam tubuh inang. Para ahli biologi terus
mengungkap hakikat virus ini sehingga akhirnya partikel tersebut dikelompokkan
sebagai makhluk hidup dalam dunia tersendiri yaitu virus. Virus merupakan
organisme non-seluler, karena ia tidak memiliki kelengkapan seperti sitoplasma,
organel sel, dan tidak bisa membelah diri sendiri.
Penyelidikan tentang objek-objek berukuran sangat kecil di mulai sejak
ditemukannya mikroskop oleh Antony Van Leeuwenhoek (1632-1723)
perkembangan mikroskop ini mendorong berbagai penemuan dibidang biologi salah
satunya partikel mikroskopik yaitu virus.
Beberapa tokoh dalam penemuan virus pertama yaitu:
 Adoft Mayer (1883, Jerman) Percobaan diawali dari munculnya penyakit bintik
kuning pada daun tembakau. Ia mencoba menyemprotkan getah tanaman sakit ke
tanaman sehat, hasilnya tanaman
 Dmitri Ivanovski (1892, Rusia) Ia mencoba menyaring getah tanaman yang sakit
dengan filter bakteri sebelum disemprotkan ke tanaman sehat. Hasilnya, tanaman
sehat tetap tertular. Ia menyimpulkan bahwa ada partikel yang lebih kecil lagi dari
bakteri yang lolos saringan yang menularkan penyakit
 Martinus W. Beijerinck (1896, Belanda) Ia menemukan bahwa partikel itu dapat
bereproduksi pada tanaman, tapi tidak pada medium pertumbuhan bakteri. Ia
menyimpulkan bahwa partikel itu hanya dapat hidup pada makhluk hidup yang
diserangnya.
 Wendel M. Stanley (1935, Amerika) Ia berhasil mengkristalkan partikel tersebut.
Partikel mikroskopis itu lalu dinamai TMV (Tobacco Mosaic Virus). B. Pengertian
Virus
Virus berasal dari bahasa yunani “Venom” yang berarti racun. Virus adalah parasit
mikroskopik yang menginfeksi sel organisme biologis. Secara umum virus
merupakan partikel tersusun atas elemen genetik (genom) yang mengandung salah
satu asam nukleat yaitu asam deoksiribonukleat (DNA) atau asam ribonukleat (RNA)
yang dapat berada dalam dua kondisi yang berbeda, yaitu secara intraseluler dalam
tubuh inang dan ekstrseluler diluar tubuh inang. Virus memiliki sifat hidup dan mati.
Sifat hidup (seluler) yaitu memiliki asam nukleat namun tidak keduanya (hanya DNA
atau RNA), dapat bereproduksi dengan replikasi dan hanya dapat dilakukan didalam
sel inang (parasit obligat intraseluler). Sifat mati (aseluler) yaitu dapat di kristalkan
dan dicairkan.
Partikel virus secara keseluruhan ketika berada di luar inang yang terdiri dari asam
nukleat yang dikelilingi oleh protein dikenal dengan nama virion. Virion tidak
melakukan aktivitas biosinteis dan reproduksi. Pada saat virion memasuki sel inang,
baru kemudian akan terjadi proses reproduksi. Virus ketika memasuki sel inang akan
mengambil alih aktivitas inang untuk menghasilkan komponen-komponen pembentuk
virus.
Bentuk dan Ukuran virus
Bentuk virus bervariasi dari segi ukuran, bentuk dan komposisi kimiawinya. Bentuk
virus ada yang berbentuk bulat, oval, memanjang, silindariis, dan ada juga yang
berbentuk T. Ukuran Virus sangat kecil, hanya dapat dilihat dengan menggunakan
mikroskop elektron, ukuran virus lebih kecil daripada bakteri. Ukurannya berkisar
dari 0,02 mikrometer sampai 0,3 mikrometer (1 μm = 1/1000 mm). Unit pengukuran
virus biasanya dinyatakan dalam nanometer (nm). 1 nm adalah 1/1000 mikrometer
dan seperjuta milimeter. Virus cacar merupakan salah satu virus yang ukurannya
terbesar yaitu berdiameter 200 nm, dan virus polio merupakan virus terkecil yang
hanya berukuran 28 nm.
Susunan Tubuh Virus

1. Kapsid
Kapsid adalah lapisan pembungkus tubuh virus yang tersusun atas protein. Kapsid
terdiri dari sejumlah kapsomer yang terikar satu sama lain. Fungsi :
a. Memberi bentuk virus
b. Pelindung dari kondisi lingkungan yang merugikan
c. Mempermudah penempelan pada proses penembusan ke dalam sel
2. Isi
Terdapat di sebelah dalam kapsid berupa materi genetik/ molekul pembawa sifat
keturunan yaitu DNA atau RNA. Virus hanya memiliki satu asam nukleat saja yaitu
satu DNA/ satu RNA saja, tidak kedua-duanya. Asam nukleat sering bergabung
dengan protein disebut nukleoprotein. Virus tanaman/ hewan berisi RNA/ DNA, virus
fage berisi DNA.
3. Kepala
Kepala virus berisi DNA, RNA dan diselubungi oleh kapsid. Kapsid tersusun oleh
satu unit protein yang disebut kapsomer.
4. Ekor
Serabut ekor adalah bagian yang berupa jarum dan berfungsi untuk menempelkan
tubuh virus pada sel inang. Ekor ini melekat pada kepala kapsid. Struktur virus ada 2
macam yaitu virus telanjang dan virus terselubung (bila terdapat selubung luar
(envelope) yang terdiri dari protein dan lipid). Ekor virus terdiri atas tabung
bersumbat yang dilengkapi benang atau serabut. Khusus untuk virus yang
menginfeksi sel eukariotik tidak memiliki ekor.

Pengembangbiakan Virus
Virus memanfaatkan metabolisme sel penjamu untuk membantu sintesis protein virus
dan virion baru; jenis sel yang dapat diinfeksi oleh virus dapat sedikit dapat banyak.
Untuk tujuan diagnosti, sebagian besar virus ditumbuhkan dalam biakan sel, baik
turunan sel sekunder atau kontinu; pemakaian telur embrionik dan hewan percobaan
untuk membiakan virus hanya dilakukan untuk investigasi khusus. Jenis biakan sel
untuk mengembangbiakan virus sering berasal dari jaringan tumor, yang dapat
digunakan secara terus menerus.
Replikasi virus dalam biakan sel dapat di deteksi dengan Tahap-tahap replikasi :
1. Peletakan/ Adsorpsi adalah tahap penempelan virus pada dinding sel inang.
Virus menempelkan sisi tempel/ reseptor site ke dinding sel bakteri
2. Penetrasi sel inang yaitu enzim dikeluarkan untuk membuka dinding sel bakteri.
Molekul asam.nukleat (DNA/RNA) virus bergerak melalui pipa ekor dan masuk
ke dalam sitoplasma sel melalui dinding sel yang terbuka. Pada virus telanjang,
proses penyusupan ini dengan cara fagositosis virion (viropexis), pada virus
terselubung dengan cara fusi yang diikuti masuknya nukleokapsid ke
sitoplasma.
3. Eklipase : asam nukleat virus menggunakan asam nukleat bakteri untuk
membentuk bagian-bagian tubuh virus.
4. Pembentukan virus (bakteriofage) baru : bagian-bagian tubuh virus yang
terbentuk digabungkan untuk mjd virus baru. 1 sel bakteri dihasilkan 100 – 300
virus baru
5. Pemecahan sel inang : pecahnya sel bakteri. Dengan terbentuknya enzim
lisoenzim yang melarutkan dinding sel bakteri sehingga pecah dan keluarlah
virus-virus baru yang mencari sel bakteri lain
Klasifikasi Virus
Nama famili ditandai dengan akhiran viridae. Nama subfamili diberi akhiran virinae
Nama akhiran genus diberi akhiran virus. Lwoff, Horne & Tournier adl ahli dlm
taksonomi virus, berdasarkan kriteria
1. Jenis asam nukleat (DNA/ RNA) berantai ganda/ tunggal
2. Ukuran & morfologi tmsk tipe simetri kapsid
3. Adanya enzim spesifik, terutama polimerase RNA & DNA yang penting bg
replikasi genom
4. Kepekaan thd zat kimia & keadaan fisik
5. Cara penyebaran alamiah
6. Gejala2 yang timbul
7. Ada tidaknya selubung
8. Banyaknya kapsomer untuk virus ikosohedarial/ diameter nukleokapsid untuk
virus helikoidal.
Saat ini telah lebih dari 61 famili virus diidentifikasi, 21 diantaranya mempunyai
anggota yang mampu menyerang manusia dan binatang.
 Menurut RNA, famili virus dibagi menjadi :
1. Picontohrnaviridae 8. Rhabdoviridae
2. Caliciviridae 9. Filoviridae
3. Togaviridae 10. Paramyxoviridae
4. Flaviviridae 11. Orthomyxoviridae
5. Bunyaviridae 12. Reoviridae
6. Arenaviridae 13. Retroviridae
7. Contohronaviridae

Menurut DNA, famili virus dibagi menjadi :

1. Adenoviridae 4. Papovaviridae
2. Herpesviridae 5. Parvoviridae
3. Hepadnaviridae 6. Poxviridae

Selain itu terdapat kelompok virus yang belum dapat diklasifikasikan (unclassified
virus) karena banyak sifat biologinya belum diketahui.

Peran Virus
Didalam kehidupan, virus memiliki 2 peran, yaitu peran virus sebagai
mikroorganisme yang menguntungkan, maupun yang merugikan.
Virus yang menguntungkan: Virus berperan penting dalam bidang rekayasa genetika
karena dapat digunakan untuk cloning gen (reproduksi DNA yang secara genetis
identik). Sebagai contoh adalah virus yang membawa gen untuk mengendalikan
pertumbuhan serangga. Virus juga digunakan untuk terapi gen manusia sehingga
diharapkan penyakit genetis, seperti diabetes dan kanker dapat disembuhkan.
Virus yang merugikan :Virus yang dapat merugikan karena menyebabkan berbagai
jenis penyakit pada manusia, hewan dan tumbuhan
 F. EKOLOGI MIKROBA DALAM ASPEK PENGELOLAAN
LINGKUNGAN PERAIRAN

Mikrobiologi Air
Air merupakan materi penting dalam kehidupan. Semua makhluk hidup
membutuhkan air. Misalnya sel hidup, baik hewan mau pun tumbuhan, sebagian
besar tersusun oleh air, yaitu lebih dari 75% isi sel tumbuhan atau lebih dari 67% isi
sel hewan. Dari sejumlah 40 juta mil-kubik air yangberada di permukaan dan di
dalam tanah, ternyata tidak lebih dari 0,5% (0,2 juta mil-kubik) yang secara langsung
dapat digunakan untuk kepentingan manusia. Karena dari jumlah 40 juta mil-kubik,
97% terdiri dari air laut dan jenis air lain yang berkadar-garam tinggi, 2,5% berbentuk
salju dan es-abadi yang dalam keadaan mencair baru dapat dipergunakan secara
langsung oleh manusia.

Berbagai macam mikroorganisme ditemukan dalam lingkungan akuatik,

penyebarluasannya ditentukan oleh faktor kimia dan fisik yang terdapat dalam
lingkungan tersebut. Faktor lingkungan ini sangat berbeda satu dengan yang lainnya
seperti suhu, tekanan hidrostatik, cahaya, salinitas, turbiditas, pH, dan nutrien.

a. Temperatur
Temperatur air permukaan berkisar antara 0oC di daerah kutub sampai 40oC di
daerah equator. Di bawah permukaan lebih dari 90% lingkungan laut memiliki
temperatur di bawah 5oC , suatu kondisi yang disukai untuk pertumbuhan
mikroorganisme psikrofilik. Sejumlah bakteri termofilik dapat diisolasi dari endapan
anaerobik dekat palung pada dasar lautan. Sebagai contoh, archaeobacteria
Pyrodictium occultum, diisolasi dari bawah laut dekat pulau Volcano, Itali, dimana
air bertemperatur 103oC. Dari hasil penelitian di laboratorium, bakteri tersebut dapat
tumbuh secara optimum pada temperatur 105oC dan tidak tumbuh pada temperatur di
bawah 82oC. Pyrodictium occultum merupakan bakteri autotrof anaerobik yang
tumbuh melalui pembentukan hidrogen sulfida (H2S) dari gas hidrogen (H2) dan
unsur sulfur (S). Pyrobaculum organotrophum, mewakili kelompok baru
archaebakteria hipertermofilik dari laut pada bagian dunia yang berbeda. Spesies dari
genus ini dapat tumbuh optimal pada temperatur 100oC, merupakan bakteri bentuk
batang Gram-negatif, anaerob sempurna, dan bergerak dengan flagela.

b. Tekanan Hidrostatik
Tekanan hidrostatik merupakan tekanan pada dasar suatu kolom vertikal air. Tekanan
tersebut meningkat menurut kedalaman pada kisaran 1 atmosfir tekanan (14,7 lb/in2)
dari setiap 10 m. Pada daerah yang sangat dalam, seperti dekat dasar lautan, tekanan
hidrostatik sangat besar dan dapat menyebabkan perubahan dan mempengaruhi
sistem biologik, seperti perubahan kecepatan reaksi kimia, kelarutan nutrien, dan titik
didih air. Organisme barofilik merupakan organisme yang tidak dapat tumbuh pada
tekanan atmosfir normal. Sejumlah bakteri barofilik dapat diisolasi dari parit lautan
Pasifik pada kedalaman antara 1000-10.000 m. Isolasinya membutuhkan alat-alat
khusus yang memelihara tekanan tinggi pada sampel dari waktu pengambilan sampai,
dan selama masa pembiakkan. Umumnya bakteri barofilik dapat tumbuh baik pada
tekanan yang kurang dari tempat asalnya dan hampir seluruhnya diinkubasi pada
temperatur psikrofilik (sekitar 2oC).
c. Cahaya
Sebagian besar bentuk kehidupan akuatik bergantung (baik langsung maupun tidak
langsung) pada produk metabolik organisme fotosintetik. Organisme fotosintetik
utama dalam sebagian besar habitat aquatik adalah alga dan Cyanobacteria;
pertumbuhannya dibatasi oleh lapisan permukaan air dimana cahaya dapat
menembus. Bagian dalam air dimana terjadi fotosintesis disebut zona fotik. Ukuran
zona ini berbeda bergantung pada kondisi daerah seperti posisi matahari, musim, dan
khususnya kekeruhan air. Umumnya, aktivitas fotosintetik dibatasi pada kedalaman
kurang dari 50-125 m badan air, bergantung pada kejernihan air.

d. Salinitas
Salinitas atau konsentrasi NaCl air alami berkisar antara 0% dalam air-tawar sampai
32% NaCl dalam danau asin seperti the Great Salt Lake di Utah. Air laut
mengandung NaCl sekitar 2,75%; konsentrasi garam total air laut (NaCl ditambah
garam lainnya) berkisar antara 3,3 – 3,7%. Di samping NaCl garam lain yang
ditemukan dalam air ialah natrium karbonat, sulfat dan kalium sulfat, klorida dan
karbonat, kalsium dan magnesium. Konsentrasi garam pada daerah yang dangkal dan
dekat mulut/hilir sungai biasanya rendah. Pada daerah estuari, konsentrasi garam
berbeda dari dasar sampai permukaan, dari hulu sampai hilir, dan dari musim ke
musim, menciptakan bahkan merubah kondisi bentuk kehidupan yang menempati
badan air tersebut. Sebagian besar mikroorganisme laut merupakan halofilik, yang
tumbuh dengan baik pada konsentrasi NaCl kurang dari 2,5 -4,0%. Dengan kata lain,
mikroorganisme dari danau dan sungai dapat dihambat pertumbuhannya dengan
konsentrasi NaCl lebih dari 1%.

e. Turbiditas
Turbiditas atau kekeruhan menandakan perbedaan dalam kejernihan air. Laut
Adriatik bersih dan berkilauan pada bagian kedalaman sedangkan sungai Mississipi
sangat keruh. Bahan yang tercampur yang mampu mengeruhkan air adalah :
1.Partikel bahan mineral;
2.Detritus, partikel bahan organik seperti potongan selulosa, hemiselulosa, dan kitin
dari hasil dekomposisi hewan dan tumbuhan;
3.Suspensi mikroorganisme Air yang sangat keruh, menyebabkan kurang tembus
cahaya, zona fotik kurang dalam. Partikel bahan-bahan juga tersedia sebagai tempat
menempelnya mikroorganisme. Beberapa spesies bakteri menempel pada permukaan
yang padat dengan maksud berkolonisasi, misalnya Epibakteria. Partikel tersebut juga
tersedia sebagai substrat untuk metabolisme mikroorganisme.
f. Konsentrasi Ion Hidrogen (pH)
Mikroorganisme aquatik biasanya tumbuh baik pada pH 6,5-8,5. Air laut memiliki
pH 7,5-8,5, dan sebagian besar mikroorganisme laut tumbuh baik pada media kultur
dengan pH 7,2-7,6. Danau dan sungai dapat memiliki kisaran pH yang luas
bergantung pada kondisi lingkungan setempat. Sebagai contoh, archaebakteria dapat
diisolasi dari danau garam di Afrika, dimana pH tinggi sekitar 11,5, spesies
archaebakteria lain dapat hidup pada pH sangat rendah 1,0 atau kurang.

g. Nutrien
Jumlah dan macam bahan organik dan anorganik (nutrien) yang terdapat dalam
lingkungan aquatik secara nyata membantu pertumbuhan mikroorganisme. Nitrat dan
fosfat merupakan unsur anorganik yang mendukung pertumbuhan alga. Kelebihan
nitrat dan/atau fosfat dapat menyebabkan kelebihan pertumbuhan alga („blooming‟)
pada badan air dan memperbesar penggunaan oksigendalam air, juga menutupi
permukaan air, sehingga air sulit ditembuscahaya, dan akhirnya mematikan semua
kehidupan dalam air. Jumlah nutrien dalam badan air mengarah pada penimbunan
nutrien dalam suatu lingkungan. Air dekat-pantai, yang menerima air limbah
domestik yang mengandung senyawa organik dan anorganik, merupakan daerah yang
mengalami peningkatan dan penurunan secara singkat timbunan nutrien, sedangkan
laut lepas memiliki timbunan nutrien yang lebih rendah dan stabil. Limbah industri
dan limbah pertanian dapat mengandung zat antimikroba, merkuridan logam berat
lain juga dapat memasuki daerah estuari dan air pantai. Sejumlah alga akuatik
menghasilkan toksin yang mematikan ikan dan hewan lain. Toksin tersebut
dikeluarkan dari sel atau melalui dekomposisi alga oleh bakteri dalam kondisi
“blooming”. Alga laut tertentu (Gymnodiniumdan Gonyaulax) dapat menghasilkan
neurotoksin yang mematikan hewan akuatik. Toksin tertentu dapat terkonsentrasi
dalam kelenjar pencernaan moluska (kerang-kerangan) dan menyebabkan paralisis
pada manusia yang mengkonsumsi kerang beracun tersebut.
 G. PERAN MIKROBA DALAM DAUR KARBON
Ada berbagai organisme yang berperan dalam dalam sikluk karbon, berikut
uraiannya: 1) Jamur: Peran menonjol dari jamur di lingkungan adalah dalam siklus
karbon, selama proses dekomposisi, terutama pada tanah. 2) Algae: Ganggang juga
merupakan bagian penting dari siklus karbon. Mereka adalah organisme fotosintesis
yang dominan di banyak lingkungan perairan. Ganggang adalah autotrof, yang berarti
mereka menggunakan karbon dioksida (CO2) sebagai sumber karbon untuk
pertumbuhan. Oleh karena itu mereka mengubah CO2 d menjadi bahan organik
(yaitu, sel alga). 3) Bakteri prokariotik dan archaea: Sebagai hasil dari keragaman dan
jenis yang unik dari metabolisme, yang terlibat dalam unsur siklus hampir semua
penting. Metanogenesis (konversi karbon dioksida menjadi metana) yang unik untuk
prokariota dan menempatkan mereka dalam “peran penting” siklus karbon.Bakteri
Heterotrof : Mereka adalah penting dalam rantai karbon untuk proses biodegradasi
dan dekomposisi dalam kondisi aerob dan anaerob. Pada bakteri, ada jenis yang unik
fotosintesis yang tidak menggunakan H2O atau menghasilkan O2 yang berdampak
pada siklus karbon dan sulfur.4) Cyanobacteria memperbaiki CO2 dan menghasilkan
O2 selama fotosintesis, dan mereka memberikan kontribusi yang sangat besar
terhadap siklus karbon dan oksigen.

H. INTERAKSI ANTARA MIKROBA DENGAN TANAMAN

 Interaksi yang Menguntungkan
Interaksi antara bakteri Rhizobum dengan akar kacang-kacangan
Tanaman kacang-kacangan seperti buncis, kedelai, akarnya memiliki bintil-
bintil berisi bakteri yang mampu menambat nitrogen udara, sehingga nitrogen tanah
yang telah diserap tanaman dapat diganti. Simbiosis antara tanaman dan bakteri
saling menguntungkn untuk kedua pihak. Bakteri mendapatkan zat hara yang kaya
energi dari tanaman inang sedangkan tanaman inang mendapatkan senyawa nitrogen
dari bakteri untuk melangsungkan kehidupannya.
Bakteri penghambat nitrogen yang terdapat didalam akar kacang-kacangan
adalah jenis bakteri Rhizobium. Bakteri ini masuk melalui rambut-rambut akar dan
menetap dalam akar tersebut dan membentuk bintil pada akar yang bersifat khas pada
kacang-kacangan. Bakteri dalam genus Rhizobium merupakan bakteri Gram negatif,
berbentuk bulat memanjang, yang secara normal mampu memfiksasi nitrogen dari
atmosfer. Umumnya bakteri ini ditemukan pada nodul akar tanaman Leguminoceae.
Rhizobium berasal dari dua kata yaitu Rhizo yang artinya akar dan bios
yang berarti hidup. Rhizobium adalah bakteri yang bersifat aerob, organotrof, tidak
berspora, pleomorf, gram negatif dan berbentuk batang bentuk batang, koloninya
berwarna putih berbentuk sirkular, merupakan penambat nitrogen yang hidup di
dalam tanah dan berasosiasi simbiotik dengan sel akar legume, bersifat host spesifik
satu spesies Rhizobium cenderung membentuk nodul akar pada saat spesies tanaman
legume saja.
Rhizobium hanya dapat memfiksasi nitrogen atmosfer bila berada di dalam
bintil akar dari mitra legumnya. Peranan Rhizobium terhadap pertumbuhan tanaman
khususnya berkaitan dengan masalah ketersediaan nitrogen bagi tanaman inangnya.
Suatu pigmen merah yang disebut leghemeglobin dijumpai dalam bintil akar
antara bakteroid dan selubung membrane yang mengelilinginya. Jumlah
leghemeglobin di dalam bintil akar memiliki hubungan langsung dengan jumlah
nitrogen yang difiksasi.
Morfologi Rhizobium dikenal sebagai bakteroid. Rhizobium menginfeksi
Leguminoceae melalui ujung-ujung bulu akar yang tidak berselulosa karena bakteri
Rhizobium tidak dapat menghidrolisis selulosa. Rhizobium yang tumbuh dalam bintil
akar leguminoceae mengambil nitrogen langsung dari udara dengan aktifitas bersama
sel tanaman dan bakteri, nitrogen itu disusun menjadi senyawaan nitrogen seperti
asam-asam amino dan polipeptida yang ditemukan dalam tumbuh-tumbuhan, bakteri
dan tanaman disekitarnya. Baik bakteri maupun legume tidak dapat menambat
nitrogen secara mandiri, bila Rhizobium tidak ada dan nitrogen tidak terdapat dalam
tanah legum tersebut akan mati. Bakteri Rhizobium hidup dengan menginfeksi akar
tanaman legum dan berasosiasi dengan tanaman tersebut, dengan menambat
nitrogen.
 Adapun tahapan pembentukan nodul akar pada tanaman kacang-kacangan
akibat interaksi bakteri Rhizobium adalah sebagai berikut :

1. Pengenalan Pasangan yang Sesuai Pada Tumbuhan dan Bakteri serta

Penempelan Bakteri Terhadap Akar Tumbuhan.
Terjadinya bintil akar diawali oleh interaksi antara tanaman dan bakteri
Rhizobia. Akar tanaman mengeluarkan sinyal yang akan mengaktifkan ekspresi gen
dari bakteri yang berperan pada nodulasi. Setelah adanya sinyal tadi, bakteri
(Rhizobia) akan mensintesis sinyal yang menginduksi pembentukan meristem
nodul dan memungkinkan bakteri untuk masuk ke dalam meristem tersebut melalui
proses infeksi. Sinyal-sinyal kimia yang di sintesis oleh bakteri itu pada dasarnya
merupakan asam amino termodifikasi (homoserin lakton) yang membawa subtituen
rantai asil yang bervariasi yang disebut asil homoserin lakton (AHL).
Melalui pendeteksian dan reaksi terhadap senyawa-senyawa kimia tersebut sel-
sel tanaman secara individu dapat merasakan berapa banyak sel yang mengelilingi
mereka. Interaksi secara simbiosis terjadi karena adanya pertukaran sinyal antara
tumbuhan dan bakteri (Rhizobia). Tanaman mensekresikan senyawa-senyawa
flavonoid yang gugus fenolnya bersama dengan NodD (protein penggerak) dari
bakteri menginduksi ekspresi dari gen pembentukan nodul dari Rhizobia (nod, nol,
noe). Sebagai hasilnya, Rhizobia memproduksi Nod factors. Induksi Nod factors
direspon oleh tanaman (yang salah satunya) dengan pembentukan nodul.
Di sekitar bulu-bulu akar kacang-kacangan terkumpul sejumlah besar bakteri
Rhizobium baik secara alami maupun secara buatan. Akibat terkumpulnya bakteri
tersebut, bulu akar akan mengeluarkan triftopan, yang oleh bakteri diubah menjadi
indol asetat. Kehadiran indo asetat menyebabkan bulu akar menjadi menkerut dan
bakteri juga menghasilkan enzim yang dapat melarutkan senyawa pektat yang
terdapat didalam vibril (selulosa) kulit bulu akar, sehingga bakteri dapat menempel
pada buluh akar.
2. Invasi Bakteri ke dalam Buluh Akar dan Terjadi Ancaman Infeksi.
Akibat adanya larutan pektat, bakteri Rhizobium kemudian berubah menjadi
bulat dan kecil-kecil serta dapat bergerak. Senyawa pektat dapat berikatan dengan
selulosa sehingga dinding bulu akar menjadi tipis sehingga dapat ditembus oleh
bakteri rhizobium. Didalam bulu akar bakteri memperbanyak diri, kemudian
memasuki bagian akar dengan membentuk benang infeksi, hingga koloni bakteri
didapatkan pada setiap sel akar.
3. Berjalan Sepanjang Akar Utama Melalui Tempat Infeksi
Setelah sampai di tempat infeksi bakteri yang dilepaskan dari benang infeksi
ke dalam sitoplasma sel inang, bisa berubah menjadi bengkak, berbentuk tidak
teratur, struktur bercabang disebut bacteroids.
4. Pembentukan Bakteriod (Sel Bakteri Perusak) dalam Sel Tumbuhan dan Terjadi
Perkembangan Ke Keadaan Penambatan Nitrogen
Di dalam bulu akar bakteri memperbanyak diri kemudian memasuki bagian
akar dengan membentuk benang infeksi hingga koloni bakteri didapatkan pada setiap
sel akar.
5. Berlangsungnya Pembelahan Bakteri Dan Sel Tumbuhan Maka Terbentuk Nodul
Akar Matur.
Setelah sampai ditempat infeksi bakteri yang dilepaskan dari benang infeksi
ke dalam sitoplasma sel inang, bisa berubah menjadi bengkak, berbentuk tidak
teratur, struktur bercabang disebut bacteroids. Bakteroid kemudian menjadi terkepung
tunggal atau dalam kelompok kecil oleh membran yang disebut membran
peribacteroid. Struktur ini disebut 'symbiosome'. Symbiosomes, pada kenyataannya,
situs fiksasi nitrogen. Pada titik ini, symbiosomes mengeluarkan hormon yang
memungkinkan sel polyploid untuk membagi cepat inti dari bintil dan sel-sel diploid
sekitarnya juga untuk membagi dan membedakan untuk menutupi nodul dalam
jaringan korteks dan untuk membentuk hubungan pembuluh darah dengan akar.
Hormon ini juga memungkinkan produksi leghaemoglobin yang melindungi enzim
fiksasi nitrogen dari oksigen. Komponen lain bintil spesifik juga diproduksi untuk
menyelesaikan proses bintil akar. Pada tempat infeksi ini, akan berlangsung
pembelahan bakteri dan sel tumbuhan, maka terbentuk nodul akar matur.
 Genetic pembetukan nodul: gen nod
Gen-gen yang melangsungkan tahap-tahap spesifik dalam pembentukan nodul
pada tumbuhan Leguminoceae oleh strain Rhizobium disebut gen nod. Beberapa gen
nod dari spesies Rhizobium yang berbeda disimpan dan umunya berada pada plasmid
yang disebut plasmid sym. Sebagai tambahan pada gen nod yang langsung terlibat
dalam nodulasi atau pembentukan nodul, gen sym mengandung gen spesifisitas yang
menahan strain Rhizobium pada tumbuhan inang tertentu. Selanjutnya, kemampuan
nodulasi pada tumbuhan Leguminoceae tertentu dapat dipindahkan antar spesies
Rhizobium melalui pemindahan plasmid sym secara singkat. Sebagai contoh, ketika
plasmid sym dari Rhizobium leguminosarum (yang memiliki inang kacang tanah)
dipindahkan ke Rhizobium trifolii (yang memiliki inang semanggi), sel spesies
Rhizobium trifolii akan efektif membentuk nodul pada kacang tanah.
 Fiksasi nitrogen oleh bakteri Rhizobium
Rhizobium yang tumbuh dalam bintil akar mengambil nitrogen langsung dari
udara dengan aktifitas bersama sel tanaman dan bakteri, nitrogen itu disusun menjadi
senyawan nitrogen seperti asam amino dan polipeptida yang ditemukan dalam
tumbuhan, bakteri dan tanah disekitarnya. Baik bakteri maupun leguminoceae tidak
dapat menambat nitrogen secara mandiri bila Rhizobium tidak ada dan nitrogen tidak
terdapat dalam tanah leguminoceae tersebut akan mati.
Tumbuhan yang bersimbiosis dengan rhizobium banyak digunakan sebagai
pupuk hijau seperti Crotalaria, Tephrosia dan Indigofera. Akar tanaman polong-
polongan tersebut menyediakan karbohidrat dan senyawa lain bagi bakteri melalui
kemampuannya mengikat nitrogen sama sekali atau hanya dapat mengikat nitrogen
sedikit sekali. Bintil-bintil akar melepaskan senyawa nitrogen organik ke dalam tanah
tempat tanaman kacang polong-polongan hidup. Dengan demikian terjadi
penambahan nitrogen yang dapat menambah kesuburan tanah.
Rhizobium didalam tanah berperan dalam pengaturan siklus nitrogen yaitu
melakukan fiksasi nitrogen dan mengubahnya menjadi Ammonia (NH3). Dalam sel
bakteri ini terdapat sebuah alat yang berperan dalam biokatalis yaitu enzim
nitrogenase. Enzim inilah yang berperan dalam mengubah N2 menjadi NH3
Fiksasi nitrogen berlangsung dengan bantuan kompleks enzim nitrogenase
dengan reaksi sebagai berikut:
N2 + 6e- 2NH3 (DG’0=+150 kkal/mol=+630Kj/mol.

 Interaksi yang merugikan

Interaksi yang merugikan yaitu adanya interaksi bakteri Pseudomonas
solanacearum yang menyebabkan penyakit “Darah Pisang”. Penyakit ini disebabkan
oleh bakteri Pseudomonas solanacearum. Disebut penyakit darah karena bila akar
tinggal tanaman sakit dipotong maka keluar cairan kental yang berwarna kemerahan
dari bekas pembuluh. Penularan penyakit ini dapat terjadi melalui bibit terinfeksi,
serangga yang mengunjungi bunga, alat-alat penangkasan dan kontak akar. Penyakit
tanaman pisang mudah dikenali dengan tanda-tanda sebagai berikut:
1. Tanaman pisang yang terserang pertumbuhan daunnya terhambat, cepat patah dan
menjadi kuning, layu dalam waktu yang relatif singkat.
2. Jika batang dipotong maka dalam beberapa zat akan keluar cairan kental
berwarna merah seperti darah.
3. Buah dari tanaman yang terserang apabila dipotong atau dibelah terlihat ada
getah kental berwarna coklat kemerahan yang berbau busuk.
4. Anakan yang tumbuh pada rumpun yang sakit akan segera menunjukan gejala
daun menjadi layu, kering, kerdil dan akhirnya mati.
Interaksi yang juga merugikan adalah bateri Erwinia coratovora yang
menyebabkan penyakit layu pada tanaman terutama di daerah subtropis dan tropis.
Bateri ini termasuk ganas karena mampu merusak tanaman dalam waktu singkat.
Serangannya dapat menyebabkan melunaknya daun dan batang pada tanaman disertai
perubahan warna menjadi coklat sambil mengeluarkan bau busuk. Sedangkan bagian
tanaman yang diserang akan mengeluarkan lendir putih, kental dan lengket tersebut
kedalam jaringan.
 Pada saat tanaman terluka, otomatis pengaruh cuaca, dan hewan lainnya dapat
masuk melalui lubang alami dan membawa bakteri Erwinia coratovora tersebut
kedalam jaringan yang terluka.
Bakteri yang masuk melalui luka ini akan terus berkembang dalam ruang
antar sel serta menghasilkan enzim pektoitik yang dapat mencerna jaringan tanaman
inang. Akibatnya tananman inang akan mengalami penurunan dan lama-kelamaan
akan mengalami pembusukan
Dengan didukungnya kelembapan yang tinggi dan cuaca yang dingin
perkebangbiakan bakteri akan lebh cepat sehingga pathogen akan lebih cepat
menyebar keseluruh tanaman yang pada akhirnya menyebabkan busuk pada batang.
Bila ini dibiarkan dalam waktu yang tidak lama dan didukung oleh kondisi yang
sesuai untuk perkembangan penyakit tersebut menjadi sangat pesat yang akhirnya
tanaman akan mengalami kematian.

H. INTERAKSI ANTARA MIKROBA DENGAN HEWAN

 Interaksi Bakteri Bioluminesensi dengan ikan
Berbagai keanekaragaman makhluk hidup yang ada merupakan salah satu
tanda dari keagungan Tuhan atas semua ciptaan-Nya yang ada di alam raya. Semua
mekhluk yang diciptakan Tuhan pastilah memiliki keunikan atau karakteristik
tersendiri yang membedakan dari organisme lainnya. Karakteristik tersebut berfungsi
untuk kelestarian dan untuk mempertahankan kelangsungan hidup dari suatu
organisme. Keunikan tersebut dapat berupa kemapuan merubah diri atau
berkamuflase ataupun ada organ tambahan, seperti labirin ataupun antena.
Samudera merupakan salah satu habitat dari organisme. Ada oganisme yang
hidup di permukaan samudera, dan ada yang hidup pada kedalaman samudera.
Keadaan kedalaman samudera dingin, gelap, dan tenang. Tidak ada tumbuhan yang
dapat tumbuh disana, sehingga hewan memakan hewan lain atau tumbuhan mati dan
hewan yang tenggelam perlahan-lahan dari permukaan. Hewan yang tinggal di laut
yang dalam dilengkapi dengan organ tamabahan yang unik. Organ ini berfungsi
sebagai penunjang kelangsungan hewan tersebut untuk hidup di kedalaman laut.
 Umumnya ikan yang hidup di perairan laut dalam memiliki kemampuan
menghasilkan pendaran cahaya. Cahaya yang dikeluarkan tersebut dinamakan
bioluminescens, yang umumnya bewarna biru atau biru kehijau-hijauan. Terdapat dua
sumber cahaya yang dikeluarkan oleh ikan dan keduanya terdapat pada kulit, yaitu
warna yang dikeluarkan oleh bakteri yang bersimbiosis dengan ikan dan cahaya yang
dikeluarkan oleh ikan itu sendiri. Ikan-ikan yang dapat mengeluaran cahaya
umumnya tinggal di bagian laut dalam dan hanya sedikit yang hidup diperairan
dangkal. Bioluminesensi adalah emisi cahaya yang dihasilkan oleh makhluk hidup
karena adanya reaksi kimia tertentu.
Bakteri bioluminesensi (bakteri sumber cahaya)
Bakteri bercahaya telah ditemukan di laut, pesisir, dan lingkungan terestrial.
Ada sembilan jenis bakteri laut penghasil cahaya yaitu: Photobacterium
phosphoreum, Photobacterium leiognathi, Alteromonas hanedai, Vibrio logei, Vibrio
fischeri, Vibrio harveyi, Vibrio splendidus, Vibrio orientalis, dan Vibrio vulnificus.
Bakteri Terestrial adalah luminescens Photorhabdus dan Vibrio cholerae biotipe
albensis.
Bakteri bercahaya terestrial terutama ditemukan dalam hubungan simbiotik
dengan nematoda bertindak sebagai parasit untuk ulat. Jamur juga dapat menerangi
malam. Jamur bercahaya menghasilkan cahaya kontinyu (tidak berdenyut) dalam
tubuh buah dan miselium dari beberapa agarics. Contohnya adalah Armillaria mellea
dan Mycena spp.
Hal ini diyakini bahwa jamur bercahaya menggunakan cahaya mereka untuk
menarik serangga yang akan menyebarkan spora fungis untuk meningkatkan
reproduksi.
Bakteri bercahaya adalah pemancar cahaya yang paling banyak
didistribusikan organisme dengan mayoritas yang ada dalam air laut dan sisanya
tinggal di lingkungan darat atau air tawar. Sementara sebagian besar spesies bakteri
bercahaya mampu hidup bebas, sebagian besar ditemukan di alam terkait dalam
simbiosis dengan organisme host yaitu: ikan, cumi, kepiting, nematoda, dll
 Reaksi yang terjadi bersifat spesifik dan merupakan oksidasi senyawa
riboflavin fosfat (FMNH2) atau (lusiferin bakteri) serta rantai panjang aldehida lemak
hingga menghasilkan emisi cahaya hijau-biru yang dikatalisis oleh enzim lusiferase.
Luciferase adalah suatu enzim heterodimer berukuran 77 kDa yang terdiri dari dua
subunit, yaitu subunit alfa (α) dan subunit beta (β). Subunit α (~40 kDa) disandikan
oleh gen luxA, sedangkan subunit β (~37 kDa) disandikan oleh gen luxB. Selain
luciferase, masih terdapat beberapa enzim lain yang terlibat dalam keseluruhan reaksi
ini dan ekspresi enzim-enzim tersebut diatur oleh suatu operon yang disebut operon
lux.
Bioluminesensi pada ikan
Cahaya yang dikeluarkan oleh mahluk hidup dinamakan bioluminescens, yang
umumnya bewarna biru atau biru kehijau-hijauan. Terdapat dua sumber cahaya yang
dikeluarkan oleh ikan dan keduanya terdapat pada kulit, yaitu warna yang
dikeluarkan oleh bakteri yang bersimbiosis dengan ikan dan cahaya yang dikeluarkan
oleh ikan itu sendiri. Ikan-ikan yang dapat mengeluaran cahaya umumnya tinggal di
bagian laut dalam dan hanya sedikit yang hidup diperairan dangkal. Sebagian dari
padanya bergerak ke permukaan untuk ruaya makanan.
Di laut dalam terletak antara 300 – 1000 meter dibawah permukaan laut. Sel
pada kulit ikan yang dapat mengeluarkan cahaya disebut sel cahaya atau photophore
(photocyt). Ini biasanya terdapat pada golongan Elasmobranchii (Sphinax,
Etmopterus, Bathobathis moresbyi) dan Teleostei (Stomiatidae, Hyctophiformes,
Batrachoididae).
Cahaya yang dikeluarkan oleh bakteri yang hidup bersimbiosis dengan ikan,
misalnya terdapat pada ikan-ikan dari famili Macroridae, Gadidae, Honcentridae,
Anomalopodidae, Leiognathidae, Serranidae, dan Saccopharyngidae.
Di Laut Banda ikan leweri batu (Photoblepharon palpebatrus) dan leweri air
(Anomalops katoptron), yang keduanya termaksud kedalam famili Anomalopodidae,
mempunyai bakteri cahaya yang terletak dibawah matanya. Kedua ikan tersebut
hidup di perairan dangkal. Anomalops mengeluarkan cahaya yang berkedap-kedip
secara teratur yang dikendalikan oleh organ cahaya yang keluar masuk suatu kantong
pigmen hitam dibawah mata. Photoblepharon menunujukan suatu cahaya yang
menyala terus, tetapi dapat pula dipadamkan oleh suatu lipatan jaringan hitam yang
menutupi organ cahayanya.
Bakteri yang dapat mengeluarkan cahaya terdapat didalam kantung kelenjar di
epidermis. Pemantulan cahaya yang dikeluarkan oleh bakteri diatur oleh jaringan
yang berfungsi sebagai lensa.
Pada bagian yang berlawanan dengan lensa banyak pigmen yang berfungsi
sebagai pemantul. Ada juga kelenjar yang berisi bakteri itu dikelilingi oleh sel-sel
pigmen itu seluruhnya. Pemencaran cahaya yang dikeluarkan oleh bakteri diatur oleh
konstraksi pigmen yang berfungsi sebagai iris mata. Pada ikan Malacochepalus (yang
hidup di laut dalam), pengeluaran cahayanya mempunyai peranan dalam pemijahan.
Kekuatan cahayanya dapat menerangi sampai sejauh 10 meter dengan panjang
gelombang 410 – 600 mμ. Pada musim pemijahan, bila ikan jantan bertemu dengan
ikan betina, maka si jantan akan membimbing betinanya untuk mencari tempat yang
baik untuk berpijah. Cahaya yang dikeluarkan oleh ikan jantan dipakai sebagai isyarat
untuk diikuti oleh si betina. Angler fish (Linophyrin bravibarbis) yang terdapat di
dasar laut mempunyai tentakel yang bercahaya. Diduga ikan ini mempunyai kultur
bakteri yang terdapat pada kulitnya
Tentakel yang ujungnya mempunyai jaringan yang membesar itu digerakan
diatas kultur bakteri tersebut, sehingga bakteri yang bercahaya terbawa oleh tentakel
untuk menarik perhatian mangsanya.
Antenna ikan angler yang dapat mengeluarkan cajaya di kegelapan merupakan
peristiwa bioluminense. Bioluminesen merupakan pancaran sinar oleh organisme
sebagai hasil dari oksidasi dari berbagai substrat dalam memproduksi enzim. Susunan
substrat yang sangat stabil disebut dengan lusiferin, dan enzim yang sangat sensitive
sebagai katalisator oksidasi disebut lusiferase.
Bioluminesen dapat diproduksi oleh bakteri, jamur, ataupun binatang
invertebrate lain. Dari sekian banyak hewan bertulang belakang, hanya kelas Pisces
yang mampu memproduksi sinar. Ikan menghasilkan bioluminesen dengan dua cara,
yaitu dihasilka oleh pori-pori yang bercahaya ataupun organ yang mampu
 bersimbiose dengan bakteri atau organisme lain penghasil sinar. Sehingga, cahaya
yang terdapat pada antenna ikan angler sebenarnya berasal dari organ yang
bersimbiosis dengan jutaan bakteri yang mengeluarkan cahanya sendiri.
Fungsi dari antenna ikan angler yang bercahaya yaitu digunakan untuk
menaksir kedalaman laut dimana ikan tersebut tinggal. Fungsi lain yaitu untuk
menarik dan mengecoh perhatian mangsanya, serta untuk menyinari ligkungan
sekitarnya. Antenna bercahaya pada ikan angler juga dapat menyala atau mati,
sehingga mengecoh ikan-ikan kecil ataupun mangsa yang lain untuk mendekat,
sehingga dengan mudah ikan angler dapat menangkap mangsanya. Organ cahaya
pada ikan ialah sebagai tanda pengenal individu ikan sejenis, untuk memikat mangsa,
menerangi lingkungan sekitarnya, mengejutkan musuh dan melarikan diri, sebagi
penyesuaian terhadap ketiadaan sinar di laut dalam dan diduga sebagai ciri ikan
beracun. Ikan angler tidak banyak melakukan gerakan, bahkan cenderung pasif. Hal
tersebut bertujuan untuk menghemat energy dikarenakan makanan yang tersedian di
kedalaman laut sangat sedikit.
Antenna yang bercahaya hanya terdapat pada antenna ikan angler betina.
Ukuran ikan angler betina lebih besar dengan panjang sekitar 8 cm, sedangkan ukuran
ikan angler jantan lebih kecil dengan panjang hanya sekitar 3 cm. sehingga yang
menarik pasangan adalah ikan betina. Antenna yang berada pada ikan angler betina
berfungsi untuk menarik lawan jenis. Ikan jantan yang berukuran lebih kecil akan
menempelkan organ perekatnya pada bagian sirip ikan betina, sehigga ikan jantan
mengikuti kemanapun ikan betina bergerak. Ikan jantan juga mendapatkan makanan
dari ikan betina. Sehingga dapat dikatakan ikan angler jantan seperti parasit pada ikan
betina, namun dari simbiose tersebut, ikan angler jantan secara permanen menjadi
pasangan serasi bagi ikan betina.
Aplikasi Bioluminesensi
1. Bidang medis
Adanya penemuan tentang bioluminesensi telah dimanfaatkan manusia di
dalam berbagai bidang, salah satunya adalah bidang medis. Di bidang tersebut
bioluminesensi dimanfaatkan untuk mendeteksi keberadaan sel kanker dalam tubuh
 secara lebih cepat melalui suatu teknologi baru yang disebut bioluminescence
imaging (BLI). Dengan BLI, ukuran dan lokasi sel kanker dalam tubuh dapat
diketahui sehingga tindakan perawatan yang tepat dapat ditentukan. Temuan ini juga
dapat mempermudah riset mengenai perawatan atau obat kanker yang efektif dapat
mengatasi penyakit tersebut karena perkembangan sel tumor dapat dipantau dengan
lebih mudah.
2. Sebagai gen pelapor
Bioluminesensi juga telah dimanfaatkan sebagai gen pelapor untuk melihat
perkembangan atau ploriferasi sel punca manusia. Penggunaan bioluminesensi
sebagai gen pelapor juga telah diaplikasikan pada tanaman transgenik hasil rekayasa
genetika. Salah satu penelitian yang telah dilakukan adalah penggunaan gen dari
kunang-kunang pada tanaman tembakau transgenik yang diinfeksi dengan
Agrobacterium tumefaciens untuk mengamati ekspresi dari gen yang dimasukkan ke
tanaman tembakau tersebut. Dalam bidang ekologi, mikroorganisme penghasil
luminesensi juga dapat digunakan untuk pembuatan biosensor untuk mendeteksi
keberadaan polutan atau kontaminan tertentu di lingkungan. Salah satu contoh yang
telah diaplikasikan adalah pembuatan biosensor untuk deteksi senyawa ekotoksik
organotin.
3. Industri makanan
Dalam industri makanan, bioluminesensi yang memanfaakan penggunaan
ATP juga telah dimanfaatkan untuk mendeteksi mikroba patogen yang terkandung di
dalam makanan.